quantiNemo: an individual-based program to simulate quantitative traits with explicit genetic architecture in a dynamic metapopulation.

quantiNemo is an individual-based, genetically explicit stochastic simulation program. It was developed to investigate the effects of selection, mutation, recombination and drift on quantitative traits with varying architectures in structured populations connected by migration and located in a heterogeneous habitat. quantiNemo is highly flexible at various levels: population, selection, trait(s) architecture, genetic map for QTL and/or markers, environment, demography, mating system, etc. quantiNemo is coded in C++ using an object-oriented approach and runs on any computer platform. Availability: Executables for several platforms, user's manual, and source code are freely available under the GNU General Public License at http://www2.unil.ch/popgen/softwares/quantinemo.

Bayesian Networks and the Value of the Evidence for the Forensic Two-Trace Transfer Problem

Forensic scientists face increasingly complex inference problems for evaluating likelihood ratios (LRs) for an appropriate pair of propositions. Up to now, scientists and statisticians have derived LR formulae using an algebraic approach. However, this approach reaches its limits when addressing cases with an increasing number of variables and dependence relationships between these variables. In this study, we suggest using a graphical approach, based on the construction of Bayesian networks (BNs). We first construct a BN that captures the problem, and then deduce the expression for calculating the LR from this model to compare it with existing LR formulae. We illustrate this idea by applying it to the evaluation of an activity level LR in the context of the two-trace transfer problem. Our approach allows us to relax assumptions made in previous LR developments, produce a new LR formula for the two-trace transfer problem and generalize this scenario to n traces.

Kaukokäyttöliittymä liikkuvalle robotille

Lappeenrannan teknillinen yliopiston Tietotekniikan osaston Tietojenkäsittelytieteen laitoksen tutkimuskäytössä olevaan liikkuvaan robottiin toteutettiin tässä työssä graafinen kaukokäyttöliittymä. Työlle on motivaationa laajennettavuus, jota olemassaoleva suljetun lähdekoodin käyttöliittymä ei pysty tarjoamaan. Työssä olennaisin on olio-ohjelmointitekniikalla toteutettu robotin datamallin, ja sen graafisen esityksen arkkitehtuurillinen erottaminen. Lisäksi tarkastellaan lyhyesti liikkuvien robottien kaukokäyttöliittymien teoriaa, ja WLAN-tekniikan soveltuvuutta robotin ja käyttöliittymän välisen yhteyden toteuttamiseen.

Protection of publicly distributed software components

The nature of client-server architecture implies that some modules are delivered to customers. These publicly distributed commercial software components are under risk, because users (and simultaneously potential malefactors) have physical access to some components of the distributed system. The problem becomes even worse if interpreted programming languages are used for creation of client side modules. The language Java, which was designed to be compiled into platform independent byte-code is not an exception and runs the additional risk. Along with advantages like verifying the code before execution (to ensure that program does not produce some illegal operations)Java has some disadvantages. On a stage of byte-code a java program still contains comments, line numbers and some other instructions, which can be used for reverse-engineering. This Master's thesis focuses on protection of Java code based client-server applications. I present a mixture of methods to protect software from tortious acts. Then I shall realize all the theoretical assumptions in a practice and examine their efficiency in examples of Java code. One of the criteria's to evaluate the system is that my product is used for specialized area of interactive television.

A Graphical Pattern Editor for Java Frameworks

Ohjelmistojen uudelleenkäyttö on hyvin tärkeä käsite ohjelmistotekniikan alueella.Ohjelmistojen uudelleenkäyttötekniikat parantavat ohjelmistokehitysprosessin laatua. Yleisiä ratkaisuja sekä ohjelmiston suunnittelun että arkkitehtuurin uudelleenkäyttöön ovat olio-ohjelmointi ja sovelluskehykset. Tähän asti ei ole ollut olemassa yleisiä tapoja sovelluskehysten erikoistamiseen. Monet nykyääntunnetuista sovelluskehyksistä ovat hyvin suuria ja mutkikkaita. Tällaisten sovelluskehyksien käyttö on monimutkaista myös kokeneille ohjelmoijille. Hyvin dokumentoidut uudelleenkäytettävät sovelluskehyksen rajapinnat parantavat kehyksen käytettävyyttä ja tehostavat myös erikoistamisprosessiakin sovelluskehyksen käyttäjille. Sovelluskehyseditori (framework editor, JavaFrames) on prototyyppityökalu, jota voidaan käyttää yksinkertaistamaan sovelluskehyksen käyttöä. Perusajatus JavaFrames lähestymistavassa ovat erikoistamismallit, joita käytetään kuvamaan sovelluskehyksen uudelleenkäytettäviä rajapintoja. Näihin malleihin perustuen JavaFrames tarjoaa automaattisen lähdekoodi generaattorin, dokumentoinninja arkkitehtuurisääntöjen tarkistuksen. Tämä opinnäyte koskee graafisen mallieditorin kehittämistä JavaFrames ympäristöön. Työssä on laadittu työkalu,jonka avulla voidaan esittää graafisesti erikoistamismalli. Editori sallii uusien mallien luomisen, vanhojen käyttämättä olevien poistamisen, kuten myös yhteyksien lisäämisen mallien välille. Tällainen graafinen tuki JavaFrames ympäristöönvoi huomattavasti yksinkertaistaa sen käyttöä ja tehdä sovellusten kehittämisprosessista joustavamman.

