中国麻黄属植物的分类——兼论麻黄属的演化

根据中国麻黄属植物分类及麻黄属起源和演化研究中存在的争论，本论文主要进行了分类学、形态学、微形态学、解剖学、形态发生学、孢粉学、古植物学、植物生态学和植物地理学等方面的研究。 1、分类学 从性状变异式样的分析入手，结合标本馆工作和野外调查，确认了中国麻黄属植物共有13个种;合并了丽江麻黄(Ephedra likiangensis)、雌雄麻黄(E. fedtschenkoae);澄清了前人在细子麻黄(E. regeliana)、灰麻黄(E. glauca)、草麻黄(E. sinica)和双穗麻黄(E. distachya)等种类鉴定中混乱的问题，并描述了一个新种——日土麻黄（Ephedra rituensis Y. Yang, D. Z. Fu et G. Zhu）。 2、形态学 提供了中国麻黄属种类的标本（包括模式标本）照片资料及中国麻黄属植物的雌球花和雄球花的照片资料，为麻黄属分类和系统学研究提供了证据。 3、微形态学 首次报道了中国麻黄属植物的种子表面微形态特征，聚合囊表面纹饰、小枝表面特征。 种子表面特征可分为4种类型。类型I：种子表面平滑，包括：中麻黄(Ephedra intermedia)、双穗麻黄、细子麻黄等;类型II：种子表面具疣状突起，仅发现木贼麻黄(E. equisetina)一种;类型III：种子表面具横向片层状突起，仅有斑子麻黄(E. rhytidosperma)一种;类型IV：种子表面具纵条纹，包括喜马拉雅特有的3个大种子的种类，即矮麻黄(E. minuta)、山岭麻黄(E. gerardiana)和藏麻黄(E. saxatilis)。 对小枝表面扫描电镜下的微形态构造的研究并没有发现前人报道的毛状体特征，而只有一些疣状角质突起和有变异的气孔，同时注意到，麻黄属植物的小枝表面特征受到生境、发育阶段的影响。 麻黄属聚合囊顶孔开口处具脑波状纹饰，而聚合囊表面纹饰具二级纹饰。麻黄属聚合囊表面纹饰非常独特，为该属在地层中雄性生殖构造的发现提供了可参考的性状。 4、孢粉学 补充了麻黄属中非常特化的种——斑子麻黄的孢粉资料，同时也对膜果麻黄(Ephedra przewalskii)、中麻黄、细子麻黄和木贼麻黄的孢粉重新进行了研究。结果表明斑子麻黄的花粉形态也非常特殊，其纵肋数目5条左右，纵肋波状扭曲，肋间沟槽内透明线发达且分枝。膜果麻黄的花粉与前人描述的一致，但是，中麻黄、细子麻黄和木贼麻黄的花粉形态可能受到发育的影响而与前人报道中描述的有些差异。讨论了麻黄属4种花粉类型的演化趋势。 5、形态发生学 对麻黄属雌球花三种代表类型的个体发育研究表明，三胚珠球花发育早期球花主轴的顶芽发育，双胚珠球花的顶芽没有发育，而在单胚珠球花中，雌性生殖单位直接占据顶芽的位置发育。这三种类型也代表了麻黄属球花演化的三个阶段，三胚珠球花代表麻黄属雌球花的原始式样，而单胚珠雌球花则为麻黄属雌球花最为特化的式样。总之，麻黄属雌球花有简化的趋势，伴随着这种趋势，雌球花苞片数目减少、种子数目减少、种子体积增大、表面复杂度增加。 6、解剖学 对斑子麻黄种子表面微构造的形态发生及解剖研究表明，斑子麻黄雌性生殖单位发育早期，其表面为平滑型，因此，突起为次生的。这些突起是由雌性生殖单位外盖被表皮细胞的外壁向外突出形成，这种突出生长常常在相邻细胞之间同时发生，因此，出现片层状构造。石蜡切片显示，这些突起在发育早期有完整的细胞核、细胞质等结构，但在种子发育晚期和成熟后，这些外壁突起的细胞成为空腔隙，本文对这种构造的生态学意义进行了分析。 7、古植物学 本文描述了早白垩麻黄科的2个大化石种。 古斑子麻黄（Ephedra archaeorhytidosperma Y. Yang, B. Y. Geng et D. L. Dilcher et Z. D. Chen）发现于辽西义县组尖山沟层，时代为早白垩的芭雷姆期。该种的雌球花具2对苞片、1或2枚种子、珠孔管短直或顶部稍弯、种子表面具横列片层状纹饰等特征而与现存的斑子麻黄特征最为相近。二者之间如此多的相似之处只有一种解释，那就是它们曾经有过共同祖先。因此，该种应归属于麻黄属的肉苞组。古斑子麻黄雌球花特征的稳定性同时也表明，在麻黄属中也存在所谓的“形态演化停滞现象（morphological stasis）”，而这种现象也是首次在买麻藤类植物中报道。 星学异麻黄（Alloephedra xingxueii J. R. Tao et Y. Yang）产于吉林大拉子组，时代属早白垩的阿普特期——阿尔布期。该种雌球花具2对苞片、2枚种子，种子长椭圆形且具短的珠孔管与现存麻黄科植物最为相近，但是，其分枝式样与麻黄属不同，因此，本文在麻黄科中建立了一新属新种。此外，麻黄科植物常被看作是干旱区植被的代表，但是，对星学异麻黄当时所处的环境研究发现，大拉子组当时具有较明显的亚热带气候条件下的植被性质，因此，星学异麻黄即使需要干旱的条件，可能也只是局部小生境的条件。 8、生态学和植物地理学 本文首次对麻黄属植物生存环境中的水热条件进行了调查。从所选择的8个分布点来看，除了拉萨外，在麻黄属生殖生长期，其余7个分布点的湿度均是一年中最底的时期，而温度在这个时期逐渐升高。 对各地区内麻黄属种类的分布情况的分析发现，麻黄属的种类主要集中在三个地区，一是我国西北、前苏联的中亚地区及邻近地区，二是美国西南部、墨西哥西北部的地区，三是南美的智利、阿根廷等地。

