Structural and mechanistic motifs in membrane proteins: the three-dimensional modelling of rhodopsin, band 3, and the nicotinic acetylcholine receptor

Because so little is known about the structure of membrane proteins, an attempt has been made in this work to develop techniques by which to model them in three dimensions. The procedures devised rely heavily upon the availability of several sequences of a given protein. The modelling procedure is composed of two parts. The first identifies transmembrane regions within the protein sequence on the basis of hydrophobicity, β-turn potential, and the presence of certain amino acid types, specifically, proline and basic residues. The second part of the procedure arranges these transmembrane helices within the bilayer based upon the evolutionary conservation of their residues. Conserved residues are oriented toward other helices and variable residues are positioned to face the surrounding lipids. Available structural information concerning the protein's helical arrangement, including the lengths of interhelical loops, is also taken into account. Rhodopsin, band 3, and the nicotinic acetylcholine receptor have all been modelled using this methodology, and mechanisms of action could be proposed based upon the resulting structures.

Specific residues in the rhodopsin and iodopsin sequences were identified, which may regulate the proteins' wavelength selectivities. A hinge-like motion of helices M3, M4, and M5 with respect to the rest of the protein was proposed to result in the activation of transducin, the G-protein associated with rhodopsin. A similar mechanism is also proposed for signal transduction by the muscarinic acetylcholine and β-adrenergic receptors.

The nicotinic acetylcholine receptor was modelled with four trans-membrane helices per subunit and with the five homologous M2 helices forming the cation channel. Putative channel-lining residues were identified and a mechanism of channel-opening based upon the concerted, tangential rotation of the M2 helices was proposed.

Band 3, the anion exchange protein found in the erythrocyte membrane, was modelled with 14 transmembrane helices. In general the pathway of anion transport can be viewed as a channel composed of six helices that contains a single hydrophobic restriction. This hydrophobic region will not allow the passage of charged species, unless they are part of an ion-pair. An arginine residue located near this restriction is proposed to be responsible for anion transport. When ion-paired with a transportable anion it rotates across the barrier and releases the anion on the other side of the membrane. A similar process returns it to its original position. This proposed mechanism, based on the three-dimensional model, can account for the passive, electroneutral, anion exchange observed for band 3. Dianions can be transported through a similar mechanism with the additional participation of a histidine residue. Both residues are located on M10.

A nervura luminosa do instante: o instante como performance literária na obra de João Gilberto Noll

A partir da leitura do livro Mínimos, Múltiplos e Comuns de João Gilberto Noll, este trabalho busca empreender um estudo sobre as relações entre a escrita do artista e tempo na figura dos instantes ficcionais, observando a questão do microrrelato e da exigência fragmentária (cf.P. Lacoue-Labarthe e Jean-Luc Nancy), na perspectiva do inacabado/unidade, o que projeta uma hipótese de conjunto constelar para a escrita de João Gilberto Noll. Inicialmente realiza-se uma reflexão de alguns temas importantes na fortuna crítica sobre o escritor, com a intenção de saber como estes reverberam na sua escrita para, em seguida, tratar do fragmento e suas perspectivas estéticas de inacabamento e de totalidade, com relação ao tempo e como dessas questões surge a metáfora crítica do instante ficcional. As leituras críticas usadas como operadores nortearam-se a partir das noções de fragmento (romântico), e de Acontecimento, relacionadas ao par conceitual Cronos/Aiôn deleuziano

Museos, redes sociales y tecnología 2.0

Índice: - Sobre museos, redes sociales y tecnología 2.0 (Alex Ibáñez Etxeberria). - Sitios web y museos: nuevas aplicaciones para el aprendizaje informal (Mikel Asensio, Elena Asenjo y Alex Ibáñez Etxeberria). - From headphones to microphones: mobile social media in the museum as distributed network (Nancy Proctor). - Mobile learning y patrimionio: aprendiendo historia con mi teléfono, mi GPS y mi PDA (Alex Ibáñez Etxeberria, Mikel Asensio y José Miguel Correa). - Digital asset management strategies for multi-platform content delivery (Titus Bicknell). - Redes sociales y museos participativos: la irrupción de las tecnologías 2.0 en la sociedad y su aplicación en los museos a través del caso de Arazi (Juan José Aranburu).

