Efficient Structure Learning of Bayesian Networks using Constraints

This paper addresses the problem of learning Bayesian network structures from data based on score functions that are decomposable. It describes properties that strongly reduce the time and memory costs of many known methods without losing global optimality guarantees. These properties are derived for different score criteria such as Minimum Description Length (or Bayesian Information Criterion), Akaike Information Criterion and Bayesian Dirichlet Criterion. Then a branch-and-bound algorithm is presented that integrates structural constraints with data in a way to guarantee global optimality. As an example, structural constraints are used to map the problem of structure learning in Dynamic Bayesian networks into a corresponding augmented Bayesian network. Finally, we show empirically the benefits of using the properties with state-of-the-art methods and with the new algorithm, which is able to handle larger data sets than before.

Explaining the Coexistence of Large-scale and Small-scale Magnetic Fields in Fully Convective Stars

Despite the lack of a shear-rich tachocline region, low-mass fully convective (FC) stars are capable of generating strong magnetic fields, indicating that a dynamo mechanism fundamentally different from the solar dynamo is at work in these objects. We present a self-consistent three-dimensional model of magnetic field generation in low-mass FC stars. The model utilizes the anelastic magnetohydrodynamic equations to simulate compressible convection in a rotating sphere. A distributed dynamo working in the model spontaneously produces a dipole-dominated surface magnetic field of the observed strength. The interaction of this field with the turbulent convection in outer layers shreds it, producing small-scale fields that carry most of the magnetic flux. The Zeeman–Doppler-Imaging technique applied to synthetic spectropolarimetric data based on our model recovers most of the large-scale field. Our model simultaneously reproduces the morphology and magnitude of the large-scale field as well as the magnitude of the small-scale field observed on low-mass FC stars.

Definição de uma política de água sustentável em Portugal: proposta de modelo financeiro

O presente trabalho aborda de que forma a Análise Económica pode contribuir para a definição de uma Política Pública da Água sustentável para Portugal. Analisam-se, inicialmente, as particularidades do recurso e o seu enquadramento legislativo, institucional, bem como as respectivas implicações no processo de gestão da água. Esta análise conduz à definição daquilo a que se chamará ―Novo Modelo de Gestão da Água‖. Tendo por enquadramento a Directiva-Quadro da Água (DQA) — Directiva 2000/60/CE de 23 de Outubro de 2000, publicada no Jornal Oficial das Comunidades Europeias, em 22 de Dezembro do mesmo ano — é ilustrada a aplicação dos conceitos e a abordagem desenvolvida na definição de uma estratégia política de actuação para Portugal, de modo a assegurar o seu cumprimento de forma eficaz, eficiente e sustentável. São discutidos os aspectos económicos e a justificação teórica para a intervenção nos mercados, nomeadamente através do desenvolvimento de sistemas de tarifas. As formas de financiamento do sector, à luz do princípio da recuperação de custos, são analisados propondo-se a chamada visão dos 4T. Dado o contexto de análise do sector da água, enquanto política pública, são referenciados os vários de tipos de regulação e as várias reformas propostas pelos principais investigadores e organizações internacionais. Neste contexto de análise é abordada a governação (governance) e os seus atributos. São enunciados os principais entraves a uma governação eficiente. As várias formas de participação do capital privado, bem como a descrição de algumas das suas potencialidades são postas em evidência. A partir de um modelo analítico procede-se ao estudo dos efeitos do uso de vários instrumentos económicos, nomeadamente a nível do bem-estar. Analisa-se o modelo institucional português, nas suas vertentes, legislativa e institucional. O estado dos recursos hídricos e dos serviços de água em Portugal é avaliado a partir de dados oficiais. Com base na identificação das restrições do actual modelo institucional, é proposto um novo modelo que responda de forma flexível e atempada às solicitações postas pela Directiva. Propõe se a criação de uma instituição financeira — o ―Banco da Água‖ — que, em condições de mercado, possa financiar os investimentos estruturais necessários à melhoria da qualidade dos recursos hídricos, bem como dos serviços associados à água. Pretende demonstrar-se que, face às restrições orçamentais, à esperada conclusão do Quadro de Referência Estratégico Nacional (QREN) e às limitações dos chamados project finance esta solução será necessária para o sucesso da Política Pública da Água. A criação de condições para um maior papel da iniciativa privada, uma legislação protectora do consumidor, a aplicação de instrumentos de política da água — nomeadamente sistemas de tarifas e a criação de um Fundo de Equilíbrio Tarifário —, e o uso da metodologia Oikomatrix, nas políticas sectoriais, são outras das sugestões que completam as propostas avançadas tendentes a que o Sector da Água mimize algumas das ineficiências detectadas e almeje à desejável sustentabilidade.

