Report on a special investigation of the UNI Malcolm Price Laboratory School for the period July 1, 2006 through March 31, 2009

Report on a special investigation of the UNI Malcolm Price Laboratory School for the period July 1, 2006 through March 31, 2009

Disease discovery, sistema de predicció de malalties

L'objectiu d'aquest projecte consisteix en crear una eina per servir de referència a metges, per tal d'ajudar-los en els diagnòstics, sobretot de malalties més estranyes que són més difícils de diagnostica, ja que no són tant conegudes. Estem interessats en realitzar una aplicació la qual donats uns símptomes ens doni les malalties mé probables. El personal sanitari doncs podrà disposar d'una eina que l'ajudi a diagnosticar malalties segons els símptomes dels pacients. L'eina que es presenta en aquest treball, Disease Discovery, disposa d'una base de dades omplerta des de fonts molt fiables i amb una quantitat elevada d'informació sobre malalties i símptomes. Aquesta base de dades s'entrena segons diferents classificadors. Les prediccions de les malalties es faran emprant un model generat per mitjà d'un entrenament realitzat amb un classificador sobre la base de dades. A més a més, s'ha realitzat una interfície web per ajudar als usuaris i fer que l'eina sigui més usable alhora que més còmoda de distribuir el programari entre el personal sanitari interessat.

Improving electricity market price scenarios by means of forecasting factor models

In liberalized electricity markets, generation Companies must build an hourly bidthat is sent to the market operator. The price at which the energy will be paid is unknown during the bidding process and has to be forecast. In this work we apply forecasting factor models to this framework and study its suitability.

Monetary policy and rational asset price bubbles

I examine the impact of alternative monetary policy rules on arational asset price bubble, through the lens of an overlapping generations model with nominal rigidities. A systematic increase in interestrates in response to a growing bubble is shown to enhance the fluctuations in the latter, through its positive effect on bubble growth. Theoptimal monetary policy seeks to strike a balance between stabilization of the bubble and stabilization of aggregate demand. The paper'smain findings call into question the theoretical foundations of the casefor "leaning against the wind" monetary policies.

Discovery of an albite gneiss from the Ile de Groix (Armorican Massif, France): Geochemistry and LA-ICP-MS U-Pb geochronology of its Ordovician protolith

For the first time, an albite orthogneiss has been recognised and dated within the HP-LT blueschist facies metabasites and metapelites of the Ile de Groix. It is characterised by a peraluminous composition, high LILE, Th and U contents, MORB-like HREE abundances and moderate Nb and Y values. A U-Pb age of 480.8 +/- A 4.8 Ma was obtained by LA-ICP-MS dating of zircon and titanite. It is interpreted as the age of the magmatic emplacement during the Early Ordovician. Morphologically different zircon grains yield late Neoproterozoic ages of 546.6-647.4 Ma. Zircon and titanite U-Pb ages indicate that the felsic magmatism from the Ile de Groix is contemporaneous with the acid, pre-orogenic magmatism widely recognised in the internal zones of the Variscan belt, related to the Cambro-Ordovician continental rifting. The magmatic protolith probably inherited a specific chemical composition from a combination of orogenic, back-arc and anorogenic signatures because of partial melting of the Cadomian basement during magma emplacement. Besides, the late Devonian U-Pb age of 366 +/- A 33 Ma obtained for titanite from a blueschist facies metapelite corresponds to the age of the HP-LT peak metamorphism.

Optimal public rationing and price response.

We study optimal public health care rationing and private sector price responses. Consumers differ in their wealth and illness severity (defined as treatment cost). Due to a limited budget, some consumers must be rationed. Rationed consumers may purchase from a monopolistic private market. We consider two information regimes. In the first, the public supplier rations consumers according to their wealth information (means testing). In equilibrium, the public supplier must ration both rich and poor consumers. Rationing some poor consumers implements price reduction in the private market. In the second information regime, the public supplier rations consumers according to consumers' wealth and cost information. In equilibrium, consumers are allocated the good if and only if their costs are below a threshold (cost effectiveness). Rationing based on cost results in higher equilibrium consumer surplus than rationing based on wealth.

Discovery of the faithfulness gene: a model of transmission and transformation of scientific information.

