Density-based hierarchical clustering of pyro-sequences on a large scale--the case of fungal ITS1.

MOTIVATION: Analysis of millions of pyro-sequences is currently playing a crucial role in the advance of environmental microbiology. Taxonomy-independent, i.e. unsupervised, clustering of these sequences is essential for the definition of Operational Taxonomic Units. For this application, reproducibility and robustness should be the most sought after qualities, but have thus far largely been overlooked. RESULTS: More than 1 million hyper-variable internal transcribed spacer 1 (ITS1) sequences of fungal origin have been analyzed. The ITS1 sequences were first properly extracted from 454 reads using generalized profiles. Then, otupipe, cd-hit-454, ESPRIT-Tree and DBC454, a new algorithm presented here, were used to analyze the sequences. A numerical assay was developed to measure the reproducibility and robustness of these algorithms. DBC454 was the most robust, closely followed by ESPRIT-Tree. DBC454 features density-based hierarchical clustering, which complements the other methods by providing insights into the structure of the data. AVAILABILITY: An executable is freely available for non-commercial users at ftp://ftp.vital-it.ch/tools/dbc454. It is designed to run under MPI on a cluster of 64-bit Linux machines running Red Hat 4.x, or on a multi-core OSX system. CONTACT: dbc454@vital-it.ch or nicolas.guex@isb-sib.ch.

Three essays on major trends in a slow clockspeed industry : the case of industrial automation

The motivation for this research initiated from the abrupt rise and fall of minicomputers which were initially used both for industrial automation and business applications due to their significantly lower cost than their predecessors, the mainframes. Later industrial automation developed its own vertically integrated hardware and software to address the application needs of uninterrupted operations, real-time control and resilience to harsh environmental conditions. This has led to the creation of an independent industry, namely industrial automation used in PLC, DCS, SCADA and robot control systems. This industry employs today over 200'000 people in a profitable slow clockspeed context in contrast to the two mainstream computing industries of information technology (IT) focused on business applications and telecommunications focused on communications networks and hand-held devices. Already in 1990s it was foreseen that IT and communication would merge into one Information and communication industry (ICT). The fundamental question of the thesis is: Could industrial automation leverage a common technology platform with the newly formed ICT industry? Computer systems dominated by complex instruction set computers (CISC) were challenged during 1990s with higher performance reduced instruction set computers (RISC). RISC started to evolve parallel to the constant advancement of Moore's law. These developments created the high performance and low energy consumption System-on-Chip architecture (SoC). Unlike to the CISC processors RISC processor architecture is a separate industry from the RISC chip manufacturing industry. It also has several hardware independent software platforms consisting of integrated operating system, development environment, user interface and application market which enables customers to have more choices due to hardware independent real time capable software applications. An architecture disruption merged and the smartphone and tablet market were formed with new rules and new key players in the ICT industry. Today there are more RISC computer systems running Linux (or other Unix variants) than any other computer system. The astonishing rise of SoC based technologies and related software platforms in smartphones created in unit terms the largest installed base ever seen in the history of computers and is now being further extended by tablets. An underlying additional element of this transition is the increasing role of open source technologies both in software and hardware. This has driven the microprocessor based personal computer industry with few dominating closed operating system platforms into a steep decline. A significant factor in this process has been the separation of processor architecture and processor chip production and operating systems and application development platforms merger into integrated software platforms with proprietary application markets. Furthermore the pay-by-click marketing has changed the way applications development is compensated: Three essays on major trends in a slow clockspeed industry: The case of industrial automation 2014 freeware, ad based or licensed - all at a lower price and used by a wider customer base than ever before. Moreover, the concept of software maintenance contract is very remote in the app world. However, as a slow clockspeed industry, industrial automation has remained intact during the disruptions based on SoC and related software platforms in the ICT industries. Industrial automation incumbents continue to supply systems based on vertically integrated systems consisting of proprietary software and proprietary mainly microprocessor based hardware. They enjoy admirable profitability levels on a very narrow customer base due to strong technology-enabled customer lock-in and customers' high risk leverage as their production is dependent on fault-free operation of the industrial automation systems. When will this balance of power be disrupted? The thesis suggests how industrial automation could join the mainstream ICT industry and create an information, communication and automation (ICAT) industry. Lately the Internet of Things (loT) and weightless networks, a new standard leveraging frequency channels earlier occupied by TV broadcasting, have gradually started to change the rigid world of Machine to Machine (M2M) interaction. It is foreseeable that enough momentum will be created that the industrial automation market will in due course face an architecture disruption empowered by these new trends. This thesis examines the current state of industrial automation subject to the competition between the incumbents firstly through a research on cost competitiveness efforts in captive outsourcing of engineering, research and development and secondly researching process re- engineering in the case of complex system global software support. Thirdly we investigate the industry actors', namely customers, incumbents and newcomers, views on the future direction of industrial automation and conclude with our assessments of the possible routes industrial automation could advance taking into account the looming rise of the Internet of Things (loT) and weightless networks. Industrial automation is an industry dominated by a handful of global players each of them focusing on maintaining their own proprietary solutions. The rise of de facto standards like IBM PC, Unix and Linux and SoC leveraged by IBM, Compaq, Dell, HP, ARM, Apple, Google, Samsung and others have created new markets of personal computers, smartphone and tablets and will eventually also impact industrial automation through game changing commoditization and related control point and business model changes. This trend will inevitably continue, but the transition to a commoditized industrial automation will not happen in the near future.

