Multiple support excitations of open-plane frames by a filtered white noise and soil-structure interaction

Seismic structural design is essentially the estimation of structural response to a forced motion, which may be deterministic or stochastic, imposed on the ground. The assumption that the same ground motion acts at every point of the base of the structure (or at every support) is not always justifiable; particularly in case of very large structures when considerable spatial variability in ground motion can exist over significant distances example long span bridges. This variability is partly due to the delay in arrival of the excitation at different supports (which is called the wave passage effect) and due to heterogeneity in the ground medium which results in incoherency and local effects. The current study examines the influence of the wave passage effect (in terms of delay in arrival of horizontal ground excitation at different supports and neglecting transmission through the structure) on the response of a few open-plane frame building structures with soil-structure interaction. The ground acceleration has been modeled by a suitably filtered white noise. As a special case, the ground excitation at different supports has also been treated as statistically independent to model the extreme case of incoherence due to local effects and due to modifications to the ground motion resulting from wave reflections and refractions in heterogeneous soil media. The results indicate that, even for relatively short spanned building frames, wave passage effect can be significant. In the absence of soil-structure interaction, it can significantly increase the root mean square (rms) value of the shear in extreme end columns for the stiffer frames but has negligible effect on the flexible frames when total displacements are considered. It is seen that pseudo-static displacements increasingly contribute to the rms value of column shear as the time delay increases both for the stiffer and for the more flexible frames. When soil-structure interaction is considered, wave passage effect (in terms of total displacements) is significant only for low soil shear modulus, G. values (where soil-structure interaction significantly lowers the fundamental frequency) and for stiff frames. The contribution of pseudo-static displacement to these rms values is found to decrease with increase in G. In general, wave passage effect for most interactive frames is insignificant compared to the attenuating effect a decrease in G, has on the response of the interactive structure to uniform support excitation. When the excitations at different supports are statistically independent, it is seen that for both the stiff and flexible frames, the rms value of the column shear in extreme end columns is several times larger (more for the stiffer frames) than the value corresponding to uniform base excitation with the pseudo-static displacements contributing over 99% of the rms value of column shear. Soil-structure interaction has an attenuating effect on the rms value of the column shear, the effect decreasing with increase in G,. Here too, the pseudo-static displacements contribute very largely to the column shear. The influence of the wave passage effect on the response of three 2-bay frames with and without soil-structure interaction to a recorded horizontal accelerogram is also examined. (C) 2010 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Taxonomy and phylogeny of white-rot polypores : case studies in Hymenochaetales and Polyporales (Basidiomycota)

Tutkimus käsittelee kääpien sukulaisuussuhteita. Käävät ovat kantasienten (Basidiomycota) muotoryhmä, joiden itiöemien alapinta muodostuu yhteensulautuneista pilleistä. Muotoryhmänä kääpiä voi verrata vaikka puihin siinä mielessä, että käävät kuten puutkaan eivät ole samankaltaisuudestaan huolimatta kaikki sukua toisilleen. DNA:n käyttö sukulaisuussuhteiden selvittämisessä on aloittanut mullistuksen kääpien luokittelussa. Aiemmin käytetty, itiöemien ominaisuuksiin perustunut luokittelu on osoittautunut keinotekoiseksi sukulaisuussuhteiden kannalta. Tutkimuksessani syvennyttiin useamman kääpäsuvun polveutumishistoriaan hyödyntäen DNA:ta ja perinteisiä menetelmiä. Tutkimuksen keskeisimmät tulokset liittyvät sitkokääpien sukuun (Antrodiella). Tämä noin 70 lajia sisältävä suku osoittautui rikkonaiseksi - sitkokääpiin luetut lajit kuuluvat kahteen sienilahkoon ja oikesti vähintään 13 sukuun. Tutkimuksessa löytyi kaksi Suomelle uutta sitkokääpää, leppikääpä (A. ichnusana) ja nipukkakääpä (A. leucoxantha). Uudet suvut kuvattiin Suomessa esiintyville sirppikääville (Sidera) ja talikääville (Obba). Uusi kääpäsuku ja -laji kuvattiin myös Indonesiasta (Sebipora aquosa). Valtaosa sitkokääpiin luetuista lajeista kuuluu orakarakoiden heimoon (Steccherinaceae), joka rajattiin tässä tutkimuksessa uudelleen. Heimoon kuuluvat mm. karakäävät (Junghuhnia) ja orakasmaiset orakarakat (Steccherinum). Sen sisällä selvitettiin kääpien ja orakkaiden sukulaisuussuhteita. Perinteisesti käävät ja orakkaat on viety eri sukuihin riippumatta niiden mikroskooppisesta samankaltaisuudesta. Tulosten valossa orakarakoiden heimossa käävät ja orakkaat pysyvät pääosin erillisissä suvuissa, mutta tästä on myös poikkeuksia (Antrodiella, Metuloidea ja Steccherinum). Lähes kaikki DNA:n perusteella määriteltävissä olevat suvut ovat tunnistettavissa itiöemien ominaisuuksiensa perusteella. Tulokset antavat eväitä kääpien luokitteluun laajemminkin osoittamalla, mitkä ominaisuudet ovat luokittelun kannalta merkityksellisiä. Tarkentunut tieto lajimäärästä ja lajien sukulaisuussuhteista hyödyttää ekologista tutkimusta sekä arvioita lajien uhanalaisuudesta. Tutkimuksen aikana luotua DNA-kirjastoa käytetään lajien tunnistamiseen. Tuloksia voidaan hyödyntää myös etsittäessä bioteknologisia sovelluksia käävistä, sillä sovellusten kannalta kiinnostavat ominaisuudet seuraavat usein sienten sukupuuta.

