943 resultados para evolution process
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The analysis of genetic data for human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) and human T-cell lymphotropic virus type 1 (HTLV-1) is essential to improve treatment and public health strategies as well as to select strains for vaccine programs. However, the analysis of large quantities of genetic data requires collaborative efforts in bioinformatics, computer biology, molecular biology, evolution, and medical science. The objective of this study was to review and improve the molecular epidemiology of HIV-1 and HTLV-1 viruses isolated in Brazil using bioinformatic tools available in the Laboratório Avançado de Sáude Pública (Lasp) bioinformatics unit. The analysis of HIV-1 isolates confirmed a heterogeneous distribution of the viral genotypes circulating in the country. The Brazilian HIV-1 epidemic is characterized by the presence of multiple subtypes (B, F1, C) and B/F1 recombinant virus while, on the other hand, most of the HTLV-1 sequences were classified as Transcontinental subgroup of the Cosmopolitan subtype. Despite the high variation among HIV-1 subtypes, protein glycosylation and phosphorylation domains were conserved in the pol, gag, and env genes of the Brazilian HIV-1 strains suggesting constraints in the HIV-1 evolution process. As expected, the functional protein sites were highly conservative in the HTLV-1 env gene sequences. Furthermore, the presence of these functional sites in HIV-1 and HTLV-1 strains could help in the development of vaccines that pre-empt the viral escape process.
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This master’s thesis aims to study and represent from literature how evolutionary algorithms are used to solve different search and optimisation problems in the area of software engineering. Evolutionary algorithms are methods, which imitate the natural evolution process. An artificial evolution process evaluates fitness of each individual, which are solution candidates. The next population of candidate solutions is formed by using the good properties of the current population by applying different mutation and crossover operations. Different kinds of evolutionary algorithm applications related to software engineering were searched in the literature. Applications were classified and represented. Also the necessary basics about evolutionary algorithms were presented. It was concluded, that majority of evolutionary algorithm applications related to software engineering were about software design or testing. For example, there were applications about classifying software production data, project scheduling, static task scheduling related to parallel computing, allocating modules to subsystems, N-version programming, test data generation and generating an integration test order. Many applications were experimental testing rather than ready for real production use. There were also some Computer Aided Software Engineering tools based on evolutionary algorithms.
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SKI-l/SlP protease is a member of the proprotein convertase family, with several functions in cellular metabolism and homeostasis. It is responsible for the processing of several cellular substrates, including ATF6, SREBPs, and GlcNAc-1- phosphotranspherase. Furthermore, SKI-1/SlP is also responsible for maturation of arenavirus surface glycoprotein into GP1 and GP2 subunits. This processing is a strict requirement in order to achieve fully mature and fusion-competent virions. Furthermore, SKI-1/SlP itself is synthesized as an inactive zymogen, requiring sequential autocatalytic processing at several sites (B'/B and C) in its prodomain in order to mature and become fully active. Our project focused on the analysis of SKI- 1/S1P prodomain in the biogenesis of the active enzyme. In this context we have additionally developed and characterized a novel cell-based sensor for assessment of cellular activity of the enzyme, with a potential application in screening for novel SKI- 1/S1P inhibitors. In a first aim we have analysed the relevance of cleavage motifs found in the enzyme prodomain. Using molecular and biochemistry tools we have identified and characterized a novel C' maturation site. Furthermore, we found that SKI-1/SlP autoprocessing results in intermediates whose catalytic domain remains associated with prodomain fragments of different lengths. Contrasting with other proprotein convertases, incompletely matured intermediates of SKI-1/SlP exhibit full catalytic activity toward selected substrates. In a second aim, we turned our attention to the structural basis of SKI-1/SlP N- terminus assisted folding. Studying the folding and activity of prodomain-truncated forms of the enzyme we found that a minimal folding unit is contained in the AB region. Deletion of the BC sequence affected auto-maturation but not folding, and partial activity was retained. However, the BC region seemed required for complete and full