Panel: Leveraging Agile & Resourcing for Success - Hydramata, Avalon, Fedora 4 and Islandora

Panel at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

The Development, Validation and Implementation of a Broad-Based ADME Genotyping Assay into Research and Clinical Trials

Afin d’adresser la variabilité interindividuelle observée dans la réponse pharmacocinétique à de nombreux médicaments, nous avons créé un panel de génotypage personnalisée en utilisant des méthodes de conception et d’élaboration d’essais uniques. Celles-ci ont pour but premier de capturer les variations génétiques présentent dans les gènes clés impliqués dans les processus d'absorption, de distribution, de métabolisme et d’excrétion (ADME) de nombreux agents thérapeutiques. Bien que ces gènes et voies de signalement sont impliqués dans plusieurs mécanismes pharmacocinétiques qui sont bien connues, il y a eu jusqu’à présent peu d'efforts envers l’évaluation simultanée d’un grand nombre de ces gènes moyennant un seul outil expérimental. La recherche pharmacogénomique peut être réalisée en utilisant deux approches: 1) les marqueurs fonctionnels peuvent être utilisés pour présélectionner ou stratifier les populations de patients en se basant sur des états métaboliques connus; 2) les marqueurs Tag peuvent être utilisés pour découvrir de nouvelles corrélations génotype-phénotype. Présentement, il existe un besoin pour un outil de recherche qui englobe un grand nombre de gènes ADME et variantes et dont le contenu est applicable à ces deux modèles d'étude. Dans le cadre de cette thèse, nous avons développé un panel d’essais de génotypage de 3,000 marqueurs génétiques ADME qui peuvent satisfaire ce besoin. Dans le cadre de ce projet, les gènes et marqueurs associés avec la famille ADME ont été sélectionnés en collaboration avec plusieurs groupes du milieu universitaire et de l'industrie pharmaceutique. Pendant trois phases de développement de cet essai de génotypage, le taux de conversion pour 3,000 marqueurs a été amélioré de 83% à 97,4% grâce à l'incorporation de nouvelles stratégies ayant pour but de surmonter les zones d'interférence génomiques comprenant entre autres les régions homologues et les polymorphismes sous-jacent les régions d’intérêt. La précision du panel de génotypage a été validée par l’évaluation de plus de 200 échantillons pour lesquelles les génotypes sont connus pour lesquels nous avons obtenu une concordance > 98%. De plus, une comparaison croisée entre nos données provenant de cet essai et des données obtenues par différentes plateformes technologiques déjà disponibles sur le marché a révélé une concordance globale de > 99,5%. L'efficacité de notre stratégie de conception ont été démontrées par l'utilisation réussie de cet essai dans le cadre de plusieurs projets de recherche où plus de 1,000 échantillons ont été testés. Nous avons entre autre évalué avec succès 150 échantillons hépatiques qui ont été largement caractérisés pour plusieurs phénotypes. Dans ces échantillons, nous avons pu valider 13 gènes ADME avec cis-eQTL précédemment rapportés et de découvrir et de 13 autres gènes ADME avec cis eQTLs qui n'avaient pas été observés en utilisant des méthodes standard. Enfin, à l'appui de ce travail, un outil logiciel a été développé, Opitimus Primer, pour aider pour aider au développement du test. Le logiciel a également été utilisé pour aider à l'enrichissement de cibles génomiques pour d'expériences séquençage. Le contenu ainsi que la conception, l’optimisation et la validation de notre panel le distingue largement de l’ensemble des essais commerciaux couramment disponibles sur le marché qui comprennent soit des marqueurs fonctionnels pour seulement un petit nombre de gènes, ou alors n’offre pas une couverture adéquate pour les gènes connus d’ADME. Nous pouvons ainsi conclure que l’essai que nous avons développé est et continuera certainement d’être un outil d’une grande utilité pour les futures études et essais cliniques dans le domaine de la pharmacocinétique, qui bénéficieraient de l'évaluation d'une longue liste complète de gènes d’ADME.

