Comparação de métodos para extração de dna na reação em cadeia da polimerase para detecção de Salmonella enterica sorovar enteritidis em produtos avícolas

The identification of Salmonella spp. in food samples by microbiological diagnosis is time consuming, with approximately five different stages, requiring about 120 hours until the final result. The utilization of the polymerase chain reaction technique (PCR) can reduce this time, but substances present in samples may affect the reaction. The present work aimed to compare DNA extraction by thermic treatment and by the use of cetyltrimethil ammonium bromide (CTAB), in products originated from poultry houses corresponding to raw material (meat meal) and experimentally contaminated drag swabs. Materials obtained from the extractions were submitted to PCR, utilizing a pair of initiator oligonucleotides for amplification of Sdf 1 gene fragments. Comparing the methods of extraction, it was observed that when CTAB was employed, SE was detected in 70% of meat meal and in 80% of drag swabs, while the thermic treatment method yielded positive results in 20% of meat meal and in 40% of drag swabs. SE was detected under both methods utilized for DNA extraction, but the use of CTAB detected a greater number of positive samples, compared with thermal treatment.

Métodos de classificação de imagens na identificação de áreas cultivadas com citros

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Comparação de métodos de classificação de imagens na identificação de áreas cultivadas com citros

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Polinização controlada em eucaliptos nas empresas florestais brasileiras

Controlled pollination is an important tool in a forest genetic improvement program, which permits to choose parents and make specific crosses maximizing gains and providing superior genotypes in less time than conventional pollination. To verify the needs of the forest companies regarding the conduction of controlled pollination orchards in the breeding program, a specific questionnaire was sent in September 2011 to companies associated to IPEF. The objective of the questionnaire was to collect basic information about the current situation of controlled pollination orchards and check the main difficulties and demands related. It was found that use of the controlled pollination orchard has begun to be used by companies in the Brazilian forest sector just a few years ago and is considered to be very important in breeding programs in order to shorten the time to obtain new genotypes; but there is still need of crucial information regarding the management of these orchards. The main demands are: Basic concepts of flowering induction; homogeneity of flowering; hormonal induction and alternative techniques for flowering; relationship between management and genotypes used; variations in the flowering of different genotypes; management of the orchard in the different phenological phases; process of grafting typesand interaction between graft and rootstock, irrigation systems; species identification and flowering map.

Identificação de cavidades em voçoroca por meio da aplicação do método geofísico da eletrorresistividade

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Identificação de genes de predisposição à síndrome dos carcinomas de mama e tireoide por sequenciamento total do exoma

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Comparação da dinâmica populacional e identificação dos estoques pesqueiros do camarão sete-barbas Xiphopenaeus kroyeri (Heller, 1862) (Decapoda, Penaeidae) no litoral brasileiro

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Avaliação visceral da técnica sorológica para Leishmaniose visceral e doença de Chagas em animais silvestres e identificação molecular

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Comparação da dinâmica populacional e identificação dos estoques pesqueiros do camarão sete-barbas Xiphopenaeus kroyeri (Heller, 1862) (Decapoda, Penaeidae) no litoral brasileiro

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Avaliação visceral da técnica sorológica para Leishmaniose visceral e doença de Chagas em animais silvestres e identificação molecular

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

SERVIÇOS E PRODUTOS DO SIBi/USP: descrição dos processos essenciais, gerenciais e de apoio

O Modelo de Gestão do Sistema Integrado de Bibliote cas da Universidade de São Paulo (SIBi/USP) incorpora conceitos e ferramentas de ger enciamento que permeiam as organizações modernas para garantir melhores índice s de desempenho sistêmico e prestar serviços com qualidade e eficiência aos usuários. C omo parte do Modelo está a identificação e a descrição detalhada dos processos de trabalho do Sistema, assim como o estabelecimento de alguns indicadores de desempenho . A partir do trabalho inicial, foi elaborado um levantamento complementar para identif icação dos processos que abrangessem o conjunto do Sistema de forma ampla. O s dados foram dispostos em planilhas para melhor visualização, especialmente q uanto aos macro processos, processos, sub processos e atividades. Os processos foram sepa rados em essenciais, gerenciais e de apoio, além de elencadas as atividades pertinentes a cada um deles, bem como as instruções técnicas e fluxos de trabalho. Foram est abelecidos alguns indicadores, tendo por referência os da IFLA já estudados por outro Grupo de Trabalho. Daquele estudo quatro indicadores foram testados e validados pelo SIBi/US P por meio de aplicação piloto em algumas das Bibliotecas do Sistema e outros foram d efinidos no estudo atual. Com isso foi possível mapear os processos e as atividades desenv olvidas pelo conjunto de Bibliotecas sendo que cada Biblioteca, em função de sua especia lidade e especificidade pode adequar o seu mapeamento. A definição de um núcleo básico d e indicadores objetiva viabilizar a concretização da missão e dos objetivos em consonân cia com a política do SIBI/USP

