Approximating subtree distances between Phylogenies

We give a 5-approximation algorithm to the rooted Subtree-Prune-and-Regraft (rSPR) distance between two phylogenies, which was recently shown to be NP-complete by Bordewich and Semple [5]. This paper presents the first approximation result for this important tree distance. The algorithm follows a standard format for tree distances such as Rodrigues et al. [24] and Hein et al. [13]. The novel ideas are in the analysis. In the analysis, the cost of the algorithm uses a \cascading" scheme that accounts for possible wrong moves. This accounting is missing from previous analysis of tree distance approximation algorithms. Further, we show how all algorithms of this type can be implemented in linear time and give experimental results.

Arquitectures d'Aprenentatge Automàtic per al Reconeixement d'Estructures Lingüístiques en el Text

Estudi realitzat a partir d’una estada al Computer Science and Artificial Intelligence Lab, del Massachusetts Institute of Technology, entre 2006 i 2008. La recerca desenvolupada en aquest projecte se centra en mètodes d'aprenentatge automàtic per l'anàlisi sintàctica del llenguatge. Com a punt de partida, establim que la complexitat del llenguatge exigeix no només entendre els processos computacionals associats al llenguatge sinó també entendre com es pot aprendre automàticament el coneixement per a dur a terme aquests processos.

Anàlisi global de la petjada ecològica i la forma urbana

Cada cop són més els estudiosos que consideren aquest nou segle com el segle de les ciutats. L’any 2008 més de la meitat de la població mundial viurà en ambients urbans, i això es veu amb temor pel gran impacte que tenen les ciutats sobre el medi, i per la qualitat de vida dins aquestes urbs. Aquest document estudia com els factors urbans determinen la Petjada Ecològica global de les activitats humanes, utilitzant variables com : densitat mitjana de les ciutats, percentatge de població urbana, renda per càpita, latitud, preus de la gasolina i mida de la població.

A multi-purpose grammar generating a multi-scale integrated analysis of Laos

In this study we propose an application of the MuSIASEM approach which is used to provide an integrated analysis of Laos across different scales. With the term “integrated analysis across scales” we mean the generation of a series of packages of quantitative indicators, characterizing the performance of the socioeconomic activities performed in Laos when considering: (i) different hierarchical levels of organization (farming systems described at the level of household, rural villages, regions of Laos, the whole country level); and (ii) different dimensions of analysis (economic dimension, social dimension, ecological dimension, technical dimension). What is relevant in this application is that the information carried out by these different packages of indicators is integrated in a system of accounting which establishes interlinkages across these indicators. This is a essential feature to study sustainability trade-offs and to build more robust scenarios of possible changes. The multi-scale integrated representation presented in this study is based on secondary data (gathered in a three year EU project – SEAtrans and integrated by other available statistical sources) and it is integrated in GIS, when dealing with the spatial representation of Laos. However, even if we use data referring to Laos, the goal of this study is not that of providing useful information about a practical policy issue of Laos, but rather, to illustrate the possibility of using a multipurpose grammar to produce an integrated set of sustainability indicators at three different levels: (i) local; (ii) meso; (iii) macro level. The technical issue addressed is the simultaneous adoption of two multi-level matrices – one referring to a characterization of human activity over a set of different categories, and another referring to a characterization of land uses over the same set of categories. In this way, it becomes possible to explain the characteristics of Laos (an integrated set of indicators defining the performance of the whole country) in relation to the characteristics of the rural Laos and urban Laos. The characteristics of rural Laos, can be explained using the characteristics of three regions defined within Laos (Northern Laos, Central Laos and Southern Laos), which in turn can be defined (using an analogous package of indicators), starting from the characteristics of three main typologies of farming systems found in the regions.

Proposta d'ecoetiqueta per nuclis rurals de muntanya: prova pilot a Araós

Per poder avaluar ambientalment els nuclis rurals s’ha observat una manca d’indicadors per les etapes de planificació, construcció i ús d’aquests. Aquest article, presenta una proposta d’ecoetiqueta per a nuclis rurals de muntanya. S’ha realitzat una prova pilot al nucli d’Araós, el qual pertany al municipi d’Alins, situat dins el Parc Natural de l’Alt Pirineu (Catalunya). S’han desenvolupat 30 indicadors, 15 d’obligat compliment i 15 optatius en els vectors d’aigua, atmosfera, autosuficiència, energia, mobilitat, paisatge, residus, serveis i ús del sòl. S’ha verificat de forma positiva l’aplicació de l’ecoetiqueta al nucli pilot. Els resultats indiquen no compliment a causa dels vectors aigua, atmosfera, energia i ús del sòl.

