Análisis y sintonización de aplicaciones paralelas/distribuidas de bioinformática: caso de estudio mpiBLAST

En termes de temps d'execució i ús de dades, les aplicacions paral·leles/distribuïdes poden tenir execucions variables, fins i tot quan s'empra el mateix conjunt de dades d'entrada. Existeixen certs aspectes de rendiment relacionats amb l'entorn que poden afectar dinàmicament el comportament de l'aplicació, tals com: la capacitat de la memòria, latència de la xarxa, el nombre de nodes, l'heterogeneïtat dels nodes, entre d'altres. És important considerar que l'aplicació pot executar-se en diferents configuracions de maquinari i el desenvolupador d'aplicacions no port garantir que els ajustaments de rendiment per a un sistema en particular continuïn essent vàlids per a d'altres configuracions. L'anàlisi dinàmica de les aplicacions ha demostrat ser el millor enfocament per a l'anàlisi del rendiment per dues raons principals. En primer lloc, ofereix una solució molt còmoda des del punt de vista dels desenvolupadors mentre que aquests dissenyen i evaluen les seves aplicacions paral·leles. En segon lloc, perquè s'adapta millor a l'aplicació durant l'execució. Aquest enfocament no requereix la intervenció de desenvolupadors o fins i tot l'accés al codi font de l'aplicació. S'analitza l'aplicació en temps real d'execució i es considra i analitza la recerca dels possibles colls d'ampolla i optimitzacions. Per a optimitzar l'execució de l'aplicació bioinformàtica mpiBLAST, vam analitzar el seu comportament per a identificar els paràmetres que intervenen en el rendiment d'ella, com ara: l'ús de la memòria, l'ús de la xarxa, patrons d'E/S, el sistema de fitxers emprat, l'arquitectura del processador, la grandària de la base de dades biològica, la grandària de la seqüència de consulta, la distribució de les seqüències dintre d'elles, el nombre de fragments de la base de dades i/o la granularitat dels treballs assignats a cada procés. El nostre objectiu és determinar quins d'aquests paràmetres tenen major impacte en el rendiment de les aplicacions i com ajustar-los dinàmicament per a millorar el rendiment de l'aplicació. Analitzant el rendiment de l'aplicació mpiBLAST hem trobat un conjunt de dades que identifiquen cert nivell de serial·lització dintre l'execució. Reconeixent l'impacte de la caracterització de les seqüències dintre de les diferents bases de dades i una relació entre la capacitat dels workers i la granularitat de la càrrega de treball actual, aquestes podrien ser sintonitzades dinàmicament. Altres millores també inclouen optimitzacions relacionades amb el sistema de fitxers paral·lel i la possibilitat d'execució en múltiples multinucli. La grandària de gra de treball està influenciat per factors com el tipus de base de dades, la grandària de la base de dades, i la relació entre grandària de la càrrega de treball i la capacitat dels treballadors.

Estudi de les tipologies d’agressors de parella als centres penitenciaris

Hi ha un ampli consens a afirmar que els agressors de parella constitueixen un grup molt heterogeni. Per tant, intervencions homogènies no poden ser eficaces. L’objectiu d’aquesta recerca ha estat validar la primera proposta tipològica realitzada amb agressors de parella en una mostra espanyola. Estudis internacionals avalen aquesta metodologia classificatòria i la proposen com una eina eficaç per dissenyar programes de tractaments ajustats a les necessitats dels agressors. Seguint un procediment similar al dels estudis internacionals, s’ha aplicat un protocol d’avaluació que cobreix aquelles facetes que poden contribuir a l’etiologia de la conducta violenta contra la parella i a la classificació dels agressors. Les variables analitzades són: autoestima, distorsions cognitives, trastorns de la personalitat, ira, conflictes de parella, impulsivitat, afecció, empatia i desitjabilitat social. Cinquanta interns del Centre Penitenciari Brians-2, condemnats per un delicte en el qual la víctima era la parella o exparella, van ser avaluats entre els mesos d’abril i d’octubre del 2009. L’anàlisi de conglomerats ha permès classificar la mostra en dos grups que es diferencien partint de les variables d’interès. El grup 1 (23 subjectes) correspon al subtipus normalitzat: baixa psicopatologia, major empatia i afecció segura. El grup 2 (27 subjectes) podria ser etiquetat com a antisocial o patològic per la seva major psicopatologia, els antecedents i la impulsivitat i la seva menor empatia i afecció (insegur/hostil). Aquests resultats contribueixen a avalar l’aproximació tipològica com un mètode útil en la classificació d’agressors i una eina d’interès per als equips terapèutics. S’evidencia la necessitat d’aplicar programes de tractament diferenciats que permetin gestionar de manera més productiva els recursos disponibles. Treballar amb grups homogenis farà més efectiva la intervenció i ajudarà el terapeuta a anticipar el comportament del grup i dissenyar actuacions concretes amb vista a una evolució favorable.