Prototipo de RINA sobre Ethernet

Este PFM se enmarca dentro del trabajo a realizar por el proyecto IRATI. IRATI es un proyecto STReP (Specific Targeted Research Project) financiado por la Unión Europea dentro del programa FP7 (Seventh Framework Programme for Research and Technological Development). El objetivo general de IRATI es conseguir una mayor compresión y exploración de RINA. El trabajo que se reportará en este PFM es (aproximadamente) la primera fase del diseño y desarrollo de un prototipo de RINA sobre Ethernet en el seno del Kernel (Linux), basándose y generando software libre.

Autoritat de certificació PKI amb serveis en línia

La finalitat d'aquest projecte és la creació d'una aplicació que faci les funcions d'una Autoritat de Certificació (CA) dins del marc d'una Infraestructura de Clau Pública (PKI). Aquesta aplicació té una interfície web que ofereix una sèrie de serveis en línia.Les operacions que ofereix seran de dos tipus:- Públiques: d'accés obert i que permet obtenir certificats mitjançant fitxers de petició PKCS#10 o introduint les dades de l'usuari. També permet descarregar la Llista de Revocació de Certificats (CRL) i el certificat arrel de la CA.- Privades: on l'usuari s'haurà d'autenticar prèviament com a administrador, ja sigui amb una connexió local i l'ús d'un nom d'usuari i una contrasenya o amb la presentació d'un certificat autoritzat. Les funcions que es podran dur a terme inclouen la posada en marxa de l'aplicació, la seva reinicialització, la gestió de drets d'administrador, la consulta de certificats, la revocació d'aquests o la publicació de la CRL.Les operacions internes de l'aplicació estan separades de la interfície amb l'objectiu de que es puguin fer servir des d'un altre programari.El producte ha estat desenvolupat en llenguatge Java i s'executa mitjançant un contenidor de servlets Apache Tomcat sobre Linux (tot i que seria fàcilment portable a altres contenidors i sistemes operatius). Es fa servir una base de dades MySQL per emmagatzemar la informació de l'aplicació.L'objectiu del projecte és aprofundir en els coneixements sobre Infraestructures de Clau Pública i en les funcions i serveis que ha d'oferir una Autoritat de Certificació, posant un especial èmfasi en tot el referent a la seguretat del sistema.

