Biochemistry I. Unit 4

Unit 4. Carbohydrates

Biochemistry I. Unit 5

Unit 5. Lipids

Biochemistry I. Unit 6

Unit 6. Biomembranes and Transport

Biochemistry I. Unit 7

Unit 7. Structure and function of nucleic acids

Biochemistry I. Unit 8 - DNA replication

U8. DNA replication

Biochemistry I. Unit 8 - DNA repair

U8. DNA repair

Biochemistry I. Unit 8 - Recombination

U8. Recombination

English as the medium of instruction: a response to internationalization

The status of English as a lingua franca has led European universities to implement the use of this language as a medium of instruction (EMI). This study presents an analysis of the status quo of EMI at the University of Alicante. It takes into account the institution`s language policy and the programs which offer subjects in English, as well as the challenges, needs and benefits of the professors and students. Qualitative and quantitative data was collected by means of questionnaires and semi-structured interviews. The findings of this needs analysis will help us to create an action plan that will include teacher and student training schemes to foster internationalization.

Trabajo de coordinación para la implementación del cuarto curso del Grado en Química

En el curso 2013-14 se implantará el cuarto y último curso del Grado en Química. La experiencia adquirida durante la implementación de los tres primeros cursos ha puesto de manifiesto la conveniencia de realizar un proceso de coordinación entre los profesores de las diferentes asignaturas que garantice la consecución de las competencias previstas en la memoria del título. Por ello, se ha creado en la Facultad de Ciencias de la Universidad de Alicante una red de investigación en docencia universitaria que ha estado trabajando desde el inicio del presente curso académico en este tema. Dicha red está constituida por el Vicedecano de Ordenación Académica de la Facultad de Ciencias, la Coordinadora Académica de Química y los profesores coordinadores de todas las asignaturas del 4º curso del grado (excepto Prácticas Externas y Trabajo Fin de Grado). En esta comunicación se presentarán los resultados del trabajo de investigación realizado por estos profesores que ha permitido elaborar las guías docentes de las asignaturas, planificar y coordinar las actividades a realizar para que los alumnos adquieran las competencias transversales, realizar un cronograma de actividades de evaluación y otro de prácticas de laboratorio que asegure la distribución homogénea del trabajo del alumno durante el curso académico.

Revisión del sistema de evaluación en la asignatura Bioquímica de Grado en Enfermería

En este trabajo se presenta un análisis de los diferentes sistemas de evaluación utilizados en la asignatura de Bioquímica durante los tres primeros años de implantación del Grado en Enfermería. Para ello, se revisa el uso de las distintas herramientas empleadas en los tres cursos académicos, se analizan las ventajas e inconvenientes de cada una de ellas estableciendo un paralelismo con los resultados de aprendizaje de los alumnos. Finalmente, se determina qué sistema de evaluación, dentro del marco de EEES, refleja mejor el conocimiento y aptitudes adquiridas por el alumnado en esta asignatura. Este trabajo ha sido abordado a través del proyecto “Redes de Investigación en Docencia Universitaria”, organizado por el Instituto de Ciencias de la Educación, con el fin de mejorar la calidad de la enseñanza y la adaptación de la asignatura Bioquímica a los nuevos planes de estudio.

The structure of a PII signaling protein from a halophilic archaeon reveals novel traits and high-salt adaptations

To obtain insights into archaeal nitrogen signaling and haloadaptation of the nitrogen/carbon/energy-signaling protein PII, we determined crystal structures of recombinantly produced GlnK2 from the extreme halophilic archaeon Haloferax mediterranei, complexed with AMP or with the PII effectors ADP or ATP, at respective resolutions of 1.49 Å, 1.45 Å, and 2.60 Å. A unique trait of these structures was a three-tongued crown protruding from the trimer body convex side, formed by an 11-residue, N-terminal, highly acidic extension that is absent from structurally studied PII proteins. This extension substantially contributed to the very low pI value, which is a haloadaptive trait of H. mediterranei GlnK2, and participated in hexamer-forming contacts in one crystal. Similar acidic N-extensions are shown here to be common among PII proteins from halophilic organisms. Additional haloadaptive traits prominently represented in H. mediterranei GlnK2 are a very high ratio of small residues to large hydrophobic aliphatic residues, and the highest ratio of polar to nonpolar exposed surface for any structurally characterized PII protein. The presence of a dense hydration layer in the region between the three T-loops might also be a haloadaptation. Other unique findings revealed by the GlnK2 structure that might have functional relevance are: the adoption by its T-loop of a three-turn α-helical conformation, perhaps related to the ability of GlnK2 to directly interact with glutamine synthetase; and the firm binding of AMP, confirmed by biochemical binding studies with ATP, ADP, and AMP, raising the possibility that AMP could be an important PII effector, at least in archaea.

