Effects of high CO2 and light quality on the growth of the seagrass Cymodocea nodosa (Ucria) Ascherson

Dissertação de Mestrado, Biologia Marinha, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2015

Utilidad de la leucocitosis, neutrofilia y concentración de la proteína C Reactiva, en pacientes con sospecha de diagnóstico de apendicitis aguda, Hospital Vicente Corral Moscoso, Cuenca Ecuador, 2009

Se realiza un estudio descriptivo con el fin de validar la leucocitosis, neutrofilia y valor de la proteína C reactiva en relación con los resultados histopatológicos en paciente con diagnóstico de apendicitis aguda e intervenidos quirúrgicamente en el Hospital Vicente Corral Moscoso de la ciudad de Cuenca en el año 2009.MATERIAL Y MÉTODO: la muestra se conformó con 100 pacientes escogidos aleatoriamente y que cumplieron con los criterios de inclusión y exclusión constantes en el diseño. Se describen los principales hallazgos clínicos, de laboratorio, los resultados de la histopatología postoperatoria y se valora la sensibilidad, la especificidad, el valor predictivo positivo, valor predictivo negativo, el índice de Youden y la razón de verosimilitud positiva y negativa de la leucocitosis, neutrofilia y valores de la proteína C reactiva en el diagnóstico de apendicitis aguda. RESULTADOS: la leucocitosis tiene una sensibilidad del 86.05 % y una especificidad del 92.86 %. El valor predictivo positivo es del 98.67 % y el valor predictivo negativo del 52.0 %. La razón de

Apendicitis aguda: validez de la proteína C reactiva cuantitativa y citología peritoneal en su diagnóstico Hospital Vicente Corral Moscoso. Cuenca 1996-1997

El diagnóstico de la apendicitis aguda continúa siendo uno de los problemas clínico-quirúrgicos más difíciles en los departamentos de urgencia. El valor diagnóstico de la proteína C Reactiva y la Citología peritoneal por Punción, fueron evaluados en un estudio clínico-descriptivo de 81 pacientes administrados en el servicio de emergencia del Hospital Vicente Corral Moscoso, de la ciudad de Cuenca con diagnóstico presuntivo de apendicitis aguda. Las pruebas fueron realizadas en muestras de sangre y aspirado peritoneal, obtenidas en el momento de la admisión. 52 pacientes fueron intervenidos, de estos 39 tuvieron apendicitis, 5 presentaron otro tipo de patología quirúrgica y 8 fueron innecesariamente operados. Los 29 pacientes que no fueron intervenidos, se recuperaron satisfactoriamente en forma espontánea o luego de tratamiento alternativo respectivo. La sensibilidad, especificidad y valores predictivos de ambas pruebas y su combinación fueron calculadas; así como su comparación con el recuento y fórmula leucocitaria. Usando intervalos de referencia estándar, la PCR, demostró la mayor sensibilidad [92 por ciento] y el mejor valor predictivo negativo [91 por ciento]. Al combinar PCR y CPP, se mejoro la sensibilidad y el valor predictivo [100 por cieto para ambas], con una especificidad aceptable [69 por ciento]. Concluimos que al usar las pruebas por separado o combinadas, tiene un valor limitado para predecir apendicitis, sin embargo, la combinación entre el recuento leucocitario, PCR y CPP, o las dos últimas simplemente, denotaron un valor predictivo negativo de 100 por ciento, indicando esto que la apendicitis no es posible cuando las pruebas son simultáneamente negativas. Por ello nuestra recomendación es la de usar las pruebas en combinación para reducir el índice de laparotomías negativas en pacientes con sospecha de apendicitis

Exploring chalcolithic diet and mobility of humans and animals from Perdigões site

