Novel tools for conservation genomics: comparing two high-throughput approaches for SNP discovery in the transcriptome of the European hake

The growing accessibility to genomic resources using next-generation sequencing (NGS) technologies has revolutionized the application of molecular genetic tools to ecology and evolutionary studies in non-model organisms. Here we present the case study of the European hake (Merluccius merluccius), one of the most important demersal resources of European fisheries. Two sequencing platforms, the Roche 454 FLX (454) and the Illumina Genome Analyzer (GAII), were used for Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) discovery in the hake muscle transcriptome. De novo transcriptome assembly into unique contigs, annotation, and in silico SNP detection were carried out in parallel for 454 and GAII sequence data. High-throughput genotyping using the Illumina GoldenGate assay was performed for validating 1,536 putative SNPs. Validation results were analysed to compare the performances of 454 and GAII methods and to evaluate the role of several variables (e.g. sequencing depth, intron-exon structure, sequence quality and annotation). Despite well-known differences in sequence length and throughput, the two approaches showed similar assay conversion rates (approximately 43%) and percentages of polymorphic loci (67.5% and 63.3% for GAII and 454, respectively). Both NGS platforms therefore demonstrated to be suitable for large scale identification of SNPs in transcribed regions of non-model species, although the lack of a reference genome profoundly affects the genotyping success rate. The overall efficiency, however, can be improved using strict quality and filtering criteria for SNP selection (sequence quality, intron-exon structure, target region score).

Circula : revue d'idéologies linguistiques, no 1, La médiatisation des idéologies linguistiques : tradition et continuité dans la presse écrite

Le numéro 1 (printemps 2015) contient : partie 1 : Les idéologies linguistiques dans la tradition de la presse périodique. Partie 2 : Enjeux sociaux et politiques des questions de langue et de norme

