PCR amplification of short tandem repeat sequences allows serial studies of chimaerism/engraftment following BMT in rodents

Animal models of bone marrow transplantation (BMT) allow evaluation of new experimental treatment strategies. One potential strategy involves the treatment of donor marrow with ultra-violet B light to allow transplantation across histocompatibility boundaries without an increase in graft rejection or graft-versus-host disease. A major requirement for a new experimental protocol, particularly if it involves manipulation of the donor marrow, is that the manipulated marrow gives rise to long-term multilineage engraftment. DNA based methodologies are now routinely used by many centres to evaluate engraftment and degree of chimaerism post-BMT in humans. We report the adaptation of this methodology to the serial study of engraftment in rodents. Conditions have been defined which allow analysis of serial tail vein samples using PCR of short tandem repeat sequences (STR-PCR). These markers have been used to evaluate the contribution of ultraviolet B treated marrow to engraftment following BMT in rodents without compromising the health of the animals under study. Chimaerism data from sequential tail vein samples and bone marrow from selected sacrificed animals showed excellent correlation, thus confirming the validity of this approach in analysing haemopoietic tissue. Thus the use of this assay may facilitate experimental studies in animal BMT.

Specialty Registrars’ Experience of Managing Head and Neck Cancer Patients

Objective The aim of this study was to collate and compare data on the training of Specialty Registrars in Restorative Dentistry (StRs) in the management of head and neck cancer (HANC) patients across different training units within the UK and Ireland. Methods Current trainees were invited to complete an online questionnaire by the Specialty Registrars in Restorative Dentistry Group (SRRDG). Participants were asked to rate their confidence and experience of assessing and planning treatment for HANC patients, attending theatre alone and manufacturing surgical obturators, and providing implants for appropriate cases. Respondents were also asked to appraise clinical and didactic teaching at their unit, and to rate their confidence of passing a future Intercollegiate Specialty Fellowship Examination (ISFE)-station assessing knowledge of head and neck cancer. Results Responses were obtained from 21 StRs (n=21) training within all five countries of the British Isles. Most respondents were based in England (76%), with one StR in each of Scotland, Wales, Northern Ireland and the Republic of Ireland. A third (33%) were in their 5th year of training. Almost half of the StRs indicated that they were confident of independently assessing (48%) new patients with HANC, with fewer numbers reporting confidence in treatment planning (38%). The majority (52%) of respondents indicated that they were not confident of attending theatre alone and manufacturing a surgical obturator. A third (33%) rated their experience of treating HANC patients with implants as ‘poor’ or ‘very poor’, including three StRs in their 5th year of training. Less than one third (<33%) rated didactic teaching in maxillofacial prosthodontics at their unit as ‘good’ or ‘excellent’, and only 7 StRs indicated that they were confident of passing an ISFE-station focused on HANC. Conclusion Experience and training regarding patients with head and neck cancer is inconsistent for StRs across the UK and Ireland with a number of trainees reporting a lack of clinical exposure.

Stresse e burnout nos profissionais de emergência médica pré-hospitalar

Tese de dout., Psicologia, Faculdade de Ciências Humanas e Sociais, Univ. do Algarve, 2010

Genetic characterization of the South Portugal population with GlobalFilerTM Express kit - internal validation and forensic applications

Tese de mestrado. Biologia (Biologia Humana e Ambiente). Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2014

Study of a Swiss dopa-responsive dystonia family with a deletion in GCH1: redefining DYT14 as DYT5.

OBJECTIVE: To report the study of a multigenerational Swiss family with dopa-responsive dystonia (DRD). METHODS: Clinical investigation was made of available family members, including historical and chart reviews. Subject examinations were video recorded. Genetic analysis included a genome-wide linkage study with microsatellite markers (STR), GTP cyclohydrolase I (GCH1) gene sequencing, and dosage analysis. RESULTS: We evaluated 32 individuals, of whom 6 were clinically diagnosed with DRD, with childhood-onset progressive foot dystonia, later generalizing, followed by parkinsonism in the two older patients. The response to levodopa was very good. Two additional patients had late onset dopa-responsive parkinsonism. Three other subjects had DRD symptoms on historical grounds. We found suggestive linkage to the previously reported DYT14 locus, which excluded GCH1. However, further study with more stringent criteria for disease status attribution showed linkage to a larger region, which included GCH1. No mutation was found in GCH1 by gene sequencing but dosage methods identified a novel heterozygous deletion of exons 3 to 6 of GCH1. The mutation was found in seven subjects. One of the patients with dystonia represented a phenocopy. CONCLUSIONS: This study rules out the previously reported DYT14 locus as a cause of disease, as a novel multiexonic deletion was identified in GCH1. This work highlights the necessity of an accurate clinical diagnosis in linkage studies as well as the need for appropriate allele frequencies, penetrance, and phenocopy estimates. Comprehensive sequencing and dosage analysis of known genes is recommended prior to genome-wide linkage analysis.

Genomic and transcriptomic analysis of the streptomycin-dependent Mycobacterium tuberculosis strain 18b.

