RANK, RANKL and osteoprotegerin in arthritic bone loss

Rheumatoid arthritis is characterized by the presence of inflammatory synovitis and destruction of joint cartilage and bone. Tissue proteinases released by synovia, chondrocytes and pannus can cause cartilage destruction and cytokine-activated osteoclasts have been implicated in bone erosions. Rheumatoid arthritis synovial tissues produce a variety of cytokines and growth factors that induce monocyte differentiation to osteoclasts and their proliferation, activation and longer survival in tissues. More recently, a major role in bone erosion has been attributed to the receptor activator of nuclear factor kappa B ligand (RANKL) released by activated lymphocytes and osteoblasts. In fact, osteoclasts are markedly activated after RANKL binding to the cognate RANK expressed on the surface of these cells. RANKL expression can be upregulated by bone-resorbing factors such as glucocorticoids, vitamin D3, interleukin 1 (IL-1), IL-6, IL-11, IL-17, tumor necrosis factor-alpha, prostaglandin E2, or parathyroid hormone-related peptide. Supporting this idea, inhibition of RANKL by osteoprotegerin, a natural soluble RANKL receptor, prevents bone loss in experimental models. Tumor growth factor-ß released from bone during active bone resorption has been suggested as one feedback mechanism for upregulating osteoprotegerin and estrogen can increase its production on osteoblasts. Modulation of these systems provides the opportunity to inhibit bone loss and deformity in chronic arthritis.

THE GENERALIZED MAXIMUM LIKELIHOOD METHOD APPLIED TO HIGH PRESSURE PHASE EQUILIBRIUM

The generalized maximum likelihood method was used to determine binary interaction parameters between carbon dioxide and components of orange essential oil. Vapor-liquid equilibrium was modeled with Peng-Robinson and Soave-Redlich-Kwong equations, using a methodology proposed in 1979 by Asselineau, Bogdanic and Vidal. Experimental vapor-liquid equilibrium data on binary mixtures formed with carbon dioxide and compounds usually found in orange essential oil were used to test the model. These systems were chosen to demonstrate that the maximum likelihood method produces binary interaction parameters for cubic equations of state capable of satisfactorily describing phase equilibrium, even for a binary such as ethanol/CO2. Results corroborate that the Peng-Robinson, as well as the Soave-Redlich-Kwong, equation can be used to describe phase equilibrium for the following systems: components of essential oil of orange/CO2.

Bayesian analysis of SEIR epidemic models

This thesis concerns the analysis of epidemic models. We adopt the Bayesian paradigm and develop suitable Markov Chain Monte Carlo (MCMC) algorithms. This is done by considering an Ebola outbreak in the Democratic Republic of Congo, former Zaïre, 1995 as a case of SEIR epidemic models. We model the Ebola epidemic deterministically using ODEs and stochastically through SDEs to take into account a possible bias in each compartment. Since the model has unknown parameters, we use different methods to estimate them such as least squares, maximum likelihood and MCMC. The motivation behind choosing MCMC over other existing methods in this thesis is that it has the ability to tackle complicated nonlinear problems with large number of parameters. First, in a deterministic Ebola model, we compute the likelihood function by sum of square of residuals method and estimate parameters using the LSQ and MCMC methods. We sample parameters and then use them to calculate the basic reproduction number and to study the disease-free equilibrium. From the sampled chain from the posterior, we test the convergence diagnostic and confirm the viability of the model. The results show that the Ebola model fits the observed onset data with high precision, and all the unknown model parameters are well identified. Second, we convert the ODE model into a SDE Ebola model. We compute the likelihood function using extended Kalman filter (EKF) and estimate parameters again. The motivation of using the SDE formulation here is to consider the impact of modelling errors. Moreover, the EKF approach allows us to formulate a filtered likelihood for the parameters of such a stochastic model. We use the MCMC procedure to attain the posterior distributions of the parameters of the SDE Ebola model drift and diffusion parts. In this thesis, we analyse two cases: (1) the model error covariance matrix of the dynamic noise is close to zero , i.e. only small stochasticity added into the model. The results are then similar to the ones got from deterministic Ebola model, even if methods of computing the likelihood function are different (2) the model error covariance matrix is different from zero, i.e. a considerable stochasticity is introduced into the Ebola model. This accounts for the situation where we would know that the model is not exact. As a results, we obtain parameter posteriors with larger variances. Consequently, the model predictions then show larger uncertainties, in accordance with the assumption of an incomplete model.

