Avaliação da resposta imune humoral frente a antígenos de Strongyloides venezuelensis

A estrongiloidíase afeta 30 milhões de pessoas em 70 países. Usualmente, o diagnóstico dessa enteroparasitose é realizado por testes parasitológicos baseados no hidro termotropismo das larvas eliminadas nas fezes, porém esses têm se mostrado pouco sensíveis. Neste trabalho, extratos antigênicos foram testados pelas técnicas de ELISA, Immunoblotting e IFI, utilizando larvas filarióides de Strongyloides venezuelensis, parasita de roedores, que mostram reação cruzada com epítopos de Strongyloides stercoralis. Sensibilidade de 89, 85, 57% para a reação de ELISA e de 100, 100 e 96%, para o Immunoblotting com os antígenos SAL, ZWIP e ZW, e especificidade de 90, 60 e 81% para o ELISA e 96, 92 e 91% para o Immunoblotting para os mesmos antígenos, foram encontradas nestes ensaios.

Identificação de biomarcadores de prognóstico e marcadores preditivos de resposta à terapia no cancro do cólon e recto

Mais de 50% dos novos casos de cancro do cólon e recto (CCR) diagnosticados desenvolvem metástases, as quais apresentam uma elevada resistência às terapias convencionais, tornando o CCR uma das principais causas de morte por cancro. Por estas razões, é necessário identificar biomarcadores moleculares de prognóstico e preditivos da resposta ao tratamento. A maioria dos tumores colorectais apresentam mutações em genes que codificam para componentes da via de sinalização WNT. O presente trabalho teve como objectivo estudar o papel de mutações específicas no gene TCF7L2, um importante factor de transcrição desta via, como potenciais factores de prognóstico no cancro do cólon e recto e avaliar a presença de alterações (epi)genéticas e a sua relação com a resposta à quimioradioterapia pré-operatória no cancro do recto, de modo a identificar marcadores preditivos de resposta ao tratamento. Foi efectuada a análise de mutações em exões específicos do TCF7L2 em 68 amostras de CCR, por DGGE, Genescan e sequenciação automática. Foi realizada a análise de perda de heterozigotia por Genescan e de copy-number e metilação por MS-MLPA, para o mesmo gene, em 16 tumores do recto. Foram confirmados alguns destes resultados, ao nível do DNA e RNA, por qPCR. Foram detectadas mutações no gene TCF7L2 em 7/68 (10%) CCR, as quais foram menos frequentes em tumores sem instabilidade de microssatélites (MSS) do que em tumores instáveis (5/56, 11% vs 8/12, 67%). Na maioria dos tumores do recto resistentes à terapia foram detectados ganhos da região upstream e 5´do gene, os quais foram mais frequentes do que em tumores sensíveis (4/6 vs 1/8, p=0,063). Os tumores do recto que responderam melhor à quimioradioterapia apresentaram mais frequentemente ganhos na região 3’ do gene. Em conclusão, as mutações no gene TCF7L2 são pouco frequentes em tumores estáveis, sendo necessário mais estudos para avaliar relação com o prognóstico. As alterações de copy number poderão ser potenciais marcadores de resposta à quimioradioterapia pré-operatória no recto, no entanto os resultados ainda são preliminares, sendo necessária a análise de um maior número de casos.

Influência da resposta inflamatória de fase aguda nos níveis séricos de retinol e da proteína de ligação do retinol em pacientes com AIDS

INTRODUÇÃO: a hiporretinolemia constitui fator prognóstico independente em pacientes com AIDS, e a atividade inflamatória causa redução dos níveis séricos deste nutriente na população em geral. Entretanto, faltam estudos que avaliem o impacto da atividade inflamatória sobre o nível sérico do retinol em pacientes com AIDS. MÉTODOS: foram avaliados transversalmente 41 pacientes internados por complicações da AIDS, que tiveram quantificados alguns marcadores de inflamação (proteína C reativa e fator de necrose tumoral alfa) e concentrações séricas de retinol e da proteína de ligação do retinol. RESULTADOS: apesar da baixa (14,6%) prevalência de hiporretinolemia evidenciou-se correlação negativa dos marcadores de inflamação com os níveis séricos de retinol e de sua proteína de ligação nos pacientes com AIDS. CONCLUSÕES: a atividade inflamatória de fase aguda está associada a baixos níveis séricos de retinol em indivíduos com AIDS.

