Comparison between human and animal isolates of Shiga toxin-producing Escherichia coli O157 from Australia

There is very little human disease associated with enterohaemorrhagic Escherichia coli O157 in Australia even though these organisms are present in the animal population. A group of Australian isolates of E. coli O157:H7 and O157:H- from human and animal sources were tested for the presence of virulence markers and compared by XbaI DNA macrorestriction analysis using pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). Each of 102 isolates tested contained the gene eae which encodes the E. coli attaching and effacing factor and all but one carried the enterohaemolysin gene, ehxA, found on the EHEC plasmid. The most common Shiga toxin gene carried was stx(2c), either alone (16%) or in combination with stx(1) (74%) or stx(2) (3%) PFGE grouped the isolates based on H serotype and some clusters were source specific. Australian E. coli O157:H7 and H- isolates from human, animal and meat sources carry all the virulence markers associated with EHEC disease in humans therefore other factors must be responsible for the low rates of human infection in Australia.

A rapid PCR protocol for marker assisted detection of heterozygotes in segregating generations involving 1BL/1RS translocation and normal wheat lines

A rapid and reliable polymerase chain reaction (PCR)-based protocol was developed for detecting zygosity of the 1BL/1RS translocation in hexaploid wheat. The protocol involved a multiplex PCR with 2 pairs of oligonucleotide primers, rye-specific Ris-1 primers, and consensus 5S intergenic spacer (IGS) primers, and digestion of the PCR products with the restriction enzyme, MseI. A small piece of alkali-treated intact leaf tissue is used as a template for the PCR, thereby eliminating the necessity for DNA extraction. The test is simple, highly sensitive, and rapid compared with the other detection systems of 1BS1RS heterozygotes in hexaploid wheat. PCR results were confirmed with AFLP analyses. Diagnostic tests for 1BL/1RS translocation based on Sec-1-specific ELISA, screening for chromosome arm 1RS controlled rust resistance locus Yr9, and the PCR test differed in their ability to detect heterozygotes. The PCR test and rust test detected more heterozygotes than the ELISA test. The PCR test is being used to facilitate S1 family recurrent selection in the Germplasm Enhancement Program of the Australian Northern Wheat Improvement Program. A combination of the PCR zygosity test with other markers currently being implemented in the breeding program makes this test economical for 1BL/1RS characterisation of S1 families.

Localization of a novel melanoma susceptibility locus to 1p22

Over the past 20 years, the incidence of cutaneous malignant melanoma (CMM) has increased dramatically worldwide. A positive family history of the disease is among the most established risk factors for CMM; it is estimated that 10% of CMM cases result from an inherited predisposition. Although mutations in two genes, CDKN2A and CDK4, have been shown to confer an increased risk of CMM, they account for only 20%-25% of families with multiple cases of CMM. Therefore, to localize additional loci involved in melanoma susceptibility, we have performed a genomewide scan for linkage in 49 Australian pedigrees containing at least three CMM cases, in which CDKN2A and CDK4 involvement has been excluded. The highest two-point parametric LOD score (1.82; recombination fraction [theta] 0.2) was obtained at D1S2726, which maps to the short arm of chromosome 1 (1p22). A parametric LOD score of 4.65 (theta = 0) and a nonparametric LOD score of 4.19 were found at D1S2779 in nine families selected for early age at onset. Additional typing yielded seven adjacent markers with LOD scores 13 in this subset, with the highest parametric LOD score, 4.95 (theta = 0) ( nonparametric LOD score 5.37), at D1S2776. Analysis of 33 additional multiplex families with CMM from several continents provided further evidence for linkage to the 1p22 region, again strongest in families with the earliest mean age at diagnosis. A nonparametric ordered sequential analysis was used, based on the average age at diagnosis in each family. The highest LOD score, 6.43, was obtained at D1S2779 and occurred when the 15 families with the earliest ages at onset were included. These data provide significant evidence of a novel susceptibility gene for CMM located within chromosome band 1p22.

