Permanent Genetic Resources added to Molecular Ecology Resources Database 1 May 2009-31 July 2009

This article documents the addition of 512 microsatellite marker loci and nine pairs of Single Nucleotide Polymorphism (SNP) sequencing primers to the Molecular Ecology Resources Database. Loci were developed for the following species: Alcippe morrisonia morrisonia, Bashania fangiana, Bashania fargesii, Chaetodon vagabundus, Colletes floralis, Coluber constrictor flaviventris, Coptotermes gestroi, Crotophaga major, Cyprinella lutrensis, Danaus plexippus, Fagus grandifolia, Falco tinnunculus, Fletcherimyia fletcheri, Hydrilla verticillata, Laterallus jamaicensis coturniculus, Leavenworthia alabamica, Marmosops incanus, Miichthys miiuy, Nasua nasua, Noturus exilis, Odontesthes bonariensis, Quadrula fragosa, Pinctada maxima, Pseudaletia separata, Pseudoperonospora cubensis, Podocarpus elatus, Portunus trituberculatus, Rhagoletis cerasi, Rhinella schneideri, Sarracenia alata, Skeletonema marinoi, Sminthurus viridis, Syngnathus abaster, Uroteuthis (Photololigo) chinensis, Verticillium dahliae, Wasmannia auropunctata, and Zygochlamys patagonica. These loci were cross-tested on the following species: Chaetodon baronessa, Falco columbarius, Falco eleonorae, Falco naumanni, Falco peregrinus, Falco subbuteo, Didelphis aurita, Gracilinanus microtarsus, Marmosops paulensis, Monodelphis Americana, Odontesthes hatcheri, Podocarpus grayi, Podocarpus lawrencei, Podocarpus smithii, Portunus pelagicus, Syngnathus acus, Syngnathus typhle,Uroteuthis (Photololigo) edulis, Uroteuthis (Photololigo) duvauceli and Verticillium albo-atrum. This article also documents the addition of nine sequencing primer pairs and sixteen allele specific primers or probes for Oncorhynchus mykiss and Oncorhynchus tshawytscha; these primers and assays were cross-tested in both species.

High level expression, purification, and characterization of the shrimp antimicrobial peptide, Ch-penaeidin, in Pichia pastoris

Penaeidins, members of a new family of antimicrobial peptides constitutively produced and stored in the haemocytes of penaeid shrimp, display antimicrobial activity against bacteria, and fungi. Here, a DNA sequence encoding the mature Ch-penaeidin peptide was cloned into the pPIC9K vector and transformed into Pichia pastoris. The transformed cells were screened for multi-copy plasmids using increasing concentrations of G418. Positive colonies carrying chromosomal integrations of the Chp gene were identified by phenotype and PCR. When transformed cells were induced with methanol, SDS-PAGE and Western blotting revealed the production of a similar to6100 Da recombinant CHP (rCHP) expression product. Large scale expression revealed that rCHP was produced at 108 mg/L under optimal conditions in the highest Chp-producing P. pastoris clone. The antimicrobial activities of rCHP were studied by liquid phase analysis, which revealed that rCHP exhibited activities against some Gram-negative and Gram-positive bacteria, but had a relatively low activity against some fungi. Purification of rCHP by cation exchange chromatography and subsequent automated amino acid sequencing revealed the presence of four additional amino acids (YVEF) at the N-terminus that belonged to the cleaved fusion signal peptide; these residues may account for the observed decrease in antifungal activity. Together, these observations indicate that rCHP is an effective antimicrobial peptide that can be successfully produced at high levels in the yeast, and therefore may be a potential antimicrobial candidate for practical use. (C) 2004 Elsevier Inc. All rights reserved.

Expression, purification, and characterization of recombinant Chinese shrimp crustin-like protein (CruFc) in Pichia pastoris

A crustin-like protein (CruFc) from Fenneropenaeus chinensis was expressed in Pichia pastoris and then purified to electrophoretic homogeneity on a Sephacryl S-100 column with a band corresponding to the expected one (13 kDa) shown by 15% SDS-PAGE. Western blot indicated that the rCruFc specifically reacted with polyclonal rabbit anti-Fenneropenaeus chinensis CruFc. Production in a 5 l bioreactor gave 237 mg rCruFc/l. Antimicrobial assay revealed that 4 mu M rCruFc inhibited growth of Staphylococcus aureus.

