Regulation of gene expression in the dinoflagellate Lingulodinium polyedrum

Les dinoflagellés sont des eucaryotes unicellulaires que l’on retrouve autant en eau douce qu’en milieu marin. Ils sont particulièrement connus pour causer des fleurs d’algues toxiques nommées ‘marée-rouge’, ainsi que pour leur symbiose avec les coraux et pour leur importante contribution à la fixation du carbone dans les océans. Au point de vue moléculaire, ils sont aussi connus pour leur caractéristiques nucléaires uniques, car on retrouve généralement une quantité immense d’ADN dans leurs chromosomes et ceux-ci sont empaquetés et condensés sous une forme cristalline liquide au lieu de nucléosomes. Les gènes encodés par le noyau sont souvent présents en multiples copies et arrangés en tandem et aucun élément de régulation transcriptionnelle, y compris la boite TATA, n’a encore été observé. L’organisation unique de la chromatine des dinoflagellés suggère que différentes stratégies sont nécessaires pour contrôler l’expression des gènes de ces organismes. Dans cette étude, j’ai abordé ce problème en utilisant le dinoflagellé photosynthétique Lingulodinium polyedrum comme modèle. L. polyedrum est d’un intérêt particulier, car il a plusieurs rythmes circadiens (journalier). À ce jour, toutes les études sur l’expression des gènes lors des changements circadiens ont démontrées une régulation à un niveau traductionnel. Pour mes recherches, j’ai utilisé les approches transcriptomique, protéomique et phosphoprotéomique ainsi que des études biochimiques pour donner un aperçu de la mécanique de la régulation des gènes des dinoflagellés, ceci en mettant l’accent sur l’importance de la phosphorylation du système circadien de L. polyedrum. L’absence des protéines histones et des nucléosomes est une particularité des dinoflagellés. En utilisant la technologie RNA-Seq, j’ai trouvé des séquences complètes encodant des histones et des enzymes modifiant les histones. L polyedrum exprime donc des séquences conservées codantes pour les histones, mais le niveau d’expression protéique est plus faible que les limites de détection par immunodétection de type Western. Les données de séquençage RNA-Seq ont également été utilisées pour générer un transcriptome, qui est une liste des gènes exprimés par L. polyedrum. Une recherche par homologie de séquences a d’abord été effectuée pour classifier les transcrits en diverses catégories (Gene Ontology; GO). Cette analyse a révélé une faible abondance des facteurs de transcription et une surprenante prédominance, parmi ceux-ci, des séquences à domaine Cold Shock. Chez L. polyedrum, plusieurs gènes sont répétés en tandem. Un alignement des séquences obtenues par RNA-Seq avec les copies génomiques de gènes organisés en tandem a été réalisé pour examiner la présence de transcrits polycistroniques, une hypothèse formulée pour expliquer le manque d’élément promoteur dans la région intergénique de la séquence de ces gènes. Cette analyse a également démontré une très haute conservation des séquences codantes des gènes organisés en tandem. Le transcriptome a également été utilisé pour aider à l’identification de protéines après leur séquençage par spectrométrie de masse, et une fraction enrichie en phosphoprotéines a été déterminée comme particulièrement bien adapté aux approches d’analyse à haut débit. La comparaison des phosphoprotéomes provenant de deux périodes différentes de la journée a révélée qu’une grande partie des protéines pour lesquelles l’état de phosphorylation varie avec le temps est reliées aux catégories de liaison à l’ARN et de la traduction. Le transcriptome a aussi été utilisé pour définir le spectre des kinases présentes chez L. polyedrum, qui a ensuite été utilisé pour classifier les différents peptides phosphorylés qui sont potentiellement les cibles de ces kinases. Plusieurs peptides identifiés comme étant phosphorylés par la Casein Kinase 2 (CK2), une kinase connue pour être impliquée dans l’horloge circadienne des eucaryotes, proviennent de diverses protéines de liaison à l’ARN. Pour évaluer la possibilité que quelques-unes des multiples protéines à domaine Cold Shock identifiées dans le transcriptome puissent moduler l’expression des gènes de L. polyedrum, tel qu’observé chez plusieurs autres systèmes procaryotiques et eucaryotiques, la réponse des cellules à des températures froides a été examinée. Les températures froides ont permis d’induire rapidement un enkystement, condition dans laquelle ces cellules deviennent métaboliquement inactives afin de résister aux conditions environnementales défavorables. Les changements dans le profil des phosphoprotéines seraient le facteur majeur causant la formation de kystes. Les phosphosites prédits pour être phosphorylés par la CK2 sont la classe la plus fortement réduite dans les kystes, une découverte intéressante, car le rythme de la bioluminescence confirme que l’horloge a été arrêtée dans le kyste.

