Quality and safety requirements for sustainable phage therapy products.

The worldwide antibiotic crisis has led to a renewed interest in phage therapy. Since time immemorial phages control bacterial populations on Earth. Potent lytic phages against bacterial pathogens can be isolated from the environment or selected from a collection in a matter of days. In addition, phages have the capacity to rapidly overcome bacterial resistances, which will inevitably emerge. To maximally exploit these advantage phages have over conventional drugs such as antibiotics, it is important that sustainable phage products are not submitted to the conventional long medicinal product development and licensing pathway. There is a need for an adapted framework, including realistic production and quality and safety requirements, that allowsa timely supplying of phage therapy products for 'personalized therapy' or for public health or medical emergencies. This paper enumerates all phage therapy product related quality and safety risks known to the authors, as well as the tests that can be performed to minimize these risks, only to the extent needed to protect the patients and to allow and advance responsible phage therapy and research.

Neonates with Bartter syndrome have enormous fluid and sodium requirements.

AIM: Managing neonatal Bartter syndrome by achieving adequate weight gain is challenging. We assessed the correlation between weight gain in neonatal Bartter syndrome and the introduction of fluid and sodium supplementations and indomethacin during the first 4 weeks of life. METHODS: Daily fluid and electrolytes requirements were analysed using linear regression and Spearman correlation coefficients. The weight gain coefficient was calculated as daily weight gain after physiological neonatal weight loss. RESULTS: We studied seven infants. The highest weight gain coefficients occurred between weeks two and four in the five neonates who either received prompt amounts of fluid (maximum 810 mL/kg/day) and sodium (maximum 70 mmol/kg/day) or were treated with indomethacin. For the two patients with the highest weight gain coefficient, water and sodium supplementations were decreased in weeks two to four leading to a significant negative Spearman correlation between weight gain and fluid supplements (r = -0.55 and -0.68) and weight gain and sodium supplementations (r = -0.96 and -0.72). The two patients with the lowest weight gain coefficient had positive Spearman correlation coefficients between weight gain and fluid and sodium supplementations. CONCLUSION: Infants with neonatal Bartter syndrome required rapid and enormous fluid and sodium supplementations or the early introduction of indomethacin treatment to achieve adequate weight gain during the early postnatal period.

Defining supply chain service level priorities in an international polyolefin company

Tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää, ovatko asiakkaiden kanssa sovitut kaupintavarastojärjestelyt liiketoiminnallisesti oikeutettuja vai ovatko ne pääasiassa vain asiakkaan palvelua. Tavoitteiksi asetettiin tutkia logististen palveluiden tärkeyttä, etsiä eri näkökohtia asiakaskohtaisten varastojen ja varastopalveluiden tarjoamiselle, löytää mahdollisia korvaavia tai vastaavia palveluita, sekä esitellä menetelmä toimitusketjun palvelutason priorisoimiseksi ja hallitsemiseksi. Työhön tarvittu kaupallinen aineisto koskien tuotteita ja asiakaita saatiin yrityksen tietojärjestelmästä. Muut taustatiedot kerättiin yrityksen toimintaohjeista, keskustelemalla ja haastattelemalla henkilöstöä, sekä seuraamalla yrityksen toimintaa työnteon ohessa. Tutkimus on jaettu kirjallisuus- ja case-osuuteen. Työn case-tulokset osoittavat, että nykyiset kaupintavarastoasiakkaat pääosin ansaitsevat lisäarvoa tuottavan varastopalvelun. Tutkimuksesta saadut kokemukset ja tiedot auttavat tekemään lisäarviointeja, koskien myös yrityksen muita tuotantolaitoksia. Työstä saatuja kokonaishyötyjä on vielä tässä vaiheessa vaikea arvioida.

Business Process Modeling in Software Requirements Engineering for Small and Medium Software Projects

Vaatimusmäärittelyn tavoitteena on luoda halutun järjestelmän kokonaisen, yhtenäisen vaatimusluettelon vaatimusten määrittämiseksi käsitteellisellä tasolla. Liiketoimintaprosessien mallintaminen on varsin hyödyllinen vaatimusmäärittelyn varhaisissa vaiheissa. Tämä työ tutkii liiketoimintaprosessien mallintamista tietojärjestelmien kehittämistä varten. Nykyään on olemassa erilaisia liiketoimintaprosessien mallintamiseen tarkoitettuja tekniikoita. Tämä työ tarkastaa liiketoimintaprosessien mallintamisen periaatteet ja näkökohdat sekä eri mallinnustekniikoita. Uusi menetelmä, joka on suunniteltu erityisesti pienille ja keskisuurille ohjelmistoprojekteille, on kehitetty prosessinäkökohtien ja UML-kaavioiden perusteella.

