Measuring genome evolution

The determination of complete genome sequences provides us with an opportunity to describe and analyze evolution at the comprehensive level of genomes. Here we compare nine genomes with respect to their protein coding genes at two levels: (i) we compare genomes as “bags of genes” and measure the fraction of orthologs shared between genomes and (ii) we quantify correlations between genes with respect to their relative positions in genomes. Distances between the genomes are related to their divergence times, measured as the number of amino acid substitutions per site in a set of 34 orthologous genes that are shared among all the genomes compared. We establish a hierarchy of rates at which genomes have changed during evolution. Protein sequence identity is the most conserved, followed by the complement of genes within the genome. Next is the degree of conservation of the order of genes, whereas gene regulation appears to evolve at the highest rate. Finally, we show that some genomes are more highly organized than others: they show a higher degree of the clustering of genes that have orthologs in other genomes.

Core lipid structure is a major determinant of the oxidative resistance of low density lipoprotein.

The influence of thermally induced changes in the lipid core structure on the oxidative resistance of discrete, homogeneous low density lipoprotein (LDL) subspecies (d, 1.0297-1.0327 and 1.0327-1.0358 g/ml) has been evaluated. The thermotropic transition of the LDL lipid core at temperatures between 15 degrees C and 37 degrees C, determined by differential scanning calorimetry, exerted significant effects on the kinetics of copper-mediated LDL oxidation expressed in terms of intrinsic antioxidant efficiency (lag time) and diene production rate. Thus, the temperature coefficients of oxidative resistance and maximum oxidation rate showed break points at the core transition temperature. Temperature-induced changes in copper binding were excluded as the molecular basis of such effects, as the saturation of LDL with copper was identical below and above the core transition. At temperatures below the transition, the elevation in lag time indicated a greater resistance to oxidation, reflecting a higher degree of antioxidant protection. This effect can be explained by higher motional constraints and local antioxidant concentrations, the latter resulting from the freezing out of antioxidants from crystalline domains of cholesteryl esters and triglycerides. Below the transition temperature, the conjugated diene production rate was decreased, a finding that correlated positively with the average size of the cooperative units of neutral lipids estimated from the calorimetric transition width. The reduced accessibility and structural hindrance in the cluster organization of the core lipids therefore inhibits peroxidation. Our findings provide evidence for a distinct effect of the dynamic state of the core lipids on the oxidative susceptibility of LDL and are therefore relevant to the atherogenicity of these cholesterol-rich particles.

Análise de confiabilidade de estruturas com paredes portantes de concreto pré-moldado

O método construtivo com painéis portantes de concreto é economicamente viável, porém relativamente novo no cenário nacional, sobretudo no caso dos pré-moldados. As incertezas referentes às peculiaridades desse método, bem como a nova norma brasileira de painéis pré-moldados, ainda em elaboração, vem a motivar uma análise probabilística dos critérios de projeto disponíveis. Utilizando-se a técnica da confiabilidade estrutural, é possível propagar as incertezas referentes às variáveis a uma resposta final no índice de confiabilidade, sendo um cálculo totalmente probabilístico. Neste trabalho, emprega-se tal técnica com informações estatísticas referentes a lajes de concreto moldadas in loco para verificar, de maneira mais verossímil, a segurança dos critérios de projeto impostos pelo Precast Concrete Institute Design Handbook - Precast and Prestressed Concrete - 7th Edition (2010) às fases transitórias (desforma, transporte e içamento) e pela Norma Brasileira ABNT NBR 6118: 2014 - Projeto de estruturas de concreto, à fase em uso. Prossegue-se a uma análise crítica dos resultados bem como sugestões para diminuir a variação dos resultados, sobretudo pela calibração de novos coeficientes parciais de segurança, processo para o qual este trabalho pode servir de base.

Obtenção e caracterização de PLA reforçado com nanocelulose.