Ohjelmistokomponenttien käyttö .NET-sovelluskehityksen nopeuttajana

Diplomityön tavoitteena oli tutkia, miten uusi arkkitehtuurialusta soveltuu erään teolli-suusyrityksen tietojärjestelmien kehittämiseen ja sovellusten toteuttamiseen. Työssä keskeisin käsite oli ohjelmistoarkkitehtuuri ja siihen liittyvät suunnittelumallit sekä komponentit, jotka hyvin suunniteltuina toimivat perustana nopeammalle sovelluskehi-tykselle. Tutkimusmetodina käytettiin konstruktiivista (suunnittelutieteellistä) tutkimusmetodia. Sen vahvat ominaisuudet tukevat tutkimusaiheen innovatiivisuutta sekä soveltavan tie-teen käyttöä uuden tiedon tuottamiseksi. Heikkoutena voinee pitää tulosten analysoinnin vaikeutta, sillä evaluointi tapahtuu käytännöstä saatujen kokemusten perusteella. Työn tuloksena saatiin lisätietämystä komponenttiensuunnitteluun ja toteutukseen liit-tyvissä kysymyksissä. Lisäksi sovelluspalvelimelle luotiin joukko komponentteja, joita tullaan käyttämään jatkossa tietokantasovelluksissa: uusien komponenttien suunnittelua jatketaan ja järjestelmien suunnittelua muutetaan oliopohjaiseksi.

Formularis de gestió en línia : De programació estructurada a POO

L'objectiu d'aquest projecte és traspassar totes les característiques que tenia fins ara el projecte de la Universitat Autònoma de Barcelona en programació estructurada en PHP a programació orientada a l'objecte també en PHP, mantenint les funcionalitats i l'aspecte de la web, però millorant el reaprofitament de codi i facilitant la tasca de fer nous formularis.

Implementació de software de gestió

Disseny de software de gestió per a una empresa d'aparells elevadors.

Sovellus meteorologisen tiedon tuotantojärjestelmän seurantaan

Työssä käsitellään selainkäyttöliittymää käyttävien oliopohjaisten tietokantasovellusten toteuttamista. Erityisesti keskitytään olio- ja relaatiomallien yhteensovittamiseen ja oliopohjaisten selainkäyttöliittymien toteutukseen Java-servlettien ja JSP-sivujen avulla. Myös hajautetut sovellusarkkitehtuurit käydään läpi ja niiden toteuttamista arvioidaan servlet-sovellusten näkökulmasta. Työssä on toteutettu selainkäyttöliittymän avulla hallittava kaksitasoarkkitehtuuria käyttävä oliopohjainen sovellus Ilmatieteen laitoksen tuotantojärjestelmän seurantaan. Sovellus mahdollistaa mm. tuotantoajojen ja laajempien tuotantoketjujen suoritusaikojen tilastollisen seurannan. Työn tuloksena todettiin Java-servlettien ja JSP-sivujen olevan suorituskykyinen ja monipuolinen ratkaisu selainkäyttöliittymien toteuttamiseen. Olio- ja relaatiomallien väliset erot sekä käyttöliittymän eriyttäminen toimintalogiikasta osoittautuivat ongelmakohdiksi.

Oliopohjaisen mallinnuksen käyttömahdollisuudet erään ohjelmistotuotteen eri kehitysvaiheissa