A integração curricular da intercompreensão numa turma de ELE

O presente Relatório Final de estágio tem como principal intento fazer o relato de uma experiência de integração curricular da intercompreensão (IC) numa turma de Espanhol Língua Estrangeira (ELE) do Ensino Secundário, decorrente do desenvolvimento de uma sessão na plataforma Galanet, procurando verificar de que forma esta experiência concorrre para o desenvolvimento curricular da disciplina. Após uma breve incursão pela paisagem didatológica que enforma este trabalho e pelos documentos reguladores do ensino de ELE em Portugal, prossegue-se com uma apresentação do contexto em que a intervenção foi realizada e da intervenção em si mesma (objetivos, estratégias, materiais, etc.). Posteriormente, procede-se a uma análise qualitativa e quantitativa dos dados, recolhidos ao longo das diversas intervenções didáticas: notas de campo elaboradas pela própria professora, artefactos escritos e orais elaborados pelos alunos; inquérito final. Propõe-se uma análise dos dados a partir do referencial aprendente, elaborado no âmbito do projeto Miriadi (Mutualização e Inovação por uma Rede de Intercompreensão à Distância), e do CARAP (Cadre de Référence pour les Approches Plurielles), orientado para as abordagens plurais do ensino-aprendizagem de línguas. Em concomitância, descreve-se de que forma a presente proposta de integração curricular da IC no ensino de ELE concorre para atingir os objetivos propostos pelo Programa de Espanhol para o Ensino Secundário, 10º ano iniciação. Os resultados evidenciam que a integração curricular da IC no ensino de ELE induz dinâmicas de ensino-aprendizagem que, ao colocarem os sujeitos em situações de comunicação plural, envolvem-nos nas suas dimensões afetiva e inteletual, originando significativas aprendizagens, tanto no que concerne a aspetos linguísticos comuns às diversas línguas românicas como a particularidades da língua espanhola.

Erstellung wiederverwendbarer RDF-Geodaten mit Google Refine

Das Forschungsinformationssystem VIVO bietet als Linked-Data-basiertes System die Möglichkeit, Daten aus anderen Quellen wiederzuverwenden. In der Praxis kann man dabei auf Konvertierungsprobleme stoßen. Oft liegen Daten nur in tabellarischem Format vor, z.B. als CSV-Datei. Zur Konvertierung dieser Daten existieren verschiedene Werkzeuge, viele dieser Werkzeuge erfordern jedoch entweder spezielle technische Umgebungen (oft Linux-Systeme) oder sie sind in der Bedienung sehr anspruchsvoll. Im Artikel wird ein Workflow für die Konvertierung von Daten aus GeoNames für VIVO mit Google Refine beschrieben.

Contributos da educação : (re)viver na prisão

Relatório de estágio de mestrado, Ciências da Educação (Educação Intercultural), Universidade de Lisboa, Instituto de Educação, 2011

Testes de ajuste a distribuições estatísticas e métodos para estimação dos parâmetros em análises de fiabilidade

Trabalho Final de Mestrado para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Mecânica

Das conceções às práticas de avaliação formativa no 1.º ciclo do ensino básico

Relatório de estágio apresentado à Escola Superior de Educação de Lisboa para obtenção de grau de mestre em Ensino do 1.º e 2.º Ciclo do Ensino Básico

