Efecto de coberturas muertas de follajes de tres especies de árboles de sombra sobre la reducción de grupos de malezas en el cultivo de café (Coffea arabica L.)

El presente trabajo evaluó el efecto de coberturas muertas procedentes de hojas y ramas podadas de las especies: Simarouba glauca D.C., Clusia rosea Jacq y Giricidia sepuim (Jacq) Steud., sobre la reducción de los grupos de malezas de una plantación de café (Coffea arabica L.), manejada bajo sombra. Para ello se estableció un ensayo en la finca La Nacional, Masatepe, Nicaragua; colocando en las parcelas experimentales, material vegetal cortado de cada una de estas especies, en tres diferentes grosores de cubrimiento. Las malezas procedentes de semillas y de retoños se mantuvieron controladas a los 17, 31, 45 y 65 días después de establecido el ensayo. El testigo promedio 385 individuos por m2 y los diferentes tratamientos promediaron 22 individuos por m2 en malezas de semillas. El testigo para malezas de retoños promedio 619 brotes por m2, los diferentes tratamientos promediaron 85.5 brotes por m2. En el muestreo para determinar biomasa fresca de malezas, hubo diferencias significativas en malezas de semillas y retoños, con promedios de 21 g/m2 para el testigo, comparado con 3 g/m2 para los m2 para los tratamientos en malezas de semillas y para malezas de retoños el testigo promedio 233 g/m2 y en los tratamientos promediaron 52 g/m2. En general los grosores dobles y triples alcanzaron a reducir mayormente las malezas.

Comportamiento de variedades de maíz en Masaya

El trabajo que aquí se presenta a manera de tesis consiste en la presentación de datos sobre 2 pruebas de variedades de maíz realizados en la primera época de siembra de 1962 y 1963 en Masaya. Los resultados indican la existencia de maíces de alto rendimiento en cada uno de los 3 grupos de precocidad en que se subdividió el conjunto de variedades probadas. Entre los maíces de grano blanco y tardíos, Rocamex H-507 como híbrido y Sintético Tuxpeño como variedad parecen ser los mas prometedores para alcanzar los mas altos rendimientos posibles en Masaya. Entre los maíces precoces, los híbridos triples Nicaragua H-1 y Nicaragua H-3 se comportaron como los mas rendidores en comparación con la variedad criolla de Masaya. Para el caso del Nicaragua H-1, se presentan ademas datos obtenidos en otros lugares de Nicaragua y Centro América, que confirman la superioridad demostrada en Masaya. No obstante la evidencia estadística significante encontrada para las diferencias de rendimiento de los maíces mencionados, se hace notar que aun no pueden usarse en escala comercial sin antes verificar los resultados de 1962 y 1963, en mas años y otros lugares de Masaya. Finalmente también se presentan algunos datos que revelan la importancia del cultivo del maíz en Masaya, así como se enumeran las modalidades y problemas del cultivo del maíz en Masaya. A manera de ilustración de las condiciones primitivas del cultivo del maíz en Masaya, también se mencionan algunas supersticiones que el campesino tiene en relación con el cultivo del maíz.

On reconstruction theorems in noncommutative Riemannian geometry

We present a novel account of the theory of commutative spectral triples and their two closest noncommutative generalisations, almost-commutative spectral triples and toric noncommutative manifolds, with a focus on reconstruction theorems, viz, abstract, functional-analytic characterisations of global-analytically defined classes of spectral triples. We begin by reinterpreting Connes's reconstruction theorem for commutative spectral triples as a complete noncommutative-geometric characterisation of Dirac-type operators on compact oriented Riemannian manifolds, and in the process clarify folklore concerning stability of properties of spectral triples under suitable perturbation of the Dirac operator. Next, we apply this reinterpretation of the commutative reconstruction theorem to obtain a reconstruction theorem for almost-commutative spectral triples. In particular, we propose a revised, manifestly global-analytic definition of almost-commutative spectral triple, and, as an application of this global-analytic perspective, obtain a general result relating the spectral action on the total space of a finite normal compact oriented Riemannian cover to that on the base space. Throughout, we discuss the relevant refinements of these definitions and results to the case of real commutative and almost-commutative spectral triples. Finally, we outline progess towards a reconstruction theorem for toric noncommutative manifolds.