The ability of Mycobacterium tuberculosis to establish a latent infection (LTBI) in humans confounds the treatment of tuberculosis. Consequently, there is a need to discover new therapeutic agents that can kill M. tuberculosis both during active disease and LTBI. The streptomycin-dependent strain of M. tuberculosis, 18b, provides a useful tool for this purpose since upon removal of streptomycin (STR) it enters a non-replicating state that mimics latency both in vitro and in animal models. The 4.41 Mb genome sequence of M. tuberculosis 18b was determined and this revealed the strain to belong to clade 3 of the ancient ancestral lineage of the Beijing family. STR-dependence was attributable to insertion of a single cytosine in the 530 loop of the 16S rRNA and to a single amino acid insertion in the N-terminal domain of initiation factor 3. RNA-seq was used to understand the genetic programme activated upon STR-withdrawal and hence to gain insight into LTBI. This revealed reconfiguration of gene expression and metabolic pathways showing strong similarities between non-replicating 18b and M. tuberculosis residing within macrophages, and with the core stationary phase and microaerophilic responses. The findings of this investigation confirm the validity of 18b as a model for LTBI, and provide insight into both the evolution of tubercle bacilli and the functioning of the ribosome.

Amplification of the DFR1 gene in Saccaromyces cerevisiae

A new system was employed to study amplification of t,he DHF'R gene DFB,1 ) in Sa<,:;charoillYCB§. .Q~~Yi...S!i<;1~. . This system consists of a series of yeast strains containing a casset,te which encodes t he yeast, D..ERl gene ttghtly linked tjO a f usion of the yeast 1EU2. regulat,ory region wi tJ1 the LAQZ str ctural gene from E. cO.1-1 (,) . M. Clement , unpubl i,::;hed) . Th's casset;t e was shown t.o be integrat,ed int o a unj que chromosomal l ocati on in each strain . Yeast cells were se l ected for MTX-resistance and overproduction of ~ galac t osi d se ( B-gal ). Since the inserted DF'Rl and ~ACZ genes are independently regulated, it was thought that cel l s with this phenotype probably contain e d ampl if ications of the cassette. A lar ge variat ion in the f requn y o f MTX-resistance was found between the di ff e r ent str ains. These freqlen c ~ es r anged from about 2 x 10 - 7 fo r a population of cells containing the cassette integrated at, the BI J2.l gene in t,he middle of the long arm of chromosome V, to about 5 x 10-4 for a strain with the cassette i nserted in the r DNA cluster Abo It 85% of the MTX- res i stcmt iso l ates examined showed enhanced B·-gal act i v ity rel a t ive t o the parental strain . For the ma jorit y of strains, the mean B- gal activity in drug-r sistant clones was about 3 times that o f the parent following a single se l ect i on step . I n con t r ast, primary MTX-resistant derivat~ves of cells with the cassette inserted 3 at the rDNA cluster showed inc r eases in B- gal activity ranging from 9 - 14 f old r elative to the parent. Analysis of the latte r s train by Southe rn hybr idization indicated that the cassette was inde e d amplified several fold in MTX-re sistant derivatives. A sing l e strain, in which the cassette was inserted at the !lEA;], loc u.s , was used to examine in more detai 1 , the parameters affecting DFRl gene amplificat~ion in yeast . The mean B- gal activity in drug-resistant derivatives of this strain could be increased from 3 to 6 or 7 fold relative to the parent, by stepwise sel ection using increasing MTX concentrations. B-gal overproduction was found to be un stable in all primary and highly -resistant isolates examined. There was no indication, h owever, of a decrease i n growth r a t e in MTX-res i s tant cells which overproduced B - gal.

Macroeconomic News and LOB in Foreign Exchange ECN Market

We investigate the macroeconomic news effect on the dynamics of the limit order books (LOB) for euro-dollar ECN market in different economic states between Jan. 2006 to Dec. 2009. Using a VAR-STR model on the news surprise, pure news, aggregated good and bad news, we show that news effects on the LOB dynamics vary in different states of economy. The LOB dynamics are measured by depth, spread, slope and volatility. In contract to slope and volatility, depth and spread strongly respond to news surprise and pure news during recession and expansion. These characteristics are more affected by aggregated good and bad news during expansion. News effects are robust to alternative characteristic measures, the different sides of the LOB and the different levels in the LOB.

La phylogénie moléculaire du genre nord-américain Eurybia (Asteraceae : Astereae) et ses proches parents (Oreostemma, Herrickia, Triniteurybia)

