Régulation dépendante du cycle cellulaire de la réparation par excision de nucléotides

La réparation par excision de nucléotides (NER) est une voie critique chez l'homme pour enlever des lésions qui déforment l’hélice d'ADN et qui bloquent à la fois la réplication et la transcription. Parmi ces lésions, il y a les dimères cyclobutyliques de pyrimidines (CPDs) et les adduits pyrimidine (6-4) pyrimidone (6-4PPs) induient par les rayons ultraviolets. L'importance physiologique de la NER est mise en évidence par l’existence de la maladie Xeroderma pigmentosum (XP), causée par des mutations affectant des gènes impliqués dans cette voie de réparation. Les personnes atteintes sont caractérisées par une photosensibilité extrême et une forte prédisposition à développer des tumeurs cutanées (plus de 1000 fois). Les patients atteints du type variant de la maladie Xeroderma pigmentosum (XPV), apparemment compétents en réparation, portent plutôt des mutations dans le gène codant pour l'ADN polymérase η (polη). Polη est une ADN polymérase translésionnelle capable de contourner avec une grande fidélité certaines lésions telles que les CPDs, qui autrement bloquent les polymérases réplicatives. Ainsi, la polη prévient la formation de mutations et permet la reprise de la synthèse d'ADN. L'objectif principal de cette thèse est d'évaluer le rôle potentiel de voies de signalisation majeures dans la régulation de la NER, dont celles régulées par la kinase ATR (Ataxia Télangiectasia and Rad3-related kinase). Suite à l'irradiation UV, ATR est rapidement activée et phosphoryle des centaines de protéines qui régulent les points de contrôle du cycle cellulaire et joue un rôle notoire dans le maintient de la stabilité génomique. Nous avons postulé qu’ATR puisse réguler la NER de manière dépendante du cycle cellulaire. Cependant, tester cette hypothèse représente un grand défi car, pour des raisons techniques, les méthodes conventionnelles n’ont pas à ce jour été adaptées pour l'évaluation de la cinétique de réparation au cours des différentes phases du cycle cellulaire. Nous avons donc développé une méthode novatrice basée sur la cytométrie en flux permettant de quantifier avec grande précision la cinétique de réparation des 6-4PPs et CPDs dans chacune des phases G0/G1, S et G2/M. Avec cette nouvelle méthode, nous avons pu démontrer que l'inhibition d'ATR ou polη résulte en une très forte inhibition de la NER exclusivement durant la phase S du cycle cellulaire. Ces études ont révélé, pour la première fois, une fonction critique pour ces protéines dans le retrait des lésions qui bloquent la réplication. En outre, nous avons démontré que la synthèse d'ADN est indispensable pour l’inhibition de la réparation en phase-S, reflétant un lien potentiel entre la NER et la réplication. Curieusement, nous avons également montré que parmi six lignées cellulaires tumorales choisies aléatoirement, trois présentent une abrogation totale de la NER uniquement pendant la phase S, ce qui indique que de nombreux cancers humains pourraient être caractérisés par un tel défaut. Nos observations pourraient avoir d'importantes implications pour le traitement du cancer. En effet, le statut de la NER semble constituer un déterminant majeur dans la réponse clinique aux médicaments chimiothérapeutiques tels que le cisplatine, qui inhibent la croissance des cellules cancéreuses via l'induction de lésions à l’ADN.