Full cost accounting for the life cycle of coal.

Each stage in the life cycle of coal-extraction, transport, processing, and combustion-generates a waste stream and carries multiple hazards for health and the environment. These costs are external to the coal industry and are thus often considered "externalities." We estimate that the life cycle effects of coal and the waste stream generated are costing the U.S. public a third to over one-half of a trillion dollars annually. Many of these so-called externalities are, moreover, cumulative. Accounting for the damages conservatively doubles to triples the price of electricity from coal per kWh generated, making wind, solar, and other forms of nonfossil fuel power generation, along with investments in efficiency and electricity conservation methods, economically competitive. We focus on Appalachia, though coal is mined in other regions of the United States and is burned throughout the world.

Theoretical study on analytical potential function and spectroscopic parameters for CaF molecule

The equilibrium properties and potential energy curves of the ground electronic state of CaF have been calculated using the Brueckner Doubles calculation with a triples contribution added [BD(T)] and the gradient-corrected density functional theory with three-parameter exact exchange mixing (B3LY-P) method, with 6-311 + G*,6-311 + G(2df,2pd) and 6-311 + G(3df,3pd) basis sets. All the computational PECs are fitted to analytical potential energy functions using Murrell-Sorbie, Huxley and Tang-Toennies potentials. Based on this, the spectroscopic parameters are calculated, and then compared with some other theoretical and experimental data. (C) 2004 Elsevier B.V. All rights reserved.

Structures and vibrational spectra of C-2 and LaC2+ clusters

C-2 and LaC2+ were studied using Hartree-Fock(HF), B3LYP (Becke 3-paremeter-Lee-Yang-Parr) density functional method, second-order Moller-Plesset perturbation (MP2) and coupled cluster singles and doubles with non-iterative triples(CCSD(T)) methods. The basis set employed was LANL1DZ. Geometries, vibrational frequencies and other quantities were reported. The results showed that for C-2, all the methods performed well for low spin state (singlet), while only HF and B3LYP remained so for high spin state (triplet). For LaC2+, four isomers were presented and fully optimized. The results suggested that linear isomers with C-infinity v and D-infinity h symmetries were predicted to be saddle points on the energy surface for all the methods, while for isomers with C-2 upsilon and C-s symmetries, they were local minima except C-2 upsilon at B3LYP level, and were isoenergetic at HF, MP2 and CCSD(T) levels, near isoenergetic at B3LYP level. From the differences between HOMO and LUMO, it is also known that the isomers with C-2 upsilon and C-s symmetries offer the largest values and therefore correspond to the most stable structure. For La-C bond lengths, B3LYP gives the shortest, the order is B3LYP

RABBIT: A Compiler for SCHEME

We have developed a compiler for the lexically-scoped dialect of LISP known as SCHEME. The compiler knows relatively little about specific data manipulation primitives such as arithmetic operators, but concentrates on general issues of environment and control. Rather than having specialized knowledge about a large variety of control and environment constructs, the compiler handles only a small basis set which reflects the semantics of lambda-calculus. All of the traditional imperative constructs, such as sequencing, assignment, looping, GOTO, as well as many standard LISP constructs such as AND, OR, and COND, are expressed in macros in terms of the applicative basis set. A small number of optimization techniques, coupled with the treatment of function calls as GOTO statements, serve to produce code as good as that produced by more traditional compilers. The macro approach enables speedy implementation of new constructs as desired without sacrificing efficiency in the generated code. A fair amount of analysis is devoted to determining whether environments may be stack-allocated or must be heap-allocated. Heap-allocated environments are necessary in general because SCHEME (unlike Algol 60 and Algol 68, for example) allows procedures with free lexically scoped variables to be returned as the values of other procedures; the Algol stack-allocation environment strategy does not suffice. The methods used here indicate that a heap-allocating generalization of the "display" technique leads to an efficient implementation of such "upward funargs". Moreover, compile-time optimization and analysis can eliminate many "funargs" entirely, and so far fewer environment structures need be allocated at run time than might be expected. A subset of SCHEME (rather than triples, for example) serves as the representation intermediate between the optimized SCHEME code and the final output code; code is expressed in this subset in the so-called continuation-passing style. As a subset of SCHEME, it enjoys the same theoretical properties; one could even apply the same optimizer used on the input code to the intermediate code. However, the subset is so chosen that all temporary quantities are made manifest as variables, and no control stack is needed to evaluate it. As a result, this apparently applicative representation admits an imperative interpretation which permits easy transcription to final imperative machine code. These qualities suggest that an applicative language like SCHEME is a better candidate for an UNCOL than the more imperative candidates proposed to date.

