Genome-wide DNA polymorphism analyses using VariScan

BACKGROUND: DNA sequence polymorphisms analysis can provide valuable information on the evolutionary forces shaping nucleotide variation, and provides an insight into the functional significance of genomic regions. The recent ongoing genome projects will radically improve our capabilities to detect specific genomic regions shaped by natural selection. Current available methods and software, however, are unsatisfactory for such genome-wide analysis. RESULTS: We have developed methods for the analysis of DNA sequence polymorphisms at the genome-wide scale. These methods, which have been tested on a coalescent-simulated and actual data files from mouse and human, have been implemented in the VariScan software package version 2.0. Additionally, we have also incorporated a graphical-user interface. The main features of this software are: i) exhaustive population-genetic analyses including those based on the coalescent theory; ii) analysis adapted to the shallow data generated by the high-throughput genome projects; iii) use of genome annotations to conduct a comprehensive analyses separately for different functional regions; iv) identification of relevant genomic regions by the sliding-window and wavelet-multiresolution approaches; v) visualization of the results integrated with current genome annotations in commonly available genome browsers. CONCLUSION: VariScan is a powerful and flexible suite of software for the analysis of DNA polymorphisms. The current version implements new algorithms, methods, and capabilities, providing an important tool for an exhaustive exploratory analysis of genome-wide DNA polymorphism data.

CR1Dmod: A Matlab program to model 1D complex resistivity effects in electrical and electromagnetic surveys

We have constructed a forward modelling code in Matlab, capable of handling several commonly used electrical and electromagnetic methods in a 1D environment. We review the implemented electromagnetic field equations for grounded wires, frequency and transient soundings and present new solutions in the case of a non-magnetic first layer. The CR1Dmod code evaluates the Hankel transforms occurring in the field equations using either the Fast Hankel Transform based on digital filter theory, or a numerical integration scheme applied between the zeros of the Bessel function. A graphical user interface allows easy construction of 1D models and control of the parameters. Modelling results are in agreement with other authors, but the time of computation is less efficient than other available codes. Nevertheless, the CR1Dmod routine handles complex resistivities and offers solutions based on the full EM-equations as well as the quasi-static approximation. Thus, modelling of effects based on changes in the magnetic permeability and the permittivity is also possible.

Binary proposal for assessing quality of Open Access Institutional Repositories : the case of Spanish repositories

The reason for this study is to propose a new quantitative approach on how to assess the quality of Open Access University Institutional Repositories. The results of this new approach are tested in the Spanish University Repositories. The assessment method is based in a binary codification of a proposal of features that objectively describes the repositories. The purposes of this method are assessing the quality and an almost automatically system for updating the data of the characteristics. First of all a database was created with the 38 Spanish institutional repositories. The variables of analysis are presented and explained either if they are coming from bibliography or are a set of new variables. Among the characteristics analyzed are the features of the software, the services of the repository, the features of the information system, the Internet visibility and the licenses of use. Results from Spanish universities ARE provided as a practical example of the assessment and for having a picture of the state of the development of the open access movement in Spain.

GTK+ toolkit on mobile Linux devices

Linux -käyttöjärjestelmä on laajasti käytössä palvelin- ja työpöytätietokoneissa. Linux on lisäämässä suosiotaan kuitenkin myös sulautetuissa laitteissa, kuten PDA:issa, kännyköissä sekä erilaisissateollisuusjärjestelmissä. Näytön koko, suorituskyky ja käytettävyys asettavat omia erityisiä tarpeitaan laitteiden graafiselle käyttöliittymälle. Linux -käyttöjärjestelmälle on olemassa useita käyttöliittymäkirjastoja, joista GTK+ on yksi yleisimmin käytetyistä. Tämä diplomityö esittelee sulautetun Linux -käyttöjärjestelmän ja GTK+ käyttöliittymäkirjaston, selvittäen miten hyvin ne soveltuvat mobiileihin päätelaitteisiin. Yksi suurimmista esteistä työpöytäkäyttöön suunnattujen teknologioiden, kuten GTK+, muokkaamisessa mobiileihin päätelaitteisiin on suorituskyky. Osana tätä työtä kehitettiin GtkPerf -niminen työkalu, jolla GTK+:n suorituskykyä eri alustoilla pystytään helposti mittaamaan ja havaitsemaan mahdollisia pullonkauloja. Tämän työn johtopäätöksenä on, että pienillä muokkailuilla ja optimoinneilla GTK+ soveltuu myös mobiileihin päätelaitteisiin. Ensimmäinen kaupallisesti saatavilla oleva GTK+ -pohjainen päätelaite, Nokia 770 Internet Tablet, on tästä osoituksena.