The impact of drug-induced dyskinesias on rapid alternating movements in patients with Parkinson's disease

We investigated the likelihood that hypokinesia/bradykinesia coexist with druginduced dyskinesias (DID) in patients with Parkinson's disease (PD). The influence of dyskinesias on rapid alternating movements (RAM) was investigated in ten dyskinetic patients (DPD). Their motor performance was compared to that of ten age/gendermatched non-dyskinetic patients (NDPD) and ten healthy control subjects. Whole-body magnitude (WBM) and fast pronation-supination at the wrist were recorded using 6- degrees of freedom magnetic motion tracker and forearm rotational sensors, respectively. Subjects were asked to pronate-supinate their dominant hand for 10s. Pre- and postmeasures were taken in a neutral position for 20s. RANGE (measure of hypokinesia), DURATION (measure of bradykinesia). VELOCITY (measure of bradykinesia) and IRREGULARITY (measure of fluctuations in movement amplitude) were used to assess RAM performance. Results showed that DPD patients had greater WBM than NDPD and control groups during rest and RAM performance. There were no differences in performance between NDPD and DPD groups for RANGE, DURATION and VELOCITY, despite significant longer disease duration for the DPD group (DPD = 15.5 ± 6.2 years versus NDPD = 6.6 ± 2.6 years). However, both the NDPD and DPD groups showed lower RANGE, longer DURATION, and reduced VELOCITY compared to controls,, suggesting the presence of bradykinesia and hypokinesia. In the case of IRREGULARITY, DPD patients showed clear fluctuations in movement amplitude compared to the NDPD and control groups. However, the lack of correlation between WBM and IRREGULARITY within the DPD group (Spearman's rank order, Rho - 0.31, p > 0.05), suggests that DID was not the primary cause of the fluctuating movementamplitude observed in that group. In conclusion, these findings suggest that DID may coexists with bradykinesia and hypokinesia, but that they are not inevitably accompanied with worsening motor performance.

The effects of language complexity in a counterattitudinal appeal to laypeople : an application of the elaboration likelihood model of persuasion to a legal issue

The effects of a complexly worded counterattitudinal appeal on laypeople's attitudes toward a legal issue were examined, using the Elaboration Likelihood Model (ELM) of persuasion as a theoretical framework. This model states that persuasion can result from the elaboration and scrutiny of the message arguments (i.e., central route processing), or can result from less cognitively effortful strategies, such as relying on source characteristics as a cue to message validity (i.e., peripheral route processing). One hundred and sixty-seven undergraduates (85 men and 81 women) listened to eitller a low status or high status source deliver a counterattitudinal speech on a legal issue. The speech was designed to contain strong or weak arguments. These arguments were 'worded in a simple and, therefore, easy to comprehend manner, or in a complex and, therefore, difficult to comprehend manner. Thus, there were three experimental manipulations: argument comprehensibility (easy to comprehend vs. difficult to comprehend), argumel11 strength (weak vs. strong), and source status (low vs. high). After listening to tIle speec.J] participants completed a measure 'of their attitude toward the legal issue, a thought listil1g task, an argument recall task,manipulation checks, measures of motivation to process the message, and measures of mood. As a result of the failure of the argument strength manipulation, only the effects of the comprehel1sibility and source status manipulations were tested. There was, however, some evidence of more central route processing in the easy comprehension condition than in the difficult comprehension condition, as predicted. Significant correlations were found between attitude and favourable and unfavourable thoughts about the legal issue with easy to comprehend arguments; whereas, there was a correlation only between attitude and favourable thoughts 11 toward the issue with difficult to comprehend arguments, suggesting, perhaps, that central route processing, \vhich involves argument scrutiny and elaboration, occurred under conditions of easy comprehension to a greater extent than under conditions of difficult comprehension. The results also revealed, among other findings, several significant effects of gender. Men had more favourable attitudes toward the legal issue than did women, men recalled more arguments from the speech than did women, men were less frustrated while listening to the speech than were ,vomen, and men put more effort into thinking about the message arguments than did women. When the arguments were difficult to comprehend, men had more favourable thoughts and fewer unfavourable thoughts about the legal issue than did women. Men and women may have had different affective responses to the issue of plea bargaining (with women responding more negatively than men), especially in light of a local and controversial plea bargain that occurred around the time of this study. Such pre-existing gender differences may have led to tIle lower frustration, the greater effort, the greater recall, and more positive attitudes for men than for WOlnen. Results· from this study suggest that current cognitive models of persuasion may not be very applicable to controversial issues which elicit strong emotional responses. Finally, these data indicate that affective responses, the controversial and emotional nature ofthe issue, gender and other individual differences are important considerations when experts are attempting to persuade laypeople toward a counterattitudinal position.