activity. Phylogenetic analyses showed that the AB sequence is highly conserved, while the BC fragment is variable in sequence and length. Specifically, replacement of the human prodomain with that of Drosophila, resulted in a fully mature and active chimeric enzyme, suggesting an evolution process of SKI-1/SlP prodomain towards a more complex arrangement and steps of activation. Overall, the additional data we have produced might provide fundamental knowledge crucial for the development of novel SKI-1/SlP inhibitors while also providing new SKI- 1/S1P variants with potential use in crystallization purpose. -- SKI-l/SlP est une protéase membre de la famille des proprotéines convertases (PCs), avec plusieurs fonctions dans le métabolisme cellulaire et de l'homéostasie. Il est responsable pour la maturation de plusieurs substrats cellulaires, y compris ATF6, SREBPs et GlcNAc-1-phosphotranspherase. SKI-l/SlP est également responsable pour la maturation de la glycoprotéine des arénavirus, une exigence stricte pour atteindre des virions infectieuse. Synthétisé comme un zymogène inactif, SKI-l/SlP nécessite d'un traitement autocatalytique séquentiel sur plusieurs sites (B'/B et C) de son prodomaine afin de devenir pleinement active. Notre projet était axé sur l'analyse de SKI-l/SlP prodomaine dans la biogenèse de l'enzyme. Dans ce contexte, nous avons développé un nouveau senseur-cellulaire pour l'évaluation de l'activité de l'enzyme. Ce dernier pourrait avoir une potentielle application dans l'identification de nouveaux inhibiteurs de SKI-l/SlP. Premièrement, nous avons analysé la pertinence des motifs de clivage trouvés dans le prodomaine de l'enzyme. En utilisant des outils moléculaires et biochimiques, nous avons identifié et caractérisé un nouveau site de maturation (C'). Aussi, nous avons constaté que la maturation de SKI-l/SlP a des intermédiaires dont le domaine catalytique reste associé à des fragments du prodomaine de différentes longueurs. Contrastant avec d'autres PCs, les intermédiaires partiellement matures de SKI-1 / SIP présentent une activité catalytique complète envers des substrats spécifiques. Dans un deuxième but nous avons tourné notre attention sur la base structurelle du pliage de SKI-l/SlP assisté par son N-terminus: En étudiant l'activité et pliage des formes tronquées dans le prodomaine de l'enzyme, nous avons constaté qu'une unité de pliage minimale est contenue dans la région de l'AB. La suppression de la séquence d'auto-BC affecte la maturation mais pas le pliage, et l'activité partielle est maintenue. Cependant, la région BC semble nécessaire pour une activité complète. Les analyses phylogénétiques ont montré que la séquence AB est fortement conservée, tandis que le fragment de BC est variable en longueur et en séquence. En particulier, le remplacement du prodomaine humain avec celui de la drosophile, a donné lieu à une enzyme chimérique complètement mature et active. Suggérant un processus d'évolution du prodomaine vers un arrangement et des mesures d'activation plus complexe. Globalement, ces donnees supplémentaires augment les connaissances fondamentales cruciales pour le développement de nouveaux inhibiteurs de SKI-1/ SIP, tout en offrant de nouvelles variantes SKI-1 / SIP dans le but d'obtenir la structure cristallographique de l'enzyme.
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Depuis quelques années, l’urbanisme tend à considérer de plus en plus la question patrimoniale. Au Québec, c’est suite à l’adoption, en 1980, de la Loi sur l’aménagement et l’urbanisme que fut formellement introduite la donne patrimoniale dans la pratique urbanistique. Bien que cette pratique tente aujourd’hui de poser la conservation du patrimoine bâti comme l’une de ses préoccupations, elle ne parvient pas à l’assumer complètement. En nous basant sur la définition du patrimoine urbain telle que proposée par Gustavo Giovannoni, nous voulons, par cette étude, amorcer une réflexion sur les enjeux d’une approche urbanistique du patrimoine urbain. Nous proposons dans un premier temps un survol de l’évolution de la notion de patrimoine urbain. Cette évolution est mise en relation avec la constitution d’un regard sur le patrimoine bâti québécois. Nous analysons, par la suite, trois moments clés dans la constitution d’un tel regard. La mise en contexte de la naissance de l’urbanisme québécois constitue, quant à elle, le troisième et avant-dernier volet de notre réflexion. À la lumière de cette analyse, nous considérons que le regard de l’urbaniste, posé sur le patrimoine bâti, témoigne encore aujourd’hui d’un désintérêt pour la forme. L’abandon du domaine du physico-spatial au profit d’une gestion rationnelle de la ville a engendré une méconnaissance des processus de constitution des ensembles bâtis et du rôle des formes spécialisées polarisantes. Une véritable approche urbanistique du patrimoine bâti ne saurait passer que par la reconnaissance des processus morphogénétiques des ensembles urbains anciens et de leur inscription dans la ville contemporaine.