A celulose é o polímero natural renovável disponível em maior abundância atualmente. Por possuir estrutura semicristalina, é possível extrair seus domínios cristalinos através de procedimentos que ataquem sua fase amorfa, como a hidrólise ácida, obtendo-se assim partículas cristalinas chamadas nanopartículas de celulose (NCs). Estas nanopartículas têm atraído enorme interesse científico, uma vez que possuem propriedades mecânicas, como módulo de elasticidade e resistência à tração, semelhantes a várias cargas inorgânicas utilizadas na fabricação de compósitos. Além disso, possuem dimensões nanométricas, o que contribui para menor adição de carga à matriz polimérica, já que possuem maior área de superfície, quando comparadas às cargas micrométricas. Nanocompósitos formados pela adição destas cargas em matrizes poliméricas podem apresentar propriedades comerciais atraentes, como barreira a gases, melhores propriedades térmicas e baixa densidade, quando comparados aos compósitos tradicionais. Como se trata de uma carga com dimensões nanométricas, obtida de fontes renováveis, uma das principais áreas de interesse para aplicação deste reforço é em biopolímeros biodegradáveis. O poli(ácido lático) (PLA), é um exemplo de biopolímero com propriedades mecânicas, térmicas e de processamento superiores a de outros biopolímeros comerciais. No presente trabalho foram obtidas nanopartículas de celulose (NCs), por meio de hidrólise ácida, utilizando-se três métodos distintos, com o objetivo de estudar o método mais eficiente para a obtenção de NCs adequadas à aplicação em compósitos de PLA. Os Métodos I e II empregam extração das NCs por meio do H2SO4, diferenciando-se apenas pela neutralização, a qual envolve diálise ou neutralização com NaHCO3, respectivamente. No Método III a extração das NCs foi realizada com H3PO4. As NCs foram caracterizadas por diferentes técnicas, como difração de raios X (DRX), análise termogravimétrica (TG), espectroscopia vibracional de absorção no infravermelho (FTIR), microscopia eletrônica de transmissão (MET) e microscopia de força atômica (MFA). Os resultados de caracterização das NCs indicaram que, a partir de todos os métodos utilizados, há formação de nanocristais de celulose (NCCs), entretanto, apenas os NCCs obtidos pelos Métodos II e III apresentaram estabilidade térmica suficiente para serem empregados em compósitos preparados por adição da carga no polímero em estado fundido. A incorporação das NCs em matriz de PLA foi realizada em câmara de mistura, com posterior moldagem por prensagem a quente. Compósitos obtidos por adição de NCs obtidas pelo Método II foram caracterizados por calorimetria exploratória diferencial (DSC), análise termogravimétrica, microscopia óptica, análises reológicas e microscopia eletrônica de varredura (MEV). A adição de NCs, extraídas pelo Método II, em matriz de PLA afetou o processo de cristalização do polímero, o qual apresentou maior grau de cristalinidade. Além disso, a adição de 3% em massa de NCs no PLA foi suficiente para alterar seu comportamento reológico. Os resultados reológicos indicaram que a morfologia do compósito é, predominantemente, composta por uma dispersão homogênea e fina da carga na fase matriz. Micrografias obtidas por MEV corroboram os resultados reológicos, mostrando, predominantemente a presença de partículas de NC em escala nanométrica. Compósitos de PLA com NCs obtidas pelo Método III apresentaram aglomerados de partículas de NC em escala micro e milimétrica, ao longo da fase matriz, e não foram extensivamente caracterizados.

Overexpression of guanylate cyclase activating protein 2 in rod photoreceptors in vivo leads to morphological changes at the synaptic ribbon