Eurybia et ses proches parents Oreostemma, Herrickia et Triniteurybia sont appelés le grade des eurybioïdes. Comprenant 31 espèces vivaces, ce grade appartient au clade Nord-américain de la tribu des Astereae. Les analyses moléculaires antérieures ont montré que ce groupe est à la fois paraphylétique aux Machaerantherinae et un groupe frère aux Symphyotrichinae. Les relations infragénériques partiellement résolues et faiblement supportées empêchent d’approfondir l'histoire évolutive des groupes et ce, particulièrement dans le genre principal Eurybia. Le but de cette étude est de reconstruire les relations phylogénétiques au sein des eurybioïdes autant par l'inclusion de toutes les espèces du grade que par l’utilisation de différents types de régions et de méthodes d'inférence phylogénétique. Cette étude présente des phylogénies basées sur l'ADN ribosomal nucléaire (ITS, ETS), de l'ADN chloroplastique (trnL-F, trnS-G, trnC-ycf6) et d’un locus du génome nucléaire à faible nombre de copie (CNGC4). Les données sont analysées séparément et combinées à l’aide des approches de parcimonie, bayesienne et de maximum de vraisemblance. Les données ADNnr n’ont pas permis de résoudre les relations entre les espèces polyploïdes des Eurybia. Les analyses combinées avec des loci d’ADNnr et d’ADNnr+cp ont donc été limitées à des diploïdes. Les analyses combinées ont montré une meilleure résolution et un meilleur support que les analyses séparées. La topologie de l’ADNnr+cp était la mieux résolue et supportée. La relation phylogénétique de genres appartenant au grade des eurybioïdes est comme suit : Oreostemma (Herrickia s.str. (Herrickia kingii (Eurybia (Triniteurybia - Machaerantherinae)))). Basé sur la topologie combinée de l’ADNnr+cp, nous avons effectué des analyses de biogéographie à l’aide des logiciels DIVA et LaGrange. Ces analyses ont révélé une première radiation des eurybioïdes dans l’Ouest de l’Amérique du Nord, suivi de deux migrations indépendantes dans l’Est de l’Amérique du Nord chez les Eurybia. Due au relatif manque de variabilité de l’ADNnr, l’ADNcp et CNGC4, où le triage de lignés incomplet était dominant, l'origine du grade est interprétée comme récente, possiblement du Pliocène. La diversification du groupe a été probablement favorisée par les glaciations Pléistocènes.

Caractérisation clinique et génétique d’une famille canadienne-française atteinte de la neuropathie héréditaire sensitive avec rétinite pigmentaire et ataxie

La complexité de l’étude des neuropathies héréditaires provient de leur hétérogénéité clinique et génétique et de la diversité des fibres composant les nerfs périphériques. Cette complexité se reflète dans les nombreuses classifications différentes. Les neuropathies héréditaires se classifient entre autres selon leur mode de transmission et leur atteinte sensitive, autonomique et motrice. Les neuropathies héréditaires sensitives et autonomiques (NHSA) se présentent avec une perte de la sensation distale aux membres, accompagnée d’autres manifestations selon le type de NHSA. L’étude des NHSA est facilitée lorsqu’il existe des grappes de familles originaires de régions du Québec où des effets fondateurs pour des maladies récessives ont déjà été identifiés. Nous avons recruté une grande famille canadienne-française originaire de Paspébiac dans la Baie-des-Chaleurs dans laquelle nous avons identifié quatre cas atteints d’une neuropathie héréditaire sensitive avec rétinite pigmentaire et ataxie (NHSRPA). Nous avons émis l’hypothèse que nous étions en présence d’une nouvelle forme de neuropathie héréditaire sensitive récessive à effet fondateur. Afin d’identifier la position chromosomique du gène muté responsable de la NHSRPA, nous avons tout d’abord complété un criblage du génome en génotypant des marqueurs microsatellites «single tandem repeat» (STR) sur des individus clés et nous avons ensuite procédé à une analyse de liaison génétique paramétrique. Ces études nous ont permis de lier cette famille au chromosome 1 et de définir un premier intervalle candidat de 6,7 Mb. Grâce à un génotypage de marqueurs «single nucleotide polymorphism» (SNP), nous avons réduit l’intervalle candidat à 5,3 Mb au locus 1q32,2-q32,3. Cette région contient 44 gènes candidats. Une revue plus fine de la littérature a fait ressortir qu’une famille espagnole et une américaine de souche hollandaise souffrant de la même maladie avaient déjà été liées au même locus. L’origine possiblement basque de notre famille gaspésienne nous a poussé à comparer l’haplotype porteur avec celui de la famille espagnole qui, quoi que gitane, provient du pays basque espagnol. Ces travaux ont démontré le partage d’une région de 203 kb. Afin de rétrécir davantage notre intervalle candidat, nous avons comparé les haplotypes des cas entre les deux familles et nous avons identifié un dernier intervalle candidat de 60 SNP au locus 1q32,3. Cette région ne contient que quatre gènes candidats dont le plus intéressant est le gène «activating transcription factor» (ATF3). À ce jour, aucune mutation n’a été trouvée dans le gène ATF3 et les gènes FAM71A, BATF3 et NSL1. Des expériences supplémentaires sont nécessaires afin d’identifier le gène muté responsable de la NHSRPA.

Vérification des liens entre les stresseurs, le soutien social, la santé psychologique au travail et la qualité de la relation élève-enseignant

