Identifying clones in functional programs for refactoring

Clone detection is well established for imperative programs. It works mostly on the statement level and therefore is ill-suited for func- tional programs, whose main constituents are expressions and types. In this paper we introduce clone detection for functional programs using a new intermediate program representation, dubbed Functional Control Tree. We extend clone detection to the identi cation of non-trivial func- tional program clones based on the recursion patterns from the so-called Bird-Meertens formalism

Bananas, Dark Worlds, and AspectH: (Group 5 Discussion)

This report summarises our idea of code clone detection in Haskell code and refactorings based on identified clones as it evolved in our group-of-three discussion

Chemical sterilization in in vitro propagation of Arundina bambusifolia Lindl. and Epidendrum ibaguense Kunth

There is a great demand for simpler and less costly laboratory techniques and for more accessible procedures for orchid breeders who do not have the necessary theoretical basis to use the traditional seed and clone production methods of orchids in vitro. The aim of this study was to assess the use of sodium hypochlorite (NaClO) as a decontaminant in the process of inoculating adult orchid explants of Arundina bambusifolia and Epidendrum ibaguenses. Solutions of NaClO (1.200, 2.400, 3.600, 4.800 and 6.000 mg L-1 - equivalent to 50, 100, 150, 200 and 250 mL L-1 of commercial bleach - CB) were sprayed on the explants (1.0 mL) and the culture medium (GB5), in the presence or absence of activated charcoal (2 g L-1). The explants used were nodal segments of field-grown adult plants. The procedures for inoculating the explants were conducted outside the laminar flow chamber (LFC), except for the control treatment (autoclaved medium and explant inoculation inside the LFC). The best results for fresh weight yield, height and number of shoots were obtained using NaClO in solution at 1.200 mg L-1 (equivalent to 50 mL L-1 commercial bleach) with activated charcoal in the culture medium. Fresh weight figures were 1.10 g/jar for Arundina bambusifolia and 0.16 g/jar for Epidendrum ibaguenses. Spraying the NaClO solutions controls the contamination of the culture medium already inoculated with the explants.

Viabilidade agroeconômica da consorciação do taro com feijão-vagem indeterminado em razão da época de plantio

A consorciação de culturas é um sistema de cultivo que tem como objetivos principais alcançar alta produtividade por unidade de área e promover a sustentabilidade do sistema de produção. Objetivou-se com este trabalho avaliar a viabilidade agronômica e a rentabilidade econômica do consórcio do taro (Colocasia esculenta) com feijão-vagem (Phaseolus vulgaris) de hábito de crescimento indeterminado. O experimento foi conduzido a campo, na horta do Departamento de Fitotecnia da Universidade Federal de Viçosa, no período de outubro/2011 a junho/2012. Constou de sete tratamentos resultantes de três cultivos consorciados do taro com feijão-vagem, estabelecidos aos 0, 21 e 42 dias após o plantio do taro, e de quatro monoculturas, sendo três do feijão-vagem, estabelecidas nas mesmas épocas dos cultivos consorciados com o taro, e de uma do taro. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos casualizados, com quatro repetições. Como material propagativo, utilizou-se o clone 'Japonês' e o cultivar de feijão-vagem 'Estrela'. A determinação dos custos de produção dos cultivos foi realizada com base no custo operacional de produção. Todos os sistemas consorciados foram agronomicamente viáveis, por apresentar Uso Eficiente da Terra (UET) acima de um. Dentre esses destacam-se os consórcios do feijão-vagem com o taro implementados a 0 e 21 dias após o plantio do taro, por proporcionarem maior renda líquida e vantagem monetária corrigida.

Parasitismo de ovos de Leptopharsa heveae Drake & Poor por Erythmelus tingitiphagus (Soares) em plantios de seringueira com aplicação de produtos fitossanitários

O percevejo-de-renda Leptopharsa heveae Drake & Poor (Hemiptera: Tingidae) é uma das principais pragas da heveicultura no Brasil, podendo causar prejuízos de até 30% na produtividade de látex. Seu controle é realizado principalmente com uso de produtos fitossanitários e uma das alternativas a seu uso seria a utilização de inimigos naturais. O parasitoide Erythmelus tingitiphagus (Soares) (Hymenoptera: Mymaridae) é um importante inimigo natural de L. heveae, por parasitar seus ovos em condições naturais. O objetivo deste estudo foi verificar a ocorrência e o parasitismo de E. tingitiphagus, em ovos de L. heveae, em talhões comerciais de cinco clones de seringueira onde se realizaram aplicações regulares de produtos fitossanitários, no município de Itiquira, MT. Semanalmente, entre agosto de 2006 a janeiro de 2007, foram coletadas aleatoriamente quatro folhas maduras em cinco árvores dos clones RRIM 600, PR 255, GT 1, PB 235 e PB 217. Na área de estudo, E. tingitiphagus ocorreu em todos os clones estudados, com pico populacional em outubro de 2006. A porcentagem de parasitismo nos diferentes clones variou de 13,8% no clone PB 235 a 30,8% no RRIM 600 e a porcentagem média de parasitismo foi de 24,2%. Os produtos fitossanitários, no método em que foram aplicados nos talhões, não atuaram negativamente no parasitismo de E. tingitiphagus.