Urban planning issues related to the development of rail freight

Este trabalho é o relatório de estágio profissional realizado numa companhia francesa de arquitetura, especializado no planeamento urbano, que se-­‐chama AREP. O trabalho desenvolvido teve como objectivo identificar os problemas dos transportes de mercadorias e de logística nas áreas urbanas e da intervenção do planeamento urbano para a mitigação daqueles problemas. Os transportes urbanos de mercadorias são uma prioridade para a definição de políticas num mundo cada vez mais urbanizado. As áreas urbanas necessitam cada vez mais da entrega e recolha de grandes quantidades de mercadorias, resultando na procura de com custos externos elevados e a degradação da qualidade de vida dos residentes. Em 2012, a OECD estimava que as atividades ligadas ao transporte de mercadorias iriam crescer entre 50% e 130% entre 2010 e 2050 nos países da daquela organização. Nos países que não fazem parte da OECD estimava que as atividades iriam crescer entre 250% e 550% durante o mesmo período. Com os problemas já existentes e com o crescimento que está previsto, é importante encontrar soluções que limitem os custos externos e que se encontrem alternativas mais sustentáveis. Tradicionalmente, os formuladores de políticas urbanas tendem a ver os transportes de mercadorias nas áreas urbanas como um problema, em vez de os considerar como um componente essencial do desenvolvimento urbano. Em consequência disso, as políticas implementadas foram desenvolvidas no sentido da restrição na atividade de distribuição de mercadorias. Ao mesmo tempo, os operadores de transporte têm continuado a desenvolver a sua função adequando-­‐se às condições impostas com maiores níveis de eficiência. No entanto, este sucesso tem tido muitos custos externos negativos para a economia, a sociedade e o ambiente. Por isso, os transportes urbanos de mercadorias encontram-­‐se numa tensão constante entre uma logística eficiente e um desenvolvimento urbano sustentável. Hoje, os decisores políticos começam a alterar a perspectiva sobre a intervenção sobre a circulação de transportes de mercadorias, atendendo à sua importância para a economia urbana e, simultaneamente, à necessidade de reduzir os impactes negativos associados ao transporte de mercadorias. Um dos desafios principais é o de compatibilizar as atividades logísticas e os transportes de mercadorias e a preservação das áreas urbanas, minimizando os impactes, garantindo uma boa qualidade de vida para os residentes. Trata-­‐se de um assunto complexo pelos diferentes atores com interesses muitas das vezes conflituantes. A conciliação dos interesses constitui um dos problemas, nomeadamente nas soluções de curto prazo. O espaço disponível para os transportes e as atividades de comércio e serviços emáreas urbanas é limitado. Existe uma grande concorrência sobre o uso do solo urbano entre os diferentes atores.. A necessidade de espaço, conduz a que o sector da logística saía das cidades e se instale nas suas periferias. Esta tendência chama-­‐se ‘logistic sprawl’ e tem vários efeitos negativos, por exemplo, o facto de os veículos terem de percorrer maiores distâncias para os seus clientes nas áreas urbanas. Ao mesmo tempo, os residentes, como consumidores, exigem ter uma grande variedade de produtos disponíveis, esquecendo que para isso há a necessidade de os transportar para e dentro da cidade. Quando as políticas de transportes de passageiros em áreas urbanas se tem vindo a concentrar na alteração modal, do transporte em automóvel para os transportes públicos, ou para a utilização da bicicleta ou a marcha a pé, as políticas de transportes de mercadorias devem igualmente potenciar a utilização de transportes alternativos mais sustentáveis do que o transporte em veículos de mercadorias com motores de combustão interna. Hoje em dia, 75% de todos os transportes de mercadorias por via terrestre a distâncias médias ou longas (mais de 50km), são realizados por via rodoviária. A distâncias mais reduzidas (last mile) essa percentagem é de quase 100%. Estes valores não são compatíveis com um desenvolvimento sustentável. O esforço desenvolvido no sentido da promoção dos modos mais sustentáveis, como a ferrovia e a utilização das vias navegáveis, têm encontrado a oposição das empresas de transporte de mercadorias pois a rodovia é mais flexível (entrega porta-­‐a-­‐porta), com reduzidos custos de utilização de infraestrutura e com custos-­‐fixos mais baixos. Uma cooperação integrada e holística entre os diferentes níveis de governação do território é fundamental, sendo desejável uma maior cooperação entre o sector público e privado. As medidas a implementar têm que ter em conta os problemas a curto e longo prazo. Uma grande variedade de medidas (de regulação, de gestão da infraestrutura, de gestão e ordenamento do território, de promoção e de informação, etc.) têm que ser implementadas e coordenadas em conjunto com o sector privado. As medidas isoladas não resolverão os problemas de transporte de mercadorias na cidade, por isso, o desafio é o de implementar um pacote de medidas diferentes que contribua para uma distribuição das mercadorias mais sustentável, tornando as cidades mais habitáveis. Neste relatório, são discutidas e analisadas as diferentes medidas que podem ser implementadas pelos distintos níveis de governança, incluindo a apresentação de alguns case-­‐studies.

Interoperabilidade ferroviária: infraestrutura (Bitola)

Dissertação para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Civil na Área de Especialização de Vias de Comunicação e Transportes

Via algaliada versus mudança de bitola dos eixos do material circulante

Trabalho Final de Mestrado para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Civil

Avaliação do comportamento e reforço da Ponte de Maçaínhas sob a ação do tráfego ferroviário

A presente dissertação tem como principal objetivo a avaliação do estado de conservação de uma ponte ferroviária metálica centenária para posteriormente se efetuar o reforço desta. O objeto de estudo foi a Ponte de Maçaínhas, uma ponte metálica treliçada que se situa na linha da Beira Baixa permitindo a ligação entre a Guarda e a Covilhã. Este trabalho envolveu um estudo profundo de vários conteúdos normativos relativos a ações em pontes ferroviárias e ações ambientais. Este estudo estende-se ainda ao campo das verificações regulamentares e critérios de segurança estrutural adequadas ao presente contexto. A operação de reforço começou numa rigorosa análise dos componentes estruturais da ponte, através do estudo de plantas e de um extenso registo fotográfico, para posteriormente se conceber um modelo numérico que traduzisse a situação real. Ao modelo concebido foram aplicadas as cargas regulamentares adequadas por forma a entender o comportamento que a ponte apresenta perante estas e se as suas secções transversais apresentam capacidade resistente suficiente. Caso estas não apresentem capacidade resistente suficiente teriam de ser intervencionadas. Concluído o processo de avaliação estrutural e de reforço, procedeu-se à verificação do comportamento da estrutura reforçada perante as ações de projeto. Com isto pretende-se avaliar se os esforços se distribuem da mesma maneira ou se a operação de reforço teve algum efeito na distribuição destes. Por último, para avaliar o comportamento da estrutura perante a passagem de tráfego real, realizaram-se análises dinâmicas que tiveram por base um grupo de veículos que habitualmente circulam na linha da Beira Baixa e um comboio de alta velocidade. Estas análises foram realizadas tanto para a situação pré reforço como pós reforço. Desta forma conseguiu-se fazer um paralelo entre ambas as condições e perceber se a operação de reforço foi bem-sucedida.

