Institutional Repository Workflow from Initial Inquiry to Repository Upload

A workflow flowchart on the verification steps involved in preparation to uploading assets to the University of Connecticut's institutional repository (http://digitalcommons.uconn.edu). This flowchart is geared towards assisting subject liaisons who also serve as series administrators for UConn@DigitalCommons.

Google Analytics & CONTENTdm: Harness Up Your Repository Metrics

A demonstration of the installation and use of Google Analytics with CONTENTdm in order to better gather metrics and insight into both general and specific online traffic across such digital repositories. Issues addressed will include collection-level traffic, digital object-level traffic, general site referrals to the repository, specific referrals to the repository, search engine referrals, user keywords, traffic occurring inside and/or outside an institution’s own network, reporting options.

Construcción de repositorios institucionales open source con Software Greenstone

Se aborda la construcción de repositorios institucionales open source con Software Greenstone. Se realiza un recorrido teórico y otro modélico desarrollando en él una aplicación práctica. El primer recorrido, que constituye el marco teórico, comprende una descripción, de: la filosofía open access (acceso abierto) y open source (código abierto) para la creación de repositorios institucionales. También abarca en líneas generales las temáticas relacionadas al protocolo OAI, el marco legal en lo que hace a la propiedad intelectual, las licencias y una aproximación a los metadatos. En el mismo recorrido se abordan aspectos teóricos de los repositorios institucionales: acepciones, beneficios, tipos, componentes intervinientes, herramientas open source para la creación de repositorios, descripción de las herramientas y finalmente, la descripción ampliada del Software Greenstone; elegido para el desarrollo modélico del repositorio institucional colocado en un demostrativo digital. El segundo recorrido, correspondiente al desarrollo modélico, incluye por un lado el modelo en sí del repositorio con el Software Greenstone; detallándose aquí uno a uno los componentes que lo conforman. Es el insumo teórico-práctico para el diseño -paso a paso- del repositorio institucional. Por otro lado, se incluye el resultado de la modelización, es decir el repositorio creado, el cual es exportado en entorno web a un soporte digital para su visibilización. El diseño del repositorio, paso a paso, constituye el núcleo sustantivo de aportes de este trabajo de tesina

Construcción de repositorios institucionales open source con Software Greenstone

Se aborda la construcción de repositorios institucionales open source con Software Greenstone. Se realiza un recorrido teórico y otro modélico desarrollando en él una aplicación práctica. El primer recorrido, que constituye el marco teórico, comprende una descripción, de: la filosofía open access (acceso abierto) y open source (código abierto) para la creación de repositorios institucionales. También abarca en líneas generales las temáticas relacionadas al protocolo OAI, el marco legal en lo que hace a la propiedad intelectual, las licencias y una aproximación a los metadatos. En el mismo recorrido se abordan aspectos teóricos de los repositorios institucionales: acepciones, beneficios, tipos, componentes intervinientes, herramientas open source para la creación de repositorios, descripción de las herramientas y finalmente, la descripción ampliada del Software Greenstone; elegido para el desarrollo modélico del repositorio institucional colocado en un demostrativo digital. El segundo recorrido, correspondiente al desarrollo modélico, incluye por un lado el modelo en sí del repositorio con el Software Greenstone; detallándose aquí uno a uno los componentes que lo conforman. Es el insumo teórico-práctico para el diseño -paso a paso- del repositorio institucional. Por otro lado, se incluye el resultado de la modelización, es decir el repositorio creado, el cual es exportado en entorno web a un soporte digital para su visibilización. El diseño del repositorio, paso a paso, constituye el núcleo sustantivo de aportes de este trabajo de tesina

Metadata und statistic analysis of archael and bacterial sequences originating from sediments of the Håkon Mosby mud volcano (Z1-Z3, all habitats)

DNA extraction was carried out as described on the MICROBIS project pages (http://icomm.mbl.edu/microbis ) using a commercially available extraction kit. We amplified the hypervariable regions V4-V6 of archaeal and bacterial 16S rRNA genes using PCR and several sets of forward and reverse primers (http://vamps.mbl.edu/resources/primers.php). Massively parallel tag sequencing of the PCR products was carried out on a 454 Life Sciences GS FLX sequencer at Marine Biological Laboratory, Woods Hole, MA, following the same experimental conditions for all samples. Sequence reads were submitted to a rigorous quality control procedure based on mothur v30 (doi:10.1128/AEM.01541-09) including denoising of the flow grams using an algorithm based on PyroNoise (doi:10.1038/nmeth.1361), removal of PCR errors and a chimera check using uchime (doi:10.1093/bioinformatics/btr381). The reads were taxonomically assigned according to the SILVA taxonomy (SSURef v119, 07-2014; doi:10.1093/nar/gks1219) implemented in mothur and clustered at 98% ribosomal RNA gene V4-V6 sequence identity. V4-V6 amplicon sequence abundance tables were standardized to account for unequal sampling effort using 1000 (Archaea) and 2300 (Bacteria) randomly chosen sequences without replacement using mothur and then used to calculate inverse Simpson diversity indices and Chao1 richness (doi:10.2307/4615964). Bray-Curtis dissimilarities (doi:10.2307/1942268) between all samples were calculated and used for 2-dimensional non metric multidimensional scaling (NMDS) ordinations with 20 random starts (doi:10.1007/BF02289694). Stress values below 0.2 indicated that the multidimensional dataset was well represented by the 2D ordination. NMDS ordinations were compared and tested using Procrustes correlation analysis (doi:10.1007/BF02291478). All analyses were carried out with the R statistical environment and the packages vegan (available at: http://cran.r-project.org/package=vegan), labdsv (available at: http://cran.r-project.org/package=labdsv), as well as with custom R scripts. Operational taxonomic units at 98% sequence identity (OTU0.03) that occurred only once in the whole dataset were termed absolute single sequence OTUs (SSOabs; doi:10.1038/ismej.2011.132). OTU0.03 sequences that occurred only once in at least one sample, but may occur more often in other samples were termed relative single sequence OTUs (SSOrel). SSOrel are particularly interesting for community ecology, since they comprise rare organisms that might become abundant when conditions change.16S rRNA amplicons and metagenomic reads have been stored in the sequence read archive under SRA project accession number SRP042162.