A first case of protease codon 35 amino acid insertion in a HIV-1 subtype B sequence detected in the Bauru region, state of São Paulo, Brazil: case report

Inserções de aminoácidos na protease têm sido raramente descritas em pacientes infectados pelo HIV. Uma destas inserções foi, recentemente, descrita no codon 35, embora seu impacto na resistência mantém-se pouco conhecido. Este trabalho apresenta um caso de uma variante viral com inserção no codon 35 da protease, descrita pela primeira vez em Bauru, São Paulo, Brasil, circulante em um homem, caucasiano, com 38 anos, o qual apresenta infecção assintomática pelo HIV desde 1997. A variante isolada mostrou uma inserção no codon 35 da protease de dois aminoácidos: uma treonina e um ácido aspártico, resultando na sequência de aminoácidos E35E_TD.

Caracterização molecular do arco da alça V3 da gp 120 do HIV-1

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Perfil de resistência genótica do HIV-1 em pacientes com falha na terapia antirretroviral atendidos pela Rede Nacional de Genotipagem (RENAGENO) na região de Botucatu, SP-Brasil

Pós-graduação em Pesquisa e Desenvolvimento (Biotecnologia Médica) - FMB

Avaliação da resistência primária aos inibidores de integrase em pacientes soropositivos para o HIV-1

Pós-graduação em Pesquisa e Desenvolvimento (Biotecnologia Médica) - FMB

Caracterização molecular da resistência genotípica secundária aos antirretrovirais em pacientes com Aids e prevalência de subtipos do HIV-1 nos Estados do Pará e Amazonas, Brasil: 2002 a 2006

A resistência às drogas antirretrovirais é o inevitável resultado da incompleta supressão da replicação do HIV-1. No presente estudo foi caracterizado o perfil de resistência genética aos antirretrovirais em amostras sorológicas provenientes dos estados do Amazonas e Pará, Região Norte do Brasil, no período de 2002 a 2006. Um total de 127 amostras de plasmas obtidas de pacientes HIV positivos e/ou Aids foram submetidas ao teste de resistência pelo ViroSeq^TM Genotyping System (Celera Diagnostic-Abbott, USA). Considerando a informação genética derivada das regiões da protease e/ou transcriptase reversa do HIV-1, o subtipo B foi observado em 85% dos casos; seguido por ambos subtipo F1 e forma recombinante BF1 (4,6%) e CF1 (0,8%). A mutação M184V (81,1%) foi a mais comumente observada associada aos NRTI, em indivíduos positivos com TARV no estado do Pará, e a mutação T215F/Y (56,3%) em indivíduos do estado do Amazonas. A mutação K103N foi a mais prevalente (em torno de 33,5%) para os NNRTI em ambos os estados. O perfil de mutação de resistência associado ao gene da protease mostrou a mutação minor L63P como a mais frequente em ambos os estados. O estudo revelou a importância da identificação de mutações associadas com resistência às drogas antirretrovirais para o uso em futuros esquemas terapêuticos. Os resultados deste estudo foram similares aos outros realizados em várias regiões do Brasil.

Epidemiologia molecular do Vírus da imunodeficiência humana 1 (HIV-1) no município de Macapá (Amapá), Brasil

Uma das principais características do Vírus da imunodeficiência humana (HIV) é sua grande diversidade genética. O presente trabalho tem como objetivo descrever a epidemiologia molecular do HIV-1 circulante na cidade Macapá, Amapá, assim como os fatores associados à aquisição da infecção e correlacionar estes com os subtipos virais encontrados e as informações epidemiológicas da população examinada. Amostras de sangue de 48 indivíduos portadores do HIV foram colhidas no Serviço de Assistência Especializada (SAE) da cidade de Macapá, no período de junho de 2003 a junho de 2004. Após a extração do DNA, foi realizada a amplificação de 297 pb da protease (gene pro) por meio da técnica de Nested PCR, sendo seqüenciadas, posteriormente, para a determinação dos subtipos virais. Foram identificados os subtipos B (93,7%) e F (6,3%) na cidade de Macapá, que são os mais prevalentes no Brasil, não tendo sido observada associação entre os subtipos do HV-1 circulantes nesta cidade e a preferência sexual. No entanto, uma parcela significativa da população examinada possui um baixo grau de escolaridade, característica esta que reflete a maior parcela população infectada pelo HIV no Brasil.