麻黄属的化石记录及早期多样性

买麻藤纲的系统演化位置数百年来一直是国际植物学界争论的焦点问题。有人认为，买麻藤纲是被子植物的姐妹群，但另有人认为该纲与裸子植物的关系更为密切。尽管存在争议，但是麻黄属（麻黄科）一直被公认为买麻藤纲的基部类群。由于其在植物界中的特殊位置，解剖学、形态和分类学、分子系统学与古植物学等多种学科已经对该属开展了多角度的研究工作。在对买麻藤纲系统发育和演化位置进行研究时，我们意识到麻黄属的历史记录问题不仅是对麻黄属进行其他研究中必须首先解决的关键问题，而且已成为当务之急。而要令人满意的地解决麻黄属的历史记录，必须弄清以下核心问题：①麻黄属的起源时间是什么? ②麻黄属的化石记录怎样? ③早期麻黄植物的多样性怎样? 我们在全世界搜集了麻黄属的全部化石文献，这给我们对该属历史记录进行研究提供了扎实的基础;我们在辽西热河生物群尖山沟组早白垩世地层采集到了保存完好的麻黄化石，这为我们对其历史记录的研究提供了新的材料。 在对该属进行深入的研究后，结合对在中国辽宁省西部尖山沟组早白垩世地层采集到的保存完好的麻黄化石的研究，得出结论如下： (1)麻黄科下原有的似麻黄属和异麻黄属的属征以及模式种的形态特征与麻黄属非常接近。似麻黄属与麻黄属的区别在于二者的时代不同，异麻黄属和麻黄属的差异在于异麻黄属的分枝式样兼具对生和互生。在综合对比后，将似麻黄属和异麻黄属归并入麻黄属中。 (2)根据繁殖器官的特征，对麻黄属下的化石记录进行了整理，结果发现，目前可以确认的麻黄属化石种共有7个，分别是Ephedra chenii (Cao et Wu) Liu, Li et Wang comb. nov., E. antiqua (Heer) Liu, Li et Wang comb. nov., E. xingxuei (Tao et Yang) Liu, Li et Wang comb. nov., E. lanceolata Liu, Ferguson, Li et Wang sp. nov., E. divisa Liu, Ferguson, Li et Wang sp. nov., E. ovata Liu, Ferguson, Li et Wang sp. nov., 以及E. tenera Liu, Li et Wang sp. nov.。其余的种由于性状不明确或缺乏繁殖部分的特征而被暂时搁置一边。 (3)在1.25亿年前，麻黄属在种子单位中苞片的形态、叶片的形态和大小以及叶脉式样等四个方面已经表现出了丰富的多样性。1.25亿年前，麻黄属叶片的最长可达35毫米，最宽可达45毫米，比现代植物的大（最长可达35毫米，最宽可达2毫米）;叶片的叶脉式样中在同时具有现在植物的平行脉和汇聚脉之外，还有分叉脉出现。种子单位中苞片的形态主要为鳞片状和披针形，这比现代植物窄;叶片的形态主要有四种类型（卵形、裂叶、披针形以及鳞片状），比现代植物中的两种类型（披针形和鳞片状）复杂。将1.25亿年前多样的麻黄属与现代麻黄植物对比，表明在过去的1.25亿年期间，麻黄属的演化过程为：性状的消失和物种的灭绝。 (4)对于麻黄属的起源时间，对现代麻黄植物叶绿体rbcL基因序列的分析得出的时间为8-32 百万年，而近期基于rbcL、rps4 以及ITS序列和麻黄属化石种子以及麻黄粉的分析，得出麻黄属的起源时间为1.1亿年。我们发现的保存完好的化石标本给出的可靠的直接证据表明，麻黄属植物早在1.25亿年前已经出现，而且当时已经表现出了丰富的多样性，说明麻黄属的起源时间可能会更早。

New insights to the molecular phylogenetics and generic assessment in the Rhacophoridae (Amphibia: Anura) based on five nuclear and three mitochondrial genes, with comments on the evolution of reproduction