Laatujärjestelmän laatiminen teollisuudessa ja dokumentaation hallinta

Diplomityössä luotiin ehdotus ja tuotiin esiin näkökulmia laatujärjestelmän dokumentoinnista, sen hallinnasta ja ylläpidosta sähköisessä muodossa. Työssä selvitettiin laatujärjestelmätyön ongelmakohtia, edistymistä ja sitoutumista vaikeuttavia tekijöitä sekä sähköisen toteutuksen laadintavaiheen ongelmia. Työssä myös koottiin laatuajattelun ajatusmalleja, toiminnalliseen laatujärjestelmätyöhön vaikuttavia tekijöitä ja laatujärjestelmän sähköisiä toteutusratkaisuja. Diplomityössä tutkittiin laatujärjestelmäprojektin ongelmia mekaanisessa metsäteollisuudessa sekä dokumentaation hallinnan toteutusta Finnforest Oyj Rengon sahalla. Tarkastelun kohteena olivat muun muassa työohjepalaverien järjestäminen, ohjeiden laatiminen ja dokumentaation hallinta. Työssä käsiteltiin laatujärjestelmän laatimiseen vaikuttavia osa-alueita ja annettiin vaihtoehtoja dokumentaation hallitsemiseksi ja kehittämiseksi. Dokumentaation hallintaan kehitettiin työ- ja viiteohjeiden hallintasovellus TYVI. Laatujärjestelmätyössä esille tulleet ongelmat liittyvät resurssien, aikataulujen ja tavoitteiden hallintaan. Laatujärjestelmätyö on erittäin laaja-alainen, joten huomioon on otettava sekä teknisiä että inhimillisiä tekijöitä. Käytännön työssä ongelmia on ilmennyt muun muassa työohjepalaverien järjestämisessä ja hallinnassa. Työn aikana on havaittu asioiden kirjallisen esittämisen vaikeus sekä toisaalta todettu selkeiden työohjeiden, tehtävärajojen, vastuu- ja valtasuhteiden merkitys käytännön työssä. Yleisesti laatuajattelun käsitteen ymmärtäminen ja sen laajuus aiheutti ongelmia. Tulevaisuuden tavoitteena on saattaa koko laatujärjestelmä toimimaan sähköisessä muodossa reaaliajassa ja myös kehittymään tarpeiden mukaan. Tämä työ liittyy suurelta osin tietotekniikan soveltamiseen ja laitoskohtaisten muutosten ja tavoitteiden hallintaan. Tulevaisuudessa tähän haasteeseen tulee vastaamaan SAP R/3:n laadunhallintaosio. Vastuu toiminnasta ja sen kehittämisestä sekä laatujärjestelmän toimivuudesta käytännössä kuuluu koko henkilökunnalle.

Requirements Traceability

Vaatimusmäärittely on tärkeä osa ohjelmistotuotantoa. Vaatimusten jäljitettävyys on osa vaatimustenhallinta prosessia. Jäljitettävyystieto helpottaa vaatimusten hallintaa läpi koko tuotekehitys projektin. Hyvin usein vaatimusten jäljitettävyyttä ei kuitenkaan ole toteutettu ohjelmistokehitysprojekteissa. Työn tavoitteena oli selvittää vaatimusten jäljitettävyyden tärkeyttä ohjelmistotuotannossa sekä kuinka jäljitettävyys voitaisiin toteuttaa ohjelmistokehitysprojekteissa. Vaatimusten jäljitettävyyttä sekä eri tekniikoita sen toteuttamiseksi on tutkittu kirjallisuuden avulla. Yrityksen vaatimusten jäljitettävyyden nykytilaa on selvitetty tutkimalla olemassa olevaa prosessimallia sekä todellisia tuotekehitysprojekteja. Tuloksena esitettiin perusteluja, miksi jäljitettävyystieto pitäisi sisällyttää ohjelmistokehitysprojekteihin sekä menetelmiä, kuinka jäljitettävyystieto voidaan toteuttaa projekteissa kustannustehokkaasti. Työssä on esitetty strategiavaihtoehto ja menetelmät jäljitettävyyden toteuttamiseksi. Pienillä korjauksilla jäljitettävyys pystytään toteuttamaan kevyellä tasolla. Suurin parannusehdotus prosessimalliin on jäljitettävyysmatriisien luominen. Matriisien avulla pystytään projekteissa toteuttamaan jäljitettävyys sekä eteen- että taaksepäin. Vaatimustenhallintatyökalu helpottaisi jäljitettävyystiedon ylläpitoa.