Prevalência dos Vírus linfotrópico de células T humanas 1 e 2 (HTLV-1 e HTLV-2), Herpesvírus humano 5 (Citomegalovírus) e Vírus da hepatite B (VHB) em mulheres grávidas portadoras do Vírus da imunodeficiência humana 1 (HIV-1) do Estado do Pará, e Tocantins

A prevalência da infecção por agentes virais, como o HTLV, o VHB e o CMV ainda é pouco conhecida na população de mulheres grávidas portadoras do HIV-1 na Região Norte do Brasil. Este trabalho teve como objetivo descrever a soroprevalência das infecções pelo HTLV, CMV e VHB em grávidas portadoras do HIV-1 atendidas em um centro de referência do Pará e de Tocantins. Foram coletas amostras de sangue de 47 mulheres grávidas portadoras do HIV-1, procedentes de várias localidades do estado do Pará, no período de agosto de 2005 a janeiro de 2008 e de 18 mulheres grávidas portadoras do HIV-1 oriundas de várias localidades do estado de Tocantins no período de maio a outubro de 2007. As amostras foram submetidas a um ensaio enzimático do tipo ELISA para a detecção de anticorpos anti-HTLV, anti-VHB (anti-HBc total, anti-HBc IgM, anti-HBs, HBsAg) e anti-CMV IgM/IgG. A análise sorológica revelou que nenhuma das amostras de soro de ambos os estados foi positiva para o anti-HTLV e anti-CMV IgM. Entretanto, todas as amostras de ambos os estados apresentaram anticorpos anti-CMV IgG. A prevalência da infecção pelo VHB em grávidas portadoras do HIV-1 do estado do Pará foi de 19,1% e em Tocantins essa prevalência foi de 27,8%. Apenas no Estado de Tocantins verificamos que houve apenas uma grávida (5,6%) co-infectada HIV-1/VHB. A prevalência da co-infecção HIV/HTLV é baixa nas populações examinadas, assim como a ocorrência da infecção aguda pelo CMV. Entretanto, verificou-se um grande número de mulheres de ambos os estados ainda suscetíveis à infecção pelo VHB, o que sugere que estas populações devam ser vacinadas contra o VHB.

Avaliação do perfil de mutações e resistência aos inibidores de transcriptase reversa e protease em pacientes pediátricos infectados pleo HIV-1

Pós-graduação em Pesquisa e Desenvolvimento (Biotecnologia Médica) - FMB

Coexistencia de variantes HIV-1 com insercao dipeptidica no gene da transcriptase reversa

O objetivo desta comunicação foi descrever a detecção de coexistência de variantes HIV-1 com inserções de dois aminoácidos entre os códons 69 e 70 da transcriptase reversa. Tais variantes foram isoladas de paciente do sexo masculino, 16 anos de idade, em tratamento no interior do estado de São Paulo. Após confirmação de falha terapêutica, foi realizado teste de resistência a antirretrovirais, a partir do qual foram detectadas duas variantes contendo inserções dos aminoácidos Ser-Gly/Ser-Ala no códon 69 da transcriptase reversa, além da mutação T69S. Tais inserções possuem baixa prevalência, não foram relatadas em caráter de coexistência no Brasil e estão relacionadas com a resistência a múltiplas drogas, tornando o achado relevante do ponto de vista epidemiológico.

Análise da expressão de genes oncogênicos selecionados do KSHV em células endoteliais TIVE-LTC co-cultivadas com células linfóides Jurkat com e sem expressão constitutiva da proteína tat do HIV-1

