Caractérisation biochimique du complexe Smc5-6

Les membres de la famille SMC (Structural Maintenance of Chromosomes), présents dans tous les domaines de la vie, sont impliqués dans des processus allant de la cohésion des chromatides-sœurs jusqu’à la réparation de l’ADN. Chacun des membres de cette famille, composée de 6 membres (Smc1 à Smc6), s’associe avec un autre membre ainsi qu’à des sous-unités non-SMC pour former 3 complexes : cohésine, condensine et Smc5-6. L’implication du complexe Smc5-6 dans plusieurs aspects du maintien de l’intégrité génomique est bien démontrée. Néanmoins, une question fondamentale concernant ce complexe demeure encore sans réponse: comment peut-il être impliqué dans autant d’aspects de la vie d’une cellule? Encore à ce jour, il est difficile de répondre à cette question en raison du manque d’information disponible au sujet des activités biochimiques de ce complexe. C’est pourquoi l’objectif de ce travail consiste en la caractérisation biochimique du complexe Smc5-6. La biochimie de cohésine et condensine suggère diverses possibilités en ce qui a trait aux activités biochimiques du complexe Smc5-6. La première étape de mon projet fut donc d’élaborer une procédure pour la purification de Smc5 et Smc6 après surexpression en levure. Après plusieurs expériences, il apparut clair que les deux protéines possèdent une activité de liaison à l’ADN simple brin (ADNsb) ainsi qu’à l’ADN double brins (ADNdb) et que, même si les protéines peuvent se lier aux deux types d’ADN, elles possèdent une plus grande affinité pour l’ADNsb. De plus, ces expériences permirent de démontrer que l’interaction entre Smc5 ou Smc6 et l’ADNsb est très stable, alors que l’interaction avec l’ADNdb ne l’est pas. Suite à l’obtention de ces résultats, la seconde étape fut la détermination de la ou des partie(s) de Smc5 et Smc6 permettant la liaison à l’ADN. Pour répondre à cette question, une dissection moléculaire fut réalisée, suivi d’une caractérisation des différents domaines constituants Smc5 et Smc6. De cette façon, il fut possible de démontrer qu’il existe deux sites de liaison à l’ADN sur Smc5 et Smc6 ; le premier site se trouvant dans le domaine «hinge» ainsi que dans la région adjacente du domaine «coiled-coil» et le second au niveau de la tête ATPase des deux protéines. Bien que les deux domaines puissent lier l’ADNsb, il fut démontré qu’une différence majeure existe au niveau de leur affinité pour ce type d’ADN. En effet, le domaine «hinge» possède une affinité plus forte pour l’ADNsb que la tête ATPase. De plus, cette dernière est incapable de lier l’ADNdb alors que le domaine «hinge» le peut. L’identification des sites de liaison à l’ADN sur Smc5 et Smc6 permettra de créer de nouveaux mutants possédant un défaut dans la liaison à l’ADN. Ainsi, l’étude du complexe Smc5-6 durant la réparation de l’ADN in vivo sera facilité.

MODELING VERY LONG BASELINE INTERFEROMETRIC IMAGES WITH THE CROSS-ENTROPY GLOBAL OPTIMIZATION TECHNIQUE

We present a new technique for obtaining model fittings to very long baseline interferometric images of astrophysical jets. The method minimizes a performance function proportional to the sum of the squared difference between the model and observed images. The model image is constructed by summing N(s) elliptical Gaussian sources characterized by six parameters: two-dimensional peak position, peak intensity, eccentricity, amplitude, and orientation angle of the major axis. We present results for the fitting of two main benchmark jets: the first constructed from three individual Gaussian sources, the second formed by five Gaussian sources. Both jets were analyzed by our cross-entropy technique in finite and infinite signal-to-noise regimes, the background noise chosen to mimic that found in interferometric radio maps. Those images were constructed to simulate most of the conditions encountered in interferometric images of active galactic nuclei. We show that the cross-entropy technique is capable of recovering the parameters of the sources with a similar accuracy to that obtained from the very traditional Astronomical Image Processing System Package task IMFIT when the image is relatively simple (e. g., few components). For more complex interferometric maps, our method displays superior performance in recovering the parameters of the jet components. Our methodology is also able to show quantitatively the number of individual components present in an image. An additional application of the cross-entropy technique to a real image of a BL Lac object is shown and discussed. Our results indicate that our cross-entropy model-fitting technique must be used in situations involving the analysis of complex emission regions having more than three sources, even though it is substantially slower than current model-fitting tasks (at least 10,000 times slower for a single processor, depending on the number of sources to be optimized). As in the case of any model fitting performed in the image plane, caution is required in analyzing images constructed from a poorly sampled (u, v) plane.