Creación del núcleo de un servidor web

L'objectiu particular és elaborar el nucli principal d'un servidor web, que tingui com a característiques: multithread, multiprocés, desenvolupament en Java, funcionament en entorns Windows, GNU Linux i heterogenis.

Servidor d'impressió per a ordinadors a monedes

Aquest projecte es va realitzar per a un client que disposa d’un conjunt d’uns 100 ordinadors per a accés a internet amb accés temporitzat per monedes, ubicats en diferents locals, I havia observat una creixent demanda del servei d’impressió, entre d'altres per a fer el checkin per a ryanair.L'objecte d'aquest projecte és crear un sistema que permeti realitzar el cobrament de les impressions de forma prèvia i automàtica, alhora que clara per al client final. Aquest sistema ha de funcionar de forma autònoma, alliberant així al personal del local de les tasques de gestió de la impressora.Cal tenir en compte que aquest sistema ha de funcionar tant per a Linux com per a Windows XP o superior.Es dissenyarà l’electrònica i el software corresponent al servidor d’ impressió,així com les comunicacions entre el servidor d’impressió i els ordinadors per monedes. Quant als ordinadors controlats per monedes, s'implantarà la comunicació amb el moneder, per tal de controlar el crèdit disponible i descomptar el temps corresponent a les impressions. Per altre banda, es realitzarà una interfície d'usuari on es comunicarà a l’usuari el preu de les impressions, el temps que se li restarà, el que té disponible i el que li restaràdesprés de realitzar la impressió. En aquesta mateixa pantalla se li donarà la opció d'acceptar o rebutjar la impressió abans que li sigui descomptada del temps disponible

Tienda online de pita pinta

El proyecto consiste en la creación de un portal web para la venta de gallina de raza autóctona asturiana, pita pinta. El cliente, criador de esta raza, encarga esta web para dar a conocer su gallinero y ofrecer material relacionado con la cría y productos de alimentación, todo ello para su encargo y compra por internet.

GPL license compliance

The enormous success of Linux in the consumer electronics industry has unfortunately led to a dramatic increase in license violations in devices. In this talk we will shortly look at the backgrounds of these violations, tooling to help uncover violations and what is needed to prevent future violations from happening.

Embedded Monitoring Server

This study investigates, designs, and implements an inexpensive application that allows local and remote monitoring of a home. The application consists of an array of sensors for monitoring different conditions in a home environment and also for accessing the devices that might be connected to the system. Only a few sensors are initially involved in this study and information about the temperature level, forced entry detection, smoke and water leakage detection can be obtained at any time from any location with an Internet connection. The application software (coded in C language) runs on an embedded system which is basically a wireless Linksys router running on a GNU/Linux based firmware for embedded systems. Interaction between the sensors and the application software is achieved through an implemented sensor interfacing circuit. The communication with the sensor interfacing unit is done through the serial port, and accessibility of the connected sensors is achieved through a telnet client. The sensors can be accessed from local and remote locations with the sensors giving reliable information. The resulting application shows that it is possible to use the router for other applications other than what it is intended for.

Taajuusmuuttajan ohjelmiston testaus

Tämän diplomityön tavoitteena oli kehittää menetelmiä ja ohjeitataajuusmuuttajan sulautetun ohjelmiston kehityksen aikaiseen testaukseen. Soveltuvia menetelmiä etsittiin tutkimalla laajasti kirjallisuutta sekä selvittämälläyrityksen testauskäytäntöä. Tutkittuja kirjallisuudesta löytyneitä menetelmä olivat testauskehykset, simulointi ja staattinen sekä automaattinen testaus. Kirjallisuudesta etsittiin myös menetelmiä, joiden avulla testausprosessia voidaan helpottaa tai muuten parantaa. Tällaisista menetelmistä tutkittiin muun muassa testidatan valintaa, testauslähtöistä kehitystä sekä testattavuuden parantamista. Lisäksi selvitettiin uudelleenkäytettävien testien ohjelmointiin soveltuvia ohjelmointikieliä. Haastatteluiden ja dokumentaation avulla saatiin hyvä käsitys yrityksessä vallitsevasta testauskäytännöstä sekä sen ongelmakohdista. Testauksen ongelmiksi havaittiin testausprosessin järjestelmällisyyden puute sekä tarve suunnittelijoiden testauskoulutukseen. Testausprosessin parantamiseksi esitetään moduulitestauskehyksen käyttöönottoa. Lisäksi suunnittelijoiden testauskoulutuksella arvioidaan olevan suuri vaikutus koko testausprosessiin. Testitapausten suunnitteluun esitetään menetelmiä, joiden avulla voidaan suunnitella kattavampia testejä.

