A paisagem de Vila Real de Santo António dos areais da orla às vertentes da Serra

A desembocadura do Guadiana alargada ao estuário constitui, pela sua diversidade, uma paisagem muito particular na região do Algarve, marcada pela aproximação à orla marítima dos montículos serranos do maciço Hespérico. O barrocal de solos calcários, subunidade intermédia entre a serra do Caldeirão e a faixa litoral, estreita-se a partir do termo de Faro aos campos e almargens de Tavira, dando lugar pelas alturas de São Bartolomeu, na aproximação ao rio, à paisagem dos sapais. Castro Marim, quase na foz, ocupa já, em parte, os outeiros da serra, encerrando a nascente um alinhamento de aglomerados de pequena ou média dimensão que, de Barlavento a Sotavento, marcam a proximidade ao vale do triássico na transição entre o maciço Antigo e o Baixo Algarve.

La tradición oral en el antiguo testamento. Aproximación al legado de los patriarcas

Há muito que, graças a diversos investigadores (Frazer, Gaster, Patai, etc.), se sabe ter o texto da Bíblia chegado até nós cheio de episódios e motivos que aparecem também nas epopeias de outros povos vizinhos de Israel (o Grande Dilúvio, o menino no cestinho de vime, a Torre de Babel...), todas elas, em geral, anteriores à narrativa bíblica. Mas, deixando de lado a questão das datas e fontes do Pentateuco, assim como da sua relação com as epopeias limítrofes, é possível verificar também que existem episódios que estão, ao mesmo tempo, na Bíblia e na literatura oral moderna e, além disso, que certas passagens bíblicas aproveitaram sequências narrativas que existiam previamente na tradição oral, antes de passarem ao texto escrito. Esta incorporação efectuou-se não de forma inócua, mas sim de acordo com determinada função: validar e justificar origens e actuações. Mostrar este facto é o objectivo do presente artigo (o primeiro duma prevista série de três), em que tratamos sobretudo do episódio de Judá e Tamar (Gén. 38).

Variabilidade genómica de Citrus tristeza virus e transformação genética de Citrus aurantium L. com vista à obtenção de resistência

Tese de dout., Biologia, Faculdade de Engenharia de Recursos Naturais, Univ. do Algarve, 2003

Evolução paleoambiental holocénica dos estuários dos rios Guadiana e Arade com base nas associações fósseis de foraminíferos bentónicos

Dissertação de mest., Estudos Marinhos e Costeiros, Faculdade de Ciências do Mar e do Ambiente, Univ. do Algarve, 2004

Growth conditions, omega - 3 fatty acid concentrations and gene expression of fatty acid desaturases in Portulaca oleracea leaves

Tese de dout., Ciências Biotecnológicas (Biotecnologia Vegetal), Univ. do Algarve, 2009

Caractérisation des mécanismes d’action du microARN 169 chez Arabidopsis thaliana

Dissertação de mest., Engenharia Biológica, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Univ. do Algarve, 2011

Desenho e implementação de ferramentas de e-learning: uso mais eficiente de objectos de aprendizagem

Dissertação de mest., Engenharia Electrónica e Telecomunicações, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Univ. do Algarve, 2010

Identificação e caracterização de duas isoformas da Ferritina da amêijoa R. decussatus e avaliação de algumas das suas propriedades biológicas

Dissertação de mest., Biologia Molecular e Microbiana, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Univ. do Algarve, 2011

Coreference resolution for portuguese using parallel corpora word alignment

A área de Extração da Informação tem como objetivo essencial investigar métodos e técnicas para transformar a informação não estruturada presente em textos de língua natural em dados estruturados. Um importante passo deste processo é a resolução de correferência, tarefa que identifica diferentes sintagmas nominais que se referem a mesma entidade no discurso. A área de estudos sobre resolução de correferência tem sido extensivamente pesquisada para a Língua Inglesa (Ng, 2010) lista uma série de estudos da área, entretanto tem recebido menos atenção em outras línguas. Isso se deve ao fato de que a grande maioria das abordagens utilizadas nessas pesquisas são baseadas em aprendizado de máquina e, portanto, requerem uma extensa quantidade de dados anotados.