Chalcolithic diet at Perdigões (Reguengos de Monsaraz) was investigated using stable carbon and nitrogen isotope analysis of human bone collagen. Strontium isotopes of faunal dental enamel were used to establish the site local range and to distinguish the presence of non-local individuals. ATR-FTIR and EA analysis were used to determine the degree of bone diagenesis and to evaluate the reliability of the stable isotopic composition for paleodietary reconstruction. The individuals from which paleodietary results were obtained had a diet based on C3 terrestrial resources and some animal protein. Data from Perdigões site, was compared with the published data from other Iberian Chalcolithic populations. Site comparison revealed that diet through Iberian Peninsula have mainly maintained terrestrial dietary focus consistent with animal husbandry and farming on C3 plants with occasional intake of freshwater or marine resources. Strontium isotopic composition of enamel revealed that some of the individuals from Perdigões site were non-local; Resumo: A dieta de indivíduos do período Calcolítico dos Perdigões (Reguengos de Monsaraz) foi investigada através de análise de isótopos estáveis de carbono e azoto no colagénio ósseo. Isótopos de estrôncio do esmalte dentário de fauna foram utilizados para estabelecer o sinal local dos Perdigões, permitindo distinguir a presença de alguns indivíduos e fauna não-locais. A avaliação da diagénese óssea foi efectuada através de análises realizadas com analisador elementar e com ATR-FTIR, de forma a validar dos resultados isotópicos obtidos. Os indivíduos para os quais foi possivel obter resultados isotópicos de carbono e azoto apresentam uma dieta baseada em recursos terrestres, plantas C3, e alguma proteína animal. A comparação efectuada com outros sitios arqueológicos da Peninsula Ibérica revelaram que a dieta das populações é sobretudo feita à base de plantas C3, com ingestão de alguma proteina animal e ingestão ocasional de produtos marinhos ou provenientes de água doce.

Protein cutoff scanning: a comparative analysis of cutoff dependent and cutoff free methods for prospecting contacts in proteins.

In this study, we carried out a comparative analysis between two classical methodologies to prospect residue contacts in proteins: the traditional cutoff dependent (CD) approach and cutoff free Delaunay tessellation (DT). In addition, two alternative coarse-grained forms to represent residues were tested: using alpha carbon (CA) and side chain geometric center (GC). A database was built, comprising three top classes: all alpha, all beta, and alpha/beta. We found that the cutoff value? at about 7.0 A emerges as an important distance parameter.? Up to 7.0 A, CD and DT properties are unified, which implies that at this distance all contacts are complete and legitimate (not occluded). We also have shown that DT has an intrinsic missing edges problem when mapping the first layer of neighbors. In proteins, it may produce systematic errors affecting mainly the contact network in beta chains with CA. The almost-Delaunay (AD) approach has been proposed to solve this DT problem. We found that even AD may not be an advantageous solution. As a consequence, in the strict range up ? to 7.0 A, the CD approach revealed to be a simpler, more complete, and reliable technique than DT or AD. Finally, we have shown that coarse-grained residue representations may introduce bias in the analysis of neighbors in cutoffs up to ? 6.8 A, with CA favoring alpha proteins and GC favoring beta proteins. This provides an additional argument pointing to ? the value of 7.0 A as an important lower bound cutoff to be used in contact analysis of proteins.

Relação umidade: proteína em genótipos de frangos de corte.

2016

Quantificação dos teores de óleo e proteína em grãos de genótipos de soja submetidos a diferentes regimes hídricos sob condições de campo.

2016

Ruolo del gene umano CYYR1: dallo studio funzionale dell'ortologo in Danio rerio alla potenziale implicazione in processi tumorigenici

