The SPL7013 dendrimer destabilizes the HIV-1 gp120-CD4 complex

The poly (l-lysine)-based SPL7013 dendrimer with naphthalene disulphonate surface groups blocks the entry of HIV-1 into target cells and is in clinical trials for development as a topical microbicide. Its mechanism of action against R5 HIV-1, the HIV-1 variant implicated in transmission across individuals, remains poorly understood. Using docking and fully atomistic MD simulations, we find that SPL7013 binds tightly to R5 gp120 in the gp120-CD4 complex but weakly to gp120 alone. Further, the binding, although to multiple regions of gp120, does not occlude the CD4 binding site on gp120, suggesting that SPL7013 does not prevent the binding of R5 gp120 to CD4. Using MD simulations to compute binding energies of several docked structures, we find that SPL7013 binding to gp120 significantly weakens the gp120-CD4 complex. Finally, we use steered molecular dynamics (SMD) to study the kinetics of the dissociation of the gp120-CD4 complex in the absence of the dendrimer and with the dendrimer bound in each of the several stable configurations to gp120. We find that SPL7013 significantly lowers the force required to rupture the gp120-CD4 complex and accelerates its dissociation. Taken together, our findings suggest that SPL7013 compromises the stability of the R5 gp120-CD4 complex, potentially preventing the accrual of the requisite number of gp120-CD4 complexes across the virus-cell interface, thereby blocking virus entry.

Influencia de la rotación de cultivos y control de malezas sobre la cenosis y el crecimiento, desarrollo y rendimiento del cultivo de la soya (Glycine max (L) Merr) c.v. cristalina

Con el objetivo de determinar la influencia de dos rotaciones y tres métodos de control de malezas sobre el crecimiento, desarrollo y rendimiento de la soya se realizó un estudio en los terrenos de la Hacienda "Las Mercedes" en Managua, sobre un suelo de textura arcillosa. La siembra se realizó el siete de septiembre de 1990, utilizando un diseño en bloques completos al azar en parcelas divididas con cuatro réplicas. Siendo el factor "A": rotación; a3 = maíz, a4 = pepino; y el factor "B": Métodos de control de malezas; b1 = químico, b2 = período crítico, b3=limpia periódica. Los resultados reflejan que el cultivo antecedente maíz representa menor abundancia, cobertura y biomasa de malezas a la cosecha de la soya, siendo la especie más abundante Rottboellia cochinchinensis. El cultivo antecedente pepino presenta la menor diversidad, con mayor abundancia de la especie R. cochinchinensis seguida de Cyperus rotundus. Se obtuvieron diferencias significativas solamente en altura de planta a los 27 y 42 días después de la siembra a favor del cultivo antecedente maíz, también se obtuvo mayor número de plantas 39.4 pta/m2, altura de plantas 63.9 cm, número de vainas por plantas 13.92, número de ramas por planta 1.4, diámetro del tallo 3.98 mm, peso seco de paja 4824.5 kg/ha y rendimiento de grano 2289.42 kg/ha. Respecto a los métodos de control la menor abundancia, cobertura y biomasa de malezas se presentó en limpia periódica y el mayor valor el control químico fomesafén en post-emergencia. La diversidad al momento de la cosecha fue similar en los controles limpia periódica y período crítico. Las variables de crecimiento, desarrollo y rendimiento presentaron diferencias significativas para altura de plantas 67.3 cm a favor del control químico; número de semillas por vaina 2.80 a favor de periodo crítico; número de nódulos por planta en R5 14.25, número de ramas por planta 2.4, número de vainas 24.75, diámetro del tallo 5.0 mm, peso seco de paja 7645.8 kg/ha, peso de 1000 semillas 153 g y rendimiento del grano 4141.5 kg/ha a favor del control limpia periódica. En el control químico se presentó el menor número de semillas por vaina 2.55, vainas por planta 5.5, peso seco de nódulos: R1=0.15 g/pta y R5=0.34 g/pta y rendimiento con 832 kg/ha.