Identification of genes regulated by mir-363*, a regulator of bone marrow endothelial cell properties

As células estaminais hematopoiéticas residem na medula óssea e possuem capacidade para se auto-renovar e dar origem a todos os tipos de células sanguíneas. O endotélio da medula óssea é constituído por células endoteliais de medula óssea (BMEC) e compreende dois nichos com funções distintas: o nicho osteoblástico e o nicho vascular. O nicho osteoblásctico proporciona condições para a quiescência de células estaminais hematopoiéticas, enquanto no nicho vascular ocorre proliferação e diferenciação das mesmas. Quando ocorre um desequilíbrio na expressão de genes que codificam para proteínas envolvidas na mobilização de células do nicho osteoblástico para o nicho vascular – factores angiócrinos – ocorre uma desestabilização do microambiente medular, que se pode traduzir num processo tumoral. Os microRNAs (miRNAs) são uma classe de RNAs não codificantes, de cadeia simples, que regula a expressão génica. Os miRNAs são sequências endógenas de RNA que possuem entre 19 e 25 nucleótidos de tamanho. Os miRNAs são reguladores da expressão genica, induzindo o silenciamento a nível da pós-transcrição, através da sua ligação com uma sequência específica para a qual possuem afinidade, na região 3’ não traduzida (3’ UTR) dos seus mRNA alvo, conduzindo à inibição da tradução ou à sua degradação. Os miRNAs estão envolvidos na regulação de genes de diversas vias afectando processos fundamentais como hematopoiese, apoptose, proliferação celular e tumorigénese. Os níveis de expressão dos miRNAs estão alterados no cancro, podendo actuar directamente como supressores de tumor ou como oncogenes, sendo neste caso denominados de oncomirs. Os perfis dos níveis de expressão de vários miRNAs foram estudados, tendo-se verificado que se alteram durante o processo de carcinogénese, podendo actuar directamente como supressores de tumor ou como oncogenes, sendo neste caso denominados de oncomirs. Apesar do miR-363* estar envolvido na regulação da expressão de genes que regulam propriedades das células endoteliais e medula óssea, os genes sobre os quais exerce a sua função ainda não foram identificados.O objectivo do presente estudo é a identificação dos genes directamente regulados pelo miR-363* (genes alvo) e a sua relevância para a disfunção medular e a sua caracterização nos síndromes mielodisplásicos. A estratégia usada baseou-se na redução ou aumento forçados dos níveis de miR-363* em células endoteliais e subsequente análise da expressão génica através de microarrays de cDNA do genoma humano. A redução do miR-363* vai implicar o aumento da expressão dos seus genes alvo, assim como o aumento dos níveis do miR-363* vai induzir a degradação e consequente redução dos seus genes alvos. A intersecção dos dados gerados através do estudo da expressão com bases de dados que possuem algoritmos para previsão de genes alvo directos dos miRNAs (miRBase e MicroCosm Targets) permitiu restringir os genes a analisar a sete genes, nomeadamente BST1, ESAM, FCER1G, IKBKG, SELE, THBS3 e TIMP1. A interacção directa destes candidatos a alvos directos do miR-363* foi posteriormente validada. Para tal, as 3’UTR dos genes foram clonadas num vector que contém o gene da luciferase. Uma vez as clonagens realizadas, efectuaram-se ensaios funcionais em células endoteliais, nomeadamente HUVEC, nas quais se co-transfectaram os vectores gerados, anti-miRs ou pre-miRs (para diminuir ou aumentar o nível de miRNA) e o plasmídeo controlo da Renilla para normalização dos ensaios de luciferase. A variação da luminescência obtida em presença do aumento ou redução do miR-363* deu uma forte indicação da regulação directa do miR-363* nesses alvos. No entanto, a confirmação desta interacção directa foi efectuada através de ensaios de mutagénese, nos quais de induziram mutações na 3’UTR nos locais de ligação do miRNA, seguidos dos ensaios funcionais como acima descritos. Esta estratégia sugere que o TIMP1, inibidor da metaloprotease-9 (MMP-9), é regulado directamente pelo miR-363*. Adicionalmente, os níveis de expressão dos alvos directos do miR-363* foram estudados em 17 amostras de aspirados de medula óssea de doentes com síndromes mielodisplásicos. Os síndromes mielodisplásicos são caracterizados como um grupo heterogéneo de condições, que apresentam citopenias (produção deficiente de eritrócitos, leucócitos e/ou megacariócitos) e medula óssea displástica e hipercelular. A escalonagem dos doentes foi feita de acordo com o sistema de prognóstico IPSS elaborado pela Organização Mundial de Saúde, e que consiste numa tabela de risco de progressão de síndromes mielodisplásicos para leucemia mielóide aguda (LMA) e que agrupa os doentes em baixo risco – que compreende os níveis baixo e intermédio 1 – e em alto risco – que compreende os níveis intermédio 2 e alto. Dos genes regulados pelo miR-363*, o destacam-se o TIMP1, estando aumentando em doentes com mau prognóstico, e o THBS3 que apresenta um aumento nos doentes com prognóstico intermédio. Em suma, os estudos realizados permitiram a identificação de genes regulados pelo miR-363* e contribuiram para o conhecimento de como o miR-363* contribui para a disfunção medular, particularmente em síndromes mielodisplásicos, pela desregulação das propriedades endoteliais.