Study of zinc protein ligands in a halophilic enzyme

Glucose dehydrogenase (EC 1.1.1.47) from the halophilic Archaeon Haloferax mediterranei belongs to the medium-chain alcohol dehydrogenase superfamily and requires a zinc ion for catalysis. The zinc ion is coordinated by a histidine, a water molecule and two other ligands from the protein or the substrate, which vary during the catalytic cycle of the enzyme. In many enzymes of this superfamily one of the zinc ligands is commonly cysteine, which is replaced by an aspartate residue at position 38 in the halophilic enzyme. This change has been only observed in glucose dehydrogenases from extremely halophilic microorganisms belonging to the Archaea Domain. This paper describes biochemical studies and structural comparisons to analyze the role of sequence differences between thermophilic and halophilic glucose dehydrogenases which contain a zinc ion within the protein surrounded by three ligands. Whilst the catalytic activity of the D38C GlcDH mutant is reduced, its thermal stability is enhanced, consistent with the greater structural similarity between this mutant and the homologous thermophilic enzyme from Thermoplasma acidophilum.

Propuesta de una nueva clasificación de los oligoelementos para su aplicación en nutrición, oligoterapia, y otras estrategias terapéuticas

Objetivos: 1) Proponer una nueva clasificación de los oligoelementos fundamentada en el estudio detallado de las investigaciones más recientes sobre los mismos; 2) ofrecer información detallada y actualizada sobre todos los oligoelementos. Resultados: el análisis de todos los resultados de investigación consultados pone de manifiesto que los avances en las técnicas de análisis molecular permiten dilucidar la importancia que presentan ciertos oligoelementos para la salud humana. Se ofrece un análisis detallado de la función catalítica que podrían tener determinados elementos no considerados hasta ahora como esenciales o posiblemente esenciales, gracias al uso de plataformas informáticas que permiten el análisis integrado de datos sobre enzimas. Asimismo se presenta información integrada y actualizada del papel fisiológico, cinéticas y metabolismo, fuentes dietéticas y factores que propician la carencia o la toxicidad de cada uno de los oligoelementos. Conclusiones: La Oligoterapia plantea el uso de oligoelementos catalíticamente activos con fines terapéuticos. La nueva clasificación de oligoelementos planteada en este trabajo será de interés para diversos sectores profesionales: médicos y demás personal sanitario, nutricionistas, farmacéuticos, etc. Así podrán diseñarse nuevas estrategias terapéuticas que permitan paliar la sintomatología de diversas patologías, en particular las enfermedades carenciales y metabólicas.

Carotenoids from Haloarchaea and Their Potential in Biotechnology

The production of pigments by halophilic archaea has been analysed during the last half a century. The main reasons that sustains this research are: (i) many haloarchaeal species possess high carotenoids production availability; (ii) downstream processes related to carotenoid isolation from haloarchaea is relatively quick, easy and cheap; (iii) carotenoids production by haloarchaea can be improved by genetic modification or even by modifying several cultivation aspects such as nutrition, growth pH, temperature, etc.; (iv) carotenoids are needed to support plant and animal life and human well-being; and (v) carotenoids are compounds highly demanded by pharmaceutical, cosmetic and food markets. Several studies about carotenoid production by haloarchaea have been reported so far, most of them focused on pigments isolation or carotenoids production under different culture conditions. However, the understanding of carotenoid metabolism, regulation, and roles of carotenoid derivatives in this group of extreme microorganisms remains mostly unrevealed. The uses of those haloarchaeal pigments have also been poorly explored. This work summarises what has been described so far about carotenoids production by haloarchaea and their potential uses in biotechnology and biomedicine. In particular, new scientific evidence of improved carotenoid production by one of the better known haloarchaeon (Haloferax mediterranei) is also discussed.