Estudio de las tipologías de agresores de pareja en los centros penitenciarios

Hi ha un ampli consens a afirmar que els agressors de parella constitueixen un grup molt heterogeni. Per tant, intervencions homogènies no poden ser eficaces. L’objectiu d’aquesta recerca ha estat validar la primera proposta tipològica realitzada amb agressors de parella en una mostra espanyola. Estudis internacionals avalen aquesta metodologia classificatòria i la proposen com una eina eficaç per dissenyar programes de tractaments ajustats a les necessitats dels agressors. Seguint un procediment similar al dels estudis internacionals, s’ha aplicat un protocol d’avaluació que cobreix aquelles facetes que poden contribuir a l’etiologia de la conducta violenta contra la parella i a la classificació dels agressors. Les variables analitzades són: autoestima, distorsions cognitives, trastorns de la personalitat, ira, conflictes de parella, impulsivitat, afecció, empatia i desitjabilitat social. Cinquanta interns del Centre Penitenciari Brians-2, condemnats per un delicte en el qual la víctima era la parella o exparella, van ser avaluats entre els mesos d’abril i d’octubre del 2009. L’anàlisi de conglomerats ha permès classificar la mostra en dos grups que es diferencien partint de les variables d’interès. El grup 1 (23 subjectes) correspon al subtipus normalitzat: baixa psicopatologia, major empatia i afecció segura. El grup 2 (27 subjectes) podria ser etiquetat com a antisocial o patològic per la seva major psicopatologia, els antecedents i la impulsivitat i la seva menor empatia i afecció (insegur/hostil). Aquests resultats contribueixen a avalar l’aproximació tipològica com un mètode útil en la classificació d’agressors i una eina d’interès per als equips terapèutics. S’evidencia la necessitat d’aplicar programes de tractament diferenciats que permetin gestionar de manera més productiva els recursos disponibles. Treballar amb grups homogenis farà més efectiva la intervenció i ajudarà el terapeuta a anticipar el comportament del grup i dissenyar actuacions concretes amb vista a una evolució favorable.

Avaluació de variables estàtiques i dinàmiques predictives del risc de reincidència en delinqüents sexuals: estudi d’una mostra dels interns de les presons de Catalunya

Aquest treball presenta un estudi sobre les variables de risc de reincidència d’un grup de 315 delinqüents sexuals. Els subjectes han estat obtinguts del total d’interns que van sortir en llibertat condicional o definitiva de les presons de Catalunya entre 1998 i 2003. La investigació té dues parts. Una primera quantitativa on s’analitza la capacitat predictiva de 18 variables representatives de la carrera delictiva, l’incompliment de les mesures de supervisió a la comunitat, la conflictivitat a la presó, el tractament i les condicions de la condemna. Durant un període de seguiment que va de tres anys i 10 mesos a nou anys i dos mesos s’ha enregistrat la reincidència en delictes sexuals, delictes violents, qualsevol tipus de delicte violent (tant sexual com no sexual) i reincidència general. A la segona part, qualitativa, s’han fet entrevistes semiestructurades a un grup de 14 delinqüents sexuals dels quals nou havien reincidit i cinc estaven en llibertat condicional. Si bé les variables més comunes a la investigació sobre delinqüència general han mostrat relació amb la reincidència general, només tres variables de la carrera delictiva han mostrat relació amb la reincidència sexual. L’estudi qualitatiu ha permès obtenir informació sobre la influència de les variables dinàmiques més importants. A partir de l’anàlisi del procés del delicte es configuren tres perfils de delinqüents sexuals que ja s’havien trobat a altres investigacions. A partir de la informació obtinguda es proposen algunes orientacions pels programes de tractament.