Building a usable and accessible semantic web interaction platform

Semantic Web applications take off is being slower than expected, at least with respect to “real-world” applications and users. One of the main reasons for this lack of adoption is that most Semantic Web user interfaces are still immature from the usability and accessibility points of view. This is due to the novelty of these technologies, but this also motivates the exploration of alternative interaction paradigms, different from the “traditional” Web or Desktop applications ones. Our proposal is realized in the Rhizomer platform, which explores the possibilities of the object–action interaction paradigm at the Web scale. This paradigm is well suited for heterogeneous resource spaces such as those common in the Semantic Web. Resources, described by metadata, correspond to the objects in the paradigm. Semantic web services, which are dynamically associated to these objects, correspond to the actions. The platform is being put into practice in the context of a research project in order to build an open application for media distribution based on Semantic Web technologies. Moreover, its usability and accessibility have been evaluated in this real setting and compared to similar systems.

Ostoreskontra –moduulin suunnittelu ja toteutus Sähkömies –taloushallinto-ohjelmistoon

Sähkömies -taloushallinto-ohjelmisto on pienille sähköalan yrityksille suunnattu valmisohjelmisto. Se on tarkoitettu tehostamaan talous- ja materiaalihallinnon tehtäviä yrityksessä. Tämän työn tavoitteena oli suunnitella ja toteuttaa ostoreskontra –moduuli Sähkömies –taloushallinto-ohjelmistoon. Ostoreskontra -ominaisuuden lisääminen ohjelmistoon on saanut alkunsa useiden asiakkaiden palautteesta saada automatisoitua yrityksen ostoreskontra -toiminto. Samalla ohjelmistosta saadaan kilpailukykyisempi tuote sähköalalla. Työssä on ensiksi tutkittu ostoreskontran yleistä toimintamallia. Ohjelmiston kehitysprosessissa on sovellettu vesiputous –ohjelmistoprosessimallia. Ostoreskontra –moduulin vaatimukset on määritelty yhdessä avainasiakkaiden kanssa. Ohjelmiston toiminnallisuuden määrittelyssä on käytetty use case –menetelmää. Vaatimusmäärittelyyn ja toiminnalliseen määrittelyyn perustuen on suunniteltu tietokantataulut, käyttöliittymälomakkeet sekä tehty ohjelmamäärittelyt. Ohjelmiston toteutukseen on käytetty Visual Basic –sovelluskehitintä sekä Access 2000 –tietokanta-ohjelmistoa.Työn lopullista onnistumista on vielä aikaista arvioida, koska ohjelmiston ostoreskontra –moduulin sisältävää versiota ei ole vielä toimitettu asiakkaille. Lupaavaa palautetta on kuitenkin tullut projektissa tiiviisti mukana olleilta asiakkailta.

Usabilidad en sitios web orientados al comercio electrónico y a los servicios: www.renfe.com

Este trabajo evalúa la usabilidad de la web de Renfe, comparándola con sitios de características similares, particularmente en Francia y Alemania. Para este análisis se efectúa un test de usuario con personas enmarcadas dentro de las características de los usuarios potenciales.

Verkkokäyttöliittymäohjelmiston toteuttaminen TradeXpress-tietojärjestelmään.

Työssä perehdytään verkkokäyttöliittymien suunnitteluun ja toteutukseen. Erityisen huomion kohteena ovat Java-ohjelmointikieli ja ohjelmistosuunnittelussa suurta huomiota herättäneet suunnittelumallit. Java on kehittynyt lyhyen elinikänsä aikana huomattavasti, ja viimeaikaiset vakioluokkakirjastot ovat mahdollistaneet monipuolisten ja siirrettävien ohjelmistojen toteuttamisen. Vaikka Java ei sovellukaan kaikkiin tarkoituksiin, on se luotettavuutensa, siirrettävyytensä ja luokkakirjastojensa ilmaisuvoiman ansiosta hyvin houkutteleva kieli käyttöliittymien tekemiseen. Suunnittelumallit ovat merkittävä osa ammattimaista oliosuunnittelua. Ne tarjoavat valmiita ratkaisuja yleisiin suunnitteluongelmiin ja säästävät siten aikaa suunnittelu- ja toteutusvaiheissa. Suunnittelumallit voidaan jakaa kolmeen ryhmään: luontimallit, rakennemallit ja toiminnalliset mallit. Käytännön osuudessa tarkastellaan Java-käyttöliittymän toteutusta olemassa olevaan Soneran TradeXpress-tietojärjestelmään. Tässä tehtävässä Java ja suunnittelumallit ovat olleet keskeisellä sijalla. Java-käyttöliittymä, JavaGUI, koostuu kahdesta osasta: asiakasappletista ja Jrls-palvelimesta. Näiden kahden väliseen tiedonsiirtoon käytetään pääasiassa Javan RMI-yhteyskäytäntöä. Jrls-palvelin toimii asiakkaana RLS-palvelimelle erityisen RLS-yhteyskäytännön avulla.