Analyse cinématique 3D de la coordination des articulations de l'épaule par l'entremise du rythme scapulo-huméral

L'épaule est souvent affectée par des troubles musculo-squelettiques. Toutefois, leur évaluation est limitée à des mesures qualitatives qui nuisent à la spécificité et justesse du diagnostic. L'analyse de mouvement tridimensionnel pourrait complémenter le traitement conventionnel à l'aide de mesures quantitatives fonctionnelles. L'interaction entre les articulations de l'épaule est estimée par le rythme scapulo-huméral, mais la variabilité prononcée qu'il affiche nuit à son utilisation clinique. Ainsi, l'objectif général de cette thèse était de réduire la variabilité de la mesure du rythme scapulo-huméral. L'effet de la méthode de calcul du rythme scapulo-huméral et des conditions d'exécution du mouvement (rotation axiale du bras, charge, vitesse, activité musculaire) ont été testées. La cinématique des articulations de l'épaule a été calculé par chaîne cinématique et filtre de Kalman étendu sur des sujets sains avec un système optoélectronique. La méthode usuelle de calcul du rythme scapulo-huméral extrait les angles d'élévation gléno-humérale et de rotation latérale scapulo-thoracique. Puisque ces angles ne sont pas co-planaires au thorax, leur somme ne correspond pas à l'angle d'élévation du bras. Une nouvelle approche de contribution articulaire incluant toutes les rotations de chaque articulation est proposée et comparée à la méthode usuelle. La méthode usuelle surestimait systématiquement la contribution gléno-humérale par rapport à la méthode proposée. Ce nouveau calcul du rythme scapulo-huméral permet une évaluation fonctionnelle dynamique de l'épaule et réduit la variabilité inter-sujets. La comparaison d'exercices de réadaptation du supra-épineux contrastant la rotation axiale du bras a été réalisée, ainsi que l'effet d'ajouter une charge externe. L'exercice «full-can» augmentait le rythme scapulo-huméral et la contribution gléno-humérale ce qui concorde avec la fonction du supra-épineux. Au contraire, l'exercice «empty-can» augmentait la contribution scapulo-thoracique ce qui est associé à une compensation pour éviter la contribution gléno-humérale. L'utilisation de charge externe lors de la réadaptation du supra-épineux semble justifiée par un rythme scapulo-huméral similaire et une élévation gléno-humérale supérieure. Le mouvement de l'épaule est souvent mesuré ou évalué en condition statique ou dynamique et passive ou active. Cependant, l'effet de ces conditions sur la coordination articulaire demeure incertain. La comparaison des ces conditions révélait des différences significatives qui montrent l'importance de considérer les conditions de mouvement pour l'acquisition ou la comparaison des données.

Facilitation de la procédure d’ablation de fibrillation auriculaire persistante après restauration du rythme sinusal pré-procédure : une étude multicentrique comparative

L’ablation de fibrillation auriculaire (FA) persistante est associée à des temps de procédure plus longs et à un moindre succès par rapport à l’ablation de FA paroxystique. Nous avons posé l’hypothèse que la restauration et le maintien du rythme sinusal ≥ 1 mois pré-procédure faciliteraient la terminaison de la FA et amélioreraient le succès de la procédure. Méthodes: Nous avons conduit une étude rétrospective comparant deux cohortes de patients consécutifs se présentant en FA persistante pour première ablation de FA : le groupe rythme sinusal (RS) avec restauration et maintien du rythme RS ≥ 1 mois pré-procédure (Groupe RS; N=40) et un groupe contrôle de patients en FA pré ablation (Groupe contrôle; N=40), apparié selon le sexe, l’âge, la longueur maximale de durée de FA. Une ablation de type en paliers (“stepwise”) a été réalisée dans les deux groupes (avec FA induite en début de procédure dans le groupe RS). Le succès a été défini par l’absence de récidive de FA ou de tachycardie atriale sans anti arythmique après un suivi minimal de 12 mois post procédure. Résultats: Durant la procédure de index d’ablation de FA, le cycle de FA était plus long dans le groupe RS par rapport au groupe contrôle (183±32 vs 166±20 ms, P=0.06) suggérant un remodelage inverse. Dans le groupe RS, la FA a été terminée plus fréquemment par l’ablation (95.0% vs 77.5%, P<0.05) et a demandé une ablation moins extensive avec moins d’ablation des électrocardiogrammes fragmentés (40.0% vs 87.5%, p<0.001) et moins de lésions linéaires (42.5% vs 82.5%, p<0.001). Les durées moyennes de procédure (199.8±69.8 vs 283.5±72.3 minutes, P<0.001), de fluoroscopie (51.0±24.9 vs 96.3±32.1 minutes, P<0.001), et de radiofréquence (47.5±18.9 vs 97.0±30.6 minutes, P<0.001) ont été plus courtes dans le groupe RS. Les succès cliniques ont été comparables dans les deux groupes après la première (55.0% vs 45.0%, P=0.28) et la dernière procédure (80.0% vs 70.0%, P=0.28), après une durée moyenne de suivi comparable (21.1±9.7 mois).