Oliopohjainen lähestymistapa on varsin uusi toimintaperiaate käytännön ohjelmistotuotantoprosesseissa. Oliopohjaisuus mahdollistaa nopean ja tehokkaan ohjelmistotuotannon sekä tuottaa uudelleenkäytettäviä luokkia. Tässä työssä tutkitaan oliopohjaisen mallinnuksen käyttömahdollisuuksia erään ohjelmistotuotteen kehityksessä ja keskitytään tuotteen määrittely- ja suunnitteluvaiheisiin. Tavoitteena on konkretisoida tarkastelun kohteena olevalle yritykselle oliopohjaisen mallinnuksen käyttötavat ja -mahdollisuudet osana yrityksen ohjelmistotuotantoprosessia. Työssä tarkastellaan yleisiä oliopohjaisen mallinnuksen toimintoja määrittely- ja suunnitteluvaiheissa. Erityisesti tarkastellaan yrityksen omaa ohjelmistotuotantoprosessia, TE Objectia, ja sen yhtymäkohtia yleisen oliopohjaisen mallinnuksen kanssa. Työssä kuvataan ohjelmistotuote, mallinnetaan ohjelmistotuotteen osa TE Objectia hyödyntäen ja pohditaan TE Objectin soveltuvuutta kyseisen tuotteen määrittelyyn ja suunnitteluun. Oliopohjaisen mallinnuksen todetaan sopivan hyvin tarkastellun tuotepohjaisen ohjelmiston kehitykseen. Tarkasteltavan tuotteen kehityksen pääpaino on uudelleenkäytettävyydellä, jota oliopohjainen mallintaminen erityisesti tukee. Kohdeyrityksen oman ohjelmistotuotantoprosessin, TE Objectin, todetaan vastaavan hyvin yleistä oliopohjaista mallinnusta määrittely- ja suunnitteluvaiheissa ja sitä suositellaan hyödynnettävän tarkastellun tuotteen määrittelyyn ja suunnitteluun soveltuvin osin. Työssä mallinnettiin kohdeyrityksen tuotteen osa esimerkinomaisesti, mikä konkretisoi TE Objectin käyttömahdollisuuksia osana yrityksen ohjelmistotuotantoprosessia.

Oliorelaatiotietokannan käyttö energianhallintajärjestelmässä

Empower Oy on energia-alan palveluja tarjoava yritys. Energianhallintajärjestelmää käytetään energiatietojen hallintaan ja ylläpitoon sekä tietojen esittämiseen loppukäyttäjille. Palvelun näytöt ja raportit on toteutettu web-pohjaisen käyttöliittymän kautta. Yhtiössä käynnistyi suurprojekti vanhan energianhallintajärjestelmän korvaamiseksi. Vanha järjestelmä otettiin käyttöön vuonna 1995 ja EMS-projekti käynnistettiin vuonna 2001. Diplomityö tehtiin osana EMS-projektia ja työn tavoitteina oli selvittää perusjärjestelmän käyttämän tietokantaratkaisun toimivuutta ja soveltuvuutta tehtävään sekä tutkailla eri tietokantamalleja teoreettisesti. Lisäksi työhön kuului erillisten haku- ja muutoskomponenttien ja rajapintojen toteuttaminen. Näiden avulla voidaan hakea ja muuttaa tietoa perusjärjestelmän pohjalla toimivasta oliorelaatiotietokannasta. Perusjärjestelmän DOR-tietokannaksi (Domain Object Repository) kutsuttu kokonaisuus on olioläheinen tietovarasto, josta tietoa haetaan ilmoittamalla haettavan olion tyyppi ja siihen liitoksissa olevat tyypit. Hakutulokseen mukaan haluttavat ominaisuudet ilmoitetaan kultakin tyypiltä erikseen. Haettaessa ja muutettaessa oliopohjaista DOR-tietoa, tulee noudattaa järjestelmän käyttämiä tietomalleja. Haku- ja muutoskomponentit toteutettiin Microsoftin kehittämällä .NET-teknologialla. Tietokantamallien teoreettinen tarkastelu auttoi ymmärtämään järjestelmän pohjalla toimivaa tietokantaratkaisua. Työssä selvisi, että perusjärjestelmän hyödyntämä oliorelaatiotietokanta soveltuu varsin hyvin tarkoitukseensa. Haku- ja muutoskomponenttien toteutus onnistui ja ne toimivat helppokäyttöisenä rajapintana energianhallintajärjestelmän tietokantaan.

Verkkokäyttöliittymäohjelmiston toteuttaminen TradeXpress-tietojärjestelmään.

Työssä perehdytään verkkokäyttöliittymien suunnitteluun ja toteutukseen. Erityisen huomion kohteena ovat Java-ohjelmointikieli ja ohjelmistosuunnittelussa suurta huomiota herättäneet suunnittelumallit. Java on kehittynyt lyhyen elinikänsä aikana huomattavasti, ja viimeaikaiset vakioluokkakirjastot ovat mahdollistaneet monipuolisten ja siirrettävien ohjelmistojen toteuttamisen. Vaikka Java ei sovellukaan kaikkiin tarkoituksiin, on se luotettavuutensa, siirrettävyytensä ja luokkakirjastojensa ilmaisuvoiman ansiosta hyvin houkutteleva kieli käyttöliittymien tekemiseen. Suunnittelumallit ovat merkittävä osa ammattimaista oliosuunnittelua. Ne tarjoavat valmiita ratkaisuja yleisiin suunnitteluongelmiin ja säästävät siten aikaa suunnittelu- ja toteutusvaiheissa. Suunnittelumallit voidaan jakaa kolmeen ryhmään: luontimallit, rakennemallit ja toiminnalliset mallit. Käytännön osuudessa tarkastellaan Java-käyttöliittymän toteutusta olemassa olevaan Soneran TradeXpress-tietojärjestelmään. Tässä tehtävässä Java ja suunnittelumallit ovat olleet keskeisellä sijalla. Java-käyttöliittymä, JavaGUI, koostuu kahdesta osasta: asiakasappletista ja Jrls-palvelimesta. Näiden kahden väliseen tiedonsiirtoon käytetään pääasiassa Javan RMI-yhteyskäytäntöä. Jrls-palvelin toimii asiakkaana RLS-palvelimelle erityisen RLS-yhteyskäytännön avulla.

