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Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

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Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

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Fracture behaviour of notched and un-notched plain concrete slender beams subjected to three-point or four-point bending is analyzed through a one-dimensional model, also called Softening Beam Model. Fundamental equations of equilibrium are used to develop the model. The influence of structural size in altering the fracture mode from brittle fracture to plastic collapse is explained through the stress distribution across the uncracked ligament obtained by varying the strain softening modulus. It is found that at the onset of fracture instability, stress at the crack tip is equal to zero. The maximum load and fracture load are found to be different and a unique value for the fracture load is obtained. It is shown that the length of the fracture process zone depends on the value of the strain softening modulus. Theoretical limits for fracture process zone length are also calculated. Several nonlinear fracture parameters, such as, crack tip opening displacement, crack mouth opening displacement and fracture energy are computed for a wide variety of beam specimens reported in the literature and are found to compare very well with experimental and theoretical results. It is demonstrated that by following a simple procedure, both pre-peak and post-peak portions of load versus crack mouth opening displacement curve can be obtained quite accurately. Further, a simple procedure to calculate the maximum load is also developed. The predicted values of maximum load are found to agree well with the experimental values. The Softening Beam Model (SBM), proposed in this investigation is very simple and is based on rational considerations. It can completely describe the fracture process from the beginning of formation of the fracture process zone till the onset of fracture instability.A l'aide d'un modèle unidimensionnel dit ldquoSoftening Beam Modelrdquo (SBM), on analyse le comportement à rupture de poutres élancées pleines entaillées ou non, soumises en flexion en trois ou quatre points. Des équations fondamentales d'équilibre sont utilisées pour développer le modèle. On explique l'influence de la taille du composant sur l'altération du mode de rupture en rupture fragile et en effondrement plastique par la distribution par la distribution des contraintes sur le ligament non fissuré lorsque varie le module d'adoucissement. On trouve que la contrainte à l'extrémité de la fissure est nulle est nulle au début de l'instabilité de la rupture. La charge maximum et la charge à la rupture sont trouvées différentes, et on obtient une valeur unique de la charge à la rupture. On montre que la longueur de la zone concernée par le processus de rupture d'pend de la valeur du module d'adoucissement. On calcule également les limites théoriques de longueur de cette zone. Divers paramètres de rupture non linéaire sont calculés pour une large gamme d'éprouvettes en poutres reprises dans la littérature; on trouve qu'il existe une bonne concordance avec les résultats expérimentaux et théoriques. On démontre qu'en suivant une procédure simple on peut obtenir avec une bonne précision la courbe reliant les portions avant et après le pic de sollicitation en fonction du COD de la fissure. En outre, on développe une procédure simple pour calculer la charge maximum. Les valeurs prédites sont en bon accord avec les valeurs expérimentales. Le modèle SBM proposé est très simple et est basé sur des considérations rationnelles. Il est susceptible de décrire complètement le processus de rupture depuis le début de la formation de la zone intéressée jusqu'à l'amorçage de la rupture instable.

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Homenaje a Georges Laplace, realizado en Vitoria-Gasteiz el 13, 14 y 15 de noviembre de 2012. Edición a cargo de Aitor Calvo, Aitor Sánchez, Maite García-Rojas y Mónica Alonso-Eguíluz.

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L'invention porte sur un procédé consistant à détecter des bioproduits à l'aide d'une résonance plasmonique de surface localisée (LSPR) de nanoparticules d'or. Ledit procédé peut diagnostiquer des bioproduits sur la base de changements de la longueur d'onde maximale produite par une réaction antigène-anticorps après immobilisation des nanoparticules d'or sur un panneau en verre. Un détecteur utilisant un tel procédé présente une sensibilité élevée, est peu coûteux, permet un diagnostic rapide, et il peut ainsi être appliqué à divers domaines biologiques associés aux contaminants environnementaux, pathogènes et similaires, ainsi qu'au diagnostic de maladies. L'invention porte en outre sur une technologie pour fabriquer un détecteur dont la sensibilité est élevée, le prix faible et la performance rapide, par comparaison avec des procédés classiques utilisant SPR.

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Abstract Part I : Background : Isolated lung perfusion (ILP) was designed for the treatment of loco-regional malignancies of the lung. In contrast to intravenous (IV) drug application, ILP allows for a selective administration of cytostatic agents such as doxorubicin to the lung while sparing non-affected tissues. However, the clinical results with ILP were disappointing. Doxorubicinbased ILP on sarcoma rodent lungs suggested high overall doxorubicin concentrations within the perfused lung but a poor penetration of the cytostatic agent into tumors. The same holds true for liposomal-encapsulated macromolecular doxorubicin (LiporubicinTM) In specific conditions, low-dose photodynamic therapy (PDT) can enhance the distribution of macromolecules across the endothelial bamer in solid tumors. It was recently postulated that tumor neovessels were more responsive to PDT than the normal vasculature. We therefore hypothesized that Visudyne®-mediated PDT could selectively increase liposomal doxorubicin (LiporubicinTM) uptake in sarcoma tumors to rodent lungs during intravenous (IV) drug administration and isolated lung perfusion (ILP). Material and Methods : A sarcoma tumor was generated in the left lung of Fisher rats by subpleural injection of a sarcoma cell ,suspension via thoracotomy. Ten days later, LiporubicinTM is administered IV or by single pass antegrade ILP, with or without Visudyne® -mediated low-dose PDT pre-treatment of the sarcoma bearing lung. The