Photosynthetic bacteria in the marine environment at Porto-Novo

Sediment and water samples were collected from mangrove and estuarine biotopes at fortnightly intervals. The physico-chemical characters of the overlying water were studied. In the mangrove biotope maximum temperature (31.5°C) and in the estuarine biotope maximum salinity (35.6‰) were recorded during the summer season, whereas in post-monsoon period the sulphate content was increased to 516 p.p.m. and the pH was reduced to 7.4. Invariably both in the enriched sediment and water samples four major peaks (at wavelengths 460, 705, 772 and 850 nm) and two minor peaks (at wavelengths 580 and 663 nm) of absorption spectra were noticed. A pure culture of Chromatium sp., isolated from mangroves sediment, showed three peaks of absorption spectra at wavelengths, 500, 580 and 850 nm. The effect of sodium chloride on the growth of Chromatium sp., was also studied and it was observed that maximum growth occurred in the range 1-3% sodium chloride concentration. This isolate was also capable of utilizing various sulphur and carbon compounds. Glycerol and glucose did not show any specific effect whereas pyruvate, malate and acetate increased the growth.

De novo origination of a new protein-coding gene in Saccharomyces cerevisiae

Origination of new genes is an important mechanism generating genetic novelties during the evolution of an organism. Processes of creating new genes using preexisting genes as the raw materials are well characterized, such as exon shuffling, gene duplicat

A de novo originated gene depresses budding yeast mating pathway and is repressed by the protein encoded by its antisense strand

Recent transcription profiling studies have revealed an unexpectedly large proportion of antisense transcripts in eukaryotic genomes. These antisense genes seem to regulate gene expression by interacting with sense genes. Previous studies have focused on the non-coding antisense genes, but the possible regulatory role of the antisense protein is poorly understood. In this study, we found that a protein encoded by the antisense gene ADF1 acts as a transcription suppressor, regulating the expression of sense gene MDF1 in Saccharomyces cerevisiae. Based on the evolutionary, genetic, cytological and biochemical evidence, we show that the protein-coding sense gene MDF1 most likely originated de novo from a previously non-coding sequence and can significantly suppress the mating efficiency of baker's yeast in rich medium by binding MAT alpha 2 and thus promote vegetative growth. These results shed new light on several important issues, including a new sense-antisense interaction mechanism, the de novo origination of a functional gene, and the regulation of yeast mating pathway.

The sequence and de novo assembly of the giant panda genome

Using next-generation sequencing technology alone, we have successfully generated and assembled a draft sequence of the giant panda genome. The assembled contigs (2.25 gigabases (Gb)) cover approximately 94% of the whole genome, and the remaining gaps (0.05 Gb) seem to contain carnivore-specific repeats and tandem repeats. Comparisons with the dog and human showed that the panda genome has a lower divergence rate. The assessment of panda genes potentially underlying some of its unique traits indicated that its bamboo diet might be more dependent on its gut microbiome than its own genetic composition. We also identified more than 2.7 million heterozygous single nucleotide polymorphisms in the diploid genome. Our data and analyses provide a foundation for promoting mammalian genetic research, and demonstrate the feasibility for using next-generation sequencing technologies for accurate, cost-effective and rapid de novo assembly of large eukaryotic genomes.

De novo RNA synthesis and homology modeling of the classical swine fever virus RNA polymerase

Classical swine fever virus (CSFV) non-structural protein 5B (NS5B) encodes an RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), a key enzyme which initiates RNA replication by a de novo mechanism without a primer and is a potential target for anti-virus therapy. We expressed the NS5B protein in Escherichia coli. The rGTP can stimulate de novo initiation of RNA synthesis and mutation of the GDD motif to Gly-Asp-Asp (GAA) abolishes the RNA synthesis. To better understand the mechanism of viral RNA synthesis in CSFV, a three-dimensional model was built by homology modeling based on the alignment with several virus RdRps. The model contains 605 residues folded in the characteristic fingers, palm and thumb domains. The fingers domain contains an N-terminal region that plays an important role in conformational change. We propose that the experimentally observed promotion of polymerase efficiency by rGTP is probably due to the conformational changes of the polymerase caused by binding the rGTP. Mutation of the GDD to GAA interferes with the interaction between the residues at the polymerase active site and metal ions, and thus renders the polymerase inactive. (c) 2005 Elsevier B.V. All rights reserved.

Surtos da mosca-dos-estábulos, Stomoxys calcitrans, em Mato Grosso do Sul: novo problema para as cadeias produtivas da carne e sucroalcooleira?

No presente documento é registrada a ocorrência de infestações preocupantes pela mosca-dos-estábulos, Stomoxys calcitrans L. (Diptera: Muscidae), em propriedades pecuárias próximas de usinas sucroalcooleiras na região Sul de Mato Grosso do Sul, no ano de 2009. A biologia do inseto; sua importância epidemiológica, econômica e veterinária e; possíveis alternativas de controle são apresentadas e discutidas. Entre as alternativas de controle sugere-se, em especial, o revolvimento completo duas vezes por semana do material de compostagem nas usinas e a drenagem do local onde é executada, assim como o enterrio parcial da palha pós-colheita da cana-de-açúcar com uso de cultivador. Nas propriedades pecuárias recomenda-se a limpeza de locais de criação da mosca, representado por acúmulo de dejetos de animais domésticos e ou de resíduos alimentares, especialmente em confinamentos e leiterias, dentre outras recomendações. Somente com ações integradas será possível resolver o problema e contribuir para o desenvolvimento sustentável de duas importantes cadeias produtivas do agronegócio brasileiro.