La forme du mouvement (sur la notion de rythme)

Cette réflexion autour de la notion de rythme a été motivée par le désir d'expliciter le rôle qu'il joue dans l'organisation du sens des œuvres littéraires. Elle s'est imposée en particulier pour décrire des textes — poésies contemporaines, proses — qui, ne présentant aucun signe évident de mesure régulière, semblent mettre en échec une conception du rythme fondée sur la régularité, qui a longtemps prévalu dans le domaine de la poétique.

Figurations et configurations du rythme : contours d’une poétique

À l'époque où, comme disait Valéry, les arts «admettaient» d'être soumis «à certaines formes ou modes obligatoires qui s'imposaient à toutes les œuvres du même genre, et qui pouvaient et devaient s'apprendre », les arts poétiques recelaient généralement force conseils sur la versification.

La modernité revue par le rythme

Compte rendu critique du livre « Poétiques de la modernité, 1895-1948 : essais » de Claude Filteau (Montréal : L'Hexagone, 1994).

Mathis Lussy et le rythme musical.

On cover: Publié par l'Association des musiciens suisses.

Le rythme musical; son origine, sa fonction, et son accentuation.

Mode of access: Internet.

Rythme et sujet : L'infini turbulent d'Henri Michaux

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Effets de l'amnioinfusion en présence de liquide amniotique méconial épais sur les anomalies du rythme cardiaque foetal

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Rythme et sujet : L'infini turbulent d'Henri Michaux

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Effets de l'amnioinfusion en présence de liquide amniotique méconial épais sur les anomalies du rythme cardiaque foetal

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Olivier Messiaenin väriharmoniat

Tutkielmassani käsittelen ranskalaisen säveltäjän Olivier Messiaenin (1908-1992) synestesiaan liittyvää harmonista ajattelua. Messiaen oli ääni-väri -synesteetikko, toisin sanoen hän näki kuulemansa musiikin väreinä. Tältä pohjalta hän kehitti monimutkaisten sointujen ja asteikkojen järjestelmän, jonka puitteissa hän pystyi ikään kuin maalaamaan musiikillaan haluamansa värit. Esittelen aluksi tämänhetkistä synestesiatutkimusta lähinnä kolmen vallitsevassa asemassa olevan päälinjan pohjalta. Näitä edustavat yhdysvaltalainen Richard Cytowic, britti Simon Baron-Cohen ja saksalainen Hinderk Emrich. Käyn läpi heidän määritelmänsä synestesiasta ja näkemyksiään synesteettisistä säveltäjistä. Messiaen on jossain määrin tuonut esiin musiikkinsa värejä lähes uransa alusta lähtien, mutta huomiot ovat yleensä olleet melko ylimalkaisia ja epäjärjestelmällisiä. Tuon esiin näitä eri lähteistä löytyneitä Messiaenin näkemyksiä ja kokemuksia tarkasteltuna Messiaenin henkilökohtaisen sävellysfilosofian pohjalta sekä tiettyihin Messiaenin sävellyksiin ja niiden harmonisiin rakenteisiin liittyen. Messiaenin kuoleman jälkeen vuosina 1994-2002 julkaistun seitsenosaisen teossarjan Traité de rythme, de couleur, et d'ornitologie viimeisessä osassa Messiaen esittää järjestelmällisesti kaikkien erikoissointujensa ja moodiensa värityksen. Tarkastelen Messiaenin käyttämiä harmonioita jakamalla ne yleisiin ja erikoissointuihin sekä moodeihin. Määritellessäni näitä harmonioita käytän metodina sävelluokkajoukkojen teoriaa, jonka avulla kaikki sävelyhdistelmät voidaan määritellä yksiselitteisesti. Esittelen joukkoteoriaa ja siihen liittyviä käsitteitä siinä määrin kuin se liittyy tutkielmaani, enkä siis yritäkään tuoda esiin analyysimetodia koko laajuudessaan. Olen rekonstruoinut visuaalisesti Messiaenin käyttämät noin 150 harmonista väriä, ja tutkielmani liitteenä olevalla CD-romilla esitän ne soivassa ja näkyvässä muodossa. Tällä CD-romilla on myös analyysiMessiaenin urkuteoksen Méditations sur le mystère de la Sainte Trinité 5. osan alusta, jossa tutkin käytännön tasolla värien ilmenemistä Messiaenin musiikissa. Tutkielmani keskeinen osa onkin tämä CD-rom, ja siitä ilmennee myös tutkielmani lähtökohta ja tavoite: luoda työkalu Messiaenin musiikin värisisältöjen hahmottamiseen.