drug concentration and distribution were assessed separately in tumors and lung tissues by high pressure liquid chromatography (HPLC) and fluorescence microscopy (FNI~, respectively. Results : PDT pretreatment before IV LiporubicinTM administration resulted in a significantly higher tumor drug uptake and tumor to lung drug ratio compared to IV drug injection alone without affecting the blood flow and drug distribution in the lung. PDT pre-treatment before LiporubicinTM-based ILP also resulted in a higher tumor drug uptake and a higher tumor to lung drug ratio compared to ILP alone, however, these differences were not significant due to a heterogeneous blood flow drug distribution during ILP which was further accentuated by PDT. Conclusions : Low-dose Visudyne®-mediated PDT pre-treatment has the potential to selectively enhance liposomal encapsulated doxorubicin uptake in tumors but not in normal lung tissue after IV drug application in a rat model of sarcoma tumors to the lung which opens new perspectives for the treatment of superficially spreading chemoresistant tumors of the chest cavity such as mesothelioma or malignant effusion. However, the impact of PDT on macromolecular drug uptake during ILP is limited since its therapeutic advantage is circumvented by ILP-induced heterogeneicity of blood flow and drug distribution Abstract Part II Background : Photodynamic therapy (PDT) with Visudyne® acts by direct cellular phototoxicity and/or by an indirect vascular-mediated effect. Here, we demonstrate that the vessel integrity interruption by PDT can promote the extravasation of a macromolecular agent in normal tissue. To obtain extravasation in normal tissue PDT conditions were one order of magnitude more intensive than the ones in tissue containing neovessels reported in the literature. Material and Methods : Fluorescein isothiocyanate dextran (FITC-D, 2000kDa), a macromolecular agent, was intravenously injected 10 minutes before (LKO group, n=14) or 2 hours (LK2 group, n=16) after Visudyne® mediated PDT in nude mice bearing a dorsal skin fold chamber. Control animals had no PDT (CTRL group, n=8). The extravasation of FITC-D from blood vessels in striated muscle tissue was observed in both groups in real-time for up to 2500 seconds after injection. We also monitored PDT-induced leukocyte rolling in-vivo and assessed, by histology, the corresponding inflammatory reaction score in the dorsal skin fold chambers. Results : In all animals, at the applied PDT conditions, FITC-D extravasation was significantly enhanced in the PDT treated areas as compared to the surrounding non-treated areas (p<0.0001). There was no FITC-D leakage in the control animals. Animals from the LKO group had significantly less FITC-D extravasation than those from the LK2 group (p = 0.0002). In the LKO group FITC-D leakage correlated significantly with the inflammation (p < 0.001). Conclusions: At the selected conditions, Visudyne-mediated PDT promotes vascular leakage and FITC-D extravasation into the interstitial space of normal tissue. The intensity of vascular leakage depends on the time interval between PDT and FITC-D injection. This concept could be used to locally modulate the delivery of macromolecules in vivo. Résumé : La perfusion cytostatique isolée du poumon permet une administration sélective des agents cytostatiques sans implication de la circulation systémique avec une forte accumulation au niveau du poumon mais une faible pénétration dans les tumeurs. La thérapie photodynamique (PDT) qui consiste en l'application d'un sensibilisateur activé par lumière laser non- thermique d'une longueur d'onde définie permet dans certaines conditions, une augmentation de la pénétration des agents cytostatiques macromoléculaires à travers la barrière endothéliale tumorale. Nous avons exploré cet avantage thérapeutique de la PDT dans un modèle expérimental afin d'augmenter d'une manière sélective la pénétration tumorale de la doxorubicin pegylée, liposomal- encapsulée macromoléculaire (Liporubicin). Une tumeur sarcomateuse a été générée au niveau du poumon de rongeur suivie d'administration de Liporubicin, soit par voie intraveineuse soit par perfusion isolée du poumon (ILP). Une partie des animaux ont reçus un prétraitement de la tumeur et du poumon sous jacent par PDT avec Visudyne comme photosensibilisateur. Les résultats ont démontrés que la PDT permet, sous certaines conditions, une augmentation sélective de Liporubicin dans les tumeurs mais pas dans le parenchyme pulmonaire sous jacent. Après administration intraveineuse de Liporubicin et prétraitement par PDT, l'accumulation dans les tumeurs était significative par rapport au poumon, et aux tumeurs sans PDT. Le même phénomène est observé après ILP du poumon. Cependant, les différences avec ou sans PDT n'étaient pas significatives lié à und distribution hétérogène de Liporubicin dans le poumon perfusé après ILP. Dans une deuxième partie de l'expérimentation, nous avons exploré la microscopie intra-vitale pour déterminer l'extravasion des substances macromoléculaires (FITS) à travers la barrière endothéliale avec ou sans Visudyne-PDT au niveau des chambres dorsales des souris nues. Les résultats montrent qu'après PDT, l'extravasion de FITS a été augmentée de manière significative par rapport au tissu non traité. L'intensité de l'extravasion de FITS dépendait également de l'intervalle entre PDT et injection de FITS. En conclusion, les expérimentations montrent que la PDT est capable, sous certaines conditions, d'augmenter de manière significative l'extravasion des macromolécules à travers la barrière endothéliale et leur accumulation dans des tumeurs mais pas dans le parenchyme pulmonaire. Ces résultats permettent une nouvelle perspective de traitement pour des tumeurs superficielles intrathoraciques chimio-résistent comme l'épanchement pleural malin ou le mésothéliome pleural.

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Contient : « Dictionaire [non alphabétique] de marine, contenant l'explication des termes qui sont en usage sur la mer et pour la construction des vaisseaux » ; minute ; quelques figures ; « Proportions d'une frégatte de quarante canons, avec deux ponts et un quart de pont pour la chambre, et du port de 400 tonneaux ou environ » ; « Table pour sçavoir tout d'un coup, ayant le nombre de canons d'une frégatte et navire, combien il aura de longueur », etc ; Figures pour la construction d'un navire