Guanylate cyclase activating proteins are EF-hand containing proteins that confer calcium sensitivity to retinal guanylate cyclase at the outer segment discs of photoreceptor cells. By making the rate of cGMP synthesis dependent on the free intracellular calcium levels set by illumination, GCAPs play a fundamental role in the recovery of the light response and light adaptation. The main isoforms GCAP1 and GCAP2 also localize to the synaptic terminal, where their function is not known. Based on the reported interaction of GCAP2 with Ribeye, the major component of synaptic ribbons, it was proposed that GCAP2 could mediate the synaptic ribbon dynamic changes that happen in response to light. We here present a thorough ultrastructural analysis of rod synaptic terminals in loss-of-function (GCAP1/GCAP2 double knockout) and gain-of-function (transgenic overexpression) mouse models of GCAP2. Rod synaptic ribbons in GCAPs−/− mice did not differ from wildtype ribbons when mice were raised in constant darkness, indicating that GCAPs are not required for ribbon early assembly or maturation. Transgenic overexpression of GCAP2 in rods led to a shortening of synaptic ribbons, and to a higher than normal percentage of club-shaped and spherical ribbon morphologies. Restoration of GCAP2 expression in the GCAPs−/− background (GCAP2 expression in the absence of endogenous GCAP1) had the striking result of shortening ribbon length to a much higher degree than overexpression of GCAP2 in the wildtype background, as well as reducing the thickness of the outer plexiform layer without affecting the number of rod photoreceptor cells. These results indicate that preservation of the GCAP1 to GCAP2 relative levels is relevant for maintaining the integrity of the synaptic terminal. Our demonstration of GCAP2 immunolocalization at synaptic ribbons at the ultrastructural level would support a role of GCAPs at mediating the effect of light on morphological remodeling changes of synaptic ribbons.

Gender inequalities in occupational health related to the unequal distribution of working and employment conditions: a systematic review

Introduction: Gender inequalities exist in work life, but little is known about their presence in relation to factors examined in occupation health settings. The aim of this study was to identify and summarize the working and employment conditions described as determinants of gender inequalities in occupational health in studies related to occupational health published between 1999 and 2010. Methods: A systematic literature review was undertaken of studies available in MEDLINE, EMBASE, Sociological Abstracts, LILACS, EconLit and CINAHL between 1999 and 2010. Epidemiologic studies were selected by applying a set of inclusion criteria to the title, abstract, and complete text. The quality of the studies was also assessed. Selected studies were qualitatively analysed, resulting in a compilation of all differences between women and men in the prevalence of exposure to working and employment conditions and work-related health problems as outcomes. Results: Most of the 30 studies included were conducted in Europe (n=19) and had a cross-sectional design (n=24). The most common topic analysed was related to the exposure to work-related psychosocial hazards (n=8). Employed women had more job insecurity, lower control, worse contractual working conditions and poorer self-perceived physical and mental health than men did. Conversely, employed men had a higher degree of physically demanding work, lower support, higher levels of effort-reward imbalance, higher job status, were more exposed to noise and worked longer hours than women did. Conclusions: This systematic review has identified a set of working and employment conditions as determinants of gender inequalities in occupational health from the occupational health literature. These results may be useful to policy makers seeking to reduce gender inequalities in occupational health, and to researchers wishing to analyse these determinants in greater depth.

Effect of the intercalated cation-exchanged on the properties of nanocomposites prepared by 2-aminobenzene sulfonic acid with aniline and montmorillonite

Polymer/montmorillonite nanocomposites were prepared. Intercalation of 2-aminobenzene sulfonic acid with aniline monomers into montmorillonite modified by cation was followed by subsequent oxidative polymerization of monomers in the interlayer spacing. The clay was prepared by cation exchange process between sodium cation in (M–Na) and copper cation (M–Cu). XRD analyses show the manifestation of a basal spacing (d-spacing) for M–Cu changes depending on the inorganic cation and the polymer intercalated in the M–Cu structure. TGA analyses reveal that polymer/M–Cu composites is less stable than M–Cu. The conductivity of the composites is found to be 103 times higher than that for M–Cu. The microscopic examinations including TEM picture of the nanocomposite demonstrated an entirely different and more compatible morphology. Remarkable differences in the properties of the polymers have also been observed by UV–Vis and FTIR, suggesting that the polymer produced with presence of aniline has a higher degree of branching. The electrochemical behavior of the polymers extracted from the nanocomposites has been studied by cyclic voltammetry which indicates the electroactive effect of nanocomposite gradually increased with aniline in the polymer chain.