Returning from the Wild: Exploring Participant's Experiences of Re-entry from Extended Wilderness Trips

The experience of a strong sense of community developed while participating in extended wilderness expeditions is one of the most significant and meaningful experiences associated with taking part in this form of outdoor recreation. The experience of returning to a home community from an extended wilderness expedition is explored through the impacts associated with psychological sense of community (McMillian & Chavis, 1986; McMillian, 1996). A phenomenological approach was used to investigate the re-entry experiences of six individuals through the use of semi-structured interviews. Twelve main themes and seventeen subthemes emerged within the findings and illustrate a lack of preparation for the difficulties associated with re-entry, negative impacts associated with the experience of sense of community, and problems transferring aspects of a wilderness community into participant’s post-expedition lives.

Modeling Metal Protein Complexes from Experimental Extended X-ray Absorption Fine Structure using Computational Intelligence

Experimental Extended X-ray Absorption Fine Structure (EXAFS) spectra carry information about the chemical structure of metal protein complexes. However, pre- dicting the structure of such complexes from EXAFS spectra is not a simple task. Currently methods such as Monte Carlo optimization or simulated annealing are used in structure refinement of EXAFS. These methods have proven somewhat successful in structure refinement but have not been successful in finding the global minima. Multiple population based algorithms, including a genetic algorithm, a restarting ge- netic algorithm, differential evolution, and particle swarm optimization, are studied for their effectiveness in structure refinement of EXAFS. The oxygen-evolving com- plex in S1 is used as a benchmark for comparing the algorithms. These algorithms were successful in finding new atomic structures that produced improved calculated EXAFS spectra over atomic structures previously found.

A text-book of mineralogy : with an extended treatise on crystallography and physical mineralogy

UANL

Rank Regressions, Wage Distributions and the Gender Gap.

In this paper, we model the interactions between the distribution of male and female wages under the assumption that any change in the wage distribution of women must be offset by an opposite change in the wage distribution of men.

A maximum likelihood framework for protein design

Affiliation: Claudia Kleinman, Nicolas Rodrigue & Hervé Philippe : Département de biochimie, Faculté de médecine, Université de Montréal

Rank Regressions, Wage Distributions and the Gender Gap.

In this paper, we model the interactions between the distribution of male and female wages under the assumption that any change in the wage distribution of women must be offset by an opposite change in the wage distribution of men.

