Ataluren for the treatment of nonsense-mutation cystic fibrosis: a randomised, double-blind, placebo-controlled phase 3 trial

Background: Ataluren was developed to restore functional protein production in genetic disorders caused by nonsense mutations, which are the cause of cystic fibrosis in 10% of patients. This trial was designed to assess the efficacy and safety of ataluren in patients with nonsense-mutation cystic fibrosis. 

Methods: This randomised, double-blind, placebo-controlled, phase 3 study enrolled patients from 36 sites in 11 countries in North America and Europe. Eligible patients with nonsense-mutation cystic fibrosis (aged ≥6 years; abnormal nasal potential difference; sweat chloride >40 mmol/L; forced expiratory volume in 1 s [FEV₁] ≥40% and ≤90%) were randomly assigned by interactive response technology to receive oral ataluren (10 mg/kg in morning, 10 mg/kg midday, and 20 mg/kg in evening) or matching placebo for 48 weeks. Randomisation used a block size of four, stratified by age, chronic inhaled antibiotic use, and percent-predicted FEV₁. The primary endpoint was relative change in percent-predicted FEV₁ from baseline to week 48, analysed in all patients with a post-baseline spirometry measurement. This study is registered with ClinicalTrials.gov, number NCT00803205. 

Findings: Between Sept 8, 2009, and Nov 30, 2010, 238 patients were randomly assigned, of whom 116 in each treatment group had a valid post-baseline spirometry measurement. Relative change from baseline in percent-predicted FEV₁ did not differ significantly between ataluren and placebo at week 48 (-2·5% vs -5·5%; difference 3·0% [95% CI -0·8 to 6·3]; p=0·12). The number of pulmonary exacerbations did not differ significantly between treatment groups (rate ratio 0·77 [95% CI 0·57-1·05]; p=0·0992). However, post-hoc analysis of the subgroup of patients not using chronic inhaled tobramycin showed a 5·7% difference (95% CI 1·5-10·1) in relative change from baseline in percent-predicted FEV₁ between the ataluren and placebo groups at week 48 (-0·7% [-4·0 to 2·1] vs -6·4% [-9·8 to -3·7]; nominal p=0·0082), and fewer pulmonary exacerbations in the ataluern group (1·42 events [0·9-1·9] vs 2·18 events [1·6-2·7]; rate ratio 0·60 [0·42-0·86]; nominal p=0·0061). Safety profiles were generally similar for ataluren and placebo, except for the occurrence of increased creatinine concentrations (ie, acute kidney injury), which occurred in 18 (15%) of 118 patients in the ataluren group compared with one (<1%) of 120 patients in the placebo group. No life-threatening adverse events or deaths were reported in either group. I

nterpretation: Although ataluren did not improve lung function in the overall population of nonsense-mutation cystic fibrosis patients who received this treatment, it might be beneficial for patients not taking chronic inhaled tobramycin. 

Funding: PTC Therapeutics, Cystic Fibrosis Foundation, US Food and Drug Administration's Office of Orphan Products Development, and the National Institutes of Health. 

mRNA metabolism: nonsense mediated mRNA decay as a tool for gene therapy and the role of human DIS3L2 in transcript degradation

Tese de mestrado em Biologia Humana e Ambiente, apresentada à Universidade de Lisboa, através da Faculdade de Ciências, 2015

Clinical and genetic investigation of a large Tunisian family with complete achromatopsia: identification of a new nonsense mutation in GNAT2 gene.

Complete achromatopsia is a rare autosomal recessive disease associated with CNGA3, CNGB3, GNAT2 and PDE6C mutations. This retinal disorder is characterized by complete loss of color discrimination due to the absence or alteration of the cones function. The purpose of the present study was the clinical and the genetic characterization of achromatopsia in a large consanguineous Tunisian family. Ophthalmic evaluation included a full clinical examination, color vision testing and electroretinography. Linkage analysis using microsatellite markers flanking CNGA3, CNGB3, GNAT2 and PDE6C genes was performed. Mutations were screened by direct sequencing. A total of 12 individuals were diagnosed with congenital complete achromatopsia. They are members of six nuclear consanguineous families belonging to the same large consanguineous family. Linkage analysis revealed linkage to GNAT2. Mutational screening of GNAT2 revealed three intronic variations c.119-69G>C, c.161+66A>T and c.875-31G>C that co-segregated with a novel mutation p.R313X. An identical GNAT2 haplotype segregating with this mutation was identified, indicating a founder mutation. All patients were homozygous for the p.R313X mutation. This is the first report of the clinical and genetic investigation of complete achromatopsia in North Africa and the largest family with recessive achromatopsia involving GNAT2; thus, providing a unique opportunity for genotype-phenotype correlation for this extremely rare condition.