Assessing e-procurement System for Improving the Purchasing Operations

Diplomityön tavoitteena oli luoda suunnitelma elektronisen hankintatoimen aloittamiseksi, analysoimalla nykyisiä ostoprosesseja ja konsernin laajuista elektronista hankintajärjestelmää. Työ pohjautuu yritysten väliseen elektroniseen kauppaan, elektroniseen hankintatoimeen ja systeemisuunnitteluun liittyvään kirjallisuuteen. Työssä tehdyn suunnitelman tarkoituksena on auttaa Siemens Oy:tä siirtymään uuteen elektroniseen ostotoimintaan. Elektroniselle ostotoiminnalle suunniteltiin tavoitteet ja näitä vastaavat vaatimukset. Elektronisen hankintajärjestelmän analysointi perustuu kirjallisuudessa esitettyihin järjestelmän elinkaari-mallin vaiheisiin. Analysoinnin tarkoituksena oli saada selville järjestelmän soveltuvuus Siemens Oy: n liiketoimintaympäristöön, prosesseihin ja vaatimuksiin. Elektronisen hankintatoiminnan etuja ovat liiketoiminta prosessien johtamisen parantuminen, kustannusten väheneminen sekä taloudellisen suorituskyvyn lisääntyminen. Elektronisen hankintatoiminnan aloittaminen vaatii kuitenkin huolellista suunnittelua. Työssä tehdyt suunnitelmat ja analysoinnit auttavat arvioidessa järjestelmän sopivuutta Siemens Oy: n vaatimuksiin. Oikean ja toimivan järjestelmän valinta ei kuitenkaan takaa elektronisesta hankintatoiminnasta hyötymistä. Tärkeimpiä jatkotoimenpiteitä onkin suorittaa kustannus/hyöty analyysi ja arvioida toimittajien halukkuutta ja kykyjä osallistua markkinapaikkaan.

Defining ecologically relevant water quality targets for lakes in Europe

1. The implementation of the Water Framework Directive requires EU member states to establish and harmonize ecological status class boundaries for biological quality elements. In this paper, we describe an approach for defining ecological class boundaries that delineates shifts in lake ecosystem functioning and, therefore, provides ecologically meaningful targets for water policy in Europe. 2. We collected an extensive data set of 810 lake-years from nine Central European countries, and we used phytoplankton chlorophyll a, a metric widely used to measure the impact of eutrophication in lakes. Our approach establishes chlorophyll a target values in relation to three significant ecological effects of eutrophication: the decline of aquatic macrophytes, the dominance of potentially harmful cyanobacteria and the major functional switch from a clear water to a turbid state. 3. Ranges of threshold chlorophyll a concentrations are given for the two most common lake types in lowland Central Europe: for moderately deep lakes (mean depth 3–15 m), the greatest ecological shifts occur in the range 10–12 lg L 1 chlorophyll a, and for shallow lakes (<3 m mean depth), in the range 21–23 lg L 1 chlorophyll a. 4. Synthesis and applications. Our study provides class boundaries for determining the ecological status of lakes, which have robust ecological consequences for lake functioning and which, therefore, provide strong and objective targets for sustainable water management in Europe. The results have been endorsed by all participant member states and adopted in the European Commission legislation, marking the first attempt in international water policy to move from physico-chemical quality standards to harmonized ecologically based quality targets.