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Contient : Diplôme de Robert le Pieux pour le prieuré d'Argenteuil (Bréquigny, I, p. 509) ; Échange entre l'abbaye de Saint-Germain-des-Prés et l'église de Paris ; Autorisation accordée par saint Louis à tous les laïques de disposer, en faveur des églises, des dîmes qu'ils possèdent ; Liste des abbés de Saint-Pierre-le-Vif de Sens ; Abbés de Montiéramey ; Épitaphes de l'Église Notre-Dame de Troyes ; Extraits du nécrologe de Vauluisant ; Extrait de l'obituaire de la Chapelle-aux-Planches ; Extraits de l'obituaire de Beaulieu, au diocèse de Troyes ; Lettre d'attestation des reliques de Saint-Gengoul de Toul par Louis de Bar, cardinal diacre du titre de Sainte-Agathe ; Abbés d'Auberive ; Extraits des chartes d'Auberive ; Chartes de la léproserie de Troyes ; Notes généalogiques diverses ; Extrait des titres de l'abbaye de la Celle-lez-Troyes et de Saint-Pierre d'Oye ; Extraits de divers titres concernant la Champagne et la Bourgogne ; Extraits du compte de Jean Brochet, receveur des finances de Langue d'oïl ; Épitaphe satirique de l'abbé Bonnet ; Listes de seigneurs de Chaumont, de Troyes et de Paris ; Noms de quelques commandeurs de la commanderie de Troyes ; Table d'un registre d'ordonnances conservé au greffe du Parlement ; Épitaphes de l'église des Jacobins de Troyes, envoyées à Duchesne par Camuzat ; Table de mots « tirés du vieux gaulois » ; Expressions diverses extraites de [la continuation de] Guillaume de Tyr, publiée à Bâle en 1560 ; Chartes concernant les seigneurs de Chappes ; Approbation par Louis de Plancy de l'amortissement d'une terre, fait par Jeanne de Sully, sa mère ; Chartes concernant les seigneurs de Joinville ; Extraits de titres originaux conservés au château de Poissy ; Notes sur divers seigneurs de Champagne ; Pièces relatives à la maison de Chalon ; Pièces relatives aux comtes de Brienne ; Accord entre Charles VI et Guillaume de Luxembourg ; Cession du comté de Brienne faite par Antoine de Luxembourg à Jean de Luxembourg ; Extrait d'un dénombrement des fiefs de la prévôté de Chaumont en Bassigny ; Lettre de Fernand de Gonzague à M. du Vivier, envoyé du duc d'Orléans, au sujet de la rançon du comte de Brienne ; Chartes des seigneurs d'Enghien ; Lettre de Camuzat ; Chartes des comtes de Joigny ; Extraits de titres concernant la famille de Dinteville ; Correspondance de M. d'Eschenets avec [François] de Bassompierre, [François] de Montmorency, etc., en 1552 (quelques originaux) ; Mémoire envoyé à Henri III par M. de Dinteville, lieutenant du roi en Champagne ; Instructions données à M. d'Eschenets, envoyé à Marseille ; Cartels échangés entre Jean du Plessis et Gaucher de Dinteville, sire de Vanlay ; Lettre de Sixte-Quint à François, duc de Luxembourg ; Mémoires sur la vie de François I et François II de Dinteville, évêques d'Auxerre ; Testament de Gaucher de Dinteville ; Mémoire sur la succession de la terre de Polisy, après la mort de Jean de Dinteville ; Nomination de [Joachim] de Dinteville à la charge de lieutenant-général du gouvernement de la Champagne ; Extraits du cartulaire de Montier-la-Celle ; Copies de pièces concernant Troyes et la Champagne, rangées par ordre chronologique ; Requête adressée au roi par Françoise de Montchenu ; Serments prêtés au roi par divers évêques ; Permission donnée par Henri IV aux Jésuites de fonder un collège à Troyes ; Concession du collège de Troyes aux religieux de l'Oratoire ; Épitaphe de Charles de Choiseul, maréchal de France († 1 février 1626) ; Relation de l'enterrement du coeur d'Anne de Bretagne ; Notice sur les impositions levées par les rois de France dans leur royaume ; Note sur le calcul de la longueur de l'année

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Contient : 1° Receptae variae ; 2° « Predications catholiques prechées par le reverend Pere en Dieu GUILEAUME-GENEBRARD, docteur en la Faculté de theologie, archevesque d'Aix, et par luy prechés à la paroysse de Sainct Barthelemy de Paris, en l'année mil cinq cens nonante deux » ; 3° Preces variae ; 4° « Les 30 Commendements » de « Socrates, Aristote, Plato et Ciceron » ; 5° Tableaux de mesures de longueur ; 6° Priviléges de Cluni, d'après le concile de Trente ; 7° Noël en provençal sur Ste Marie-Madeleine ; 8° Autre Chant sur la Résurrection ; 9° « Oratio Hieremie prophete », avec notation ; 10° « Chrestienne Meditation sur le Pater noster », en vers ; 11° « Coppie de la sentence prononcée par Ponce Pilate,... à l'encontre de Jesus Christ » ; 12° « L'Ordre qu'il faut tenir en prononsant une excomu[n]icatiom »

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Contient : 1 Sept vers latins exprimant par un mot la caractéristique de chaque mois dans l'année ; « Pocula Janus amat et Februus algeo clamat... » ; 2 Catéchisme en flamand. Extrait ; 3 Copie faite en 1570, par « Philippe Harduyn de S. Jaques », d'un traité imprimé à Louvain en 1550, traité composé « par frere ADRIEN DE MALINES, de l'ordre de S. François », sur la manière de se préparer à recevoir la communion. En flamand ; 4 Extrait concernant la médecine des sauvages de la Floride, tiré de « LESCARBOT, en son Histoire » de la Nouvelle-France, imprimée en 1609, « livre VI, chapitre XV » ; 5 Traduction par « PH. HARD[UIN] de S. JA[CQUES] » du traité dont nous avons la copie plus haut, sous le n° 3 ; 6 Extraits tirés de l'« Histoire de la mission de quelques capucins en l'isle de Maragnan, livre Ier, chap. III, VIII, XXXV, XXXVIII, XLII, XLIV », sous les rubriques « maladies contagieuses... poissons estranges... oyseaux... arbres... la saison des vents au pays du Bresil... fruicts qui se trouvent en l'isle de Maragnan... papillons... admirable longueur de vie » ; 7 Les serments « de l'espée... de la dague... du baston à deux bouz... de la roue » ; 8 « Basse dance commune » ; 9 Citation : « Quid enim bonum ejus est... » ; 10 Date de la naissance de Philippe Coifin ; 11 Copie de la « requeste presentée par ceux d'Anvers, qui communement se faisoyent nommer gueux, au roy catholique, leur souverain seigneur » ; 12 « A monseigneur Mr le comte de Hoocstraede, gouverneur pour S. M. en la ville d'Anvers, et messigneurs les bourgmeesters et eschevins et conseil aud. Anvers », requête ; 13 « De la noblesse », discours ; 14 « Exemple memorable d'un serment frauduleusement fait », tiré de « PAUL EMILE, lib. Ier des Gestes des François » ; 15 « De nomine Ernesto, ex WOLFGANGO LAZIO », dans l'ouvrage de cet auteur qui a pour titre : « De gentium aliquot migrationibus ». En latin ; 16 « Ex sancta BRIGIDA », citation, en latin ; 17 Quatre vers latins prophétiques ; 18 Huit vers latins prophétiques ; 19 Deux vers latins sous le titre : « Volumen anni 1588 » ; 20 « Aliud distichon chronicon » ; 21 « Denombrement des archeveschez, eveschez, duchez, baronnies et comtez, villes et villages, feux et arpens de terre du roiaume de France » ; 22 « Longueur de vie, fécondité des femmes », extrait de l' « Histoire de la mission de quelques capucins en l'Isle de Maragnan, chap. XLIV » ; 23 Lettre de BODIN : « Mr, j'ay envoyé à Mr le procureur general les procez verbaux, comme il m'estoit enjoint, de l'execution de l'arrest de la cour, l'ayant receu dimenche dernier XIXe de mars... » ; 24 Lettre de BODIN : « Mr, ce petit mot servira de messager pour vous prier de me faire sçavoir comment Mr d'Ogier et sa famille se portent... » ; 25 Lettre de BODIN : « Mr, j'ay eu peur que vostre ville ne fut contrainte, par faute de vivres, de capituler à dures conditions, ayant sceu que la livre de beurre s'estoit vendue quinze solz... Ce 15e jour » d' « aoust 1589 » ; 26 Lettre de BODIN : « Mr, je desyre sçavoir de voz nouvelles et de vostre famille et qui soyent bonnes, combien qu'il est impossible, en une calamité si generale... De Laon, ce 7e jour de novembre 1591 » ; 27 Lettre de BODIN : « Mr, contre tant de calamitez si faut il chercher tous les moyens de se consoler, quand l'occasion s'y presente... Ce ... 12e janvier 1593 » ; 28 Lettre d' « ALEXANDRE FANCESCHI,... à l'illustrissime et reverendissime ! Monseigneur, cela que j'ay dit et exposé à vostre seigneurie illme aprez luy avoir presenté le bref de creance de la part de N. S. Pere... » ; 29 « Lettre de Mr BODIN, imprimée à Paris par Guillaume Chaudiere. Mr, depuis trois jours un de mes amiz vous ayant visité m'a rescrit que vous estiez demeuré fort estonné de ce que j'estoy ligueur... De Laon, ce 20 janvier 1590 » ; 30 Relation sommaire des actes de la conference tenue à Suresnes en 1593 ; 31 « Le procez, par PIERRE DE RONSARD, Vandosmois », pièce de 272 vers adressée « à tres illustre prince Charles, cardinal de Lorraine » ; 32 Deux vers latins relatifs audit procès ; 33 Deux vers latins répondant aux deux qui précèdent ; 34 « Animaux terrestres qui se touvent à Maragnan... animaux rampans » ; 35 « De l'imprimerie » ; 36 « Sententiae selectae ex diversis authoribus ». En latin ; 37 « Praecepta quaedam » ; 38 « Recueil des choses advenues en France » ès années 1559, 1560, 1574 et 1575 ; Mariage d'Élisabeth de France, fille de Henri II, avec Philippe II, roi d'Espagne ; Supplice d'Anne Du Bourg, conseiller au parlement, convaincu d'hérésie ; Mort de Henri II, roi de France, blessé dans un tournoi par le comte de Montgomery ; Tumulte d'Amboise ; Siège de Domfront par le Sr de Matignon, en 1574 ; Mort de Charles IX ; Arrivée de Henri III à Lyon ; « Lances et brandons de feu », vus dans le ciel en 1574 et en 1575 ; 39 Deux vers ; 40 « Marque du vray François » ; 41 Deux vers ; 42 « Marque du vray catholique françois » ; 43 « Discours de ce que le general PORTAL expedia au voyage qu'il fit au camp du prince de Condé » ; 44 « Fragment de la remonstrance et requeste faite à Leurs Majestez par le general PORTAL » ; 45 « Discours merveilleux de Malchus » ; 46 « Stances de la Chasse aux dames » ; 47 « Dictons vulgaires » (fol. 49) ; 48 « Feux merveilleux advenuz à Rouen », en « 1118... 1100... 1126... 1073... 1193... 1203... 1220... 1228... 1243... 1514... 1513... 1515... 1569... 1330... 1472... 1415... 1480... 1519... 1453... 1315... 1483... 1513... 1550... 1523... 1347... 1477... 1479 » ; 49 « L'orloge de la passion de nôtre sauveur et redempteur Jesu-Chrit » ; 50 Maximes de droit féodal : « Le prince ou signeur qui fait felonnie à son vassal... » ; 51 « Les sept archeveschez du royaume de France » ; 52 « De corona imperatoria. Imperator romanus tribus coronis debet coronari... » ; 53 « Versus (5) vulgares de septem electoribus imperii » ; 54 « De la cité de Venise. La cité de Venise ne reconnoit aucun supérieur en temporalité... » ; 55 Note ; 56 Note sur les ressources que l'on peut tirer d'un impôt de 20 livres par clocher en France ; 57 « Le pris des monnoyes d'or et d'argent, publié en France, l'an 1532, au mois de mars, et l'an 1533, au moys d'avril », note ; 58 « Aetates hominis », tableau ; 59 « Cur Beda venerabilis titulo decoretur », note, en latin ; 60 Comment St Jérôme ordonna le service liturgique de l'église, note ; 61 Note sur trois baptêmes de cloches à Fleury-sur-Andelle, l'an 1529 ; 62 Baptêmes de cloches à « Noion-sur-Andelle, à present dit Charleval... l'an 1574 » ; 63 « La suscription des cloches de Charleval » mentionnées ci-dessus. En latin ; 64 « Epitaphium Georgii Fereyi Carlovalli, in divi Dyonisii aede sepulti, a patre Joanne Fereyo compositum ». En latin ; 65 « Outiz d'un cordouannier : un tranchet, une allenne. Il y en a de propres à besongner en liege... » ; 66 « Motz de gaudisserie », note ; 67 « Declaration des benefices estans à la donnaison et presentation de l'archevesque de Rouen, au diocese dud. Rouen ». En latin ; 68 « Lettre du roy CHARLES IX au Sr de Carrouges, gouverneur de Rouen » ; 69 « Epigramma de morte Molaei, propter conspiratam regis mortem capite truncati anno 1574 » ; 70 « De musices tonis. Primus tonus, qui dorius alio nomine dicitur... ». En latin ; 71 « De sainte Maxellende, vierge et martyre » du Cambrésis. « Au tems du roy de France, nommé Thierry,... laquelle celebre sa feste le XIIIe de novembre » ; 72 Note sur Hardouin, doyen du Mans, qui l'an 1161 fut fait archevêque de Bordeaux ; 73 « Recueil d'un dialogue auquel est introduite Alythie, c'est-à-dire Verité, laquelle est logée en ces quartiers de la Hongrie, qui est souz la puissance du Turc, par l'autheur, qui est inconnu, si ce n'est qu'aucuns l'attribuent au Sr Du Plessis, de la maison de Bouy, huguenot » ; 74 « Capitulation faite par le Sr de Mattignon avec ceux de Carenten, l'an 1574 » ; 75 « Lettre de la royne, mere du roy, regente en France, au bailly de Gisors... Nous avons entendu que plusieurs personnes, tant nobles que roturieres, qui estoyent en la guerre de Normendie... Donné à Paris, le 17 juillet 1574. Signé : CATHERINE » ; 76 « Lettre de M. DE LA MAILLERAYE, gouverneur en Normendie, en l'absence du duc de Bouillon, au bailly de Gisors. Mr le bailly, je ne vous sçauroy mieux instruire de l'intention de la royne... De La Mailleraye, le XXIIIIe de juillet 1574. DE MOY » ; 77 « Quibus planetis unumquodque musices intervallum tribuatur. Jupiter habet gratiam vocis octavae simul et quintae... Musicae genera elementis simul atque quatuor humoribus convenire dicebant veteres... coelo stellato contribuerunt ». En latin ; 78 « ERASMUS, in epistola