Determinación de daño y período crítico del virus del mosaico amarillo del frijol (BYMV) en cuatro variedades de frijol común (Phaseolus vulgaris L.) en Nicaragua

Con el objetivo de determinar el daño y periodo crítico del BYMV en cuatro variedades de frijol (Phaseolus vulgaris L.), utilizándose para dicho fin las variedades mejoradas DOR-364, REV-84 y las variedades Criollas-A-2343 y la Criolla-A-1923, las cuales fueron inoculadas en cuatro etapas fenológicas, siendo estas las etapas V2, V3, V4, R5 y un testigo sin inocular. De acuerdo a los resultados obtenidos en el estudio la variedad Criolla-A-1923 resultó la más afectada con reducciones que oscila entre 88.26% y 70.58% Resultando la variedad Criolla-A-2343 con daños que oscila entre 38.75 y 0%, la variedad Rev-84 con daños de 53.04% y 1.13% y la variedad Dor-364 con daños de 65.66% y 11.24%, lo cual indica que la variedad menos afectada es la Criolla-A-2343, seguido de la variedad Rev-84 y Dor-364. A pesar de que las variedades mejoradas presentan rendimientos superiores ocasionados por el BYMV. El periodo crítico para las variedades evaluadas comprende hasta la etapa V4 de manera general o sea 18 días después de la siembra. Desde el punto de vista del comportamiento individual de las variedades se definió el periodo crítico para las variedades Criolla-A-2343 y Rev-34 hasta la etapa V2, o sea 8 días después de la siembra, a la variedad Dor-364 se le determinó un periodo crítico hasta la etapa V3 equivalente a 13 días después de la siembra y a la variedad Criolla-A-1923 se le asignó hasta finales de la etapa V4 equivalente a 25 días después de siembra.

Determinación de daño y período crítico del virus del mosaico común del frijol (BCMV) en cuatro variedades de frijol común (Phaseolus vulgaris L.) en Nicaragua

Este ensayo experimental se realizó en época de postrera de 1992, en los terrenos del vivero de la Universidad Nacional Agraria, con el objetivo de determinar el daño causado por el virus del mosaico común del frijol BCMV y determinar el periodo critico necesario para proteger el cultivo. Las variedades que se utilizaron durante la investigación fueron DOR-364, REV-84, (variedades mejoradas) CA-2343 y CA-1923 (variedades criollas). La metodología usada fue inocular el virus mecánicamente, realizada en 4 momentos (Etapas fenológicas V2, V3, V4, R5). y un testigo sin inocular. Se realizaron observaciones de sistomatología desde la primera inoculación hasta la etapa de maduración fisiológica del cultivo. A partir de la cosecha se tomaron datos del número de vainas por planta, número de semillas por vainas y el peso de semillas por panta (gramos). Los resultados indican que la inoculación del BCMV efectuada en las diferentes etapas influyen sobre el daño en las plantas. Las plantas que fueron inoculadas en la primera etapa mostraron daños más severos y aquellas que se inocularon en la etapa R5 con daños menos severos. La variedad DOR-364 presentó daños por 7,5-36.1 %, la variedad REV-84 de 6-37.5%, la variedad CA-2343 de 8-35.1% y la variedad CA-1923 resultó con daños más severos siendo de 48.9-97.4%. En relación al período crítico las variedades DOR-364, REV-84 y CA-2343, el tiempo de protección requerido para reducir el daño fue de 13 días (Etapa V3) y para la variedad CA-1923 de 25 días (Etapa V2-R5)

Efecto de distintos nutrientes sobre el rendimiento y la calidad de soja no GMO en América, provincia de Buenos Aires

