Identification de nouveaux substrats des kinases Erk1/2 par une approche bio-informatique, pharmacologique et phosphoprotéomique

La phosphorylation est une modification post-traductionnelle omniprésente des protéines Cette modification est ajoutée et enlevée par l’activité enzymatique respective des protéines kinases et phosphatases. Les kinases Erk1/2 sont au cœur d’une voie de signalisation importante qui régule l’activité de protéines impliquées dans la traduction, le cycle cellulaire, le réarrangement du cytosquelette et la transcription. Ces kinases sont aussi impliquées dans le développement de l’organisme, le métabolisme du glucose, la réponse immunitaire et la mémoire. Différentes pathologies humaines comme le diabète, les maladies cardiovasculaires et principalement le cancer, sont associées à une perturbation de la phosphorylation sur les différents acteurs de cette voie. Considérant l’importance biologique et clinique de ces deux kinases, connaître l’étendue de leur activité enzymatique pourrait mener au développement de nouvelles thérapies pharmacologiques. Dans ce contexte, l’objectif principal de cette thèse était de mesurer l’influence de cette voie sur le phosphoprotéome et de découvrir de nouveaux substrats des kinases Erk1/2. Une étude phosphoprotéomique de cinétique d’inhibition pharmacologique de la voie de signalisation Erk1/2 a alors été entreprise. Le succès de cette étude était basé sur trois technologies clés, soit l’enrichissement des phosphopeptides avec le dioxyde de titane, la spectrométrie de masse haut débit et haute résolution, et le développement d’une plateforme bio-informatique nommée ProteoConnections. Cette plateforme permet d’organiser les données de protéomique, évaluer leur qualité, indiquer les changements d’abondance et accélérer l’interprétation des données. Une fonctionnalité distinctive de ProteoConnections est l’annotation des sites phosphorylés identifiés (kinases, domaines, structures, conservation, interactions protéiques phospho-dépendantes). Ces informations ont été essentielles à l’analyse des 9615 sites phosphorylés sur les 2108 protéines identifiées dans cette étude, soit le plus large ensemble rapporté chez le rat jusqu’à ce jour. L’analyse des domaines protéiques a révélé que les domaines impliqués dans les interactions avec les protéines, les acides nucléiques et les autres molécules sont les plus fréquemment phosphorylés et que les sites sont stratégiquement localisés pour affecter les interactions. Un algorithme a été implémenté pour trouver les substrats potentiels des kinases Erk1/2 à partir des sites identifiés selon leur motif de phosphorylation, leur cinétique de stimulation au sérum et l’inhibition pharmacologique de Mek1/2. Une liste de 157 substrats potentiels des kinases Erk1/2 a ainsi été obtenue. Parmi les substrats identifiés, douze ont déjà été rapportés et plusieurs autres ont des fonctions associées aux substrats déjà connus. Six substrats (Ddx47, Hmg20a, Junb, Map2k2, Numa1, Rras2) ont été confirmés par un essai kinase in vitro avec Erk1. Nos expériences d’immunofluorescence ont démontré que la phosphorylation de Hmg20a sur la sérine 105 par Erk1/2 affecte la localisation nucléocytoplasmique de cette protéine. Finalement, les phosphopeptides isomériques positionnels, soit des peptides avec la même séquence d’acides aminés mais phosphorylés à différentes positions, ont été étudiés avec deux nouveaux algorithmes. Cette étude a permis de déterminer leur fréquence dans un extrait enrichi en phosphopeptides et d’évaluer leur séparation par chromatographie liquide en phase inverse. Une stratégie analytique employant un des algorithmes a été développée pour réaliser une analyse de spectrométrie de masse ciblée afin de découvrir les isomères ayant été manqués par la méthode d’analyse conventionnelle.

Development of 2-D MRT based Image Compression Techniques

The thesis explores the area of still image compression. The image compression techniques can be broadly classified into lossless and lossy compression. The most common lossy compression techniques are based on Transform coding, Vector Quantization and Fractals. Transform coding is the simplest of the above and generally employs reversible transforms like, DCT, DWT, etc. Mapped Real Transform (MRT) is an evolving integer transform, based on real additions alone. The present research work aims at developing new image compression techniques based on MRT. Most of the transform coding techniques employ fixed block size image segmentation, usually 8×8. Hence, a fixed block size transform coding is implemented using MRT and the merits and demerits are analyzed for both 8×8 and 4×4 blocks. The N2 unique MRT coefficients, for each block, are computed using templates. Considering the merits and demerits of fixed block size transform coding techniques, a hybrid form of these techniques is implemented to improve the performance of compression. The performance of the hybrid coder is found to be better compared to the fixed block size coders. Thus, if the block size is made adaptive, the performance can be further improved. In adaptive block size coding, the block size may vary from the size of the image to 2×2. Hence, the computation of MRT using templates is impractical due to memory requirements. So, an adaptive transform coder based on Unique MRT (UMRT), a compact form of MRT, is implemented to get better performance in terms of PSNR and HVS The suitability of MRT in vector quantization of images is then experimented. The UMRT based Classified Vector Quantization (CVQ) is implemented subsequently. The edges in the images are identified and classified by employing a UMRT based criteria. Based on the above experiments, a new technique named “MRT based Adaptive Transform Coder with Classified Vector Quantization (MATC-CVQ)”is developed. Its performance is evaluated and compared against existing techniques. A comparison with standard JPEG & the well-known Shapiro’s Embedded Zero-tree Wavelet (EZW) is done and found that the proposed technique gives better performance for majority of images