Para além da Tragédia do Comum. Conflito e produção de subjetividade no capitalismo contemporâneo

A presente tese investiga as dimensões históricas, filosóficas e políticas do conceito de comum, a partir de uma problematização influenciada pelos estudos marxistas heterodoxos e pelo pensamento de Michel Foucault. O percurso teórico inicia com a análise da hipótese da tragédia do comum, veiculado por Garret Hardin em um famoso artigo na Revista Science, em 1968. O desenvolvimento posterior busca compreender tal formulação a partir das análises foucaultianas sobre a arte de governar liberal e ngeoliberal, com ênfase nos conceitos de biopolítica e produção de subjetividade. Esse campo de análise é preenchido por estudos da corrente denominada bioeconomia, que busca entrelaçar a biopolítica com a compreensão das atuais formas de crise e acumulação capitalistas. A partir de uma pesquisa que se direciona para o campo definido como marxismo heterodoxo, busca-se estudar a relação entre o comum e os novos modos de acumulação primitiva, percebendo como o primeiro conceito passa a ocupar progressivamente essa corrente de estudos críticos. Nesse domínio, enfatiza-se a concepção de acumulação primitiva social e de subjetividade, com base em estudos de Karl Marx (Grundrisse), Antonio Negri e Jason Read. O último capítulo é dedicado ao conceito de produção do comum, tendo como ponto de partida o trabalho de Jean-Luc-Nancy e, principalmente, as investigações de Antonio Negri e Michael Hardt. O comum aparece como conceito central para a compreensão da produção biopolítica da riqueza social no capitalismo contemporâneo, e também sua expropriação por novos modos de acumulação. Por outro lado, o comum também emerge como antagonismo ao capital e à dicotomia público-privado, apontando para novas formas de compreender o comunismo.

A efetividade do usucapião especial coletivo fundada da posse-trabalho sob a perspectiva filosófica da igualdade como reconhecimento

O presente trabalho versa sobre o usucapião especial coletivo, uma vez que o mesmo revela-se como um dos instrumentos jurídicos escolhidos pelo legislador para promover a efetivação de valores constitucionais, especialmente a função social da propriedade. O referido instituto encontra-se disciplinado nos arts. 10 a 14 do Estatuto da Cidade e tem por objeto áreas urbanas com mais de duzentos e cinqüenta m, desde que ocupadas por população de baixa renda para sua moradia, com posse qualificada com os requisitos do art. 183 da Constituição Federal de 1988, onde não seja possível identificar os terrenos ocupados por cada possuidor. Incumbe a ele, portanto, dupla tarefa, isto é, não apenas regularizar a situação fundiária, mas também permitir a urbanização de áreas ocupadas por população de baixa renda. Neste passo, encarecer-se-á a posse, como situação fática e existencial, de apossamento e ocupação da coisa, dotada de natureza autônoma, eis que por meio dela a pessoa tem possibilidade de atender às suas necessidades vitais, como a moradia e o cultivo, daí falar-se em uma posse qualificada, isto é, na posse-trabalho. Entretanto, é acurado salientar que, mesmo para que o Estado possa atuar no sentido de promover uma efetiva regularização fundiária via usucapião especial coletivo, verifica-se imperioso o reconhecimento daqueles que serão beneficiados pela sua atuação como titulares de direitos, isto é, como membros de igual valor da coletividade política. Desta maneira, aborda-se o tema do usucapião especial coletivo sob o prisma das teorias concernentes ao reconhecimento, mais especificamente, a partir do enfoque adotado por Axel Honneth e Nancy Fraser. Tais teorias consistem no fio condutor dos capítulos da tese e através delas busca-se superar a existência de diferentes classes e status sociais, bem como remodelar os paradigmas que culminaram nessa situação como forma de se efetivar e promover o direito à moradia.