Machine learning of functional class from phenotype data

Clare, A. and King R.D. (2002) Machine learning of functional class from phenotype data. Bioinformatics 18(1) 160-166

Boosting Nearest Neighbor Classifiers for Multiclass Recognition

This paper introduces an algorithm that uses boosting to learn a distance measure for multiclass k-nearest neighbor classification. Given a family of distance measures as input, AdaBoost is used to learn a weighted distance measure, that is a linear combination of the input measures. The proposed method can be seen both as a novel way to learn a distance measure from data, and as a novel way to apply boosting to multiclass recognition problems, that does not require output codes. In our approach, multiclass recognition of objects is reduced into a single binary recognition task, defined on triples of objects. Preliminary experiments with eight UCI datasets yield no clear winner among our method, boosting using output codes, and k-nn classification using an unoptimized distance measure. Our algorithm did achieve lower error rates in some of the datasets, which indicates that, in some domains, it may lead to better results than existing methods.

Vers un rééchelonnement de la citoyenneté en France et au Québec : les politiques de gestion de la diversité ethnique à Marseille et Montréal

La thèse analyse les recompositions de la citoyenneté dans un contexte de rééchelonnement de l’État en France et au Québec. L’argument est que, dans un tel contexte, la citoyenneté nationale se rééchelonne. Le cadre théorique consiste en une relecture institutionnelle du concept de rééchelonnement de l’État développé par N. Brenner ainsi que certains apports des travaux de J. Jenson et S. Phillips sur les régimes de citoyenneté. La thèse compare les évolutions de politiques de gestion de la diversité ethnique - centrales dans l’analyse de la citoyenneté - à Marseille et Montréal au travers des reconfigurations des rapports entre acteurs institutionnels prenant place à l’échelle locale. Nous montrons que l’État national reste un acteur important de la régulation de la citoyenneté et que les villes et les échelons locaux de l’État ont acquis une marge de manœuvre par rapport à l’État central dans la mise en place de politiques régulant la citoyenneté à l’échelle locale. Néanmoins, à l’issue de la comparaison, des différences se font jour. Au Québec, l’État central conserve un contrôle important sur les politiques instaurées à l’échelle locale alors que ceci est moins le cas en France. Ces résultats indiquent que le rééchelonnement de l’État est plus fortement institutionnalisé en France qu’au Québec. Les apports de la thèse sont triples. En premier lieu, nous montrons que l’approche institutionnelle du rééchelonnement de l’État permet de mieux décrire les processus à l’œuvre dans différents contextes nationaux que ne le permet la perspective de N. Brenner. En second lieu, nous démontrons que le concept de citoyenneté urbaine ne permet pas de rendre compte des mutations actuelles de la citoyenneté. Enfin, nous montrons que le rééchelonnement de la citoyenneté s’est institutionnalisé en France, dans un État où la conception de la citoyenneté est traditionnellement considérée comme « unitaire », nuançant ainsi cette catégorie classique en science politique.