Desempenho de clones elite de batata para caracteres agronômicos e de qualidade industrial

O objetivo deste trabalho foi verificar o desempenho de clones elite de batata, em relação a caracteres agronômicos e de qualidade industrial. Os experimentos foram realizados em Pelotas, RS, Canoinhas, SC, e Londrina, PR. Foi avaliado um conjunto de clones elite, pertencentes ao Programa de Melhoramento Genético de Batata, da Embrapa. O delineamento experimental foi o de blocos casualizados, com três repetições para Pelotas e Londrina e quatro para Canoinhas. Foram avaliados os caracteres massa total de tubérculos, massa comercial de tubérculos, número de tubérculos comerciais, percentagem de massa de tubérculos comerciais, massa média de tubérculos comerciais, peso específico, cor de fritura e ciclo vegetativo. A partir dos dados obtidos foram realizadas as análises de variância para cada local e teste de agrupamento de médias para cada caráter. Para identificação de clones apropriados ao mercado 'in natura', em que é fundamental o elevado potencial produtivo e precocidade, os clones mais promissores foram F80-03-06 e CL02-05, quando comparados à cultivar testemunha Ágata. Para o processamento industrial, em que o peso específico, a cor de fritura e o rendimento de tubérculo são caracteres importantes, destacou-se o clone F81-01-06, que apesar de não apresentar os maiores rendimentos totais, apresentou tubérculos grandes, ciclo vegetativo intermediário e boa aptidão para fritura, quando comparando-se ao cultivar testemunha Asterix.

Selecção de germoplasma, estabelecimento, proliferação e enraizamento de arbustos silvestres do mirtilo-dos-açores (Vaccinium cylindraceum Sm.)

Dissertação de Mestrado, Biologia (Biotecnologia Vegetal), 22 de Janeiro de 2014, Universidade dos Açores.

Caracterização molecular da resistência a antimicrobianos em Escherichia coli produtoras de β-lactamases de espectro alargado isoladas em cães e estudo da partilha de clones bacterianos entre animais de companhia e coabitantes humanos

A pressão seletiva originada pelo uso excessivo de antimicrobianos na medicina humana e veterinária tem contribuído para a emergência de estirpes bacterianas multirresistentes, sendo os estudos mais escassos relativamente à sua presença nos animais de companhia. Porque os animais e os seus proprietários partilham o mesmo espaço habitacional, apresentando comportamentos de contacto próximo, existe uma hipótese elevada de transferência microbiana inter-espécie. Ante esta possibilidade é importante escrutinar o papel dos animais de companhia enquanto reservatórios de estirpes e de genes de resistência, bem como a sua envolvência na disseminação de estirpes bacterianas multirresistentes. Importa também, investigar o papel das superfícies e objetos domésticos partilhados por ambos, como potenciadores deste fenómeno. O objetivo deste trabalho foi, identificar o filogrupo e fazer a caracterização molecular dos genes que conferem resistência aos β-lactâmicos e às quinolonas, em quarenta isolados de Escherichia coli produtoras de β-lactamases de espectro alargado (ESBL), obtidas em zaragatoas fecais de cães consultados no Hospital Veterinário do ICBAS-UP. Complementarmente pretendeu-se inferir sobre a partilha de clones de Escherichia coli e Enterococcus spp. com elevadas resistências, em cinco agregados familiares (humanos e seus animais de companhia) assim como avaliar a potencial disseminação de estirpes multirresistentes no ambiente doméstico. Previamente foram recolhidas zaragatoas de fezes, pelo e mucosa oral dos animais e em alguns casos, dos seus proprietários, e ainda do ambiente doméstico. As zaragatoas foram processadas e as estirpes isoladas com base em meios seletivos. Foram realizados testes de suscetibilidade antimicrobiana de modo a estabelecer o fenótipo de resistência de cada isolado. O DNA foi extraído por varias metodologias e técnicas de PCR foram utilizadas para caracterização de filogrupos (Escherichia coli) e identificação da espécie (Enterococcus spp.). A avaliação da proximidade filogenética entre isolados foi efetuada por ERIC PCR e PFGE. No conjunto de quarenta isolados produtores de ESBL e/ou resistentes a quinolonas verificou-se que 47,5% pertenciam ao filogrupo A, havendo uma menor prevalência do filogrupo D (25,0%), B1 (17,5%), e B2 (10,0%).A frequência de resistência nestes isolados é factualmente elevada, sendo reveladora de uma elevada pressão seletiva. Com exceção de dois isolados, os fenótipos foram justificados pela presença de β-lactamases. A frequência da presença de genes foi: 47% blaTEM, 34% blaSHV, 24% blaOXA , 18% blaCTX-M-15, 8% blaCTX-M-2, 3% blaCTX-M-9. Nos isolados resistentes às quinolonas verificou-se maioritariamente a presença de mutações nos genes cromossomais gyrA e parC, e em alguns casos a presença de um determinante de resistência mediado por plasmídeo – qnrS. Nos cinco “agregados familiares” (humanos e animais) estudados foi observada uma partilha frequente de clones de E. coli e Enterococcus faecalis com múltiplas resistências, isolados em fezes e mucosa oral de cães e gatos e fezes e mãos dos respetivos proprietários, evidenciando-se assim uma possível transferência direta entre coabitantes (agregados A, C, D, E). Ficou também comprovado com percentagens de similaridade genotípica superiores a 94% que essa disseminação também ocorre para o ambiente doméstico, envolvendo objetos dos animais e de uso comum (agregados A, E). Os resultados obtidos reforçam a necessidade de um uso prudente dos antimicrobianos, pois elevados padrões de resistências terão um impacto não só na qualidade de vida dos animais mas também na saúde humana. Adicionalmente importa sensibilizar os proprietários para a necessidade de uma maior vigilância relativamente às formas de interação com os animais, bem como para a adoção de medidas higiénicas cautelares após essa mesma interação.