Maximum Series-Parallel Subgraph

Consider the NP-hard problem of, given a simple graph G, to find a series-parallel subgraph of G with the maximum number of edges. The algorithm that, given a connected graph G, outputs a spanning tree of G, is a 1/2-approximation. Indeed, if n is the number of vertices in G, any spanning tree in G has n-1 edges and any series-parallel graph on n vertices has at most 2n-3 edges. We present a 7/12 -approximation for this problem and results showing the limits of our approach.

All-loop anomalous dimensions in integrable λ-deformed σ-models

We calculate the all-loop anomalous dimensions of current operators in λ-deformed σ-models. For the isotropic integrable deformation and for a semi-simple group G we compute the anomalous dimensions using two different methods. In the first we use the all-loop effective action and in the second we employ perturbation theory along with the Callan–Symanzik equation and in conjunction with a duality-type symmetry shared by these models. Furthermore, using CFT techniques we compute the all-loop anomalous dimension of bilinear currents for the isotropic deformation case and a general G . Finally we work out the anomalous dimension matrix for the cases of anisotropic SU(2) and the two couplings, corresponding to the symmetric coset G/H and a subgroup H, splitting of a group G.

La lucha contra la selva. Percepciones y usos de la naturaleza entre los colonos misioneros. En: Avá, nº 15

En este artículo se presentan los esquemas generales en base a los que, los pequeños y medianos productores rurales de la provincia de Misiones, se relacionan con aquel ámbito que reconocen como “naturaleza”. El análisis de la lógica de la naturaleza se realiza distinguiendo espacios en que los productores se mueven en su vida cotidiana, y las distinciones de uso entre géneros. La lógica local de la naturaleza está directamente ligada al modelo de producción rural que predominó en la región durante todo el siglo XX, y comienza a tener transformaciones a partir de presencia local de discursos y propuestas ambientalistas.

Steiner trade spectra of complete partite graphs

The Steiner trade spectrum of a simple graph G is the set of all integers t for which there is a simple graph H whose edges can be partitioned into t copies of G in two entirely different ways. The Steiner trade spectra of complete partite graphs were determined in all but a few cases in a recent paper by Billington and Hoffman (Discrete Math. 250 (2002) 23). In this paper we resolve the remaining cases. (C) 2004 Elsevier B.V. All rights reserved.

Factorizations of some Groups of Lie Type of Lie Rank 4

Еленка Генчева, Цанко Генчев В настоящата работа се разглеждат крайни прости групи G , които могат да се представят като произведение на две свои собствени неабелеви прости подгрупи A и B. Всяко такова представяне G = AB е прието да се нарича факторизация на G, а тъй като множителите A и B са избрани да бъдат прости подгрупи на G, то разглежданите факторизации са известни още като прости факторизации на G. Тук се предполага, че G е проста група от лиев тип и лиев ранг 4 над крайно поле GF (q). Ключови думи: крайни прости групи, групи от лиев тип, факторизации на групи.