中国近海鲳属鱼类的形态分类学研究

鲳属鱼类广泛分布于我国沿海，属名贵海鲜，在海洋渔业中居重要地位。本文总结了近二百余年来有关中国海鲳属鱼类研究的国内外文献，根据多年来在我国沿海各地采集的标本，对鲳属鱼类的外部形态（包括体形、体色、侧线、口、吻、鳍、鳞），骨骼系统（包括脑颅、咽颅、椎骨、附肢骨骼），消化器官（包括牙齿、食道侧囊、胃、幽门盲囊、肠、肝），呼吸器官和感觉器官（包括嗅囊、侧线管系统、耳石）的形态特征进行了比较，并结合地理分布等资料，进行分析研究。研究结果表明：1、鲳属鱼类鳍的形态和耳石的形态不甚稳定，幼鱼与成体间有较明显的差异。鳞片和牙齿的形态亦不甚稳定。银鲳的吻部在幼鱼期显著突出于下颌之前，随生长渐变得不明显。2、银鲳和灰鲳在体色、鳍的形态、吻部的特征、口的位置、脑颅的上枕骨和前耳骨及上耳骨的形状、脊椎骨的数目、鳃耙的形状和数目、头部侧线管的形态、鼻囊初级嗅板的数目、牙齿的形态和数目、以及耳石的形态等都存在着一定程度的差异，应视为两个独立的有效种。3、南海区的银鲳背鳍具34-37鳍条，臀鳍具33-36鳍条；耳石厚而不易碎，基叶与翼叶在前端不形成切口；椎骨30-31个，尾椎骨第3-5节椎体的脉棘成三角形，椎体前上关节突前倾，伸越前一椎体的后上关节突。东海和渤黄海区的银鲳背鳍具42-46鳍条，臀鳍具40-45鳍条；耳石薄而易碎，基叶与翼叶在前端形成切口；椎骨39-41个，尾椎骨第3-5节椎体的脉棘成棒形，椎体的前上关节突不伸越前一椎体的后上关节突。两者在形态上的差异，可认为是种内群体的分化，应把两者视为一个有效种的两个并列亚种。中国海鲳属鱼类应定为三个有效种：银鲳、灰鲳和中国鲳。其中银鲳又可分为南白海银鲳和高巴氏丽银鲳两个亚种。种1、银鲳Pampus argenteus (Euphrasen)亚种1、白银鲳Pampus argenteus argenteus (Euphrasen)亚种2、巴氏银鲳Pampus argenteus echinogaster (Basilewsky)种2、灰鲳Pampus cinereus (Bloch)种3、中国鲳Pampus chinensis (Euphrasen)。

有机污染对水环境生态效应及中国对虾内环境的影响

以人工配合饵料作为有机污染源，选定试验池、对照池各1个，分别放养5cm左右的中国对虾12尾；除了试验池的投饵量为对照池的2倍以及对照池每天吸底外，其他养殖条件均保持一致。目的在于研究有机污染对水环境生态效应和对中国对虾内环境的影响，进而探讨有机污染对虾病的诱发作用。结果表明，有机污染影响水环境，且改变中国对虾内环境，降低其免疫水平，使虾病易于发生。同时，温度在有机污染对水环境的影响中也具有重要的作用。

中国明对虾免疫系统中抗氧化相关基因的克隆与表达分析

对虾病害在世界范围内的广泛传播，给水产养殖和沿海农村经济造成了重大损失。深入开展对虾免疫机制研究并在此基础上寻找对虾疾病防治的有效方法已成为当务之急。研究表明，当对虾等甲壳动物受到外界病原刺激时，其体内的吞噬细胞在吞噬活动中会激活磷酸己糖支路的代谢，引起呼吸爆发，产生多种活性氧分子。另外，受到病原侵染的对虾还会产生其他多种免疫反应，这些免疫反应将消耗大量的能量（ATP），产能的呼吸链会加速运转，由此也会引发大量活性氧的产生。这些活性氧分子可以杀灭入侵的病原微生物，但同时由于活性氧分子反应的非特异性，它们也会对宿主的细胞、组织和器官造成严重伤害，进而导致对虾生理机能的损伤和免疫系统的破坏。所以，消除对虾体内因过度免疫反应产生的过量氧自由基将能够增强其抵御病原侵染的能力，提高免疫力。本论文从中国明对虾体内克隆了线粒体型超氧化物歧化酶（mMnSOD）、胞质型超氧化物歧化酶（cMnSOD）、过氧化氢酶（Catalase）和过氧化物还原酶（Peroxiredoxin）等四种与免疫系统相关的抗氧化酶基因，分析了它们的分子结构特征，组织分布及应答不同病原刺激的表达变化模式，并对其中的mMnSOD基因和Peroxiredoxin基因进行了体外重组表达、分离纯化和酶活性分析。 采用RACE技术从中国明对虾血细胞中克隆了两个超氧化物歧化酶（SOD）基因，通过序列比对分析发现，其中一个为mMnSOD基因，另一个为cMnSOD基因。mMnSOD基因的cDNA全长为1185个碱基，其中开放阅读框为660个碱基，编码220个氨基酸，其中推测的信号肽为20个氨基酸。多序列比对结果显示中国明对虾mMnSOD基因的推导氨基酸序列与罗氏沼虾、蓝蟹的推导氨基酸序列同源性分别为88%和82%。Northern blot结果表明，该基因在对虾的肝胰脏、血细胞、淋巴器官、肠、卵巢、肌肉和鳃等组织中均有表达。半定量RT-PCR结果显示，对虾感染病毒3 h时，该基因在血细胞和肝胰脏中的转录水平显著升高。此外，通过构建原核表达载体，本研究对该基因进行了体外重组表达，并对纯化的重组蛋白进行了质谱鉴定和酶活分析。cMnSOD基因的cDNA全长为1284个碱基，其中开放阅读框为861个碱基，编码287个氨基酸。多序列比对结果显示中国明对虾cMnSOD基因的推导氨基酸序列与斑节对虾和凡纳滨对虾的同源性高达98%和94%。组织半定量结果显示，cMnSOD基因在对虾被检测的各个组织中均有表达。 另外，半定量RT-PCR结果表明，对虾感染病毒23h时，该基因在肝胰脏中的转录上升到正常水平的3.5倍；而感染后59 h时，该基因在血细胞中的转录上升到正常水平的2.5倍。 利用根据其他生物过氧化氢酶保守氨基酸序列设计的简并引物，结合RACE技术，从中国明对虾肝胰脏中克隆到了过氧化氢酶基因的部分片段，片段长1725个碱基。多序列比对结果发现目前所得中国明对虾Catalase基因部分片段的推导氨基酸序列与罗氏沼虾和皱纹盘鲍Catalase氨基酸序列的同源性分别达到95%和73%。通过实时荧光定量PCR技术对中国明对虾Catalase基因在各个组织中的分布情况及病毒感染后该基因在血细胞和肝胰脏中的转录变化进行了研究。结果发现，该基因在肝胰脏、鳃、肠和血细胞中表达水平较高，在卵巢、淋巴器官和肌肉中的表达水平相对较弱；感染病毒23 h和37 h时，对虾血细胞和肝胰脏中该基因mRNA的表达量分别出现显著性上升。 依据中国明对虾头胸部cDNA文库提供的部分片段信息，结合SMART-RACE技术，从中国明对虾肝胰脏中克隆到了过氧化物还原酶基因（Peroxiredoxin）， 该基因的cDNA全长为942个碱基，其中开放阅读框为594个碱基，编码198个氨基酸。中国明对虾Peroxiredoxin基因的推断氨基酸序列与伊蚊、文昌鱼和果蝇等Peroxiredoxin基因的推断氨基酸序列同源性分别为77%、76%和73%。其蛋白理论分子量为22041.17 Da，pI为5.17。Northern blot结果表明，Peroxiredoxin基因在对虾的肝胰脏、血细胞、淋巴器官、肠、卵巢、肌肉和鳃等组织中均有表达。实时荧光定量PCR结果显示，弧菌感染后，该基因在对虾血细胞和肝胰脏中的转录水平都有明显变化并且表达模式不同。另外，对该基因进行了体外重组表达，并对纯化的重组蛋白进行了质谱鉴定和酶活性分析。酶活性分析表明，复性后的重组蛋白能在DTT存在的条件下还原H2O2。