Resposta virológica sustentada em pacientes com co-infecção pelos genótipos 1 e 2 do vírus da hepatite C, com apenas nove semanas de terapêutica antiviral: relato de caso

Relata-se um paciente do sexo masculino com 67 anos e sorologia positiva para o vírus da hepatite C (HCV). Exames moleculares revelaram a presença do RNA do HCV, com carga viral de 2.000 cópias/mL e genótipos 1 e 2. O tratamento foi com alfapeginterferon-2a, 180mcg/semana e ribavirina, 1.000mg/dia. Na quarta semana de tratamento, a carga viral para o HCV era indetectável. Na nona semana, o paciente apresentou hematêmese, piora do quadro de astenia, inapetência e comprometimento do estado geral, quando o tratamento foi descontinuado. O PCR foi negativo após 6 meses e permaneceu assim após um ano. O paciente encontra-se assintomático.

Resposta de testes de hipersensibilidade tardia utilizando PPD e outros antígenos em crianças e adolescentes saudáveis e infectados pelo HIV-1 e vacinados com BCG

INTRODUÇÃO: A contagem de células CD4+ representa marcador da resposta imune celular em pacientes infectados pelo HIV-1. Testes cutâneos de hipersensibilidade tardia (DTH) podem ser empregados para avaliar in vivo respostas celulares a antígenos comuns. MÉTODOS: DTH para derivado proteico purificado de tuberculina (PPD), esporotriquina, tricofitina, candidina e estreptoquinase/estreptodornase foram realizados. Foram testados crianças/adolescentes infectados pelo HIV-1 (n=36) e indivíduos saudáveis (n=56), soronegativos para HIV-1/HIV-2 pareados por sexo-idade, todos com cicatriz vacinal por BCG. Teste exato de Fisher foi aplicado (p<0,05). RESULTADOS: Entre as crianças/adolescentes infectados pelo HIV-1, mediana de idade=8,1 anos; 20/36 eram do sexo masculino; 35 casos de transmissão vertical; 34 casos de AIDS sob terapia antirretroviral; mediana de carga viral = 3.04lc10 cópias/ml; mediana de contagem de células CD4+ = 701 células/μl. Entre os infectados e saudáveis a reatividade DTH a pelo menos um dos antígenos foi, respectivamente, 25% (9/36) e 87,5% (49/56) (p<0,001). Reatividade à candidina predominou nos infectados (8/36, 22%) e ao PPD nos indivíduos saudáveis (40/56, 71,4%). A reatividade ao PPD entre infectados foi de 8,3% (p<0,01). A mediana da induração ao PPD foi 2,5mm (variação: 2-5mm) entre infectados e 6,0mm (variação: 3-15mm) entre os saudáveis. Não observamos correlação entre positividade ao PPD e idade. No grupo de infectados, não observamos correlação entre contagens de células CD4+ e reatividade ao DTH. CONCLUSÕES: Respostas DTH significativamente diminuídas, incluindo a reatividade ao PPD foram observadas em crianças/adolescentes infectados pelo HIV-1 comparadas com controles saudáveis, provavelmente refletindo doença avançada e supressão da imunidade mediada por células T.

Programação de Percursos pelo Património Cultural da Universidade de Lisboa

Este relatório conclui o estágio no Museu Nacional de História Natural e da Ciência, em que o meu contributo passou por programar três percursos que valorizassem o património cultural da Universidade de Lisboa, no atual contexto. Através destes passeios, é pretendido envolver o público, em geral, no mundo universitário, dando a conhecer toda a riqueza e diversidade patrimonial, toda a história dos espaços pertença de cada uma das Faculdades da Universidade de Lisboa e o cruzamento possível e desejável com a história do País. Estes são alguns dos percursos possíveis, tendo em conta todo o património da Universidade de Lisboa, muito diverso, riquíssimo e em alguns casos pouco conhecido do grande público. É agora necessário que este património seja, também, incorporado em visitas turísticas.