Conception des réseaux maillés sans fil à multiples-radios multiples-canaux

Généralement, les problèmes de conception de réseaux consistent à sélectionner les arcs et les sommets d’un graphe G de sorte que la fonction coût est optimisée et l’ensemble de contraintes impliquant les liens et les sommets dans G sont respectées. Une modification dans le critère d’optimisation et/ou dans l’ensemble de contraintes mène à une nouvelle représentation d’un problème différent. Dans cette thèse, nous nous intéressons au problème de conception d’infrastructure de réseaux maillés sans fil (WMN- Wireless Mesh Network en Anglais) où nous montrons que la conception de tels réseaux se transforme d’un problème d’optimisation standard (la fonction coût est optimisée) à un problème d’optimisation à plusieurs objectifs, pour tenir en compte de nombreux aspects, souvent contradictoires, mais néanmoins incontournables dans la réalité. Cette thèse, composée de trois volets, propose de nouveaux modèles et algorithmes pour la conception de WMNs où rien n’est connu à l’ avance. Le premiervolet est consacré à l’optimisation simultanée de deux objectifs équitablement importants : le coût et la performance du réseau en termes de débit. Trois modèles bi-objectifs qui se différent principalement par l’approche utilisée pour maximiser la performance du réseau sont proposés, résolus et comparés. Le deuxième volet traite le problème de placement de passerelles vu son impact sur la performance et l’extensibilité du réseau. La notion de contraintes de sauts (hop constraints) est introduite dans la conception du réseau pour limiter le délai de transmission. Un nouvel algorithme basé sur une approche de groupage est proposé afin de trouver les positions stratégiques des passerelles qui favorisent l’extensibilité du réseau et augmentent sa performance sans augmenter considérablement le coût total de son installation. Le dernier volet adresse le problème de fiabilité du réseau dans la présence de pannes simples. Prévoir l’installation des composants redondants lors de la phase de conception peut garantir des communications fiables, mais au détriment du coût et de la performance du réseau. Un nouvel algorithme, basé sur l’approche théorique de décomposition en oreilles afin d’installer le minimum nombre de routeurs additionnels pour tolérer les pannes simples, est développé. Afin de résoudre les modèles proposés pour des réseaux de taille réelle, un algorithme évolutionnaire (méta-heuristique), inspiré de la nature, est développé. Finalement, les méthodes et modèles proposés on été évalués par des simulations empiriques et d’événements discrets.

Propriétés optiques et analytiques des nanotrous : vers la conception de biocapteurs en résonance des plasmons de surface localisés

Les biocapteurs sont utilisés quotidiennement pour déterminer la présence de molécules biologiques dans une matrice complexe, comme l’urine pour les tests de grossesses ou le sang pour les glucomètres. Les techniques courantes pour la détection des autres maladies nécessitent fréquemment le marquage de l’analyte avec une autre molécule, ce qui est à éviter pour fin de simplicité d’analyse. Ces travaux ont pour but la maximisation de la sensibilité d’une surface d’or ou d’argent nanotrouée, afin de permettre la détection de la liaison de molécules biologiques par résonance des plasmons de surface localisés (LSPR), en utilisant la spectroscopie de transmission. Un biocapteur portable, rapide et sans marquage pour quantifier des analytes d’intérêt médical ou environnemental pourrait être construit à partir de ces travaux. Dans l’objectif d’étudier de nombreuses configurations pour maximiser la sensibilité, le temps et le coût des méthodes de fabrication de nanostructures habituelles auraient limité le nombre de surfaces nanotrouées pouvant être étudiées. Un autre objectif du projet consiste donc au développement d’une technique de fabrication rapide de réseaux de nanotrous, et à moindres coûts, basée sur la lithographie de nanosphères (NSL) et sur la gravure au plasma à l’oxygène (RIE). La sensibilité à la variation d’indice de réfraction associée aux liaisons de molécules sur la surface du métal noble et la longueur d’onde d’excitation du plasmon de surface sont influencées par les caractéristiques des réseaux de nanotrous. Dans les travaux rapportés ici, la nature du métal utilisé, le diamètre ainsi que la périodicité des trous sont variés pour étudier leur influence sur les bandes LSPR du spectre en transmission pour maximiser cette sensibilité, visant la fabrication d’un biocapteur. Les surfaces d’argent, ayant un diamètre de nanotrous inférieur à 200 nm pour une périodicité de 450 nm et les nanotrous d’une périodicité de 650 nm démontre un potentiel de sensibilité supérieur.