Production of nanoTiC–graphite composites using Ti-doped self-sintering carbon mesophase powder

This work reports the synthesis of nanoTiC–graphite composites using mesophase pitch containing titanium as TiC or TiO2 nanoparticles. NanoTiC–graphite composites have been prepared using Ti-doped self-sintering mesophase powders as starting materials without using any binders or a metal carbide-carbon mixing stage. The effect of manufacture variables on the graphite compacts properties was studied. Graphites were characterised using XRD and Raman spectroscopy, SEM and TEM, as well as by their mechanical, electrical and thermal properties. The presence of TiC promotes graphitisation producing materials with larger crystal sizes. The kind of titanium source and mesophase content of the starting pitch affects to the final properties. Mesophase pitch with higher amount of mesophase content produces graphites with higher degree of graphitisation. The incorporation of TiC nanoparticles to the graphites composites improved thermal conductivity more than four times, and mechanical properties are not significantly modified by the presence of TiC.

The variability in adherence to dietary treatment and quality of weight loss: overweight and obesity

Objective: Observation of weight loss and the maximum time that individualized dietary treatment qualitative and quantitative is shown to be effective. Method: 4625 consultations were conducted with 616 patients over 25 years old, in the nutrition consultation, using the qualitative and quantitative individualized dietary treatment. As a result we controlled the weight loss, the fat and the quality and variability of the loss, monthly according to sex, age and BMI in an urban area of southeastern Spain. Results and discussion: A low level of abandonment was proved in men, patients older than 45 years old compared to obese showed a higher degree. The quality of the loss was greater in men under 45 years old, overweight patients, however, more research is needed in this area. Measuring the waist and hips has led to an increasing interest in measuring indicators of body fat. Conclusion: The individualized dietary treatment has been proved to be effective for six months and then a multidisciplinary mode of this treatment is recommended. The use of new ways to assess weight loss is proposed taking into consideration the quality and variability of loss, regardless of the treatment used.

Auto perceção do estado de saúde, aptidão física e motivação para a prática de hidroginástica por parte de idosos

Dissertação apresentada à Escola Superior de Educação do Instituto Politécnico de Castelo Branco para o cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Atividade Física na especialização de Gerontomotricidade.

Rinite alérgica e suas principais comorbilidades : asma, conjuntivite alérgica e sinusite

Trabalho Final do Curso de Mestrado Integrado em Medicina, Faculdade de Medicina, Universidade de Lisboa, 2014