The gender pay gap among university professors: the role of individual and organizational determinants

Cette étude de cas, composée de trois articles, examine les diverses sources d’explication de l’écart salarial selon le genre chez les professeurs d’une grande université de recherche canadienne. Le premier article analyse les écarts selon le genre sur les primes “de marché” à partir de données d’un sondage réalisé auprès des professeurs en 2002. Une analyse des correspondances donne une solution à deux facteurs dans laquelle le second facteur oppose clairement les professeurs qui ont reçu une prime à ceux qui n’en n’ont pas reçue. Le genre est fortement associé à ce facteur, la catégorie “femme” se retrouvant du côté de l’axe associé à l’absence de primes de marché. Les résultats de la régression logistique confirment que le secteur d’activité, la fréquence des contrats de recherche, la valorisation du salaire ainsi que le rang combiné à l’ancienneté sont reliés à la présence de primes de marché, tel que proposé par les hypothèses. Toutefois, même après avoir contrôlé pour ces relations, les femmes sont toujours près de trois fois moins susceptibles de s’être vu attribuer des primes de marché que leurs homologues masculins. Dans l’ensemble, les résultats suggèrent que dans un contexte où les salaires sont déterminés par convention collective, la réindividualisation du processus de détermination des salaires — en particulier le versement de primes de marché aux professeurs d’université — peut favoriser la réapparition d’écarts de salaire selon le genre. Le second article est réalisé à partir de données administratives portant sur les années 1997 à 2006. Les contributions respectives de quatre composantes de la rémunération à l’écart salarial selon le genre y sont analysées, soit le salaire de base, l’accès au rang de professeur titulaire, l’accès aux primes de marché et chaires de recherche du Canada, de même que les montants reçus. Les composantes varient quant à leur degré de formalisation. Ceci permet de tester l’hypothèse selon laquelle l’ampleur de l’écart salarial selon le genre varie en fonction du degré de formalisation des composantes salariales. Nous déterminons également dans quelle mesure l’écart selon le genre sur les diverses composantes de la rémunération varie en fonction de la représentation relative des femmes professeurs au sein des unités. Les résultats démontrent l’existence de variations dans l’ampleur des différences selon le genre en fonction du degré de formalisation des pratiques de rémunération. Qui plus est, après contrôles, la rémunération est plus faible dans les unités où les femmes sont fortement représentées. Le dernier article examine les mécanismes pouvant mener à un écart selon le genre en ce qui a trait à l’accès aux primes de marché chez les professeurs de l’institution. Les processus d’attribution de ces suppléments salariaux sont examinés à partir d’entretiens réalisés avec 17 administrateurs à tous les niveaux hiérarchiques de l’institution et dans une diversité d’unités académiques. Les résultats suggèrent que les différences selon le genre pourraient être liées à des caractéristiques spécifiques du processus d’attribution et à une distribution inégale des primes aux unités à forte représentation féminine. De façon générale, les résultats démontrent que l’écart de rémunération selon le genre chez les professeurs de cette université n’est pas totalement expliqué par des différences dans les caractéristiques individuelles des hommes et femmes. L’analyse révèle que l’écart réside dans des différences selon le genre en ce qui a trait à l’accès aux primes de marché et aux chaires de recherches du Canada et, dans une moindre mesure, au rang de professeur titulaire. Aucune différence n’est observée sur le salaire de base et le montant des primes salariales reçues, que celles-ci soient dites de “marché” ou associées à une chaire de recherche du Canada. Qui plus est, on constate que la rémunération est plus faible dans les unités où les femmes sont le mieux représentées. L’accès différencié selon le genre aux primes de marché qui est observé pourrait être lié à certains processus organisationnels qui limitent les probabilités d’octrois à des femmes. Les femmes pourraient être particulièrement désavantagées dans ce système d’octroi, pour plusieurs raisons. L’existence de différences selon le genre en ce qui a trait aux dispositions ou habiletés des individus à négocier leur salaire est évoquée et supposée par certains administrateurs. Un accès limité aux informations concernant la politique de primes pourrait réduire la probabilité que des femmes tentent d’obtenir ces suppléments salariaux. Les directeurs d’unités, qui sont en majorité des hommes, pourraient être biaisées en faveur des professeurs masculins dans leurs évaluations s’ils tendent à favoriser ceux qui leurs ressemblent. Il est également possible que les directeurs d’unités où les femmes sont les mieux représentées n’aient pas reçu d’information sur les primes de marché ou que des traditions disciplinaires les aient rendu réticents à demander des primes.