O Mercosul sedimentar: sedimentos como produtos de exportação/importação

Devido à falta de bacias de drenagem significativas, a plataforma continental sul-sudeste brasileira foi considerada uma plataforma relíquia, na qual os sedimentos depositados representavam única e exclusivamente o fruto do retrabalhamento de sedimentos depositados em tratos de mar baixo. Nos últimos dez anos, a identificação de depósitos de mudbelts na plataforma continental interna e média, associada com o emprego de novos marcadores geoquímicos, permitiu a quebra desse paradigma, bem como o reconhecimento da importância da Bacia do Rio da Prata como elemento exportador de sedimentos para a margem continental do Atlântico Sudoeste. A utilização de isótopos radioativos, naturais e artificiais permitiu identificar o potencial de exportação de sedimentos de origem basáltica até a latitude de 25o S, permitindo separar, geoquimicamente, duas províncias sedimentares de plataforma, utilizando-se a Ilha de São Sebastião como feição morfológica a marcar essa diferenciação. A continuidade dos estudos, em colunas sedimentares holocênicas permitiu identificar o incremento do aporte do Rio da Prata, sobre a plataforma continental, na transição do Holoceno Médio para o Holoceno Tardio. Finalmente, novos estudos estão sendo propostos para avaliar a exportação desses sedimentos, em direção à bacia oceânica, através dos sistemas de cânions existentes no limite da província sedimentar da plataforma sul

Anatomia ecológica do lenho de espécies arbustivas e arbóreas que ocorrem naturalmente em bosques com drástico gradiente de precipitação ao Noroeste da Patagônia, Argentina

A utilização de gradientes ambientais no estudo de comunidades vegetais possibilita a eleição de sítios onde há a predominância de um fator abiótico que determina o sucesso ou o fracasso de espécies ao longo de sua extensão. Entre as inúmeras ferramentas utilizadas no estudo de gradientes climáticos, se destaca a anatomia do lenho, pois, é um ramo da ciência que permite analisar, além dos aspectos espaciais, os aspectos temporais dos sítios por meio dos anéis de crescimento. Além disso, a ampla distribuição das plantas lenhosas ao longo do globo possibilita análises em praticamente todos os tipos de biomas e ecossistemas terrestres. Dentro desse contexto estão os bosques andino-patagônicos de Araucaria araucana (Pehuén) ao norte de sua distribuição na Argentina. Esses bosques ocupam territórios caracterizados por um acentuado gradiente de precipitação, que vai de cerca de 3000 a 100 milímetros anuais, entre a cordilheira do Andes e a estepe patagônica, que os define como bosques mésicos e xéricos, com diferenças ecológicas que condicionam a formação vegetal, dinâmica, estrutura, relações com o clima e vulnerabilidade em cenários de mudanças ambientais. O objetivo do projeto foi descrever e analisar comparativamente a estrutura anatômica do lenho de 33 espécies arbóreas e arbustivas ocorrentes ao longo de um gradiente de precipitação, entre a encosta da cordilheira dos Andes e a estepe Patagônica, para verificar possíveis alterações anatômicas que permitam a determinação de tendências e elucidem os limites de distribuição das espécies. Foram coletadas amostras não destrutivas de lenho durante três expedições para a Patagônia entre 2012 e 2014, seguidas de procedimentos laboratoriais de confeccção de lâminas histológicas, preparo de amostras para análises dendrocronológicas, captura de imagens com câmeras acopladas a microscópios óptico e eletrônico de varredura, mensurações, descrições e análises comparativas com o auxílio de softwares. Foram identificados caracteres anatômicos exclusivos de sítios secos e úmidos que permitiram a caracterização, posicionamento ao longo do gradiente de precipitação e grupamento de espécies xerófitas e mesófitas; A ultra-estrutura das pontoações de traqueídeos de Araucaria araucana apresentou diferenças marcantes na frequência e porosidade de suas membranas, sendo maior e menos porosas em sítios xéricos, e menor e mais porosas nos mésicos; a chave dicotômica microscópica permitiu a identificação das 32 espécies arbustivas, as espécies Chuquiraga oppositifolia e Nothofagus antarctica apresentaram potencial dendrocronológico, e foram identificadas tendências anatômicas latitudinais influenciadas pelo clima nos extremos da América do Sul. A anatomia do lenho se mostrou uma ferramenta confiável no estudo de um gradiente de precipitação na Patagônia argentina, e os resultados apontam para riscos de embolismos e morte induzida por falha no sistema hidráulico de Araucaria araucana ao longo de todo o gradiente, em função do atual cenário climático, e suas projeções em médio e longo prazos.