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La leucémie myéloïde chronique (LMC) est un modèle d’évolution tumorale dans les cancers humains. Le processus d’évolution de la LMC de la phase chronique (PC) à la phase blastique (PB) est caractérisé par un arrêt de différenciation et l’acquisition de la capacité d’autorenouvellement incontrôlé d’une cellule souche ou d’un progéniteur hématopoïétique. La LMC en PB est associée à la présence d’anomalies génétiques additionnelles à la fusion BCR-ABL1 qui résulte de la translocation chromosomique t(9;22). Contrairement aux patients en PC, les patients en PB de la LMC n’obtiennent pas une réponse moléculaire complète à long terme avec 1’Imatinib mesylate, un inhibiteur de la tyrosine kinase (ITK) BCR-ABL1. De plus, les ITKs de deuxième et troisième générations sont moins efficaces en PB de la LMC lorsque les cellules leucémiques ont acquis une résistance au traitement indépendante des mutations de BCR-ABL1. Les mécanismes moléculaires des voies de signalisation impliquées dans la progression de la LMC en PB ne sont pas entièrement élucidés. Le but de notre travail est de caractériser de nouvelles anomalies génétiques dans la PB de la LMC. Nous avons identifié en cytogénétique, quatre nouvelles translocations chromosomiques : t(1;21)(p36;q22), t(7;17)(p15;q22), t(8;17)(q11;q22) et t(2;12)(q31;p13) dans les cellules leucémiques de patients en PB de la LMC résistants au traitement. En utilisant des techniques d'hybridation in situ en fluorescence, de RT-PCR et de séquençage, nous avons délimité les régions à investiguer au niveau des points de cassure et identifié un réarrangement de plusieurs gènes codant pour des facteurs de transcription importants lors de l’hématopoïèse tels que RUNX1, ETV6, PRDM16 et HOXA. L’altération de ces gènes pourrait expliquer l’arrêt de différenciation et/ou l’acquisition de la capacité d’autorenouvellement caractéristiques de la LMC en PB. Nous avons identifié les fusions RUNX1-PRDM16, MSI2-HOXA, MSI2-SOX17 et ETV6-HOXD11, respectivement associées aux translocations chromosomiques t(1;21), t(7;17), t(8;17) et t(2;12). Ces fusions génèrent différents transcrits alternatifs qui maintiennent et altèrent le cadre ouvert de lecture. L’analyse des séquences des transcrits chimériques identifiés dans ce projet, incluant RUNX1-PRDM16, MSI2-HOXA9, MSI2-HOXA10, MSI2-HOXA11 et ETV6-HOXD11, nous a permis de prédire les domaines fonctionnels potentiellement présents au niveau des protéines chimériques prédites. Les transcrits de fusion qui respectent le cadre ouvert de lecture peuvent générer des domaines fonctionnels des deux partenaires. C’est le cas des deux transcrits identifiés pour la fusion RUNX1-PRDM16 où le domaine de liaison à l’ADN RHD (Runt homology domain) de RUNX1 est fusionné avec la quasi-totalité des domaines de PRDM16. Les transcrits de fusion qui ne respectent pas le cadre ouvert de lecture donnent des formes tronquées des transcrits RUNX1, MSI2 et ETV6. La juxtaposition des régions promotrices de ces derniers en 5’ de leurs partenaires entraîne l’activation de la forme courte oncogénique de PRDM16 dans la t(1;21) ou de différents gènes HOXA/D dans les t(7;17) et t(2;12), ainsi que l’expression aberrante d’un nouveau transcrit alternatif de SOX17 dans la t(8;17). Notre étude nous a permis d’identifier de nouveaux gènes de fusion et/ou une activation de gènes qui pourraient coopérer avec la fusion BCR-ABL1 dans la progression de la LMC et être impliqués dans la résistance au traitement de la LMC en phase avancée. La caractérisation des événements génétiques associés à la transformation blastique de la LMC est essentielle pour l’investigation des voies moléculaires impliquées dans cette phase de la maladie. Investiguer la résistance au traitement de ces patients pourrait aussi contribuer à identifier de nouvelles cibles thérapeutiques dans cette leucémie.