Bisky bats and pussy cats : the animal nonsense of Edward Lear.

Colección de poemas que tratan de animales, a veces, absurdos, y disfrazados, también, de forma absurda, rodeados asimismo, de objetos absurdos.

From disguised nonsense to patent nonsense : thinking philosophically

Resumen basado en el de la publicaci??n

O Espetáculo da Modernização : versões e subversões da igualdade de gênero em um projeto de cooperação internacional em Timor-Leste

Em maio de 2003 uma grande consulta em âmbito nacional discutia, em Timor-Leste, os termos de um projeto de lei que buscava criar um novo marco legal par o combate à violência doméstica. Desde que as Nações Unidas haviam assumido a administração do território, em Setembro de 1999, várias consultas deste tipo vinham sendo elaboradas. A idéia de que as comunidades precisavam ser consultadas baseava muitos dos projetos de cooperação em curso no país. Um destes, inclusive, um grande projeto do Banco Mundial, intitulado “Community Empowerment Project” (CEP), chegava mesmo a ter como objetivo o fortalecimento das comunidades como instâncias de decisão. Os assim chamados “workshops” com beneficiários de projetos eram uma constante. Neste contexto, não era de surpreender o fato de que, quando o governo timorense apresentou a minuta de um projeto de lei para o combate à violência doméstica – apresentação feita a organizações da sociedade civil timorense em um “workshop”, em novembro de 2002 – de imediato tenha surgido a demanda para que se consultassem as comunidades, solicitação que resultou na ampla consulta realizada entre Maio e Junho de 2003. Desde o início, a proposta de uma consulta acerca do documento de orientação para a futura lei colocava um dilema. Discutir a minuta, elaborada por um comitê de técnicos e especialistas, podia ter diferentes propósitos. Buscava-se verificar em que medida as comunidades concordavam com os valores expressos pelo anteprojeto ou tratava-se apenas de recolher sugestões de como melhor executar os princípios já definidos pelo texto? No caso timorense, este não era um dilema simples, uma vez que os valores expressos na minuta eram muito diferentes daqueles evocados no cotidiano das aldeias timorenses.

Aberrant mRNA Transcripts and the Nonsense-Mediated Decay Proteins UPF2 and UPF3 Are Enriched in the Arabidopsis Nucleolus

The eukaryotic nucleolus is multifunctional and involved in the metabolism and assembly of many different RNAs and ribonucleoprotein particles as well as in cellular functions, such as cell division and transcriptional silencing in plants. We previously showed that Arabidopsis thaliana exon junction complex proteins associate with the nucleolus, suggesting a role for the nucleolus in mRNA production. Here, we report that the plant nucleolus contains mRNAs, including fully spliced, aberrantly spliced, and single exon gene transcripts. Aberrant mRNAs are much more abundant in nucleolar fractions, while fully spliced products are more abundant in nucleoplasmic fractions. The majority of the aberrant transcripts contain premature termination codons and have characteristics of nonsense-mediated decay (NMD) substrates. A direct link between NMD and the nucleolus is shown by increased levels of the same aberrant transcripts in both the nucleolus and in Up-frameshift (upf) mutants impaired in NMD. In addition, the NMD factors UPF3 and UPF2 localize to the nucleolus, suggesting that the Arabidopsis nucleolus is therefore involved in identifying aberrant mRNAs and NMD.

Carpenter Syndrome: Extended RAB23 Mutation Spectrum and Analysis of Nonsense-mediated mRNA Decay

Carpenter syndrome, a rare autosomal recessive disorder characterized by a combination of craniosynostosis, polysyndactyly, obesity, and other congenital malformations, is caused by mutations in RAB23, encoding a member of the Rab-family of small GTPases. In 15 out of 16 families previously reported, the disease was caused by homozygosity for truncating mutations, and currently only a single missense mutation has been identified in a compound heterozygote. Here, we describe a further 8 independent families comprising 10 affected individuals with Carpenter syndrome, who were positive for mutations in RAB23. We report the first homozygous missense mutation and in-frame deletion, highlighting key residues for RAB23 function, as well as the first splice-site mutation. Multi-suture craniosynostosis and polysyndactyly have been present in all patients described to date, and abnormal external genitalia have been universal in boys. High birth weight was not evident in the current group of patients, but further evidence for laterality defects is reported. No genotype-phenotype correlations are apparent. We provide experimental evidence that transcripts encoding truncating mutations are subject to nonsense-mediated decay, and that this plays an important role in the pathogenesis of many RAB23 mutations. These observations refine the phenotypic spectrum of Carpenter syndrome and offer new insights into molecular pathogenesis. (C) 2011 Wiley-Liss, Inc.

