Unification of multi-species vertebrate anatomy ontologies for comparative biology in Uberon.

BACKGROUND: Elucidating disease and developmental dysfunction requires understanding variation in phenotype. Single-species model organism anatomy ontologies (ssAOs) have been established to represent this variation. Multi-species anatomy ontologies (msAOs; vertebrate skeletal, vertebrate homologous, teleost, amphibian AOs) have been developed to represent 'natural' phenotypic variation across species. Our aim has been to integrate ssAOs and msAOs for various purposes, including establishing links between phenotypic variation and candidate genes. RESULTS: Previously, msAOs contained a mixture of unique and overlapping content. This hampered integration and coordination due to the need to maintain cross-references or inter-ontology equivalence axioms to the ssAOs, or to perform large-scale obsolescence and modular import. Here we present the unification of anatomy ontologies into Uberon, a single ontology resource that enables interoperability among disparate data and research groups. As a consequence, independent development of TAO, VSAO, AAO, and vHOG has been discontinued. CONCLUSIONS: The newly broadened Uberon ontology is a unified cross-taxon resource for metazoans (animals) that has been substantially expanded to include a broad diversity of vertebrate anatomical structures, permitting reasoning across anatomical variation in extinct and extant taxa. Uberon is a core resource that supports single- and cross-species queries for candidate genes using annotations for phenotypes from the systematics, biodiversity, medical, and model organism communities, while also providing entities for logical definitions in the Cell and Gene Ontologies. THE ONTOLOGY RELEASE FILES ASSOCIATED WITH THE ONTOLOGY MERGE DESCRIBED IN THIS MANUSCRIPT ARE AVAILABLE AT: http://purl.obolibrary.org/obo/uberon/releases/2013-02-21/ CURRENT ONTOLOGY RELEASE FILES ARE AVAILABLE ALWAYS AVAILABLE AT: http://purl.obolibrary.org/obo/uberon/releases/

Verkko-oppimateriaalien uudelleenkäytettävyys ja siirrettävyys oppimisalustalta toiselle

Työssä tarkastellaan oppimisalustoilla käytettäviä testikysymyksiä ja oppisisältöjä uudelleen-käytettävyyden ja siirrettävyyden näkökulmasta. Tavoitteena on selvittää, minkälaisia välineitä määrämuotoisten sisältöjen tuottamista varten on olemassa, ja miten niillä luodut materiaalit ovat siirrettävissä työvälineestä toiseen ja oppimisalustoille. Tutkittavana ovat sisällön paketointiin tarkoitetutSCORM- ja IMS Content Packaging -spesifikaatiot sekä kysymysten esittämiseen tarkoitettu IMS Question and Test Interoperability -spesifikaatio. Pääpaino työssäon selvittää, miten oppisisällöt ovat siirrettävissä WebCT- ja Moodle-alustojenvälillä. Tähän liittyen on luotu ohjeistus, miten yksittäiset tiedostot, kysymykset ja Sisältökokonaisuus-työkalulla koostetut sisällöt siirretään WebCT:ltä Moodleen.

Tiedonvaihto - ja tietojärjestelmäyhteentoimivuus kahden sotilaallisen koalition välillä

Tämä diplomityö käsittelee kahden sotilaallisen koalition yhteentoimivuuden haasteita ja toteutusta kaupallisintyökaluin. Työ pohjautuu kahteen todelliseen, palvelusuuntautunutta arkkitehtuurisuunnittelua (SOA) hyödyntäneeseen integraatioprojektiin jotka on toteutettu Suomen IBM:n Palveluyksikössä vuosina 2006 - 2007. Työn tavoitteena on ollut tutkia sotilaallisten koalitioiden järjestelmä - ja tiedonvaihtoyhteentoimivuuden menetelmiä, näkökulmia ja teknistä toteutusta kaupallisin ohjelmistotuottein ja yhteistä tietomallia käyttäen. Lisäksi esitetään puolustustoimialan erityispiirteet tietojärjestelmätoimittajien ohjelmistokehitys - prosesseihin liittyen. Tätä varten tutkittiin koalitioiden käyttöön tarkoitettuja olemassa olevia ohjelmistoarkkitehtuureja ja yhteentoimivuusmalleja sekä sovitettiin niitä SOA - arkkitehtuuriajatteluun. Työn teoreettisena pohjana käytettiin organisatorisen ja teknisen yhteentoimivuuden kuvaavaa Layers of Coalition Interoperability (LCI) - mallia, minkä jälkeen mallin teknistä osiota käytettiin pohjana SOA - palveluihin perustuvan esimerkkijärjestelmän kehittämiseen kahden kuvitteellisen koalition tiedonvaihtoa varten. Työn keskeisinä tuloksina on syntynyt suunnitelma koalitioiden taustajärjestelmien yhdistämisestä dynaamisten SOA- palveluiden avulla yhteiseen JC3IEDM - tietomalliin. Tämä tietomalli vuorostaan antaa mahdollisuuden järjestelmän laajentamiseen esimerkiksi avustusjärjestöjen, poliisivoimien ja terveydenhuollon organisaatioiden tarpeisiin.

