Code pattern analysis of object-oriented programming languages

Code patterns, including programming patterns and design patterns, are good references for programming language feature improvement and software re-engineering. However, to our knowledge, no existing research has attempted to detect code patterns based on code clone detection technology. In this study, we build upon the previous work and propose to detect and analyze code patterns from a collection of open source projects using NiPAT technology. Because design patterns are most closely associated with object-oriented languages, we choose Java and Python projects to conduct our study. The tool we use for detecting patterns is NiPAT, a pattern detecting tool originally developed for the TXL programming language based on the NiCad clone detector. We extend NiPAT for the Java and Python programming languages. Then, we try to identify all the patterns from the pattern report and classify them into several different categories. In the end of the study, we analyze all the patterns and compare the differences between Java and Python patterns.

Software for Designing Custom Orbital-Craniofacial Implant Plans

Purpose: Custom cranio-orbital implants have been shown to achieve better performance than their hand-shaped counterparts by restoring skull anatomy more accurately and by reducing surgery time. Designing a custom implant involves reconstructing a model of the patient's skull using their computed tomography (CT) scan. The healthy side of the skull model, contralateral to the damaged region, can then be used to design an implant plan. Designing implants for areas of thin bone, such as the orbits, is challenging due to poor CT resolution of bone structures. This makes preoperative design time-intensive since thin bone structures in CT data must be manually segmented. The objective of this thesis was to research methods to accurately and efficiently design cranio-orbital implant plans, with a focus on the orbits, and to develop software that integrates these methods. Methods: The software consists of modules that use image and surface restoration approaches to enhance both the quality of CT data and the reconstructed model. It enables users to input CT data, and use tools to output a skull model with restored anatomy. The skull model can then be used to design the implant plan. The software was designed using 3D Slicer, an open-source medical visualization platform. It was tested on CT data from thirteen patients. Results: The average time it took to create a skull model with restored anatomy using our software was 0.33 hours ± 0.04 STD. In comparison, the design time of the manual segmentation method took between 3 and 6 hours. To assess the structural accuracy of the reconstructed models, CT data from the thirteen patients was used to compare the models created using our software with those using the manual method. When registering the skull models together, the difference between each set of skulls was found to be 0.4 mm ± 0.16 STD. Conclusions: We have developed a software to design custom cranio-orbital implant plans, with a focus on thin bone structures. The method described decreases design time, and is of similar accuracy to the manual method.

Licenshantering inom webbprojekt : Hur medvetna är företag om tredjepartslicenser?

Teknikutvecklingen går snabbt framåt, och idag finns det ett stort behov av att använda andra utvecklares kod för att hänga med i det höga tempot. De kallas samlat för ramverk eller bibliotek, och hjälper utvecklaren att på ett effektivare sätt ta sig från start till mål utan att behöva skriva all programmeringskod själv. Dessa tredjepartslösningar är nästintill alltid bundna till ett licensavtal, vars restriktioner och tillåtelser utvecklaren måste följa vid nyttjandet. I denna studie har vi undersökt hur medvetenheten ser ut kring de licenser som är bundna till dessa tredjepartslösningar. Då det framkom i vår förstudie att vårt fall hade en relativt låg medvetenhet har vi även valt att titta på hur medvetenheten kan ökas. För att genomföra detta har vi valt att intervjua utvecklare och projektledare på ett konsultföretag. Vi undersökte även vilka faktorer som är viktiga för att höja medvetenheten samt vilka konsekvenser som kunde uppkomma vid bristfällande licenshantering. Vi upptäckte att det var en bristfällig kunskap om tredjepartslicenser på det studerade företaget, och hur de följde de licensrestriktioner som fanns för respektive licens. För att höja medvetenheten föreslår vi hjälpmedel i form av en automatiserad centraliserad lösning, lathundar för en enklare överblick av licensavtalen och hur användning av redan färdiga programvaror kan hjälpa till att öka medvetenheten och hanteringen av licenser.