中国明对虾核转录因子NF-κB家族基因的克隆与表达分析

对虾流行病爆发以来，我国乃至世界的对虾产业一直受到各种虾病的困扰，对虾养殖业严重受阻。解决这一问题的关键是加强对虾免疫机制的研究，并在此基础上寻找对虾疾病防治的有效方法。Rel/NF-κB是一类核转录因子，在无脊椎动物的先天性免疫中，起着极为重要的作用。 本论文根据其他无脊椎动物中NF-κB家族基因Relish和Dorsal的保守氨基酸序列分别设计简并引物，从中国明对虾血细胞cDNA中先后克隆到了Relish和Dorsal基因的部分片段，并结合SMART-RACE技术分别获得了中国明对虾Relish基因（FcRelish）和Dorsal基因（FcDorsal）的cDNA 全长。 FcRelish的cDNA 全长为2157个碱基，其中开放阅读框为1512个碱基，编码504个氨基酸；FcRelish蛋白的推导分子量为57373.5 Da，理论等电点为7.00。FcDorsal基因的cDNA 全长为1627个碱基，其中开放阅读框为1071个碱基，编码357个氨基酸；FcDorsal蛋白的推导分子量为39780.7 Da，理论等电点为8.85。 分析了FcRelish基因和FcDorsal基因的在血细胞、淋巴器官、肠和肌肉等12个组织中的表达水平。组织表达结果表明FcRelish和FcDorsal在淋巴器官和血细胞中表达水平明显高于其他组织，而淋巴器官和血细胞是对虾免疫系统中最重要的两个组织，由此可以推测中国明对虾中的Relish和Dorsal可能与免疫关系密切。 本论文还利用实时荧光定量PCR技术，对灭活鳗弧菌刺激，以及WSSV病毒刺激后，对虾血细胞和淋巴器官中FcRelish基因和FcDorsal基因的转录水平进行了研究。FcRelish基因在WSSV病毒刺激后，在血细胞和淋巴器官中都出现了波浪形变化，说明FcRelish对WSSV病毒刺激产生了应答。在灭活鳗弧菌刺激后，FcRelish在血细胞中变化不明显，而在淋巴器官中出现了两次明显的下调上调交替，出现这种现象的具体原因有待探究。在WSSV病毒刺激后，血细胞和淋巴器官中FcDorsal的转录表达呈波浪形变化。而在鳗弧菌刺激后，FcDorsal在血细胞和淋巴器官中的转录均在短时间内出现明显的上调表达，说明FcDorsal对鳗弧菌非常敏感。 作为核转录因子的NF-κB蛋白的转录激活作用需要在细胞质中通过蛋白水解作用来激活，为了进一步阐明NF-κB对病菌感染的应答机制，需要进一步研究这两种转录因子在蛋白水平的变化，以便从分子水平阐明NF-κB在对虾天然免疫中的作用。

人工控制对虾卵巢发育的初步研究

南美洲白对虾(Penaeus vannamei Boone）在龄期分别为9和12个周月时实施眼柄摘除手术，均能有效地诱导卵巢发育并成熟。其差别为前者需要三个月后才能产卵，而后者中需20天，相对而言龄期越大卵巢催熟的效果越明显。但上述期内，两栖批对虾所产卵粒幸免存在质量差，数量明显减少的问题，说明该虾种在龄期达12个周月时实施催熟手术仍然为时尚早。中国对虾Penaeus chinensis(0'sbeck)眼柄中所含的性腺抑制激素（GIH）对于雌虾的卵巢发育具有显著的抑制作用。实验结果表明：摘眼迟了8天多。这种抑制效应并不受提供眼柄的对虾性别的限制。注射眼柄提取液对卵巢发育所产生的抑制作用是暂时性的，一旦停止注射，被抑制的卵巢能够重新发育，并成熟产卵。