Études d'ingénierie du ribozyme VS de Neurospora

Les ribozymes sont des ARN catalytiques fréquemment exploités pour le développement d’outils biochimiques et d’agents thérapeutiques. Ils sont particulièrement intéressants pour effectuer l’inactivation de gènes, en permettant la dégradation d’ARNm ou d’ARN viraux associés à des maladies. Les ribozymes les plus utilisés en ce moment pour le développement d’agents thérapeutiques sont les ribozymes hammerhead et hairpin, qui permettent la reconnaissance spécifique d’ARN simple brin par la formation de structures secondaires stables. In vivo, la majorité des ARN adoptent des structures secondaires et tertiaires complexes et les régions simples brins sont parfois difficiles d’accès. Il serait intéressant de pouvoir cibler des ARN repliés et un motif d’ARN intéressant à cibler est la tige-boucle d’ARN qui peut être importante dans le repliement global des ARN et pour accomplir des fonctions biologiques. Le ribozyme VS de Neurospora fait la reconnaissance de son substrat replié en tigeboucle de façon spécifique par une interaction kissing-loop, mais il n’a jamais été exploité pour faire la reconnaissance d’un ARN cible très différent de son substrat naturel. Le but des travaux présentés dans cette thèse est de déterminer si le ribozyme VS possède l’adaptabilité nécessaire pour l’ingénierie de ribozymes qui clivent des ARN cibles différents du substrat naturel. Dans le cadre de cette thèse, le ribozyme VS a été modifié pour l’adapter à différents substrats et des études de cinétiques ont été réalisées pour évaluer l’impact de ces modifications sur l’activité de clivage du ribozyme. Dans un premier temps, le ribozyme a été modifié pour faire la reconnaissance et le clivage de substrats possédant différentes longueurs de tiges Ib. Le ribozyme a été adapté avec succès à ces substrats de différentes longueurs de tige Ib, avec une activité qui est similaire à celle du ribozyme avec un substrat sans modification. Dans un deuxième temps, c’est l’interaction kissing-loop I/V du ribozyme qui a été substituée de façon rationnelle, dans le but de savoir si un ribozyme VS mutant peut reconnaitre et cliver un substrat ayant une boucle différente de celle de son substrat naturel. L’interaction kissing-loop I/V a été substituée pour les interactions kissing-loop TAR/TAR* de l’ARN du VIH-1 et L22/L88 de l’ARN 23S de Deinococcus radiodurans. La réaction de iii clivage des ribozymes comportant ces nouvelles interactions kissing-loop est toujours observée, mais avec une activité diminuée. Finalement, la sélection in vitro (SELEX) de ribozymes a été effectuée pour permettre un clivage plus efficace d’un substrat mutant avec une nouvelle boucle. Le SELEX a permis la sélection d’un ribozyme qui clive un substrat avec une boucle terminale mutée pour celle de l’ARN TAR du VIH-1 et cela avec une activité de clivage très efficace. L’ensemble de ces études démontre que le ribozyme VS peut être modifié de diverses façons pour la reconnaissance spécifique de différents substrats, tout en conservant une bonne activité de clivage. Ces résultats montrent le grand potentiel d’ingénierie du ribozyme VS et sont prometteurs pour la poursuite d’études d’ingénierie du ribozyme VS, en vue du clivage d’ARN cibles repliés en tige-boucle complètement différents du substrat naturel du ribozyme VS.

Études d'ingénierie du ribozyme VS de Neurospora

Les ribozymes sont des ARN catalytiques fréquemment exploités pour le développement d’outils biochimiques et d’agents thérapeutiques. Ils sont particulièrement intéressants pour effectuer l’inactivation de gènes, en permettant la dégradation d’ARNm ou d’ARN viraux associés à des maladies. Les ribozymes les plus utilisés en ce moment pour le développement d’agents thérapeutiques sont les ribozymes hammerhead et hairpin, qui permettent la reconnaissance spécifique d’ARN simple brin par la formation de structures secondaires stables. In vivo, la majorité des ARN adoptent des structures secondaires et tertiaires complexes et les régions simples brins sont parfois difficiles d’accès. Il serait intéressant de pouvoir cibler des ARN repliés et un motif d’ARN intéressant à cibler est la tige-boucle d’ARN qui peut être importante dans le repliement global des ARN et pour accomplir des fonctions biologiques. Le ribozyme VS de Neurospora fait la reconnaissance de son substrat replié en tigeboucle de façon spécifique par une interaction kissing-loop, mais il n’a jamais été exploité pour faire la reconnaissance d’un ARN cible très différent de son substrat naturel. Le but des travaux présentés dans cette thèse est de déterminer si le ribozyme VS possède l’adaptabilité nécessaire pour l’ingénierie de ribozymes qui clivent des ARN cibles différents du substrat naturel. Dans le cadre de cette thèse, le ribozyme VS a été modifié pour l’adapter à différents substrats et des études de cinétiques ont été réalisées pour évaluer l’impact de ces modifications sur l’activité de clivage du ribozyme. Dans un premier temps, le ribozyme a été modifié pour faire la reconnaissance et le clivage de substrats possédant différentes longueurs de tiges Ib. Le ribozyme a été adapté avec succès à ces substrats de différentes longueurs de tige Ib, avec une activité qui est similaire à celle du ribozyme avec un substrat sans modification. Dans un deuxième temps, c’est l’interaction kissing-loop I/V du ribozyme qui a été substituée de façon rationnelle, dans le but de savoir si un ribozyme VS mutant peut reconnaitre et cliver un substrat ayant une boucle différente de celle de son substrat naturel. L’interaction kissing-loop I/V a été substituée pour les interactions kissing-loop TAR/TAR* de l’ARN du VIH-1 et L22/L88 de l’ARN 23S de Deinococcus radiodurans. La réaction de iii clivage des ribozymes comportant ces nouvelles interactions kissing-loop est toujours observée, mais avec une activité diminuée. Finalement, la sélection in vitro (SELEX) de ribozymes a été effectuée pour permettre un clivage plus efficace d’un substrat mutant avec une nouvelle boucle. Le SELEX a permis la sélection d’un ribozyme qui clive un substrat avec une boucle terminale mutée pour celle de l’ARN TAR du VIH-1 et cela avec une activité de clivage très efficace. L’ensemble de ces études démontre que le ribozyme VS peut être modifié de diverses façons pour la reconnaissance spécifique de différents substrats, tout en conservant une bonne activité de clivage. Ces résultats montrent le grand potentiel d’ingénierie du ribozyme VS et sont prometteurs pour la poursuite d’études d’ingénierie du ribozyme VS, en vue du clivage d’ARN cibles repliés en tige-boucle complètement différents du substrat naturel du ribozyme VS.

