Genome-wide meta-analysis identifies six novel loci associated with habitual coffee consumption

Coffee, a major dietary source of caffeine, is among the most widely consumed beverages in the world and has received considerable attention regarding health risks and benefits. We conducted a genome-wide (GW) meta-analysis of predominately regular-type coffee consumption (cups per day) among up to 91 462 coffee consumers of European ancestry with top single-nucleotide polymorphisms (SNPs) followed-up in ~30 062 and 7964 coffee consumers of European and African-American ancestry, respectively. Studies from both stages were combined in a trans-ethnic meta-analysis. Confirmed loci were examined for putative functional and biological relevance. Eight loci, including six novel loci, met GW significance (log10Bayes factor (BF)>5.64) with per-allele effect sizes of 0.03-0.14 cups per day. Six are located in or near genes potentially involved in pharmacokinetics (ABCG2, AHR, POR and CYP1A2) and pharmacodynamics (BDNF and SLC6A4) of caffeine. Two map to GCKR and MLXIPL genes related to metabolic traits but lacking known roles in coffee consumption. Enhancer and promoter histone marks populate the regions of many confirmed loci and several potential regulatory SNPs are highly correlated with the lead SNP of each. SNP alleles near GCKR, MLXIPL, BDNF and CYP1A2 that were associated with higher coffee consumption have previously been associated with smoking initiation, higher adiposity and fasting insulin and glucose but lower blood pressure and favorable lipid, inflammatory and liver enzyme profiles (P<5 × 10-8).Our genetic findings among European and African-American adults reinforce the role of caffeine in mediating habitual coffee consumption and may point to molecular mechanisms underlying inter-individual variability in pharmacological and health effects of coffee.

Puutavarakaupan jakelun nykytila ja kehittäminen pääkaupunkiseudulla

Työn tavoitteena oli kartoittaa kohdeyrityksen pääkaupunkiseudun puu- ja rakennustarvikekaupan jakelun nykytila ja kehittää toimipisteille uusi ja yhtenäinen jakelun toimintamalli. Ensin selvitettiin jakelun nykytila haastattelemalla kuljetuksista vastaavia henkilöitä. Kirjallisuudesta saadun tiedon avulla haettiin vaihtoehtoja uuden jakelumallin luomiselle. Yrityksen tietojärjestelmästä haettiin tietoa toteutuneista kuljetuskustannuksista ja -tapahtumista. Tutkimuksessa selvitettiin myös kuljetuskustannukset ja -tuotot. Tällä hetkellä yritys tekee jakelussa tappiota eli kuljetuskustannukset ovat asiakkailta perittyjä kuljetustuottoja suuremmat. Jokaisessa toimipisteessä kuljetukset hoidetaan itsenäisesti eikä yhteistä järjestelmää ole käytössä. Tästä aiheutuu päällekkäisiä ja turhia ajoja pääkaupunkiseudun alueella, mikä voitaisiin välttää yhteisellä toimintamallilla. Työssä luotiin erilaisia malleja ja niitä verrattiin nykytilanteeseen. Mallien paremmuuden arviointiin käytettiin kannattavuutta ja ulkoista tehokkuutta. Toimintavaihtoehdoiksi nousi kolme eri mallia. Vaihtoehtoina olivat toimipisteiden yhtenäinen malli, jossa ohjaus olisi joko omassa hallinnassa tai ulkoistettu, ja kolmantena vaihtoehtona olisi koko jakelun ulkoistaminen. Malleja varten kartoitettiin eri ohjelmistoja ja ulkoistuspalveluja tarjoavia yrityksiä, jotka olisivat yrityksen tarpeisiin soveltuvia. Toimenpide-ehdotuksina ja suosituksina esitetään yhteiseen jakelujärjestelmään siirtymistä sekä siirtymistä jakelun hinnoittelussa suoriteperusteiseen hinnoitteluun. Tulevaisuudessa jakelun tietoja tulisi kerätä ja tiedon karttuessa laatia suoriteperusteiset hinnoittelutaulukot kuljetuksille. Myös myyjille ja kuljetusvastaaville tarvitaan yhtenäiset toimintaohjeet tilausten muutoksista, kuljetusten hinnoittelusta ja toimituksista.

Sähköisen liiketoiminnan vaikutukset suurten energiayhtiöiden myyntitoimintaan

Työn tavoitteena oli selvittää tutkimukseen valittujen energiayhtiöiden TXU Europen, Centrican, RWE:n, Vattenfallin, Royal Dutch/Shellin ja Statoilin sähköisen liiketoiminnan tavoitteita ja tarkoitusta. Ensin käytiin läpi sähköisen liiketoiminnan käsitteitä ja Internetin merkitystä. Seuraavaksi selvitettiin energiamarkkinoilla tapahtuneita muutoksia, joiden puitteissa sähköinen liiketoiminta energiamarkkinoilla tulisi ymmärtää. Lopuksi energiayhtiöiden sähköiset palvelut analysoitiin perusteellisesti tutkimuksessa rakennettua viitekehystä apuna käyttämällä. Tutkimus perustuu täysin julkiseen informaatioon.Tällä hetkellä koko energianmyyntiprosessin suorittaminen alusta loppuun on energiayhtiöiden verkkosivuilla mahdollista. Sivut ovat kehittyneet pelkistä kotisivuista tarjous-, sopimus- ja laskutusprosessitoiminnot sisältäviksi sähköisiksi kauppapaikoiksi. Palveluita on myös vähitellen alettu integroimaan yritysten operatiivisiin järjestelmiin ja räätälöityjen palveluiden kehitys korostuu tulevaisuudessa. Asiakkaan itsepalvelumahdollisuudet lisääntyvät. Lisäarvoa tuovia palveluita kehitetään asiakassuhdetta vähitellen uusilla tuotteilla vahvistaen, laajaan energiayhtiöpohjaan perustuen tai viemällä useita uusia energiaan liittyviä tuotteita ja myös uusia energiatuotteita kerralla markkinoille. Yhteistyön merkitys tuotepakettien kehittämisessä korostuu.