Avaliação do potencial fotoprotetor e identificação de metabólitos secundários do fungo endofítico Annulohypoxylon stygium associado à alga marinha Bostrychia radicans

Os organismos marinhos constituem uma fonte potencial de metabólitos secundários biologicamente ativos. Neste contexto, os micro-organismos isolados de algas marinhas, dentre eles fungos endofíticos, representam alvos para a pesquisa de novas substâncias com potencial farmacológico pronunciado. Substâncias naturais provenientes de espécies de fungos associados às algas marinhas vêm sendo bastante utilizadas em formulações fotoprotetoras devido à ação antioxidante e ao potencial contra a radiação solar. Deste modo, o presente trabalho teve como objetivo a investigação biológica e química dos fungos endofíticos marinhos pertencentes à família Xylariaceae, o Annulohypoxylon stygium, o Cladosporium sp. e o Acremonium implicatum (Hypocreaceae). A princípio, foi realizado um screening para avaliar a absorção de luz ultravioleta na faixa do UVA e UVB pelos extratos obtidos em escala piloto destes fungos endofíticos associados às algas marinhas. O extrato do fungo A. stygium apresentou intensa absorção na região do UV, mostrando-se promissor para a produção de metabólitos secundários com ação fotoprotetora. Além do ensaio proposto, foi realizada a avaliação do potencial antibacteriano e antifúngico da espécie A. stygium. O estudo químico em escala ampliada deste fungo proporcionou o isolamento e identificação de uma substância inédita da classe derivada da 2,5- dicetopiperazina, 3-benzilideno-2-metil-hexahidro-pirrolo [1,2-?] pirazina-1,4-diona (Sf3), e além desta, foram isolados mais quatro metabólitos como, os diasteroisômeros 1-fenil-1,2- propanediol (Sd2) e 1-fenil-1,2-propanediol (Sd3), 1,3-benzodioxole-5-metanol (Sc1), 1,2- propanodiol-1-(1,3-benzodioxol-5-il) (Se1). Ainda foi possível a desreplicação de substâncias via cromatografia gasosa acoplada à espectrometria de massas (CG-EM), entre elas o ácido palmítico, palmitato de metila, ácido metil linoléico, ácido oléico, álcool benzílico e o piperonal. Quanto ao estudo da atividade biológica, não foi observado potencial antibacteriano e antifúngico para os extratos e frações do fungo. Entretanto, notouse um potencial como fotoprotetor in vitro para as frações n-Hexano/AcOEt (2:3) e n- Hexano/AcOEt (1:4) obtidas a partir do extrato do cultivo de 28 dias do fungo A. stygium, extraído com solventes diclorometano/metanol (CH2Cl2/MeOH 2:1) e para a substância (Sf3) isolada do mesmo. Desta forma, o estudo químico e biológico do fungo Annulohypoxylon stygium demonstrou potencial para a produção de metabólitos secundários com atividade fotoprotetora, visto que uma estrutura inédita com esta atividade foi isolada e identificada como produto natural.

Uma abordagem para evolução e reconciliação de linhas de produtos de software clonadas

Software product line engineering promotes large software reuse by developing a system family that shares a set of developed core features, and enables the selection and customization of a set of variabilities that distinguish each software product family from the others. In order to address the time-to-market, the software industry has been using the clone-and-own technique to create and manage new software products or product lines. Despite its advantages, the clone-and-own approach brings several difficulties for the evolution and reconciliation of the software product lines, especially because of the code conflicts generated by the simultaneous evolution of the original software product line, called Source, and its cloned products, called Target. This thesis proposes an approach to evolve and reconcile cloned products based on mining software repositories and code conflict analysis techniques. The approach provides support to the identification of different kinds of code conflicts – lexical, structural and semantics – that can occur during development task integration – bug correction, enhancements and new use cases – from the original evolved software product line to the cloned product line. We have also conducted an empirical study of characterization of the code conflicts produced during the evolution and merging of two large-scale web information system product lines. The results of our study demonstrate the approach potential to automatically or semi-automatically solve several existing code conflicts thus contributing to reduce the complexity and costs of the reconciliation of cloned software product lines.