Otolith morphometrics and population structure of Pacific sardine (Sardinops sagax) along the west coast of North America

The broad distribution of Pacific sardine (Sardinops sagax) along the Pacif ic coast of North America makes it difficult for fisheries managers to identify regional stocks of this dominant small pelagic species. An investigation of morphometric characteristics of otoliths of Pacific sardine across most of their range revealed regional differences in populations. In a survey of over 2000 otoliths, all ages (with an emphasis on age-1 recruits) were compared. Principal components analysis, multivariate analysis of variance, and a novel method derived from regression and residuals calculations, termed perimeter-weight profiles (PWPs), revealed otolith similarities and differences. The results of the different approaches to statistical comparisons did not always agree. Sardine otoliths from Mexican waters were generally lighter and more lobate than those from U.S. and Canadian populations. Age-1 otoliths from northern California in 2006–07 tended to be heavier and smoother than those from other areas, including year-class cohorts from southern California. Comparisons of age-groups and year-classes of northern California otoliths with the use of the PWP models indicated signif icant trends in year-to-year patterns. In conjunction with other established indices of population structure, otolith PWPs are a useful tool for identifying local and regional stocks of Pacific sardine and may help distinguish populations of other fish species as well.

Biomass and reproduction of Pacific sardine (Sardinops sagax) off the Pacific northwestern United States, 2003–2005

The Pacific sardine (Sardinops sagax) is distributed along the west coast of North America from Baja California to British Columbia. This article presents estimates of biomass, spawning biomass, and related biological parameters based on four trawl-ichthyoplankton surveys conducted during July 2003 –March 2005 off Oregon and Washington. The trawl-based biomass estimates, serving as relative abundance, were 198,600 t (coefficient of variation [CV] = 0.51) in July 2003, 20,100 t (0.8) in March 2004, 77,900 t (0.34) in July 2004, and 30,100 t (0.72) in March 2005 over an area close to 200,000 km2. The biomass estimates, high in July and low in March, are a strong indication of migration in and out of this area. Sardine spawn in July off the Pacific Northwest (PNW) coast and none of the sampled fish had spawned in March. The estimated spawning biomass for July 2003 and July 2004 was 39,184 t (0.57) and 84,120 t (0.93), respectively. The average active female sardine in the PNW spawned every 20–40 days compared to every 6–8 days off California. The spawning habitat was located in the southeastern area off the PNW coast, a shift from the northwest area off the PNW coast in the 1990s. Egg production in off the PNW for 2003–04 was lower than that off California and that in the 1990s. Because the biomass of Pacific sardine off the PNW appears to be supported heavily by migratory fish from California, the sustainability of the local PNW population relies on the stability of the population off California, and on local oceanographic conditions for local residence.

Recalculated diet and daily ration of the shortfin mako (Isurus oxyrinchus), with a focus on quantifying predation on bluefish (Pomatomus saltatrix) in the northwest Atlantic Ocean

The diet and daily ration of the shortfin mako (Isurus oxyrinchus) in the northwest Atlantic were re-examined to determine whether fluctuations in prey abundance and availability are reflected in these two biological variables. During the summers of 2001 and 2002, stomach content data were collected from fishing tournaments along the northeast coast of the United States. These data were quantified by using four diet indices and were compared to index calculations from historical diet data collected from 1972 through 1983. Bluefish (Pomatomus saltatrix) were the predominant prey in the 1972–83 and 2001–02 diets, accounting for 92.6% of the current diet by weight and 86.9% of the historical diet by volume. From the 2001– 02 diet data, daily ration was estimated and it indicated that shortfin makos must consume roughly 4.6% of their body weight per day to fulfill energetic demands. The daily energetic requirement was broken down by using a calculated energy content for the current diet of 4909 KJ/kg. Based on the proportional energy of bluefish in the diet by weight, an average shortfin mako consumes roughly 500 kg of bluefish per year off the northeast coast of the United States. The results are discussed in relation to the potential effect of intense shortfin mako predation on bluefish abundance in the region.