Metodologie di sviluppo agile per il corporate banking

L’applicazione dei metodi tradizionali dell’ingegneria del software non garantiscono il successo di un progetto, per questo motivo da circa quindici anni è emersa una nuova filosofia di sviluppo nota come Agile Software Development. In questa tesi è stata decritta una panoramica sulle metodologie agili, con particolare attenzione al framework Scrum e un caso di studio reale al quale Scrum è stato applicato. Il caso di studio riguarda l’implementazione di una applicazione web per la gestione del front-end di un Corporate Banking. L’applicazione di Scrum ha permesso di ottenere la soddisfazione del cliente finale, la crescita dello Scrum Team e un tasso di manutenzione correttiva accettabile.

Change-Impact driven Agile Architecting.

Software architecture is a key factor to scale up Agile Software Development ASD in large softwareintensive systems. Currently, software architectures are more often approached through mechanisms that enable to incrementally design and evolve software architectures aka. agile architecting. Agile architecting should be a light-weight decision-making process, which could be achieved by providing knowledge to assist agile architects in reasoning about changes. This paper presents the novel solution of using change-impact knowledge as the main driver for agile architecting. The solution consists of a Change Impact Analysis technique and a set of models to assist agile architects in the change -decision-making- process by retrieving the change-impact architectural knowledge resulting from adding or changing features iteration after iteration. To validate our approach, we have put our solution into practice by running a project of a metering management system in electric power networks in an i-smart software factory.

Integrating service user and practitioner expertise within a web-based system for collaborative mental-health risk and safety management

Objectives: To develop a decision support system (DSS), myGRaCE, that integrates service user (SU) and practitioner expertise about mental health and associated risks of suicide, self-harm, harm to others, self-neglect, and vulnerability. The intention is to help SUs assess and manage their own mental health collaboratively with practitioners. Methods: An iterative process involving interviews, focus groups, and agile software development with 115 SUs, to elicit and implement myGRaCE requirements. Results: Findings highlight shared understanding of mental health risk between SUs and practitioners that can be integrated within a single model. However, important differences were revealed in SUs' preferred process of assessing risks and safety, which are reflected in the distinctive interface, navigation, tool functionality and language developed for myGRaCE. A challenge was how to provide flexible access without overwhelming and confusing users. Conclusion: The methods show that practitioner expertise can be reformulated in a format that simultaneously captures SU expertise, to provide a tool highly valued by SUs. A stepped process adds necessary structure to the assessment, each step with its own feedback and guidance. Practice Implications: The GRiST web-based DSS (www.egrist.org) links and integrates myGRaCE self-assessments with GRiST practitioner assessments for supporting collaborative and self-managed healthcare.

Customer stimulation in lean software development

The process of developing software is a complex undertaking involving multiple stakeholders. While the intentions of these parties might vary to some extent, the ultimate goal can be seen as a satisfactory product. Lean and agile software development practices strive toward this and they place customer contentment as one of the highest aims of the process. An important aspect of any development process is the act of innovation. Without it, nothing progresses and the whole process is unnecessary. As a target domain expert, the customer is an important part of effective innovation. Problems arise, however, when the customer is not actively taking part in the activities. Lack of familiarity with software development can easily cause such issues. Unfortunately, the amount of research conducted on product innovation is unimpressive. This makes it difficult to formulate a recommended approach on stimulating the customer and encouraging a more active participation. Ultimately, a small set of high-level guidelines were identified from the available literary resources for inducing innovation. To conclude, this thesis presents the findings made during the development of a small web application and compares them to the aforementioned literature findings. While the guidelines seem to provide promising results, further empirical research is needed to attain more significant conclusions.

Ketterän ohjelmistokehittämisen hyödyntäminen käyttöliittymäkehityksessä asiakkaiden todellisen tarpeen ymmärtämiseksi

Työn tavoitteena oli toimintatutkimuksen kautta tutkia ketterän ohjelmistokehityksen keinoin toteutetun käyttöliittymäkehityksen kykyä vastata asiakkaiden todellisiin tarpeisiin. Työssä haettiin tapaustutkimusyritykselle olemassa olevan työkalun uuden version käyttöliittymän toteutusvaihtoehtoja ja toteutettiin korkean tarkkuuden prototyyppejä näitä hyödyntäen. Ketterän ohjelmistokehityksen arvot ja periaatteet soveltuivat kehitysprosessissa käytettäviksi erinomaisesti. Iteratiivinen lähestymistapa kehitykseen ja läheinen yhteistyö tapaustutkimusyrityksen ja kandidaatintyöntekijän kanssa mahdollistivat yrityksen odotusten täyttämisen. Työkalun käyttöliittymä saatettiin tasolle, joka mahdollistaa jatkokehittämisen aloituksen. Kattavamman testauttamisen sisällyttäminen kehitysprosessiin olisi edesauttanut vielä paremman lopputuloksen saavuttamista.