Carcinoma neuroendócrino de pequenas células: um estudo de caso em citopatologia ginecológica

O presente estudo reporta o caso de uma mulher de 63 anos da qual a única informação clínica era a suspeita de um sarcoma da cérvix. Simultaneamente à colpocitologia, foram enviadas biópsias do colo e do endométrio para diagnóstico. A visualização da amostra citológica revelou vários agregados de número variável de células monótonas, com tamanho pequeno, formato redondo e citoplasma escasso, num fundo com diátese. Os núcleos apresentavam moldagem, hipercromasia, cromatina “sal-e-pimenta” e ausência de nucléolos. O aspeto microscópico das biópsias foi concordante com os achados citológicos, tendo sido igualmente identificados focos glanduliformes com características atípicas. A neoplasia mostrou expressão imunohistoquímica dos antigénios enolase neurónio-específica (neuron specific enolase, NSE), sinaptofisina e citoqueratina (clones AE1/AE3), e uma elevada atividade proliferativa demonstrada pela imunorreactividade para o marcador nuclear Ki67/Mib1. Os achados citológicos, histológicos e imunohistoquímicos foram consistentes com o diagnóstico de carcinoma neuroendócrino de pequenas células. Dos tumores cervicais, esta neoplasia maligna é das mais raras, mostrando um comportamento muito agressivo, com prognóstico muito pobre, em que as terapêuticas existentes são pouco consensuais quanto à sua eficácia. A sua etiologia ainda é estudada, podendo estar relacionada com a infeção pelo Vírus do Papiloma Humano.

Molecular diversity of bla genes in Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli isolates

Dissertation presented to obtain a Ph.D. degree in Biology, speciality Microbiology, by Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Trypanosoma cruzi: expression of antigenic component 5 among 35 laboratory clones obtained from 18 different isozymic variants

Two monoclonal antibodies anti-component 5 of Trypanosoma cruzi (I-35/115 and II-190/30) were tested in IFA and ELISA respectively against 35 T. cruzi laboratory clones. Among the 35 clones tested, 18 different isozyme patterns were detected. All clones were recognized by both monoclonal antibodies except one clone which did not react with II-190/30. These results support the universal expression of specific component 5 within the taxon T. cruzi.