Age-specific movement patterns of sablefish (Anoplopoma fimbria) in Alaska

Over 34,000 age 0–2 juvenile sablefish (Anoplopoma fimbria) were tagged and released in southeast Alaska waters during 1985–2005. The data set resulting from this tagging study was unusual because of its time span (20 years) and because age could be reliably inferred from release length (i.e., tagged and released fish were of known age); thus, age-specific movement patterns could be examined. The depth- and area-related recovery patterns supported the concepts that sablefish move to deeper water with age and migrate counterclockwise in the Gulf of Alaska. Availability to the fishery increased rapidly for fish of younger ages, peaked at age 5 to 6, and then gradually declined as sablefish moved deeper with age. Decreased availability with age may occur because of lower fishing effort in deep water and could have substantial implications for sablef ish stock assessments because “domeshaped” availability influences the reliability of abundance estimates. The area-related recovery pattern was not affected by year-class strength; i.e., there was no significant densitydependent relationship.

A tributação sob uma ótica de justiça: o caso do Imposto sobre Transmissões Causa Mortis e Doações (ITCMD)

A ideia central da dissertação é a analise da tributação sob uma ótica de justiça. Teorias contemporâneas de justiça são apresentadas para compor o arcabouço teórico do trabalho. São apresentadas a teoria de justiça de John Rawls, que enfatiza o tema da redistribuição de rendas, a concepção de justiça de Nancy Fraser, que enquadra a categoria filosófica do reconhecimento como fundamental e sendo uma dimensão irredutível da justiça, assim como a visão de Jaques Derrida sobre a ideia de justiça. Princípios constitucionais tributários são introduzidos com o propósito de estabelecer esta relação entre a justiça abstratamente considerada e a análise concreta de instituição de um imposto. São analisadas possíveis influências das teorias apresentadas nos princípios constitucionais tributários, principalmente no princípio da capacidade contributiva. E será também analisado o Imposto sobre Transmissões Causa Mortis e Doações (ITCMD) sob a ótica de justiça conforme as teorias apresentadas. As conclusões apresentadas fortalecem a tese de que os atuais contornos e limites impostos à instituição do ITCMD no Brasil enfraquecem os princípios constitucionais relacionados a este imposto, quando estes são vistos à luz das teorias contemporâneas de justiça apresentadas.

Activity in the pallial nerve of knobbed (Busycon carica) and channeled (Busycotypus canaliculatum) whelks recorded during exposure of the osphradium to odorant solutions

Adult horseshoe crabs (Limulus polyphemus) are the preferred bait in the U.S. east coast whelk pot fishery, but their harvest is being restricted because of severe population declines in the Chesapeake and Delaware bays. To identify other baits, the activity in the pallial nerve of whelks was determined during exposure of the osphradium to odorant solutions prepared from horseshoe crab eggs, horseshoe crab hemolymph, and hard clam (Mercenaria mercenaria) tissue. All three elicited significant responses; bait based on them may provide an alternative to the use of adult horseshoe crabs, although extensive behavioral testing remains to be done. Channeled whelk did not respond to molecular weight fractions (>3 kDa and <3 kDa) prepared from horseshoe crab egg odorant solutions but did respond when the molecular weight fractions were recombined. Whelks appear to have broadly tuned chemoreceptors and manufactured baits may need to mimic the complex mixture of odorants derived from natural sources.

NMFS / Interagency Working Group Evaluation of CITES Criteria and Guidelines.