中国鲳属鱼灯形态和生化特征及系统发育研究

鲳属鱼类是鲈形目中具有很高经济价值的名贵鱼类，广泛分布于我国沿海。我国是鲳鱼产量最高的国家之一，仅1995年产量就达20.9万吨(中国渔业统计年鉴,1995),约占世界鲳鱼达的60%以上.近二、三十年来，由于受传统业资源的过度开发、近海资源不足以及海洋环境污染因素影响，我国四大渔业中的大、小黄鱼及带鱼资源相继衰竭，使年产约２０万吨的鲳属鱼类在我国海洋渔业中占据越来越理要的地位，引起了国内外鱼类学家的广泛注意。然而，鲳属鱼类的分布和命名问题，长期以来，国内外专家学者众说纷绘纭、菲衷一是。本文总结的近二百年来有问中国鲳属鱼类分类研究的国内外文献资料，根据中国科学院海洋研究所历年（1951－1998）采集并收藏的以及新补充采集的鲳鱼标本，对我国沿海鲳属鱼类的外部形态（包括体形、体色、鳍、鳞片）、消化器官（包括牙齿、食道侧囊、胃、幽门盲囊、肠、肝）、呼吸器官、感觉器官、骨骼系统（包括脑颅、咽颅、脊椎骨、附肢骨骼）等生化特征作了系统地比较研究，并用支序分类学原理和方法分析了中国鲳属种间的系统发育关第，得到如下结果：1. 中国沿海鲳属鱼分共有5种:银鲳Pampus argenteus (Euphrasen,1788)、翎鲳P. punctatissimus (Temminck et Schlegel, 1845)、灰鲳 P.cinereus (Bloch, 1793) 、中国鲳P. chinensis (Euphrasen, 1788)和珍鲳P. minor Liu et Li, 1998, sp. nov,. 其中银鲳、灰鲳和中国鲳曾多次出现在我国近海地区性鱼类志和地方鱼类志中，本文对它们进物了准确的鉴定和描述，对翎属P. punctatissimus 进行了重新描述，在我国为新记录；论证了珍鲳P. minor为区别于鲳属其它独立有效的一新种。2. 形态学化较研究表明，5种鲳属鱼类在体形、体色、鳍棘、鳍条、牙齿、幽门盲囊、鳃耙、头后部侧线管、 头骨、脊椎骨、耳石等特征方面存在明显的种间差异，可作为鲳属鱼类分类的有效鉴别特征。3.中国沿海的中国鲳P. chinensis (Euphrasen,1788)与印渡洋的瑷鲳 P. ctous (Cuvier et Valenciennes, 1833)形态差异很小，认为P. atous (Cuivier et Valenciennes, 1833) 与P.chinensis (Euphrasen, 1788)可能为同一种，P. atous 应为P. chinesnsis 的同物异名。4.鲳属鱼类的肌浆蛋白酶（Pm）、酯酶（EST）和超氧化物歧化酶（SOD）具有明显的种的特异性，乳酸脱氢酶（LDH）则无种间差异。青岛、上海、厦门和珠海4个取样地点的银鲳的Pm和EST酶谱完全相同，同样，上述4个取地点的瓴鲳Pmt EST 酶谱也完全相同，从生化学的角度证明我国各海区的银鲳的翎鲳各为同一个种。5.银鲳和翎鲳为广盐广域种，我国黄渤海、东海、台湾海峡和地海均有分布，而且种群数量最大；灰鲳和中国鲳分布于我国东海南部、台湾海峡中部以南和南海，为亚暖水种，种数量次之：珍鲳仅分布于台湾海峡南部的大陆沿岸及南海，为暖水种，其种群数量较小，在当在形成一定的渔汛。6.系统发育关系分析表明，中国鲳属鱼类构成一个单群，此属的共同离征有：1）成鱼无腹鳍；2）背鳍鳍条多于31枚；3）臀鳍鳍条多于30 枚；4）背鳍和臀鳍前部鳍条延长；5）下颌牙齿为三峰型； 6）食道侧囊1个；7）食道侧囊内乳突有放射状脚根；8）脊椎骨数目少、眼眶窝大、后颞窝骨显、耳石厚等近祖特征，但它们仍然具有鳃耙数目多、下颌牙禽少等近祖特征，也是较早期分化种；中国鲳具有个体大、背鳍和臀鲳不具鳍棘、背鳍和臀鳍鳍条数目较多、鳃耙数少且短、翼蝶骨较发达等特征，是毗较特化种； 翎鲳和灰鲳具有鳍第鳍棘和脊椎骨数目较多、鳃耙数较少等区同祖征和具有显著延长的背鳍和臀鳍前部鳍条等共同离征，是一对姐妹种。