Tuotantosuunnitelman julkaiseminen partnereille internetissä

Stora Enso käyttää tehtaillaan TietoEnatorin luomaa Fenix-toiminnanohjaus-järjestelmää. Fenix on monimutkainen järjestelmä, joka sisältää mm. tuotannon-ohjausosion, jolla luodaan paperikoneille tuotantosuunnitelmia. Fenix-projektiin on syntynyt sivutuotteena PartnerWeb-projekti, jonka tarkoituksena on julkaista joitakin Fenixin palveluita internetissä. Kohderyhmänä ovat pääasiassa Stora Enson suurimmat asiakkaat, heidän partnerinsa. Tämän työn tavoitteena on rakentaa teoriatasolla toimivat sovellukset internet- ja WAP-ympäristöihin koskien PartnerWebin tuotantosuunnitelmaosiota. Tavoitteena on myös tutkia, mitä vaatimuksia kyseisessä ympäristössä julkaistava sovellus asettaa sekä missä muodossa ja mitä tietoa partnereille esitetään. Lähestymistapa on varsin tietoturvapainotteinen, johtuen Fenixin tärkeydestä Stora Ensolle. Työn tuloksena saatiin luotua teoriatason käyttöliittymät internet- ja WAP-ympäristöihin. Tuloksena saatiin myös tietoturvallinen arkkitehtuuri. Sovellusten osalta työ jatkuu edelleen, tavoitteena on rakentaa luotuihin käyttöliittymiin toimivat sovellukset, jotka käyttävät Fenix-palveluita.

Ohjelmistoarkkitehtuurien vertailu ja valinta monimediatuotteelle. CASE: AVO

Työn tavoitteena oli tutkia ja vertailla komponenttipohjaisia ohjelmistoarkkitehtuureita (Microsoft .NET ja J2EE). Työn tarkoituksena oli valita ohjelmistoarkkitehtuuri uudelle neuroverkkopohjaiselle urasuunnittelupalvelulle. Tässä työssä selvitettiin myös, miten luodaan kansainvälistettäviä ja lokalisoitavia sovelluksia, sekä kuinka Web-, Windows-, mobiili-, puhe- ja Digi-TV -käyttöliittymät soveltuvat uudelle urasuunnittelupalvelulle. Tutkimustyössä käytettiin alan kirjallisuutta, Microsoftin ja Sun Microsystemsin Web-sivuja. Tutkimustyössä analysoitiin Microsoft Pet Shop- ja Sun Microsystemsin Java Pet Store -esimerkkisovellusten suorituskykyvertailua. Analyysituloksiin perustuen urasuunnittelupalvelussa suositellaan käytettäväksi J2EE-arkkitehtuuria. Uudelle urasuunnittelupalvelulle toimenpide-ehdotus on komponenttipohjainen järjestelmä Web-, puhe- ja Digi-TV -käyttöliittymillä ja personoidulla sisällöllä. Järjestelmä tehdään viisivaiheisena hankkeena, johon sisältyy pilottitestejä. Uuteen urasuunnittelupalveluun liitetään mukaan opiskelijat, oppilaitokset ja työnantajat sekä asiantuntijoita neuroverkon opetusdatan määrittämiseen. Palvelu perustuu integroituun tietokantaan. Eri osajärjestelmissä tuotettua tietoa voidaan hyödyntää kaikkialla urasuunnittelupalvelussa.