EXECUTIVE SUMMARY: At present, the Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora (CITES) criteria used to assess whether a population qualifies for inclusion in the CITES Appendices relate to (A) size of the population, (B) area of distribution of the population, and (C) declines in the size of the population. Numeric guidelines are provided as indicators of a small population (less than 5,000 individuals), a small subpopulation (less than 500 individuals), a restricted area of distribution for a population (less than 10,000 km2), a restricted area of distribution for a subpopula-tion (less than 500 km2), a high rate of decline (a decrease of 50% or more in total within 5 years or two generations whichever is longer or, for a small wild population, a decline of 20% or more in total within ten years or three generations whichever is longer), large fluctuations (population size or area of distribution varies widely, rapidly and frequently, with a variation greater than one order of magnitude), and a short-term fluctuation (one of two years or less). The Working Group discussed several broad issues of relevance to the CITES criteria and guidelines. These included the importance of the historical extent of decline versus the recent rate of decline; the utility and validity of incorporating relative population productivity into decline criteria; the utility of absolute numbers for defining small populations or small areas; the appropriateness of generation times as time frames for examining declines; the importance of the magnitude and frequency of fluctuations as factors affecting risk of extinction; and the overall utility of numeric thresh-olds or guidelines.

Cartografias de uma experiência comunitária

Esta tese relata o meu encontro com um grupo de idosos em um projeto denominado Conversas & Memórias, e a experiência comunitária ali produzida. O objetivo central foi analisar de que forma os dispositivos utilizados na intervenção ajudaram na construção dessa experiência. Partindo de um campo de problematização que coloca em questão as possibilidades de vivermos juntos, busquei responder às seguintes perguntas: de que forma a vida coletiva nos contagia e nos constitui? que apostas podemos arriscar que nos permitam afirmar a possibilidade de construirmos experiências comunitárias no mundo de hoje? quais práticas de cuidado de si e de cuidado do outro podemos encontrar (ou inventar) em nossa cultura? como essas práticas podem produzir, como efeito, experiências de vida comunitária? como podemos viver juntos? Foi em torno dessas questões que desenvolvi o trabalho em dois campos distintos, visando à construção, por um lado, de um solo teórico-conceitual, e, por outro, de um plano prático-experimental. Na primeira parte desta tese, apresento os conceitos e intercessores que fundamentam as ideias aqui defendidas. Começo discutindo o processo de subjetivação, em um diálogo com o pensamento de Gilles Deleuze, Gilbert Simondon e Baruch Espinosa, e termino apresentando as apostas de Gilles Deleuze e Felix Guattari, Antonio Negri e Michael Hardt, Maurice Blanchot, Giorgio Agamben e Jean-Luc Nancy em uma comunidade por vir. Em seguida, apresento minhas próprias apostas, fundamentadas no diálogo de Michel Foucault com a filosofia antiga sobre as práticas de si e a construção de um novo ethos, desenhado por uma estética da existência. Descrevo, em outro capítulo, o método da pesquisa, partindo de uma discussão sobre a cartografia e as possibilidades que ela ofereceu para que eu pudesse acompanhar processos e habitar o território da pesquisa; discuto, ainda, o conceito de dispositivo e os efeitos que são produzidos ao desembaraçarem-se suas linhas; por fim, descrevo o material que utilizei nas análises da experiência do projeto. Na segunda parte da tese, arrisco-me em um campo prático-experimental, dando movimento aos conceitos discutidos anteriormente e incorporando-os à discussão dos quatro dispositivos que examino aqui. No primeiro, a Roda de Conversação e os efeitos, como o exercício ético e político, que essa prática anuncia. No segundo dispositivo, os Agenciamentos, apresento as poesias, músicas, crônicas, passeios que foram utilizados como disparadores das conversas, analisando os diálogos e as virtualidades produzidos por eles. No dispositivo três, a Experiência Narrativa, descrevo o processo de publicação de um livro com as histórias de alguns participantes do projeto. No quarto dispositivo, a Imagem Revelada, descrevo os efeitos provocados pelas imagens publicadas em um livro de fotografias. O último capítulo retoma a pergunta inicial - como viver junto? -, e oferece algumas pistas sobre as possibilidades de construirmos uma outra forma de sociabilidade nos dias de hoje.