Desarrollo de una metodología para la creación de indicadores de evaluación del ProAire León 2008-2012

El uso de indicadores es una herramienta muy útil cuando intervienen varios factores dentro de un mismo estudio o comparación. En el presente proyecto se ha propuesto una metodología para evaluar un programa específico de acciones para la mejora de la calidad del aire (ProAire) en la ciudad guanajuatense de León, México. Se trata de la propuesta de indicadores ambientales, de salud, económicos y sociales que puedan aplicar en acciones del ProAire para evaluar su puesta en marcha y cómo, mediante toda la información recopilada a lo largo de este estudio, se van a aplicar estos indicadores, que van a dar una idea sobre cómo se está desarrollando el ProAire y si éste requiere de alguna modificación para mejorar. Al aplicarse los indicadores, se realiza un balance de cuáles son las acciones más importantes ambientalmente y socialmente y se hace hincapié en la necesidad de prestarles mayor atención. También se describen varias propuestas de mejora y consejos a aplicar en el programa para que éste sea más eficiente y los actores implicados puedan desarrollar sus acciones con mayor rapidez. Mediante el presente estudio se puede comprobar cómo de importante es la sociedad y los recursos económicos dentro de la problemática medioambiental.

Creació d’un programari per a l’avaluació de la qualitat dels resultats analítics generats al laboratori

La validació de mètodes és un dels pilars fonamentals de l’assegurament de la qualitat en els laboratoris d’anàlisi, tal i com queda reflectit en la norma ISO/IEC 17025. És, per tant, un aspecte que cal abordar en els plans d’estudis dels presents i dels futurs graus en Química. Existeix molta bibliografia relativa a la validació de mètodes, però molt sovint aquesta s’utilitza poc, degut a la dificultat manifesta de processar tota la informació disponible i aplicar-la al laboratori i als problemes concrets. Una altra de les limitacions en aquest camps és la manca de programaris adaptats a les necessitats del laboratori. Moltes de les rutines estadístiques que es fan servir en la validació de mètodes són adaptacions fetes amb Microsoft Excel o venen incorporades en paquets estadístics gegants, amb un alt grau de complexitat. És per aquest motiu que l’objectiu del projecte ha estat generar un programari per la validació de mètodes i l’assegurament de la qualitat dels resultats analítics, que incorporés únicament les rutines necessàries. Específicament, el programari incorpora les funcions estadístiques necessàries per a verificar l’exactitud i avaluar la precisió d’un mètode analític. El llenguatge de programació triat ha estat el Java en la seva versió 6. La part de creació del programari ha constat de les següents etapes: recollida de requisits, anàlisi dels requisits, disseny del programari en mòduls, programació d les funcions del programa i de la interfície gràfica, creació de tests d’integració i prova amb usuaris reals, i, finalment, la posada en funcionament del programari (creació de l’instal·lador i distribució del programari).