A web ontologies framework for digital rights management

In order to improve the management of copyright in the Internet, known as Digital Rights Management, there is the need for a shared language for copyright representation. Current approaches are based on purely syntactic solutions, i.e. a grammar that defines a rights expression language. These languages are difficult to put into practise due to the lack of explicit semantics that facilitate its implementation. Moreover, they are simple from the legal point of view because they are intended just to model the usage licenses granted by content providers to end-users. Thus, they ignore the copyright framework that lies behind and the whole value chain from creators to end-users. Our proposal is to use a semantic approach based on semantic web ontologies. We detail the development of a copyright ontology in order to put this approach into practice. It models the copyright core concepts for creation, rights and the basic kinds of actions that operate on content. Altogether, it allows building a copyright framework for the complete value chain. The set of actions operating on content are our smaller building blocks in order to cope with the complexity of copyright value chains and statements and, at the same time, guarantee a high level of interoperability and evolvability. The resulting copyright modelling framework is flexible and complete enough to model many copyright scenarios, not just those related to the economic exploitation of content. The ontology also includes moral rights, so it is possible to model this kind of situations as it is shown in the included example model for a withdrawal scenario. Finally, the ontology design and the selection of tools result in a straightforward implementation. Description Logic reasoners are used for license checking and retrieval. Rights are modelled as classes of actions, action patterns are modelled also as classes and the same is done for concrete actions. Then, to check if some right or license grants an action is reduced to check for class subsumption, which is a direct functionality of these reasoners.

UMTS-radioverkon ja GSM-runkoverkon yhdistävän moduulin järjestelmätestaus

Tämän diplomityön aiheena oli tutkia ATM-moduulin järjestelmätestaustarpeita. ATM-moduuli on osa Nokian kolmannen generaation matkapuhelinverkkoarkkitehtuuria. Työ tehtiin Nokia Networks Oyj:lle MSC&HLR-tuotelinjan järjestelmätestausjaokselle. Työssä käsitellään aluksi GSM- ja UMTS-verkkojen arkkitehtuureja, protokollia ja toimintoja, sekä tutustutaan ATM-tekniikkaan, jota käytetään UMTS-liityntäverkon tiedonvälityksessä. Tämän jälkeen perehdytään ATM-moduulin rakenteeseen ja toimintoihin. Työssä perehdytään järjestelmätestauksen eri osa-alueisiin, niiden testilaitteille asettamiin vaatimuksiin sekä hahmotellaan järjestelmätestauksen päälinjoja.