Polimorfismos GSTT1 e GSTM1 em indivíduos tabagistas com carcinoma espinocelular de cabeça e pescoço

A variabilidade em genes relacionados aos processos de ativação e detoxificação de carcinógenos pode interferir na suscetibilidade ao câncer. OBJETIVO: Investigar a relação entre os polimorfismos GSTT1 e GSTM1 nulos e o risco para o carcinoma espinocelular de cabeça e pescoço em indivíduos tabagistas. MATERIAL E MÉTODO: Este estudo caso-controle foi realizado na Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, Brasil. Foram avaliadas as freqüências dos genótipos nulos GSTT1 e GSTM1 por PCR multiplex em 60 pacientes com carcinoma espinocelular de cabeça e pescoço e 60 indivíduos sem a doença. RESULTADOS: A cavidade oral foi o sítio de tumor mais freqüente. O genótipo GSTT1 nulo foi encontrado em 33,3% dos pacientes e em 23,3% dos indivíduos controles (p=0,311). Os grupos caso e controle apresentaram freqüências do genótipo GSTM1 nulo de 35% e 48,3%, respectivamente (p=0,582). Não foram encontradas associações entre o hábito etilista e genótipos nulos GSTT1 e GSTM1 em ambos os grupos (valores de p>0,05). O gênero masculino e o hábito etilista foram prevalentes em ambos os grupos. CONCLUSÃO: Neste estudo não foi possível estabelecer uma correlação entre os genótipos nulos GSTT1 e GSTM1 e o carcinoma espinocelular de cabeça e pescoço em indivíduos tabagistas.

A Diversidade Europeia e o Paradigma da Complexidade

O artigo aborda o problema da construção europeia na perspectiva do paradigma da complexidade, uma perspectiva apostada na manutenção da variedade possível em cada sistema. A variedade interna dos sistemas sócio-políticos é um importante recurso, mas coloca desafios exigentes,para ser factor de eficácia. A História mostra que a integração europeia tem de assentar na diversidade das nações e povos que a constituem: não será interessante ceder à tentação da homogeneização por força de processos excessivamente centralizadores ou do primado do económico-financeiro sobre o social e o cultural específico dos diferentes povos europeus.Aproveitar esta variedade exige a acção de líderes com visão aberta sobre o presente e o futuro. O artigo traça um cenário desejável sobre o posicionamento dos Portugueses neste esforço de desenvolvimento e consolidação da unitas multiplex (Morin 1984) da Europa.

: SiC Multilayer Photonic Structures with Self Optical Bias Amplification

Characteristics of tunable wavelength pi'n/pin filters based on a-SiC:H multilayered stacked cells are studied both experimental and theoretically. Results show that the device combines the demultiplexing operation with the simultaneous photodetection and self amplification of the signal. An algorithm to decode the multiplex signal is established. A capacitive active band-pass filter model is presented and supported by an electrical simulation of the state variable filter circuit. Experimental and simulated results show that the device acts as a state variable filter. It combines the properties of active high-pass and low-pass filter sections into a capacitive active band-pass filter using a changing photo capacitance to control the power delivered to the load.