SISTEMA DE INFORMACIÓN GEOGRÁFICA PARA LA GESTIÓN DE RECURSOS HÍDRICOS

Este artículo describe la puesta en funcionamiento de una herramienta de información geográfica para la gestión y planificación de recursos hídricos de Cataluña desarrollada mediante plataformas OpenSource. Esta herramienta ha de permitir responder a sucesos extremos como la sequía, facilitando de manera intuitiva y rápida elementos de  evaluación y toma de decisiones. Este Sistema de Información Geográfica (SIG) de gestión de los recursos hídricos se ha  desarrollado para obtener resultados a medida del cliente. Su interfaz ágil y sencilla, su capacidad multiusuario, su alto  rendimiento y escalabilidad y la ausencia de costes de licencia hacen que, con una inversión limitada, se obtenga una amortización muy rápida. Cabe destacar la automatización de procesos sistemáticos, geoprocesos y análisis multicriterio definidos por el cliente, que le permiten ahorrar tiempo y recursos, así como aumentar la productividad.Palabras clave: Sistema de Información Geográfica (SIG), acceso abierto, gestión, agua, automatizaciónAbstractThis article describes the implementation of a geographical information tool developed on an OpenSource platform for the management and planning of water resources in Catalonia. This Geographic Information System (GIS) is designed to deliver fast and intuitive evaluation and decision making criteria in response to extreme events, such as drought. Its strong customization, user friendliness, multiuser capability, performance and scalability, together with its license-free condition, allow for an extremely fast return on investment. The embedded automation of user-defined systemic processes, geo-processes and multi-criteria analyses provide significant time and resource savings and productivity Key Words: Geographic Information System (GIS), Open Source, water supply management, automation

DISEÑO DE UN GEOPORTAL PARA ANALIZAR LAS INICIATIVAS DE DESARROLLO RURAL LEADER EN EXTREMADURA

En Europa se están gestionando Políticas de Desarrollo Rural desde el año 1991 bajo el amparo de la Iniciativa LEADER. En este proyecto se ha diseñado un Geoportal para visualizar las Iniciativas LEADER de Desarrollo Rural en Extremadura. Para su elaboración se utilizó MapServer que facilita la introducción de las variables físicas, demográficas, económicas, equipamientos y las inversiones por medidas en una base de datos  cartográfica y alfanumérica a escala municipal. El diseño de dicho Geoportal permite, por una parte, analizar el impacto de este tipo de políticas en los últimos dieciséis años, así como establecer su contribución a la mejora de las condiciones de vida de la población rural, sin duda, objetivo principal de estas iniciativas. Y, por otra parte, facilita la consulta pública de los datos sin coste alguno para el usuario, al estar disponible en software SIG Libre.Palabras clave: Europa, LEADER Iniciativa, SIG, software libre, MapServer.ABSTRACTIn Europe, Rural Development Policy since 1991 has been managed under the auspices of the LEADER Initiative. In this project a Geoportal has been designed to visualize rural development under the LEADER Initiatives. MapServer has been used for elaboration and the physical, demographic, economic, equipment and investment measures have been introduced in an alphanumeric and cartographic database to municipal scale. The design of the Geoportal allows the impact of the policies over the last 16 years to be analyzed, as well as to determine their impact on improving the living conditions of the rural population, without a doubt the main objective of these initiatives. Moreover, it allows inspection of the data at no cost to the user via free Open Source GIS software.Key Words: Europe, LEADER Initiative, GIS, Open Source, MapServer.

Preclinical Target Validation Using Patient-derived Cells.

The Structural Genomics Consortium (SGC) and its clinical, industry and disease-foundation partners are launching open-source preclinical translational medicine studies.

Modelo de inclusão digital para construção do conhecimento em qualidade de vida e atividade fisica

Universidade Estadual de Campinas. Faculdade de Educação Física

Feature selection environment for genomic applications

Background: Feature selection is a pattern recognition approach to choose important variables according to some criteria in order to distinguish or explain certain phenomena (i.e., for dimensionality reduction). There are many genomic and proteomic applications that rely on feature selection to answer questions such as selecting signature genes which are informative about some biological state, e. g., normal tissues and several types of cancer; or inferring a prediction network among elements such as genes, proteins and external stimuli. In these applications, a recurrent problem is the lack of samples to perform an adequate estimate of the joint probabilities between element states. A myriad of feature selection algorithms and criterion functions have been proposed, although it is difficult to point the best solution for each application. Results: The intent of this work is to provide an open-source multiplataform graphical environment for bioinformatics problems, which supports many feature selection algorithms, criterion functions and graphic visualization tools such as scatterplots, parallel coordinates and graphs. A feature selection approach for growing genetic networks from seed genes ( targets or predictors) is also implemented in the system. Conclusion: The proposed feature selection environment allows data analysis using several algorithms, criterion functions and graphic visualization tools. Our experiments have shown the software effectiveness in two distinct types of biological problems. Besides, the environment can be used in different pattern recognition applications, although the main concern regards bioinformatics tasks.