Estudi de les variables presents en els penats per delictes de conducció sota els afectes de l’alcohol: (contra la seguretat viària)

S’han estudiat els interns per delictes contra la seguretat viària de dos centres penitenciaris per esbrinar quin percentatge representen del total i les seves possibles característiques diferencials respecte dels altres interns i de la població general. Especialment s’ha estudiat si són persones que presenten psicopatologia o alcoholisme o bé són socialment i psicopatològicament normatives però han patit un cúmul de circumstàncies fortuïtes relacionades amb la conducció i l’alcohol que els ha dut a la presó. Els principals resultats són: - Un 5% del total dels internaments dels dos centres penitenciaris estudiats estan relacionats amb el consum d’alcohol. Aquest és un percentatge prou alt que indica la influència de l’alcohol en les conductes delictives, cosa ben coneguda fa anys en els àmbits sanitari i social i que desmitifica la imatge “socialitzadora” de l’alcohol. - El 88% de la mostra estudiada presentava algun indicador d’alcoholisme, la qual cosa confirma la sospita que per ingressar en un centre penitenciari per un delicte contra la seguretat viària cal un patró estable i inflexible de conducta desadaptada i perillosa de consum d’alcohol, com és l’alcoholisme. És improbable que una persona amb consums puntuals sigui tan irreflexiva com per no modificar una conducta de tant de risc. - Es detecten percentatges de psicopatologia baixos (10%), inferiors als que es troben a les presons i contradictoris amb l’abundància dels diagnòstics d’alcoholisme, l’elevada comorbiditat psiquiàtrica dels malalts alcohòlics i el consum abusiu de benzodiazepines, cànnabis i altres drogues. Probablement hi ha queixes de diversos símptomes psicològics conjunturals relacionats amb l’internament, però alhora una elevada ocultació, o manca de consciència de la patologia crònica, prèvia a l’internament i possiblement relacionada amb la personalitat de base. - Malgrat que és una població aparentment normalitzada i adaptada socialment (de més edat, amb més feina estable), les tres quartes parts dels interns tenien antecedents: l’alcohol fa perdre progressivament els valors normatius i els contactes socials. Gent inicialment “bevedora social” pot acabar en una espiral de reincidència penitenciària desencadenada per l’alcohol.

Estudio de las variables presentes en los penados por delitos de conducción bajo los efectos del alcohol: (contra la seguridad vial)

El estudio se ha centrado en conocer las diferencias en los perfiles de los penados en prisión por delitos de conducción y sus diferencias respecto con la población penitenciaria ordinaria. Se ha querido conocer la influencia del alcohol en este tipo de delitos.

Los Derivados financieros como herramienta para evaluar la reforma laboral: una aproximación binomial

Este artículo tiene como objetivo realizar un análisis de la reforma laboral del mercado español mediante la utilización de derivados financieros reales. El trabajo consiste en modelizar la función incentivo del contratador desde el punto de vista de una cartera de derivados con el fin de analizar el impacto sobre la creación de empleo indefinido de las distintas propuestas realizadas por los principales agentes participantes del debate. La principal aportación de este trabajo consiste en la creación de un simulador que nos permite analizar las sensibilidades de las principales variables suceptibles de ser modificadas en la Reforma Laboral para cada uno de los escenarios considerados.