Resumen: El desarrollo genético de variedades de soja en la Argentina se ha inclinado hacia la búsqueda de altos rendimientos sin tener en cuenta la calidad del grano, en cuanto a porcentaje de proteína. Por esta razón existe la necesidad de buscar prácticas de manejo que aumenten el mismo. En el presente ensayo, se evaluó el efecto de distintas estrategias de fertilización sobre el porcentaje de proteína, aceite y rendimiento de una variedad de soja no GMO y High Pro, en la localidad de América, provincia de Buenos Aires. Los tratamientos fueron: 1. Testigo, 2. 22 kg P ha-1, 3. 22 kg P ha-1 + 13.2 kg S ha-1, 4. 22 kg P ha-1 + 13.2 kg S ha-1 + 100 g B ha-1, 5. 22 kg P ha-1 + 13.2 kg S ha-1 + 100 g B ha-1 + 10 kg N ha-1, 6. 22 kg P ha-1 + 13.2 kg S ha-1 + 100 g B ha-1 + 20 kg N ha-1, 7. 22 kg P ha-1 + 13.2 kg S ha-1 + 100 g B ha-1 + 1,3 kg Zn ha-1, y 8. 44 kg P ha-1 + 26.4 kg S ha-1. Para el caso de P, S y Zn, se aplicaron al suelo un mes antes de la siembra, en cambio el B y N fueron aplicados de manera foliar en los estadios R2 y R5 del cultivo, respectivamente. El rendimiento promedió 4598 kg ha-1, el porcentaje de proteína promedió 45,1% y el de aceite 17.4%. Los tratamientos no arrojaron diferencias significativas en cuanto a rendimiento ni proteína, pero sí la aplicación de Zn, que produjo un aumento significativo en el porcentaje de aceite (10,4%).

Estrategias de fertilización nitrogenada y aplicación de fungicidas sobre el cultivo de soja : efecto sobre el rendimiento y el tenor proteico

Resumen: el objetivo del presente trabajo ha sido, a través de diferentes estrategias de fertilización nitrogenada y aplicación de fungicidas sobre el cultivo de soja, evaluar su impacto sobre el rendimiento y el porcentaje de proteínas en grano de soja. Para desarrollar dicho trabajo, se llevó a cabo un ensayo en base al diseño de bloques completos al azar (DBA) con un total de 32 parcelas, en el que se aplicaron 8 tratamientos (7+1 Testigo), cada uno repetido 4 veces. Los mismos fueron: Testigo, UREA 100 N aplicado en V4 a V6, UREA + DMPP 100 N aplicado en V4 a V6, NITROFOSKA FOLIAR (2 Kg./Ha.) + NUTRIMIX (0,5 Kg./Ha.) aplicado en R3, UREA 30 N aplicado en R5, NITROFOSKA FOLIAR (2 Kg./Ha.) + NUTRIMIX (0,5 Kg./Ha.) + Opera aplicado en R3 (1 Lt./Ha.), UREA 30 N + Opera en R3 (1 Lt./Ha.), y Opera en R3 (1 Lt./Ha.). Cabe destacar que la aplicación de fungicidas se ha realizado en forma preventiva, con miras a evaluar su efecto sobre el rinde y el porcentaje de tenor proteico. Así, no se ha evaluado la presencia o ausencia de enfermedades particulares, sino el efecto final que estas aplicaciones tuvieron sobre las variables antes mencionadas. El mencionado ensayo se realizó a campo, sobre un cultivo de soja de segunda, para la campaña 2007/2008 en el paraje Tomás Jofré, Mercedes, provincia de Buenos Aires. Los resultados obtenidos mostraron diferencias significativas para la variable de rendimiento, pero no así para la variable de tenor proteico en grano. Analizándolos, se concluyó en el presente trabajo bajo las condiciones evaluadas que si se busca aumentar tanto el rendimiento como el porcentaje de proteína en grano, no es recomendable la fertilización nitrogenada, ni por sí sola ni en combinación con fungicidas

Efecto de diferentes estrategias de fertilización nitrogenada y aplicación de fungicidas sobre el rendimiento y porcentaje de proteina en grano de soja