Requalificação de um espectrómetro Kratos XSAM 800 para espectroscopia de fotoelectrões de Raios-X

A espectroscopia de fotoelectrões de raios-X (XPS - X-ray Photoelectron Spectroscopy)é uma das técnicas de análise de superfícies mais importantes e mais usadas em diversasáreas científico-tecnológicas e industriais. Com ela é possível determinar quantitativa equalitativamente a composição elementar e a composição química aproximada, respectivamente,e estrutura electrónica dos elementos presentes para diferentes tipos de materiais. O laboratório de ciência de superfícies do Departamento de Física da FCT-UNL encontra-se equipado com um sistema de ultra-alto vácuo Kratos XSAM 800 contendo a instrumentação necessária para se realizar XPS. No entanto, o equipamento precisava de uma requalificação. O controlo e aquisição de dados do espectrómetro era feito por um computador PDP11 de 16-bits que actualmente não é comercializado e não tem qualquer suporte técnico por parte do fabricante. Foi substituído por um computador moderno e por uma placa genérica de aquisição de dados. Para que a análise quantitativa pela técnica de XPS seja precisa, é necesssário fazer a caracterização do sistema. Isso implica o conhecimento de parâmetros como a função de transmissão do espectrómetro e a linearidade da resposta do sistema de detecção. Foi feito um estudo da linearidade da resposta do sistema de detecção e determinou-se experimentalmente a função de transmissão do espectrómetro. Os resultados obtidos para a função de transmissão mostraram estar qualitativamente de acordo com os resultados obtidos por outros na literatura. A transmissão da coluna óptica do analisador de energia de electrões foi posteriormente submetida a um processo de optimização, através da implementação de um algoritmo evolutivo diferencial para optimização de funções, recorrendo a linguagem de programação gráfica LabVIEWTM.

Programação paralela estruturada aplicada a um problema de reconstrução de imagem

A Digital Breast Tomosynthesis (DBT) é uma técnica que permite obter imagens mamárias 3D de alta qualidade, que só podem ser obtidas através de métodos de re-construção. Os métodos de reconstrução mais rápidos são os iterativos, sendo no en-tanto computacionalmente exigentes, necessitando de sofrer muitas optimizações. Exis-tem optimizações que usam computação paralela através da implementação em GPUs usando CUDA. Como é sabido, o desenvolvimento de programas eficientes que usam GPUs é ainda uma tarefa demorada, dado que os modelos de programação disponíveis são de baixo nível, e a portabilidade do código para outras arquitecturas não é imedia-ta. É uma mais valia poder criar programas paralelos de forma rápida, com possibili-dade de serem usados em diferentes arquitecturas, sem exigir muitos conhecimentos sobre a arquitectura subjacente e sobre os modelos de programação de baixo nível. Para resolver este problema, propomos a utilização de soluções existentes que reduzam o esforço de paralelização, permitindo a sua portabilidade, garantindo ao mesmo tempo um desempenho aceitável. Para tal, vamos utilizar um framework (FastFlow) com suporte para Algorithmic Skeletons, que tiram partido da programação paralela estruturada, capturando esquemas/padrões recorrentes que são comuns na programação paralela. O trabalho realizado centrou-se na paralelização de uma das fases de reconstru-ção da imagem 3D – geração da matriz de sistema – que é uma das mais demoradas do processo de reconstrução; esse trabalho incluiu um método de ordenação modificado em relação ao existente. Foram realizadas diferentes implementações em CPU e GPU (usando OpenMP, CUDA e FastFlow) o que permitiu comparar estes ambientes de programação em termos de facilidade de desenvolvimento e eficiência da solução. A comparação feita permite concluir que o desempenho das soluções baseadas no FastFlow não é muito diferente das tradicionais o que sugere que ferramentas deste tipo podem simplificar e agilizar a implementação de um algoritmos na área de recons-trução de imagens 3D, mantendo um bom desempenho.

Análise configuracional dos grandes conjuntos urbanos na Região de Lisboa (1945-1974) : contributos da sintaxe espacial para a história de arte como história da cidade