Sistema financeiro e crescimento económico

Os resultados que a atual crise, iniciada em 2008, de cariz inicialmente financeira mas que teve, e tem, importantes repercursões na economia real a nivel mundial, tornaram protagonista a discussão sobre a possível relação entre o Sistema Financeiro e o Crescimento Económico. Os varios países afetados, em particular os países da União Europeia, têm reunido esforços para reformular as políticas económicas e financeiras como forma de recuperar as economias e evitar futuras crises. Os custos e efeitos da crise fizeram emergir vários estudos que põem em causa a correlação assumida como sempre positiva entre o desenvolvimento da vertente financeira e o crescimento da economia real que até aqui era tida como certa. O principal objetivo desta dissertação é analisar a forma como o rápido crescimento e uma sobredimensão do Setor Financeiro, motivado essencialmente pela desrugulação financeira e pelo boom financeiro registado a partir dos anos 90, podem influenciar o crescimento da economia real, fazendo emergir a tese da existência de um limiar a partir do qual o efeito das finanças no crescimento económico pode ser perverso. A literatura sobre a relação entre o Sistema Financeiro e o Crescimento Económico não é unívoca quanto ao sinal entre as duas vertentes, hevendo uma leitura recente em que a taxa de crescimento e a excessiva dimensão financeira, desviando demasiados recursos dos outros setores da economia, podem ser um entrave à sustentação do crescimento da economia real. Tentando confirmar ou infirmar a existência de um limiar de crescimento da economia real decorrente da vertente financeira (transmitido, sobretudo, pelo crédito ao setor privado e pelo emprego financeiro), foi feita uma análise econométrica, com dados em painel com base nos países da União Europeia no período de 1990 a 2010. Os resultados obtidos apontam para a confirmação da hipótese da existência de um limiar de crescimento, em particular a relação “parabólica” existente entre o Financiamento e o Crescimento. Adicionalmente, o estudo revela uma influência negativa dos gastos públicos sobre o crescimento.

Results of An International Study of Quantitative BCR/ABL Assays Using Defined RNA Samples

Molecular monitoring of BCR/ABL transcripts by real time quantitative reverse transcription PCR (qRT-PCR) is an essential technique for clinical management of patients with BCR/ABL-positive CML and ALL. Though quantitative BCR/ABL assays are performed in hundreds of laboratories worldwide, results among these laboratories cannot be reliably compared due to heterogeneity in test methods, data analysis, reporting, and lack of quantitative standards. Recent efforts towards standardization have been limited in scope. Aliquots of RNA were sent to clinical test centers worldwide in order to evaluate methods and reporting for e1a2, b2a2, and b3a2 transcript levels using their own qRT-PCR assays. Total RNA was isolated from tissue culture cells that expressed each of the different BCR/ABL transcripts. Serial log dilutions were prepared, ranging from 100 to 10-5, in RNA isolated from HL60 cells. Laboratories performed 5 independent qRT-PCR reactions for each sample type at each dilution. In addition, 15 qRT-PCR reactions of the 10-3 b3a2 RNA dilution were run to assess reproducibility within and between laboratories. Participants were asked to run the samples following their standard protocols and to report cycle threshold (Ct), quantitative values for BCR/ABL and housekeeping genes, and ratios of BCR/ABL to housekeeping genes for each sample RNA. Thirty-seven (n=37) participants have submitted qRT-PCR results for analysis (36, 37, and 34 labs generated data for b2a2, b3a2, and e1a2, respectively). The limit of detection for this study was defined as the lowest dilution that a Ct value could be detected for all 5 replicates. For b2a2, 15, 16, 4, and 1 lab(s) showed a limit of detection at the 10-5, 10-4, 10-3, and 10-2 dilutions, respectively. For b3a2, 20, 13, and 4 labs showed a limit of detection at the 10-5, 10-4, and 10-3 dilutions, respectively. For e1a2, 10, 21, 2, and 1 lab(s) showed a limit of detection at the 10-5, 10-4, 10-3, and 10-2 dilutions, respectively. Log %BCR/ABL ratio values provided a method for comparing results between the different laboratories for each BCR/ABL dilution series. Linear regression analysis revealed concordance among the majority of participant data over the 10-1 to 10-4 dilutions. The overall slope values showed comparable results among the majority of b2a2 (mean=0.939; median=0.9627; range (0.399 - 1.1872)), b3a2 (mean=0.925; median=0.922; range (0.625 - 1.140)), and e1a2 (mean=0.897; median=0.909; range (0.5174 - 1.138)) laboratory results (Fig. 1-3)). Thirty-four (n=34) out of the 37 laboratories reported Ct values for all 15 replicates and only those with a complete data set were included in the inter-lab calculations. Eleven laboratories either did not report their copy number data or used other reporting units such as nanograms or cell numbers; therefore, only 26 laboratories were included in the overall analysis of copy numbers. The median copy number was 348.4, with a range from 15.6 to 547,000 copies (approximately a 4.5 log difference); the median intra-lab %CV was 19.2% with a range from 4.2% to 82.6%. While our international performance evaluation using serially diluted RNA samples has reinforced the fact that heterogeneity exists among clinical laboratories, it has also demonstrated that performance within a laboratory is overall very consistent. Accordingly, the availability of defined BCR/ABL RNAs may facilitate the validation of all phases of quantitative BCR/ABL analysis and may be extremely useful as a tool for monitoring assay performance. Ongoing analyses of these materials, along with the development of additional control materials, may solidify consensus around their application in routine laboratory testing and possible integration in worldwide efforts to standardize quantitative BCR/ABL testing.