Yrityksen ja oppilaitoksen yhteistyö työssäoppimisessa

Työssäoppimisen vakiinnuttaminen ammatilliseen toisen asteen peruskoulutukseen asettaa haasteita koulutuksen järjestäjille luoda toimivia yhteistyökumppanuuksia työelämään, laajentaa opettajien ammattitaitovaatimuksia ja siirtää koulutusvastuuta työssäoppimispaikkoina toimiville yrityksille ja työpaikoille. Tutkimuksen tavoitteena on antaa vastauksia siihen, mitkä ovat yrityksen ja oppilaitoksen välisen työssäoppimisyhteistyön kes-keiset elementit yritysten näkökulmasta. Tutkimukseen on valittu yksi oppilaitos, Lahden ammatti-instituutti ja sen teknologiateollisuuden yritysyhteistyöverkoston jäsenyrityksiä. Tutkimuksessa tarkastellaan oppilaitoksen ja yrityksen kahdenvälistä yhteistyösuhdetta vertaamalla sen elementtejä yritysten kahdenvälisen kumppanuussuhteen elementteihin. Tutkimustehtävän ratkaisemiseksi on valittu konstruktivistinen tutkimusote, tiedon hankintatapa on empiirinen, kokemusten kerääminen ja analysoiminen on keskeinen osa tutkimusta. Tiedon käyttötarkoitus on normatiivinen, tavoitellaan tuloksia, joita voitaisiin hyödyntää yhteistyösuhdetta kehitettäessä. Pyritään selvittämään, mitä yrityksen ja oppilaitoksen välisen suhteen elementtejä vahvistamalla oppilaitos voi varmistaa työssäoppi-misprosessin vaikuttavuuden ja tuloksekkaan toiminnan.

IAS 14 - Segment Reporting; The Requirements and Implementation

The principal aim of this study is to clarify the requirements of segment reporting and compare the requirements with the actual! implementation on different business lines. The empirical part was concluded by interviewing randomly selected companies that are publicly listed on the Helsinki Exchanges. The theoretical part of the study (chapters 2 and 3) will give basic information about shifting to IAS -standards and the requirements of IAS -standards. In order to meet the principal aim, a pre-empiric research was conducted by studying the annual accounts (year 2002) of randomly selected companies that already follow the IAS -standards of reporting. The companies in the pre-empiric research consist of both domestic and foreign companies. The aim of the pre-empiric study was to give a basis for the interview process on the empiric part of the study. The study indicates that implementing segment reporting has not brought any major concerns or problems. This is due to the fact that most companies that were examined - being publicly listed companies - have traditionally had a clear division between their geographical and commercial segments, and also been obliged to give reports according to these segments. In case of changes in corporate structure, shifting on new lines of businesses or downsizing of operations, the problems in reporting according to IAS -standards, may arise. Such changes will also require changes on information systems, providing the essential information for segment reporting. According to this study, most companies choose the commercial segment as their primary segment for reporting. The pre-empiric study indicates, that most of the companies already following the IAS -standards, still have a lot of improvement to do, in order to meet all the IAS requirements.

Maintenance process development for remote administration of network servers

Maintenance is a part of system development and it is possible to develop operation models for accomplishing maintenance tasks. These models can be applied to individual maintenance tasks, maintenance projects and version management. Beneficial operation models makes maintenance more effective and they assist in managing various changes. The purpose of this thesis was to develop a maintenance process which can be used to remote administer network servers. This consisted of defining those operation models and technical specifications which enable to set up, manage changes, maintain and monitor resources of information systems that are located in several different sites. At first in this thesis the needs of the process were determined and requirements were defined based on those needs. The meaning of processes in maintenance of information systems, maintenance workflows and challenges were studied. Then current practical problems and disadvantages of maintenance work were analyzed in order to focus the development to proper issues. Because available operation models did not cover all the recent needs, new maintenance process which fulfilled the requirements was developed.

A systems biology approach identifies molecular networks defining skeletal muscle abnormalities in chronic obstructive pulmonary disease.

Chronic Obstructive Pulmonary Disease (COPD) is an inflammatory process of the lung inducing persistent airflow limitation. Extensive systemic effects, such as skeletal muscle dysfunction, often characterize these patients and severely limit life expectancy. Despite considerable research efforts, the molecular basis of muscle degeneration in COPD is still a matter of intense debate. In this study, we have applied a network biology approach to model the relationship between muscle molecular and physiological response to training and systemic inflammatory mediators. Our model shows that failure to co- ordinately activate expression of several tissue remodelling and bioenergetics pathways is a specific landmark of COPD diseased muscles. Our findings also suggest that this phenomenon may be linked to an abnormal expression of a number of histone modifiers, which we discovered correlate with oxygen utilization. These observations raised the interesting possibility that cell hypoxia may be a key factor driving skeletal muscle degeneration in COPD patients.