Uma interface visual para modelos de bancos de dados orientados a objetos com suporte para versões

Este trabalho apresenta o projeto de uma interface visual para modelos de bancos de dados orientados a objetos, com suporte para versões. Um requisito importante, não atendido pelas interfaces visuais específicas e genéricas para sistemas orientados a objetos, é a capacidade de definir e manipular versões de um objeto nos vários níveis da hierarquia de classes (herança por extensão, adotada pelo modelo de versões [GOL 95]). As interfaces, que manipulam versões, suportam essa característica no nível mais especializado da hierarquia (herança por refinamento, adotada pelos principais SGBDOOs). Procurando prover a possibilidade do versionamento de objetos nos vários níveis da hierarquia de classes, surgiu a motivação para projetar e desenvolver uma interface visual com funcionalidades de interfaces existentes (específicas e genéricas) e que obedeça às características principais dos Modelos de Dados Orientados a Objetos e do Modelo de Versões [GOL 95], seguindo as características recomendadas para interfaces visuais para MDOOs, propostas em [SIL 96]. Foi implementado um protótipo com algumas das características projetadas para o browser de objeto e seu suporte para versões.

Suporte a consultas no ambiente temporal de versões

O Modelo Temporal de Versões (TVM Vesions Model) foi proposto com base na união de um modelo de versões com informações temporais. Esse modelo permite o armazenamento de alternativas de projeto, o armazenamento da história dos dados em evolução, bem cmoo a reconstrução do estado da base em qualquer data passada, sem o uso de operações complexas de backup e recovery. Para realizar consultas nesse modelo foi definida uma linguagem de consulta, a TVQL (Temporal Versioned Query Language). Além das consultas básicas realizadas pela linguagem padrão AQL, a TVQL permite novas consultas que retornam valores específicos das características de tempo e versões, estabelecendo um comportamento o mais homogêneo possível para elementos normais e temporais vesionados. O objetivo principal deste trabalho e possibilitar a realização de consultas TVQL em um banco de dados convencional. Nesse contexto, o mapeamento da TVQL é implementando através da tradução de todas as propriedades e funções definidas na TVQL para SQL. Para que isso seja possível é necessário queos dados também estejam nesse banco de dados. Então, faz-se necessário o mapeamento das classes da hierarquia do TVM, bem como das classes da aplciação, para o banco de dados. Adicionalmente, é implementado um protótipo de uma interface de consultas realizadas em TVQL, para testar o funcionamento tanto da TVL como do seu mapeamento.

Gerenciamento de documentação técnica para ambientes de engenharia/CAD com suporte a versões

Ambientes de engenharia apresentam a forte característica da necessidade de cooperação entre projetistas na concepção de projetos CAD, o que provoca uma série de problemas em relação aos ambientes usuais encontrados em aplicações convencionais. Na busca de solucionar tais problemas, vários recursos e mecanismos relativos às gerências de dados e do processo de projeto são apresentados em vários estudos encontrados na literatura. Boa parte desses recursos estão embutidos nesse trabalho, que visa apresentar um sistema gerenciador de documentação técnica para ambientes de engenharia/CAD chamado GerDoc Ábacus. A proposta da construção do GerDoc Ábacus é baseada na busca da solução dos problemas relativos à consistência dos dados de projetos e da integração de tarefas de projetistas que interagem em ambientes distribuídos de projeto. Unindo vários mecanismos, é proposta uma interface totalmente interativa, objetivando manter a harmonia entre projetistas que fazem parte de equipes de projetos que são mantidos em atividade durante longos períodos de tempo, além de documentar todos os passos realizados acerca de cada um desses projetos. Dessa forma, o GerDoc Ábacus é uma ferramenta organizacional e administrativa para projetos de engenharia, sendo de fácil operacionalização, buscando altos níveis de integridade dos dados mantidos.