The purpose of this paper is to study the diffusion and transformation of scientific information in everyday discussions. Based on rumour models and social representations theory, the impact of interpersonal communication and pre-existing beliefs on transmission of the content of a scientific discovery was analysed. In three experiments, a communication chain was simulated to investigate how laypeople make sense of a genetic discovery first published in a scientific outlet, then reported in a mainstream newspaper and finally discussed in groups. Study 1 (N=40) demonstrated a transformation of information when the scientific discovery moved along the communication chain. During successive narratives, scientific expert terminology disappeared while scientific information associated with lay terminology persisted. Moreover, the idea of a discovery of a faithfulness gene emerged. Study 2 (N=70) revealed that transmission of the scientific message varied as a function of attitudes towards genetic explanations of behaviour (pro-genetics vs. anti-genetics). Pro-genetics employed more scientific terminology than anti-genetics. Study 3 (N=75) showed that endorsement of genetic explanations was related to descriptive accounts of the scientific information, whereas rejection of genetic explanations was related to evaluative accounts of the information.

The Soja and Luzzone-Terri nappes: discovery of a Briançonnais element below the front of the Adula nappe (NE Ticino, Central Alps)

The classical Soja nappe, in NE Ticino, actually consists of two distinct tectonic units with verydifferent stratigraphic contents: (1) The smaller one, in the Val Soi (the type-locality), is by definitionthe Soja unit s.str.. It is pinched between Simano and Adula and consists of various Paleozoic gneissesand a dolomitic Triassic cover analogous to the Triassic of other Lower Penninic nappes. (2) The largerone extends along the Lago di Luzzone and continues eastwards through the Piz Terri mountain. Wename it the Luzzone-Terri nappe. It consists of: (a) a paragneiss series that presents striking similaritieswith the Permian of the Zone Houillère in Valais; (b) a Triassic cover typical of the Briançonnaisdomain where one clearly recognizes the St-Triphon Formation and other characteristic units of theBriançonnais Triassic; (c) a thick series of black calcschists and metapelites of Liassic age, similarto the cover of the neighbouring Gotthard massif. This stratigraphic superposition of a Liassic seriesof Helvetic type on a Briançonnais Triassic is unique in the Alps and has important paleogeographicconsequences. It is difficult to reconcile this observation with speculative reconstructions that proposean original position of the Briançonnais domain far from the Helvetic basins. Morover the Briançonnaischaracter of its Triassic series indicates an ultra-Adula origin of the Luzzone-Terri nappe.

microRNAs in colon cancer: a roadmap for discovery.

Cancer omics data are exponentially created and associated with clinical variables, and important findings can be extracted based on bioinformatics approaches which can then be experimentally validated. Many of these findings are related to a specific class of non-coding RNA molecules called microRNAs (miRNAs) (post-transcriptional regulators of mRNA expression). The related research field is quite heterogeneous and bioinformaticians, clinicians, statisticians and biologists, as well as data miners and engineers collaborate to cure stored data and on new impulses coming from the output of the latest Next Generation Sequencing technologies. Here we review the main research findings on miRNA of the first 10 years in colon cancer research with an emphasis on possible uses in clinical practice. This review intends to provide a road map in the jungle of publications of miRNA in colorectal cancer, focusing on data availability and new ways to generate biologically relevant information out of these huge amounts of data.