Morfologia externa de Triatoma ryckmani Zeledón & Ponce, 1972 vista através da microscopia eletrônica de varredura

A male of Triatoma ryckmani Zeledón & Ponce, 1972, was studied by scanning electron microscopy. Only few specimens of this species are known. In this paper, some structures from the head, thorax, abdomen and distal region of the second leg are shown. Some of them could have taxonomic importance, as the oculo-ocellar region, the buccula, the anterolateral angle of the collar, the scutellum with the process longer than the main body, the stridulatory sulcus with an unusual backward vermiform area, and the tibia-tarsal articulation, with a spongy fossula. The last structure was absent in specimens previously studied (Lent & Wygodzinsky 1979). Differences between this specimen and others previously described by several authors are dicussed.

Are small firms more sensitive to financial variables?

This paper analyses the impact of different sources of finance on the growth of firms. sing panel data from Spanish manufacturing firms for the period 2000-2006, we investigate the effects of internal and external finances on firm growth. In particular, we examine wo dimensions of these financial sources: a) the performance of the firms' capital structure n accordance with firm size; b) the combined effect of equity, external debt and cash low n firm growth. We find that low-growth firms are sensitive to cash low and short-term ank debt, while high-growth firms are more sensitive to long-term debt. Furthermore, ur results show that low-growth firms are more sensitive to short-term financial variables, hile fast growth firms are more sensitive to long-term financial variables. EL codes: L25, R12. eywords: Finance, Firm growth, Quantile regressions, Small firms

Variables asociadas a la mortalidad en pacientes sometidos a técnicas continuas de depuración extrarrenal

El fracàs renal agut constitueix una de les complicacions més greus en els pacients de les unitats de cures intensives, amb una mortalitat segons publicacions del 42%. Un nombre important d’aquests pacients requereixen tècniques continues de depuració extrarrenal (TCDE). Hem realitzat un estudi en el que s’ha inclós 29 pacients ingressats durant l’any 2008 a la UCI del Hospital Germans Trias i Pujol, que foren sotmesos a TCDE. Analitzem les possibles variables associades a la mortalitat. Les variables relacionades amb la mortalitat són el tipus de patologia motiu d'ingrés en UCI, l'edat i els dies de tractament amb TCDE.

Estudio de la agudeza visual final en correlación con variables anatómicas y funcionales objetivas en pacientes con desprendimiento de retina primario

Estudi de cohort de pacients amb despreniment de retina primaris, intervinguts per vitrectomia posterior i agudesa visual final superior a 0,1. Es recullen 23 pacients i es practica un tall de mesura longitudinal a la cohort, recollint paràmetres demogràfics, agudesa visual final, tomografia de coherència òptica i electrorretinograma multifocal. S'estudien associacions entre l'agudesa visual final i les proves objectives anatòmiques i funcionals.

Prevalence and intensity of infections of Ascaris lumbricoides and Trichuris trichiura and associated socio-demographic variables in four rural Honduran communities

Between January and March 1998, a cross-sectional survey was carried out in four rural communities in Honduras, Central America. We examined the prevalence and intensity of Ascaris lumbricoides and Trichuris trichiura infections among 240 fecal specimens, and the association between selected socio-demographic variables and infection for 62 households. The overall prevalence of A. lumbricoides and T. trichiura was 45% (95% CI 39.0-51.9) and 38% (95% CI 31.8-44.4) respectively. The most intense infections for Ascaris and Trichuris were found in children aged 2-12 years old. By univariate analysis variables associated with infections of A. lumbricoides were: number of children 2-5 years old (p=0.001), level of formal education of respondents (p=0.01), reported site of defecation of children in households (p=0.02), households with children who had a recent history of diarrhea (p=0.002), and the location of households (p=0.03). Variables associated with both A. lumbricoides and T. trichiura infection included: number of children 6-14 years old (p=0.01, p=0.04, respectively), ownership of a latrine (p=0.04, p=0.03, respectively) and coinfection with either helminth (p=0.001, p=0.001, respectively). By multivariate analysis the number of children 2-5 years living in the household, (p=0.01, odds ratio (OR)=22.2), children with a recent history of diarrhea (p=0.0, OR=39.8), and infection of household members with T. trichiura (p=0.02, OR=16.0) were associated with A. lumbricoides infection. The number of children 6-14 years old in the household was associated with both A. lumbricoides and T. trichiura infection (p=0.04, p=0.01, OR=19.2, OR=5.2, respectively).