Towards personalization in digital libraries through ontologies

In this paper we describe a browsing and searching personalization system for digitallibraries based on the use of ontologies for describing the relationships between all theelements which take part in a digital library scenario of use. The main goal of thisproject is to help the users of a digital library to improve their experience of use bymeans of two complementary strategies: first, by maintaining a complete history recordof his or her browsing and searching activities, which is part of a navigational userprofile which includes preferences and all the aspects related to community involvement; and second, by reusing all the knowledge which has been extracted from previous usage from other users with similar profiles. This can be accomplished in terms of narrowing and focusing the search results and browsing options through the use of a recommendation system which organizes such results in the most appropriatemanner, using ontologies and concepts drawn from the semantic web field. The complete integration of the experience of use of a digital library in the learning process is also pursued. Both the usage and information organization can be also exploited to extract useful knowledge from the way users interact with a digital library, knowledge that can be used to improve several design aspects of the library, ranging from internal organization aspects to human factors and user interfaces. Although this project is still on an early development stage, it is possible to identify all the desired functionalities and requirements that are necessary to fully integrate the use of a digital library in an e-learning environment.

Optical Character Recognition for Symbian OS

This Master's thesis addresses the design and implementation of the optical character recognition (OCR) system for a mobile device working on the Symbian operating system. The developed OCR system, named OCRCapriccio, emphasizes the modularity, effective extensibility and reuse. The system consists of two parts which are the graphical user interface and the OCR engine that was implemented as a plug-in. In fact, the plug-in includes two implementations of the OCR engine for enabling two types of recognition: the bitmap comparison based recognition and statistical recognition. The implementation results have shown that the approach based on bitmap comparison is more suitable for the Symbian environment because of its nature. Although the current implementation of bitmap comparison is lacking in accuracy, further development should be done in its direction. The biggest challenges of this work were related to developing an OCR scheme that would be suitable for Symbian OS Smartphones that have limited computational power and restricted resources.

Www-sovelluskehysten arviointi ja valinta

Useimmiten www-sovellusten käyttöliittymien rakentamiseen käytetään ohjelmistokehyksiä. Www-sovelluskehys voidaan valita lukuisista valmiista vaihtoehdoista. Valinta on kuitenkin ongelmallista. Vaikka hyviä vaihtoehtoja on paljon, www-sovelluskehykset ovat parhaimmillaan vain tietyissä tilanteissa. Tämän työn tavoitteena oli löytää keino vertailla www-sovelluskehyksiä. Menetelmän haluttiin olevan kustannustehokas. Työssä hyödynnettiin kirjallisuudesta löytyviä ohjeita ohjelmistokomponenttien ja työkalujen valintaan. Ohjeiden avulla valittiin www-sovelluskehyksien vertailuun sopivia arviointikriteerejä. Arviointikriteerien määrittelyä varten tutkittiin ohjelmistokehysten ja www-sovelluskehysten vaatimuksia. Ohjeiden avulla suoritettiin myös vertailu käytännössä. Työn tuloksena syntyneitä www-sovelluskehysten vaatimuksia ja arviointikriteerejä voidaan käyttää suoraan vertailuissa alustasta riippumatta. Tulosten avulla voidaan vähentää www-sovelluskehysten valintaan tarvittavan työn määrää. Työhön sisältyneen vertailun suorittamiseen kului kohtuullinen määrä aikaa, ja sillä kyettiin tunnistamaan eroja www-sovelluskehysten välillä.

Sähköurakoitsijan langattoman mobiiliratkaisun sunnittelu ja toteuttaminen

Kandidaatintyön tavoitteena on suunnitella ja toteuttaa tehokkaampi ajanhallintajärjestelmä sähköalan yritykseen. Ajanhallinnan tehostaminen oli tarkoitus saavuttaa siirtämällä työtuntien seuranta paperilomakkeiden käytöstä sähköiseen tietokantaan johon syötetään tiedot langattomilla päätelaitteilla. Päätelaitteiksi valittiin kämmentietokoneet jotka käyttävät tiedonsiirtoon langatonta lähiverkkoa ja yrityksen ulkopuolella GSMkännykkäverkon datasiirto-ominaisuuksia. Ohjelmisto koottiin useista eri sovelluskomponenteista Groupware-ohjelmistopaketin käyttämisen sijaan. Useiden eri sovellusten käyttö osoittautui virheeksi koska näiden erilaiset käyttöliittymät ja vaihtelevat ominaisuudet hankaloittivat käyttöä. Työn tehokkuutta mitattaessa havaittiin että järjestelmän käyttöönotto oli lisännyt ajanhallintaan liittyvien tehtävien pituutta eikä tehostanut niitä. Tämä johtuu osittain useiden eri sovellusten käytöstä ja niiden ominaisuuksien puutteista.