Avaliação de impacto ambiental de atividades em estabelecimentos familiares do novo rural.

Uma avaliação do desempenho ambiental de atividades rurais representadas pela horticultura orgânica e convencional, pelo agroturismo, e pelos pesque-pagues, foi procedida com o sistema de Avaliação Ponderada de Impacto Ambiental de Atividades do Novo Rural (APOIA-NovoRural). Este sistema consiste de um conjunto de planilhas eletrônicas que integram sessenta e dois indicadores do desempenho ambiental da atividade, no âmbito de um estabelecimento rural. Cinco dimensões de avaliação são consideradas: i. Ecologia da Paisagem, ii. Qualidade dos Compartimentos Ambientais (atmosfera, água e solo), iii. Valores Socioculturais, iv. Valores Econômicos e v. Gestão e Administração. Os resultados indicam que, em relação à horticultura, ao melhorar a conservação dos recursos naturais e as condições de gestão do estabelecimento, o manejo orgânico apresenta melhor desempenho ambiental que o manejo convencional (19% na Ecologia da Paisagem, 13% na Qualidade da Água e 74% na Gestão e Administração). Nos estabelecimentos dedicados a pesque-pague, a recomposiçãoda paisagem e dos habitats naturais, assim como melhores condições de gestão e administração do estabelecimento, são as principais medidas a serem adotadas para melhoria do desempenho ambiental da atividade. Finalmente, com excelente desempenho econômico e em termos de conservação da qualidade da água, o agroturismo carece de atenção nos aspectos de recuperação dos habitats naturais e da paisagem, bem como melhorias na gestão e administração. A aplicação do sistema APOIA-NovoRural permite melhorar a gestão ambiental de atividades no meio rural, indicando os pontos críticos para correção do manejo, bem como os aspectos favoráveis das atividades, contribuindo para o desenvolvimentolocal sustentável.

Frutas certificadas: um novo mercado a ser trabalhado.

O sistema de Produção Integrada de Frutas (PIF) é constituído por um conjunto de práticas agronômicas selecionadas a partir daquelas disponíveis com comprovado benefício para a obtenção de produtos de melhor qualidade. É um sistema que gera alimentos seguros principalmente para o consumo humano, pois adota métodos de monitoramento (em todas as etapas do processo produtivo), análise de resíduos de agrotóxicos, além da utilização de tecnologias apropriadas, otimizando o modo de produção. Permite a rastreabilidade de toda cadeia, desde as áreas de cultivo até a mesa do consumidor, garantindo um diferencial de competitividade. Apesar dessas vantagens e da importância do sistema de Produção Integrada (PI) e dos esforços em sua divulgação, seu conceito é desconhecido pelo varejo e pelos consumidores finais, implicando numa baixa demanda de mercado e, consequentemente, num baixo índice de adesão e certificação pelos produtores por não vislumbrarem vantagens econômicas para implementar as mudanças tecnológicas na propriedade, requeridas pela PI.

Novo produto piretróide para o controle do Sitophilus zeamais em milho armazenado.

2005

Novo produto para o controle das pragas que atacam o milho armazenado em paiol.

2005

Novo produto piretróide para o controle de Rhyzopertha dominica e tribolium castaneum, em trigo armazenado.

2005

Levantamento de reconhecimento de alta intensidade dos solos e avaliação da aptidão agrícola das terras da área de Novo Paraíso, Roraima.

1999

Solos do campo experimental da Embrapa Milho e Sorgo: suas características e classificação no novo sistema brasileiro.

2002

Novo método para estimativa da evapotranspiração de referência com base na temperatura do ar.

A região de Jales, localizada no noroeste de São Paulo, é uma importante área produtora de uvas de mesa do Estado, onde predominam pequenas propriedades com mão-de-obra familiar. Em todos os vinhedos da região são empregados sistemas de irrigação, para suprir a deficiência hídrica que ocorre durante o ciclo produtivo da cultura. Para um manejo adequado da irrigação, são necessárias informações sobre a necessidade hídrica da cultura. A evapotranspiração de referência (ETo) é um parâmetro fundamental para a determinação dessa necessidade, sendo desejável que se tenha um método que estime a ETo com boa precisão e a partir de dados meteorológicos fáceis de serem obtidos (VILLA NOVA; PEREIRA, 2006). O método de Penman-Monteith é considerado, atualmente, como padrão para a estimativa de ETo. Para seu uso, entretanto, são necessárias variáveis meteorológicas nem sempre disponíveis, principalmente aos pequenos produtores. Por essa razão, métodos que empregam um menor número de variáveis são também utilizados para estimar a ETo. No presente trabalho foram calculados valores diários de ETo pelo método de Hargreaves original; e por um novo método, em que se emprega a equação de Bristow-Campbell para a estimativa de Rs. Esses valores foram comparados aos obtidos pelo método padrão de Penman-Monteith, nas condições do noroeste paulista.

Tebuconazole: novo fungicida para o controle do mal-das-folhas da seringueira.

Comparou-se o Tebuconazole em algumas concentracoes com o fungicida Triadimenol e a testemunha sem aplicacao de fungicidas, efetuando-se cinco aplicacoes, a intervalos de sete dias, com pulverizador costal motorizado. Com base nos resultados, Tebuconazole e Triadimenol propiciaram controle total da doenca.