O Herpesvírus associado ao sarcoma de Kaposi (KSHV), ou Herpesvírus Humano tipo 8 (HHV-8), é o agente etiológico do sarcoma de Kaposi (SK), uma neoplasia maligna vascular. O ciclo biológico do KSHV apresenta duas fases, denominadas ciclo latente e ciclo lítico (ou produtivo). O ciclo latente é marcado pela expressão de um número reduzido de genes virais, com destaque para LANA e vFLIP. No ciclo lítico ocorre a replicação do genoma viral e a produção de novas partículas virais infecciosas; dentre seus principais produtos destacam-se as proteínas Rta, vGPCR e K1. LANA, vFLIP, vGPCR e K1 apresentam propriedades oncogênicas relatadas na literatura, enquanto Rta têm papel importante na regulação da transição entre os ciclos lítico e latente do KSHV. O KSHV é requerido para o desenvolvimento do SK. No entanto, a infecção pelo vírus não é suficiente para o desenvolvimento da doença. Por outro lado, sabe-se que o HIV é um co-fator importante, que favorece o desenvolvimento dessa neoplasia. Sugere-se que a proteína tat do HIV-1 amplifica a infectividade do KSHV, hiper-regulando a expressão de diferentes genes herpesvirais e colaborando para o crescimento e sobrevivência de células endoteliais que compõem as lesões do SK. A fim de contribuir para um melhor entendimento dos efeitos da proteína tat do HIV-1 em células infectadas pelo KSHV, o presente trabalho descreveu eventuais alterações na expressão dos genes codificadores de vFLIP, LANA, vGPCR, Rta e K1 em células endoteliais de veia umbilical humana imortalizada pela telomerase e infectada pelo KSHV a longo prazo (TIVE-LTCs) expostas à proteína tat do HIV-1 produzida por células linfóides T (CLTs) em co-cultivo. Células Jurkat contendo ou não vetor da proteína tat do HIV-1 foram utilizadas como CLTs e co-cultivadas com TIVE-LTCs por 48, 72 e 96 horas. Após extração do RNA total das...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)

Phylogeographic Analysis of HIV-1 Subtype C Dissemination in Southern Brazil

The HIV-1 subtype C has spread efficiently in the southern states of Brazil (Rio Grande do Sul, Santa Catarina and Parana). Phylogeographic studies indicate that the subtype C epidemic in southern Brazil was initiated by the introduction of a single founder virus population at some time point between 1960 and 1980, but little is known about the spatial dynamics of viral spread. A total of 135 Brazilian HIV-1 subtype C pol sequences collected from 1992 to 2009 at the three southern state capitals (Porto Alegre, Florianopolis and Curitiba) were analyzed. Maximum-likelihood and Bayesian methods were used to explore the degree of phylogenetic mixing of subtype C sequences from different cities and to reconstruct the geographical pattern of viral spread in this country region. Phylogeographic analyses supported the monophyletic origin of the HIV-1 subtype C clade circulating in southern Brazil and placed the root of that clade in Curitiba (Parana state). This analysis further suggested that Florianopolis (Santa Catarina state) is an important staging post in the subtype C dissemination displaying high viral migration rates from and to the other cities, while viral flux between Curitiba and Porto Alegre (Rio Grande do Sul state) is very low. We found a positive correlation (r(2) = 0.64) between routine travel and viral migration rates among localities. Despite the intense viral movement, phylogenetic intermixing of subtype C sequences from different Brazilian cities is lower than expected by chance. Notably, a high proportion (67%) of subtype C sequences from Porto Alegre branched within a single local monophyletic sub-cluster. These results suggest that the HIV-1 subtype C epidemic in southern Brazil has been shaped by both frequent viral migration among states and in situ dissemination of local clades.

Relaxation of Adaptive Evolution during the HIV-1 Infection Owing to Reduction of CD4+T Cell Counts

Background: The first stages of HIV-1 infection are essential to establish the diversity of virus population within host. It has been suggested that adaptation to host cells and antibody evasion are the leading forces driving HIV evolution at the initial stages of AIDS infection. In order to gain more insights on adaptive HIV-1 evolution, the genetic diversity was evaluated during the infection time in individuals contaminated by the same viral source in an epidemic cluster. Multiple sequences of V3 loop region of the HIV-1 were serially sampled from four individuals: comprising a single blood donor, two blood recipients, and another sexually infected by one of the blood recipients. The diversity of the viral population within each host was analyzed independently in distinct time points during HIV-1 infection. Results: Phylogenetic analysis identified multiple HIV-1 variants transmitted through blood transfusion but the establishing of new infections was initiated by a limited number of viruses. Positive selection (d(N)/d(S)>1) was detected in the viruses within each host in all time points. In the intra-host viruses of the blood donor and of one blood recipient, X4 variants appeared respectively in 1993 and 1989. In both patients X4 variants never reached high frequencies during infection time. The recipient, who X4 variants appeared, developed AIDS but kept narrow and constant immune response against HIV-1 during the infection time. Conclusion: Slowing rates of adaptive evolution and increasing diversity in HIV-1 are consequences of the CD4+ T cells depletion. The dynamic of R5 to X4 shift is not associated with the initial amplitude of humoral immune response or intensity of positive selection.