Detecció i localització d'impactes a estructures aeroespacials

Projecte de recerca elaborat a partir d’una estada a la Universidad Politécnica de Madrid, Espanya, entre setembre i o desembre del 2007. Actualment la indústria aeroespacial i aeronàutica té com prioritat millorar la fiabilitat de las seves estructures a través del desenvolupament de nous sistemes per a la monitorització i detecció d’impactes. Hi ha diverses tècniques potencialment útils, i la seva aplicabilitat en una situació particular depèn críticament de la mida del defecte que permet l’estructura. Qualsevol defecte canviarà la resposta vibratòria de l’element estructural, així com el transitori de l’ona que es propaga per l’estructura elàstica. Correlacionar aquests canvis, que poden ser detectats experimentalment amb l’ocurrència del defecte, la seva localització i quantificació, és un problema molt complex. Aquest treball explora l’ús de l'Anàlisis de Components Principals (Principal Component Analysis - PCA-) basat en la formulació dels estadístics T2 i Q per tal de detectar i distingir els defectes a l'estructura, tot correlacionant els seus canvis a la resposta vibratòria. L’estructura utilitzada per l’estudi és l’ala d’una turbina d’un avió comercial. Aquesta ala s’excita en un extrem utilitzant un vibrador, i a la qual s'han adherit set sensors PZT a la superfície. S'aplica un senyal conegut i s'analitzen les respostes. Es construeix un model PCA utilitzant dades de l’estructura sense defecte. Per tal de provar el model, s'adhereix un tros d’alumini en quatre posicions diferents. Les dades dels assajos de l'estructura amb defecte es projecten sobre el model. Les components principals i les distàncies de Q-residual i T2-Hotelling s'utilitzaran per a l'anàlisi de les incidències. Q-residual indica com de bé s'adiu cadascuna de les mostres al model PCA, ja que és una mesura de la diferència, o residu, entre la mostra i la seva projecció sobre les components principals retingudes en el model. La distància T2-Hotelling és una mesura de la variació de cada mostra dins del model PCA, o el que vindria a ser el mateix, la distància al centre del model PCA.

Los límites de la compacidad urbana como instrumento a favor de la sostenibilidad. La hipótesis de la compensación en Barcelona medida a través de la huella ecológica de la movilidad y la vivienda

La hipótesis de la compensación plantea la posibilidad de que los individuos que viven en centros urbanos densos tengan una mayor propensión a disponer de una segunda residencia y/o llevar a cabo desplazamientos más frecuentes hacia destinos más alejados durante los fines de semana y las vacaciones que los individuos que viven en zonas poco densas. En este contexto, no está claro cuál es el efecto neto de la densidad en términos ambientales. En esta investigación se contrasta la hipótesis de la compensación en la Región Metropolitana de Barcelona utilizando como indicador de impacto ambiental la huella ecológica de la movilidad y de la vivienda. Los resultados obtenidos rechazan la hipótesis de la compensación en un sentido fuerte, pero se detecta la existencia de un nivel máximo de densidad a partir del cual ejerce un impacto de signo positivo.

Aplicación para la transformación y estudio de archivos log

La aplicación Log2XML tiene como objeto principal la transformación de archivos log en formato texto con separador de campos a un formato XML estandarizado. Para permitir que la aplicación pueda trabajar con logs de diferentes sistemas o aplicaciones, dispone de un sistema de plantillas (indicación de orden de campos y carácter separador) que permite definir la estructura mínima para poder extraer la información de cualquier tipo de log que se base en separadores de campo. Por último, la aplicación permite el procesamiento de la información extraída para la generación de informes y estadísticas.Por otro lado, en el proyecto se profundiza en la tecnología Grails.

Intermediary and structural determinants of early childhood health in Colombia: exploring the role of communities

This study examines how structural determinants influence intermediary factors of child health inequities and how they operate through the communities where children live. In particular, we explore individual, family and community level characteristics associated with a composite indicator that quantitatively measures intermediary determinants of early childhood health in Colombia. We use data from the 2010 Colombian Demographic and Health Survey (DHS). Adopting the conceptual framework of the Commission on Social Determinants of Health (CSDH), three dimensions related to child health are represented in the index: behavioural factors, psychosocial factors and health system. In order to generate the weight of the variables and take into account the discrete nature of the data, principal component analysis (PCA) using polychoric correlations are employed in the index construction. Weighted multilevel models are used to examine community effects. The results show that the effect of household’s SES is attenuated when community characteristics are included, indicating the importance that the level of community development may have in mediating individual and family characteristics. The findings indicate that there is a significant variance in intermediary determinants of child health between-community, especially for those determinants linked to the health system, even after controlling for individual, family and community characteristics. These results likely reflect that whilst the community context can exert a greater influence on intermediary factors linked directly to health, in the case of psychosocial factors and the parent’s behaviours, the family context can be more important. This underlines the importance of distinguishing between community and family intervention programmes.