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La duplication est un des évènements évolutifs les plus importants, car elle peut mener à la création de nouvelles fonctions géniques. Durant leur évolution, les génomes sont aussi affectés par des inversions, des translocations (incluant des fusions et fissions de chromosomes), des transpositions et des délétions. L'étude de l'évolution des génomes est importante, notamment pour mieux comprendre les mécanismes biologiques impliqués, les types d'évènements qui sont les plus fréquents et quels étaient les contenus en gènes des espèces ancestrales. Afin d'analyser ces différents aspects de l'évolution des génomes, des algorithmes efficaces doivent être créés pour inférer des génomes ancestraux, des histoires évolutives, des relations d'homologies et pour calculer les distances entre les génomes. Dans cette thèse, quatre projets reliés à l'étude et à l'analyse de l'évolution des génomes sont présentés : 1) Nous proposons deux algorithmes pour résoudre des problèmes reliés à la duplication de génome entier : un qui généralise le problème du genome halving aux pertes de gènes et un qui permet de calculer la double distance avec pertes. 2) Nous présentons une nouvelle méthode pour l'inférence d'histoires évolutives de groupes de gènes orthologues répétés en tandem. 3) Nous proposons une nouvelle approche basée sur la théorie des graphes pour inférer des gènes in-paralogues qui considère simultanément l'information provenant de différentes espèces afin de faire de meilleures prédictions. 4) Nous présentons une étude de l'histoire évolutive des gènes d'ARN de transfert chez 50 souches de Bacillus.
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En este trabajo construimos un modelo de mercado financiero basado en un proceso telegráfico más un proceso de saltos para la valoración de opciones Europeas. Vamos a asumir que el tamaño de los saltos es constante y después que es aleatorio, en ambos casos estos saltos ocurren cuando la tendencia del mercado cambia. Estos modelos capturan la dinámica del mercado en periodos con presencia de ciclos financieros. Mostraremos la estructura del conjunto de medidas neutrales al riesgo, además, de fórmulas explícitas para los precios de las opciones Europeas de venta y compra.
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La presente monografía busca proveer elementos de análisis acerca del proceso de construcción de consejos comunales que ha tenido lugar en la Venezuela contemporánea. Por sus rasgos diferenciadores y llamativos, el caso particular escogido es el del Estado Táchira. El trabajo se enfocará en las características y modos de operación de los actores que ostentan un rol preponderante en el proceso. De igual modo, se recurrirá a los planteamientos teóricos fundamentales de Antonio Negri en lo relacionado con los conceptos de poder constituyente y poder constituido, con el objetivo de abordar las interacciones de dichos actores. Se afirma que la dinámica de colaboración-confrontación que distingue aquellas interacciones, se puede analizar a la luz del dualismo que protagonizan las manifestaciones de los poderes recién mencionados. Este aspecto arroja información valiosa para procurar la comprensión del fenómeno en cuestión.
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163 p.
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This paper is concerned with the existence of pullback attractors for evolution processes. Our aim is to provide results that extend the following results for autonomous evolution processes (semigroups) (i) An autonomous evolution process which is bounded, dissipative and asymptotically compact has a global attractor. (ii) An autonomous evolution process which is bounded, point dissipative and asymptotically compact has a global attractor. The extension of such results requires the introduction of new concepts and brings up some important differences between the asymptotic properties of autonomous and non-autonomous evolution processes. An application to damped wave problem with non-autonomous damping is considered. (C) 2009 Elsevier Ltd. All rights reserved.