The Brazilian Network for HIV-1 Genotyping External Quality Control Assurance Programme

The Brazilian network for genotyping is composed of 21 laboratories that perform and analyze genotyping tests for all HIV-infected patients within the public system, performing approximately 25,000 tests per year. We assessed the interlaboratory and intralaboratory reproducibility of genotyping systems by creating and implementing a local external quality control evaluation. Plasma samples from HIV-1-infected individuals (with low and intermediate viral loads) or RNA viral constructs with specific mutations were used. This evaluation included analyses of sensitivity and specificity of the tests based on qualitative and quantitative criteria, which scored laboratory performance on a 100-point system. Five evaluations were performed from 2003 to 2008, with 64% of laboratories scoring over 80 points in 2003, 81% doing so in 2005, 56% in 2006, 91% in 2007, and 90% in 2008 (Kruskal-Wallis, p = 0.003). Increased performance was aided by retraining laboratories that had specific deficiencies. The results emphasize the importance of investing in laboratory training and interpretation of DNA sequencing results, especially in developing countries where public (or scarce) resources are used to manage the AIDS epidemic.

Studio della patogenesi di HIV-1 nel compartimento osseo: effetti della terapia antiretrovirale convenzionale e nuovi approcci all'eradicazione

L’obiettivo della tesi è studiare il virus HIV-1 in relazione alle alterazioni sistemiche, riscontrate nel paziente HIV-infetto, in particolare alterazioni a carico del sistema scheletrico, indotte dal virus o dall’azione dei farmaci utilizzati nella terapia antiretrovirale (HAART). L’incidenza dell’osteoporosi nei pazienti HIV-positivi è drammaticamente elevata rispetto alla popolazione sana. Studi clinici hanno evidenziato come alcuni farmaci, ad esempio inibitori della proteasi virale, portino alla compromissione dell’omeostasi ossea, con aumento del rischio fratturativo. Il nostro studio prevede un follow-up di 12 mesi dall’inizio della HAART in una coorte di pazienti naïve, monitorando diversi markers ossei. I risultati ottenuti mostrano un incremento dei markers metabolici del turnover osseo, confermando l’impatto della HAART sull’omeostasi ossea. Successivamente abbiamo focalizzato la nostra attenzione sugli osteoblasti, il citotipo che regola la sintesi di nuova matrice ossea. Gli esperimenti condotti sulla linea HOBIT mettono in evidenza come il trattamento, in particolare con inibitori della proteasi, porti ad apoptosi nel caso in cui vi sia una concentrazione di farmaco maggiore di quella fisiologica. Tuttavia, anche concentrazioni fisiologiche di farmaci possono regolare negativamente alcuni marker ossei, come ALP e osteocalcina. Infine esiste la problematica dell’eradicazione di HIV-1 dai reservoirs virali. La HAART riesce a controllare i livelli viremici, ciononostante diversi studi propongono alcuni citotipi come potenziali reservoir di infezione, vanificando l’effetto della terapia. Abbiamo, perciò, sviluppato un nuovo approccio molecolare all’eradicazione: sfruttare l’enzima virale integrasi per riconoscere in modo selettivo le sequenze LTR virali per colpire il virus integrato. Fondendo integrasi e l’endonucleasi FokI, abbiamo generato diversi cloni. Questi sono stati transfettati stabilmente in cellule Jurkat, suscettibili all’infezione. Una volta infettate, abbiamo ottenuto una significativa riduzione dei markers di infezione. Successivamente la transfezione nella linea linfoblastica 8E5/LAV, che porta integrata nel genoma una copia di HIV, ha dato risultati molto incoraggianti, come la forte riduzione del DNA virale integrato.

The causal effect of switching to second-line ART in programmes without access to routine viral load monitoring

We examined the effect of switching to second-line antiretroviral therapy (ART) on mortality in patients who experienced immunological failure in ART programmes without access to routine viral load monitoring in sub-Saharan Africa.