Prostate Cancer Unit Initiative in Europe: A position paper by the European School of Oncology.

The Prostate Cancer Programme of the European School of Oncology developed the concept of specialised interdisciplinary and multiprofessional prostate cancer care to be formalized in Prostate Cancer Units (PCU). After the publication in 2011 of the collaborative article "The Requirements of a Specialist Prostate Cancer Unit: A Discussion Paper from the European School of Oncology", in 2012 the PCU Initiative in Europe was launched. A multiprofessional Task Force of internationally recognized opinion leaders, among whom representatives of scientific societies, and patient advocates gathered to set standards for quality comprehensive prostate cancer care and designate care pathways in PCUs. The result was a consensus on 40 mandatory and recommended standards and items, covering several macro-areas, from general requirements to personnel to organization and case management. This position paper describes the relevant, feasible and applicable core criteria for defining PCUs in most European countries delivered by PCU Initiative in Europe Task Force.

The genomics of micronutrient requirements.

Healthy nutrition is accepted as a cornerstone of public health strategies for reducing the risk of noncommunicable conditions such as obesity, cardiovascular disease, and related morbidities. However, many research studies continue to focus on single or at most a few factors that may elicit a metabolic effect. These reductionist approaches resulted in: (1) exaggerated claims for nutrition as a cure or prevention of disease; (2) the wide use of empirically based dietary regimens, as if one fits all; and (3) frequent disappointment of consumers, patients, and healthcare providers about the real impact nutrition can make on medicine and health. Multiple factors including environment, host and microbiome genetics, social context, the chemical form of the nutrient, its (bio)availability, and chemical and metabolic interactions among nutrients all interact to result in nutrient requirement and in health outcomes. Advances in laboratory methodologies, especially in analytical and separation techniques, are making the chemical dissection of foods and their availability in physiological tissues possible in an unprecedented manner. These omics technologies have opened opportunities for extending knowledge of micronutrients and of their metabolic and endocrine roles. While these technologies are crucial, more holistic approaches to the analysis of physiology and environment, novel experimental designs, and more sophisticated computational methods are needed to advance our understanding of how nutrition influences health of individuals.

Geospatial approach for defining the Wildland-Urban Interface in the Alpine environment

Problems related to fire hazard and fire management have become in recent decades one of the most relevant issues in the Wildland-Urban Interface (WUI), that is the area where human infrastructures meet or intermingle with natural vegetation. In this paper we develop a robust geospatial method for defining and mapping the WUI in the Alpine environment, where most interactions between infrastructures and wildland vegetation concern the fire ignition through human activities, whereas no significant threats exist for infrastructures due to contact with burning vegetation. We used the three Alpine Swiss cantons of Ticino, Valais and Grisons as the study area. The features representing anthropogenic infrastructures (urban or infrastructural components of the WUI) as well as forest cover related features (wildland component of the WUI) were selected from the Swiss Topographic Landscape Model (TLM3D). Georeferenced forest fire occurrences derived from the WSL Swissfire database were used to define suitable WUI interface distances. The Random Forest algorithm was applied to estimate the importance of predictor variables to fire ignition occurrence. This revealed that buildings and drivable roads are the most relevant anthropogenic components with respect to fire ignition. We consequently defined the combination of drivable roads and easily accessible (i.e. 100 m from the next drivable road) buildings as the WUI-relevant infrastructural component. For the definition of the interface (buffer) distance between WUI infrastructural and wildland components, we computed the empirical cumulative distribution functions (ECDF) of the percentage of ignition points (observed and simulated) arising at increasing distances from the selected infrastructures. The ECDF facilitates the calculation of both the distance at which a given percentage of ignition points occurred and, in turn, the amount of forest area covered at a given distance. Finally, we developed a GIS ModelBuilder routine to map the WUI for the selected buffer distance. The approach was found to be reproducible, robust (based on statistical analyses for evaluating parameters) and flexible (buffer distances depending on the targeted final area covered) so that fire managers may use it to detect WUI according to their specific priorities.