MapFish. A WebGIS 2.0 Framework: toolkit to build rich client WebGIS

MapFish is an open-source development framework for building webmapping applications. MapFish is based on the OpenLayers API and the Geo extension of Ext library, and extends the Pylons general-purpose web development framework with geo-specific functionnalities. This presentation first describes what the MapFish development framework provides and how it can help developers implement rich web-mapping applications. It then demonstrates through real web-mapping realizations what can be achieved using MapFish : Geo Business Intelligence applications, 2D/3D data visualization, on/off line data edition, advanced vectorial print functionnalities, advanced administration suite to build WebGIS applications from scratch, etc. In particular, the web-mapping application for the UN Refugee Agency (UNHCR) and a Regional Spatial Data Infrastructure will be demonstrated

Formación del profesor 2.0 : desarrollo de competencias tecnológicas para la Escuela 2.0.

Resumen tomado de la publicación

Web Educativa 2.0.

Resumen tomado de la publicación. Se muestra una tabla con las diferencias entre Web 1.0 y Web 2.0. Aparecen logotipos de herramientas web

Fitxes dels cicles formatius de grau mitjà : 2. Península, 2003-2004 : quadern d'informació general. 'Fichas de los ciclos formativos de grado medio: 2 : Península, 2003-2004 : cuaderno de información general'.

Documento en formato papel y en formato electrónico (PDF). Este documento es el material número 51 de la colección Palma, ciudad educativa

Fitxes dels cicles formatius de grau superior : 2. Península, 2003-2004 : quadern d'informació general. 'Fichas de los ciclos formativos de grado superior : 2. Península, 2003-2004 : cuaderno de información general'.

Documento en formato papel y en formato electrónico (PDF). Este documento es el material número 53 de la colección Palma, ciudad educativa

Autoedició OpenOffice.org 1.0.2. 'Autoedición OpenOffice.org 1.0.2'.

Resumen tomado de la publicación. Incluye imágenes de capturas de pantalla del ordenador de las herramientas desarrolladas en este curso. El manual viene acompañado de los recursos necesarios para realizar las actividades prácticas

Autoedició amb StarOffice 5.2. 'Autoedición con StarOffice 5.2'.

Resumen tomado de la publicación. Incluye imágenes

Disseny de pàgines web amb OpenOffice.org 1.0.2. 'Diseño de páginas web con OpenOffice.org 1.0.2'.

Resumen tomado de la publicación. Incluye capturas de pantalla de ordenador de dicho editor. Este documento está sujeto a una licencia de Reconocimiento-No Comercial-Compartir con la misma licencia 3.0 España de Creative Commons

Perfil Logístico del Sector Hidrocarburos en Colombia – Parte 2

El perfil logístico del sector hidrocarburos parte de una caracterización mundial y nacional del mismo en el que se resalta la posición del país respecto a la región en cuanto a la participación en consumo y producción de petróleo, además de contar con un análisis del comportamiento de los principales indicadores como lo son los históricos del precio del barril de petróleo, producción diaria, participación en el PIB, Inversión Extranjera Directa o IED y Balanza Comercial. Luego se presentan las principales problemáticas del sector en cuanto a medio ambiente, infraestructura, conflicto armado, disminución de reservas, alternativas energéticas, etc., que presentan un obstáculo para el desarrollo y competitividad del sector. A continuación se encuentra la información asociada con la cadena de suministro de los hidrocarburos, se caracteriza el producto y se trata eslabón por eslabón comenzando por los proveedores, pasando por producción, almacenamiento, distribución, transporte clientes, logística inversa y finalizando con un mapa de agregación de valor o VSM por sus siglas en inglés. A partir de esto se analiza el estado de productividad y competitividad del sector; se dan a conocer las principales asociaciones y agremiaciones del mismo, se realiza un análisis especial a la situación de fletes y transporte. Todo con el fin de dar a conocer una fotografía del estado actual de los hidrocarburos en Colombia.