Yhteisön langaton palvelualusta

Yhteisön langaton palvelualusta on konsepti langattomien yhteisöllisten verkkopalveluiden tarjoamiseen.Konsepti perustuu langattomaan WLAN-reititinlaitteeseen sekä Linux-käyttöjärjestelmäpohjaiseen laiteohjelmistoon, joiden avulla voidaan tarjota paikallisia, erilaisten pienten yhteisöjen käyttöön tarkoitettuja langattomia verkkopalveluita.Soveltuvia käyttökohteita voivat olla esimerkiksi asuntoyhteisöjen välinen tiedotuskanava tai perheen sisäinen viihdekeskus, jonka kautta voidaan tarjota yhteisön toimintaa helpottavia ja tavoitteita edistäviä palveluita. Yhteisön langattomat palvelut perustuvat vapaisiin ohjelmistoihin, jotka mahdollistavat monipuolisen palveluvalikoiman luomisen. Langattoman palvelualustan avulla pienten yhteisöjen tarvitsemat langattomat palvelut voidaan luoda helposti, edullisesti ja joustavasti, ilman kaupallisten palveluoperaattoreiden asettamia rajoituksia.

Ennakoivan Bluetooth -verkon hyödyntäminen paikkatietoon pohjautuvan opastusjärjestelmän toteutuksessa

Tekniikan kehitys ja elämänrytmin kiihtyminen ajaa eteenpäin sekä tarvetta että mahdollisuuksia toteuttaahenkilökohtaisia opastusjärjestelmiä. Lyhyen kantaman langattomat kommunikaatioteknologiat mahdollistavat erilaisten paikkasidonnaisten palveluiden, kuten opastusjärjestelmien toteuttamisen kohtuullisilla kustannuksilla. Markkinoilla olevista järjestelmistä sisätiloihin sijoittuvaan reaaliaikaiseen opastukseen soveltuvaa järjestelmää on vaikea löytää ja useimmat niistä hyödyntävät WLAN -tekniikkaa, joka ei ole kovin laajasti tuettuna matkapuhelimen kaltaisissa kannettavissa päätelaitteissa. Tässä työssä tuodaan esille Bluetooth -tekniikalla toteutettavien reaaliaikaisten järjestelmien ongelmia ja esitellään yksi ratkaisumalli. Toimintaa vaikeuttaa lähinnä pitkä yhteyden muodostumisaika, joka koostuu verkon laitteiden hakemiseen kuluvasta pitkästä vaikeasti kestoltaan arvioitavasta ajasta ja valittuun kohteeseen yhteyden muodostamiseen kuluneesta ajasta. Toteutetussa Bluetooth -opastusjärjestelmässä opastettavien laitteiden hakeminen liityntäpistettä vaihdettaessa on voitu jättää pois, koska yhteyden muodostamiseen vaaditut tiedot välitetään liityntäpisteille kiinteän Ethernet -verkon välityksellä. Työntuloksena syntyneen opastusjärjestelmän käyttökokemukset osoittavat opastusverkon suunnittelun olevan haastava tehtävä, mutta verkon toimintakuntoon saattamisen jälkeen järjestelmän suorituskykyyn saadaan huomattava parannus. Demonstraatiototeutus rajoittaa käytettävän laitteiston Linux-pohjaisiin järjestelmiin, vaikka laajemman käyttöönoton varmistamiseksi järjestelmä tulisi tehdä siirrettäväksiesimerkiksi Symbian -alustalle.