La relation élève-enseignant (REE) est reconnue comme étant optimale lorsqu’elle est fortement chaleureuse et faiblement conflictuelle. Sur le plan empirique, plusieurs évidences montrent que la qualité de la REE est liée significativement à divers indicateurs de la réussite scolaire. De façon générale, celles-ci affirment que plus un élève entretient une relation optimale avec son enseignant, plus ses résultats scolaires sont élevés, plus il adopte des comportements prosociaux, et plus il présente des affects et des comportements positifs envers l’école. Des études précisent également que l’influence de la qualité de la REE est particulièrement importante chez les élèves à risque. Si les effets positifs d’une REE optimale sont bien connus, les facteurs favorisant son émergence sont quant à eux moins bien compris. En fait, bien que certains attributs personnels de l’élève ou de l’enseignant aient été identifiés comme participant significativement à la qualité de la REE, peu d’études ont investigué l’importance des facteurs psychologiques et contextuels dans l’explication de ce phénomène. Souhaitant pallier cette lacune, la présente étude poursuit trois objectifs qui sont: 1) d’examiner les liens entre les stresseurs, le soutien social, la santé psychologique au travail (SPT) et la qualité de la REE; 2) de vérifier l’effet médiateur de la SPT dans la relation entre les stresseurs, le soutien social et la qualité de la REE, et; 3) d’examiner les différences quant aux liens répertoriés auprès d’élèves réguliers et à risque. Afin d’atteindre ces objectifs, 231 enseignants québécois de niveau préscolaire et primaire ont été investigués. Les résultats des analyses montrent que les comportements perturbateurs des élèves en classe prédisent positivement le conflit entre l’enseignant et les élèves à risque. Ils montrent également que le soutien des parents et le soutien du supérieur prédisent respectivement la présence de REE chaleureuses chez les élèves réguliers et à risque. La SPT de l’enseignant prédit quant à elle positivement la présence de REE chaleureuses et négativement la présence de REE conflictuelles. Les résultats de cette recherche montrent aussi que le soutien social affecte indirectement la présence de REE chaleureuses par le biais de la SPT de l’enseignant.

Der jüdische Kaufmann, Verleger und Stadtplaner Sigmund Aschrott - eine Persönlichkeit des 19. Jahrhunderts