Cardiologie nucléaire du 21ième siècle : nouveautés et réalités

Les maladies cardio-vasculaires demeurent une cause majeure de mortalité et morbidité dans les sociétés développées. La recherche de déterminants prédictifs d’évènements vasculaires représente toujours un enjeu d’actualité face aux coûts croissants des dépenses reliées aux soins médicaux et à l’élargissement des populations concernées, notamment face à l’occidentalisation des pays émergeants comme l’Inde, le Brésil et la Chine. La cardiologie nucléaire occupe depuis trente ans, une place essentielle dans l’arsenal des méthodes diagnostiques et pronostiques des cardiopathies. De plus, de nouvelles percées permettront de dépister d’une façon plus précoce et précise, la maladie athérosclérotique cardiaque et périphérique chez les populations atteintes ainsi qu’en prévention primaire. Nous présenterons dans cette thèse, deux approches nouvelles de la cardiologie nucléaire. La dysfonction endothéliale est considérée comme le signal pathologique le plus précoce de l’athérosclérose. Les facteurs de risques cardiovasculaires traditionnels atteignent la fonction endothéliale et peuvent initier le processus d’athérosclérose même en l’absence de lésion endothéliale physique. La quantification de la fonction endothéliale coronarienne comporte donc un intérêt certain comme biomarqueur précoce de la maladie coronarienne. La pléthysmographie isotopique, méthodologie développée lors de ce cycle d’étude, permet de quantifier la fonction endothéliale périphérique, cette dernière étant corrélée à la fonction endothéliale coronarienne. Cette méthodologie est démontrée dans le premier manuscrit (Harel et. al., Physiol Meas., 2007). L’utilisation d’un radiomarquage des érythrocytes permet la mesure du flot artériel au niveau du membre supérieur pendant la réalisation d’une hyperémie réactive locale. Cette nouvelle procédure a été validée en comparaison à la pléthysmographie par jauge de contrainte sur une cohorte de 26 patients. Elle a démontré une excellente reproductibilité (coefficient de corrélation intra-classe = 0.89). De plus, la mesure du flot artérielle pendant la réaction hyperémique corrélait avec les mesure réalisées par la méthode de référence (r=0.87). Le deuxième manuscrit expose les bases de la spectroscopie infrarouge comme méthodologie de mesure du flot artériel et quantification de la réaction hyperémique (Harel et. al., Physiol Meas., 2008). Cette étude utilisa un protocole de triples mesures simultanées à l’aide de la pléthysmographie par jauge de contrainte, radio-isotopique et par spectroscopie infrarouge. La technique par spectroscopie fut démontrée précise et reproductible quant à la mesure des flots artériels au niveau de l’avant-bras. Cette nouvelle procédure a présenté des avantages indéniables quant à la diminution d’artéfact et à sa facilité d’utilisation. Le second volet de ma thèse porte sur l’analyse du synchronisme de contraction cardiaque. En effet, plus de 30% des patients recevant une thérapie de resynchronisation ne démontre pas d’amélioration clinique. De plus, ce taux de non-réponse est encore plus élevé lors de l’utilisation de critères morphologiques de réponse à la resynchronisation (réduction du volume télésystolique). Il existe donc un besoin urgent de développer une méthodologie de mesure fiable et précise de la dynamique cardiaque. Le troisième manuscrit expose les bases d’une nouvelle technique radio-isotopique permettant la quantification de la fraction d’éjection du ventricule gauche (Harel et. al. J Nucl Cardiol., 2007). L’étude portant sur 202 patients a démontré une excellente corrélation (r=0.84) avec la méthode de référence (ventriculographie planaire). La comparaison avec le logiciel QBS (Cedar-Sinai) démontrait un écart type du biais inférieur (7.44% vs 9.36%). De plus, le biais dans la mesure ne démontrait pas de corrélation avec la magnitude du paramètre pour notre méthodologie, contrairement au logiciel alterne. Le quatrième manuscrit portait sur la quantification de l’asynchronisme intra-ventriculaire gauche (Harel et. al. J Nucl Cardiol, 2008). Un nouveau paramètre tridimensionnel (CHI: contraction homogeneity index) (médiane 73.8% ; IQ 58.7% - 84.9%) permis d’intégrer les composantes d’amplitude et du synchronisme de la contraction ventriculaire. La validation de ce paramètre fut effectuée par comparaison avec la déviation standard de l’histogramme de phase (SDΦ) (médiane 28.2º ; IQ 17.5º - 46.8º) obtenu par la ventriculographie planaire lors d’une étude portant sur 235 patients. Ces quatre manuscrits, déjà publiés dans la littérature scientifique spécialisée, résument une fraction des travaux de recherche que nous avons effectués durant les trois dernières années. Ces travaux s’inscrivent dans deux axes majeurs de développement de la cardiologie du 21ième siècle.

