Integrated genomic characterization of endometrial carcinoma

We performed an integrated genomic, transcriptomic and proteomic characterization of 373 endometrial carcinomas using array- and sequencing-based technologies. Uterine serous tumours and ∼25% of high-grade endometrioid tumours had extensive copy number alterations, few DNA methylation changes, low oestrogen receptor/progesterone receptor levels, and frequent TP53 mutations. Most endometrioid tumours had few copy number alterations or TP53 mutations, but frequent mutations in PTEN, CTNNB1, PIK3CA, ARID1A and KRAS and novel mutations in the SWI/SNF chromatin remodelling complex gene ARID5B. A subset of endometrioid tumours that we identified had a markedly increased transversion mutation frequency and newly identified hotspot mutations in POLE. Our results classified endometrial cancers into four categories: POLE ultramutated, microsatellite instability hypermutated, copy-number low, and copy-number high. Uterine serous carcinomas share genomic features with ovarian serous and basal-like breast carcinomas. We demonstrated that the genomic features of endometrial carcinomas permit a reclassification that may affect post-surgical adjuvant treatment for women with aggressive tumours.

Polymorphs, Salts, and Cocrystals: What's in a Name?

The December 2011 release of a draft United States Food and Drug Administration (FDA) guidance concerning regulatory classification of pharmaceutical cocrystals of active pharmaceutical ingredients (APIs) addressed two matters of topical interest to the crystal engineering and pharmaceutical science communities: (1) a proposed definition of cocrystals; (2) a proposed classification of pharmaceutical cocrystals as dissociable ``API-excipient'' molecular complexes. The Indo U.S. Bilateral Meeting sponsored by the Indo-U.S. Science and Technology Forum titled The Evolving Role of Solid State Chemistry in Pharmaceutical Science was held in Manesar near Delhi, India, from February 2-4, 2012. A session of the meeting was devoted to discussion of the FDA guidance draft. The debate generated strong consensus on the need to define cocrystals more broadly and to classify them like salts. It was also concluded that the diversity of API crystal forms makes it difficult to classify solid forms into three categories that are mutually exclusive. This perspective summarizes the discussion in the Indo-U.S. Bilateral Meeting and includes contributions from researchers who were not participants in the meeting.

Analysis of the Genome and Transcriptome of Cryptococcus neoformans var. grubii Reveals Complex RNA Expression and Microevolution Leading to Virulence Attenuation

Cryptococcus neoformans is a pathogenic basidiomycetous yeast responsible for more than 600,000 deaths each year. It occurs as two serotypes (A and D) representing two varieties (i.e. grubii and neoformans, respectively). Here, we sequenced the genome and performed an RNA-Seq-based analysis of the C. neoformans var. grubii transcriptome structure. We determined the chromosomal locations, analyzed the sequence/structural features of the centromeres, and identified origins of replication. The genome was annotated based on automated and manual curation. More than 40,000 introns populating more than 99% of the expressed genes were identified. Although most of these introns are located in the coding DNA sequences (CDS), over 2,000 introns in the untranslated regions (UTRs) were also identified. Poly(A)-containing reads were employed to locate the polyadenylation sites of more than 80% of the genes. Examination of the sequences around these sites revealed a new poly(A)-site-associated motif (AUGHAH). In addition, 1,197 miscRNAs were identified. These miscRNAs can be spliced and/or polyadenylated, but do not appear to have obvious coding capacities. Finally, this genome sequence enabled a comparative analysis of strain H99 variants obtained after laboratory passage. The spectrum of mutations identified provides insights into the genetics underlying the micro-evolution of a laboratory strain, and identifies mutations involved in stress responses, mating efficiency, and virulence.

WEFTA-Laborvergleichsuntersuchungen zur pH-Bestimmung in Fischerei-Erzeugnissen - Eine gemeinsame Aktion der Western European Fish Technologists' Association

12 samples (6 original samples and 6 diluted samples) were analysed by 14 WEFTA laboratories for their pH values in an inter-laboratory comparison exercise. As a result it can be stated that the majority of participating laboratories could determine the pH values very exactly. The pH values obtained are ranging only little around the calculated mean (less than 0.1 pH unit). It could also be demonstrated that the participating institutes could analyse both, pH values in fishery products and aqueous salt solutions. However, also in this exercise a number of outliers and deviating values have been detected. Therefore it is of utmost importance to calibrate the pH electrodes in regular intervals and to maintain them carefully. Intra-laboratory comparison measurements are recommended to detect weak points.

Opengazer: open-source gaze tracker for ordinary webcams

Opengazer is an open source application that uses an ordinary webcam to estimate head pose, facial gestures, or the direction of your gaze. This information can then be passed to other applications. For example, used in conjunction with Dasher, opengazer allows you to write with your eyes. Opengazer aims to be a low-cost software alternative to commercial hardware-based eye trackers. The first version of Opengazer was developed by Piotr Zieliński, supported by Samsung and the Gatsby Charitable Foundation. Research and development for Opengazer has been continued by Emli-Mari Nel, and was supported until 2012 by the European Commission in the context of the AEGIS project, and also by the Gatsby Charitable Foundation.