ad Joannem et Stanislaum Bonneros, fratres polonos, Terentii comoediis praefixa : Nihil homini melius pietate... ». En latin ; 79 « Anticlaudianus. De peculiari multorum artificum dote » ; 80 « PIERRE RONSARD » ; 81 « ANTHOINE BAÏF » ; 82 Sentences en latin ; « Quemadmodum bona prudentiae pars... » ; « Ad parandam eruditionem... » ; « Ea demum in omnem vitam... » ; 83 « Stadium spatium est quod centum et viginti quinque nostros efficit passus... », définition du stade d'après Pline, livre II, chap. XXIII. En latin ; 84 Sentences et réflexions, en latin ; « Difficile est, ut divus Hieronymus ait, senum mutare linguam... ». En marge on lit : « FUCHSIUS, in epistola nuncupatoria medicinae paradoxis affixa » ; « Nullum imperium, imo ne religio quidem ipsa sine literarum praesidio conservari potest... » ; « Si linguas literasque bonas rebus humanis princeps exemerit... » ; « Principum nostrae aetatis... » ; « Neque melius, neque honestius... » ; « Adulatores unum hoc conantur... » ; « Illa in studiis dissensio ac conflictatio Hesiodo, atque adeo Galeno, utque mortalibus longe utilissima sit prohatur... » ; « Arabes medici in universum omnes nihil aliud conati sunt, nisi quod ex aliorum... » ; « Convenit ut princeps imperii sui ac rerum agendarum initia a gloriae Dei propagatione capiat... » ; « Anno M. D. XXXIV scripsit Leonarthus Fuchsius libros Paradoxorum medicinae... » ; « Nihil indecorum est docere, quod didicisse sit utile et honestum » ; 85 « La riviere du Nil sourd du lac appellé Zaïre... » ; 86 « Quatrain sur les estatz tenus à Blois au mois de decembre 1576 » ; 87 « Autre » quatrain sur les états de Blois en 1576 ; 88 Pensées, sentences et réflexions, en latin ; « Ut poesis suam a musica άρμονίαν, geometria proportiones ab arithmetica mutuatur... ». En marge on lit : « Ex JACOBI OMPHALII jureconsulti nomologia » ; « Quemadmodum Apelles et Parrhasius suam imaginibus addiderunt symmetriam... » ; « Ut apud Platonem Socrates,... » ; « Clysteris usus ibi Aegiptiae avi... » ; « Absolvitur reus... » ; « Absens in criminibus damnari non debet, ut divus Adrianus,... » ; « Cicero Asiaticorum levitatem... » ; « Mentitur in carcere, qui dolorem pati potest... » ; « Sicut frons parva modestiae... » ; « Certus et constans usus plenam in re omni parit perfectionem » ; « Quo quenque naturae έ'ξις ferat... » ; « Quemadmodum medici leviter aegrotantes leviter curant... » ; « Ut tempestates saepe certo aliquo coeli signo commoventur... ». En marge on lit : « EX CICERONIS oratione pro Murena,... » ; « Argumentationes viscera ac veluti nervi sunt orationis... » ; « Diversum argumentandi morem rhetor a dialectico sectatur... » ; « Argumentatio syllogismorum figuras ac modos complectitur... » ; « Nasica disoit qu'il estoit bon que Romme eust toujours un ennemy à qui faire la guerre... ». D'après « FLORUS » ; « Nullae laudes tam firmae... ». A la marge on lit : « JOAN. PICARDUS JONKERIANUS, de prisca celtopaedia lib. I » ; « Ut ex medicina nihil oportet putare proficisci... ». En marge on lit : CICERO, lib. de Inventione » ; « Sicut medico diligenti, priusquam conetur aegro adhibere medicinam... ». En marge on lit : « Idem [CICERO] lib. II de Oratore » ; « JUSTINIANUS de lege Aquilia, tit. III. Institutionum imperialium : Si medicus qui servum tuum secuit... » ; « Qui moritur minis sepelitur crepitibus asininis » ; « Vinum et musica laetificant cor... » ; « Tibiae et psalterium... » ; 89 Distique accompagnant un cadeau envoyé, le 23 novembre 1594, à-Philippe Harduyn de St-Jacques, le lendemain de son mariage avec Geneviève Drouet ; Aureus est annus, sunt aurea munera, dulces... » ; 90 « Le soleil dechasse les tenebres... » ; 91-92 « Sur les figures nouvellement erigées à l'Horloge du Palais, à Paris. Quadrains » ; 93 « 1587. De quinque Henricis : Valesio, Guisio, Navarraeo, Condaeo, Montmorencio » ; 94 Six vers composés par « le president FAUCHET », après avoir « veu son effigie representée à S. Germain en Laye souz le nom de Neptune » ; 95 Proverbes ; « El fuer de Aragon... ». En espagnol ; « Noyer en vigne... » ; 96 Examen de la question suivante : « A sçavoir si les femmes doivent estre rejettées de l'heritage du royaume, comme aussy de son gouvernement, par le droict francogallique. Chap. XIX » ; 97 « La vraye origine de ces mos Guelphes et Gibelins. Les divisions et partialitez qui avindrent en Italie... » ; 98 « Pourquoy les Normans ont esté ainsy appellez. BELLEFOREST, au IIIe livre de son Histoire universelle, chap. XL, rejette l'opinion commune de ce mot Norman... » ; 99 Pensées diverses, en latin. « Levior majori succedens labor ipso magis otio recreat... » ; 100 GESNERUS, « in epistola nuncupatoria bibliothecae, sive catalogi universalis omnium scriptorum : De theriaco remedio tres Galeni (ut creditur) libros habemus... ». Extrait, en latin ; 101 « Bussii epitaphium, magistro nostro HANGAR, doctore theologo parisiensi authore » ; 102 « Jacobi de Levi, herois Queslaei, epitaphium in [aede] divi Pauli (ubi honorificentissime, jussu Henrici III, regis christianiss., cui έταϊρος chariss. et in deliciis summopere fuit, idem Queslaeus sepultus jacet, ibique monimentum marmoreum valde superbum ab eodem rege erectum est in ejusdem Queslaei memoriam) literis aureis marmori insculptum » ; 103 « Ad idem epitaphium velut responsum in laudem victoris Entragaei, ab eodem theologo » ; 104 « Hoc sequens prognosticon inventum fuit in libro quodam manuscripto apud Carthusienses parisinos, fol. LXXV, circa annum Domini [1422], dum regnaret in sede lilii Carolus nomine Sextus, circiter quadragesimum tertium seu postremum annum regni ejusdem : « Cum rex Henricus regnabit origine Francus... » ; En latin ; 105 « Epistola domini PII, papae, transmissa Ludovico, christianiss. Francorum regi, ad quassationem... Sanctionis Pragmaticae. Charissime in Christo fili, salutem et apostolicam benedictionem. Accepimus ex literis venerabilis fratris nostri Johannis, episcopi Atrebatensis... Datum Romae, die XXVI octobris, anno Domini 1461, pontificatus nostri anno quarto ». En latin ; 106 « Ex epistola nuncupatoria quarti libri ARNOLDI FERRONII de Gestis Gallorum. Tres causae quibus homines ad historiam scribendam maxime stimulantur... ». En latin ; 107 « Industria, honore et liberalitate alitur... ». En latin ; 108 Six lignes, en latin, concernant Maximilien Ier, empereur d'Allemagne ; 109 « Breve instruction de musique » ; 110 « Des cometes » ; 111 « Extrait d'un livre intitulé : la Fontaine de toutes sciences, fait par le philosophe SIRACH, et imprimé à Paris, l'an 1486, le 20e de fevrier, auquel