Filodinâmica do vírus da tristeza dos citrinos: epidemiologia molecular e biologia evolutiva

O Citrus tristeza virus (CTV), responsável por várias doenças em citrinos, é um dos maiores condicionantes da citricultura a nível mundial. Existem diversos isolados de CTV com diferentes características biológicas e moleculares, sendo que os sintomas causados pelo vírus dependem essencialmente do isolado viral e da combinação variedade/porta-enxerto. A implementação de medidas de controlo da doença depende, em grande parte, do tipo de isolados presentes numa dada região. No Capítulo 2, efetuou-se uma análise comparativa entre dois métodos de tipificação de isolados de CTV e verificou-se que a caracterização por PCR assimétrico-ELISA, que considera a existência de sete grupos, é mais adequada à descrição da estrutura genética de CTV. Estes resultados foram complementados com o estudo da dinâmica de colonização de cada grupo filogenético através de um imuno-ensaio in situ (Capítulo 3). Os resultados obtidos sugerem que os isolados de CTV diferem na quantidade de células infetadas e que essa diferença parece estar relacionada com a severidade do isolado. No Capítulo 4, o estudo da variabilidade genómica da região 3’ terminal permitiu verificar que a estrutura de grupos obtida para o gene da proteína da cápside (CP) é extensível a toda a região 3’ terminal que contém os genes mais fortemente implicados na interação com o hospedeiro. A estabilidade da estrutura genética nesta região foi também inferida a partir da pesquisa de eventos de recombinação. Os resultados sugerem uma baixa frequência de recombinação entre isolados de CTV, mesmo em isolados contendo mistura de haplótipos e mantidos há mais de 12 anos no mesmo hospedeiro. Adicionalmente, foi estimada a taxa de evolução de CTV através de um método estatístico Bayesiano (Capítulo 5). Para tal, foram usadas sequências do gene da CP de isolados de diversas regiões do mundo, pertencentes a diferentes grupos filogenéticos e obtidas entre 1990 e 2010. A taxa média de evolução estimada foi de 1,58 X 10-4 substituições nucleotídicas / ano. No geral, os resultados destes dois capítulos mostram que os isolados de CTV mantêm uma elevada estabilidade genética ao longo do tempo. Finalmente, no Capítulo 6, foi estudada a situação epidemiológica de CTV em Portugal continental a partir de isolados de CTV recolhidos no campo, onde se verificou que a maioria das árvores infetadas era composta por isolados de CTV pertencentes ao grupo M, ou seja isolados considerados suaves e que não provocam sintomas severos.