Il locus CYYR1 identificato e clonato sul cromosoma 21 umano è stato caratterizzato dal punto di vista molecolare come un sistema multitrascritto, esclusivo dei vertebrati che ad oggi è orfano di una funzione specifica. Dati presenti in lettura e rintracciati mostrano una possibile relazione tra il gene CYYR1 e il pathway di Sonic Hedgehog (SHH). In questo progetto di tesi è stato utilizzato il modello animale Danio rerio per indagare il ruolo funzionale dell’ortologo (cyyr1), attraverso esperimenti di gain e loss of function che hanno permesso di dimostrare un suo coinvolgimento nello sviluppo del sistema nervoso centrale, del cuore e del tessuto muscolare. Lo studio dell’ortologo in zebrafish è stato associato all’utilizzo di linee cellulari di rabdomiosarcoma umano. I risultati ottenuti dall’induzione al differenziamento miogenico di queste linee, insieme ai dati ottenuti in Danio rerio, confermano il possibile coinvolgimento del gene CYYR1 nella miogenesi. Lo studio delle relazione tra il pathway di SHH e l’espressione del gene CYYR1 è stato condotto in entrambi i modelli con l’utilizzo di differenti inibitori della via di segnalazione. I risultati ottenuti mostrano che sistemi inibitori agenti direttamente sul recettore SMO riducono l’espressione del gene. Un dato inaspettato in Danio rerio ottenuto durante questi esperimenti di inibizione, ha aperto una nuova linea di ricerca in collaborazione con l’Università di Warwick tesa a verificare la relazione tra il gene cyyr1 e il gene lefty1. Gli esperimenti condotti presso il laboratorio della Prof.ssa Sampath hanno dimostrato la localizzazione del prodotto proteico cyyr1 in Danio rerio e indagato co-localizzazioni con la proteina lefty1. Infine, in collaborazione con Dr. Deflorian e della Prof.ssa Pistocchi, è stato generato un mutante di Danio rerio deleto per il gene cyyr1 con la tecnica CRISPR/Cas9. La caratterizzazione del mutante cyyr1 -/- ha confermato alcuni dei dati ottenuti attraverso esperimenti di loss of function.

Sintesi di nuovi derivati pirimidinici e valutazione della loro attività biologica come antitumorali

L'inibizione dell'attività della proteina CDC20, importante nel processo di regolazione del ciclo cellulare, è attualmente considerata un target sul quale indirizzare la ricerca di farmaci per il trattamento della leucemia mieloide acuta (LAM). Recenti studi hanno evidenziato che il nucleo 2-amminopirimidinico e il gruppo tricloroetilenico si sono dimostrati essenziali per l’inibizione del processo di attivazione di CDC20. In questo lavoro di tesi è spiegata la sintesi di derivati indolici, benzotiazolici e benzofurazanici aventi in comune i gruppi 2-amminopirimidinico e tricloroetilenico; sono inoltre riportati i risultati dei saggi di attività biologica effettuati su linee cellulari di LAM e altri carcinomi umani.

Attività enzimatica ed inibizione della tirosin-fosfatasi A (MptpA) di Mycobacterium tuberculosis in funzione del pH

La tubercolosi è una malattia infettiva causata dal batterio patogeno Mycobacterium tuberculosis. Tale micobatterio è in grado di secernere due importanti tirosin-fosfatasi, MptpA e MptpB, che esplicano un importante ruolo come fattori di virulenza permettendo la sopravvivenza del batterio all’interno dell’ospite mediante evasione della risposta immunitaria. In particolare, MptpA è un membro della famiglia delle tirosin-fosfatasi a basso peso molecolare ed è composta da 163 amminoacidi (17,9 kDa). L’enzima impedisce la normale maturazione del fagosoma e la fusione fagosoma-lisosoma, attraverso la defosforilazione della proteina VPS33B, inibendo così la risposta cellulare all’infezione. Obiettivo del seguente lavoro di tesi è stato analizzare il comportamento catalitico di MptpAW152F, variante caratterizzata dalla presenza di un solo triptofano, in funzione del pH. È stata inoltre valutata l’eventuale inibizione dell’attività enzimatica ad opera di alcuni composti naturali, i glucosinolati e di un inibitore di sintesi (L335-M34). Lo studio cinetico effettuato in presenza del substrato fosfotirosina ha evidenziato la presenza di un secondo sito allosterico, adiacente al sito attivo dell’enzima, che influenza l’attività di MptpAW152F. Questo risulta essere un promettente bersaglio per la progettazione di nuovi farmaci ed inibitori selettivi. La valutazione di alcuni tra questi, come l’inibitore sintetico L335-M34 ha riportato risultati promettenti. I saggi di attività in pre-steady-state in funzione del pH e le analisi SPR hanno permesso di indagare ulteriormente l’affinità di legame tra MptpAW152F e la fosfotirosina e di evidenziare il riarrangiamento strutturale dell’enzima da una forma aperta ad una forma chiusa, cataliticamente attiva.