Itinerario 2. Cuaderno del profesor

Desarrollar el concepto de Educaci??n Ambiental que se refleja en el proyecto Anida, y que consiste en un proceso educativo global que trata de capacitar al educando para: estudiar cient??fica e interdisciplinarmente el medio ambiente; desarrollar una actitud responsable ante la utilizaci??n de los recursos naturales; analizar cr??ticamente la gesti??n del medio en sus distintas escalas: local, regional, nacional y planetaria participar de forma activa en la b??squeda de soluciones - apreciar los valores de un medio ambiente libre, equilibrado, sano y enriquecedor en sus tres facetas: natural, social y cultural. El objeto del trabajo es desarrollar un ??rea natural constitu??da por el Macizo calc??reo de Pe??a Cabarga y en ella desarrollar una serie de itinerarios did??ctico-ambientales como el que se expone en este trabajo. El trabajo va desarrollando las paradas a realizar dentro de este itinerario, 2: el eucaliptal, los elementos del paisaje, la ladera caliza carstificada, los prados de siega y el encinar c??ntabro. Analizando en cada una de ellas las variables: flora, fauna, paisaje, rocas, tierra, actividades humanas sobre el medio ambiente, infraestructura, etc.. La informaci??n se ha obtenido realizando un estudio del ??rea natural de Pe??a Cabarga, y a trav??s de un seminario permanente de Educaci??n Ambiental de Cantabria, en el que se aportaban las experiencias y los problemas surgidos a cada profesor. Se analiza conceptualmente cada uno de los aspectos m??s importantes a tener en cuenta en cada una de las paradas del itinerario. El resultado es este cuadernillo dirigido al profesor en el que se va desarrollando todo el itinerario, analizando desde el principio las actividades que ha de desarrollar el profesor para conseguir los objetivos, el material que ha de utilizar, cu??les son las especies que se va a encontrar y c??mo tratarlas, c??mo organizar la clase para la realizaci??n del itinerario, los aspectos m??s importantes a destacar en cada una de las paradas. La pr??ctica de las t??cnicas y metodolog??as adecuadas para el estudio del medio va a dotar al alumno de los conocimientos cient??ficos sobre el mismo, pero adem??s va a desarrollar su capacidad de an??lisis cr??tico de la gesti??n ambiental.

Itinerario 2. Cuaderno del alumno

Desarrollar el concepto de Educaci??n Ambiental que se refleja en el proyecto Anida, y que consiste en un proceso educativo global que trata de capacitar al educando para: estudiar cient??fica e interdisciplinarmente el medio ambiente; desarrollar una actitud responsable ante la utilizaci??n de los recursos naturales; analizar cr??ticamente la gesti??n del medio en sus distintas escalas: local, regional, nacional y planetaria participar de forma activa en la b??squeda de soluciones - apreciar los valores de un medio ambiente libre, equilibrado, sano y enriquecedor en sus tres facetas: natural, social y cultural. El objeto del trabajo es el desarrollo de un cuaderno de trabajo para el alumno, que le ayude a estudiar el ??rea natural constitu??da por el Macizo calc??reo de Pe??a Cabarga y en ella desarrollar una serie de itinerarios did??cticoambientales como el que se expone en el cuaderno paralelo 'Itinerario 2. Cuaderno del profesor'. El cuaderno va proponiendo la manera de que el alumno analice y recopile informaci??n en cada una de las paradas a realizar dentro de este itinerario sobre las variables independientes: flora, fauna, paisaje, rocas, tierra, actividades humanas sobre el medio ambiente, infraestructura, etc.. La informaci??n se ha obtenido realizando un estudio del ??rea natural de Pe??a Cabarga, y a trav??s de un seminario permanente de Educaci??n Ambiental de Cantabria, en el que se aportaban las experiencias y los problemas surgidos a cada profesor. Se plantean una serie de fichas para cada parada en las que se va dando al alumno instrucciones sobre actividades a realizar en cada una de ellas. As??, se proponen la realizaci??n de dibujos, contestar preguntas, observar y-o recorger animales y plantas, rellenar fichas sobre la observaci??n de las aves, reptiles, etc.. El resultado es este cuadernillo dirigido al alumno en el que se va desarrollando todo el itinerario, analizando desde el principio las actividades que ha de realizar el alumno para conseguir los objetivos, el material que ha de utilizar, cu??les son las especies que se va a encontrar y c??mo tratarlas, recalcar cu??les son los aspectos m??s significativos e interesantes a tener en cuenta por el en cada parada. Se les plantea a los alumnos una serie de actividades en el laboratorio y de actividades de gabinete a realizar despu??s de la salida, con el fin de que el alumno afiance los conceptos que ha adquirido durante el itinerario.

El profesor multimedia : química, 2õ BUP.

Este CD-Rom supone una provechosa manera de enfrentarse a la asignatura desde una perspectiva nueva y distinta: método interactivo, animación en la teoría así como la posibilidad de autoevaluación. Cada tema del curso se compone de una parte teórica, un exámen de teoría, unos ejercicios prácticos, un examen parcial y un test de teoría. Entre otros, los temas tratados son la materia, gases, líquidos y sólidos, la teoría y estructura atómica, formulación, etc..

El profesor multimedia : matemáticas, 2õ ESO.

Este CD-Rom supone una provechosa manera de enfrentarse a la asignatura desde una perspectiva nueva y distinta: método interactivo, animación en la teoría así como la posibilidad de autoevaluación. Cada tema del curso se compone de una parte teórica, un exámen de teoría, unos ejercicios prácticos, un examen parcial y un test de teoría. Entre otros, los temas tratados son potencias y raíces, números racionales, sistemas de ecuaciones, probabilidad, vectores, etc..