蚯蚓作为饲料成分对对虾生长及其免疫指标的影响

本文以鲜活饵料赤子爱胜蚓（Eisenia foetida）为研究对象，从营养学和免疫学的角度研究探讨了蚯蚓对对虾生长和抗病力的影响，为目前虾病问题的解决进行了有益的探索，为蚯蚓在规模化养殖生产中的推广应用提供了参考和依据。主要研究结果如下： 1、以鲜活饵料赤子爱胜蚓为主，双齿围沙蚕（Perinereis aibuhitensis）和人工配合饵料为对照，比较研究了凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）摄食不同饵料的生长和免疫指标的差异。结果表明：沙蚕和蚯蚓单独投喂或与人工饵料配合投喂都可显著提高凡纳滨对虾的生长速率，提高对虾肌肉蛋白的营养价值，但用沙蚕单独投喂的对虾成活率较低。在增强对虾的免疫功能方面，蚯蚓和沙蚕与人工饵料配合投喂优于蚯蚓和沙蚕单独投喂，同时蚯蚓的饵料效果优于沙蚕。 2、采用鲜活饵料赤子爱胜蚓和人工配合饵料的不同配比投喂处于健康状态下的中国明对虾（Fenneropenaeus chinensis）幼虾，研究了其生长和免疫特征。结果表明：在人工饵料中配合投喂1/4的蚯蚓（干重）可显著加快中国明对虾的生长速率，增加对虾肌肉蛋白质含量，提高对虾肌肉蛋白的营养价值，减少脂肪含量，但对处于健康状态下的中国明对虾幼虾免疫功能的增强无明显效果。 3、考虑到对虾规模化养殖的可行性，采用冰冻蚯蚓赤子爱胜蚓和人工饵料的不同配比投喂处于非健康状态下的凡纳滨对虾，测定分析对虾的生长、营养成分和免疫指标，结果表明：蚯蚓投喂量（干重）占日投喂量的1/4时可以显著提高对虾的生长速率，增加对虾营养，增强对虾免疫功能，提高对虾成活率。 我国蚯蚓资源丰富，来源广泛，研究证实，以蚯蚓作为对虾饵料可增加对虾营养，促进对虾生长，提高机体免疫力，是对虾规模化养殖生产中的优质绿色动物性饵料。

中国对虾育种方法研究与遗传连锁图谱的构建

本研究以中国对虾为材料，以杂交育种和选择育种为目标，进行了系统的中国对虾杂交育种试验、生长性状遗传参数试验及其分子遗传连锁图谱的构建工作。结果表明以不同地理群体杂交作为基础群体，然后采用系统的选择育种方法可以获得较好的选择效果。构建的遗传连锁图谱为中国对虾分子辅助育种提供一定的基础。这些试验结果为中国对虾合理系统的育种工作提供了理论基础和数据支持。其具体结果如下： 1. 试验对中国对虾黄渤海水域乳山湾群体（WYP）和朝鲜半岛南海群体（WKN）的2个群体及其杂交后代不同月龄生长情况和存活率进行了研究，测量体长（TL）、头胸甲长（CL）、头胸甲宽（CW）、第2、3腹节高（HST）、第2、3腹节宽（WST）、体重（BW）和存活率共7个性状，计算各项指标的杂种优势率，并对各性状进行了方差分析和多重比较。其3月龄生长情况和存活率研究结果表明，存活率在乳山湾群体（WYP♀）× 朝鲜半岛南海群体（WKN♂）杂交后代出现杂种劣势外，其他指标都表现出不同程度的杂种优势(4.37%～23.96% )。除了存活率外，杂交后代生长性状均显著高于亲本，乳山湾群体（WYP♀）×朝鲜半岛南海群体（WKN♂）杂交后代高于朝鲜半岛南海群体（WKN♀）× 乳山湾群体（WYP♂）杂交后代，黄渤海水域乳山湾群体高于朝鲜半岛南海群体后代。为确定测量性状与中国对虾体重的相关程度，建立了用体长(X1)，头胸甲宽(X2)，第2、3腹节宽(X3)，头胸甲长(X4)，第2、3腹节高(X5)估计体重的多元回归方程：Y = －2.056 + 0.03X1 + 0.076X2 + 0.078X3 + 0.033X4 + 0.043X5。 2. 中国对虾黄渤海水域乳山湾群体（WYP）和朝鲜半岛南海群体（WKN）2个群体及其杂交后代在4月龄时期的6个生长指标和存活率的杂种优势范围在0.514%到14.95%之间，WYP♀×WKN♂杂交后代在这7个指标中都高于WKN♀×WYP♂杂交后代。5月龄杂交后代也表现出一定程度的杂种优势，其范围在-9.000%～19.090%之间，但头胸甲长、第2、3腹节处高和存活率3个指标出现杂种劣势。