254 resultados para ESTs
Resumo:
Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
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Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
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Sugarcane is the most important crop for sugar industry and raw material for bioethanol. Here we present a quantitative analysis of the gene content from publicly available sugarcane ESTs. The current sugarcane EST collection sampled orthologs for ~58 % of the closely-related sorghum proteome, suggesting that more than 10,000 sugarcane coding-genes remain undiscovered. Moreover the existence of more than 2,000 ncRNAs conserved between sugarcane and sorghum was revealed, among which over 500 are also detected in rice, supporting the existence of hundreds of conserved ncRNAs in grasses. New efforts towards sugarcane transcriptome sequencing were needed to sample the missing coding-genes as well as to expand the catalog of ncRNAs. © 2012 Springer Science+Business Media, LLC.
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Leaf-cutting ants belonging to the genus Atta occur from the tropical to subtropical regions of the Americas. These insects are considered pests because they cause serious damage in agricultural areas. Among these, stands out Atta laevigata, species which the colony requires a huge amount of leaves to grow its symbiotic fungus which is the main food source of the nest. Thus, the study of the transcriptome of these ants becomes a useful tool, because it is possible to identify proteins potentially involved with their skills as insect pests and also those related to differences between the varieties present in the nests. In the present study we described results of the partial analysis of the transcriptome of the leaf-cutting ant pest A. laevigata, from cDNA sequences previously generated in the Laboratory of Evolution and Molecular (LEM). The results may also be used for molecular, ecological, metabolic and evolutionary studies about ants, and heterologous expression of important proteins as molecular targets for the control of some leafcutting agricultural pests.
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Abstract Background The ongoing efforts to sequence the honey bee genome require additional initiatives to define its transcriptome. Towards this end, we employed the Open Reading frame ESTs (ORESTES) strategy to generate profiles for the life cycle of Apis mellifera workers. Results Of the 5,021 ORESTES, 35.2% matched with previously deposited Apis ESTs. The analysis of the remaining sequences defined a set of putative orthologs whose majority had their best-match hits with Anopheles and Drosophila genes. CAP3 assembly of the Apis ORESTES with the already existing 15,500 Apis ESTs generated 3,408 contigs. BLASTX comparison of these contigs with protein sets of organisms representing distinct phylogenetic clades revealed a total of 1,629 contigs that Apis mellifera shares with different taxa. Most (41%) represent genes that are in common to all taxa, another 21% are shared between metazoans (Bilateria), and 16% are shared only within the Insecta clade. A set of 23 putative genes presented a best match with human genes, many of which encode factors related to cell signaling/signal transduction. 1,779 contigs (52%) did not match any known sequence. Applying a correction factor deduced from a parallel analysis performed with Drosophila melanogaster ORESTES, we estimate that approximately half of these no-match ESTs contigs (22%) should represent Apis-specific genes. Conclusions The versatile and cost-efficient ORESTES approach produced minilibraries for honey bee life cycle stages. Such information on central gene regions contributes to genome annotation and also lends itself to cross-transcriptome comparisons to reveal evolutionary trends in insect genomes.
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Abstract Background Plasmodium vivax is the most widely distributed human malaria, responsible for 70–80 million clinical cases each year and large socio-economical burdens for countries such as Brazil where it is the most prevalent species. Unfortunately, due to the impossibility of growing this parasite in continuous in vitro culture, research on P. vivax remains largely neglected. Methods A pilot survey of expressed sequence tags (ESTs) from the asexual blood stages of P. vivax was performed. To do so, 1,184 clones from a cDNA library constructed with parasites obtained from 10 different human patients in the Brazilian Amazon were sequenced. Sequences were automatedly processed to remove contaminants and low quality reads. A total of 806 sequences with an average length of 586 bp met such criteria and their clustering revealed 666 distinct events. The consensus sequence of each cluster and the unique sequences of the singlets were used in similarity searches against different databases that included P. vivax, Plasmodium falciparum, Plasmodium yoelii, Plasmodium knowlesi, Apicomplexa and the GenBank non-redundant database. An E-value of <10-30 was used to define a significant database match. ESTs were manually assigned a gene ontology (GO) terminology Results A total of 769 ESTs could be assigned a putative identity based upon sequence similarity to known proteins in GenBank. Moreover, 292 ESTs were annotated and a GO terminology was assigned to 164 of them. Conclusion These are the first ESTs reported for P. vivax and, as such, they represent a valuable resource to assist in the annotation of the P. vivax genome currently being sequenced. Moreover, since the GC-content of the P. vivax genome is strikingly different from that of P. falciparum, these ESTs will help in the validation of gene predictions for P. vivax and to create a gene index of this malaria parasite.