Resumen: En el periodo 2006 / 2007 se realizó un ensayo de campo sobre el cultivo de Soja (Glycine max) en la localidad de Chacabuco, Provincia de Buenos Aires, con el propósito de estudiar los efectos de diferentes estrategias de fertilización nitrogenada y de aplicación de fungicidas sobre el rendimiento y porcentaje de proteína en grano de soja. El ensayo constó de 8 tratamientos (7 + 1 testigo), los cuales se realizaron en 4 repeticiones y en 2 estadios fenológicos del cultivo, en V4 (vegetativo) y en R3 (reproductivo). Se procedió utilizando un diseño de bloques completos aleatorizados (DBA). Las parcelas han sido de 2 m de ancho por 10 m de largo dando un total de 20 m2 por cada una. Los tratamientos fueron los siguientes:  Testigo  UREA aplicado en V4/V6  Entec + UAN aplicado en V4/V6  Nitrofoska + Nutrimix aplicado en R3  Foliarsol aplicado en R5  Nitrofoska + Nutrimix + Opera aplicado en R3  Foliarsol + Opera aplicado en R3  Opera aplicado en R5 Las conclusiones a las que se han llegado en este ensayo han sido que todos los tratamientos experimentados trajeron aumentos en el rendimiento, en comparación al testigo. El mayor aumento se dio por el agregado de fungicida en las etapas reproductivas del cultivo. Por el contrario, no se ha encontrado efecto sobre el tenor de proteína en granos, por lo que para la condiciones en que se realizó el ensayo, no sería recomendable la fertilización nitrogenada si se busca un aumento en dicho tenor

Quantificação da área ocupada pela guta-percha e pelo Resilon em canais achatados após termoplastificação

O presente trabalho teve por objetivo quantificar, comparativamente, a área de preenchimento de dois materiais obturadores sólidos, cones de guta-percha (GP) e cones de Resilon (R), no terço apical de incisivos inferiores humanos, ex vivo, obturados pela técnica da onda contínua de condensação. Os espécimes foram submetidos a um protocolo, desde a cirurgia de acesso até o final do preparo químico-mecânico e divididos aleatoriamente em dois grupos, de 21 dentes cada, de acordo com o material utilizado. Não foi utilizado cimento endodôntico em nenhuma das amostras. Após a obturação, as amostras foram seccionadas transversalmente em dois níveis, a 3 e a 5mm do ápice, e subdivididas em grupos de acordo com a altura de corte e do material obturador, sendo estabelecido: GP3 (guta-percha com corte a 3mm), GP5 (guta-percha com corte a 5mm), R3 (Resilon com corte a 3mm) e R5 (Resilon com corte a 5mm). Posteriormente, as amostras foram submetidas a um processo de lixamento e polimento e examinadas em microscópio óptico por reflexão com aumento de 50x a 100x. Para a análise e processamento digital das imagens, foi utilizado o sistema de imagens Axio Vision 4.6 para Windows, sendo obtidas as medidas para cada área observada em micrômetros (μm); uma da área da cavidade, e outra da área de material obturador. Foi aferido o grau de circularidade de cada amostra, por uma fórmula matemática utilizada automaticamente pelo programa, onde 1 (um) é considerado o círculo perfeito e, quanto mais achatado o canal, mais tendente a 0 (zero) nesta escala. Obteve-se a área do canal, a circularidade de 0 a 1, a área preenchida pelo material obturador e, a porcentagem da área de preenchimento do material obturador em relação à área do canal. Foi realizado o cruzamento dos grupos dois a dois pelo teste t de Student, sendo verificada diferença estatisticamente significante entre os grupos GP3 e R3, tendo o grupo R3 apresentado maior porcentagem de área do canal radicular preenchida pelo material obturador em suas amostras (p<0,05). Na relação da circularidade com a quantidade de preenchimento, com o teste de Correlação de Pearson, não foi observada forte correlação entre a forma final do canal (relação de circularidade) e a quantidade de preenchimento do canal radicular pelos materiais obturadores testados. Conclui-se que houve grande variação de preenchimento mínimo e máximo em todos os grupos testados e o Resilon apresentou maior porcentagem de preenchimento de área do canal radicular em suas amostras.