Stewardship antibiotica neonatale: valutazione dell'esposizione antimicrobica nelle sospette early onset sepsis (EOS)

Background: Le early-onset sepsis (EOS) sono infezioni batteriche invasive definite dalla presenza di batteri nel sangue e/o nel liquor cefalorachidiano che esordiscono nelle prime 72 ore di vita e causano in epoca neonatale mortalità e morbilità importanti. Scopo: Determinare l’eccesso di trattamento antibiotico (Overtreatment index=OI) nei neonati di EG ≥34 settimane con sospetta sepsi ad esordio precoce. Metodi: Tutti i nati dal 1.01.2014 al 31.12.2018 di EG ≥34 settimane presso IRCCS Azienda Ospedaliero-Universitaria e l’Ospedale Maggiore di Bologna che hanno ricevuto terapia antibiotica endovenosa nelle prime 168 ore di vita nel sospetto di EOS. Sono stati identificati 2 gruppi: EOS provata (N=7) ed EOS sospetta (N=465). Risultati: L’incidenza di EOS è stata 0.22 su 1000 nati vivi, rispettivamente 0.12/1000 per Streptococcus agalactiae (GBS) e 0.06/1000 per Escherichia coli (E.coli). L’1.75% dei neonati ha ricevuto terapia antimicrobica empirica a largo spettro. L’OI è risultato 68. L’esposizione al trattamento antibiotico nella popolazione è stata di 85 giorni/1000 nati vivi. Tra i fattori di rischio materni, il tampone vagino-rettale (TVR) e l’urinocoltura positiva sono risultati associati al rischio di EOS provata (p=.017, p =.000). I valori di proteina C reattiva (PCR) al T0, T1 e T2 tra i due gruppi sono risultati significativi (p=.000). All’analisi multivariata è stata confermata la significatività delle variabili descritte. (TVR non noto OR=15.1, 95%CI 1.98-115.50, p =.009, urinocoltura positiva OR=30.1, 95%CI 3.6-252.1, p = .002, PCR T0 OR=1.6, 95% CI 1.29-2.07, p = .000.) Conclusioni: L’individuazione precoce di fattori di rischio e la valutazione degli indici di flogosi in neonati sintomatici può ridurre l’OI e la durata della terapia antibiotica in casi di sepsi non confermata. L’uso appropriato degli antibiotici in questa popolazione è particolarmente importante poichè riduce lo sviluppo di germi multiresistenti. Nelle Terapie Intensive Neonatali, i programmi di stewardship antimicrobica dovrebbero guidare la gestione delle sepsi.

Paleoproteomica e osteoarcheologia: determinazione di sesso e specie da resti ossei frammentari