TDP-43 régule la dynamique et la fonction des Granules de Stress via G3BP1

Les Granule de Stress (GS) sont des inclusions cytoplasmiques contenant des protéines et des ARNm qui s’assemblent en réponse à l’exposition à un stress. Leur formation fait partie intégrante de la réponse cellulaire au stress et est considérée comme une étape déterminante pour la résistance au stress et la survie cellulaire. Actuellement, les GS sont reliés à divers pathologies allant des infections virales aux maladies neurovégétatives. L’une d’entre elle, la Sclérose Latérale Amyotrophique (SLA) est particulièrement agressive, caractérisée par une perte des neurones moteurs aboutissant à la paralysie et à la mort du patient en cinq ans en moyenne. Les mécanismes de déclenchement de la pathologie restent encore à déterminer. TDP-43 (TAR DNA binding protein 43) et FUS (Fused in liposarcoma) sont deux protéines reliées à la pathologie qui présentent des similarités de structure et de fonction, suggérant un mécanisme commun de toxicité. TDP-43 et FUS sont toutes les deux recrutées au niveau des GS en condition de stress. Nous avons démontré pour la première fois que la fonction des GS est de protéger les ARNm de la dégradation induite par l’exposition au stress. Cette fonction n’était que suspectée jusqu’alors. De plus nous avons mis en évidence que G3BP1 (Ras GTPase-activating protein-binding protein 1) est l’effectrice de cette fonction via son implication dans la dynamique de formation des GS. TDP-43 étant un régulateur de G3BP1, nous prouvons ainsi que la perte de fonction de TDP-43/G3BP1 aboutit à un défaut de réponse au stress aboutissant à une vulnérabilisation cellulaire. Le mécanisme de toxicité emprunter par FUS diffère de celui de TDP-43 et ne semble pas passer par une perte de fonction dans le cadre de la réponse au stress.

L'Approximation diophantienne simultanée et l'optimisation discrète

Étant donnée une fonction bornée (supérieurement ou inférieurement) $f:\mathbb{N}^k \To \Real$ par une expression mathématique, le problème de trouver les points extrémaux de $f$ sur chaque ensemble fini $S \subset \mathbb{N}^k$ est bien défini du point de vu classique. Du point de vue de la théorie de la calculabilité néanmoins il faut éviter les cas pathologiques où ce problème a une complexité de Kolmogorov infinie. La principale restriction consiste à définir l'ordre, parce que la comparaison entre les nombres réels n'est pas décidable. On résout ce problème grâce à une structure qui contient deux algorithmes, un algorithme d'analyse réelle récursive pour évaluer la fonction-coût en arithmétique à précision infinie et un autre algorithme qui transforme chaque valeur de cette fonction en un vecteur d'un espace, qui en général est de dimension infinie. On développe trois cas particuliers de cette structure, un de eux correspondant à la méthode d'approximation de Rauzy. Finalement, on établit une comparaison entre les meilleures approximations diophantiennes simultanées obtenues par la méthode de Rauzy (selon l'interprétation donnée ici) et une autre méthode, appelée tétraédrique, que l'on introduit à partir de l'espace vectoriel engendré par les logarithmes de nombres premiers.

Bifurcation structure and Lyapunov exponents of a modulated logistic map

We have studied the bifurcation structure of the logistic map with a time dependant control parameter. By introducing a specific nonlinear variation for the parameter, we show that the bifurcation structure is modified qualitatively as well as quantitatively from the first bifurcation onwards. We have also computed the two Lyapunov exponents of the system and find that the modulated logistic map is less chaotic compared to the logistic map.

A critical study of major construction projects in kerala vis-a-vis effectiveness in project implementation

Chapter 1 presents a brief note on the state at which the construction industry stands at present, bringing into focus the significance of the critical study. Relevance of the study, area of investigation and objectives of the study are outlined in this chapter. The 2nd chapter presents a review of the literature on the relevant areas. In the third chapter an analysis on time and cost overrun in construction highlighting the major factors responsible for it has been done. A couple of case studies to estimate loss to the nation on account of delay in construction have been presented in the chapter. The need for an appropriate estimate and a competent contractor has been emphasised for improving effectiveness in the project implementation. Certain useful equations and thoughts have been formulated on this area in this chapter that can be followed in State PWD and other Govt. organisations. Case studies on project implementation of major projects undertaken by Government sponsored/supported organizations in Kerala have been dealt with in Chapter 4. A detailed description of the project of Kerala Legislature Complex with a critical analysis has been given in this chapter. A detailed account of the investigations carried out on the construction of International Stadium, a sports project of Greater Cochin Development Authority is included here. The project details of Cochin International Airport at Nedumbassery, its promoters and contractors are also discussed in Chapter 4. Various aspects of implementation which led the above projects successful have been discussed in chapter 5. The data collected were analysed through discussion and perceptions to arrive at certain conclusions. The emergence of front-loaded contract and its impact on economics of the project execution are dealt with in this chapter. Analysis of delays in respect of the various project narrated in chapter 3 has been done here. The root causes of the project time and overrun and its remedial measures are also enlisted in this chapter. Study of cost and time overrun of any construction project IS a part of construction management. Under the present environment of heavy investment on construction activities in India, the consequences of mismanagement many a time lead to excessive expenditure which are not be avoidable. Cost consciousness, therefore has to be keener than ever before. Optimization in investment can be achieved by improved dynamism in construction management. The successful completion of coristruction projects within the specified programme, optimizing three major attributes of the process - quality, schedule and costs - has become the most valuable and challenging task for the engineer - managers to perform. So, the various aspects of construction management such as cost control, schedule control, quality assurance, management techniques etc. have also been discussed in this fifth chapter. Chapter 6 summarises the conclusions drawn from the above criticalr1 of rhajor construction projects in Kerala.