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In this article we introduce the concept of a gradient-like nonlinear semigroup as an intermediate concept between a gradient nonlinear semigroup (those possessing a Lyapunov function, see [J.K. Hale, Asymptotic Behavior of Dissipative Systems, Math. Surveys Monogr., vol. 25, Amer. Math. Soc., 1989]) and a nonlinear semigroup possessing a gradient-like attractor. We prove that a perturbation of a gradient-like nonlinear semigroup remains a gradient-like nonlinear semigroup. Moreover, for non-autonomous dynamical systems we introduce the concept of a gradient-like evolution process and prove that a non-autonomous perturbation of a gradient-like nonlinear semigroup is a gradient-like evolution process. For gradient-like nonlinear semigroups and evolution processes, we prove continuity, characterization and (pullback and forwards) exponential attraction of their attractors under perturbation extending the results of [A.N. Carvalho, J.A. Langa, J.C. Robinson, A. Suarez, Characterization of non-autonomous attractors of a perturbed gradient system, J. Differential Equations 236 (2007) 570-603] on characterization and of [A.V. Babin, M.I. Vishik, Attractors in Evolutionary Equations, Stud. Math. Appl.. vol. 25, North-Holland, Amsterdam, 1992] on exponential attraction. (C) 2009 Elsevier Inc. All rights reserved.
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O objetivo deste trabalho é identificar os impactos do processo de internacionalização retomado no início da década de noventa e a construção do posicionamento estratégico brasileiro ao longo de todos os seus ciclos históricos. Este trabalho objetivou também identificar as dimensões da competitividade de uma nação e confrontá-las com o processo de evolução do comércio internacional através dos séculos, bem como, os efeitos do fenômeno da globalização e a aplicação das orientações do marketing internacional como referencial para a construção do posicionamento estratégico das nações. Concluímos que a competitividade das nações deve ser entendida e avaliada através dos resultados comparativos de sua produtividade e, conseqüentemente, do nível de qualidade de vida proporcionado aos seus cidadãos. A formulação de estratégias para a internacionalização da nação e suas indústrias pode viabilizar que estes objetivos, no campo da produtividade, sejam alcançados ou, caso sejam mal formulados, poderão distanciá-los da nação. Por este motivo, a competitividade nacional tomou-se uma das principais preocupações tanto para os governos que estão inseridos, como para os que se encontram em processo de inserção competitiva internacional.
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O presente estudo discute o movimento das privatizações recentemente ocorridas e seus impactos nas relações trabalhistas e sindicais brasileiras. A discussão está focada em estudo de caso de três organizações, pertencentes a ramos de negócio diferentes e busca entender os reflexos havidos nas relações entre os agentes SOCIaIS envolvidos: empregados, empregadores, gerentes, sindicatos e autoridades. O fenômeno estudado se situa a partir da década de noventa e trás conseqüências ao movimento trabalhista, ao emprego e às relações capital e trabalho pelo potencial de conflito que as privatizações apresentam. Para organizar o pensamento desenvolvemos uma abordagem histórica que mostra o desenvolvimento das relações trabalhistas, com as organizações aperfeiçoando os instrumentos de regulação de conflito e construindo, com os empregados, uma considerável experiência de convivência ainda que marcada por interesses imediatos conflitantes. Um pouco à frente observamos uma ruptura que é explicitada pela definição do modelo vigente, pela internacionalização da economia que é imposta como um determinismo histórico e pela necessidade de sobrevivência das empresas submetidas à globalização e competição sem fronteiras. Ainda procuramos entender o movimento de flexibilização dos direitos trabalhistas que de algum modo se constituem em obstáculo à equalização competitiva dos custos das empresas e estão a sofrer forte pressão para que possam se adequar às novas realidades econômicas e necessidades empresariais. Na narrativa dos fatos apontamos erros e acertos observados e, de forma crítica, sugerimos alternativas aos modelos políticos e gerenciais adotados.