ADSL-linjan fyysisen kerroksen testauksen automatisointi

ADSL (Asymmetrical Digital Subsciber Line) on puhelinkaapelia siirtotienä käyttävä nopea Internet-liityntäteknologia, joka on yleistynyt viime vuosina kuluttajamarkkinoilla. Analoginen puhelinverkko on alun perin tarkoitettu puheen siirtoon 0-4kHz:n äänitaajuuskanavalla, mikä aiheuttaa rajoitteita datasiirtoon ylemmillä taajuuksilla. Puhelinverkkojen rakenne vaihtelee alueittain sisältäen erilaisia datasiirtoa häiritseviä tekijöitä. Tämän vuoksi ADSL-päätelaitteilta vaaditaan sopeutumiskykyä vaativiinkin olosuhteisiin. Nykyiset ADSL-standardit eivät vaadi päätelaitteilta riittävää suorituskykyä, jotta luotettava tiedonsiirto onnistuisi myös huonoissa verkko-olosuhteissa. Epäkohdan korjaamiseksi DSL Forum on kehittänyt yhdessä laitevalmistajien, tietoliikenneoperaattoreiden ja komponenttivalmistajien kanssa ADSL-päätelaitteiden yhteensopivuustestaukseen testipaketin nimeltä TR-048. Se on kattava joukko tarkkaan kuvattuja testejä, joissa keskitytään enimmäkseen fyysisen kerroksen testaamiseen. TR-048:aa ei vaadita vielä nykyisissä ADSL-standardeissa, mutta yksityiset laboratoriot ja laitetoimittajat ovat vähitellen ottamassa sitä käyttöön. Tämän työn keskeisenä tavoittena oli tehdä sovellus, jolla automatisoitiin suurin osa TR-048:n sisältämien ADSL-linjan fyysisen kerroksen testeistä. Valmiilla sovelluksella ajetun testikierroksen perusteella arvioitiin sovelluksesta saatua hyötyä ja tuotekehitysvaiheessa olevan Nokia D500 tilaajasolmun suorituskykyä. Työn teoriaosassa esitellään ADSL-teknologiaa ja ADSL-lähetin-vastaanottimen loogista toimintaa.

ANVL -ohjelmiston käyttö protokollavalidoinnissa

Tietoliikennelaitteiden toiminta perustuu yleisesti sovittuihin standardeihin ja suosituksiin. Standardinmukaisuuden varmistamiseksi tuotteet tulee testata sekä standardeja että muita tuotteita vastaan, jotta laitteiden yhteensopivuudesta voidaan varmistua. Ohjelmistojen koon ja monimutkaisuuden jatkuvasti kasvaessa myös tarve löytää automatisoituja testausmenetelmiä kasvaa. Diplomityön tavoitteena oli selvittää soveltuuko ANVL -protokollavalidointiohjelmisto Tellabsin modeemituotteiden hyväksyntätestaukseen ja sovittaa ANVL osaksi Tellabsin testauskäytäntöä. Diplomityössä käydään lisäksi läpi ohjelmistotestauksen peruskäsitteitä ja esitetään ANVL:n sisäinen rakenne ja toimintaperiaatteet. Työssä havaittiin, että ANVL sopii hyvin yksittäisten datasiirtolaitteiden validointitestaukseen. ANVL:n räätälöintimahdollisuudet ovat hyvät ja sitä on mahdollista laajentaa itse toteutetuilla protokollavalidointipaketeilla. Tuote tullaan ottamaan käyttöön Tellabsin uusissa tuotekehitysprojekteissa.

Platform Architectures for Policy-Based Network Access Control

Tämä diplomityö käsittelee sääntöpohjaisen verkkoon pääsyn hallinnan (NAC) ratkaisuja arkkitehtonisesta näkökulmasta. Työssä käydään läpi Trusted Computing Groupin, Microsoft Corporationin, Juniper Networksin sekä Cisco Systemsin NAC-ratkaisuja. NAC koostuu joukosta uusia sekä jo olemassa olevia teknologioita, jotka auttavat ennalta määriteltyyn sääntökantaan perustuen hallitsemaan suojattuun verkkoon pyrkivien laitteiden tietoliikenneyhteyksiä. Käyttäjän tunnistamisen lisäksi NAC pystyy rajoittamaan verkkoon pääsyä laitekohtaisten ominaisuuksien perusteella, esimerkiksi virustunnisteisiin ja käyttöjärjestelmäpäivityksiin liittyen ja paikkaamaan tietyin rajoituksin näissä esiintyviä puutteita verkkoon pääsyn sallimiseksi. NAC on verraten uusi käsite, jolta puuttuu tarkka määritelmä. Tästä johtuen nykymarkkinoilla myydään ominaisuuksiltaan puutteellisia tuotteita NAC-nimikkeellä. Standardointi eri valmistajien NAC-komponenttien yhteentoimivuuden takaamiseksi on meneillään, minkä perusteella ratkaisut voidaan jakaa joko avoimia standardeja tai valmistajakohtaisia standardeja noudattaviksi. Esitellyt NAC-ratkaisut noudattavat standardeja joko rajoitetusti tai eivät lainkaan. Mikään läpikäydyistä ratkaisuista ei ole täydellinen NAC, mutta Juniper Networksin ratkaisu nousee niistä potentiaalisimmaksi jatkokehityksen ja -tutkimuksen kohteeksi TietoEnator Processing & Networks Oy:lle. Eräs keskeinen ongelma NAC-konseptissa on työaseman tietoverkolle toimittama mahdollisesti valheellinen tietoturvatarkistuksen tulos, minkä perusteella pääsyä osittain hallitaan. Muun muassa tähän ongelmaan ratkaisuna voisi olla jo nykytietokoneista löytyvä TPM-siru, mikä takaa tiedon oikeellisuuden ja koskemattomuuden.