Postais azulejados. Decoração azulejar figurativa nas estações ferroviárias portuguesas

A presente tese procura estudar a história, evolução programática e iconografia do conjunto de programas decorativos azulejares encomendados a partir de 1905 para as estações de caminho de ferro portuguesas, num total de meia centena (correspondendo a cerca de quinhentos painéis) dispersa por quase todo o país, a maioria decorada até ao início da década de 1940. Transversal a regiões, encomendadores e cronologias, reproduziu-se massivamente um Portugal ruralizado, de paisagens bucólicas, monumentos de pedra e camponeses trabalhando nas terras ou apascentando rebanhos. Mais do que mera decoração, estes painéis procuravam captar a atenção de locais e forasteiros, numa mostra simultaneamente etnográfica e de promoção turística, concorrendo para a consolidação da figuração no azulejo da primeira metade do século XX. Pretendeu-se com este trabalho traçar, pela primeira vez, a história da azulejaria ferroviária portuguesa, procurando perceber quais as características destes programas e de que modo evoluiram e se encontram interligados entre si. Procedeu-se igualmente ao estudo iconográfico das mais representativas temáticas representadas, através de sua contextualização na arte portuguesa do período entre 1830 e 1940. Paralelamente foi feito um levantamento de todas as estações com decoração figurativa, que se concretizou na construção de fichas de inventário individuais, constantes do Volume II.

Systematic identification of genomic markers of drug sensitivity in cancer cells.

Clinical responses to anticancer therapies are often restricted to a subset of patients. In some cases, mutated cancer genes are potent biomarkers for responses to targeted agents. Here, to uncover new biomarkers of sensitivity and resistance to cancer therapeutics, we screened a panel of several hundred cancer cell lines--which represent much of the tissue-type and genetic diversity of human cancers--with 130 drugs under clinical and preclinical investigation. In aggregate, we found that mutated cancer genes were associated with cellular response to most currently available cancer drugs. Classic oncogene addiction paradigms were modified by additional tissue-specific or expression biomarkers, and some frequently mutated genes were associated with sensitivity to a broad range of therapeutic agents. Unexpected relationships were revealed, including the marked sensitivity of Ewing's sarcoma cells harbouring the EWS (also known as EWSR1)-FLI1 gene translocation to poly(ADP-ribose) polymerase (PARP) inhibitors. By linking drug activity to the functional complexity of cancer genomes, systematic pharmacogenomic profiling in cancer cell lines provides a powerful biomarker discovery platform to guide rational cancer therapeutic strategies.

Phosphodiesterase-5 inhibition mimics intermittent reoxygenation and improves cardioprotection in the hypoxic myocardium.

Although chronic hypoxia is a claimed myocardial risk factor reducing tolerance to ischemia/reperfusion (I/R), intermittent reoxygenation has beneficial effects and enhances heart tolerance to I/R. AIM OF THE STUDY: To test the hypothesis that, by mimicking intermittent reoxygenation, selective inhibition of phosphodiesterase-5 activity improves ischemia tolerance during hypoxia. Adult male Sprague-Dawley rats were exposed to hypoxia for 15 days (10% O₂) and treated with placebo, sildenafil (1.4 mg/kg/day, i. p.), intermittent reoxygenation (1 h/day exposure to room air) or both. Controls were normoxic hearts. To assess tolerance to I/R all hearts were subjected to 30-min regional ischemia by left anterior descending coronary artery ligation followed by 3 h-reperfusion. Whereas hypoxia depressed tolerance to I/R, both sildenafil and intermittent reoxygenation reduced the infarct size without exhibiting cumulative effects. The changes in myocardial cGMP, apoptosis (DNA fragmentation), caspase-3 activity (alternative marker for cardiomyocyte apoptosis), eNOS phosphorylation and Akt activity paralleled the changes in cardioprotection. However, the level of plasma nitrates and nitrites was higher in the sildenafil+intermittent reoxygenation than sildenafil and intermittent reoxygenation groups, whereas total eNOS and Akt proteins were unchanged throughout. CONCLUSIONS: Sildenafil administration has the potential to mimic the cardioprotective effects led by intermittent reoxygenation, thereby opening the possibility to treat patients unable to be reoxygenated through a pharmacological modulation of NO-dependent mechanisms.