Formation of an unusual copper(II) complex from the degradation of a novel tricopper(II) carbohydrazone complex

An unusual copper(II) complex [Cu(L1a)2Cl2] CH3OH H2O H3O+Cl (1a) was isolated from a solution of a novel tricopper(II) complex [Cu3(HL1)Cl2]Cl3 2H2O (1) in methanol, where L1a is 3-(2-pyridyl)triazolo [1,5-a]-pyridine, and characterized with single crystal X-ray diffraction study. The tricopper(II) complex of potential ligand 1,5-bis(di-2-pyridyl ketone) carbohydrazone (H2L1) was synthesized and physicochemically characterized, while the formation of the complex 1a was followed by time-dependant monitoring of the UV–visible spectra, which reveals degradation of ligand backbone as intensity loss of bands corresponding to O?Cu(II) charge transfer

Rapid and Proactive Approach on Exploration of Database Vulnerabilities

In today's complicated computing environment, managing data has become the primary concern of all industries. Information security is the greatest challenge and it has become essential to secure the enterprise system resources like the databases and the operating systems from the attacks of the unknown outsiders. Our approach plays a major role in detecting and managing vulnerabilities in complex computing systems. It allows enterprises to assess two primary tiers through a single interface as a vulnerability scanner tool which provides a secure system which is also compatible with the security compliance of the industry. It provides an overall view of the vulnerabilities in the database, by automatically scanning them with minimum overhead. It gives a detailed view of the risks involved and their corresponding ratings. Based on these priorities, an appropriate mitigation process can be implemented to ensure a secured system. The results show that our approach could effectively optimize the time and cost involved when compared to the existing systems

Untersuchungen zum Gesundheitsstatus und zu betrieblichen Maßnahmen der Gesundheitsvorsorge in der ökologischen Schweinehaltung