L'accélération de la rigidité vasculaire associée au diabète de type 1 : implication de la protéine Gla de la matrice

L'hypertension systolique isolée (HSI), amenée par une augmentation de la rigidité vasculaire, est la forme d'hypertension la plus fréquente chez les personnes âgées de plus de 60 ans. L'augmentation de la rigidité vasculaire, causée en partie par la calcification aortique médiale, est accélérée de 15 ans chez les diabétiques. Il est suggéré que la calcification aortique serait responsable de la résistance aux agents antihypertenseurs chez les patients souffrant d'HSI, d'où la nécessité de développer de nouvelles stratégies thérapeutiques ciblant la calcification artérielle. La protéine Gla de la matrice (MGP) est une protéine anti-calcifiante dépendante de la vitamine K, qui doit être γ-carboxylée pour être active. Deux enzymes sont responsables de la γ-carboxylation, soit la γ-glutamyl-carboxylase et la vitamine K époxyde réductase (VKOR). Plusieurs études récentes ont indiqué que la calcification vasculaire semblait être associée à une réduction de la γ-carboxylation de la MGP, et à un déficit en vitamine K. La modulation de l'expression et/ou de l'activité de la γ-carboxylase et de la VKOR et l'impact de cette modulation sur la γ-carboxylation de la MGP en présence de diabète n'est pas connue. L'objectif principal de cette thèse était de déterminer les mécanismes impliqués dans l'accélération de la rigidité artérielle causée par la calcification des gros troncs artériels dans le diabète. Nous avons ainsi confirmé, dans un modèle animal de rigidité artérielle en présence de diabète de type 1, que la γ-carboxylation de la MGP était bel et bien altérée au niveau aortique. En fait, nous avons démontré que la quantité de MGP active (i.e. MGP γ-carboxylée, cMGP) au sein de la paroi vasculaire est diminuée significativement. Parallèlement, l'expression de la γ-carboxylase était diminuée de façon importante, alors que ni l'expression ni l'activité de la VKOR n'étaient modifiées. La diminution de l'expression de la γ-carboxylase a pu être reproduite dans un modèle ex vivo d'hyperglycémie. À l'aide de ce modèle, nous avons démontré que la supplémentation en vitamine K dans le milieu de culture prévenait la diminution de l'expression de la γ-carboxylase, alors que les animaux diabétiques de notre modèle in vivo avaient des concentrations plasmatiques de vitamine K pratiquement triplées. D'autre part, l'étude des voies de signalisation impliquées a révélé que la voie PKCβ pourrait être responsable de l'altération de la γ-carboxylase. Ces résultats génèrent de nouvelles pistes de réflexion et de nouvelles idées de recherche. Par exemple, il serait important de vérifier l'effet de la supplémentation en vitamine K dans le modèle animal de rigidité artérielle en présence de diabète pour évaluer l'effet sur la γ-carboxylation de la MGP et par le fait même, sur la calcification vasculaire. De plus, l'évaluation de l'effet de l'administration de molécules ciblant la voie PKC chez ce même modèle animal permettrait de déterminer leur impact sur le développement de la calcification vasculaire et d'évaluer leur potentiel thérapeutique. Selon les résultats de ces études, de nouvelles options pourraient alors être à notre disposition pour prévenir ou traiter la calcification artérielle médiale associée au diabète, ce qui aurait pour effet de ralentir le développement de la rigidité artérielle et d'ainsi diminuer le risque cardiovasculaire associé à l'HSI.

Caractérisation structurale et thermodynamique de la reconnaissance du substrat par le ribozyme VS de Neurospora