Recueil de lettres et de pièces originales, et de copies de pièces indiquées comme telles dans le dépouillement qui suit.

Contient : 1 Lettre de « HENRY [D'ALBRET, roi de Navarre]... à mon cousin monseigneur le grant mestre » ; 2 Lettre, en italien, de « MAXIMILIANO [SFORZA, duc de Milan]... al' illustrissimo... signor gran maestro... Cremonae, XIII junii M.D.XXX » ; 3 Lettre de « P. DE VILLERS L'YLE ADAM,... à monseigneur le mareschal de Montmorency, mon nepveu... De Romme, le XIX septembre 1523 » ; 4 Lettre, en italien, de « THEODORO TRIVULTIO,... al re [François Ier]... De Genova, alli XXX di aprile M.D.XXVIII » ; 5 Lettre, en italien, d'«HANIBALLE GONZAGA,... al christianissimo re... Da Novelara, alli XIIII dijuglio M.D.XXVIII » ; 6 Lettre de « PEDRO NAVARRO,... à monseigneur... le grant maistre, mareschal de France... Escript en gallere, au port de Savonne, le premier jour de janvier » ; 7 Lettre, en italien, d'«il vescovo di Lodi... à monseigneur... gran metre... Di Murano in Venetia, alli XV di agosto M.D.XXIX » ; 8 Lettre de « POMPONIO TRIVULTIO,... à monseigneur... le grant maistre... Escript à Lyon, le IIe de juin » ; 9 Lettre, en italien, de « FRANCISCUS [SFORZA, duc de Milan]... reverendissimo... domino Gaspari, equiti Landriano, consiliario et oratori nostro dilectissimo... Cremone, XVIIIa 9bris 1526 ». Copie ; 10 « Copia di lettere venute da Granata, di 9 di ottobre 1526 » ; 11 Lettre, en italien, d'«ANTONIO DORIA,... allo illustrissimo... monsignor lo gran maestro... Da Marsegia, a li XV de agosto M.D.XXVIIII » ; 12 Lettre, en italien, de « GUIDO RANGONE,... al' illustrissimo... monsignor lo gran maestro di Franza... Di Carignano, a li 14 octobre 1536 » ; 13 Lettre, en italien, de « GUIDO RANGONE,... al' illustrissimo... monseigneur lo maestro di Franza, luocotenente di S. Mta... Di Carignano, a li 15 d'ottobre 1536 » ; 14 Lettre, en italien, de « GUIDO RANGONE,... al' illustrissimo... monseigneur il gran maestro di Franza... Di Carignano, il XIII octobre 1536 » ; 15 Lettre, en italien, d'«ALESANDRO DI PEPULI, PHILIPPO DI PEPULI, HIERONYMO DI PEPULI,... allo illustrissimo... monsignor il gran mestro del re christianissimo... De Bologna, alli 20 de ottobre M.D.XXVIII » ; 16 Lettre de « POMPONIO TRIVULTIO,... à monseigneur le grant maistre... Escript à Lyon, le XVIIe jour de janvyer » ; 17 Lettre, en italien, de « GREGORIO CASALE,... Da Roma, alli 24 di marzo 1531 » ; 18 Lettre, en italien, de « GREGORIO CASALE,... Da Roma, alli 24 di marzo M.D.XXXI » ; 19 Lettre, en italien, de « GUIDO RANGONE,... al' illustrissimo... monseigneur lo gran maestro di Franza... De Venetia, l'ottavo de zugno 1530 » ; 20 Lettre, en espagnol, de « los consellers de Barcelona » à « lo señor... capita de Lengadoc... De Barcelona, a XXXI de juliol any mil D.XXVI » ; 21 Lettre, en italien, adressée à « l'illustrissimo... D. Julio de Sancto Severino, regio capitaneo et consiliario... In Gisies, a li XIIII di agosto M.D.XXVI » ; 22 Lettre, en italien, de « JANUS LASCARIS,... In Vicenza, a di XIIII de agosto M.D.XXII » ; 23 Lettre, en italien, d'«el datario... a monsignor... el