La buona riuscita delle analisi archeozoologiche e antropologiche è molto condizionata dallo stato di conservazione in cui si trova il reperto da analizzare. Soprattutto nei siti paleolitici, l’alto tasso di frammentazione dei resti può ostacolare l’ottenimento delle informazioni, compromettendo la comprensione del contesto preso in esame. Il presente studio ha avuto come scopo quello di sperimentare e proporre un protocollo metodologico che supportasse l’approccio morfologico tradizionale combinandolo con quello proteomico. Diverse sono le problematiche affrontate: la penuria di informazioni tassonomiche ricavabili da contesti paleolitici con ossa particolarmente frammentate, l’impossibilità di ottenere dati sulla stima del sesso in individui non adulti e la limitata attendibilità nell’ottenimento della determinazione del sesso negli individui privi dei distretti scheletrici sessualmente dimorfici. Nel primo caso, lo studio morfologico di resti provenienti da contesti di transizione tra Paleolitico medio e superiore è stato combinato alla ZooMS (Zooarchaeology by mass spectrometry) una tecnica di peptide mass fingerprinting che permette di identificare la specie di un frammento osseo tramite l’analisi della proteina più abbondante all’interno delle ossa, il collagene I. L’analisi dell’amelogenina, una proteina contenuta all’interno dello smalto dentale, è stata proposta come metodo alternativo per la stima del sesso, applicata a diversi casi studio per avvalorare la sua affidabilità. Il metodo qui proposto ha permesso di rendere informativi dei frammenti ossei e dentari indeterminati che normalmente non avrebbero contribuito, se non marginalmente, alle analisi archeozoologiche e antropologiche.

Effetto antinfiammatorio del trattamento emodialitico in pazienti con malattia renale cronica allo stadio terminale e COVID-19: confronto fra due filtri dializzatori (ATA vs PMMA)

Background I filtri dializzatori ad alto flusso potrebbero mitigare la “tempesta citochinica" nell'infezione da Sars-COV-2, ma il loro impatto nei pazienti in dialisi cronica non è accertato. Lo scopo delle studio è valutare l’effetto del filtro in triacetato asimmetrico di cellulosa (ATA) e in polimetilmetacrilato (PMMA) sui marcatori infiammatori in pazienti in dialisi cronica affetti da SARS-CoV-2. Metodi Si tratta di uno studio prospettico osservazionale su pazienti in trattamento emodialitico cronicp con COVID-19 arruolati da marzo 2020 a Maggio 2021.Le variabili cliniche, la conta leucocitaria, la IL-6, la proteina C-reattiva (PCR), la procalcitonina (PCT) e la ferritina sono state determinate al basale. I valori ematici di PCR, PCT, e IL-6 sono stati determinati pre e post-dialisi per ogni seduta effettuata (i valori ottenuti sono stati corretti per ’emoconcentrazione). I pazienti sono stati trattati con emodiafiltrazione online con un filtro ad alto flusso in PMMA o ATA. L’end-point primario è stato valutare l’effetto dei due filtri sulle molecole infiammatorie, in particolare sulla reduction ratio (RR) della IL-6. Risultati Dei 74 pazienti arruolati, 48 sono trati trattati con filtro ATA e 26 con filtro PMMA (420 vs 191 sedute dialitiche). La RR percentuale mediana della IL-6 è risultata maggiore nel gruppo ATA (17,08% IQR -9,0 - 40.0 vs 2,95% IQR -34,63 – 27,32. Anche le RR percentuale di PCR e PCT sono state maggiori nel gruppo ATA. La regressione logistica multipla avente come variabile dipendente una IL-6RR maggiore del 25%, ha mostrato che ATA determinava una maggiore probabilità di raggiungere l’outcome dopo correzione per i parametri infiammatori pre-dialisi (OR 1,721 95% CI 1,176 – 2,538 p=0,0056). Al contrario una PCR elevata riduceva la probabilità di ottenere una IL-6RR significativa (OR 0,9101 95% CI 0,868 – 0,949, p<0.0001). Conclusioni Nella nostra popolazione il filtro ATA ha mostrato un migliore profilo antiinfiammatorio.

