Maltose Binding Protein Is Partially Structured in Its Molten Globule State

Seven double cysteine mutants of maltose binding protein (MBP) were generated with one each in the active cleft at position 298 and the second cysteine distributed over both domains of the protein. These cysteines were spin labeled and distances between the labels in biradical pairs determined by pulsed double electron-electron resonance (DEER) measurements. The values were compared with theoretical predictions of distances between the labels in biradicals constructed by molecular modeling from the crystal structure of MBP without maltose and were found to be in excellent agreement. MBP is in a molten globule state at pH 3.3 and is known to still bind its substrate maltose. The nitroxide spin label was sufficiently stable under these conditions. In preliminary experiments, DEER measurements were carried out with one of the mutants yielding a broad distance distribution as was to be expected if there is no explicit tertiary structure and the individual helices pointing into all possible directions.

Traffic engineered NoC for streaming applications

Streaming applications demand hard bandwidth and throughput guarantees in a multiprocessor environment amidst resource competing processes. We present a Label Switching based Network-on-Chip (LS-NoC) motivated by throughput guarantees offered by bandwidth reservation. Label switching is a packet relaying technique in which individual packets carry route information in the form of labels. A centralized LS-NoC Management framework engineers traffic into Quality of Service (QoS) guaranteed routes. LS-NoC caters to the requirements of streaming applications where communication channels are fixed over the lifetime of the application. The proposed NoC framework inherently supports heterogeneous and ad hoc system-on-chips. The LS-NoC can be used in conjunction with conventional best effort NoC as a QoS guaranteed communication network or as a replacement to the conventional NoC. A multicast, broadcast capable label switched router for the LS-NoC has been designed. A 5 port, 256 bit data bus, 4 bit label router occupies 0.431 mm(2) in 130 nm and delivers peak bandwidth of 80 Gbits/s per link at 312.5 MHz. Bandwidth and latency guarantees of LS-NoC have been demonstrated on traffic from example streaming applications and on constant and variable bit rate traffic patterns. LS-NoC was found to have a competitive AreaxPower/Throughput figure of merit with state-of-the-art NoCs providing QoS. Circuit switching with link sharing abilities and support for asynchronous operation make LS-NoC a desirable choice for QoS servicing in chip multiprocessors. (C) 2013 Elsevier B.V. All rights reserved.

Extension of TSVM to multi-class and hierarchical text classification problems With general losses

Transductive SVM (TSVM) is a well known semi-supervised large margin learning method for binary text classification. In this paper we extend this method to multi-class and hierarchical classification problems. We point out that the determination of labels of unlabeled examples with fixed classifier weights is a linear programming problem. We devise an efficient technique for solving it. The method is applicable to general loss functions. We demonstrate the value of the new method using large margin loss on a number of multi-class and hierarchical classification datasets. For maxent loss we show empirically that our method is better than expectation regularization/constraint and posterior regularization methods, and competitive with the version of entropy regularization method which uses label constraints.

Probabilistic least squares approach to ordinal regression

This paper proposes a novel approach to solve the ordinal regression problem using Gaussian processes. The proposed approach, probabilistic least squares ordinal regression (PLSOR), obtains the probability distribution over ordinal labels using a particular likelihood function. It performs model selection (hyperparameter optimization) using the leave-one-out cross-validation (LOO-CV) technique. PLSOR has conceptual simplicity and ease of implementation of least squares approach. Unlike the existing Gaussian process ordinal regression (GPOR) approaches, PLSOR does not use any approximation techniques for inference. We compare the proposed approach with the state-of-the-art GPOR approaches on some synthetic and benchmark data sets. Experimental results show the competitiveness of the proposed approach.

Learning from positive and unlabelled examples using maximum margin clustering

Learning from Positive and Unlabelled examples (LPU) has emerged as an important problem in data mining and information retrieval applications. Existing techniques are not ideally suited for real world scenarios where the datasets are linearly inseparable, as they either build linear classifiers or the non-linear classifiers fail to achieve the desired performance. In this work, we propose to extend maximum margin clustering ideas and present an iterative procedure to design a non-linear classifier for LPU. In particular, we build a least squares support vector classifier, suitable for handling this problem due to symmetry of its loss function. Further, we present techniques for appropriately initializing the labels of unlabelled examples and for enforcing the ratio of positive to negative examples while obtaining these labels. Experiments on real-world datasets demonstrate that the non-linear classifier designed using the proposed approach gives significantly better generalization performance than the existing relevant approaches for LPU.