Les interactions ARN/ARN de type kissing-loop sont des éléments de structure tertiaire qui jouent souvent des rôles clés chez les ARN, tant au niveau fonctionnel que structural. En effet, ce type d’interaction est crucial pour plusieurs processus dépendant des ARN, notamment pour l’initiation de la traduction, la reconnaissance des ARN antisens et la dimérisation de génome rétroviral. Les interactions kissing-loop sont également importantes pour le repliement des ARN, puisqu’elles permettent d’établir des contacts à longue distance entre différents ARN ou encore entre les domaines éloignés d’un même ARN. Ce type d’interaction stabilise aussi les structures complexes des ARN fonctionnels tels que les ARNt, les riborégulateurs et les ribozymes. Comme d’autres ARN fonctionnels, le ribozyme VS de Neurospora contient une interaction kissing-loop importante. Celle-ci est impliquée dans la reconnaissance du substrat et se forme entre la tige-boucle I (stem-loop I, SLI) du substrat et la tige-boucle V (stem-loop V, SLV) du domaine catalytique. Des études biochimiques ont démontré que l’interaction kissing-loop I/V, dépendante du magnésium, implique trois paires de bases Watson-Crick (W-C). De plus, cette interaction est associée à un réarrangement de la structure du substrat, le faisant passer d’une conformation inactive dite unshifted à une conformation active dite shifted. Les travaux présentés dans cette thèse consistent en une caractérisation structurale et thermodynamique de l’interaction kissing-loop I/V du ribozyme VS, laquelle est formée de fragments d’ARN représentant les tige-boucles I et V dérivées du ribozyme VS (SLI et SLV). Cette caractérisation a été réalisée principalement par spectroscopie de résonance magnétique nucléaire (RMN) et par titrage calorimétrique isotherme (isothermal titration calorimetry, ITC) en utilisant différents complexes SLI/SLV dans lesquels l’ARN SLV est commun à tous les complexes, alors que différentes variations de l’ARN SLI ont été utilisées, soit en conformation shiftable ou preshifted. Les données d’ITC ont permis de démontrer qu’en présence d’une concentration saturante de magnésium, l’affinité d’un substrat SLI preshifted pour SLV est extrêmement élevée, rendant cette interaction plus stable que ce qui est prédit pour un duplexe d’ARN équivalent. De plus, l’étude effectuée par ITC montre que des ARN SLI preshifted présentent une meilleure affinité pour SLV que des ARN SLI shiftable, ce qui a permis de calculer le coût énergétique associé au réarrangement de structure du substrat. En plus de confirmer la formation des trois paires de bases W-C prédites à la jonction I/V, les études de RMN ont permis d’obtenir une preuve structurale directe du réarrangement structural des substrats SLI shiftable en présence de magnésium et de l’ARN SLV. La structure RMN d’un complexe SLI/SLV de grande affinité démontre que les boucles terminales de SLI et SLV forment chacune un motif U-turn, ce qui facilite l’appariement W-C intermoléculaire. Plusieurs autres interactions ont été définies à l’interface I/V, notamment des triplets de bases, ainsi que des empilements de bases. Ces interactions contribuent d’ailleurs à la création d’une structure présentant un empilement continu, c’est-à-dire qui se propage du centre de l’interaction jusqu’aux bouts des tiges de SLI et SLV. Ces études de RMN permettent donc de mieux comprendre la stabilité exceptionnelle de l’interaction kissing-loop I/V au niveau structural et mènent à l’élaboration d’un modèle cinétique de l’activation du substrat par le ribozyme VS. En considérant l’ensemble des données d’ITC et de RMN, l’étonnante stabilité de l’interaction I/V s’explique probablement par une combinaison de facteurs, dont les motifs U-turn, la présence d’un nucléotide exclu de la boucle de SLV (U700), la liaison de cations magnésium et l’empilement de bases continu à la jonction I/V.