Persönlichkeiten, wie sie in der Arbeit beschrieben werden, treten zu Beginn ihres biografischen Weges noch ungeprägt auf. Erst ihre Lebens- und Arbeitsverhältnisse, die Auseinandersetzung mit Menschen, öffentlichen Institutionen sowie ihr Handeln, sei es positiv oder negativ, lassen die Person zur Persönlichkeit werden. Dabei beeinflussen neben individueller Veranlagung gesellschaftliche Rahmenbedingungen diesen Bildungsprozess. Der erste Teil setzt sich mit allgemeiner Interessenwahrnehmung und deren Umsetzung als ein Ausdruck von Macht auseinander, wobei erfolgsorientiertes Handeln sich auch als Kampf um Anerkennung bezeichnen ließe. Mit den dazu aufgeführten Kriterien soll am Ende der Arbeit der Aktor gemessen werden. Das persönliche Anspruchsdenken basiert auf einem gesellschaftlichen Umfeld, in dem Abbau ständischer Privilegien zum einen und Veränderung absolutistischer Staatsgewalt zum anderen voranschreiten. Unter den ökonomischen Bedingungen einer noch zeitlich begrenzt funktionierenden kurfürstlichen Administration versucht ein junger Kaufmann nach marktwirtschaftlichen Kriterien ein Leinenverlagssystem zu entwickeln, das die Zeit der Heimindustrie erneut kurz aufleben lässt, um nach Durchbruch des Industriekapitalismus wieder zu verschwinden. Von flexiblem Unternehmergeist getragen, wird der mit dem Verlag erwirtschaftete Mehrwert nicht in den Aufbau einer „neuen Industrie“ investiert, sondern als mobiles Kapital für den Erwerb von Grund und Boden benutzt. Hier wird die Notwendigkeit eines sich entwickelnden städtischen Wohnungsmarktes rechtzeitig erkannt. Eine bereits vorhandene kapitalistische Ordnung mit einem expandierenden Markt ermöglicht, Wohnungsbedarf mit Stadterweiterungsprojekten zu begegnen. Diese sind notwendig, da die Zentrierung von Arbeit in Form von Industriebetrieben eine Migration aus ländlichen Gebieten zum Arbeitsangebot in Gang setzt. Der Stadtbau verzögert sich in verschiedenen Kleinstaaten im Verhältnis zu Preußen. Die Finanzierung des „Produktes Stadt“ wird im Gegensatz zu landesherrlicher Zeit zu einem Instrument des kapitalistischen Marktes. Die industrielle Entwicklung ist an eine Organisation von Kreditvermittlungen gebunden. Das führt zu Erfolg und Misserfolg mit Bankgeschäften. Vergrößerungen kapitalistischer Unternehmungen erfordern Vermehrung des Kapitals. Der Aufschwung des deutschen Wirtschaftslebens ist von Krediten durch Geldgeber abhängig und diese treiben als Schrittmacher Industrie und Handel an. Die Vorgänge lassen sich auf den Stadtbauprozess übertragen. Klassengeist und Klassenhochmut einer bürgerlichen Gesellschaft führen zu mangelnder politischer Gleichberechtigung, die bei Unterschichten, politischen und gesellschaftlichen Randgruppen häufiger zu sozialer Diskriminierung beitragen. Mit besonderem Engagement auf ökonomischem Terrain versuchen Juden, ihre gesellschaftliche Isolierung aufzuheben, indem sie materiellen Erfolg benutzen, um als Wirtschaftsbürger, als „Bourgeois“ im Sinne von Marx, zu gelten. Die „Titelordnung“ der wilhelminischen Gesellschaft verändert sich von Leistungsauszeichnung zu Beförderung durch Bezahlung, um damit die monarchische „Schatulle“ und im sozialen Bereich den Staatshaushalt zu entlasten. Die Ausgezeichneten erkennen diesen Wandel nicht und sehen dagegen in der Verleihung eine Geste gesellschaftlicher Anerkennung. Die Orden tragen dazu bei, die äußerliche Kluft zwischen den ausgezeichneten bürgerlichen Trägern und dem die Gesellschaft führenden Feudaladel zu verringern. Die vorliegende Arbeit stützt sich auf Quellen aus unterschiedlichen politischen Entscheidungsebenen. Sie sind nur soweit umfassend, wie sie als Archivmaterial auszuheben sind. Die dort gesammelten Schriftstücke unterlagen bei ihrer Archivierung einem hausinternen Auswahlvorgang. Somit ist eine umfassende Darstellung nicht möglich. Die Schriftstücke liegen, von wenigen Ausnahmen abgesehen, handgeschrieben vor und sind häufig schwer zu lesen. Der Rückgriff auf Äußerungen von administrativer Seite könnte auch als Blick von „oben“ gedeutet werden. Jedoch verbergen sich hinter jedem Vorgang ganz normale menschliche Interessen, die für viele Abläufe keines wissenschaftlichen Überbaus bedürfen. Meine Arbeit beabsichtigt, den Untersuchungsgegenstand aus einem bisher nicht erschlossenen Blickwinkel zu beleuchten. Straßennamen erfahren im Untersuchungszeitraum verifizierte Schreibweisen, die möglicherweise auf Vorstellungen des jeweiligen Planverfassers zurückzuführen sind. Für Kölnische Straße wird auch Kölnische Allee, Cölnische Str. oder Cöllnsche Str. gebraucht. Gleiches gilt z.B. bei Querallee mit Quer Allee, Quer-Allee oder Cölnische Querallee. Werden Erklärungen zu bestimmten Karten formuliert wird auch die dortige Schreibweise verwandt, um einen Zusammenhang zwischen Text und Karte zu erleichtern. Die nach dem 2. Weltkrieg im Untersuchungsraum aufgenommenen Straßennamen stehen in keiner Verbindung zur Entstehungsgeschichte. Marxistische Terminologie als Erklärung wirtschaftlicher Zusammenhänge schließt ein marxistisches Gesellschaftsbild nicht mit ein. Wirtschaftliche Entwicklungen des 19. Jahrhundert bis 1915 werden mit ihrer impliziten liberalen Wirtschaftsauffassung dargestellt. Im Dezember 2005 erschien zur Denkmalstopografie, Kulturdenkmäler Hessen, die Ausgabe Stadt Kassel II. Diese setzt sich auch mit Problemstellungen der vorliegenden Arbeit auseinander. Der Verfasser hat versucht, nach bereits fertig gestelltem Gesamttext, wesentliche Aspekte daraus aufzugreifen, um damit die Relevanz eigener Erkenntnisse zu überprüfen. Dabei bleiben verschiedene Fragestellungen, wie z.B. der mögliche Einfluss von Reinhard Baumeister (1833-1917) auf die Kasseler Stadterweiterung, ungelöst. Derartige Hypothesen bedürfen weiterer Überprüfung. Kartografische Darstellungen sollen die historisch-genetische Schichtung des Siedlungsraumes erfassen, um durch veränderte Sichtweise Textaussagen zu unterstützen. Hierzu bilden Kartenblätter um 1840 die Basis für kartografische Aussagen zu Siedlungs- und Landschaftsformen. Ferner werden Stadtpläne ab 1822 die westliche Gemarkung der Stadt betreffend, sogenannte Kataster „Urkarten“ der „Feldmark Cassel“ sowie dem „Kreis Kassel“ als Gemarkungskarten ab 1848, bezüglich Fragestellungen zum Siedlungsraum vor der westlichen Stadterweiterung herangezogen. Fluchtlinien- und Stadtpläne besonders Möckel- 1866, Neumann- 1878 sowie Blumenauer-Plan 1891-97 unterstützen Aussagen zum Bauprozess des Quartiers. Für Gestaltung bestimmter kartografischer Zustände wird die jeweilige Kartenschreibweise benutzt, was zu Abweichungen gegenüber heutiger Namensgebung führt. Bei allgemeinen Feststellungen zieht der Verfasser die gebräuchliche Schreibweise des 19. Jahrhunderts bis 1913 heran. Mit dieser Vorgehensweise wird versucht, eine urbane Entwicklung auch bei der verbalen Akzentuierung als Gesamtprozess zu erfassen. Um mehrere Zeitzustände zu visualisieren und deren Entwicklungszustände zu deuten, werden Kartendarstellungen in verschiedene Ebenen gebracht. Der Endzustand gründet sich auf Stadtpläne von 1913 und 1943. Grundlage der digitalisierten Kartenproduktion sowie ihre Georeferenzierung erfolgt mit dem Programm Arc View sowie Informationen aus GIS-DATA/kassel. Einheitliches Kartenbild soll die Interpretation erleichtern. In der gedruckten Arbeit ist das umfangreiche Kartenmaterial nur partiell berücksichtigt. Deshalb sind auf beiliegender CD neben bereits verwendeten Karten andere Originalabbildungen aufgenommen, um dem Interessierten spezielle Detailinformationen zu vermitteln und für weitere Forschungsvorhaben eine Plattform zu schaffen.