gran maestro... Da Roma, alli XIX de juio M.D.XXVI » ; 24 Lettre, en italien, de « JOVANNE CLEMENTE STANGHA,... allo illustrissimo... monsignore el gran maestro... Data in Paris, alli 22 aprile del 1531 » ; 25 Lettre, en italien, d'«el datario... a monsignor... el gran mastro... Da Roma, alli XXI di aprile M.D.XXVI » ; 26 Lettre, en espagnol, de « l'obispo de Ciguença... al muy noble señor, museñor de Clermunt, teniente de governador de Llenguadoc... De Monçon, a X de junio de M.D.XXVIII° » ; 27 Lettre, en italien, de « THEODORO TRIVULTIO,... a monsignor... il gran maestro de Franza... Da Alexandria, allo ultimo de febraro M.D.XXVIIII » ; 28 Lettre de « THEODORO TRIVULTIO,... à monseigneur... le grant maistre... De Lyon, ce XIXe de mars » ; 29 Lettre de « POMPONIO TRIVULTIO,... au roy... Escript à Lyon, le XXIIme jour de mars » ; 30 Lettre d'«UGO DI PEPOLI,... à monseigneur... de Monmorancy, mareschal de France... De Olege, ce dernier jour de janvier » ; 31 Lettre de « POMPONIO TRIVULTIO,... à monseigneur... le grant maistre... Escript à Lyon, ce XVIIme jour [de] janvyer » ; 32 Lettre de « POMPONIO TRIVULTIO,... à monseigneur... le grant maistre... Escript à Lyon, ce IIe de may » ; 33 Lettre de « POMPONIO TRIVULTIO,... à monseigneur... le grant maistre... Escript à Lyon, ce XXIIIe may » ; 34 Lettre de « POMPONIO TRIVULTIO,... à monseigneur... le grant maistre... Escript à Lyon, ce XVIIe may » ; 35 Lettre de « POMPONIO TRIVULTIO,... à monseigneur... le grant maistre... Escript à Lyon, ce XIe jour d'apvril » ; 36 Lettre de « POMPONIO TRIVULTIO,... à monseigneur... le grantmaistre... Escript à Lyon, le cinquiesme du moys de may » ; 37 Fragment, en italien, sur la république de Venise et le duché de Barri ; 38 Lettre, en italien, de « PIRRHO GONZAGA,... al re [François Ier]... Da Orivieto, al' ultimo di Xbre M.D.XXVII » ; 39 Lettre, en italien, d'«ANTONIO DORIA,... a lo illustrissimo... el signor... gran maestro [di] Franza... Da Genova, al primo d'agosto M.D.XXVIII » ; 40 Lettre, en italien, d'«ANSALDO DE GRIM[A]LDO,... allo illustrissimo... monsignor gran maistro de Franza... Scritta in Orvietto, a di II junio M.D.XXVIII » ; 41 Lettre, en italien, de « GALEATIO VESCONTE,... al' illustrissimo signor Pomponio Trivultio, governador de Lione... Dal Campo a Loesa, al primo de settembre 1528 » ; 42 Lettre, en italien, avec chiffre, de « BILIA,... al signor JO. Francesco Zaberna, oratore de lo... duca de Milano... De Burgos, XXII novembre M.D.XXVII » ; 43 Lettre, en italien et en chiffre, de « JO. ANTONIO BILIA,... al' illustrissimo signore... el signore duca de Milano... De Burgos, XXII novembris 1527 » ; 44 Lettre, en italien, de « JOACHIN [DE VAULX]... allo illustrissimo... signor [gran maestro] di Francia... Scritta de Viterbo, el XVI d'agosto 1528 » ; 45 Lettre, en latin, de « JOHANNES DIESBACH, locumtenens illustrissimi domini marescalli de Momoransi, capitaney generalis exercitus Helveciorum et alii capitaney totius lige Elveciorum de presente in exercitu regio existentes... illustrissimo principi, domino duci Veneciarum et magnificis dominis senatoribus venetis... In