le roy Boetus demande et led. Sirach respond » ; 112 Notes à l'usage de celui qui veut faire bâtir ; 113 « Quando et quis primum in Hispania rex catholicus sit dictus ». En latin ; 114 « Discours ... tiré d'un livre intitulé : Response des vrays catholiques françois à l'avertissement des catholiques anglois, pour l'exclusion du roy de Navarre, nommé Henry de Bourbon, de la couronne de France, imprimé l'an 1588, sans exprimer autrement le nom de l'autheur et de l'imprimeur, combien que l'on se doubte que l'autheur soit un nommé D'ORLEANS, advocat, lequel on estime aussy avoir composé luy-mesme l'advertissement des catholiques anglois aux catholiques françois » ; 115 Sentence tirée du même livre, « laquelle l'autheur attribue à Pacianus, evesque de Barcelonne » ; 116 Mesures de capacité dans leurs applications au vin, au blé, au sel, à l'avoine. Mesures pour le bois, le foin et la paille ; 117 Noms latins de plusieurs parties de la tête ; 118 Sentences latines accompagnées de la traduction en français ; 119 HENRICUS LORITUS GLAREANUS, in praefatione operum Boethii : Philosophia mutas vocat meretriculas... ». En latin ; 120 « Voyage ou navigation de JEAN VAN HUYGHEN DE LINSCHOT, imprimé à Amstelredam, 1596. Commencé l'an 1579, le 6e de decembre, depuis l'isle de Texel jusques en Seville, dans un navire qui alloit à S. Lucas de Barrameda... » ; 121 « Thema latinum ad charissimum patremmeum ». En latin ; 122 Lettre, en français, dudit écolier « JOANNES SANJACOBAEUS », adressée à son père. Il y parle de son précepteur, « Mr Greslet » ; 123 Récit de l'entrée de Marie de Médicis, reine de France, en Avignon, en novembre 1600 ; 124 Épitaphe de « Jehan Fourcade, dit Portet, natif de Paris », décédé à Blois, le 18 janvier 1602, apres avoir « servi S. M. et les defuncts rois ses predecesseurs, de pere en fils, l'espace de cent vingt ans » ; 125 Notes concernant don Juan d'Autriche, 1571 : ; 126 Mémoire sur la maison de Joyeuse, par « MARCEL VILTERS » ; 127 Notes ; « Medecins du Japon » ; « Croyance des sauvages, apprise du grand Sagamo des Algoulmequins, appellé Besouat, par le Sr Champlein, nonmé Samuel, tirée de l'Histoire de la Nouvelle France, livre III, chap. 2, page 294 » ; « Maladie estrange [jambes enflées, guéries par l'annedda], chap. 24 du livre III de l'Histoire de la Nouvelle France » ; « Maladies estranges » : scrofule, goître, scorbut. Histoire de la Nouvelle France, livre IV, chap. 6, page 468 ; « Marsoins, poissons » ; « Des devins. L'ESCARBOT, dans son Histoire de la Nouvelle France, livre VI, chap. 5, page 725 » ; 128 « Enfantement merveilleux. Marguerite, fille et heritiere de Florent, comte de Hollande, et de Mathilde,... de Brabant, accoucha, tout d'une ventrée, de 364 enfants, tant masles que femelles, l'an... 1276, le jour du jeudi absolut, à neuf heures du matin, estant âgée de 42 ans.... » ; Le même fait a été raconté en latin, par ERASME et par JEAN LOUIS VIVES, que notre ms. cite ; Le compilateur blâme Erasme d'avoir mis la vérité de ce fait en doute ; 129 « Fragment de quelques demandes catholiques aux prelats presens à la mort de M. de Guise, à Blois, faite par le commandement de Henri III, roi de France. 1588. Si ce sanglant homicide fut advenu par un premier et soudain mouvement de courroux... » ; 130 « Memoires propheticques. Si le plain de la lune est rouge à coulleur d'or, signifie vents... » ; 131 « Les quattre mariages de Philippe d'Austriche, roi des Espaignes » ; 132 Inscriptions, en latin, rappelant la prise de Calais sur les Anglais, en 1558, par le duc de Guise, François de Lorraine, et la libéralité de Henri II, accordant audit duc de Guise et à sa postérité une maison dans Calais, en mémoire de ce haut fait ; 133 Résumé de « la capitulation de la citadelle et chasteau de Montmelian » ; 134 « Genealogie et succession des rois à la couronne de France, et le nombre des ans qu'ils ont regné », depuis Pharamond jusqu'à Henri III inclusivement ; 135 Quatre vers latins composés par « M. PETRUS L'AFFILEUS » sur le symbole et la dévise adoptés par Henri III, roi de France ; 136 Note de trois lignes sur la reine Élisabeth d'Angleterre ; 137 « Des medecins et chirurgiens sauvages » ; 138 « Du mot de Saga » ; 139 Note tirée de « L'ESCARBOT, en son Histoire » de la Nouvelle France, « livre VI, chap. 6, pages 736 et 737 », touchant plusieurs « mots françois derivez du grec » ; 140 Note sur la mort de « Jacobus Picolominus,... cardinalis papiensis », décédé en septembre 1479. En latin ; 141 Note sur « le prieur de Mondidier » qui, en 1613, avala, pour se guérir d'une pituite, quatre balles de plomb ; 142 La valeur de l'écu à Paris en 1465, d'après un passage du IVe livre de « la Mer des histoires et chroniques de France, imprimez à Paris » en « 1518 » ; 143 « De nobilitate collectanea ». En latin ; 144 Récit concernant l'histoire de la Ligue à Paris, du 15 novembre au 8 décembre 1591 ; 145 Noms de « ceux qui ont escrit qu'il faloit tuer les tyrans » ; 146 Passage tiré de « L'ESCARBOT, en son Histoire, livre VI, chap. 7, page 787 », concernant les « philosophes et theologiens appellez Sarronides et beaucoup plus anciens que les Druides » ; 147 Autre passage tiré de « L'ESCARBOT, en son Histoire, livre VI, chap. 11, page 840 », concernant le « breuvage des Floridiens, casiné », et celui des Brésiliens, « caouin » ; 148 Récit des cérémonies observées pour l'abjuration et l'absolution du roi Henri IV à St-Denis, le 25 juillet 1593 ; 149 « Lettres closes envoyées par ledict HENRY [IV] à ses cours de parlement, touchant sa conversion... Escrit à S. Denis en France, ce dimenche 25 juillet 1593 » ; 150 Resumé de la sentence prononcée contre Pierre Barriere, accusé d'être venu de Lyon à Melun pour tuer le roi Henri IV. 1593 ; 151 « Escrit... affiché aux carrefours des rues de la ville de Paris, le 28e d'octobre 1593 », et adressé « au peuple de Paris », en faveur du roi Henri IV ; 152 « Sommaire du traité fait entre l'empereur Charles Ve et le roy de Tunes, nommé Muleassem, le VIe d'août mil VC; XXXV, etans en leurs personnes pres La Goullette dud. Tunes » ; 153 « Sommaire des lettres de l'empereur [Charles V], du 16 d'out [1535], écrites en la galere, au goulfe de La Goulette » ; 154 « Requete presentée par la noblesse » des « Pays-Bas à Mme de Parme, lors gouvernante e dis Pays Bas, pour le roy catholique, son frere, le IIIe d'avril 1566 » ; 155 « Les articles avec lad. requete presentés » ; 156 « Apostille de S. A., rendue le VIe d'avril, au Sr de Brederode, contes de Culenbourg, Ludovic de Nassau et Van den Berghe, accompagnés de la