A simplified method for the purification of riboflavin-binding protein from hen's egg yolk

A simple and efficient procedure for the purification of the riboflavin-binding protein from hen's egg yolk is described. This method involves the removal by exclusion of lipoproteins and subsequent fractionation of soluble yolk proteins held on a DEAE-cellulose column by a salt gradient which is followed by purification by gel filtration on Sephadex G-100. The protein thus isolated is homogeneous by various physicoehemical, immunological, and functional criteria.

Seasonal variation in the onset of egg laying in a primitively eusocial wasp: implications for the evolution of sociality

When freshly eclosed females of the primitively eusocial wasp, Rapalidia marginata are isolated into individual cages, only about half of them build nests and lay eggs and those that do so take a long and variable amount of time (Mean +/- SD = 66 +/- 37 days) before they lay their first egg. Part of the reason for this delay is because, when kept in isolation, no wasp begins to lay eggs during a period of approximately 82 days from mid - October to early January. Wasps maintained at a constant temperature of 26 +/- 1-degrees-C however initiate egg laying throughout the year, suggesting that the low temperatures during mid - October to early January may be at least one factor that makes this period unfavourable for wasps maintained at room temperature. Egg laying continues more or less normally throughout October-January however, in all natural and laboratory colonies studied. Natural colonies of R. marginata are initiated throughout the year and often by groups of females. Huddling together is a striking feature of the wasps especially on cold mornings. We therefore suggest that the isolated animals in our experiment are unable to lay eggs during the coldest part of the year because of their inability to huddle together, share metabolic heat and perform "co-operative thermoregulation". Such "co-operative thermoregulation" may thus be another factor that facilitates the evolution of socialitly.

Victims of the White War or Rebellions of the Green Revolution? Bolivian Indigenous Women Prisoners' Position in the "War on Drugs" Explored through a Criminological Gaze

Tässä tutkielmassa tarkastellaan Bolivialaisten naisvankien (alkuperäisväestön) ja globaalin huumesodan ("War on Drugs") välistä yhteyttä. Keskustelu sijoitetaan laajemmin kokan viljelyn politiikkaan ja alkuperäisväestön kulttuuriin. Kokaa viljeleviä köyhiä maalaisia, joista huomattava osa on naisia, on vangittu Boliviassa kiihtyvää tahtia viime vuosikymmeninä. Moni naisista on kokan tuotannossa ja kaupassa mukana, sillä se on monesti ainoa keino taloudelliseen selviämiseen. Yleisesti ottaen naisvangit ja naisrikolliset ovat marginaalinen ilmiö. Kansainvälisesti tarkasteltuna naisvankien suhteellinen osuus koko vankilaväestöstä on noin 5,2 % (keskiarvo). Boliviassa osuus on vaihdellut 6,1 %:n ja 17,1 %:n välillä vuosina 2000-2008. Naisvankien määrä yleisesti ottaen on ollut rajussa kasvussa, suurin syy naisten vangitsemiseen on huumausaineisiin liittyvät rikokset. Näyttää myös siltä että vähemmistöt ja etnisen taustan omaavat henkilöt ovat yliedustettuina vankilaväestössä. Bolivia seuraa tätä kansainvälistä trendiä. Tämä tutkielma on rajattu kysymyksiin Bolivian intiaaniperäisten naisten osuudesta maan huumerikollisuudessa, sekä heidän suhteellisen korkeaa vangitsemisastetta selittäviin yhteiskunnallisiin tekijöihin. Kysymykset sukupuolesta, etnisyydestä ja kokan viljelyn politiikasta ovat keskiössä. Yleisiä kriminologisia teorioita peilataan kriittisesti suhteessa aineistoon ja Bolivian kontekstiin. Huumesodan ja Bolivian ankaran huumelainsäädännön seurauksista keskustellaan kriittisesti, sekä pohditaan köyhän alkuperäisväestön massavangitsemisen tarpeellisuutta. Tutkimuskysymykseni ovat: mitkä tekijät selittävät kohtuullisen korkean intiaaniperäisten naisvankien määrän Boliviassa, ja mikä on heidän asemansa globaalissa huumesodassa? Tutkielmassa on analysoitu kvantitatiivista ja kvalitatiivista aineistoa. Päälähteenä on ollut Bolivian tilastokeskuksen tuottamat rikostilastot. Tutkielman tärkeimpänä löydöksenä voidaan pitää havaintoa, että vastoin tiettyjä olettamuksia, intiaaniperäiset naiset ovat hyvinkin aktiivisia perinteisesti miehisiksi käsitetyillä aloilla kuten rikollisuudessa ja politiikassa. Tutkielmassa osoitetaan myös, että pidätysten määrät ovat moninkertaistuneet muutamassa vuosikymmenessä. Koska kokan viljelyssä on kyse pääasiallisesti taloudellisesta toimeentulosta, tämä tutkielma kysyy, onko hengissä pysyminen rikos?