The phylogenetic relationships among 12 genera of treefrogs (Family, Rhacophoridae), were investigated based on a large sequence data set, including five nuclear (brain-derived neurotrophic factor, proopiomelanocortin, recombination activating gene 1, tyr

Adaptive Evolution of Digestive RNASE1 Genes in Leaf-Eating Monkeys Revisited: New Insights from Ten Additional Colobines

Pancreatic RNase genes implicated in the adaptation of the colobine monkeys to leaf eating have long intrigued evolutionary biologists since the identification of a duplicated RNASE1 gene with enhanced digestive efficiencies in Pygathrix nemaeus. The recent emergence of two contrasting hypotheses, that is, independent duplication and one-duplication event hypotheses, make it into focus again. Current understanding of Colobine RNASE1 gene evolution of colobine monkeys largely depends on the analyses of few colobine species. The present study with more intensive taxonomic and character sampling not only provides a clearer picture of Colobine RNASE1 gene evolution but also allows to have a more thorough understanding about the molecular basis underlying the adaptation of Colobinae to the unique leaf-feeding lifestyle. The present broader and detailed phylogenetic analyses yielded two important findings: 1) All trees based on the analyses of coding, noncoding, and both regions provided consistent evidence, indicating RNASE1 duplication occurred after Asian and African colobines speciation, that is, independent duplication hypothesis; 2) No obvious evidence of gene conversion in RNASE1 gene was found, favoring independent evolution of Colobine RNASE1 gene duplicates. The conclusion drawn from previous studies that gene conversion has played a significant role in the evolution of Colobine RNASE1 was not supported. Our selective constraint analyses also provided interesting insights, with significant evidence of positive selection detected on ancestor lineages leading to duplicated gene copies. The identification of a handful of new adaptive sites and amino acid changes that have not been characterized previously also provide a necessary foundation for further experimental investigations of RNASE1 functional evolution in Colobinae.

Deep RNA sequencing at single base-pair resolution reveals high complexity of the rice transcriptome

Understanding the dynamics of eukaryotic transcriptome is essential for studying the complexity of transcriptional regulation and its impact on phenotype. However, comprehensive studies of transcriptomes at single base resolution are rare, even for modern organisms, and lacking for rice. Here, we present the first transcriptome atlas for eight organs of cultivated rice. Using high-throughput paired-end RNA-seq, we unambiguously detected transcripts expressing at an extremely low level, as well as a substantial number of novel transcripts, exons, and untranslated regions. An analysis of alternative splicing in the rice transcriptome revealed that alternative cis-splicing occurred in similar to 33% of all rice genes. This is far more than previously reported. In addition, we also identified 234 putative chimeric transcripts that seem to be produced by trans-splicing, indicating that transcript fusion events are more common than expected. In-depth analysis revealed a multitude of fusion transcripts that might be by-products of alternative splicing. Validation and chimeric transcript structural analysis provided evidence that some of these transcripts are likely to be functional in the cell. Taken together, our data provide extensive evidence that transcriptional regulation in rice is vastly more complex than previously believed.

Anti-human Immunodeficiency Virus-1 Constituents of the Bark of Poncirus trifoliata

A total of 36 compounds (1-36) were obtained from the stem bark of Poncirus trifoliata including three new prenylated flavonoids, (-)-5,4'-dihydroxy-7,8-[(3 '',4 ''-cis-dihydroxy-3 '',4 ''-dihydro)-2 '',2 ''-dimethylpyrano]-flavone (1), (-)-5,4'-dihydroxy-7,8-[(3 ''-hydroxy-4 ''-one)-2 '',2 ''-dimethylpyrano]-flavone (2), and (-)-5,4'-dihydroxy-7,8-[(cis-3 ''-hydroxy-4 ''-ethoxy-3 '',4 ''-dihydro)-2 '',2 ''-dimethylpyrano]-flavone (3). The new structures were elucidated by means of spectroscopic methods. Compounds 1-20 were evaluated for their anti-human immunodeficiency virus-1 (HIV-1) activity, in which 2 showed significant anti-HIV-1 activity with high therapeutic index (T1) of 143.65.

Delta EEG Activity in Left Orbitofrontal Cortex in Rats Related to Food Reward and Craving

眶额叶皮质与中脑边缘多巴胺奖赏系统有着复杂的相互纤维联系.先前的研究探讨了药物成瘾过程中眶额叶皮质的脑电活动.在本实验中,将探讨食物奖赏和渴求过程中该皮质的脑电活动.实验采用了两个环境:对照环境和食物刺激相关的环境.首先,训练大鼠在食物刺激相关的环境中吃巧克力花生豆,而后在该环境中设置两种不同的刺激方式:能看到和闻到但不能吃到(渴求实验),或者仍旧可以吃到巧克力花生豆(奖赏实验):同时进行左侧眶额叶皮质的脑电记录.结果发现,在食物刺激相关的环境中大鼠Delta频段(2-4Hz)的脑电活动与食物刺激显著相关,此外,与在对照环境中相比,其相对功率在食物渴求时下降而在食物奖赏时升高.本实验表明,食物相关的奖励可以改变大鼠眶额叶皮质的脑电活动,而且,Delta频段的脑电活动能够作为监测该奖励的一个指标.