Framework-specific DSL para sensoriamento participado

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática

Desenvolvimento de Frameworks de Testes Automáticos de Software

O objetivo deste trabalho é o desenvolvimento de frameworks de testes automáticos de software. Este tipo de testes normalmente está associado ao modelo evolucionário e às metodologias ágeis de desenvolvimento de software, enquanto que os testes manuais estão relacionados com o modelo em cascata e as metodologias tradicionais. Como tal foi efetuado um estudo comparativo sobre os tipos de metodologias e de testes existentes, para decidir quais os que melhor se adequavam ao projeto e dar resposta à questão "Será que realmente compensa realizar testes (automáticos)?". Finalizado o estudo foram desenvolvidas duas frameworks, a primeira para a implementação de testes funcionais e unitários sem dependências a ser utilizada pelos estagiários curriculares da LabOrders, e a segunda para a implementação de testes unitários com dependências externas de base de dados e serviços, a ser utilizada pelos funcionários da empresa. Nas últimas duas décadas as metodologias ágeis de desenvolvimento de software não pararam de evoluir, no entanto as ferramentas de automação não conseguiram acompanhar este progresso. Muitas áreas não são abrangidas pelos testes e por isso alguns têm de ser feitos manualmente. Posto isto foram criadas várias funcionalidades inovadoras para aumentar a cobertura dos testes e tornar as frameworks o mais intuitivas possível, nomeadamente: 1. Download automático de ficheiros através do Internet Explorer 9 (e versões mais recentes). 2. Análise do conteúdo de ficheiros .pdf (através dos testes). 3. Obtenção de elementos web e respetivos atributos através de código jQuery utilizando a API WebDriver com PHP bindings. 4. Exibição de mensagens de erro personalizadas quando não é possível encontrar um determinado elemento. As frameworks implementadas estão também preparadas para a criação de outros testes (de carga, integração, regressão) que possam vir a ser necessários no futuro. Foram testadas em contexto de trabalho pelos colaboradores e clientes da empresa onde foi realizado o projeto de mestrado e os resultados permitiram concluir que a adoção de uma metodologia de desenvolvimento de software com testes automáticos pode aumentar a produtividade, reduzir as falhas e potenciar o cumprimento de orçamentos e prazos dos projetos das organizações.

UJI's Smart Campus: Place Finder App

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.

Standardization of project management processes

Software development is a discipline that is almost as old as the history of computers. With the advent of the Internet and all of its related technologies, software development has been on high demand. But, and especially in SME (small and medium enterprise), this was not accompanied with a comparable effort to develop a set of sustainable and standardized activities of project management, which lead to increasing inefficiencies and costs. Given the actual economic situation, it makes sense to engage in an effort to reduce said inefficiencies and rising costs. For that end, this work will analyze the current state of software development’s project management processes on a Portuguese SME, along with its problems and inefficiencies in an effort to create a standardized model to manage software development, with special attention given to critical success factors in an agile software development environment, while using the best practices in process modeling. This work also aims to create guidelines to correctly integrate these changes in the existing IS structure of a company.

Implementación de un Sistema de Reservas para una Agencia de Viajes usando J2EE y prácticas deDesarrollo Ágil

Aquest treball presenta un enfocament pràctic per a l'elecció i adequació de metodologies àgils de desenvolupament de programari a un projecte real: El desenvolupament de un sistema de reserves per a una agència de viatges utilitzant tecnologia J2EE.

Metodologías de desarrollo de proyectos informáticos en entornos web

El presente TFC tiene dos objetivos principales: 1. Determinar el grado de adaptación de las metodologías ágiles al desarrollo de proyectos web puesta en contexto con la adaptación de las metodologías clásicas a este mismo entorno. 2. Realizar una clasificación de las metodologías de desarrollo de software según el grado de adaptación a los proyectos web.

Comparativa metodologia àgil i predictiva

Descripció de metodologia àgil Scrum i metodologia predictiva PMI, i comparativa d'aquestes.