Distribuição de sinais rádio e vídeo sobre fibra

As comunicações ópticas e as comunicações sem fios têm sofrido uma grande evolução ao longo das últimas décadas. Com o objectivo de juntar as vantagens de cada um dos sistemas surgiu o que se designa por rádio sobre fibra. Este sistema permite centralizar todo o processamento necessário num só local, na estação central, simplificando assim a estação base. Esta simplificação permite reduzir os custos de implementação e torna o sistema menos complexo. Esta dissertação de mestrado tem como objectivo principal estudar e simular um sistema que permite o envio de sinais vídeo e rádio pela fibra óptica para posterior difusão, utilizando o conceito de rádio sobre fibra. Os sinais enviados foram o LTE (Long Term Evolution), o UWB (Ultra WideBand) e o WiMAX (Worldwide Interoperability for Microwave Access). O primeiro disponibiliza o serviço de voz, o segundo disponibiliza o serviço de televisão e o último dá suporte à internet. Estes sinais foram modulados em OFDM (Orthogonal Frequency Division Multiplex), porque, posteriormente, estes sinais vão ser difundidos num ambiente sem fios e este tipo de modulação minimiza o efeito de multipercurso e da interferência intersimbólica. Com este estudo pretende-se verificar qual a viabilidade de um sistema que permite o envio de três sinais distintos simultaneamente (serviço Triple Play). Ao analisar os resultados deste sistema concluiu-se que a sua aplicabilidade pode apresentar algumas limitações, dependendo do tipo de modulação e do tipo de modulador que se utilize. Os moduladores ópticos utilizados foram o MZ (Mach-Zehnder) e o EA (Electro-Absorption). A qualidade do sinal recebido foi analisada com base no valor de EVM (Error Vector Magnitude). O primeiro modulador foi aquele que apresentou mais limitações, pois o desempenho do sistema é comprometido para distâncias superiores a 40 km e para potências de entrada inferiores a 0 dBm. Este tipo de sistema apresenta um EVM mais baixo quando a potência de entrada utilizada está entre 0 e 6 dBm. Se o modulador utilizado for o EA, o sistema apresenta um EVM mais baixo quando se utiliza um índice de modulação entre 20% e 30%, para uma potência de entrada entre 0 e 2 dBm.

Resistance to β-lactams in bacteria isolated from different types of Portuguese cheese

The purpose of this study was to investigate the presence of beta-lactam-resistant bacteria in six different types of Portuguese cheese. The numbers of ampicillin resistant (AMP(r)) bacteria varied from 4.7 x 10(2) to 1.5 x 10(7) CFU/g. Within 172 randomly selected beta-lactam-resistant bacteria, 44 resistant phenotypes were found and 31.4% were multidrug resistant. The majority (85%) of the isolates identified belonged to the Enterobacteriaceae family. The presence of the bla(TEM) gene was detected in 80.9% of the tested isolates. The results suggest that without thermal processing of the milk and good hygienic practices, cheese may act as a vehicle of transfer of beta-lactam-resistant bacteria to the gastrointestinal tract of consumers.

In vitro transference and molecular characterization of bla TEM genes in bacteria isolated from Portuguese ready-to-eat foods

The principal aim of this study was to investigate the possibility of transference to Escherichia coli of β-lactam resistance genes found in bacteria isolated from ready-to-eat (RTE) Portuguese traditional food. From previous screenings, 128 β-lactam resistant isolates (from different types of cheese and of delicatessen meats), largely from the Enterobacteriaceae family were selected and 31.3% of them proved to transfer resistance determinants in transconjugation assays. Multiplex PCR in donor and transconjugant isolates did not detect bla CTX, bla SHV and bla OXY, but bla TEM was present in 85% of them, while two new TEMs (TEM-179 and TEM-180) were identified in two isolates. The sequencing of these amplicons showed identity between donor and transconjugant genes indicating in vitro plasmid DNA transfer. These results suggest that if there is an exchange of genes in natural conditions, the consumption of RTE foods, particularly with high levels of Enterobacteriaceae, can contribute to the spread of antibiotic resistance.

SiC Multilayer Structures as Light Controlled Photonic Active Filters

Tunable wavelength division multiplexing converters based on amorphous SiC multilayer photonic active filters are analyzed. The configuration includes two stacked p-i-n structures (p(a-SiC:H)-i'(a-SiC:H)-n(a-SiC:H)-p(a-SiC:H)-i(a-Si:H)-n(a-Si:H)) sandwiched between two transparent contacts. The manipulation of the magnitude is achieved through appropriated front and back backgrounds. Transfer function characteristics are studied both theoretically and experimentally. An algorithm to decode the multiplex signal is established. An optoelectronic model supports the optoelectronic logic architecture. Results show that the light-activated device combines the demultiplexing operation with the simultaneous photodetection and self-amplification of an optical signal. The output waveform presents a nonlinear amplitude-dependent response to the wavelengths of the input channels. Depending on the wavelength of the external background and irradiation side, it acts either as a short- or a long-pass band filter or as a band-stop filter. A two-stage active circuit is presented and gives insight into the physics of the device.