Molekulare Untersuchungen zur Phylogenie der Gattung Fosterella (Bromeliaceae)

Im Rahmen der vorliegenden Arbeit sollten mit Hilfe molekularer Techniken die Verwandtschaftsbeziehungen innerhalb der Gattung Fosterella (Bromeliaceae) geklaert und eine umfassende Phylogenie erstellt werden. Im Vordergrund standen dabei die folgenden Fragen: Sind die aufgrund von morphologischen Merkmalen bzw. ihrer geographischen Verbreitung bisher beschriebenen 30 Fosterella-Arten auch molekular voneinander abgrenzbar und wie sind die einzelnen Arten miteinander verwandt? Lassen sich innerhalb der Gattung evolutionaere Linien identifizieren? Sind Akzessionen, die bisher noch keiner Art zugeordnet werden konnten, genetisch distinkt? Laesst sich eine Schwestergattung von Fosterella herausstellen? Zwei verschiedene molekulare Techniken, die AFLP-Methode (amplified fragment length polymorphism, Vos et al. 1995) und die vergleichende Sequenzierung verschiedener Mitochondrien- und Chloroplasten-DNA-Regionen wurden zur phylogenetischen Untersuchung der Gattung Fosterella etabliert und optimiert. Diese beiden Methoden wurden anschliessŸend vergleichend fuer die molekularsystematischen Studien eingesetzt. Folgende Ergebnisse konnten erzielt werden: Fuer die erstmals innerhalb der Gattung Fosterella eingesetzte AFLP-Methode wurden acht Primerkombinationen fuer die Hauptanalysen ausgewaehlt. Die AFLP-Bandenmuster erwiesen sich als komplex, distinkt und reproduzierbar und sowohl intra- als auch interspezifisch informativ. Insgesamt wurden mit 77 Proben aus mindestens 18 der bisher beschriebenen 30 Arten 310 informative AFLP-Merkmale erzeugt und mittels verschiedener Analyseverfahren ausgewertet. Die Darstellung der Ergebnisse erfolgte in Form von Phaenogrammen, Kladogrammen und in einem €ždreidimensionalen Koordinatensystem€œ (Hauptkoordinatenanalyse). Zur statistischen Absicherung wurden Bootstrap-Analysen durchgefuehrt. Die Topologien der einzelnen Baeume untereinander stimmten weitgehend ueberein, wobei sich insgesamt 12 Artengruppen definieren liessŸen, die statistisch unterschiedlich gut abgesichert waren. In einigen Gruppen liessŸen sich enge Verwandtschaftsbeziehungen feststellen, die bis auf wenige Ausnahmen, nicht befriedigend aufgeloest sind. Einige der in diese Untersuchung einbezogenen, bisher noch keiner Art zugeordneten Taxa liessŸen sich z. T. in die entstandenen Artengruppen einordnen oder aufgrund ihrer distinkten Position in den Stammbaeumen vermuten, dass es sich um neue Arten handelt. Fuer die vergleichende DNA-Sequenzierung wurde zunaechst die Eignung verschiedener Chloroplasten- und Mitochondrien-DNA-Regionen getestet. Die Bereiche atpB-rbcL, psbB-psbH und rps16-Intron wurden fuer die vergleichende Sequenzierung der Chloroplasten-DNA als geeignet befunden, waehrend alle untersuchten Mitochondrien-Loci eine so geringe Sequenzvariabilitaet aufwiesen, dass sie nicht weiter in Betracht gezogen wurden. Die drei Chloroplastenloci wurden mit 61 Akzessionen aus 24 der bisher 30 beschriebenen Fosterella-Arten sowie 44 Akzessionen aus sechs der acht Unterfamilien (nach Givnish et al. im Druck) sowohl einzeln, als auch kombiniert ausgewertet. Die Merkmalsmatrix wurde sowohl mit einem Distanzverfahren, als auch mit Maximum Parsimonie-, Maximum Likelihood- und Bayes´schen-Methoden analysiert. Die mit den verschiedenen Methoden erhaltenen Baumtopologien waren weitgehend kongruent. Es konnte gezeigt werden, dass die Gattung Fosterella monophyletisch ist. Zudem besteht eine sehr gut gestuetzte Schwestergruppenbeziehung der Gattung zu einer Gruppe aus den Gattungen Dyckia, Encholirium und Deuterocohnia. Die in Givnish et al. (im Druck) gezeigte Einordnung von Fosterella in die Pitcairnioideae s. str. wurde ebenfalls bestaetigt. Basal laesst sich die Gattung Fosterella in zwei Linien einteilen, von denen eine auf die F. penduliflora-Gruppe entfaellt und die andere alle anderen sechs Gruppen vereint. Insgesamt laesst sich festhalten, dass der GrossŸteil der bisher beschriebenen 30 Fosterella-Arten auch molekular voneinander abgrenzbar ist, sie also genetisch distinkte Taxa (Monophyla) darstellen. Die meisten Spezies lassen sich Artengruppen zuordnen, innerhalb derer die Verwandtschaft allerdings z. T. ungeklaert bleibt. Diese Speziesgruppen bilden monophyletische Linien mit unterschiedlicher statistischer Unterstuetzung. Einige bisher nur morphologisch definierte Taxa zeigen eine enorme genetische Variabilitaet Die Beziehungen zwischen den einzelnen Gruppen der Gattung Fosterella sind zum Teil nur wenig aufgelaest. Die Ergebnisse der beiden in der vorliegenden Arbeit eingesetzten Techniken sind weitgehend kongruent und fuer die Verwandtschaftsanalyse der Gattung Fosterella als geeignet einzustufen. Die Aufloesung der AFLP-Baeume deutet allerdings auf eine noch bessere Nuetzlichkeit fuer die Untersuchung innerhalb der einzelnen Artengruppen hin, waehrend die vergleichende Sequenzierung durch Ergaenzung weiterer Regionen relativ klare Strukturen innerhalb der Gattung Fosterella erkennen laesst (vgl. Rex et al. 2006).