A presente investigação debruça-se sobre o estudo dos grandes conjuntos urbanos, tendo como referência a área de Lisboa no período entre 1945 e 1974. O seu objetivo principal é compreender o padrão espacial e respetivas variantes destas formas urbanas relativamente recentes bem como avaliar o seu impato na estrutura global da cidade e da sociedade. Tomando como ponto de partida a história de arte como história da cidade, a tese toma como objeto o grande conjunto urbano e aponta a hipótese do estudo da relação forma-fundo como meio de obter informações relevantes que relacionem o uso e função com respeito ao desenho do espaço aberto. Como diferentes arranjos entre espaços abertos e fechados implicam tipos espaciais distintos (Medeiros 2013), o estudo da relação entre a forma (cheio) e o fundo (vazio) dos grandes conjuntos urbanos e respetivas variações, pode fornecer-nos informação espacial relevante, que nos permitem compreender melhor estas formas urbanas recentes. Usando a abordagem própria da teoria da sintaxe espacial (Hillier e Hanson 1984), do tipo configuracional, determinam-se as relações entre os vários elementos constituintes dos sistemas espaciais formados nestas urbanizações. Essas relações são depois analisadas através de medidas e variáveis topológicas que nos permitem identificar qualidades e valores espaciais para a sociedade. Os resultados obtidos a partir dessas variáveis e medidas permitem-nos, depois, avaliar os graus de ‘formalidade’ e ‘urbanidade’ em cada sistema (Holanda 2002). Consequentemente, a avaliação qualitativa das características espaciais que se pretendem obter nesta investigação, tem como base a avaliação quantitativa, permitindo assim comparar mais facilmente os diversos casos de estudo. De entre o conjunto de casos analisados, o estudo revela uma série de características comuns, que nos permitem identificar um padrão específico de urbanismo modernista que reflete claramente um conjunto de ideologias associadas a uma visão reformista da sociedade através do espaço. Mas por outro lado, existem também um conjunto de características particulares de cada caso, que reportam para a estrutura morfológica da cidade tradicional. No que reporta à hipótese de estudo levantada nesta investigação sobre a relação forma-fundo, verifica-se através da amostra que esta relação aparece invertida. Esta diferenciação deve-se ao abandono dos tradicionais sistemas de rua e de quarteirão, ainda presentes nas urbanizações de Alvalade e do Areeiro e a sua substituição pelo bloco livre em espaço aberto como nos casos de Alfragide, Portela e Olivais. Tal facto, como prova a teoria da Sintaxe Espacial ou Lógica Social do Espaço, traduziu-se necessariamente em diferentes modos de vida pública e privada e consequentemente de vida espacial e social. Assim concluímos, através da análise dos casos de estudo apresentados, que embora fazendo parte duma mesma ideologia urbana com características comuns (genótipo modernista), os mesmos apresentam resultados espaciais totalmente diferenciados o que justifica a dificuldade da sua análise comparativa.

Regulação epigenética de um gene de resposta a stress de frio em arroz (OsDREB1B)

O arroz (Oryza sativa L.) constitui a principal fonte de alimento para mais de metade da população mundial. O frio tem um grande impacto no desenvolvimento da planta de arroz com efeitos negativos ao nível da produtividade e economia mundial. Os mecanismos epigenéticos associados a alterações estruturais da cromatina estão envolvidos nos mecanismos de resposta das plantas a stresses abióticos. O foco do presente trabalho consistiu na compreensão da influência de fatores epigenéticos, nomeadamente de modificações de histonas, na regulação transcricional de um gene específico (OsDREB1B) envolvido na resposta de arroz ao stress de frio. O estudo da regulação epigenética deste gene envolveu a utilização de plantas de arroz com mutações em enzimas epigenéticas e drogas remodeladoras da cromatina. Neste trabalho mostramos que o gene OsDREB1B é induzido pelo stress de frio (4 °C) em todas os genótipos de arroz analisados, no entanto, a indução do gene em resposta ao stress de frio é maior em Nipponbare que em Dongjin. Nos genótipos que apresentam epimutações, nomeadamente o knockout de osdrm2 (DMT706) e de oshac704 (HAC704), o gene OsDREB1B é mais expresso que no respetivo genótipo selvagem (Dongjin), sendo que a indução da expressão em resposta ao frio foi maior em DMT706 do que em HAC704. A análise do padrão de marcas histónicas ao longo do promotor de OsDREB1B, através da imunoprecipitação da cromatina (ChIP) com anticorpos específicos, revelou que, em resposta ao frio (4ºC), Dongjin apresenta uma menor predominância da marca H3K9ac na região de -519 a -355 pares de bases (antes do ATG), enquanto que Nipponbare possui maior presença de H4K5ac na região de -280 a -121 pares de bases, sugerindo que a regulação epigenética de OsDREB1B seja influenciada pelo genótipo. No caso dos epi-mutantes (HAC704 e DMT706) registou-se um empobrecimento das marcas histónicas testadas sugerindo que a indução da expressão do OsDREB1B em reposta ao stress provocado pelo frio não depende necessariamente da presença de OsDRM2 nem de OsHAC704. Uma visão integrada da paisagem epigenética e do transcriptoma, perspetiva uma melhor compreensão dos mecanismos envolvidos na resposta da planta a condições ambientais adversas, abrindo novas linhas de trabalho no sentido de obter plantas mais tolerantes a fatores de stress.