不同杂交组合各个阶段生长发育情况和存活率在杂种优势表现出一定的规律。随着月龄的增加，WKN♀×WYP♂杂交后代杂种优势率有所增加，而WYP♀×WKN♂杂交后代的却有所降低。ANOVA分析结果表明，杂交后代在存活率方面与双亲差异不显著。4月龄的分析结果发现杂交后代在WST和BW这2个指标上存在显著差异。LSD多重比较结果显示，WYP♀×WKN♂杂交后代在BW指标上与亲本存在显著差异，在WST指标方面与其他3个组合的后代差异显著。5月龄的数据分析结果发现，杂交后代除体重存在显著差异外，其他各项指标差异均不显著。LSD多重比较结果发现，WKN♀×WYP♂杂交后代体重与其亲本WKN存在显著差异。 3. 对2个野生群体——朝鲜半岛南海岸群体（WKN）和黄渤海群体（WYP）和3个养殖群体——朝鲜半岛群体的养殖一代（FKN），黄海1号（HH1）和即抗98（JK98）进行杂交试验的研究，结果表明JK98 (♀)  WKN (♂)组合在存活率方面最高，其余的依次为WYP (♀) WKN (♂)，WKN (♀) WYP (♂)，FKN (♀)HH1 (♂) 和 WYP (♀) FKN (♂)。而在体重方面FKN(♀)  HH1(♂)组合最高，其余的依次为WKN (♀) WYP (♂)，WYP (♀) WKN (♂)，WYP (♀)FKN (♂) 和 JK98 (♀)WKN (♂)。在所有生长性状方面，JK98 (♀)  WKN (♂)在5个组合中是最低的。方差检测结果表明，TL、CL、HST、LL和BW这5个指标在不同组合间存在差异，而其他指标不存在差异。多重比较结果发现JK98 (♀)WKN (♂)组合的TL与其他组合间差异极显著，HST指标与WKN (♀) WYP (♂)，FKN(♀)  HH1(♂)和 WYP (♀)  WKN (♂)这3个组合差异显著，BW指标与WKN (♀) WYP (♂) 和 FKN(♀)  HH1(♂)差异显著。 4. 通过人工授精的方法建立了中国对虾21个半同胞家系，测量了中国对虾21个半同胞（46个全同胞）家系的TL、CL、CW、HST、WST、第1腹节长（FL）、第6腹节长（LL）。利用MTDFREML软件得到生长性状遗传力在0.15~0.35之间，属于中度遗传力范围。TL的遗传力为0.34±0.071，CL的为0.30±0.070，CW为0.35±0.077，WST为0.33±0.073，HST为0.33±0.073，FL的最低为0.15±0.044，LL的为0.24±0.059。各个性状间表现出高的正相关，其中CW和TL以及HST的遗传相关最大，FL和WST的遗传相关最小。 通过以上杂交育种和选择育种的研究，认为单纯的依靠杂交育种来改善中国对虾的育种工作可能具有一定的局限性。所以在实际的育种过程中，以中国对虾不同群体的杂交后代作为基础群体，并以此为基础进行系统的选择育种应该具有更大的潜力。 5. 本试验利用中国对虾F2群体和AFLP分子标记技术进行了遗传连锁图谱的构建。利用55对AFLP引物组合对F2家系的110个个体进行了研究，结果检测到532个符合作图策略的AFLP标记。利用卡方检验检测分离位点是否符合孟德尔分离定律。对于符合3：1比例的分离位点利用F2自交模型构建性别平均连锁图谱，对于符合1：1比例的分离位点利用拟测交理论分别构建中国对虾的雌性和雄性遗传连锁图谱。雌性、雄性和性别平均遗传图谱分别有28、35和44个连锁群，图谱实际长度分别为1090、1617和1772.1 cM。中国对虾遗传连锁图谱估计基因组长度为2420 cM，符合与人类基因组相比的对虾类基因组长度。中国对虾雄性遗传连锁图谱比雌性遗传连锁图谱长32.6%，这可能说明中国对虾不同性别存在不同的重组率。通过皮尔逊相关系数检测认为AFLP标记在中国对虾图谱上分布均匀。本文利用AFLP标记构建的中国对虾遗传连锁图谱为中国对虾基因组研究和遗传改良提供一定的基础，同时也应该开发微卫星等共显性标记，为遗传连锁图谱的整合提供条件。