felicibus castris regiis apud Abietem Grassum, die primo martii 1524 » ; 46 Lettre, en italien, de « JOACHIN [DE VAULX]... allo illustrissimo... signor gran maestro di Francia... Da Cales, el XVIIII genaro 1530 » ; 47 Lettre, en italien, de « JOAN BAPTISTA DA PONT,... à monseigneur... le grant maestre de France... In Lode, a li 23 de zugno 1529 » ; 48 Lettre, en italien, de « BALDASSARTE » et de « CARDUCCI,... [all'] illustrissimo... signore monsignor il gran mastro di Francia... D'Angulem, il giorno XXXI julii M.D.XXX » ; 49 Lettre, en italien, de « SIMONE DE THEBALDI,... allo illustrissimo... signore monsignor de Momoransi, gran mastro de Francia... In Barletta, a di XVIII de mayo 1529 » ; 50 Lettre, en italien, de « JOACHIN [DE VAULX]... al' illusfrissimo... signor gran maestro de Francia... Da Londra, XXIIII ottobre M.D.XXX » ; 51 Lettre, en italien, de « JOACHIN [DE VAULX]... al' illustrissimo... signor gran maestro de Francia... D'Amptoncort, lo VIII ottobre M.D.XXX » ; 52 Lettre, en italien, de « PETRO BIRAGO,... al' illustrissimo... monsignor maresial de Memoransi,... In Ferara, octavi junii 1525 » ; 53 Lettre, en italién, de « LODOVICO CATO,... al magnifico... signor... de Sormano,... A Bordeos, alli V di junio M.D.XXX » ; 54 Lettre, en italien, de « GALEATIO VESCONTE,... In Lione, a li XXIIII octobre » ; 55 Lettre, en italien, de « GALEATIO VESCONTE,... à monseigneur... le grant maistre de France... Dato in Alexandria, a li XX de aprile » ; 56 Lettre, en italien, de « GALEATIO VESCONTE,... allo illustrissimo signore gran maestro... In Lyon, alli 29 settembris » ; 57 Lettre, en italien, de « OTTAVIANO GRIMALDO,... al' illustrissimo... signor maresial de Montmoranci,... Scritta in Venetia, a di XXVIIIImo zenaro » ; 58 Lettre, en italien, de « MAXIMILIANO [SFORZA, duc de Milan]... à monseigneur le grant mestre de France » ; 59 « Extratto di cyfra... De Lodi, XIX avost ». Copie ; 60 Lettre d'«el secretario veneto... allo illustrissimo... mons. el gran maestro... Da Bles, alli 2 octobre 1526 » ; 61 « Extraict de la lettre cinquiesme du seigneur OCTAVYAN GRIMALDO, ordonnée lui expedier par messeigneurs les commissaires ». Copie ; 62 Lettre de « MICHEL ANTHOINE DE SALLUCES,... au roy [François Ier]... A Sainct Pierre, le Vme jour d'octobre... V.C.XXIIII ». Copie ; 63 Lettre de « RENZO DE CERE,... à monseigneur le grand maistre de France... De Ligerne, ce VIIIme jour de fevrier » ; 64 Nouvelles d'Italie, lettre écrite « de Lodi, 13 marzo 1529 ». Copie ; 65 Lettre, en italien, de « JOACHIN [DE VAULX]... al' illustrissimo... signor gran maestro de Francia... Fatta et X novembre M.D.XXX » ; 66 Lettre, en italien, de « JOACHIN [DE VAULX]... all' illustrissimo [signor gran maestro de Fran]cia... Da Vinetia, el XV luglio 1529 » ; 67 Lettre, en italien, de « JACOBO NOMISCHIO,... Da Napoli, a 21 magio 1529... Copia... intercetta in Puglia » ; 68 Lettre de « JOANNA... DE GONZAGA,... allo illustrissimo... mons. di Momoransi,... In Bozolo, al XII de febraro del 1528 » ; 69 Lettre de « GLAUDE DE DURRE,... au roy... Escript en vostre ville de Marseille, ce XVIIIe de decembre »