Oliopohjaisen ohjelmiston kehitysprosessi CASE: Sonera TradeXpress Mapper

Työ kartoittaa yleisemmin ohjelmistonkehitysprosesseille asetettavia vaatimuksia ja selvittää yksityiskohtaisemmin niiden soveltamista ja vaikutusta uusien ominaisuuksien suunnittelussa Soneran TradeXpress Mapper ohjelmistoon. Kyseinen työkalu mahdollistaa muun muassa EDI-viestien muokkaamisen graafisesti. Työn tuloksena syntyi selvitys ohjelmistonkehitysprosessien perusteista ja niiden soveltamisessa oliopohjaiseen systeemityöhön. Prosessin avulla voitiin ohjelma tehdä tarkemmin asiakkaan vaatimusten mukaiseksi ja uusien ominaisuuksien lisääminen onnistui helposti.

Data Collection Agent Framework

Ohjelmistoteollisuudessa pitkiä ja vaikeita kehityssyklejä voidaan helpottaa käyttämällä hyväksi ohjelmistokehyksiä (frameworks). Ohjelmistokehykset edustavat kokoelmaa luokkia, jotka tarjoavat yleisiä ratkaisuja tietyn ongelmakentän tarpeisiin vapauttaen ohjelmistokehittäjät keskittymään sovelluskohtaisiin vaatimuksiin. Hyvin suunniteltujen ohjelmistokehyksien käyttö lisää suunnitteluratkaisujen sekä lähdekoodin uudelleenkäytettävyyttä enemmän kuin mikään muu suunnittelulähestymistapa. Tietyn kohdealueen tietämys voidaan tallentaa ohjelmistokehyksiin, joista puolestaan voidaan erikoistaa viimeisteltyjä ohjelmistotuotteita. Tässä diplomityössä kuvataan ohjelmistoagentteihin (software agents) perustuvaa ohjelmistokehyksen suunnittelua toteutusta. Pääpaino työssä on vaatimusmäärittelyä vastaavan suunnitelman sekä toteutuksen kuvaaminen ohjelmistokehykselle, josta voidaan erikoistaa erilaiseen tiedonkeruuseen kykeneviä ohjelmistoja Internet ympäristöön. Työn kokeellisessa osuudessa esitellään myös esimerkkisovellus, joka perustuu työssä kehitettyyn ohjelmistokehykseen.

Design Patterns in EPOC Software Development

Työssä tutkittiin oliosuunnittelumalleja EPOC-käyttöjärjestelmässä. Työssä tutkittiin sekä yleisiä suunnittelumalleja että EPOC-ympäristössä esiintyviä oliorakenteita, niiden aiheuttamia vaatimuksia sovelluksille sekä niiden käyttämisestä saatavia hyötyjä. Työssä toteutettiin EPOC-ohjelmiston suunnittelu hyödyntäen suunnittelumalleja ja periaatteita. Oliosuunnittelumallit ovat yleistyneet huomattavasti viime vuosina. Suunnittelumallien lähtökohtana ovat sekä yleiset että ympäristökohtaiset suunnitteluperiaatteet ja säännöt. Suunnittelumallit ovat osa isompaa rakennekokonaisuutta, joka käsittää sekä prosessi-, analyysi-, arkkitehtuuri- ym. malleja. Oliosuunnittelumallit nopeuttavat ja helpottavat suunnittelua sekä parantavat uudelleenkäytettävyyttä korkeammalla abstraktiotasolla. EPOC on tulevaisuuden mobiililaitteiden yleisimpiä käyttöjärjestelmiä. EPOC on kokonaisuudessaan oliopohjainen ja sisältää lukuisia oliorakenteita, joiden ymmärtäminen on sovelluskehityksen kannalta elintärkeää. Koska ympäristöt, joissa EPOC-käyttöjärjestelmää käytetään, ovat yleensä resurssien puolesta rajoittuneita, on yleisten suunnittelumallien käytössä oltava tarkkana. EPOC vaatii yleisiin suunnittelumalleihin muutoksia ja estää joidenkin käytön kokonaan.