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El presente trabajo aborda en qué formas -a partir de la idea del lenguaje constitutivo de la otredaden las novelas Vivir afuera y Los pichiciegos de Fogwill, así como en el cuento "La larga risa de todos estos años" del mismo autor, se presenta y representa la idea del otro. Desde la crítica tradicional, el otro es una categoría vacía que puede ser llenada en forma prácticamente aleatoria y que siempre está presente en todo discurso. El yo es la voz que enuncia y el otro es cualquiera exterior a ese yo. Todo yo enunciador configura a uno o más otros, a la vez que es otredad en otros discursos. Al encarar esta problemática desde la perspectiva posmoderna de Josefina Ludmer en Aquí América latina, emerge la idea de la pérdida de fronteras y de nuevas categorías para el análisis de obras contemporáneas donde los límites se desdibujan. Por ejemplo, la categoría realidadficción constituye un punto de partida y un eje de lectura clave para el estudio de una novela de gran complejidad como lo es Vivir afuera. Las fronteras se disuelven, los bordes se desdibujan: ya no hay límites. Los antónimos se vuelven uno, fusionándose
Resumo:
Enmarcada por los estudios de historia intelectual y de las ideas escritos en los últimos años sobre intelectuales y cultura en la década del 60 en la Argentina (Terán 1991); (Sigal 1991), (Rivera 1998) y América Latina (Gilman 2003), nuestra ponencia se propone rescatar la obra del escritor argentino Germán Rozenmacher (1936-1971) para pensar una representación diferente (apartada de las ya canonizadas en las obras de Rodolfo Walsh, Julio Cortázar y, recientemente, Osvaldo Lamborghini) de la revolución en la literatura. Realizaremos un recorrido crítico por dos de los cuentos de Los ojos del tigre (1968) que ponen en primer plano la violencia política y los ideales revolucionarios, "Cochecito" y "Los ojos del tigre", para relevar recursos, motivos y planteos ético-morales. Los temas a tratar en este recorrido son, entre otros: la puesta en escena de la tensión entre los ideales revolucionarios y las relaciones amorosas; la construcción de personajes con un perfil psicólogico denso; el coloquialismo, el monólogo interior y la polifonía como recursos narrativos principales; etc. El análisis intentará detectar cómo Rozenmacher problematizó los movimientos revolucionarios que comenzaban a surgir en los sesenta en la Argentina
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El presente trabajo aborda en qué formas -a partir de la idea del lenguaje constitutivo de la otredaden las novelas Vivir afuera y Los pichiciegos de Fogwill, así como en el cuento "La larga risa de todos estos años" del mismo autor, se presenta y representa la idea del otro. Desde la crítica tradicional, el otro es una categoría vacía que puede ser llenada en forma prácticamente aleatoria y que siempre está presente en todo discurso. El yo es la voz que enuncia y el otro es cualquiera exterior a ese yo. Todo yo enunciador configura a uno o más otros, a la vez que es otredad en otros discursos. Al encarar esta problemática desde la perspectiva posmoderna de Josefina Ludmer en Aquí América latina, emerge la idea de la pérdida de fronteras y de nuevas categorías para el análisis de obras contemporáneas donde los límites se desdibujan. Por ejemplo, la categoría realidadficción constituye un punto de partida y un eje de lectura clave para el estudio de una novela de gran complejidad como lo es Vivir afuera. Las fronteras se disuelven, los bordes se desdibujan: ya no hay límites. Los antónimos se vuelven uno, fusionándose
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Enmarcada por los estudios de historia intelectual y de las ideas escritos en los últimos años sobre intelectuales y cultura en la década del 60 en la Argentina (Terán 1991); (Sigal 1991), (Rivera 1998) y América Latina (Gilman 2003), nuestra ponencia se propone rescatar la obra del escritor argentino Germán Rozenmacher (1936-1971) para pensar una representación diferente (apartada de las ya canonizadas en las obras de Rodolfo Walsh, Julio Cortázar y, recientemente, Osvaldo Lamborghini) de la revolución en la literatura. Realizaremos un recorrido crítico por dos de los cuentos de Los ojos del tigre (1968) que ponen en primer plano la violencia política y los ideales revolucionarios, "Cochecito" y "Los ojos del tigre", para relevar recursos, motivos y planteos ético-morales. Los temas a tratar en este recorrido son, entre otros: la puesta en escena de la tensión entre los ideales revolucionarios y las relaciones amorosas; la construcción de personajes con un perfil psicólogico denso; el coloquialismo, el monólogo interior y la polifonía como recursos narrativos principales; etc. El análisis intentará detectar cómo Rozenmacher problematizó los movimientos revolucionarios que comenzaban a surgir en los sesenta en la Argentina