Localization and expression of EDS5H a homologue of the SA transporter EDS5.

BACKGROUND: An important signal transduction pathway in plant defence depends on the accumulation of salicylic acid (SA). SA is produced in chloroplasts and the multidrug and toxin extrusion transporter ENHANCED DISEASE SUSCEPTIBILITY5 (EDS5; At4g39030) is necessary for the accumulation of SA after pathogen and abiotic stress. EDS5 is localized at the chloroplast and functions in transporting SA from the chloroplast to the cytoplasm. EDS5 has a homologue called EDS5H (EDS5 HOMOLOGUE; At2g21340) but its relationship to EDS5 has not been described and its function is not known. RESULTS: EDS5H exhibits about 72% similarity and 59% identity to EDS5. In contrast to EDS5 that is induced after pathogen inoculation, EDS5H was constitutively expressed in all green tissues, independently of pathogen infection. Both transporters are located at the envelope of the chloroplast, the compartment of SA biosynthesis. EDS5H is not involved with the accumulation of SA after inoculation with a pathogen or exposure to UV stress. A phylogenetic analysis supports the hypothesis that EDS5H may be an H(+)/organic acid antiporter like EDS5. CONCLUSIONS: The data based on genetic and molecular studies indicate that EDS5H despite its homology to EDS5 does not contribute to pathogen-induced SA accumulation like EDS5. EDS5H most likely transports related substances such as for example phenolic acids, but unlikely SA.

Generating Relation Algebras for Qualitative Spatial Reasoning

Basic relationships between certain regions of space are formulated in natural language in everyday situations. For example, a customer specifies the outline of his future home to the architect by indicating which rooms should be close to each other. Qualitative spatial reasoning as an area of artificial intelligence tries to develop a theory of space based on similar notions. In formal ontology and in ontological computer science, mereotopology is a first-order theory, embodying mereological and topological concepts, of the relations among wholes, parts, parts of parts, and the boundaries between parts. We shall introduce abstract relation algebras and present their structural properties as well as their connection to algebras of binary relations. This will be followed by details of the expressiveness of algebras of relations for region based models. Mereotopology has been the main basis for most region based theories of space. Since its earliest inception many theories have been proposed for mereotopology in artificial intelligence among which Region Connection Calculus is most prominent. The expressiveness of the region connection calculus in relational logic is far greater than its original eight base relations might suggest. In the thesis we formulate ways to automatically generate representable relation algebras using spatial data based on region connection calculus. The generation of new algebras is a two pronged approach involving splitting of existing relations to form new algebras and refinement of such newly generated algebras. We present an implementation of a system for automating aforementioned steps and provide an effective and convenient interface to define new spatial relations and generate representable relational algebras.