Paikannus mobiilipalveluissa

Paikannusta hyödyntävien palvelujen on jo pitkään odotettu kasvavan merkittäväksi liiketoiminta-alueeksi. Näin ei kuitenkaan ole tapahtunut. Paikannukseen perustuvista palveluista ja laitteista on tullut osa monen ihmisten arkipäivää, mutta saatavilla olevien palvelujen määrä on pysynyt alhaisena. Tässä työssä tutkitaan mahdollisuuksia toteuttaa mobiileille päätelaitteille ohjelmallinen paikannuskomponentti, jonka avulla paikannustoiminnot saataisiin helposti sovellusten käyttöön. Samalla paikannusta hyödyntävien sovellusten ja palvelujen toteutus helpottuisi, jolloin niiden yleistyminen olisi entistä paremmin mahdollista. Paikannuskomponentin toteutuksessa haasteena on oikean tekniikan valinta. Erilaisia laite- ja käyttöjärjestelmäalustoja tukevia tekniikoita on olemassa, mutta niiden todellinen yhteensopivuus ei aina ole mutkatonta. Työn tuloksena saatiin kattava kuva markkinoilla olevista yleisimmistä käyttöjärjestelmäalustoista sekä niihin tarjolla olevista sovelluskehitystekniikoista. Lisäksi erityistä huomiota kiinnitettiin alustariippumattomiin tekniikoihin. Työn tuloksena syntynyt demonstraatiosovellus osoittaa, että tavoitteena ollut paikannuskomponentin toteutus on teknisesti mahdollinen.

Benefits and Limitations of Service Oriented Architecture

In this thesis I examine Service Oriented Architecture (SOA) considering both its positive and negative qualities for business organizations and IT. In SOA, services are loosely coupled and invoked through standard interfaces to enable business process independence from the underlying technology. As an architecture, SOA brings the key benefit of service reuse that may mean anything from simple application reuse to taking advantage of entire business processes across enterprises. SOA also promises interoperability especially by the Web services standards that enable platform independency. Cost efficiency is mainly a result of the savings in IT maintenance and reduced development costs. The most severe limitations of SOA are performance implications and security issues, but the applicability of SOA is also limited. Additional disadvantages of a service oriented approach include problems in data management and complexity questions, and the lack of agreement about SOA and its twofold nature as a business as well as technology approach leads to problematic interpretation of the available information. In this thesis I find the benefits and limitations of SOA for the purpose described above and propose that companies need to consider the decision to implement SOA carefully to determine whether the benefits will outdo the costs in the individual case.

Conceptual Interpretation of LOM and its Mapping to Common Sense Ontologies

Peer-reviewed

Avoimen AMR-palvelualustan tiedonsiirtomenetelmien selvitys ja analyysi

Sähköenergiamittareiden etälukuun (AMR) siirtyminen on kasvanut Suomessa, kuten muissakin Euroopan maissa viime vuosina merkittävästi. Tavoitteena on, että vuonna 2014 80 % kaikista Suomen sähköenergiamittareista olisi etäluettavia ja rekisteröisivät tunnittaiset kulutustiedot. AMR-tekniikan avulla voidaan toteuttaa myös muita palveluja kulutustietojen rekisteröinnin lisäksi. AMR-mittareiden etäluenta ja niiden kautta siirrettävät signaalit vaativat mittareilta tiedonsiirtotapoja. Työssä tarkastellaan TeliaSoneran AMR-palvelualustan ominaisuuksia ja arkkitehtuuria. Selvitetään AMR-mittareiden toiminnallisia vaatimuksia ja mahdollisia tiedonsiirtotapoja mittareiden ja etäluentajärjestelmän välillä. Arvioidaan näiden selvitysten perusteella ja myös kustannusten kannalta eri tiedonsiirtomenetelmien soveltuvuutta eri ympäristöihin. Lisäksi suoritetaan arviointi ja käytännön laboratoriotestauksia valitulle sähköverkkoa tiedonsiirrossa hyödyntävälle AMR-mittarille. Tavoitteena on selvittää ja analysoida vertailtavan mittarin yhteensopivuutta TeliaSoneran päätelaitteiden ja AMR-palvelualustan kanssa. Analysoidaan näiden tarkasteltavien mittareiden ominaisuuksia ja elinkaarta. Laboratoriotesteillä selvitetään myös tarkasteltavien sähköverkkotiedonsiirto AMRmittareiden häiriösietoisuutta verkossa esiintyviä häiriöitä vastaan. Näiden pohjalta tehdään johtopäätökset ja suositukset.