Les cultes domestiques dans la Grèce antique : catalogue raisonné d’autels domestiques

Si la religion grecque a fait l’objet de nombreuses études, les informations concernant les rites domestiques se font plus discrètes. Nous avons donc tenté de présenter les traces archéologiques de ses cultes domestiques en nous concentrant sur un élément bien précis, les autels. Nous vous proposons donc dans ce mémoire de présenter un catalogue raisonné des autels domestiques de la Grèce antique. Celui-ci répertorie 140 autels domestiques, qu’ils soient de types fixes (construits) ou portatifs (arulae). Une analyse quantitative et qualitative des informations colligées dans le catalogue fait suite à ce dernier. Nous pouvons tirer quelques conclusions partielles suite à l’analyse de notre catalogue. Il est possible d’affirmer qu’il existe beaucoup plus d’autels portatifs que d’autels fixes. Les arulae n’ont pour la plupart pas été trouvés in situ, contrairement aux autels construits. La grande majorité des autels se trouvent dans la cour de la demeure ou contre un mur extérieur de la maison. Les autels portatifs, eux se retrouvent aussi dans diverses pièces de la maison, dont la pastas. La majorité des autels portatifs sont faits de terre-cuite, alors que les fixes sont tous faits de différentes pierres. Peu importe le type, la majorité des autels sont rectangulaires plutôt que circulaires. Très peu d’autels sont dédiés spécifiquement à un dieu et ceux attribués à Zeus Herkeios le sont seulement par leur position dans la cour de la demeure et non à cause d’un décor ou d’objets affiliés. Les autels autant portatifs que fixes peuvent porter un décor, allant d’une simple moulure à un riche décor rappelant les grands autels monumentaux des sanctuaires. Certains sont par contre nus et ont même des faces non travaillées. Nous détaillons dans la dernière section le cas de Zeus Ktésios et Zeus Kataibatès, comme nous possédons beaucoup d’informations pertinentes sur ces deux divinités et nous pouvons donc nous attarder sur leur culte. Il est par contre difficile de recréer des rites domestiques complets. Pour ce faire, il faudrait avoir accès aux catalogues complets des artéfacts retrouvés sur chaque site. Nous pourrions ainsi créer des assemblages et mettre en liens ces objets et les autels et tenter d’interpréter et de reconstituer ces différents rites domestiques.

Les cultes domestiques dans la Grèce antique : catalogue raisonné d’autels domestiques

Si la religion grecque a fait l’objet de nombreuses études, les informations concernant les rites domestiques se font plus discrètes. Nous avons donc tenté de présenter les traces archéologiques de ses cultes domestiques en nous concentrant sur un élément bien précis, les autels. Nous vous proposons donc dans ce mémoire de présenter un catalogue raisonné des autels domestiques de la Grèce antique. Celui-ci répertorie 140 autels domestiques, qu’ils soient de types fixes (construits) ou portatifs (arulae). Une analyse quantitative et qualitative des informations colligées dans le catalogue fait suite à ce dernier. Nous pouvons tirer quelques conclusions partielles suite à l’analyse de notre catalogue. Il est possible d’affirmer qu’il existe beaucoup plus d’autels portatifs que d’autels fixes. Les arulae n’ont pour la plupart pas été trouvés in situ, contrairement aux autels construits. La grande majorité des autels se trouvent dans la cour de la demeure ou contre un mur extérieur de la maison. Les autels portatifs, eux se retrouvent aussi dans diverses pièces de la maison, dont la pastas. La majorité des autels portatifs sont faits de terre-cuite, alors que les fixes sont tous faits de différentes pierres. Peu importe le type, la majorité des autels sont rectangulaires plutôt que circulaires. Très peu d’autels sont dédiés spécifiquement à un dieu et ceux attribués à Zeus Herkeios le sont seulement par leur position dans la cour de la demeure et non à cause d’un décor ou d’objets affiliés. Les autels autant portatifs que fixes peuvent porter un décor, allant d’une simple moulure à un riche décor rappelant les grands autels monumentaux des sanctuaires. Certains sont par contre nus et ont même des faces non travaillées. Nous détaillons dans la dernière section le cas de Zeus Ktésios et Zeus Kataibatès, comme nous possédons beaucoup d’informations pertinentes sur ces deux divinités et nous pouvons donc nous attarder sur leur culte. Il est par contre difficile de recréer des rites domestiques complets. Pour ce faire, il faudrait avoir accès aux catalogues complets des artéfacts retrouvés sur chaque site. Nous pourrions ainsi créer des assemblages et mettre en liens ces objets et les autels et tenter d’interpréter et de reconstituer ces différents rites domestiques.

