A repeated GGA motif is critical for the activity and stability of the riboregulator RsmY of Pseudomonas fluorescens.

The riboregulator RsmY of Pseudomonas fluorescens strain CHA0 is an example of small regulatory RNAs belonging to the global Rsm/Csr regulatory systems controlling diverse cellular processes such as glycogen accumulation, motility, or formation of extracellular products in various bacteria. By binding multiple molecules of the small regulatory protein RsmA, RsmY relieves the negative effect of RsmA on the translation of several target genes involved in the biocontrol properties of strain CHA0. RsmY and functionally related riboregulators have repeated GGA motifs predicted to be exposed in single-stranded regions, notably in the loops of hairpins. The secondary structure of RsmY was corroborated by in vivo cleavage with lead acetate. RsmY mutants lacking three or five (out of six) of the GGA motifs showed reduced ability to derepress the expression of target genes in vivo and failed to bind the RsmA protein efficiently in vitro. The absence of GGA motifs in RsmY mutants resulted in reduced abundance of these transcripts and in a shorter half-life (< or = 6 min as compared with 27 min for wild type RsmY). These results suggest that both the interaction of RsmY with RsmA and the stability of RsmY strongly depend on the GGA repeats and that the ability of RsmY to interact with small regulatory proteins such as RsmA may protect this RNA from degradation.

Seksuaalisuus ja ihmissuhteet

Toiminnallisen opinnäytetyömme tarkoituksena oli järjestää kehitysvammaisille nuorille Seksuaalisuus ja ihmissuhteet-kurssi yhteistyössä Helsingin Kehitysvammatuki 57 ry:n kanssa. Kurssi tarjosi osallistujille tukea ja ohjausta ihmissuhteisiin ja seksuaalisuuteen liittyvissä kysymyksissä, minkä tavoitteena oli lisätä nuorten sosiaalisia valmiuksia ja parantaa heidän kykyään tehdä itsenäisiä päätöksiä. Opinnäytetyömme lähtökohtana olivat ihmissuhteiden merkitys ja Bengt Nirjen normalisaatioperiaate, jonka mukaan kehitysvammaisten tulisi saada elää samoin arkielämän ehdoin kuin muidenkin. Seksuaalisuuden ilmaiseminen ja tyydyttävien ihmissuhteiden luominen on tärkeä osa jokaisen ihmisen elämää. Seksuaalisuus ja ihmissuhteet-kurssi edisti normalisaatioperiaatteen toteutumista normaalin elämänkaaren, itsemääräämisoikeuden ja seksuaalisuuden mallien alueilla. Seksuaalisuus ja ihmissuhteetkurssi toteutettiin syksyllä 2006 ja se sisälsi seitsemän kontaktikertaa. Kurssilla oli kahdeksan iältään 16-26-vuotiasta osallistujaa. Työskentelymenetelminä käytettiin luovia menetelmiä ja pienryhmätyöskentelyä. Lisäksi hyödynsimme selkokielistä materiaalia. Kurssipalaute kerättiin osallistujilta keskustelun ja lähipiiriltä palautelomakkeen avulla. Saadun palautteen perusteella kurssi onnistui tavoitteiden mukaisesti ja seksuaalisuuteen liittyvien kurssien järjestämistä pidettiin tärkeänä myös tulevaisuudessa. Seksuaalisuuteen ja ihmissuhteisiin liittyville kursseille on suuri tarve, johon vastaaminen vaatii ennakkoluulottomuutta sekä kurssitoiminnan järjestäjiltä että kehitysvammaisten lähipiireiltä.

Vacancy and interstitial depth profiles in ion-implanted silicon

An experimental method of studying shifts between concentration-versus-depth profiles of vacancy- and interstitial-type defects in ion-implanted silicon is demonstrated. The concept is based on deep level transient spectroscopy measurements utilizing the filling pulse variation technique. The vacancy profile, represented by the vacancy¿oxygen center, and the interstitial profile, represented by the interstitial carbon¿substitutional carbon pair, are obtained at the same sample temperature by varying the duration of the filling pulse. The effect of the capture in the Debye tail has been extensively studied and taken into account. Thus, the two profiles can be recorded with a high relative depth resolution. Using low doses, point defects have been introduced in lightly doped float zone n-type silicon by implantation with 6.8 MeV boron ions and 680 keV and 1.3 MeV protons at room temperature. The effect of the angle of ion incidence has also been investigated. For all implantation conditions the peak of the interstitial profile is displaced towards larger depths compared to that of the vacancy profile. The amplitude of this displacement increases as the width of the initial point defect distribution increases. This behavior is explained by a simple model where the preferential forward momentum of recoiling silicon atoms and the highly efficient direct recombination of primary point defects are taken into account.

Madot tappoivat suden Hämeessä : kuolemaan johtanut Alaria sp. -imumatoinfektio sudella

Summary: Alaria sp. causing fatal enteritis in a wolf

Mechanism of hcnA mRNA recognition in the Gac/Rsm signal transduction pathway of Pseudomonas fluorescens.

In the plant-beneficial bacterium Pseudomonas fluorescens CHA0, the expression of antifungal exoproducts is controlled by the GacS/GacA two-component system. Two RNA binding proteins (RsmA, RsmE) ensure effective translational repression of exoproduct mRNAs. At high cell population densities, GacA induces three small RNAs (RsmX, RsmY, RsmZ) which sequester both RsmA and RsmE, thereby relieving translational repression. Here we systematically analyse the features that allow the RNA binding proteins to interact strongly with the 5' untranslated leader mRNA of the P. fluorescens hcnA gene (encoding hydrogen cyanide synthase subunit A). We obtained evidence for three major RsmA/RsmE recognition elements in the hcnA leader, based on directed mutagenesis, RsmE footprints and toeprints, and in vivo expression data. Two recognition elements were found in two stem-loop structures whose existence in the 5' leader region was confirmed by lead(II) cleavage analysis. The third recognition element, which overlapped the hcnA Shine-Dalgarno sequence, was postulated to adopt either an open conformation, which would favour ribosome binding, or a stem-loop structure, which may form upon interaction with RsmA/RsmE and would inhibit access of ribosomes. Effective control of hcnA expression by the Gac/Rsm system appears to result from the combination of the three appropriately spaced recognition elements.

Ecology of species living on dead wood : lessons for dead wood management

Abstract