Moreenin geokemian ja kallioperän vaikutus pohjaveden laatuun Lounais-Hämeessä

English abstract

”Ilmarisen Suomi” ja sen tekijät. Matematiikkakonekomitea ja tietokoneen rakentaminen kansallisena kysymyksenä 1950-luvulla

Tutkimus ”Ilmarisen Suomi” ja sen tekijät tarjoaa uutta tietoa ja historiallisen tulkinnan huipputeknologisen Suomen rakentamisesta sodanjälkeisenä aikana. Kirja kertoo ESKO-tietokoneen tekijöiden monipuolisesta toiminnasta sekä koneen kohtalosta 1950-luvulla. ESKOa rakennuttanut Matematiikkakonekomitea (1954­1960) suunnitteli laitteesta Suomen ensimmäistä tietokonetta, mutta kirjassa esitetyn tulkinnan mukaan komitealla oli myös laajempia, kansallisia ihanteita ja tavoitteita, kuten kansallisen keskuslaskutoimiston perustaminen. Varhaisia tietokoneita kutsuttiin niiden käyttöä kuvaavasti matematiikkakoneiksi. Kirja on ensimmäinen perusteellinen esitys ja samalla ensimmäinen tutkimus ESKOsta ja sen tekijöiden hankkeesta 1950-luvulla. Matematiikkakonekomitean johdossa toimivat aikansa huipputiedemiehet Rolf Nevanlinna ja Erkki Laurila. Väitöstutkimuksessa kysytään, miten maan ensimmäisen tietokoneen hankkimista perusteltiin, mitä Matematiikkakonekomitea oikeastaan teki ja millaisia erityisesti kansallisia motiiveja koneen tekijöiden toiminta ilmaisi. Tutkimuksessa käytetään monipuolisesti arkistoaineistoa, kirjallisuutta ja haastatteluja Suomesta, Saksasta ja Ruotsista. Tarkastelussa hyödynnetään erityisesti teknologian historian ja yhteiskuntatieteellisen tieteen- ja teknologiantutkimuksen tutkimuskirjallisuutta. Kirjassa tarkastellaan yksityiskohtaisesti sitä, miten ESKOn tekijät yhdistivät tekniikan ja kansalliset perustelut sekä rakensivat uudenlaista, teknisesti taitavaa ”Ilmarisen Suomea” yhdessä ja kilvan muiden tahojen kanssa tuottaen teknologiasta kansallista projektia suomalaisille. Matematiikkakonekomitean ja ESKO-hankkeen tutkimisen perusteella suomalaisten ja teknologian suhteesta voidaan sanoa, että tekniikasta ei vain tullut kansallinen asia suomalaisille, vaan tekniikasta nimenomaan tehtiin kansallinen projekti, joka ei suinkaan ollut erityisen yksimielinen edes sodanjälkeisenä aikana. Tutkimuksen mukaan kotimainen komitea sai paljon aikaan ja tuotti vielä merkittävämpiä seurauksia. Näin siitä huolimatta, että ESKO valmistui pahasti myöhässä, vuonna 1960. Komitea myötävaikutti niin IBM:n menestykseen Suomessa, valtiojohtoisen tiedepolitiikan alkuun kuin Nokian edeltäjän Kaapelitehtaan elektroniikkaosaamisen syntyyn.

Biological interpretation of genome-wide association studies using predicted gene functions.

The main challenge for gaining biological insights from genetic associations is identifying which genes and pathways explain the associations. Here we present DEPICT, an integrative tool that employs predicted gene functions to systematically prioritize the most likely causal genes at associated loci, highlight enriched pathways and identify tissues/cell types where genes from associated loci are highly expressed. DEPICT is not limited to genes with established functions and prioritizes relevant gene sets for many phenotypes.

Large-scale genomic analyses link reproductive aging to hypothalamic signaling, breast cancer susceptibility and BRCA1-mediated DNA repair.

Menopause timing has a substantial impact on infertility and risk of disease, including breast cancer, but the underlying mechanisms are poorly understood. We report a dual strategy in ∼70,000 women to identify common and low-frequency protein-coding variation associated with age at natural menopause (ANM). We identified 44 regions with common variants, including two regions harboring additional rare missense alleles of large effect. We found enrichment of signals in or near genes involved in delayed puberty, highlighting the first molecular links between the onset and end of reproductive lifespan. Pathway analyses identified major association with DNA damage response (DDR) genes, including the first common coding variant in BRCA1 associated with any complex trait. Mendelian randomization analyses supported a causal effect of later ANM on breast cancer risk (∼6% increase in risk per year; P = 3 × 10(-14)), likely mediated by prolonged sex hormone exposure rather than DDR mechanisms.