Atratividade de projetos de software livre: importância teórica e estratégias para administração

Thousands of Free and Open Source Software Projects (FSP) were, and continually are, created on the Internet. This scenario increases the number of opportunities to collaborate to the same extent that it promotes competition for users and contributors, who can guide projects to superior levels, unachievable by founders alone. Thus, given that the main goal of FSP founders is to improve their projects by means of collaboration, the importance to understand and manage the capacity of attracting users and contributors to the project is established. To support researchers and founders in this challenge, the concept of attractiveness is introduced in this paper, which develops a theoretical-managerial toolkit about the causes, indicators and consequences of attractiveness, enabling its strategic management.

Saberes em gest??o p??blica: uma pr??tica de gest??o do conhecimento para as organiza????es

Neste paper, relata-se uma pr??tica de gest??o do conhecimento da Escola de Governo do Paran??: o SabeRES em Gest??o P??blica, um reposit??rio institucional de acesso livre que disponibiliza na Internet toda a produ????o t??cnica e cient??fica da Escola de Governo do Paran?? e de outras organiza????es de aprendizagem. Inicialmente discute-se a defini????o de conte??do e conhecimento, passando ao marco legal dos reposit??rios institucionais, com o Movimento Mundial Open Access. Em seguida, discute-se a tecnologia de software livre na cria????o de reposit??rios e as suas caracter??sticas e quais os sistemas de gest??o de conte??dos mais utilizados em open source. Na seq????ncia, apresenta-se a experi??ncia da Escola de Governo do Paran?? nas tr??s fases do SabeRES: na cria????o, na gest??o e na publica????o dos documentos. A metodologia utilizada constou de uma an??lise SWOT, seguida de planejamento gr??fico e estrutural, defini????o da arquitetura, constru????o da interface gr??fica com ferramenta XOOPS (software livre) e defini????o da ??rvore inicial de menus. O treinamento da equipe para a gest??o e manuten????o do reposit??rio foi imprescind??vel para a inser????o dos documentos e a disponibiliza????o do sistema na Internet. Por fim, uma C??mara T??cnica foi constitu??da para a aprecia????o dos materiais recebidos e para dar contribui????es de melhoria na gest??o do SabeRES.

A importância da personagem virtual no contexto da animação 3D em tempo real

O desenvolvimento de personagens digitais tridimensionais1 na área da animação, a constante procura por soluções tecnológicas convincentes, aliado a uma estética própria, tem contribuído para o sucesso e afirmação da animação tridimensional, na indústria do entretenimento. Contudo, toda a obra que procura ou explora a vertente digital/3D, torna-se ‘vitima’ das limitações do render2 aplicado a uma sequência de imagens, devido ao aumento dos custos financeiros e humanos, assim como da influência e dificuldade implicadas no cumprimento dos objectivos e prazos. O tempo real tem assumido, cada vez mais, um papel predominante na indústria da animação interactiva. Com a evolução da tecnologia surgiu a necessidade de procurar a metodologia apropriada que sirva de alavanca para o desenvolvimento de animações 3D em tempo real, através de softwares open-source ou de baixo orçamento, para a redução de custos, que possibilite simultaneamente descartar qualquer dependência do render na animação 3D. O desenvolvimento de personagens em tempo real, possibilita o surgimento de uma nova abordagem: a interactividade na arte de animar. Esta possibilita a introdução de um vasto leque de novas aplicações e consequentemente, contribui para o aumento do interesse e curiosidade por parte do espectador. No entanto, a inserção, implementação e (ab)uso da tecnologia na área da animação, levanta questões atuais sobre qual o papel do animador. Esta dissertação procura analisar estes aspectos, dando apoio ao projecto de animação 3D em tempo real, denominado ‘PALCO’.