La structure de Jordan des matrices de transfert des modèles de boucles et la relation avec les hamiltoniens XXZ

Les modèles sur réseau comme ceux de la percolation, d’Ising et de Potts servent à décrire les transitions de phase en deux dimensions. La recherche de leur solution analytique passe par le calcul de la fonction de partition et la diagonalisation de matrices de transfert. Au point critique, ces modèles statistiques bidimensionnels sont invariants sous les transformations conformes et la construction de théories des champs conformes rationnelles, limites continues des modèles statistiques, permet un calcul de la fonction de partition au point critique. Plusieurs chercheurs pensent cependant que le paradigme des théories des champs conformes rationnelles peut être élargi pour inclure les modèles statistiques avec des matrices de transfert non diagonalisables. Ces modèles seraient alors décrits, dans la limite d’échelle, par des théories des champs logarithmiques et les représentations de l’algèbre de Virasoro intervenant dans la description des observables physiques seraient indécomposables. La matrice de transfert de boucles D_N(λ, u), un élément de l’algèbre de Temperley- Lieb, se manifeste dans les théories physiques à l’aide des représentations de connectivités ρ (link modules). L’espace vectoriel sur lequel agit cette représentation se décompose en secteurs étiquetés par un paramètre physique, le nombre d de défauts. L’action de cette représentation ne peut que diminuer ce nombre ou le laisser constant. La thèse est consacrée à l’identification de la structure de Jordan de D_N(λ, u) dans ces représentations. Le paramètre β = 2 cos λ = −(q + 1/q) fixe la théorie : β = 1 pour la percolation et √2 pour le modèle d’Ising, par exemple. Sur la géométrie du ruban, nous montrons que D_N(λ, u) possède les mêmes blocs de Jordan que F_N, son plus haut coefficient de Fourier. Nous étudions la non diagonalisabilité de F_N à l’aide des divergences de certaines composantes de ses vecteurs propres, qui apparaissent aux valeurs critiques de λ. Nous prouvons dans ρ(D_N(λ, u)) l’existence de cellules de Jordan intersectorielles, de rang 2 et couplant des secteurs d, d′ lorsque certaines contraintes sur λ, d, d′ et N sont satisfaites. Pour le modèle de polymères denses critique (β = 0) sur le ruban, les valeurs propres de ρ(D_N(λ, u)) étaient connues, mais les dégénérescences conjecturées. En construisant un isomorphisme entre les modules de connectivités et un sous-espace des modules de spins du modèle XXZ en q = i, nous prouvons cette conjecture. Nous montrons aussi que la restriction de l’hamiltonien de boucles à un secteur donné est diagonalisable et trouvons la forme de Jordan exacte de l’hamiltonien XX, non triviale pour N pair seulement. Enfin nous étudions la structure de Jordan de la matrice de transfert T_N(λ, ν) pour des conditions aux frontières périodiques. La matrice T_N(λ, ν) a des blocs de Jordan intrasectoriels et intersectoriels lorsque λ = πa/b, et a, b ∈ Z×. L’approche par F_N admet une généralisation qui permet de diagnostiquer des cellules intersectorielles dont le rang excède 2 dans certains cas et peut croître indéfiniment avec N. Pour les blocs de Jordan intrasectoriels, nous montrons que les représentations de connectivités sur le cylindre et celles du modèle XXZ sont isomorphes sauf pour certaines valeurs précises de q et du paramètre de torsion v. En utilisant le comportement de la transformation i_N^d dans un voisinage des valeurs critiques (q_c, v_c), nous construisons explicitement des vecteurs généralisés de Jordan de rang 2 et discutons l’existence de blocs de Jordan intrasectoriels de plus haut rang.