Characterization of lysozyme crystals with unusually low solvent content

Studies on the low-humidity (88%) forms of tetragonal and monoclinic lysozyme, resulting from water-mediated transformations, have provided a wealth of information on the variability in protein hydration, its structural consequences and the water structure associated with proteins, in addition to facilitating the delineation of the rigid and the flexible regions in the protein molecule and the invariant features in its hydration shell. Surprisingly, monoclinic lysozyme continues to diffract even when the environmental humidity is drastically reduced, thus permitting the structural study of the enzyme at different levels of hydration. As part of a study in this direction, three very low humidity forms, two of them occuring at a nominal relative humidity of 38% and the other at 5% relative humidity, have been characterized. These have unprecedented low solvent contents of 16.9, 17.6 and 9.4%, respectively, as determined by the Matthews method.

Simultaneous purification of biotin-binding proteins-I and -II from chicken egg yolk and their characterization

Chicken egg yolk biotin-binding protein-I (BBP-I) has been purified to homogeneity along with the tetrameric BBP-II by a common protocol. The purification includes delipidation of egg yolk by butanol extraction, DEAE-Sephacel chromatography, treatment with guanidinium chloride and biotin-aminohexyl-Sepharose affinity chromatography. The identity of purified BBP-I was ascertained by its physicochemical properties as well as by its immunological cross-reactivity and precursor-product relationship with BBP-II.

Lysozyme: A model protein for amyloid research

Ever since lysozyme was discovered by Fleming in 1922, this protein has emerged as a model for investigations on protein structure and function. Over the years, several high-resolution structures have yielded a wealth of structural data on this protein. Extensive studies on folding of lysozyme have shown how different regions of this protein dynamically interact with one another. Data is also available from numerous biotechnological studies wherein lysozyme has been employed as a model protein for recovering active recombinant protein from inclusion bodies using small molecules like L-arginine. A variety of conditions have been developed in vitro to induce fibrillation in hen lysozyme. They include (a) acidic pH at elevated temperature, (b) concentrated solutions of ethanol, (c) moderate concentrations of guanidinium hydrochloride at moderate temperature, and (d) alkaline pH at room temperature. This review aims to bring together similarities and differences in aggregation mechanisms, morphology of aggregates, and related issues that arise using the different conditions mentioned above to improve our understanding. The alkaline pH condition (pH 12.2), discovered and studied extensively in our lab, shall receive special attention. More than a decade ago, it was revealed that mutations in human lysozyme can cause accumulation of large quantities of amyloid in liver, kidney, and other regions of gastrointestinal tract. Understanding the mechanism of lysozyme aggregation will probably have therapeutic implications for the treatment of systemic nonneuropathic amyloidosis. Numerous studies have begun to focus attention on inhibition of lysozyme aggregation using antibody or small molecules. The enzymatic activity of lysozyme presents a convenient handle to quantify the native population of lysozyme in a sample where aggregation has been inhibited. The rich information available on lysozyme coupled with the multiple conditions that have been successful in inducing/inhibiting its aggregation in vitro makes lysozyme an ideal model protein to investigate amyloidogenesis.