Application of molecular tools for detection of plant viruses

Grapevine leafroll disease (GLRD) is one of the most important virus diseases of grapevines worldwide, causing major economical impact. The disease has a complex aetiology and currently eleven phloem-limited viruses, termed in general Grapevine leafroll-associated virus (GLRaVs), have been identified. Two of the GLRaVs, GLRaV-1 and GLRaV-3, are included in the European certification scheme of propagation material. However, the flawed notion that GLRaV-3 is more frequent than GLRaV-1 and that all other GLRaVs are possibly not as relevant for GLRD, has until now precluded the development of specific serological and molecular detection assays and limited the scope of molecular characterization of the viruses known to be associated with the disease. Hence, few studies have addressed the phylodynamics of GLRaVs or even characterized the genetic structure of their natural populations. This generalized lack of molecular information, in turn underlie the deficient capacity to detect the viruses. The phylogenetic analyses were conducted on the basis of the heat shock protein 70 homologue (HSP70h) and the coat protein (CP) genes for GLRaV-1 and the HSP70h, the heat shock protein 90 homologue (HSP90h) and the CP genes for GLRaV-5. The data obtained for GLRaV-1 contributed 83 new CP sequences. This information was combined with previous analysis by other authors and used for the production of new polyclonal IgG, capable of detecting CP variants from all the phylogroups observed. Successful testing of this new tool included tissue print immunoblotting (TPIB) and in situ immunoassay (ISIA). The data obtained for GLRaV-5, contributed 61 new CP and 28 new HSP90h gene sequences. Eight phylogenetic groups were identified on the basis of the CP. Characterization of the genetic structure of the isolates revealed a higher diversity than previously reported and allowed the identification of dominant virus variants. For both GLRaV-1 and GLRaV-5, the effect of vegetative propagation on the virus transmission dynamics was addressed.

Banca de empresas: gestão de alertas e rendibilidade do negócio

O presente trabalho incide sobre o meu percurso profissional com especial relevância na função que desempenho na Caixa Geral de Depósitos1 como Coordenadora de um Gabinete Empresas2. Em 1994, após um período de estágio, ingressei nos quadros da Caixa, maior banco português, no qual desenvolvi todo o meu currículo profissional. Com efeito, passei por diversas unidades de negócio – agência, direção e gabinete – nas quais experienciei e adquiri conhecimentos que consolidei ao longo dos anos, num processo contínuo de aprendizagem do negócio bancário, percurso que descrevo exaustivamente no Curriculum Vitae integrado no presente relatório. A par das competências adquiridas na Caixa em ambiente de trabalho, a formação académica no âmbito da gestão empresarial, na qual se enquadra o presente curso de mestrado, revelou-se essencial no meu crescimento profissional, munindo-me de competências técnicas/científicas relevantes e de aplicabilidade diária. Este facto é particularmente evidente na função que desempenho como Coordenadora de um Gabinete Empresas, unidade bancária totalmente focada no negócio empresarial, destacando a relevância das áreas curriculares de recursos humanos, avaliação de empresas e estratégia. Com efeito, poderá considerar-se que a gestão empresarial na minha atividade profissional é aplicada numa dupla vertente: a de gerir uma unidade de negócio bancário, neste caso um Gabinete Empresas, e; na análise dos variados negócios/projetos dos clientes empresa que constam da carteira do Gabinete, área que inerente tem uma vertente de consultoria. Assim, inerente à minha função, e em alinhamento com as estratégias globais e objetivos definidos na Caixa e respetivas direções, e cumprindo com o normativo existente e delegação de competências atribuída, coordeno o Gabinete nas várias vertentes: financeira, operacional, comercial e recursos humanos. Na sequência, defino objetivos ao nível do Gabinete, analiso, formulo e implemento estratégias que visem a sua prossecução, defino planos de atuação e controlo os desvios. A gestão de uma unidade de negócio exige-me ainda um acompanhamento contínuo dos indicadores de negócio e financeiros através das demonstrações financeiras disponibilizadas numa ótica de potenciar a rendibilidade e solidez. Na vertente de recursos humanos, procuro desenvolver competências que permitam aos colaboradores elevar o desempenho das suas funções, defino objetivos individuais de melhoria que, a par com os outros critérios de avaliação definidos na Caixa, contribuem para a avaliação de desempenho, processo que asseguro no Gabinete. No que respeita à vertente comercial participo na negociação com os clientes, acompanho, analiso e emito pareceres técnico/comerciais e decido sobre crédito e demais produtos que constituem a oferta bancária da Caixa. E é inerente ao crédito, maior ativo de um banco, identificado também como de elevada exigência em termos de análise de risco, que desenvolvo no presente relatório de atividade profissional a temática da gestão de sinais de alerta. Esta matéria é de relevância na função que desempenho e consiste na identificação e validação de sinais de alerta, tomando-se decisões face ao risco de crédito percecionado com vista a potenciar a rentabilidade do banco. Pretendo assim identificar de que forma a gestão dos alertas influi na solidez financeira do banco e a sua importância no atual contexto económico.