Development and characterization of microsattelite Loci for the harvested limpets Patella Candei (D'orbigny, 1839) and Patella Aspera (Röding, 1798) using 454 sequencing

World Congress of Malacology, Ponta Delgada, July 22-28, 2013.

Light-activated amplification in SiC Tandem devices: A capacitive active filter model

Characteristics of tunable wavelength pi'n/pin filters based on a-SiC:H multilayered stacked cells are studied both experimentally and theoretically. Results show that the device combines the demultiplexing operation with the simultaneous photodetection and self amplification of the signal. An algorithm to decode the multiplex signal is established. A capacitive active band-pass filter model is presented and supported by an electrical simulation of the state variable filter circuit. Experimental and simulated results show that the device acts as a state variable filter. It combines the properties of active high-pass and low-pass filter sections into a capacitive active band-pass filter using a changing capacitance to control the power delivered to the load.

Noble metal nanoparticles - Au and Ag - for biodetection

Dissertation submitted for obtainment of the Master’s Degree in Biotechnology, by the Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

DNA nanoprobes for molecular detection

Dissertação apresentada para obtenção do Grau de Doutor em Engenharia Biológica – especialidade Engenharia Genética, pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Chlamydia trachomatis Infecção na grávida e no recém-nascido

A infecção urogenital causada por Chlamydia trachomatis é a doença bacteriana sexualmente transmissível mais comum na Europa, tanto em homens como em mulheres. Constitui um grave problema de saúde pública devido à elevada percentagem de portadores assintomáticos, às complicações clínicas que daí podem resultar e à possibilidade de transmissão vertical. O presente trabalho teve como principais objectivos: i) avaliar a prevalência da infecção por C. trachomatis e por Neisseria gonorrhoeae num grupo de grávidas de 36 semanas atendidas na consulta externa de Obstetrícia do Hospital Amadora Sintra e nos recém-nascidos de mães infectadas, ii) identificar os serovares responsáveis pelas infecções por C. trachomatis, iii) verificar a distribuição da prevalência da infecção por C. trachomatis em função da idade e iv) avaliar a utilidade de uma técnica de PCR multiplex e de PCR multiplex em tempo real no diagnóstico desta infecção. Foram testadas 1201 amostras de urina do primeiro jacto de grávidas e 18 exsudados oculares provenientes de recém-nascidos cujas mães estavam infectadas com C. trachomatis. Cada amostra foi testada pelas técnicas de PCR multiplex e de PCR multiplex em tempo real, tendo como alvos de amplificação um fragmento do plasmídio críptico e outro do gene omp1. Todos os resultados positivos foram confirmados com uma técnica de nested PCR e posteriormente enviados para sequenciação para identificação dos serovares envolvidos. Em todas as amostras foi ainda pesquisada a presença de ADN de N. gonorrhoeae através de técnicas de PCR e de PCR em tempo real sendo que, na primeira, o alvo a amplificar foi um fragmento do gene ccpB do plasmídio pJDI e na segunda o pseudogene porA. Os resultados positivos foram confirmados por RFLP. A prevalência da infecção por C. trachomatis e por N. gonorrhoeae foi de 3,7% (45/1201) e de 0,08% (1/1201), respectivamente. Nos recém-nascidos, a prevalência foi de 0% para ambas as infecções, embora o número de recém-nascidos estudados (18/45) dificilmente seja representativo. O serovar mais prevalente foi o E (31,1%), seguido do G (15,6%), do D/Da (13,3%), do F, I/Ia e do J (11,1%). O serovar K foi identificado em 4,4% das amostras infectadas e o H em apenas 2,2%. A técnica de PCR multiplex em tempo real parece ser mais adequada para o diagnóstico da infecção por C. trachomatis do que a técnica de PCR multiplex, tendo a primeira detectado 100% dos casos de infecção por este microrganismo (45/45), enquanto que a segunda detectou apenas 71% (32/45) dos mesmos.