Human action recognition in H.264/AVC compressed domain using meta-cognitive radial basis function network

In this paper, we propose a H.264/AVC compressed domain human action recognition system with projection based metacognitive learning classifier (PBL-McRBFN). The features are extracted from the quantization parameters and the motion vectors of the compressed video stream for a time window and used as input to the classifier. Since compressed domain analysis is done with noisy, sparse compression parameters, it is a huge challenge to achieve performance comparable to pixel domain analysis. On the positive side, compressed domain allows rapid analysis of videos compared to pixel level analysis. The classification results are analyzed for different values of Group of Pictures (GOP) parameter, time window including full videos. The functional relationship between the features and action labels are established using PBL-McRBFN with a cognitive and meta-cognitive component. The cognitive component is a radial basis function, while the meta-cognitive component employs self-regulation to achieve better performance in subject independent action recognition task. The proposed approach is faster and shows comparable performance with respect to the state-of-the-art pixel domain counterparts. It employs partial decoding, which rules out the complexity of full decoding, and minimizes computational load and memory usage. This results in reduced hardware utilization and increased speed of classification. The results are compared with two benchmark datasets and show more than 90% accuracy using the PBL-McRBFN. The performance for various GOP parameters and group of frames are obtained with twenty random trials and compared with other well-known classifiers in machine learning literature. (C) 2015 Elsevier B.V. All rights reserved.

Evolución y tendencias de la marca de distribuidor en los mercados de gran consumo: el caso de España

[ES] La marca de distribuidor está experimentando un proceso de crecimiento notable en nuestro país, especialmente en los mercados de productos de gran consumo. Sobre este particular, este trabajo tiene por objeto analizar la situación actual así como las tendencias futuras en la comercialización de marcas de distribuidor en la industria de productos de gran consumo. Para ello, se tendrá en cuenta la penetración de las marcas de distribuidor en distintas categorías de productos de gran consumo, exponiéndose una serie de argumentos con objeto de explicar las tendencias observadas.

Surface markers of regionalization in the vertebrate nervous system

In order to identify new molecules that might play a role in regional specification of the nervous system, we generated and characterized monoclonal antibodies (mAbs) that have positionally-restricted labeling patterns.

The FORSE-1 mAb was generated using a strategy designed to produce mAbs against neuronal cell surface antigens that might be regulated by regionally-restricted transcription factors in the developing central nervous system (CNS). FORSE-1 staining is enriched in the forebrain as compared to the rest of the CNS until E18. Between E11.5-E13.5, only certain areas of the forebrain are labeled. There is also a dorsoventrally-restricted region of labeling in the hindbrain and spinal cord. The mAb labels a large proteoglycan-like cell-surface antigen (>200 kD). The labeling pattern of FORSE-1 is conserved in various mammals and in chick.

To determine whether the FORSE-1 labeling pattern is similar to that of known transcription factors, the expression of BF-1 and Dlx-2 was compared with FORSE-1. There is a striking overlap between BF-1 and FORSE-1 in the telencephalon. In contrast, FORSE-1 and Dlx-2 have very different patterns of expression in the forebrain, suggesting that regulation by Dlx-2 alone cannot explain the distribution of FORSE-1. They do, however, share some sharp boundaries in the diencephalon. In addition, FORSE-1 identifies some previously unknown boundaries in the developing forebrain. Thus, FORSE-1 is a new cell surface marker that can be used to subdivide the embryonic forebrain into regions smaller than previously described, providing further complexity necessary for developmental patterning.

I also studied the expression of the cell surface protein CD9 in the developing and adult rat nervous system. CD9 is implicated in intercellular signaling and cell adhesion in the hematopoetic system. In the nervous system, CD9 may perform similar functions in early sympathetic ganglia, chromaffin cells, and motor neurons, all of which express the protein. The presence of CD9 on the surfaces of Schwann cells and axons at the appropriate time may allow the protein to participate in the cellular interactions involved in myelination.

Economic Efficiency, Environmental Effectiveness and Political Feasibility of Energy Efficiency Rebates: The Case of the Spanish Energy Efficiency 'Renove' Plan

29 p.

Economic Evaluation of Energy Efficiency Labelling in Domestic Appliances: the Spanish Market

30 p.