中国对虾酚氧化酶的研究

该文利用生化、组化、电镜酶细胞化学技术以及分子生物学技术,研究了中国对虾酚氧化酶（PO）的活性、在血淋巴中的定位、Cu结合位点cDNA片段结构分析.以生物化学方法研究了中国对虾和南美白对虾血清酚氧化酶（PO）生理功能和活性影响.超显微结构定位显示,PO阳性产物位于血细胞和血细胞周围.PO大部分均质且电子密度很高.在细胞外层有异物处的PO密度最大.其中大颗粒细胞周围的PO阳性产物最多,小颗粒细胞和透明细胞则很少或没有.中国对虾酚氧化酶原（proPO）cDNA片断含有两个公认的铜结合位点,两个位点周围的组氨酸的高度保守.

中国明对虾病原检测新方法及酚氧化酶通路相关基因的研究

对虾病害在世界范围内肆虐，给水产养殖和沿海农村经济造成了重大损失。在水产养殖的实践中快速检测水产动物的病害并及时采取隔离等措施对于控制病害尤为重要，其中关键的环节就是快速检测出病害，并在对虾免疫机制上寻找对虾疾病防治的有效方法。研究表明当对虾等甲壳动物受到外界病原刺激时，极微量的微生物多糖就可以激活proPO系统。激活过程中涉及和产生一系列活性物质，如黑色素、酚氧化酶原激活因子（PPA）、模式识别蛋白（BGBP、PGBP、LGBP、LBP）及其膜上受体和A2巨球蛋白等，它们可通过多种方式参与防御反应，包括提供调理素，促进血细胞吞噬作用，形成结节或包囊以及介导凝集和凝固，产生杀菌物质并且黑色素化。黑色素常常在节肢动物的体表形成黑色斑点，形成的色素沉着对机体起到保护作用。所以，酚氧化酶原激活的级联反应是节肢动物免疫的关键因素。本论文研究开发了以环等温介导技术（LAMP）为基础的检测对虾白斑病毒（WSSV）和鳗弧菌（V. anguillarum）的快速检测方法。并从对虾对病害的免疫机制为切入点，从中国明对虾体内克隆了酚氧化酶原（PrpPO）和丝氨酸蛋白酶FcSP3这两个免疫系统中重要的基因，分析了它们的分子结构特征，组织分布及应答鳗弧菌病原刺激的表达变化模式。 建立的对虾常见病害对虾白班病毒（WSSV）和鳗弧菌（V. anguillarum）的LAMP检测方法，经过实验比对和Blast检索，发现本研究中使用的引物，比已经报导的LAMP方法或者PCR方法具有更宽的检测范围（更低的假阴性）。检测WSSV的LAMP方法使用病毒的VP28基因设计引物，而鳗弧菌的检测方法使用empA基因设计引物。在方法中，首次提出加入UNG酶和dUTP的措施来预防污染，在实际检测中非常有效。LAMP方法与PCR检测方法的灵敏性比较也进行了研究，二者灵敏性相当。 依据中国明对虾血液cDNA文库提供的部分片段信息，结合SMART-RACE技术，克隆了酚氧化酶原（PrpPO）基因，通过序列比对分析发现，PrpPO基因cDNA全长为3040 bp，其中开放阅读框2061 bp，编码686个氨基酸，其中推测的信号肽为12个氨基酸。推测的序列与斑节对虾（P. monodon）同源性为93%,与短钩对虾（P. semisulcatus.）同源性为92%。real time RT-PCR实验结果表明， ProPO在血细胞中的相对表达量最高，肝胰脏中表达量最低。弧菌刺激实验中注射弧菌，刺激了血细胞和淋巴器官中的ProPO mRNA显著增加，说明在血细胞和淋巴器官中存在快速反应的ProPO通路。而ProPO mRNA量在淋巴器官中在时间上早于血液中升至最高，说明该动物在在病原刚开始入侵的时候先有淋巴器官发挥主要的免疫作用，随着时间推移血细胞便变成主要的免疫器官。 根据中国明对虾肝胰脏cDNA文库提供EST信息，经过SMART-RACE克隆了一个丝氨酸蛋白酶FcSP3基因，通过序列比对分析发现，该丝氨酸蛋白酶基因cDNA全长为1622 bp，其中开放阅读框1431 bp，编码477个氨基酸，其中推测的信号肽为22个氨基酸。推测的序列与疟蚊的丝氨酸蛋白酶（A. gambiae）同源性为33%,与丽蝇蛹集金小蜂的酚氧化酶原激活因子（N. vitripennis）同源性为32%，与东北大黑鳃金龟的酚氧化酶原激活因子（H. diomphalia）同源性为34%。淋巴器官中PPAⅡ表达量约为血液中表达量的47560倍，肝胰脏中的FCSP3表达量为血细胞表达量的6226倍。鳗弧菌注射对虾后，淋巴器官中刺激组和对照组FcSP3的mRNA量在刺激后6小时显著降低，但是刺激组的表达量明显高于对照组。刺激组的血细胞与肝胰脏中FcSP3 mRNA的相对表达量增高。而病原刺激后的血液与肝胰脏中的FcSP3 mRNA的增长趋势也在时间上先与ProPO mRNA。这说明FcSP3对ProPO有正调控的作用，但这个调控有一个时间差，并且在不同组织中有不同的调控效率。

中国明对虾在胁迫条件下肝胰脏的差异蛋白质组学研究

对虾养殖业的发展面临着病害严重和环境恶化的严重挑战。对虾细菌和病毒性疾病的频发已给对虾的养殖业造成了严重损失。养殖环境恶化造成的环境胁迫，不但影响对虾的生长性状，而且导致对虾的抵抗力下降，更容易引发病害的发生。研究对虾在外界胁迫（环境胁迫、病原感染）后蛋白表达模式的变化有助于弄清对虾的抗病抗逆机理，为抗病抗逆对虾的培育提供理论依据。 肝胰脏是对虾的重要器官，参与各种重要的生理活动包括消化、吸收、储存和代谢，并且在启动对虾免疫反应起重要作用，其蛋白质表达的变化与对虾的健康状况密切相关。 本研究运用蛋白质组学技术平台（双向电泳、串联质谱、数据库搜索），对中国明对虾肝胰脏蛋白进行研究，获得了一些重要进展，结果如下： 1.初步构建了覆盖范围广、分辨率高、重复性好的中国明对虾肝胰脏双向电泳参考图谱，并利用质谱分析和多种数据库搜索方法成功鉴定了122个（68种）蛋白质点，包括14个（9种）能量代谢蛋白、15个（9种）氨基酸代谢蛋白、10个（5种）碳水化合物代谢蛋白、2个（1种）多聚糖代谢蛋白、11个（5种）辅酶和维生素代谢蛋白、1个（1种）脂类代谢蛋白、5个（3种）核酸代谢蛋白、7个（3种）消化酶、3个（1种）细胞骨架蛋白、14个（8种）免疫相关蛋白、9个（6种）抗氧化蛋白、19个（7种）伴侣蛋白、4个（3种）信号转导蛋白、3个（3种）翻译功能蛋白和5个（4种）未分组蛋白。 2.在参考图谱的基础上，研究了缺氧胁迫下中国明对虾肝胰脏蛋白质表达模式的变化，成功鉴定了52个（15个上调、37个下调）差异表达的蛋白，包括11个能量产生相关蛋白、13个免疫相关蛋白、11个代谢相关蛋白、6个抗氧化蛋白、7个分子伴侣、2个细胞骨架蛋白和2个未分类蛋白，利用实时定量PCR技术，研究了缺氧胁迫下10个差异蛋白的基因在转录水平上的变化；同时研究了金属镉胁迫后中国明对虾肝胰脏蛋白质表达模式的变化，成功鉴定了29个（4个上调、25个下调）差异表达的蛋白，包括9个能量产生相关蛋白、3个免疫相关蛋白、9个代谢相关蛋白、5个抗氧化蛋白、2个分子伴侣和1个未分类蛋白。 3.分别进行了灭活鳗弧菌和WSSV感染后中国明对虾肝胰脏的差异蛋白质组学研究。灭活鳗弧菌刺激后，45个差异表达的蛋白质（4个上调、41个下调）被成功鉴定出，包括6个能量产生相关蛋白、4个免疫相关蛋白、22个代谢相关蛋白、4个抗氧化蛋白、7个分子伴侣、1个翻译相关蛋白和2个未分类蛋白；WSSV感染后， 48个差异表达的蛋白质（11个上调、37个下调）被成功鉴定出，包括7个能量产生相关蛋白、9个免疫相关蛋白、20个代谢相关蛋白、5个抗氧化蛋白和7个分子伴侣。 通过对上述实验数据的分析，初步探讨了中国明对虾对虾对环境胁迫和病原感染的应答机理。为下一步筛选中国明对虾环境胁迫及免疫应答关键蛋白并研究其功能奠定了基础。