Determinación experimental de g mediante un péndulo simple.

Una de las prácticas más sencillas es la de determinar la gravedad a través de un péndulo simple. Pero su realización exige afrontar la medida de dos magnitudes: tiempo y longitud que no son fáciles de medir con precisión. Es un método práctico, original y eficaz para medir el tiempo en un movimiento periódico que proporciona resultado muy concordantes y que admite ser empleado en casos en los que puedan realizarse sucesivas medidas del tiempo, como suele ser por ejemplo la comprobación de la uniformidad de un movimiento rectilíneo. Los resultados revelan muy claramente el peso que los errores de I y T tienen en el de una magnitud determinada indirectamente y a pesar del empeño el error es grande. I y T son dos péndulos utilizados con una pequeña variación en segundo. Finalmente, hemos deducido un valor de g. Para el lugar de la experiencia, aceptable. Aunque no hemos podido constatar que esta determinación haya sido realizada por otros autores en esta misma ciudad, no podemos comprobar nuestro valor frente a otros.

A simple syllogism-solving test: empirical findings and implications for g research

It has been reported that the ability to solve syllogisms is highly g-loaded. In the present study, using a self-administered shortened version of a syllogism-solving test, the BAROCO Short, we examined whether robust findings generated by previous research regarding IQ scores were also applicable to BAROCO Short scores. Five syllogism-solving problems were included in a questionnaire as part of a postal survey conducted by the Keio Twin Research Center. Data were collected from 487 pairs of twins (1021 individuals) who were Japanese junior high or high school students (ages 13–18) and from 536 mothers and 431 fathers. Four findings related to IQ were replicated: 1) The mean level increased gradually during adolescence, stayed unchanged from the 30s to the early 50s, and subsequently declined after the late 50s. 2) The scores for both children and parents were predicted by the socioeconomic status of the family. 3) The genetic effect increased, although the shared environmental effect decreased during progression from adolescence to adulthood. 4) Children's scores were genetically correlated with school achievement. These findings further substantiate the close association between syllogistic reasoning ability and g.

Reply to comment by A. G. J. Hilberts and P. A. Troch on "Influence of capillarity on a simple harmonic oscillating water table: Sand column experiments and modeling"

We thank Hilberts and Troch [2006] for their comment on our paper [Cartwright et al, 2005]. Before proceeding with our specific replies to the comments we would first like to clarify the definitions and meanings of equations (1)-(3) as presented by Hilberts and Troch [2006]. First, equation (1) is the fundamental definition of the (complex) effective porosity as derived by Nielsen and Perrochet [2000]. Equations (2) and (3), however, represent the linear frequency response function of the water table in the sand column responding to simple harmonic forcing. This function, which was validated by Nielsen and Perrochet [2000], provides an alternative method for estimating the complex effective porosity from the experimental sand column data in the absence of direct measurements of h_(tot) (which are required if equation (1) is to be used).

Estimating total cross sections from neutron-nucleus collisions using a simple functional form

Total cross sections for neutron scattering from nuclei, with energies ranging from 10 to 600 MeV and from many nuclei spanning the mass range 6Li to 238U, have been analyzed using a simple, three-parameter, functional form. The calculated cross sections are compared with results obtained by using microscopic (g-folding) optical potentials as well as with experimental data. The functional form reproduces those total cross sections very well. When allowance is made for Ramsauer-like effects in the scattering, the parameters of the functional form required vary smoothly with energy and target mass. They too can be represented by functions of energy and mass.