Application of compositional data analysis to geochemical data of marine sediments

In an earlier investigation (Burger et al., 2000) five sediment cores near the RodriguesTriple Junction in the Indian Ocean were studied applying classical statistical methods(fuzzy c-means clustering, linear mixing model, principal component analysis) for theextraction of endmembers and evaluating the spatial and temporal variation ofgeochemical signals. Three main factors of sedimentation were expected by the marinegeologists: a volcano-genetic, a hydro-hydrothermal and an ultra-basic factor. Thedisplay of fuzzy membership values and/or factor scores versus depth providedconsistent results for two factors only; the ultra-basic component could not beidentified. The reason for this may be that only traditional statistical methods wereapplied, i.e. the untransformed components were used and the cosine-theta coefficient assimilarity measure.During the last decade considerable progress in compositional data analysis was madeand many case studies were published using new tools for exploratory analysis of thesedata. Therefore it makes sense to check if the application of suitable data transformations,reduction of the D-part simplex to two or three factors and visualinterpretation of the factor scores would lead to a revision of earlier results and toanswers to open questions . In this paper we follow the lines of a paper of R. Tolosana-Delgado et al. (2005) starting with a problem-oriented interpretation of the biplotscattergram, extracting compositional factors, ilr-transformation of the components andvisualization of the factor scores in a spatial context: The compositional factors will beplotted versus depth (time) of the core samples in order to facilitate the identification ofthe expected sources of the sedimentary process.Kew words: compositional data analysis, biplot, deep sea sediments

Analysis of Pleistocene paleodrainage evolution in the Po Basin (Italy) by multivariate statistical techniques

In order to obtain a high-resolution Pleistocene stratigraphy, eleven continuouslycored boreholes, 100 to 220m deep were drilled in the northern part of the PoPlain by Regione Lombardia in the last five years. Quantitative provenanceanalysis (QPA, Weltje and von Eynatten, 2004) of Pleistocene sands was carriedout by using multivariate statistical analysis (principal component analysis, PCA,and similarity analysis) on an integrated data set, including high-resolution bulkpetrography and heavy-mineral analyses on Pleistocene sands and of 250 majorand minor modern rivers draining the southern flank of the Alps from West toEast (Garzanti et al, 2004; 2006). Prior to the onset of major Alpine glaciations,metamorphic and quartzofeldspathic detritus from the Western and Central Alpswas carried from the axial belt to the Po basin longitudinally parallel to theSouthAlpine belt by a trunk river (Vezzoli and Garzanti, 2008). This scenariorapidly changed during the marine isotope stage 22 (0.87 Ma), with the onset ofthe first major Pleistocene glaciation in the Alps (Muttoni et al, 2003). PCA andsimilarity analysis from core samples show that the longitudinal trunk river at thistime was shifted southward by the rapid southward and westward progradation oftransverse alluvial river systems fed from the Central and Southern Alps.Sediments were transported southward by braided river systems as well as glacialsediments transported by Alpine valley glaciers invaded the alluvial plain.Kew words: Detrital modes; Modern sands; Provenance; Principal ComponentsAnalysis; Similarity, Canberra Distance; palaeodrainage

Regional flows of domestic tourism in Spain = Flujos regionales del turismo doméstico en España

The paper analyses the regional flows of domestic tourism that took place in Spain in year 2000, contributing to the state of knowledge on tourism required by authorities and private firms when faced with decision making, for example, for regional infrastructure planning. Although tourism is one of the main income-generating economic activities in Spain, domestic tourism has received little attention in the literature compared to inbound tourism. The paper uses among others, gravitational model tools and concentration indices, to analyse regional concentration of both domestic demand and supply; tourism flows among regions, and the causes that may explain the observed flows and attractiveness between regions. Among the most remarkable results are the high regional concentration of demand and supply, and the role of population and regional income as explanatory variables. Also remarkable are the attractiveness of own region and neighbour ones, and that domestic tourism may be acting as a regional income redistributing activity

Weighted Logratio Biplots, Correspondence Analysis and Spectral Maps

Starting with logratio biplots for compositional data, which are based on the principle of subcompositional coherence, and then adding weights, as in correspondence analysis, we rediscover Lewi's spectral map and many connections to analyses of two-way tables of non-negative data. Thanks to the weighting, the method also achieves the property of distributional equivalence