Implementação de um modelo de geometric semantic genetic programming para aplicação naval

Recaí sob a responsabilidade da Marinha Portuguesa a gestão da Zona Económica Exclusiva de Portugal, assegurando a sua segurança da mesma face a atividades criminosas. Para auxiliar a tarefa, é utilizado o sistema Oversee, utilizado para monitorizar a posição de todas as embarcações presentes na área afeta, permitindo a rápida intervenção da Marinha Portuguesa quando e onde necessário. No entanto, o sistema necessita de transmissões periódicas constantes originadas nas embarcações para operar corretamente – casos as transmissões sejam interrompidas, deliberada ou acidentalmente, o sistema deixa de conseguir localizar embarcações, dificultando a intervenção da Marinha. A fim de colmatar esta falha, é proposto adicionar ao sistema Oversee a capacidade de prever as posições futuras de uma embarcação com base no seu trajeto até à cessação das transmissões. Tendo em conta os grandes volumes de dados gerados pelo sistema (históricos de posições), a área de Inteligência Artificial apresenta uma possível solução para este problema. Atendendo às necessidades de resposta rápida do problema abordado, o algoritmo de Geometric Semantic Genetic Programming baseado em referências de Vanneschi et al. apresenta-se como uma possível solução, tendo já produzido bons resultados em problemas semelhantes. O presente trabalho de tese pretende integrar o algoritmo de Geometric Semantic Genetic Programming desenvolvido com o sistema Oversee, a fim de lhe conceder capacidades preditivas. Adicionalmente, será realizado um processo de análise de desempenho a fim de determinar qual a ideal parametrização do algoritmo. Pretende-se com esta tese fornecer à Marinha Portuguesa uma ferramenta capaz de auxiliar o controlo da Zona Económica Exclusiva Portuguesa, permitindo a correta intervenção da Marinha em casos onde o atual sistema não conseguiria determinar a correta posição da embarcação em questão.

ESTRATÉGIAS DE SOBREVIVÊNCIA DE INVERTEBRADOS TERRESTRES EM FLORESTAS INUNDÁVEIS DA AMAZÔNIA CENTRAL: UMA RESPOSTA À INUNDAÇÃO DE LONGO PERÍODO

As florestas inundáveis na Amazônia Centrai e suas margens adjacentes sofrem alagações de vários metros de altura por 5-7 meses cada ano, devido ao pulso monomodal de inundação dos rios. Os invertebrados terrestres adaptaram-se à este ecossistema, envolvendo várias estratégias de sobrevivência. A fauna compõe-se de animais terrícolas e arborícolas. Ambos os grupos incluem não migrantes e migrantes. A reação migratória dos animais terrícolas é horizontal (à frente da linha d'água), vertical (subida temporária para troncos ou copas de árvores) ou inclui um vôo temporário para florestas de terra firme. Não migrantes têm estágios ativos ou dormentes abaixo d'agua. Os dormentes passam a inundação em abrigos disponíveis em condições naturais, em abrigos fabricados ou cm estágio de ovo. Animais arborícolas não migrantes vivem e se reproduzem exclusivamente em troncos e copas das árvores, enquanto que os migrantes tem estágios de desenvolvimento os quais vivem também no chão. São dadas as características e exemplos de espécies para cada uma destas categorias. O pulso de inundação é considerado como determinante original da migração. Entretanto, a maioria dos invertebrados se tornaram sensíveis aos ecofatores secundários, na sua maioria abióticos. Somente em algumas espécies, a migração ainda é diretamente relacionada com o pulso de inundação.

Promoção da autonomia dos alunos na aprendizagem de programação para a WEB

Relatório de estágio de mestrado em Ensino de Informática

Documentação pedagógica: estratégia de escuta e resposta a diferentes interesses em interação

Relatório de estágio de mestrado em Educação Pré-Escolar