noblesse » ; 157 « Promesse faite aus gentishommes assemblés en la ville de Bruxelles, par les chevaliers de l'ordre, le VIe d'avril » 1566 ; 158 « Discours sur le fait de la religion ès Pays-Bas » ; 159 « Lettre envoyée à Mme de Parme par JAN DE LIGNE,... De Harlingen, ce 6e de may 1567 » ; 160 Note sur les personnages nommés dans la lettre indiquée ci-dessus ; 161 « Extrait de la lettre du lieutenant de Grueninge, escritte au comte d'Arenberghe, au lieu de Schermer, en date du 4 de may » ; 162 « Lettre d'ANNE DE LORRAINE à Mme de Parme,... De Nancy, ce premier d'aoust » ; 163 « Sentences » ; 164 « Rondeau fait par Mme D'ENTRAGUES » ; 165 « Enseignement d'auteur incertain » ; 166 Explication de quelques termes employés par « l'auteur des Eschets » ; 167 « Echo » ; 168 « Noms des vieux poëtes françois » ; 169 Anecdote sur « le roy Demetrius » ; 170 « Echo » sur les Gueux ; 171 « Epitaphium Joannis Hanard, baronis de Likerke » ; 172 Extraits de S. Bernard, S. Mathieu, S. Augustin, S. Grégoire, S. Jérome, Isidore de Séville, l'Ecclésiaste, S. J. Chrysostome, S. Paul, S. Ambroise, le livre des Proverbes. En latin ; 173 « Bona que proveniunt ex sumptione Eucharistiae ». En latin ; 174 « Septem peccata criminalia » et « virtutes contrariae ». En latin ; 175 « Douse degrés d'humilité » ; 176 « L'effet des cometes en leur signe », note ; 177 « Lettre de PONCE PILATE, envoyée à l'empereur Tybere, prise des ecris d'EGESIPPE et mise en françois par FRANÇOIS BOURGOING » ; 178 Notes sur « Hérodiade » et « Hérode,... Octavian Cesar Auguste,... Pilate » ; 179 Lettre de « PONCE PILATE à Claude Tybere » ; 180 Note sur « Theodoze,... prince des Juifs... au temps de Justinian, empereur, bon chrestien » ; 181 Notes sur S. Mathieu, S. Jacques, S. Justin, une erreur du pape Jean XXII, concernant la vision de Dieu, « Here, pamphilien », les opinions contraires de Protagore et d'Anaxagore sur l'existence de Dieu, Crésus, roi de Lydie, Cambyse et Otanès, fils de Sisanès, Heliogabale, Maximin, Socrate, déclaré vicieux par un « jongleur... Zeleuque, roi des Locres », qui se fit crever un oeil pour se punir de la fante commise par son fils ; 182 Six vers sur le bonheur qui attend apres la mort celui qui a bien vécu ; 183 « Nihil est in rebus humanis magnum, nisi animus magna despiciens » ; 184 Maximes et sentences ; 185 Anecdote concernant Alphonse, roi de Naples, lequel fut guéri par la lecture de Quinte-Curce d'une maladie qui avait résisté aux remèdes des médecins ; 186 Concordance chronologique de Philon et de Métasthène avec l'Ecriture, touchant les événements principaux de l'histoire des Babyloniens et de celle des Perses ; 187 « De militia ». Extraits tirés de « Frontinus,... Helinandus,... Valerius,... Aristoteles ». En latin ; 188 « De religione ». Extraits tirés de « Macrobius,... Tullius ». En latin ; 189 « Sententiae ex diversis authoribus ». En latin ; 190 « Quae sequuntur ex JOANNE COCHLAEO in Paraclisi ad semper victricem Germaniam decerpta sunt ». En latin ; 191 Anecdote concernant « Abrincus,... Guysoïnus,... Wapingo », princes de Neustrie, « au tems de Jule Cesar » ; 192 Maxime tirée d'« EPICTETE, philosophe stoïque grec, traduit par Rivaudeau, Poitevin. Tais-toy, la pluspart du tems... » ; 193 Organisation religieuse, judiciaire et militaire des Romains ; a ; « Des estas establiz à Rome pour le fait de la religion... Du grand pontife et ses collegiaux » ; « Des duumvires, decemvires et quindecimvires etabliz au fet de la religion » ; « Des augures » ; « Du roy des sacrifices » ; « Du flamine dial et autres » ; « Des confreres que les Latins appeloét sodales » ; « Des vierges vestales » ; « Des septemvires epulons » ; « Des feciales et victimaires » ; b ; « Des magistratz civilz ordinaires... Des consuls » ; « Des proconsuls » ; « Des lieutenans consulaires ; « Des preteurs » ; « Des tribuns du peuple » ; « Des censeurs » ; « Des questeurs » ; « Des ediles » ; c ; « Principaus... magistraz civilz... extraordinaires... Des dictateurs et mètre des chevaliers » ; « Du tribun des gendarmes » ; d « Maniere de fere mout notable, qu'observoet les Rommeins aus obseques de leurs mors, et memement come iz bruloét les cors des empereurs, et come les canonizoét » ; 194 « Certeines monnoyes des anciens reduites à la monnoye de France » ; 195 « Explication d'aucuns moz et passages contenuz en Suetone Tranquille » ; 196 « Sonnet sur la paix de l'an 1570 » ; 197 Sonnet adressé « à Mr Du Tronchet,... par DEMONGISON » ; 198 « Autre sonnet » du même ; 199 « Huitain » ; 200 Requete, en vers, adressée au « duc d'Albe » par son « musicien Theodore Ristel » ; 201 « Coq à l'ane d'un Parisien » ; 202 Recette « pour bien choisir un cheval » ; 203 « Propos cruel de Charles, duc de Bourgongne », après le massacre des habitants de Nesle, en Picardie ; 204 « Histoire du laurier » ; 205 Quatre lignes sur le Danube ; 206 « De la proportion de l'homme » ; 207 Érection du duché de Bohême en royaume ; 208 « Histoire merveilleuse d'un roy de Gracchovie... Popiel,... qui fut mangé des raz » ; 209 D' « un evesque de Mayence, nommé Hatto », qui fut mangé par les rats vers « l'an 914 » ; 210 Noms des inventeurs de l'imprimerie et de l'artillerie et dates de ces découvertes ; 211 « Petit discours de la vie de Martin Luther », jusqu'en 1520 ; 212 Vie et miracles des saintes « Maure et Brigide, vierges et martyres » ; 213 Lettre relative à la convocation des états en 1576 ; 214 Note datée du 9 mai 1571, concernant la valeur de plusieurs chapes ? En latin ; 215 Note du « 3e janvier 1611 », qui est le résumé, semble-t-il, d'un procès-verbal d'autopsie

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La traduction du nouveau Code civil néerlandais en anglais et en français représentait un grand défi en raison du caractère systématique et fondateur d’un code, du recours à une terminologie et à une organisation nouvelles et de la longueur des articles. Dans un premier temps, le Code a été traduit selon une terminologie juridique anglaise strictement civiliste, tant en anglais qu’en français, et a été publié sous un format trilingue. Toutefois, sous la pression des praticiens, lesquels recherchaient une traduction correspondant mieux aux attentes de lecteurs anglophones habitués à la terminologie de la common law, une formule a été élaborée pour produire une version anglaise compréhensible pour les deux familles juridiques, au besoin hors de tout contexte et sans recourir à des notes. Une telle formule mérite considération lorsqu’il s’agira de produire d’autres traductions de textes civilistes en anglais.