Discovery of novel arenavirus receptors and entry factors

Arenaviruses are enveloped negative-strand RNA viruses that contain a bi-segmented genome. They are rodent-borne pathogens endemic to the Americas and Africa, with the exception of lymphocytic choriomeningitis virus (LCMV) that is world-wide distributed. The arenaviruses include numerous important human pathogens including the Old World arenavirus Lassa virus (LASV), the causative agent of a severe viral hemorrhagic fever in humans with several hundred thousand infections per year in Africa and thousands of deaths. Viruses are obligatory intracellular parasites, strictly depending on cellular processes and factors to complete their replication cycle. The binding of a virus to target cells is the first step of every viral infection, and is mainly mediated by viral proteins that can directly engage cellular receptors, providing a key determinant for viral tropism. This early step of infection represents a promising target to block the pathogen before it can take control over the host cell. Old World arenaviruses, such as LASV and LCMV, bind to host cells via attachment to their main receptor, dystroglycan (DG), an ubiquitous receptor for extracellular matrix proteins. The engagement of DG by LASV results in a fast internalization and transfer the virus to late endosomal compartment suggesting that the virus binding to DG causes marked changes in the dynamics of the receptor. These events could result in the clustering of the receptor and subsequent induction of signaling that could be modulated by the virus. Recently, numerous findings also suggest the presence of alternative receptor(s) for LASV in absence of the main DG receptor. In my first project, I was interested to investigate the effects of virus-receptor binding on the tyrosine phosphorylation of the cytoplasmic domain of DG and to test if this post-translational modification was crucial for the internalization of the LASV-receptor complex. We found that engagement of cellular DG by a recombinant LCMV expressing the envelope GP of LASV in human epithelial cells induced tyrosine phosphorylation of the cytoplasmic domain of DG. LASV GP binding to DG further resulted in dissociation of the adapter protein utrophin from virus-bound DG. Virus-induced dissociation of utrophin and consequent virus internalization were affected by the broadly specific tyrosine kinase inhibitor genistein. We speculate that the detachment of virus- bound DG from the actin-based cytoskeleton following DG phosphorylation may facilitate subsequent endocytosis of the virus-receptor complex. In the second project, I was interested to characterize the newly indentified LASV alternative receptor Axl in the context of productive arenavirus infection. In a first step, we demonstrated that Axl supports productive infection by rLCMV-LASVGP in a DG-independent manner. In line with previous studies, cell entry of rLCMV-LASVGP via Axl was less efficient when compared to functional DG. Interestingly, Axl-mediated infection showed rapid kinetics similar to DG-dependent entry. Using a panel of inhibitors, we found that Axl-mediated cell entry of rLCMV-LASVGP involved a clathrin-independent pathway that critically depended on actin and dynamin and was sensitive to EIPA but not to PAK inhibitors, compatible with a macropinocytosis-like mechanism of entry. In a next step, we aimed to investigate the molecular mechanism by which rLCMV-LASVGP recognizes Axl. Phosphatidylserine (PS) is the natural ligand of Axl via the adaptor protein Gas6. We detected the presence of PS in the envelope of Old World arenaviruses, suggesting that PS could mediate Axl-virus binding, in a mechanism of apoptotic mimicry already described for other viruses. Whether envelope PS and/or the GP of LASV plays any role in virus entry via Axl is still an open question. The molecular mechanisms underlying host cell-virus interaction are of particular interest to answer basic scientific questions as well as to apply key findings to translational research. Understanding pathogen induced-signaling and its link to invasion of the host cell is of great importance to develop drugs for therapeutic intervention against highly pathogenic viruses like LASV. - Les Arenavirus sont des virus enveloppés à ARN négatifs organisés sous forme de génome bisegmenté. Ils sont véhiculés par les rongeurs et se retrouvent de manière endémique aux Amériques et en Afrique avec l'exception du virus de la chorioméningite lymphocytaire (LCMV) qui lui est distribué mondialement. De nombreux pathogènes humains font parti de la famille des Arenavirus dont le virus de l'Ancien Monde Lassa (LASV), un agent responsable de fièvres hémorragiques sévères chez les humains. Le virus de Lassa cause plusieurs centaines de milliers d'infections par année en Afrique ainsi que des milliers de morts. De manière générale, les virus sont des parasites intracellulaires obligatoires qui dépendent strictement de processus et facteurs cellulaires pour clore leur cycle de réplication. L'attachement d'un virus à sa cellule cible représente la première étape de chaque infection virale et est principalement dirigée par des protéines virales qui interagissent directement avec leur récepteurs cellulaires respectifs fournissant ainsi un indicateur déterminant pour le tropisme d'un virus. Cette première étape de l'infection représente aussi une cible prometteuse pour bloquer le pathogène avant qu'il ne puisse prendre le contrôle de la cellule. Les Arenavirus de l'Ancien Monde comme LASV et LCMV s'attachent à la cellule hôte en se liant à leur récepteur principal, le dystroglycan (DG), un récepteur ubiquitaire pour les protéines de la matrice extracellulaire. La liaison du DG par LASV résulte en une rapide internalisation transférant le virus aux endosomes tardifs suggérant ainsi que l'attachement du virus au DG peut provoquer des changements marqués dans la dynamique moléculaire du récepteur. Ces événements sont susceptibles d'induire un regroupement du récepteur à la surface cellulaire, ainsi qu'une induction subséquente qui pourrait être, par la suite, modulée par le virus. Récemment, plusieurs découvertes suggèrent aussi la présence d'un récepteur alternatif pour LASV en l'absence du récepteur principal, le DG. Concernant mon premier projet, j'étais intéressée à étudier les effets de la liaison virus- récepteur sur la phosphorylation des acides aminés tyrosines se trouvant dans la partie cytoplasmique du DG, le but étant de tester si cette modification post-translationnelle était cruciale pour Γ internalisation du complexe LASV-DG récepteur. Nous avons découvert que l'engagement du récepteur DG par le virus recombinant LCMV, exprimant la glycoprotéine de LASV, dans des cellules épithéliales humaines induit une phosphorylation de résidu(s) tyrosine se situant dans le domaine cytoplasmique du DG. La liaison de la glycoprotéine de LASV au DG induit par la suite la dissociation de la protéine adaptatrice utrophine du complexe virus-DG récepteur. Nous avons observé que cette dissociation de l'utrophine, induite par le virus, ainsi que son internalisation, sont affectées par l'inhibiteur à large spectre des tyrosines kinases, la génistéine. Nous avons donc supposé que le détachement du virus, lié au récepteur DG, du cytosquelette d'actine suite à la phosphorylation du DG faciliterait l'endocytose subséquente du complexe virus-récepteur. Dans le second projet, j'étais intéressée à caractériser le récepteur alternatif Axl qui a été récemment identifié dans le contexte de l'infection productive des Arenavirus. Dans un premier temps, nous avons démontré que le récepteur alternatif Axl permet l'infection des cellules par le virus LCMV recombinant LASV indépendamment du récepteur DG. Conformément aux études publiées précédemment, nous avons pu observer que l'entrée du virus recombinant LASV via Axl est moins efficace que via le récepteur principal DG. De façon intéressante, nous avons aussi remarqué que l'infection autorisée par Axl manifeste une cinétique virale d'entrée similaire à celle observée avec le récepteur DG. Utilisant un éventail de différents inhibiteurs, nous avons trouvé que l'entrée du virus recombinant rLCMV-LASVGP via Axl implique une voie d'entrée indépendante de la clathrine et dépendant de manière critique de l'actine et de la dynamine. Cette nouvelle voie d'entrée est aussi sensible à l'EIPA contrairement aux inhibiteurs PAK indiquant un mécanisme d'entrée compatible avec un mécanisme de macropinocytose. L'étape suivante du projet a été d'investiguer le mécanisme moléculaire par lequel le virus recombinant rLCMV-LASVGP reconnaît le récepteur alternatif Axl. La phosphatidylsérine (PS) se trouve être un ligand naturel pour Axl via la protéine adaptatrice Gas6. Nous avons détecté la présence de PS dans l'enveloppe des Arenavirus du Vieux Monde suggérant que la PS pourrait médier la liaison du virus à Axl dans un mécanisme de mimétisme apoptotique déjà observé et décrit pour d'autres virus. Cependant, il reste encore à déterminer qui de la PS ou de la glycoprotéine de l'enveloppe virale intervient dans le processus d'entrée de LASV via le récepteur alternatif Axl. Les mécanismes moléculaires à la base de l'interaction entre virus et cellule hôte sont d'intérêts particuliers pour répondre aux questions scientifiques de base ainsi que dans l'application de découvertes clés pour la recherche translationnelle. La compréhension de la signalisation induite par les pathogènes ainsi que son lien à l'invasion de la cellule hôte est d'une importance considérable pour le développement de drogues pour l'intervention thérapeutique contre les virus hautement pathogènes comme LASV.