Systematics and evolution of the genus Deuterocohnia Mez (Bromeliaceae)

The present study investigates the systematics and evolution of the Neotropical genus Deuterocohnia Mez (Bromeliaceae). It provides a comprehensive taxonomic revision as well as phylogenetic analyses based on chloroplast and nuclear DNA sequences and presents a hypothesis on the evolution of the genus. A broad morphological, anatomical, biogeographical and ecological overview of the genus is given in the first part of the study. For morphological character assessment more than 700 herbarium specimens from 39 herbaria as well as living plant material in the field and in the living collections of botanical gardens were carefully examined. The arid habitats, in which the species of Deuterocohnia grow, are reflected by the morphological and anatomical characters of the species. Important characters for species delimitation were identified, like the length of the inflorescence, the branching order, the density of flowers on partial inflorescences, the relation of the length of the primary bracts to that of the partial inflorescence, the sizes of floral bracts, sepals and petals, flower colour, the presence or absence of a pedicel, the curvature of the stamina and the petals during anthesis. After scrutinizing the nomenclatural history of the taxa belonging to Deuterocohnia – including the 1992 syonymized genus Abromeitiella – 17 species, 4 subspecies and 4 varieties are accepted in the present revision. Taxonomic changes were made in the following cases: (I) New combinations: A. abstrusa (A. Cast.) N. Schütz is re-established – as defined by Castellanos (1931) – and transfered to D. abstrusa; D. brevifolia (Griseb.) M.A. Spencer & L.B. Sm. includes accessions of the former D. lorentziana (Mez) M.A. Spencer & L.B. Sm., which are not assigned to D. abstrusa; D. bracteosa W. Till is synonymized to D. strobilifera Mez; D. meziana Kuntze ex Mez var. carmineo-viridiflora Rauh is classified as a subspecies of D. meziana (ssp. carmineo-viridiflora (Rauh) N. Schütz); D. pedicellata W. Till is classified as a subspecies of D. meziana (ssp. pedicellata (W. Till) N. Schütz); D. scapigera (Rauh & L. Hrom.) M.A. Spencer & L.B. Sm ssp. sanctae-crucis R. Vásquez & Ibisch is classified as a species (D. sanctae-crucis (R. Vásquez & Ibisch) N. Schütz); (II) New taxa: a new subspecies of D. meziana Kuntze ex Mez is established; a new variety of D. scapigera is established; (the new taxa will be validly published elsewhere); (III) New type: an epitype for D. longipetala was chosen. All other species were kept according to Spencer and Smith (1992) or – in the case of more recently described species – according to the protologue. Beside the nomenclatural notes and the detailed descriptions, information on distribution, habitat and ecology, etymology and taxonomic delimitation is provided for the genus and for each of its species. An key was constructed for the identification of currently accepted species, subspecies and varieties. The key is based on easily detectable morphological characters. The former synonymization of the genus Abromeitiella into Deuterocohnia (Spencer and Smith 1992) is re-evalutated in the present study. Morphological as well as molecular investigations revealed Deuterocohnia incl. Abromeitiella as being monophyletic, with some indications that a monophyletic Abromeitiella lineage arose from within Deuterocohnia. Thus the union of both genera is confirmed. The second part of the present thesis describes and discusses the molecular phylogenies and networks. Molecular analyses of three chloroplast intergenic spacers (rpl32-trnL, rps16-trnK, trnS-ycf3) were conducted with a sample set of 119 taxa. This set included 103 Deuterocohnia accessions from all 17 described species of the genus and 16 outgroup taxa from the remainder of Pitcairnioideae s.str. (Dyckia (8 sp.), Encholirium (2 sp.), Fosterella (4 sp.) and Pitcairnia (2 sp.)). With its high sampling density, the present investigation by far represents the most comprehensive molecular study of Deuterocohnia up till now. All data sets were analyzed separately as well as in combination, and various optimality criteria for phylogenetic tree construction were applied (Maximum Parsimony, Maximum Likelihood, Bayesian inferences and the distance method Neighbour Joining). Congruent topologies were generally obtained with different algorithms and optimality criteria, but individual clades received different degrees of statistical support in some analyses. The rps16-trnK locus was the most informative among the three spacer regions examined. The results of the chloroplast DNA analyses revealed a highly supported paraphyly of Deuterocohnia. Thus, the cpDNA trees divide the genus into two subclades (A and B), of which Deuterocohnia subclade B is sister to the included Dyckia and Encholirium accessions, and both together are sister to Deuterocohnia subclade A. To further examine the relationship between Deuterocohnia and Dyckia/Encholirium at the generic level, two nuclear low copy markers (PRK exon2-5 and PHYC exon1) were analysed with a reduced taxon set. This set included 22 Deuterocohnia accessions (including members of both cpDNA subclades), 2 Dyckia, 2 Encholirium and 2 Fosterella species. Phylogenetic trees were constructed as described above, and for comparison the same reduced taxon set was also analysed at the three cpDNA data loci. In contrast to the cpDNA results, the nuclear DNA data strongly supported the monophyly of Deuterocohnia, which takes a sister position to a clade of Dyckia and Encholirium samples. As morphology as well as nuclear DNA data generated in the present study and in a former AFLP analysis (Horres 2003) all corroborate the monophyly of Deuterocohnia, the apparent paraphyly displayed in cpDNA analyses is interpreted to be the consequence of a chloroplast capture event. This involves the introgression of the chloroplast genome from the common ancestor of the Dyckia/ Encholirium lineage into the ancestor of Deuterocohnia subclade B species. The chloroplast haplotypes are not species-specific in Deuterocohnia. Thus, one haplotype was sometimes shared by several species, where the same species may harbour different haplotypes. The arrangement of haplotypes followed geographical patterns rather than taxonomic boundaries, which may indicate some residual gene flow among populations from different Deuteroccohnia species. Phenotypic species coherence on the background of ongoing gene flow may then be maintained by sets of co-adapted alleles, as was suggested by the porous genome concept (Wu 2001, Palma-Silva et al. 2011). The results of the present study suggest the following scenario for the evolution of Deuterocohnia and its species. Deuterocohnia longipetala may be envisaged as a representative of the ancestral state within the genus. This is supported by (1) the wide distribution of this species; (2) the overlap in distribution area with species of Dyckia; (3) the laxly flowered inflorescences, which are also typical for Dyckia; (4) the yellow petals with a greenish tip, present in most other Deuterocohnia species. The following six extant lineages within Deuterocohnia might have independently been derived from this ancestral state with a few changes each: (I) D. meziana, D. brevispicata and D. seramisiana (Bolivia, lowland to montane areas, mostly reddish-greenish coloured, very laxly to very densely flowered); (II) D. strobilifera (Bolivia, high Andean mountains, yellow flowers, densely flowered); (III) D. glandulosa (Bolivia, montane areas, yellow-greenish flowers, densely flowered); (IV) D. haumanii, D. schreiteri, D. digitata, and D. chrysantha (Argentina, Chile, E Andean mountains and Atacama desert, yellow-greenish flowers, densely flowered); (V) D. recurvipetala (Argentina, foothills of the Andes, recurved yellow flowers, laxly flowered); (VI) D. gableana, D. scapigera, D. sanctae-crucis, D. abstrusa, D. brevifolia, D. lotteae (former Abromeitiella species, Bolivia, Argentina, higher Andean mountains, greenish-yellow flowers, inflorescence usually simple). Originating from the lower montane Andean regions, at least four lineages of the genus (I, II, IV, VI) adapted in part to higher altitudes by developing densely flowered partial inflorescences, shorter flowers and – in at least three lineages (II, IV, VI) – smaller rosettes, whereas species spreading into the lowlands (I, V) developed larger plants, laxly flowered, amply branched inflorescences and in part larger flowers (I).