Consequências do trabalho por turnos e nocturno em profissionais de enfermagem (estudo realizado em dois hospitais do norte de Portugal)

Dissertação de Mestrado apresentada à Universidade Fernando Pessoa como parte dos requisitos para obtenção do grau de Mestre em Psicologia.

Étude de profils psychomoteurs d'enfants à hauts potentiels intellectuels en difficulté d'apprentissage à l'école primaire française

Cette recherche professionnelle porte sur les profils psychomoteurs d'un échantillon de 83 enfants français, garçons et filles de 7, 8 et 9 ans à hauts potentiels intellectuels rencontrant des difficultés pour apprendre à l'école primaire. Elle est mise en oeuvre au moyen d'une méthodologie mixte. Née en France, la psychomotricité est un corpus paramédical qui propose une approche éducative et de remédiation des difficultés d'apprentissage, à partir d'une conception du développement psychomoteur qui considère que les interrelations entre les fonctionnements corporels, les éprouvés émotionnels et les cognitions sont primordiales et qu'elles se réalisent et sont accessibles via l'expérience corporelle globalisante. Ce construit, et les outils d'évaluation qui en découlent, c'est-à-dire le bilan psychomoteur, sont ici mobilisés pour décrire les profils adaptatifs d'enfants à hauts potentiels intellectuels en souffrance pour apprendre. Si les principaux travaux consacrés à ces enfants hors-normes et à leurs développements atypiques évoquent leur sensibilité et fragilité, ils sont trop souvent restreints aux seuls aspects du quotient intellectuel. Les apports de la psychomotricité peuvent donc les compléter. À partir de la description du dialogue tonicoémotionnel, qui inscrit le sujet dans la continuité biologiquepsychologique, l'expérience du corps, sous le double effet de la maturation neuromotrice et du bain environnemental, évolue vers la différenciation des fonctions psychomotrices qui permet la maîtrise gestuelle, la représentation du corps, de l'espace et du temps. Ces descriptions sont cohérentes avec d'autres conceptions multi-référencées qui reconnaissent aux émotions et à leur devenir un rôle important dans le développement, comme la théorie de l'attachement. Elles conduisent au repérage de troubles psychomoteurs. Ceux-ci peuvent friner l'accès aux apprentissages scolaires notamment l'écriture. Ce sont des perturbations de l'équilibre psychocorporel. Par définition et spécifiquement, ils ne répondent pas à une atteinte neurologique et expriment une souffrance psychique. L'analyse centrée sur les variables fournit une vision générale des données collectées. Les corrélations entre les 30 rubriques sont étudiées en les classant par sphères correspondant aux fonctions psychomotrices - motricité - rythme - espace - intégration corporelle - graphomotricité; puis par processus - tonicoémotionnel - sensori-perceptivo-moteur - cognitif - apprentissage explicité. Cette taxonomie éclaire les corrélations et donc les niveaux d'organisation. Ce premier traitement statistique débouche sur a) l'intérêt de la démarche globale en psychomotricité puisque toutes les rubriques étudiées se sont avérées troublées, b) l'apport de la prise en considération des dimensions tonicoémotionnelles, c) l'importance de l'articulation sensori-perceptivo-motrice et d) une confirmation des liens entre les compétences psychomotrices et l'écriture. La seconde étape est une classification hiérarchique ascendante puis une analyse factorielle des grappes. Elle dégage des résultats concernant des différences entre les organisations internes de ces enfants sous-réalisateurs, à partir des poids respectifs des facteurs 1) de la dyspraxie et de la dysgraphie, 2) de l'hyperactivité et de l'anxiété avec impulsivité et difficultés graphiques, 3) des troubles de la motricité large et fine et de l'expression émotionnelle, 4) des troubles spatiaux, 5) des troubles visuopraxiques et de l'intégration corporelle floue, 6) des troubles diffus et légers et 7) des troubles du rythme. Ainsi les cinq grappes sont décrites de manière dynamique comme caractérisées par 1) de bonnes compétences scripturales, des difficultés légères mais aussi des perturbations du tonus musculaire, 2) des tendances dysgraphiques pour des enfants maladroits et inquiets mais aussi avec des compétences préservées, qui se différencient 3) d'enfants franchement dysgraphiques avec des difficultés à se situer et manier les informations relatives à l'espace et au rythme, 4) d'enfants également dysgraphiques mais aussi hyperactifs, anxieux et manquant de référence spatio-temporelle, et 5) de sujets qui dysgraphiques, dyspraxiques, émotifs ont des tendances hyperactives et des incertitudes visuopraxiques. Ainsi à partir de la référence holistique-interactionniste, ces résultats confirment l'intérêt des approches globales et multi-référencées pour explorer les profils des enfants dont le développement n'est pas harmonieux et qui se trouvent confrontés à des difficultés pour apprendre dans le cadre scolaire.