Label-free detection of single biological molecules using microtoroid optical resonators

Being able to detect a single molecule without the use of labels has been a long standing goal of bioengineers and physicists. This would simplify applications ranging from single molecular binding studies to those involving public health and security, improved drug screening, medical diagnostics, and genome sequencing. One promising technique that has the potential to detect single molecules is the microtoroid optical resonator. The main obstacle to detecting single molecules, however, is decreasing the noise level of the measurements such that a single molecule can be distinguished from background. We have used laser frequency locking in combination with balanced detection and data processing techniques to reduce the noise level of these devices and report the detection of a wide range of nanoscale objects ranging from nanoparticles with radii from 100 to 2.5 nm, to exosomes, ribosomes, and single protein molecules (mouse immunoglobulin G and human interleukin-2). We further extend the exosome results towards creating a non-invasive tumor biopsy assay. Our results, covering several orders of magnitude of particle radius (100 nm to 2 nm), agree with the `reactive' model prediction for the frequency shift of the resonator upon particle binding. In addition, we demonstrate that molecular weight may be estimated from the frequency shift through a simple formula, thus providing a basis for an ``optical mass spectrometer'' in solution. We anticipate that our results will enable many applications, including more sensitive medical diagnostics and fundamental studies of single receptor-ligand and protein-protein interactions in real time. The thesis summarizes what we have achieved thus far and shows that the goal of detecting a single molecule without the use of labels can now be realized.

Um panorama do tabagismo em 16 capitais brasileiras e Distrito Federal: tendências e heterogeneidades

Esta tese inclui dois artigos que têm por objetivo apresentar um panorama das tendências e heterogeneidades do tabagismo nas capitais brasileiras e, assim, oferecer subsídios ao planejamento e avaliação de medidas de controle do tabaco no País. Utilizaram-se os dados da Pesquisa Nacional sobre Saúde e Nutrição (PNSN), e do Inquérito Domiciliar Sobre Comportamentos de Risco e Morbidade Referida de Doenças e Agravos Não Transmissíveis (InqDANT). No primeiro artigo estimou-se a diferença na prevalência de tabagismo em 14 capitais brasileiras entre pessoas de 15 anos ou mais em 1989 (PNSN) e 2002/2003 (InqDANT) relacionando as mudanças observadas às principais medidas de controle do tabaco desenvolvidas no período. O estudo mostrou que o percentual de fumantes diminuiu de 30,2% para 19,4% no período. Entre homens, a prevalência passou de 37,5% para 23,2% (1,1% /ano) e entre mulheres, de 24,3% para 16,5% (0,6% /ano). A avaliação cronológica sugere que as principais medidas de impacto refletidas no decréscimo observado foram a lei que obriga que haja advertências sobre os malefícios do tabagismo nas embalagens e propagandas de cigarros, a restrição e proibição da propaganda de produtos do tabaco e as intervenções relacionadas à proteção ao tabagismo passivo. O declínio da prevalência observado no estudo foi um dos maiores do mundo. No segundo artigo, fez-se uma descrição da situação do tabagismo no Brasil considerando heterogeneidades regionais e de subgrupos populacionais a partir de uma amostra de 24.681 indivíduos de 15 anos ou mais residentes em 16 capitais brasileiras incluídas no InqDANT. A prevalência de tabagismo no gênero masculino variou de 17,0% a 28,2% e no feminino, de 10% a 22,9%. Entre mulheres, menores prevalências foram observadas nas regiões Norte, Nordeste e Centro-Oeste. Este padrão não se repetiu entre homens. Independentemente de gênero, maiores percentuais de fumantes foram encontrados entre pessoas de menor escolaridade e faixa etária 40-49 anos. A cessação média entre homens e mulheres foi de 50%. Os dados indicaram que as políticas públicas de controle do tabaco têm sido efetivas particularmente na indução à cessação de fumar. Contudo, a elevada prevalência em jovens mostrou a importância de reforço a medidas que contenham a iniciação. As heterogeneidades observadas mostraram a necessidade de ações específicas por região. Além dos dois estudos referidos, esta Tese também descreveu novas pesquisas sobre tabagismo utilizando-se dados do InqDANT. Subsequentemente, com base na discussão prévia, delineou-se uma proposta sumária das principais linhas de investigação a serem desenvolvidas no Brasil a fim de subsidiar o Programa Nacional de Controle do Tabagismo e a implantação da Convenção Quadro Para o Controle do Tabaco.