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La phylogénie moléculaire fournit un outil complémentaire aux études paléontologiques et géologiques en permettant la construction des relations phylogénétiques entre espèces ainsi que l’estimation du temps de leur divergence. Cependant lorsqu’un arbre phylogénétique est inféré, les chercheurs se focalisent surtout sur la topologie, c'est-à-dire l’ordre de branchement relatif des différents nœuds. Les longueurs des branches de cette phylogénie sont souvent considérées comme des sous-produits, des paramètres de nuisances apportant peu d’information. Elles constituent cependant l’information primaire pour réaliser des datations moléculaires. Or la saturation, la présence de substitutions multiples à une même position, est un artefact qui conduit à une sous-estimation systématique des longueurs de branche. Nous avons décidé d’estimer l‘influence de la saturation et son impact sur l’estimation de l’âge de divergence. Nous avons choisi d’étudier le génome mitochondrial des mammifères qui est supposé avoir un niveau élevé de saturation et qui est disponible pour de nombreuses espèces. De plus, les relations phylogénétiques des mammifères sont connues, ce qui nous a permis de fixer la topologie, contrôlant ainsi un des paramètres influant la longueur des branches. Nous avons utilisé principalement deux méthodes pour améliorer la détection des substitutions multiples : (i) l’augmentation du nombre d’espèces afin de briser les plus longues branches de l’arbre et (ii) des modèles d’évolution des séquences plus ou moins réalistes. Les résultats montrèrent que la sous-estimation des longueurs de branche était très importante (jusqu'à un facteur de 3) et que l’utilisation d'un grand nombre d’espèces est un facteur qui influence beaucoup plus la détection de substitutions multiples que l’amélioration des modèles d’évolutions de séquences. Cela suggère que même les modèles d’évolution les plus complexes disponibles actuellement, (exemple: modèle CAT+Covarion, qui prend en compte l’hétérogénéité des processus de substitution entre positions et des vitesses d’évolution au cours du temps) sont encore loin de capter toute la complexité des processus biologiques. Malgré l’importance de la sous-estimation des longueurs de branche, l’impact sur les datations est apparu être relativement faible, car la sous-estimation est plus ou moins homothétique. Cela est particulièrement vrai pour les modèles d’évolution. Cependant, comme les substitutions multiples sont le plus efficacement détectées en brisant les branches en fragments les plus courts possibles via l’ajout d’espèces, se pose le problème du biais dans l’échantillonnage taxonomique, biais dû à l‘extinction pendant l’histoire de la vie sur terre. Comme ce biais entraine une sous-estimation non-homothétique, nous considérons qu’il est indispensable d’améliorer les modèles d’évolution des séquences et proposons que le protocole élaboré dans ce travail permettra d’évaluer leur efficacité vis-à-vis de la saturation.

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Des variations importantes du surenroulement de l’ADN peuvent être générées durant la phase d’élongation de la transcription selon le modèle du « twin supercoiled domain ». Selon ce modèle, le déplacement du complexe de transcription génère du surenroulement positif à l’avant, et du surenroulement négatif à l’arrière de l’ARN polymérase. Le rôle essentiel de la topoisomérase I chez Escherichia coli est de prévenir l’accumulation de ce surenroulement négatif générée durant la transcription. En absence de topoisomérase I, l’accumulation de ce surenroulement négatif favorise la formation de R-loops qui ont pour conséquence d’inhiber la croissance bactérienne. Les R-loops sont des hybrides ARN-ADN qui se forment entre l’ARN nouvellement synthétisé et le simple brin d’ADN complémentaire. Dans les cellules déficientes en topoisomérase I, des mutations compensatoires s’accumulent dans les gènes qui codent pour la gyrase, réduisant le niveau de surenroulement négatif du chromosome et favorisant la croissance. Une des ces mutations est une gyrase thermosensible qui s’exprime à 37 °C. La RNase HI, une enzyme qui dégrade la partie ARN d’un R-loop, peut aussi restaurer la croissance en absence de topoisomérase I lorsqu’elle est produite en très grande quantité par rapport à sa concentration physiologique. En présence de topoisomérase I, des R-loops peuvent aussi se former lorsque la RNase HI est inactive. Dans ces souches mutantes, les R-loops induisent la réponse SOS et la réplication constitutive de l’ADN (cSDR). Dans notre étude, nous montrons comment les R-loops formés en absence de topoisomérase I ou RNase HI peuvent affecter négativement la croissance des cellules. Lorsque la topoisomérase I est inactivée, l’accumulation d’hypersurenroulement négatif conduit à la formation de nombreux R-loops, ce qui déclenche la dégradation de l’ARN synthétisé. Issus de la dégradation de l’ARNm de pleine longueur, des ARNm incomplets et traductibles s’accumulent et causent l’inhibition de la synthèse protéique et de la croissance. Le processus par lequel l’ARN est dégradé n’est pas encore complètement élucidé, mais nos résultats soutiennent fortement que la RNase HI présente en concentration physiologique est responsable de ce phénotype. Chose importante, la RNase E qui est l’endoribonuclease majeure de la cellule n’est pas impliquée dans ce processus, et la dégradation de l’ARN survient avant son action. Nous montrons aussi qu’une corrélation parfaite existe entre la concentration de RNase HI, l’accumulation d’hypersurenroulement négatif et l’inhibition de la croissance bactérienne. Lorsque la RNase HI est en excès, l’accumulation de surenroulement négatif est inhibée et la croissance n’est pas affectée. L’inverse se produit Lorsque la RNase HI est en concentration physiologique. En limitant l’accumulation d’hypersurenroulement négatif, la surproduction de la RNase HI prévient alors la dégradation de l’ARN et permet la croissance. Quand la RNase HI est inactivée en présence de topoisomérase I, les R-loops réduisent le niveau d’expression de nombreux gènes, incluant des gènes de résistance aux stress comme rpoH et grpE. Cette inhibition de l’expression génique n’est pas accompagnée de la dégradation de l’ARN contrairement à ce qui se produit en absence de topoisomérase I. Dans le mutant déficient en RNase HI, la diminution de l’expression génique réduit la concentration cellulaire de différentes protéines, ce qui altère négativement le taux de croissance et affecte dramatiquement la survie des cellules exposées aux stress de hautes températures et oxydatifs. Une inactivation de RecA, le facteur essentiel qui déclenche la réponse SOS et le cSDR, ne restaure pas l’expression génique. Ceci démontre que la réponse SOS et le cSDR ne sont pas impliqués dans l’inhibition de l’expression génique en absence de RNase HI. La croissance bactérienne qui est inhibée en absence de topoisomérase I, reprend lorsque l’excès de surenroulement négatif est éliminé. En absence de RNase HI et de topoisomérase I, le surenroulement négatif est très relaxé. Il semble que la réponse cellulaire suite à la formation de R-loops, soit la relaxation du surenroulement négatif. Selon le même principe, des mutations compensatoires dans la gyrase apparaissent en absence de topoisomérase I et réduisent l’accumulation de surenroulement négatif. Ceci supporte fortement l’idée que le surenroulement négatif joue un rôle primordial dans la formation de R-loop. La régulation du surenroulement négatif de l’ADN est donc une tâche essentielle pour la cellule. Elle favorise notamment l’expression génique optimale durant la croissance et l’exposition aux stress, en limitant la formation de R-loops. La topoisomérase I et la RNase HI jouent un rôle important et complémentaire dans ce processus.

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Le présent rapport a pour but d’apporter une aide constructive pour la mise à jour de la politique universitaire concernant les conflits d’intérêts (CI). Le rapport est une évaluation détaillée des politiques actuelles de l’Université afin d’aider une meilleure gestion de celles-ci. L’Université de Montréal a déjà une longueur d’avance sur plusieurs universités canadiennes en possédant une politique centrale sur la question. Toutefois, cette politique mériterait une mise à jour au regard des standards contemporains ainsi qu’une mise en contexte afin de prendre en compte les autres politiques et pratiques institutionnelles qui s’adressent au CI.