3G SGSN Toiminnallisuustestauksen Automatisointi

3G SGSN (3rd Generation Serving GPRS Support Node) onUMTS (Universal Mobile Telecommunications System) pakettiverkon verkkoelementti, joka toimii linkkinä ulkoisen verkon(kuten Internet) ja radioverkon välillä. 3G SGSN ylläpitää tilaajan tietoja ja paikannustietoja päätelaitteen liikkuessa verkon sisällä ja välittää myös dataa ulkoisen verkon ja mobiilipäätelaitteen välillä. Tämän diplomityön aiheena on 3G SGSN toiminnallisuus-testauksen automatisointi. Työssä kehitetään 3G SGSN toiminnallisuustestaukseen soveltuva testauksen automatisointijärjestelmä Linux-ympäristössä AuTS (Automated Test Sequences)-automatisointityökalulla. Kehitystyöhön kuuluu järjestelmän suunnittelu ja toteutus. Toteutettu automatisointijärjestelmä suorittaa 3G SGSN toiminnallisuustestauksen istunnon- ja liikkuvuudenhallinnan testitapauksia.Suoritettujen testitapausten tuloksista luodaan HTML (Hypertext Markup Language)-raportti, joka sisältää tiedot ja analyysit suoritetuista testitapauksista sekä linkit testitapausten lokitietoihin. Hyvä automatisointi vaatii suunnittelua, jossa huomioidaan käytettävyys ja ylläpidettävyys. Näihin ominaisuuksiin on toteutuksessa kiinnitetty erityistä huomiota. Lopputuloksena saatiin toimiva automatisointijärjestelmä, joka osoittaa automatisoinnin tuovan huomattavia etuja toiminnallisuustestauksen tehokkuuteen. Työssä käsitelläänmyös ohjelmistotestausta sekä testauksen automatisointia ja niiden periaatteita.

Terrestrial Trunked Radio - verkossa toimivan reaaliaikaisen Short Data Service - viesteihin perustuvan telemetriasovelluksen ohjelmistokehitys

Tämä diplomityö tarkastelee TETRA-verkon soveltuvuutta turvallisuusviranomaisille tarkoitettuun telemetriasovellukseen, jossa erilaiset mittausdatat ja hälytystiedot kulkevat verkon yli SDS-viestiliikenteenä. Diplomityön tarkoituksena on tehdä kaksi sulautettua ohjelmistoa sekä yksi PCohjelmisto, joita käytetään rakennettavassa demolaitteistossa. Lisäksi selvitetään TETRA-verkon toimivuus ja rajoitukset sovelluksessa eri olosuhteissa ja eri kuormitustilanteissa. Diplomityön teoriaosassa käydään läpi työn määrittely ja ohjelmistonkehitysprosessin läpivienti eri osa-alueilla. Loppuosassa kuvataan tehdyt ohjelmistot erikseen ja yhdessä suunnittelusta toteutukseen, sekä lopullisen järjestelmän testaus.

WiBed, A Platform for Commodity Wireless Testbeds

Testbeds are a stage between the simulation and the production stages. To this end they must be as close as possible to production environments (i.e. real hardware, on the field deployments) while also keeping the traits of experimentation facilities (i.e. fault tolerance, ease of deployment, testing and data collection). This paper presents WiBed, a FOSS platform for WiFi testbeds based on OpenWRT Linux made to run oncommodity IEEE802.11 WiFi routers part of the Community-lab.net project, a global testbed for Community networks. WiBedhas been designed to support realistic low layer network exper-iments (according to the OSI model). This work recolects thedetails of the architecture, design and implementation of WiBed consolidated during its operation as a testbed. In addition to a set of routing experimentation results obtained during the Wireless Battlemesh v7 where WiBed was used as testbed platform.