Narrative in the music of Jay Chou : a case study of music, globalization and semantics

La version intégrale de ce mémoire est disponible uniquement pour consultation individuelle à la Bibliothèque de musique de l’Université de Montréal (www.bib.umontreal.ca/MU).

L'excès de poids chez les enfants québécois

Objectifs : Analyser l’évolution de l’embonpoint chez les enfants québécois entre 4 et 8 ans et évaluer le rôle des différents facteurs de risque sur l’excès de poids persistant. Les données proviennent de l’étude longitudinale du développement des enfants du Québec (ÉLDEQ, 1998-2010). Cette enquête est réalisée par l’Institut de la statistique du Québec auprès d’une cohorte de 2120 nourrissons québécois nés en 1998, faisant l’objet d’un suivi annuel à partir de l’âge de 5 mois. Méthodes d’analyse : univariées, bivariées, modélisation semi-paramétrique, analyses de régressions logistique et log-linéaire (Poisson). Principaux résultats : i) L’excès de poids persistant chez les enfants âgés de 4 à 8 ans est un phénomène fluctuant, qui ne varie pas de façon significative selon le sexe ; ii) Le fait d’allaiter les enfants ne semble pas avoir un effet protecteur en ce qui concerne l’excès de poids ; iii) En ce qui concerne le poids à la naissance, les données dont on dispose ne nous permettent pas de tirer des conclusions ; iv) Le fait d’avoir une santé moins qu’excellente à la naissance semble augmenter le risque d’avoir un excès de poids persistant ; v)Ce qui influence surtout, c’est de toujours manger trop ou trop vite, ou le fait de vivre dans une famille avec un ou deux parents qui font de l’embonpoint ; vi) Les mères qui ont fume pendant leur grossesse présentent une probabilité plus élevée d’avoir des enfants avec un excès de poids persistant que celles qui n’ont pas fumé.

Approximation de la distribution a posteriori d'un modèle Gamma-Poisson hiérarchique à effets mixtes

La méthode que nous présentons pour modéliser des données dites de "comptage" ou données de Poisson est basée sur la procédure nommée Modélisation multi-niveau et interactive de la régression de Poisson (PRIMM) développée par Christiansen et Morris (1997). Dans la méthode PRIMM, la régression de Poisson ne comprend que des effets fixes tandis que notre modèle intègre en plus des effets aléatoires. De même que Christiansen et Morris (1997), le modèle étudié consiste à faire de l'inférence basée sur des approximations analytiques des distributions a posteriori des paramètres, évitant ainsi d'utiliser des méthodes computationnelles comme les méthodes de Monte Carlo par chaînes de Markov (MCMC). Les approximations sont basées sur la méthode de Laplace et la théorie asymptotique liée à l'approximation normale pour les lois a posteriori. L'estimation des paramètres de la régression de Poisson est faite par la maximisation de leur densité a posteriori via l'algorithme de Newton-Raphson. Cette étude détermine également les deux premiers moments a posteriori des paramètres de la loi de Poisson dont la distribution a posteriori de chacun d'eux est approximativement une loi gamma. Des applications sur deux exemples de données ont permis de vérifier que ce modèle peut être considéré dans une certaine mesure comme une généralisation de la méthode PRIMM. En effet, le modèle s'applique aussi bien aux données de Poisson non stratifiées qu'aux données stratifiées; et dans ce dernier cas, il comporte non seulement des effets fixes mais aussi des effets aléatoires liés aux strates. Enfin, le modèle est appliqué aux données relatives à plusieurs types d'effets indésirables observés chez les participants d'un essai clinique impliquant un vaccin quadrivalent contre la rougeole, les oreillons, la rub\'eole et la varicelle. La régression de Poisson comprend l'effet fixe correspondant à la variable traitement/contrôle, ainsi que des effets aléatoires liés aux systèmes biologiques du corps humain auxquels sont attribués les effets indésirables considérés.