Caracterização e desenvolvimento de argilas para aplicação em nanocompósitos poliméricos

O Brasil é produtor de argilas e conta com grandes reservas deste recurso natural. Porém, grande parte da sua produção é comercializada seca e moída. O desenvolvimento de argilas para seu uso como reforço em nanocompósitos poliméricos constitui uma opção para os produtores desta matéria prima que teriam assim um produto com maior valor agregado. Este trabalho visa avaliar o potencial uso como nanocarga de duas argilas nacionais provenientes da Bacia de Taubaté, São Paulo, denominadas ALIGRA e SANTA FÉ. As frações de tamanho de partícula médio menor de 0,02 mm, obtidas por peneiramento á úmido da argila homogeneizada e seca, foram utilizadas no desenvolvimento do trabalho experimental. Os estudos de caracterização, envolvendo análise granulométrica, química, mineralógica, morfológica, térmica e textural, revelaram características muito semelhantes em ambas às argilas. Fração argila, maior de 70% em massa. Composição química conforme a definição química de uma argila e os teores de seus componentes mostram valores intermédios entre as apresentadas pelas bentonitas e argila caulinítica usadas com fins de comparação. Ressaltamse boas propriedades adsorventes. Área superficial específica BET ao redor de 120 m2/g, valor maior do que o apresentado por muitas bentonitas naturais (74,5 m2/g). Predominantemente mesoporosas, com poros, maiormente em forma de fenda, característicos da estrutura em camadas das argilas. Baixa capacidade de troca catiônica, 12 meq/100g. Difratogramas de raios-X revelaram a predominância do estratificado ilita/esmectita, caulinita e quartzo na argila ALIGRA, e de ilita, caulinita e quartzo na argila SANTA FÉ. Prosseguiu-se com a argila ALIGRA a preparação da argila organofílica. A argila organofílica foi obtida por troca catiônica com o sal quaternário de amônio: cloro cetril trimetil amônio, depois de homogeneizada em sódio com cloreto de sódio. Análises FTIR e TGA indicaram que houve inserção dos cátions orgânicos. Testes preliminares foram feitas, preparando misturas das argilas com matriz de polipropileno e usando como agente compatibilizante polipropileno enxertado com anidrido maleico. Resultados de ensaios de tração reportam algumas melhoras nas propriedades testadas com as composições preparadas com as argilas purificadas. Com as composições com argilas organofílicas somente foi melhorado o alongamento na rotura. Estudos ais aprofundados são recomendados.

Indirect validation of the age-reading method for Pacific cod (Gadus macrocephalus) using otoliths from marked and recaptured fish

Two examples of indirect validation are described for age-reading methods of Pacific cod (Gadus macrocephalus). Aging criteria that exclude faint translucent zones (checks) in counts of annuli and criteria that include faint zones were both tested. Otoliths from marked and recaptured fish were used to back-calculate the length of each fish at the time of its release by using measurements of the area of annuli. Estimated fish size at time of release and actual observed fish size were similar, supporting the assumption that translucent zones are laid down on an annual basis. A second method for validating reading criteria used otolith age and von Bertalanffy parameters, estimated from the tagging data, to predict how much each fish grew in length after tagging. We found that otolith aging criteria applied to otoliths from tagged and recovered Pacific cod predicted quite accurately the growth increments that we observed in these specimens. These results provide further evidence that the current aging criteria are not underestimating the age of the fish and support our current interpretation of checks (i.e., as subannual marks). We expect these indirect validations to advance age determination for Pacific cod, which in turn would enhance development of stock assessment methods based on age structure for this species in the eastern Bering Sea.