Quantificació de l'error comès pels models de níxol ecològic al predir la distribució d'especies generalistes

Report for the scientific sojourn carried out at the University of California at Berkeley, from September to December 2007. Environmental niche modelling (ENM) techniques are powerful tools to predict species potential distributions. In the last ten years, a plethora of novel methodological approaches and modelling techniques have been developed. During three months, I stayed at the University of California, Berkeley, working under the supervision of Dr. David R. Vieites. The aim of our work was to quantify the error committed by these techniques, but also to test how an increase in the sample size affects the resultant predictions. Using MaxEnt software we generated distribution predictive maps, from different sample sizes, of the Eurasian quail (Coturnix coturnix) in the Iberian Peninsula. The quail is a generalist species from a climatic point of view, but an habitat specialist. The resultant distribution maps were compared with the real distribution of the species. This distribution was obtained from recent bird atlases from Spain and Portugal. Results show that ENM techniques can have important errors when predicting the species distribution of generalist species. Moreover, an increase of sample size is not necessary related with a better performance of the models. We conclude that a deep knowledge of the species’ biology and the variables affecting their distribution is crucial for an optimal modelling. The lack of this knowledge can induce to wrong conclusions.

Anàlisi de les variables relacionades amb la reincidència dels agressors sexuals. Estudi d’una mostra d’interns de les presons de Catalunya

Les taxes de reincidència dels delinqüents sexuals son, en general més baixes que les de la resta de delinqüents. No obstant, hi ha una part que tenen una major probabilitat de tornar a delinquir i que tenen unes característiques de risc que els diferencien dels altres. S’ha dut a terme un estudi retrospectiu amb la totalitat dels delinqüents sexuals que van sortir de les presons de Catalunya entre l’1 de gener de 1998 i el 31 de desembre de 2001. El període de seguiment promig és de sis anys i nou mesos. S’han avaluat les taxes de reincidència en delictes sexuals, delictes no sexuals (generals) i en qualsevol tipus de delicte. Un 5,7 % va tornar a delinquir en delictes sexuals, el 13,2 dels subjectes va reincidir en delictes no sexuals i el 18,8 % va tornar a cometre qualsevol tipus de delicte. Entre les variables de risc, el nombre de delictes sexuals pels que compleixen condemna abans de sortir en llibertat i el tipus de víctima influeixen en la reincidència sexual, encara que respecte a la segona no es va poder calcular la significació estadística. També van tenir un pes significatiu l’edat del primer ingrés i la versatilitat delictiva. Pel que fa a la reincidència general, les variables relacionades amb la carrera delictiva i trets antisocials, a més de les condicions de la condemna, van ser les variables de més influencia. No s’ha trobat relació entre el tractament i la reincidència. Posteriorment a l’estudi d’aquestes variables van ser entrevistats vuit dels 11 subjectes que havien reincidit en delictes sexuals. A partir de l’anàlisi de les entrevistes es va elaborar un sistema de classificació dels principals components del procés del delicte. De la revisió del procés de cada subjecte apareixen dos perfils diferenciats.

Análisis de las variables relacionadas con la reincidencia de los agresores sexuales. Estudio de una muestra de internos de las prisiones de Catalunya

Con esta investigación se pretende llegar a concretar aquellos factores que pueden tener relación con la reincidencia de los delincuentes sexuales que salen de los centros penitenciarios de Catalunya. Estas conclusiones han de permitir en el futuro enriquecer los programas de tratamiento mediante la inclusión de contenidos y el establecimiento de criterios de individualización de la intervención.