Factor shares, the price markup, and the elasticity of substitution between capital and labor

[spa] La participación del trabajo en la renta nacional es constante bajo los supuestos de una función de producción Cobb-Douglas y competencia perfecta. En este artículo se relajan estos supuestos y se investiga si el comportamiento no constante de la participación del trabajo en la renta nacional se explica por (i) una elasticidad de sustitución entre capital y trabajo no unitaria y (ii) competencia no perfecta en el mercado de producto. Nos centramos en España y los U.S. y estimamos una función de producción con elasticidad de sustitución constante y competencia imperfecta en el mercado de producto. El grado de competencia imperfecta se mide a través del cálculo del price markup basado en laaproximación dual. Mostramos que la elasticidad de sustitución es mayor que uno en España y menor que uno en los US. También mostramos que el price markup aleja la elasticidad de sustitución de uno, lo aumenta en España, lo reduce en los U.S. Estos resultados se utilizan para explicar la senda decreciente de la participación del trabajo en la renta nacional, común a ambas economías, y sus contrastadas sendas de capital.

Price transmission and market power analysis in the Spanish seafood market chain

[cat] Espanya és un dels principals mercats de productes pesquers d’Europa i del món. El consum de productes pesquers ha estat tradicionalment molt important a Espanya, el 2005 es varen consumir 36,7 kg per persona (MAPA, diversos anys). Malgrat això, el mercat i cóm interactuen els diversos nivells de la cadena de comercialització han gaudit de poca atenció. En aquest estudi, utilitzant dades setmanals, s’analitza per als dotze principals productes pesquers, l’elasticitat en la transmissió de preus al llarg de la cadena de comercialització a Espanya (llotja, mercat central i detallista). Finalment s’investiga la presència d’assimetria en la transmissió de preus entre aquests nivells de mercat. Els resultats obtinguts tenen importants implicacions a l’hora d’analitzar la demanda, poder de mercat i marges al llarg del mercat per als productes pesquers.