人猿超科和旧大陆猴7种高等灵长类FKN全基因序列的测定及进化分析

测定人猿超科(人、黑猩猩、大猩猩、红毛猩猩和长臂猿)和旧大陆猴(猕猴和叶猴)7种高等灵长类FKN全基因序列,探讨其系统进化分析.用简并引物PCR(Degenerated PCR)法分别扩增FKN的3个外显子,其产物经琼脂糖凝胶回收、纯化后测序,然后用BioEdit软件剪切拼接FKN基因全序列,用DNAStar比对后比较基因和氨基酸序列同源性,Mega软件重构FKN基因进化树,应用Datamonkey分析FKN的负选择位点.序列分析发现人猿超科较旧大陆猴FKN基因除了有散在的点突变外,还有一明显的30 bp的核苷酸缺失突变;人FKN基因序列与黑猩猩、大猩猩、红毛猩猩、长臂猿、猕猴和叶猴的同源性分别是99.2%、98.4%、98.1%、96.5%%、95.95和93.8%,由此推导的氨基酸序列同源性分别是98.5%、98.0%、97.7%、94.7%、93.7%和90.5%;FKN基因进化树表明人与黑猩猩关系更近,FKN基因进化和通常认为的物种进化一致;Datamonkey分析结果显示FKN存在3个负选择位点53Q.84D、239N.成功获得人、黑猩猩、大猩猩、红毛猩猩、长臂猿、猕猴和叶猴7种高等灵长类物种FKN全基因序列,为后续探讨FKN在高等灵长类物种进化过程中免疫学功能演变及其结构与功能的关系奠定基础. 作 者： 洪晓武 张亚平 储以微 高海峰 蒋正刚 熊思东 HONG Xiao-Wu ZHANG Ya-Ping CHU Yi-Wei GAO Hai-Feng JIANG Zheng-Gang XIONG Si-Dong 作者单位： 洪晓武,储以微,高海峰,蒋正刚,熊思东,HONG Xiao-Wu,CHU Yi-Wei,GAO Hai-Feng,JIANG Zheng-Gang,XIONG Si-Dong(复旦大学上海医学院免疫学系,免疫生物学研究所,上海,200032) 张亚平,ZHANG Ya-Ping(中国科学院昆明动物研究所细胞与分子进化开放实验室,昆明,650223) 刊 名： 遗传 ISTIC PKU 英文刊名： HEREDITAS 年，卷(期)： 2008 30(5) 分类号： Q94 关键词： 人猿超科 旧大陆猴 FKN 测序 进化分析 机标分类号： R5 S86 机标关键词： 大陆灵长类全基因序列测定系统进化分析phylogenetic analysis基因进化树黑猩猩序列同源性长臂猿物种进化猕猴红毛负选择氨基酸琼脂糖凝胶基因全序列序列分析位点软件重构 基金项目： 国家自然科学基金，复旦大学校科研和教改项目 DOI：

治疗艾滋病的药物及其应用

提供含有治疗艾滋病有效量的式(I)化合物联苯环辛二烯类木脂素及可药用载体和/或赋形剂的治疗艾滋病的药物，以及它们在制备抗艾滋病的药物中的应用。结构式中：R1，R2，R3，R4，R5，R6，R7，R8，R9，R10＝-H，-OCH3，-OH，-OCOR(R为烷基或芳基)；R1R2，R2R3，R4R5，R5R6为右（a）式；R7，R10＝氧桥。

2,4-二取代氨基-6-取代-[1,3,5]三嗪或1,3-嘧啶类化合物、其制备方法、药物组合物及用途

一种新型的2，4-二取代氨基-6-取代-[1，3，5]三嗪或1，3-嘧啶衍生物及其制备方法、药物组合物和其药理用途，其结构通式如式(I)所示，其中R1、R2、R3、R4、R5、R6、A、B、X、Y和Z的定义如说明书中所述。该类化合物与HIV-1整合酶具有很高结合活性，并且在底物竞争测试中能够有效的抑制整合酶对底物的结合。因此该类化合物是较强的HIV-1整合酶抑制剂，有望开发成为新的抗HIV病毒药物。

Structural and functional characterization of the human CCR5 receptor in complex with HIV gp120 envelope glycoprotein and CD4 receptor by molecular modeling studies