Desarrollo de una aplicación de computador para analizar parámetros estadísticos genético-poblacionales de microsatélites en poblaciones humanas

La información y los datos genéticos que emanan hoy de las investigaciones del genoma humano demandan el desarrollo de herramientas informáticas capaces de procesar la gran cantidad de información disponible. La mayor cantidad de datos genéticos es el resultado de equipos que realizan el análisis simultáneo de cientos o miles de polimorfismos o variaciones genéticas, de nuevas técnicas de laboratorio de mayor rendimiento que, en conjunto, ofrecen una mayor disponibilidad de información en un corto espacio de tiempo. Esta problemática conduce a la necesidad de desarrollar nuevas herramientas informáticas capaces de lidiar con este mayor volumen de datos genéticos. En el caso de la genética de poblaciones, a pesar de que existen herramientas informáticas que permiten procesar y facilitar el análisis de los datos, estas tienen limitaciones como la falta de conocimiento de los usuarios de algunos lenguajes de programación para alimentar la información y otras herramientas informáticas no realizan todas las estimaciones que se requieren y otros presentan limitaciones en cuanto al número de datos que pueden incorporar o manejar. En algunos casos hay redundancia al tener que usarse dos o más herramientas para poder procesar un conjunto de datos de información genética. El presente trabajo tiene por objetivo el desarrollo de una herramienta informática basada en aplicaciones de computador comunes, en este caso Microsoft Excel® y que resuelva todos los problemas y las limitaciones descritas antes. El desarrollo del conjunto de subprogramas que constituyen a Lustro; permiten superar lo anterior, presentar los resultados en un ambiente sencillo, conocido y fácil de operar, simplificando de esta forma el proceso de adaptación del usuario del programa, sin entrenamiento previo, obteniéndose en corto tiempo el procesamiento de la información genética de interés.