Identificazione di un nuovo meccanismo microRNA-dipendente di resistenza all'inibizione della via di segnale PI3K/AKT nel carcinoma della prostata

Benché le alterazioni della via PI3K/AKT siano molto sudiate a causa del loro ruolo nella tumorigenesi, e rappresentino pertanto un importante bersaglio terapeutico, i risultati di numerosi studi clinici con inibitori di PI3K o AKT sono finora deludenti, in parte a causa dell’insorgenza di resistenza provocata dall'interruzione dei circuiti di feedback negativo. In questo studio, abbiamo scoperto che l’inattivazione farmacologica di AKT in cellule di carcinoma prostatico PC3 porta alla down-regolazione di un microRNA con funzione di oncosoppressore, il miR-145-5p, e ad un drammatico aumento di espressione di uno dei suoi geni target, cioè N/KRas. E’ interessante sottolineare che questo microRNA è considerato un marker di progressione metastatica nel carcinoma prostatico, il cui livello di espressione aiuta a discriminare tra pazienti con iperplasia prostatica benigna e cancro alla prostata. Inoltre, la bassa espressione di miR-145 aumenta il rischio di progressione della malattia da localizzata a metastatica. La conferma che l’aumento di Ras, osservato sia in termini di mRNA che di proteina, è dipendente dalla caduta del miR-145-5p, è stata poi ottenuta tramite un modello di PC3 ingegnerizzate per ottenere il silenziamento inducibile del miR-145-5p. Tramite un array di fosfoproteine siamo poi stati in grado di verificare che l’aumento di Ras provoca la riattivazione della cascata di PI3K/AKT e di ERK. Dal punto di vista meccanicistico, quindi, lo studio ha portato all’identificazione di un nuovo meccanismo di resistenza adattativa, in cui l’inattivazione di AKT provoca una caduta del miR-145-5p che, a sua volta, aumenta l’espressione di Ras e riattiva il signaling di PI3K, rendendo inefficace il trattamento farmacologico. Questi risultati sono particolarmente rilevanti alla luce di recenti studi (NCT04493853; NCT03072238; NCT02525068) e di trial clinici in corso (NCT04737109; NCT03673787), basati sulla somministrazione combinata di inibitori della sintesi degli androgeni con gli inibitori di AKT capitasertib o ipatasertib.

Comprendere come lo stato genetico di TP53 influenza la risposta al deficit indotto sul Complesso I mitocondriale come terapia anticancro

Il Complesso I (CI) mitocondriale è uno dei target metabolici più promettenti nelle terapie anti- cancro. In particolare, la metformina è un inibitore noto del CI, capace di inibire la crescita delle cellule tumorali, ma non di eradicare la patologia. Recentemente, l’associazione metformina ed ipoglicemia si è rivelata letale per i tumori, sebbene l’efficacia terapeutica del trattamento sinergico possa essere influenzata dall’accumulo di alterazioni genetiche nei più noti drivers della tumorigenesi. Abbiamo così investigato l’effetto dello stress metabolico indotto dalla restrizione di glucosio in un pannello di linee cellulari tumorali con un severo deficit sul CI e con un diverso stato genetico di TP53. Il deficit del CI associato alla carenza di glucosio inducono un abbattimento dei livelli di espressione della proteina p53 mutata, ma non della controparte wild-type. Il fenomeno biologico osservato non dipende né da un blocco trascrizionale, né dall’innesco di vie di degradazione intracellulare, come proteasoma ed autofagia. La scomparsa di p53 mutata, invece, sembra dipendere da un blocco generale della sintesi proteica, verosimilmente indotto dallo stress energetico e nutrizionale. Nella controparte p53 wild-type, invece, si osserva solo una parziale riduzione della sintesi proteica, suggerendo l’innesco di possibili vie di adattamento per compensare il danno sul CI. La carenza di amminoacidi è una caratteristica dei tumori solidi che potrebbe essere esacerbata in condizioni di deficit generali della catena respiratoria mitocondriale. In particolare, l’inibizione del CI causa auxotrofia da aspartato, metabolita limitante per la proliferazione, condizione che potrebbe generare il blocco della sintesi proteica osservato. L’incremento di espressione dei livelli del trasportatore aspartato/glutatammato mediata da p53 mutata compensa l’auxotrofia da aspartato, identificando un meccanismo di adattamento al deficit del CI. Dunque, i risultati ottenuti sottolineano l’importanza di implementare la terapia anti-complesso I nel cancro, poiché il diverso stato di p53 può alterare l’efficacia del trattamento.