Contributo para o estudo das expressões faciais na animação

A animação 3D de expressões faciais é uma tarefa complexa, o que aliado ao alto consumo de recursos do próprio hardware, torna o processo extremamente longo. Adicionando duas outras condicionantes, nomeadamente os cada vez mais baixos orçamentos praticados e a rapidez exigida pelos clientes, podem por em causa a sustentabilidade de um projeto de animação. Nesse sentido é necessário reunir esforços e investigar profundamente para tornar a animação 3D acessível a qualquer animador. É importante começar precisamente com softwares grátis, para salvaguardar uma despesa logo à partida, e open source, para qualquer programador poder igualmente dar asas à sua imaginação e qualquer tipo de extensão ou melhoria processual poder ser livremente adicionada. O atual paradigma dos softwares grátis e de código aberto na área de modelação e animação 3D é o Blender 3D e foi tomado como referência para qualquer especificação técnica.

Towards a Catalog of Usability Smells

This paper presents a catalog of smells in the context of interactive applications. These so-called usability smells are indicators of poor design on an application’s user interface, with the potential to hinder not only its usability but also its maintenance and evolution. To eliminate such usability smells we discuss a set of program/usability refactorings. In order to validate the presented usability smells catalog, and the associated refactorings, we present a preliminary empirical study with software developers in the context of a real open source hospital management application. Moreover, a tool that computes graphical user interface behavior models, giving the applications’ source code, is used to automatically detect usability smells at the model level.

Framework genérica de business intelligence para suporte financeiro

Actualmente, não existem ferramentas open source de Business Intelligence (BI) para suporte à gestão e análise financeira nas empresas, de acordo com o sistema de normalização contabilística (SNC). As diferentes características de cada negócio, juntamente com os requisitos impostos pelo SNC, tornam complexa a criação de uma Framework financeira genérica, que satisfaça, de forma eficiente, as análises financeiras necessárias à gestão das empresas. O objectivo deste projecto é propor uma framework baseada em OLAP, capaz de dar suporte à gestão contabilística e análise financeira, recorrendo exclusivamente a software open source na sua implementação, especificamente, a plataforma Pentaho. Toda a informação contabilística, obtida através da contabilidade geral, da contabilidade analítica, da gestão orçamental e da análise financeira é armazenada num Data mart. Este Data mart suportará toda a análise financeira, incluindo a análise de desvios orçamentais e de fluxo de capitais, permitindo às empresas ter uma ferramenta de BI, compatível com o SNC, que as ajude na tomada de decisões.

Visualização de percursos em dispositivos móveis

Cada vez mais as pessoas se deslocam para locais desconhecidos por motivos profissionais, financeiros ou simplesmente por lazer. Em todas estas situações as primeiras dificuldades com que se deparam são saber qual o percurso a adoptar para chegar a um determinado destino e a falta de informação sobre o local onde se encontram, especialmente sobre os possíveis pontos de interesse que existem em redor. O presente trabalho propõe a concepção e a implementação de um sistema de visualização para dispositivos móveis de percursos pré-definidos baseado em standards. Pretende-se construir um software aberto de modo a poder ser utilizado em diversas aplicações geográficas modulares e facilitar a investigação na área, pois a maior parte do software disponibilizado é proprietário havendo apenas hipótese de interagir através de API disponibilizada. O trabalho pretende servir utilizadores que pretendam tirar partido de um guia digital móvel, materializado num dispositivo móvel com capacidade visualização gráfica do percurso. Pode ser utilizado nas mais diversas situações: orientação em trilhos ou rotas turísticas; identificação e orientação de pontos de interesse numa cidade ou região; ou informação de contexto. Para estimular a atenção do utilizador é proposto um mecanismo de alertas/avisos que serão despoletados durante a execução do percurso. Como muitas das funcionalidades disponibilizadas pelo sistema necessitam de efectuar cálculo de distâncias, é proposto um modelo de determinação de distâncias. De modo a gerir o conteúdo dos ficheiros utilizados é proposto um mecanismo de processamento de ficheiros, que permite efectuar transformações, validações e gravações de ficheiros. Para além da concepção e correspondente implementação do Visualizador, este trabalho apresenta ainda cenários de aplicação do sistema, ilustrando consequentemente a sua utilização em situações reais e encontra-se disponível para ser usado e melhorado pela comunidade científica, pois foi feito o registo como open source no site sourceforge.net.