Projecte de definició d'un model de gestió de documents electrònics per a l'e-Administració de Catalunya

TFG sobre un projecte de definició d'un model de gestió de documents electrònics, el qual pot ajudar a definir una guia bàsica per a la definició, planificació i execució d'un projecte d'aquestes característiques en el marc de la e-Administració, considerant la dificultat que pot suposar per a determinades administracions, en especial les de menor volum i capacitat, i amb menys infraestructura, adequar un nombre tan elevat de requeriments a la seva realitat de negoci (cultura i processos) i a la seva infraestructura tecnològica, sense oblidar la necessitat de contenir al màxim la despesa.

Palveluväylää hyödyntävät järjestelmäintegraatiot

Tässä työssä kuvataan Lahti Fenix Kuntalaistilijärjestelmän ja Tekla Xcity-järjestelmän välille toteutetun järjestelmäintegraation eri vaiheet. Kuntalaistilijärjestelmä on Lahden kaupungin Fenix-hankkeessa kehitteillä oleva sähköinen palvelualusta, jota pitkin kuntalaisille tarjotaan erilaisia kunnallisia palveluja, kuten vastaanottoaikoja hammaslääkärille. Tekla Xcity on kuntien ja kaupunkien käyttöön tarkoitettu järjestelmä, josta on mahdollista hakea esimerkiksi henkilö- ja paikkatietoja. Aluksi työssä esitellään lyhyesti erilaisia tapoja toteuttaa järjestelmäintegraatioita. Seuraavaksi kiinnitetään erityistä huomiota niin sanottuihin web-palveluihin, joiden etuja ja haittoja arvioidaan käytännön esimerkin kautta. Tässä pidetään viitekehyksenä Kuntalaistilijärjestelmää ja siinä käytettyä palvelukeskeistä arkkitehtuuria. Arkkitehtuurin ja viestiliikenneratkaisujen arvioinnin jälkeen siirrytään käytännön osuuteen, jossa itse järjestelmäintegraatio toteutetaan. Järjestelmäintegraatio toteutetaan käyttäen avoimen lähdekoodin palveluväylää ja sille saatavissa olevia viestintäkehyksiä. Integraation eri vaiheissa tutustutaan erilaisiin viestiliikenneprotokolliin ja niiden käyttöön valittujen viestintäkehysten kanssa. Kunkin protokollan toimivuus varmennetaan analysoimalla integraatioon liittyvien komponenttien ja päätepisteiden välistä tietoliikennettä.

Guidelines for CERIF-XML Data Exchange with CSUC’s Catalan Research Portal (PRC) (Version 2.2)

The Catalan Research Portal (Portal de la Recerca de Catalunya or PRC) is an initiative carried out by the Consortium for University Services in Catalonia (CSUC) in coordination with nearly all universities in Catalonia. The Portal will provide an online CERIF-compliant collection of all research outputs produced by Catalan HEIs together with an appropriate contextual information describing the specific environment where the output was generated (such as researchers, research group, research project, etc). The initial emphasis of the Catalan Research Portal approach to research outputs will be made on publications, but other outputs such as patents and eventually research data will eventually be addressed as well. These guidelines provide information for PRC data providers to expose and exchange their research information metadata in CERIFXML compatible structure, thus allowing them not just to exchange validated CERIF XML data with the PRC platform, but to improve their general interoperability by being able to deliver CERIFcompatible outputs.