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Enmarcada por los estudios de historia intelectual y de las ideas escritos en los últimos años sobre intelectuales y cultura en la década del 60 en la Argentina (Terán 1991); (Sigal 1991), (Rivera 1998) y América Latina (Gilman 2003), nuestra ponencia se propone rescatar la obra del escritor argentino Germán Rozenmacher (1936-1971) para pensar una representación diferente (apartada de las ya canonizadas en las obras de Rodolfo Walsh, Julio Cortázar y, recientemente, Osvaldo Lamborghini) de la revolución en la literatura. Realizaremos un recorrido crítico por dos de los cuentos de Los ojos del tigre (1968) que ponen en primer plano la violencia política y los ideales revolucionarios, "Cochecito" y "Los ojos del tigre", para relevar recursos, motivos y planteos ético-morales. Los temas a tratar en este recorrido son, entre otros: la puesta en escena de la tensión entre los ideales revolucionarios y las relaciones amorosas; la construcción de personajes con un perfil psicólogico denso; el coloquialismo, el monólogo interior y la polifonía como recursos narrativos principales; etc. El análisis intentará detectar cómo Rozenmacher problematizó los movimientos revolucionarios que comenzaban a surgir en los sesenta en la Argentina
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El presente trabajo aborda en qué formas -a partir de la idea del lenguaje constitutivo de la otredaden las novelas Vivir afuera y Los pichiciegos de Fogwill, así como en el cuento "La larga risa de todos estos años" del mismo autor, se presenta y representa la idea del otro. Desde la crítica tradicional, el otro es una categoría vacía que puede ser llenada en forma prácticamente aleatoria y que siempre está presente en todo discurso. El yo es la voz que enuncia y el otro es cualquiera exterior a ese yo. Todo yo enunciador configura a uno o más otros, a la vez que es otredad en otros discursos. Al encarar esta problemática desde la perspectiva posmoderna de Josefina Ludmer en Aquí América latina, emerge la idea de la pérdida de fronteras y de nuevas categorías para el análisis de obras contemporáneas donde los límites se desdibujan. Por ejemplo, la categoría realidadficción constituye un punto de partida y un eje de lectura clave para el estudio de una novela de gran complejidad como lo es Vivir afuera. Las fronteras se disuelven, los bordes se desdibujan: ya no hay límites. Los antónimos se vuelven uno, fusionándose
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There is no control over the information provided with sequences when they are deposited in the sequence databases. Consequently mistakes can seed the incorrect annotation of other sequences. Grouping genes into families and applying controlled annotation overcomes the problems of incorrect annotation associated with individual sequences. Two databases (http://www.mendel.ac.uk) were created to apply controlled annotation to plant genes and plant ESTs: Mendel-GFDb is a database of plant protein (gene) families based on gapped-BLAST analysis of all sequences in the SWISS-PROT family of databases. Sequences are aligned (ClustalW) and identical and similar residues shaded. The families are visually curated to ensure that one or more criteria, for example overall relatedness and/or domain similarity relate all sequences within a family. Sequence families are assigned a ‘Gene Family Number’ and a unified description is developed which best describes the family and its members. If authority exists the gene family is assigned a ‘Gene Family Name’. This information is placed in Mendel-GFDb. Mendel-ESTS is primarily a database of plant ESTs, which have been compared to Mendel-GFDb, completely sequenced genomes and domain databases. This approach associated ESTs with individual sequences and the controlled annotation of gene families and protein domains; the information being placed in Mendel-ESTS. The controlled annotation applied to genes and ESTs provides a basis from which a plant transcription database can be developed.
Resumo:
Fondo Margaritainés Restrepo