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Em decorrência do atual processo de transformação da indústria do petróleo no Brasil, iniciado com base na Nova Lei do Petróleo - Lei n° 9.478, de 6 de agosto de 1997, assim como da respectiva abertura do mercado nacional, que poderá se consolidar a partir do ano 2001, são esperadas mudanças na estrutura da cadeia petrolífera brasileira. Tais modificações deverão ser causadas pelo aumento da concorrência, como conseqüência da entrada de novos agentes no setor, bem como entre o produto nacional e o importado, caracterizando um novo cenário de cunho competitivo no mercado de derivados de petróleo. Desta forma, a importação e exportação de petróleo e seus derivados por novos agentes, associado com a movimentação destes produtos e a utilização da infra-estrutura existente para transporte e armazenagem, são questões que merecem análises e considerações, sob a ótica da regulação. Dentro deste processo em curso, é fundamental a avaliação do grau da regulação, uma vez que os mercados legais, estruturados para a competição, atuam dentro de um contexto de regras preestabelecidas e que economias de mercado totalmente desregulamentadas podem acarretar sérias desigualdades para a sociedade. Esta dissertação tem por objetivo analisar quais são os principais fatores críticos, de cunho administrativo e econômico, que devem ser considerados na abertura do setor de transporte de petróleo e seus derivados a outros agentes, de modo a se obter uma efetiva transição para uma economia orientada pelo mercado, dentro do novo modelo de Estado Regulador. Trata-se de uma pesquisa explicativa, por explicitar tais fatores críticos, assim como exploratória, pois é realizada em área onde existe pouco conhecimento e experiência disponível no País, bem como bibliográfica e documental, uma vez que se apoia na consulta a leis, decretos, portarias, documentos de órgãos públicos, livros, artigos etc. O processo de investigação consiste no levantamento da evolução histórica do setor, até o momento atual, na pesquisa da legislação e regulamentação em vigor, dos princípios da teoria da regulação e da experiência internacional, na análise descritiva do setor de transportes nacional, limitando-se ao transporte marítimo e dutoviário de petróleo e derivados, efetuando uma análise crítica do setor frente à Lei 9.478/97 e a abertura do mercado. O estudo identifica os fatores críticos que permitem criar as condições para o estabelecimento de um mercado orientado pela competição, ou seja, a existência de elementos básicos como oferta, demanda, acessibilidade aos serviços pela sociedade, qualidade e segurança, informação sobre preço e utilização dos produtos ou serviços e adequada fiscalização pelo Estado. Tais fatores estão associados ao acesso a informações, ao controle de tarifas, ao estabelecimento de condições de entrada e saída do mercado, ao controle da qualidade dos serviços prestados e à criação de um ambiente de transição de um regime controlado para um regime de mercado competitivo.
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O objetivo dessa dissertação é analisar o processo evolutivo da subsidiária brasileira do setor de tecnologia de petróleo e gás, ao compreender quais são as suas características e de que forma que elas se modificaram ao longo do tempo. Para atender ao objetivo deste trabalho, foi realizada uma revisão da literatura sobre o tema na área de negócios internacionais, para entender quais são os fatores que influenciam os papéis desempenhados pelas subsidiárias em relação as matrizes e os mercados onde elas atuam. A partir do referencial teórico, foram selecionadas algumas tipologias tomadas como critério de análise e investigação do modo pelo qual ocorre a gestão da subsidiária. A pesquisa foi realizada por meio de um estudo de caso, com a participação de gestores da companhia que detivessem tempo de experiência suficiente para analisar o processo evolutivo da companhia desde o momento em que a FMC Technologies se instalou oficialmente no Brasil. Por fim, é feita uma análise dos resultados encontrados na pesquisa, e são confrontados com o referencial teórico apresentado. Por meio da análise, conclui-se que a subsidiária brasileira possui autonomia perante a matriz no que concerne ao seu processo decisório estratégico, fato este que está ligado a aspectos como o contexto interno da companhia, iniciativas tomadas pela própria subsidiária, e também por questões regulatórias no Brasil.