Im Rahmen dieser Arbeit wurde mittels einer umfassenden und von einer Projektgruppe begleiteten Literaturanalyse sowie anhand von Praxiserhebungen der Frage nachgegangen, wie es um die Tiergesundheit in der ökologischen Schweinehaltung bestellt ist. Ferner wurde untersucht, ob die ökologischen Rahmenrichtlinien (EWG-VO 2092/91) ein Hemmnis für die Sicherstellung eines hohen Gesundheitsstatus der Nutztiere darstellen. Die Literaturauswertung ergab, dass die Erkrankungsraten sowohl auf ökologisch wie auf konventionell geführten Betrieben ein hohes Niveau aufwiesen. Die Ursachen wurden vorrangig in einem unzureichenden betrieblichen Management gesehen, während den EG-Rahmenrichtlinien in der Regel keine maßgebliche Bedeutung für den Gesundheitsstatus beigemessen wurde. In Praxiserhebungen wurde die Status-quo-Situation zur Tiergesundheit auf sechs ökologisch wirt- schaftenden Schweinemastbetrieben erfasst. Ferner wurde untersucht, inwieweit eine Verbesserung des Gesundheitsstatus auf den Betrieben mit einem Mehraufwand an Arbeitszeit und Investitionen verbunden ist. Hierzu wurden die Bereiche Haltung, Fütterung und Hygienemanagement mittels einer Schwachstellenanalyse (Hazard Analysis Critical Control Points-Konzept) beurteilt. Der Zeit- bedarf für Maßnahmen zur Gesundheitsvorsorge wurde durch Arbeitszeitaufzeichnungen erfasst. Die Untersuchungen zeigten, dass auf den Betrieben zum Teil erhebliche Mängel im Hygiene- management bestanden. Anhand von Schlachtkörperbefunden wurde eine hohe Rate pathologischer Leberveränderungen, verursacht durch Larven des Schweinespulwurms Ascaris suum, diagnosti- ziert. Insgesamt wiesen die Schlachtkörper der Tiere von den sechs Betrieben mit durchschnittlich 48,8 % sowie die Schlachtkörper von ökologischen Vergleichsbetrieben mit 63,9 % signifikant höhere Befundraten auf als die Schlachtkörper konventioneller Vergleichsbetriebe (17,4 %). Der Arbeitszeitbedarf für die Mastschweinehaltung auf den sechs Betrieben variierte zwischen 2,0 und 3,7 Arbeitskraftstunden pro Mastplatz und Jahr und lag damit deutlich höher als vergleichbare Literaturdaten. Zwischen den Betrieben traten hohe Unterschiede hinsichtlich der zeitlichen Aufwendungen für Hygiene- und Tiergesundheitsmaßnahmen auf. Während der Interventionsphase wurden das Entwurmungs- und das Hygieneregime der sechs Betriebe optimiert. Die Buchten wurden ordnungsgemäß gereinigt und desinfiziert und der erforderliche Arbeitszeitaufwand quantifiziert. Dieser lag zusammen mit den zusätzlichen Kosten um ca. 46 % höher als der betrieblich übliche Arbeitszeitaufwand. Betriebe mit neu konzipierten Ställen und glatten Buchtenböden und -wänden konnten diese mit vergleichsweise geringem Arbeitsaufwand reinigen und desinfizieren. In einigen Altgebäuden hingegen war aufgrund rauer und schadhafter Oberflächen eine ordnungsgemäße Reinigung und Desinfektion nur bedingt durchzuführen. Die Rate der Leberveränderungen am Schlachthof konnte von durchschnittlich 48,9 % auf 32,7 % gesenkt werden. Während sich die Befundraten auf einigen Betrieben signifikant verbesserten, trat bei der Nutzung von unrenovierten Ställen in Altgebäuden keine Besserung ein. Es wird geschlussfolgert, dass die Rahmenbedingungen der EG-Verordnung einem hohen Tiergesundheitsstatus nicht entgegen stehen, in der Regel jedoch mit einem erhöhten Aufwand für Hygienemaßnahmen verbunden sind. Voraussetzung für eine geringe Parasitenbelastung sind ein konsequent umgesetztes Hygiene- und Entwurmungsregime sowie gut zu reinigende Buchten. Letzteres ist allerdings bei der Nutzung von Altgebäuden nicht immer gegeben.

Triangulation by Continuous Embedding

When triangulating a belief network we aim to obtain a junction tree of minimum state space. Searching for the optimal triangulation can be cast as a search over all the permutations of the network's vaeriables. Our approach is to embed the discrete set of permutations in a convex continuous domain D. By suitably extending the cost function over D and solving the continous nonlinear optimization task we hope to obtain a good triangulation with respect to the aformentioned cost. In this paper we introduce an upper bound to the total junction tree weight as the cost function. The appropriatedness of this choice is discussed and explored by simulations. Then we present two ways of embedding the new objective function into continuous domains and show that they perform well compared to the best known heuristic.