Avaliação de antígenos do trypanosoma cruzi para a reação de hemaglutinação indireta: II. Antígenos de diferentes amostras e formas evolutivas

Para aprimorar a sensibilidade e a especificidade da reação de hemaglutina-ção indireta no diagnóstico da doença de Chagas, foram utilizados eritrocitos sensibilizados com antígeno de epimastigotas de diferentes amostras (clones Al.7, B12, Cl e cepas D150 e Y), de tripomastigotas metacíclicos de cultura (TMC) e de tri-pomastigotas de cultura de células (TCC) do Trypanosoma cruzi. Foram titulados 132 soros de indivíduos chagásicos e 161 soros de não chagásicos, diagnosticados pela reação de imunofluorescência indireta (RIFI), considerada como reação de referência no cálculo dos índices de co-positividade (i.c.p.), co-negatividade (i.c.n.) e concordância. Utilizando o título discriminante (T.D.) de 1:40, os antígenos da cepa Y e do clone B12 apresentaram valores elevados para os três índices calculados, indicando boa sensibilidade e especificidade em relação à RIFI. Os antígenos dos clones Al .7 e Cl apresentaram baixa especificidade considerando o T.D. de 1:40, mas ocorreu um aumento acentuado para o i.c.n. considerando o T.D. de 1:80, indicando um aumento de especificidade relativa sem alteração significativa da sensibilidade relativa. Com os antígenos T.M.C, e T.C.C, foram observados títulos mais baixos e valores menores para o i.c.p., indicando pouca sensibilidade em relação à RIFI.

Growth of phototrophic biofilms from limestone monuments under laboratory conditions

International Biodeterioration & Biodegradation,xxx (2009) 1–8

Marcadores epidemiológicos de Salmonella typhimurium e Salmonella agona

Entre as cepas de S. typhimurium e S. agona isoladas no período 1971-1987 foram caracterizados os biotipos, colicinotipos e antibiotipos de 734 cepas de S. typhimurium e 631 de S. agona. As 734 cepas de S. typhimurium foram classificadas em 65 biotipos com o predomínio dos biotipos 1a com 28,34%, 1b com 29,84% e 9bi com 18,25%. Com relação a S. agona, o biotipo 1a com 87,16% representou entre nós o clone amplamente disseminado. Foram encontradas freqüências baixas de cepas colicinogênicas, entretanto, a colicinotipia parece ser um bom método quando aplicada ao estudo de amostras homogêneas provenientes de surtos. Acentuada multirresistência aos agentes antimicrobianos, foi observada principalmente entre aquelas cepas de origem humana quase sempre representadas por cepas hospitalares

Epidemia de febre clássica de dengue causada pelo sorotipo 2 em Araguaiana, Tocantins, Brasil

Registramos a ocorrência de epidemia de dengue causada pelo sorotipo 2 (DEN 2) na cidade de Araguaina, estado do Tocantins (TO) situado no Brasil central. Quatrocentos indíviduos de 74 famílias, residentes nos bairros S. João, Araguaina Sul e Neblina foram entrevistados e sangrados, independentemente de terem adoecido ou não. Os soros tanto de adultos quanto de crianças de ambos os sexos foram usados para pesquisa de anticorpos inibidores da hemaglutinação (IH) e IgM através de ensaio imunoenzimático (MAC ELISA). Nas casas onde haviam doentes no momento do inquérito, sangue total também foi colhido para tentativa de isolamento de vírus. O quadro clínico apresentado pelos pacientes foi caracterizado por febre, cefaléia, mialgias, artralgias e exantema do tipo máculo-papular não pruriginoso. A infecção foi mais frequente em mulheres (33.9%) do que nos homens (23.8%), ocorrendo em todas as faixas etárias, inclusive em crianças com menos de um ano de idade, bem como em maiores de 70 anos. Um total de 1105 mosquitos (56 fêmeas e 45 machos de Culex quinquefasciatus e 567 fêmeas e 437 machos de Aedes aegypti) foram obtidos a partir de larvas coletadas em Araguaina. As fêmeas de Ae. aegypti obtidas das larvas fizeram repasto sangüíneo em 8 pacientes febris. O diagnóstico laboratorial foi feito por isolamento de vírus (cultura de células de Aedes albopictus, clone C6/36) e por sorologia (IH e MAC ELISA). Foram isoladas 5 amostras de DEN 2 de pacientes febris e tipadas por imunofluorescência indireta usando anticorpos monoclonais de dengue. Nenhuma amostra viral foi isolada de mosquitos. Outrossim, comprovou-se infecção em 111 pessoas sangradas, o que revelou um índice de positividade de 27.75% (111 em 400), sendo que 66.2% das famílias estudadas apresentaram pelo menos um indivíduo positivo. Ocorreram ainda, 26.1% de infecções assintomáti-cas. Por outro lado, a correlação de positividade entre os dois testes usados (IH e MAC ELISA) foi de 94.6%. Estimamos que ocorreram aproximadamente 83.250 casos da doença, entre 15 de março a 31 de maio de 1991. Esta é a primeira epidemia de DEN 2 em um estado da Amazônia Brasileira, portanto em área endêmica de febre amarela, e a primeira evidência da interiorização do DEN 2, até então restrito ao Rio de Janeiro.