An integrated and comparative approach to genetic selection of the aquaculture species Dicentrarchus labrax

The European sea bass, Dicentrarchus labrax, is one of the most important marine species cultivated in Southern Europe and has not benefited from selective breeding. One of the major goals in the sea bass (D. labrax) aquaculture industry is to understand and control the complexity of growth associated traits. The aim of the methodology developed for the studies reported in the thesis was not only to establish genetic and genomic resources for sea bass, but to also develop a conceptual strategy to efficiently create knowledge in a research environment that can easily be transferred to the aquaculture industry. The strategy involved; i) establishing an annotated sea bass transcriptome and then using it to, ii) identify new genetic markers for target QTL regions so that, iii) new QTL analysis could be performed and marker based resolution of the DNA regions of interest increased, and then iv) to merge the linkage map and the physical map in order to map the QTL confidence intervals to the sea bass genome and identify genes underlying the targeted traits. Finally to test if genes in the QTL regions that are candidates for divergent growth phenotypes have modified patterns of transcription that reflects the modified whole organism physiology SuperSAGE-SOLiD4 gene expression was used with sea bass with high growth heterogeneity. The SuperSAGE contributed to significantly increase the transcriptome information for sea bass muscle, brain and liver and also led to the identification of putative candidate genes lying in the genomic region of growth related QTL. Lastly all differentially expressed transcripts in brain, liver and muscle of the European sea bass with divergent specific growth rates were mapped to gene pathways and networks and the regulatory pathways most affected identified and established the tissue specific changes underlying the divergent SGR. Owing to the importance of European sea bass to Mediterranean aquaculture and the developed genomics resources from the present thesis and from other studies it should be possible to implement genetic selection programs using marker assisted selection.

Estrutura de comunidades de peixes, amostradas por SVSI - sistema de vídeo subaquático iscado, na Costa Sul de Portugal

Desenvolveu-se um Sistema de Vídeo Submerso Iscado (SVSI) viavelmente adaptado para caracterizar comunidades de peixes do substrato rochoso subtidal (forma não-destrutiva e não-invasiva), entre 5 e 50 metros, na costa sul de Portugal (Algarve). Entre Junho e Julho de 2013, amostraram-se 15 pontos na zona Greta (Praia de Faro), divididos em 3 Amostragens (A1, A2, A3) com isco sardinha, mexilhão e sem isco. Captaram-se foto-sequências de intervalo 1 segundo durante 60 minutos e as imagens resultantes processadas qualitativa e quantitativamente para obtenção de resultados. Registaram-se 32 espécies no total. Os tempos de entrada do 1º indivíduo de cada espécie permitiram aferir 30 minutos máximos de filmagem SVSIs para resultados viáveis, enquanto abundâncias por número de indivíduos comprovaram o isco sardinha como mais eficaz e com maior poder atrativo (do que mexilhão). As espécies Coris julis, Diplodus vulgaris, Diplodus cervinus, Diplodus sargus e Serranus cabrilla foram as mais interventivas no estudo, cujo intervalo de tempo entre contagens se adequou em 30 segundos. O estudo de índices de abundâncias e Nmax mostraram não existirem diferenças entre as comunidades ictiológicas de cada tipo de iscagem, contudo existem diferenças dentro da comunidade geral em si do substrato rochoso. A análise alimentar pelo menor tempo de 1ª alimentação indicou Coris julis, Diplodus vulgaris, Serranus cabrilla e Octopus vulgaris como as espécies mais rápidas a morder os iscos. No geral, 69% das espécies preferiram isco sardinha. Comportamentos como a passagem esporádica, territorialidade e interações com a câmara foram as ações dominantes na análise comportamental. Esta técnica e respetiva metodologia foram o primeiro estudo do género nesta região, que de forma simples, se mostrou uma boa ferramenta metodológica para estudos marinhos sobre comunidades, suas preferências alimentares, abundâncias e tempos de reação, aconselhando-se o seu desenvolvimento tecnológico e melhoramento metodológico analítico dos resultados no futuro.