A Gain Scheduling Model Predictive Controller for Blood Glucose Control in Type 1 Diabetes

This paper presents a control strategy for blood glucose(BG) level regulation in type 1 diabetic patients. To design the controller, model-based predictive control scheme has been applied to a newly developed diabetic patient model. The controller is provided with a feedforward loop to improve meal compensation, a gain-scheduling scheme to account for different BG levels, and an asymmetric cost function to reduce hypoglycemic risk. A simulation environment that has been approved for testing of artificial pancreas control algorithms has been used to test the controller. The simulation results show a good controller performance in fasting conditions and meal disturbance rejection, and robustness against model–patient mismatch and errors in meal estimation

Evaluación del Rocuronio Mediante Aceleromiografía en Pacientes con Sobrepeso u Obesidad

Introducción El rocuronio es un relajante muscular utilizado en la práctica anestésica diaria en la que la dosis depende del peso corporal. Se ha demostrado que en el paciente obeso se debe calcular en base a el peso ideal y no al peso real; sin embargo, no hay claridad de como esto modifica el tiempo de latencia y recuperación del medicamento en esta población. Metodología Se realizó un estudio observacional prospectivo para evaluar los resultados de la aceleromiografía en pacientes con sobrepeso u obesidad comparados con pacientes con IMC normal. Los desenlaces fueron tiempo de latencia, tiempo duración 25 y tiempo de recuperación de la función neuromuscular. Resultados Se incluyeron 40 pacientes por medio de muestreo por conveniencia con una relación de 1:1 según peso corporal. No hubo diferencias significativas en las condiciones de la población a diferencia de la clasificación de ASA y el IMC (p=0,03). En el tiempo de latencia no hubo diferencias significativas (p=0.31) ni en el tiempo duración 25, y al evaluar los tiempos de recuperación del bloqueo neuromuscular se encontró una diferencia significativa en los pacientes con sobrepeso (p=0.01). Ningún paciente requirió reversión farmacológica del rocuronio. Discusión Se puede afirmar que existe una disminución en la duración de acción del rocuronio en pacientes con IMC elevado, significativamente menor a la descrita en la literatura para las dosis aplicadas. La dosificación basada en peso ideal puede realmente ser insuficiente en el paciente con sobrepeso u obesidad para alcanzar la duración clínica de este medicamento.

Evaluación de la validez de la escala llanto para el dolor en neonatos y menores de cinco años

Introducción: La escala LLANTO para dolor es una escala que hasta la fecha ha sido solo validada en población infantil española, actualmente no se conocen datos en población colombiana. Se pretende validar la escala de dolor LLANTO en pacientes neonatos y menores de 5 años, a través de su aplicación en pacientes atendidos en una de tres instituciones, además comparándola con las escalas FLACC y PIPP dependiendo de edad del paciente. Metodología: Se incluyeron niños con cualquier tipo de dolor, clasificándolos en dos grupos por edad: 1) neonatos y 2) niños entre 1 mes y 5 años de edad, que asistieron a la Fundación Cardioinfantil, Clínica Infantil Colsubsidio o al Hospital Universitario Mayor. Las escalas fueron aplicadas por dos residentes de pediatría y una enfermera especializada en el cuidado de población infantil. Para la prueba piloto se diseñó un cuestionario determinar dificultades en la aplicación de la escala LLANTO. Una vez corregidos los problemas identificados se procederá a la validación de la escala. Resultados: Se presentan los datos de la prueba piloto. Se incluyeron 8 neonatos y 8 niños entre 1 mes y 5 años, esta muestra fue obtenida en un periodo de un mes, con la encuesta se evaluó la aceptación y entendimiento de la escala LLANTO por parte de los evaluadores. La prueba piloto mostró resultados favorables en el 100% de los encuestados. Discusión: Se considera que la escala LLANTO no requiere cambios para continuar con su validación.

Aversión al riesgo y eficiencia de escala en los bancos: Incluyendo variables de riesgo y regulación

Este artículo aplica las teorías del enfoque moderno en la medición de la actividad bancaria. Con el fin de determinar la eficiencia de escala y el nivel de aversión al riesgo en los directivos de los bancos en Colombia, utiliza una función de costos translogarítmica multiproducto, que incorpora variables de riesgo y de regulación que caracterizaron y afectaron la actividad bancaria durante el período de crisis financiera. Encuentra que los directivos son adversos al riesgo y por lo tanto, la utilidad está en función de otras variables adicionales al beneficio. Demuestra que las medidas de regulación además de incrementar los costos generan un mayor nivel de aversión al riesgo de los directivos de los bancos, aumentando la demanda de capital financiero hasta niveles que no les permiten minimizar costos. Por último, encuentra que no existen economías de escala al incluir en su medición variables de riesgo y de regulación durante el período de desarrollo de la crisis financiera