Perceções dos enfermeiros sobre os erros de medicação no pré-hospitalar

Quase metade da totalidade de eventos adversos evitáveis é consequência de erros de medicação (EM), contudo, não sendo possível evitá-los completamente, estes podem ser minorados. Esta problemática em contexto pré-hospitalar (PH) tem sido pouco estudada a nível internacional e nunca foi abordada em Portugal. O objetivo deste estudo é relacionar as variáveis sociodemográficas, socioprofissionais, formação, conhecimentos e experiências com EM com a perceção dos enfermeiros que exercem no PH relativamente à frequência da ocorrência dos tipos e causas de EM, dos obstáculos ao relato de EM, dos fatores facilitadores do relato de EM e com o grau de concordância sobre divulgação de EM. Métodos: Trata-se de um estudo analítico, descritivo, transversal e correlacional. A amostra é composta por 107 enfermeiros do PH (método snowball), dos quais 56.1% são do sexo masculino. Foi aplicado um questionário eletrónico constituído por uma componente sociodemográfica, escala de conhecimentos, perceções e experiência com erros de medicação (Raimundo, 2011; Maurer, 2010; Bohomol & Ramos, 2006; Mayo & Duncan, 2004; Osborne, Blais & Hayes, 1999; Gladstone, 1995). Resultados: Dos inquiridos 60.7% apresentam fracos a razoáveis conhecimentos sobre EM; mais de 54% perceciona a sua formação académica/contínua sobre EM como sendo inexistente/insuficiente e 52.3% não recebe formação sobre farmacologia há pelo menos 6 anos; 45.8% diz ter experienciado no PH um ou mais EM sem dano para o doente e apenas 14.9% relatou um ou mais EM sem dano para o doente. Os tipos e as causas de EM identificadas ocorrem com uma frequência elevada para mais de 39% dos inquiridos. A maioria dos inquiridos (47.7%) considera que no PH existem grandes obstáculos ao relato de EM e os fatores facilitadores do relato de EM apresentados são considerados por 49.5% dos enfermeiros como altamente prováveis de facilitar o relato. 52,3% dos enfermeiros do PH discordam de uma forma global com a divulgação de EM. O sexo feminino apresenta uma perceção mais elevada da ocorrência das causas primárias de EM (MF=2.68, Dp= 0.60 vs MM=2.36, Dp=0.66) e uma perceção mais elevada dos fatores facilitadores ao relato dos EM (MF=4.40, Dp= 0.64 vs MM=4.12, Dp=0.74). Os enfermeiros que exercem exclusivamente no PH possuem uma melhor perceção da frequência de ocorrência das causas primárias de EM. Quanto maior o conhecimento dos enfermeiros sobre EM, maior é a perceção destes relativamente aos tipos de erros e maior o grau de concordância com a divulgação dos EM. Existe evidência estatisticamente significativa (p<0.05) de que os enfermeiros que experienciaram a ocorrência de pelo menos 1 erro com dano para o doente possuem melhor perceção dos tipos, causas primárias e obstáculos ao relato dos EM, assim como apresenta um maior grau de concordância com a divulgação de EM. Conclusão: A perceção dos enfermeiros sobre a frequência dos tipos e das causas de EM, assim como dos obstáculos e dos fatores facilitadores do relato de EM por parte dos enfermeiros no PH não tem, de uma forma geral, relação com as características sociodemográficas e socioprofissionais, o que demonstra a transversalidade desta problemática. Tão ou mais importante do que avaliar a dimensão e caracterizar a tipologia, causas, obstáculos e fatores facilitadores ao relato dos EM será, com base no conhecimento obtido, definir e implementar ações de gestão de risco que permitam a sua redução ou mesmo a sua supressão. PALAVRAS-CHAVE: Erros de Medicação, Perceção dos Enfermeiros, Pré- Hospitalar.

Self-evaluation guide for collegiate schools of nursing.

Cover title.

Indefinite determiner introducing definite referent: a special use of 'yi 'one' + classifier' in Chinese

The indefinite determiner yi 'one'+ classifier' is the most approximate to an indefinite article, like the English a, in Chinese. It serves all the functions characteristic of representative stages of grammaticalization from a numeral to a generalized indefinite determiner as elaborated in the literature. It is established in this paper that the Chinese indefinite determiner has developed a special use with definite expressions, serving as a backgrounding device marking entities as of low thematic importance and unlikely to receive subsequent mentions in ensuing discourse. 'yi+ classifier' in the special use with definite expressions displays striking similarities in terms of semantic bleaching and phonological reduction with the same determiner at the advanced stage of grammaticalization characterized by uses with generics, nonspecifics and nonreferentials. An explanation is offered in terms of an implicational relation between nonreferentiality and low thematic importance which characterize the two uses of the indefinite determiner. While providing another piece of evidence in support of the claim that semantically nonreferentials and entities of low thematic importance tend to be encoded in terms of same linguistic devices in language, findings in this paper have shown how an indefinite determiner can undergo a higher degree of grammaticalization than has been reported in the literature-it expands its scope to mark not only indefinite but also definite expressions as semantically nonreferential and/or thematically unimportant. (C) 2003 Elsevier B.V. All rights reserved.

Equity market linkage and multinational trade accords: The case of NAFTA

This paper examines the impact of multinational trade accords on the degree of stock market linkage using NAFTA as a case study. Besides liberalizing trade among the U.S., Canada and Mexico, NAFTA has also sought to strengthen linkage among stock markets of these countries. If successful, this could lessen the appeal of asset diversification across the North American region and promote a higher degree of market efficiency. We assess the possible impact of NAFTA on market linkage using cross-correlations, multivariate price cointegrating systems, speed of convergence, and generalized variance decompositions of unexpected stock returns. The evidence proves robust and consistently indicates intensified equity market linkage since the NAFTA accord. The results also suggest that interdependent goods markets in the region are a primary reason behind the stronger equity market linkage observed in the post-NAFTA period. (c) 2005 Elsevier Ltd. All rights reserved.