Optimal Approximations of the Frequency Moments

We give a one-pass, O~(m^{1-2/k})-space algorithm for estimating the k-th frequency moment of a data stream for any real k>2. Together with known lower bounds, this resolves the main problem left open by Alon, Matias, Szegedy, STOC'96. Our algorithm enables deletions as well as insertions of stream elements.

A Constant-Factor Approximation Algorithm for Embedding Unweighted Graphs into Trees

We present a constant-factor approximation algorithm for computing an embedding of the shortest path metric of an unweighted graph into a tree, that minimizes the multiplicative distortion.

Cellular automata and non-static image processing for embodied robot systems on a massively parallel processor array

Huelse, M, Barr, D R W, Dudek, P: Cellular Automata and non-static image processing for embodied robot systems on a massively parallel processor array. In: Adamatzky, A et al. (eds) AUTOMATA 2008, Theory and Applications of Cellular Automata. Luniver Press, 2008, pp. 504-510. Sponsorship: EPSRC

The Notion of Central Europe in Historiography

The aim of this paper is analyse the notion of Central Europe used in historiography. The author reconstructs different meanings of this term used in the works of George Schopflin, Peter Burke, Oskar Halecki, Piotr Wandycz. This notion has not only geographic but also social and historical meaning.

KONSTYTUCYJNE PRAWO DO OCHRONY ZDROWIA W ŚWIETLE DERYWACYJNEJ KONCEPCJI WYKŁADNI

W niniejszym artykule autor przedstawił sposób odtworzenia normy prawnej zawierającej prawo do ochrony zdrowia na podstawie przepisu prawnego art. 68 ust. 1 Konstytucji RP. Przełożenie przepisu prawnego na normę prawną odbyło się zgodnie z założeniami derywacyjnej koncepcji wykładni, której istotą jest uzyskanie równoznaczności pomiędzy przepisem a odtworzoną z niego normą. W tym celu konieczne było przeprowadzenie wszystkich trzech faz wykładni: porządkującej, rekonstrukcyjnej i percepcyjnej. Niniejszy artykuł ukazuje, jak przebiegają poszczególne czynności interpretacyjne podejmowane w oparciu o dyrektywy derywacyjnej koncepcji wykładni. Pozwala to zobaczyć w szczegółowy sposób przebieg procesu przekształcania przepisu prawnego w normę prawną. Rezultatem przeprowadzonej wykładni było uzyskanie dostatecznie jednoznacznej normy prawnej. Na tej podstawie wykazano, że prawo do ochrony zdrowia jest zasadą prawa, ponieważ możliwe było odniesienie treści normy prawnej do określonych kryteriów. Ponadto, norma prawna odtworzona na podstawie przepisu konstytucyjnego zawiera wszystkie elementy, przede wszystkim określa adresata i nakazane zachowanie. Pozwala to wskazać sytuacje prawne, jakie wyznacza odtworzona w toku wykładni norma prawna, czyli obowiązek, uprawnienie i prawo podmiotowe. Postrzeganie konstytucyjnego prawa do ochrony zdrowia jako normy prawnej umożliwia także znacznie szersze i głębsze rozpatrzenie aspektów jego obowiązywania. W tym kontekście szczególnie przydatna jest derywacyjna koncepcja wykładni prawa.

Pozyskiwanie danych leksykalnych z tekstówelektronicznych (na materiale czasopisma naukowego)

Praca dotyczy wybranych metod pozyskiwania, czyli ekscerpcji, informacji o charakterze leksykalnym z elektronicznych zbiorów tekstów.Jej celem jest, po pierwsze, sformułowanie nowych, oryginalnych metod, które mogą być użyteczne w pozyskiwaniu materiału do analiz leksykalnych, a następnie zbadanie ich na wybranym zbiorze tekstów.Planowano opracowanie metod niewymagających zaawansowanej znajomości programowania komputerowego, a jednocześnie umożliwiających uzyskanie wartościowych wyników, gdzie za wartościowość metody uznaje się daną wydajność ekscerpcyjną. Trzy sformułowane metody dopracowano i zoptymalizowano.Metoda ekscerpcji jednostek nowych dostarczyła ponad 1000 wyrazów nowych, niezarejestrowanych, metoda ekscerpcji kolokacji w oparciu o akronimy daje ponad 6000 jednostek, zaś metoda ekscerpcji kolokacji wykorzystująca końcówkę liczby mnogiej dała ponad 110 tysięcy wyodrębnionych jednostek.

Twierdzenia o punktach stałych pewnych klas operatorów nieliniowych wraz z ich zastosowaniami

Wydział Matematyki i Informatyki