Mécanismes de résistance aux inhibiteurs de CCR5

Le travail décrit dans ce manuscrit vise à caractériser les voies de résistance aux inhibiteurs de CCR5. Lors d’une première étape, nous avons développé un test phénotypique clonal nous permettant d’une part d’identifier le tropisme viral et d’autre part de mesurer la résistance aux inhibiteurs des CCR5. Des virus à tropisme R5 ou X4 représentant aussi peu que 0,4% d’un mélange de populations virales sont détectables par ce test, démontrant ainsi sa sensibilité. De plus, grâce à son approche clonale, cette technique permet de différencier les virus à tropisme double de populations virales mixtes. Par la suite, nous avons étudié l’impact des mutations dans les régions variables de la protéine gp120 de l’enveloppe du virus VIH-1 sur la résistance aux inhibiteurs de CCR5. Pour ce faire, nous avons généré des virus résistants par passage des isolats CC1/85 et BAL, en présence de concentrations sous-inhibitrices de maraviroc (MVC) et vicriviroc (VCV). Après quelques passages du virus CC1/85 en présence de MVC, certaines sont apparues dans differentes régions de la gp120. Par la suite, nous avons sélectionné trois mutations dans les domaines variables de la gp 120, V169M en V2, L317W en V3 et I408T en V4 pour construire des virus contenant des mutations simples, doubles et triples afin d’évaluer la contribution des mutations individuelles ou combinées au phénotype de résistance. Nous avons déterminé la sensibilité de chaque mutant à MVC et VCV, le pourcentage d’infectivité et le tropisme viral par rapport au phénotype sauvage. Tous les mutants ont conservé le tropisme R5 et ont montré une diminution d’infectivité par rapport au contrôle. Nos résultats ont montré que les mutants qui portent des mutations en V4 (I408T) ont eu le plus d'impact sur la susceptibilité au MVC. Finalement, nous avons voulu évaluer l’activité antivirale d’un nouvel inhibiteur de CCR5, VCH-286 avec d’autres inhibiteurs de CCR5 tels que MVC et VVC ainsi que ses interactions avec des médicaments représentatifs de différentes classes d’antirétroviraux ARV employés en clinique pour traiter le HIV/SIDA., afin d’évaluer si ces médicaments pourraient être utilisés dans un même régime thérapeutique. Nous avons tout d’abord évalué indépendamment l’activité antivirale des trois inhibiteurs de CCR5 : VCH-286, MVC et VVC. Par la suite nous avons évalué les interactions de VCH-286 avec MVC et VVC. Finalement nous avons évalué les interactions de VCH-286 avec d’autres médicaments antirétroviraux. Ces études ont montré que VCH-286 est un inhibiteur puissant de CCR5 avec une activité antivirale in vitro de l’ordre du nanomolaire et des interactions médicamenteuses favorables avec la majorité des ARV tels que les inhibiteurs de transcriptase inverse, de protéase, d’intégrase, et de fusion employés en clinique pour traiter le VIH/SIDA et des interactions allant de synergie à l'antagonisme avec les inhibiteurs de CCR5. Nos résultats montrent que la plasticité de l’enveloppe virale du VIH-1 a des répercussions sur la résistance aux inhibiteurs de CCR5, le tropisme et la possible utilisation de ces molécules en combinaison avec d’autres molécules appartenant à la même classe.

Études structurales par résonance magnétique nucléaire du ribozyme VS de Neurospora

Le ribozyme VS de Neurospora catalyse des réactions de clivage et de ligation d’un lien phosphodiester spécifique essentielles à son cycle de réplication. Il est formé de six régions hélicales (I à VI), qui se divisent en deux domaines, soit le substrat (SLI) et le domaine catalytique (tiges II à VI). Ce dernier comprend deux jonctions à trois voies qui permettent de reconnaître le substrat en tige-boucle de façon spécifique. Ce mode de reconnaissance unique pourrait être exploité pour cibler des ARN repliés pour diverses applications. Bien que le ribozyme VS ait été caractérisé biochimiquement de façon exhaustive, aucune structure à haute résolution du ribozyme complet n’a encore été publiée, ce qui limite la compréhension des mécanismes inhérents à son fonctionnement. Précédemment, une approche de divide-and-conquer a été initiée afin d’étudier la structure des sous-domaines importants du ribozyme VS par spectroscopie de résonance magnétique nucléaire (RMN) mais doit être complétée. Dans le cadre de cette thèse, les structures de la boucle A730 et des jonctions III-IV-V et II-III-VI ont été déterminées par spectroscopie RMN hétéronucléaire. De plus, une approche de spectroscopie RMN a été développée pour la localisation des ions divalents, tandis que diverses approches de marquage isotopique ont été implémentées pour l’étude d’ARN de plus grandes tailles. Les structures RMN de la boucle A730 et des deux jonctions à trois voies révèlent que ces sous-domaines sont bien définis, qu’ils sont formés de plusieurs éléments structuraux récurrents (U-turn, S-turn, triplets de bases et empilement coaxial) et qu’ils contiennent plusieurs sites de liaison de métaux. En outre, un modèle du site actif du ribozyme VS a été construit sur la base des similarités identifiées entre les sites actifs des ribozymes VS et hairpin. Dans l’ensemble, ces études contribuent de façon significative à la compréhension de l’architecture globale du ribozyme VS. De plus, elles permettront de construire un modèle à haute résolution du ribozyme VS tout en favorisant de futures études d’ingénierie.