中国明对虾重要分子伴侣蛋白基因的克隆及表达研究

对虾养殖业的可持续发展面临着种质退化、病害严重和养殖环境恶化等问题的严重挑战。养殖环境恶化造成的环境胁迫，不但影响对虾的生长性状，而且导致对虾的抵抗力下降，更容易引发病害的发生。养殖环境恶化已经严重影响了对虾养殖业的健康可持续发展。本论文针对环境恶化造成的环境胁迫对对虾影响的分子机理进行了研究。 克隆了中国明对虾对环境胁迫应答的重要伴侣蛋白基因，包括钙网蛋白（FcCRT）、葡萄糖调节蛋白78 （FcGrp78）、热休克蛋白70（FcHsp70）和热休克蛋白90（FcHsp90）的全长cDNA，研究了这些基因的组织表达特征，并对这些基因在不同胁迫条件下的转录表达特征进行了分析。 钙网蛋白是一种多功能的内质网钙结合蛋白，负责蛋白折叠和糖蛋白修饰。本论文首次在中国明对虾报道了钙网蛋白FcCRT基因的全长cDNA序列，编码406个氨基酸，具有保守的N-，P-和C-功能域，以及信号肽和保守的HDEL内质网回收标签。FcCRT基因与其它物种的钙网蛋白具有高度的相似性，系统进化分析表明，FcCRT在亲缘关系上更接近昆虫的钙网蛋白。Northern blot和原位杂交结果显示，FcCRT基因在中国明对虾各组织中均有表达，且在卵巢中发育早起的卵母细胞中表达量最高，说明FcCRT很可能参与了卵母细胞的成熟。FcCRT基因在不同胁迫条件下，其转录表达均呈现明显的变化。在WSSV感染实验中，中国明对虾肝胰脏和淋巴器官中FcCRT转录表达均明显上调；热休克、重金属处理均可引起FcCRT基因转录表达的变化，但不同重金属处理引起FcCRT转录表达变化的模式不同。铜离子处理6小时，会引起FcCRT基因的下调表达，但在12小时之后出现明显上调；镉离子处理12小时后引起FcCRT基因的下调表达，但在24小时又出现明显的上调表达。 葡萄糖调节蛋白78（GRP78）是内质网重要的伴侣蛋白。中国明对虾的Grp78基因（FcGrp78）的cDNA全长为2325bp，编码665个氨基酸。FcGrp78具有三个Hsp70蛋白家族标签，并含有KDEL内质网回收标签。FcGrp78基因与中国明对虾已有的Hsc70和Hsp70具有高度相似性。Northern blot杂交结果显示FcGrp78基因在中国明对虾各组织中均有表达。FcGrp78基因在WSSV感染的中国明对虾肝胰脏中呈上调表达，在血细胞中下调表达，说明FcGrp78可能与对虾的免疫应答有关。热休克处理会诱导FcGrp78基因转录的上调。不同重金属离子胁迫引起的FcGrp78转录表达有所不同：铜离子处理可以诱导FcGrp78基因在处理后24小时的上调表达；镉离子的处理导致FcGrp78基因处理后12小时的下调以及处理后24小时的上调表达变化。短期低氧胁迫则抑制对虾FcGrp78基因的转录表达。 本论文报道的中国明对虾FcHsp90基因 cDNA全长2552bp，编码726个氨基酸，具有保守的N端功能域、中间功能域和C端功能域，具有五个保守的Hsp90蛋白家族标签，序列上与其他物种Hsp90相似性高。Real-time RT-PCR结果显示FcHsp90基因在发育的卵巢中表达量较高，说明Hsp90可能参与了对虾卵母细胞成熟过程中的蛋白合成和卵黄蛋白原的分泌。WSSV感染引起中国明对虾肝胰脏的FcHsp90的转录表达明显上调，说明FcHsp90很可能与对虾的免疫相关。热休克处理诱导FcHsp90基因转录表达的迅速上调。铜离子处理也可诱导FcHsp90基因转录的上调表达，而镉离子处理首先引起FcHsp90基因的下调表达，24小时后开始上调。低氧胁迫也会抑制FcHsp90基因在对虾体内的转录表达。 诱导型FcHsp70基因cDNA全长2511bp，编码629个氨基酸，具有三个保守的Hsp70蛋白家族标签和C末端EEVD序列。与其他物种的Hsp70蛋白具有高度的相似性。FcHsp70基因转录表达对于热休克处理和铜离子的处理非常敏感：热休克处理2小时后FcHsp70基因的转录水平是对照组的80倍；铜离子处理12小时FcHsp70基因转录表达达到对照组的15倍。而镉离子处理后没有诱导FcHsp70显著的上调表达。 以上研究结果为阐明对虾对环境胁迫应答的机制奠定了重要基础，并可为抗逆对虾的培育提供依据。