The entry of human immunodeficiency virus (HIV) into cells depends on a sequential interaction of the gp120 envelope glycoprotein with the cellular receptors CD4 and members of the chemokine receptor family. The CC chemokine receptor CCR5 is such a receptor for several chemokines and a major coreceptor for the entry of R5 HIV type-1 (HIV-1) into cells. Although many studies focus on the interaction of CCR5 with HIV-1, the corresponding interaction sites in CCR5 and gp120 have not been matched. Here we used an approach combining protein structure modeling, docking and molecular dynamics simulation to build a series of structural models of the CCR5 in complexes with gp120 and CD4. Interactions such as hydrogen bonds, salt bridges and van der Waals contacts between CCR5 and gp120 were investigated. Three snapshots of CCR5-gp120-CD4 models revealed that the initial interactions of CCR5 with gp120 are involved in the negatively charged N-terminus (Nt) region of CCR5 and positively charged bridging sheet region of gp120. Further interactions occurred between extracellular loop2 (ECL2) of CCR5 and the base of V3 loop regions of gp120. These interactions may induce the conformational changes in gp120 and lead to the final entry of HIV into the cell. These results not only strongly support the two-step gp120-CCR5 binding mechanism, but also rationalize extensive biological data about the role of CCR5 in HIV-1 gp120 binding and entry, and may guide efforts to design novel inhibitors.

Characterize dynamic conformational space of human CCR5 extracellular domain by molecular modeling and molecular dynamics simulation

The chemokine receptor CCR5 is the receptor for several chemokines and major coreceptor for R5 human immunodeficiency virus type-1 strains entry into cell. Three-dimensional models of CCR5 were built by using homology modeling approach and 1 ns molecular dynamics (MD) simulation, because studies of site-directed mutagenesis and chimeric receptors have indicated that the N-terminus (Nt) and extracellular loops (ECLs) of CCR5 are important for ligands binding and viral fusion and entry, special attention was focused on disulfide bond function, conformational flexibility, hydrogen bonding, electrostatic interactions, and solvent-accessible surface area of Nt and ECLs of this protein part. We found that the extracellular segments of CCR5 formed a well-packet globular domain with complex interactions occurred between them in a majority of time of MID simulation, but Nt region could protrude from this domain sometimes. The disulfide bond Cys20-Cys269 is essential in controlling specific orientation of Nt region and maintaining conformational integrity of extracellular domain. RMS comparison analysis between conformers revealed the ECL1 of CCR5 stays relative rigid, whereas the ECL2 and Nt are rather flexible. Solvent-accessible surface area calculations indicated that the charged residues within Nt and ECL2 are often exposed to solvent. Integrating these results with available experimental data, a two-step gp120-CCR5 binding mechanism was proposed. The dynamic interaction of CCR5 extracellular domain with gp120 was emphasized. (C) 2004 Elsevier B.V. All rights reserved.

In vitro anti-HIV and -HSV activity and safety of sodium rutin sulfate as a microbicide candidate

Sodium rutin sulfate (SRS) is a sulfated rutin modified from the natural flavonol glycoside rutin. Here, we investigated its in vitro anti-HIV and -HSV activities and its cytotoxic profile. Fifty percent inhibitory concentration (IC50) values of SRS against HIV-1 X4 virus IIIB, HIV-1 R5 isolates Ada-M and Ba-L were 2.3 +/- 0.2, 4.5 +/- 2.0 and 8.5 +/- 3.8 mu M with a selectivity index (SI) of 563, 575 and 329, respectively. Its IC50 against primary R5 HIV-1 isolate from Yunnan province in China was 13.1 +/- 5.5 mu M, with a Sl of 197. In contrast, unsulfated rutin had no activity against any of the HIV-1 isolates tested. Further study indicated that SRS blocked viral entry and virus-cell fusion likely through interacting with the HIV- I envelope glycoprotein. SRS also demonstrated some activity against human herpes simplex virus (HSV) with an IC50 of 88.3 +/- 0.1 mu M and a Sl of 30. The 50% cytotoxicity concentration (CC50) of SRS was >3.0 mM, as determined in human genital ME 180, HeLa and primary human foreskin fibroblast cells. Minimum inhibitory concentration of SRS for vaginal lactobacilli was >3.0 mM. These results collectively indicate that SRS represents a novel candidate for anti-HIV-1/HSV microbicide development. (C) 2007 Elsevier B.V. All rights reserved.