Da descoberta à exclusão: uma história das diferentes máscaras da alteridade

A proposta desta tese é problematizar, isto é, produzir questões, sobre a noção de alteridade, esta tomada em seu sentido amplo do outro que não eu que nos dicionários tem como sinônimos: diferente, diverso, distinto e estranho. Mais especificamente, essa problematização se dará articulada com as transformações, também históricas, da cidade do Rio de Janeiro, escolhida por sua importância, em função de ter abrigado, desde o final do século XVIII até 1960, a sede do governo do Brasil, configurando-se como irradiadora das políticas governamentais para os outros estados e capitais. Trata-se, então, de uma pesquisa histórica que não privilegia a linearidade de acontecimentos, o que poderia nos levar a pensar que o passado nos determina de forma inexorável. Em nossa perspectiva, a história das estratégias que produziram as rotulações sobre a alteridade os outros, índios, negros escravos e mestiços postas em ação nos períodos colonial, imperial e republicano e, na contemporaneiade, pode nos levar a questionar nossa atualidade e as formas pelas quais lidamos com a alteridade, os outros, os estranhos e também com a cidade. A história que queremos contar, enfim, utiliza a própria história como modo de questionarmos nossa própria identidade e nossa contemporaneidade, de modo que nos provoque a pensar e a inventar formas singulares de lidar com os espaços urbanos e com os outros/estranhos.

A emergência da banda de rock Forfun: um estudo sobre estratégias comunicacionais, complexidade, tecnologia e redes

O advento das tecnologias digitais permitiu alterações significativas na maneira de produzir, divulgar e consumir música. As grandes gravadoras deixaram de ser os principais agentes articuladores da indústria da música, que está cada vez mais organizada em rede. A produção musical cresce de forma exponencial e está atomizada e espalhada por uma miríade de artistas de todos os níveis. Entretanto, só alguns se destacam em meio a essa galáxia de produtores de conteúdo e conseguem atingir algum grau de sustentabilidade. Estes são aqueles que conhecem as regras de funcionamento dessa rede, ainda que não saibam explicitá-las. O objetivo do presente trabalho é contribuir para a construção do enunciado dessas regras. Para tanto, consultou-se literatura sobre música e comunicação produzida por pesquisadores ligados aos Estudos Culturais, na qual se pôde identificar o grande número de variáveis envolvidas na questão, e por isso buscou-se uma articulação com a noção de sistemas complexos. Em função do tipo de objeto e da abordagem propostos, foi realizado um estudo de caso sobre a banda de rock Forfun, que possibilitou, a partir da comparação com outros casos de sustentabilidade, identificar linhas gerais de conduta e oportunidade que acabam por revelar certas regras

Dinâmica de colonização de uma planície hipersalina por espécies de mangue em Guaratiba, RJ

Alterações na frequência e amplitude das inundações pelas marés são fatores reguladores da dinâmica das florestas de mangue. Tais alterações podem estar relacionadas à elevação do nível médio relativo do mar (NMRM), que vem sendo atribuída como fator de impacto decorrente das mudanças climáticas globais atuando sobre os ecossistemas costeiros. Durante a década de 90, o Núcleo de Estudos em Manguezais da Universidade do Estado do Rio de Janeiro observou, em Guaratiba (RJ), um processo de colonização de uma planície hipersalina por espécies de mangue, e começou a monitorá-lo. Após seis anos os dados indicaram a consolidação da colonização e juntamente com o desenvolvimento de outros estudos neste sistema, a elevação do NMRM foi atribuída como principal causa deste processo. Os dados gerados por tal monitoramento, de 1998 até o ano de 2011, constituem a base de dados da presente dissertação, que teve como objetivo analisar o desenvolvimento do processo de colonização e verificar suas relações com fatores meteorológicos locais. No ano de 1998 foram demarcadas seis parcelas justapostas, no sentido floresta-planície hipersalina, até onde era percebida a presença das plantas de mangue. Todos os indivíduos foram identificados com etiquetas numeradas e tiveram suas alturas medidas ao longo de todo monitoramento, da mesma forma que novos indivíduos (recrutas). Quando recrutas eram encontrados em áreas mais distantes da floresta, novas parcelas eram incluídas no monitoramento. No ano de 2011, a colonização já havia avançado 75 m de distância da floresta e as treze parcelas monitoradas indicaram diferentes estágios sucessionais: mais próximas à floresta apresentam consolidação do processo de colonização, com redução de densidade e maior desenvolvimento estrutural; intermediárias, com altas densidades, encontra-se em fase menos avançada da colonização; mais externas caracterizam o início da colonização da área por poucos indivíduos. Notou-se, ainda, que o processo de colonização se dá por meio do estabelecimento de coortes, que demonstram variabilidade nos padrões de desenvolvimento estrutural ao longo dos anos (densidade, distribuição e taxa de crescimento), relacionada às condições ambientais distintas (padrões climatológicos). Quanto à disponibilidade hídrica (entre 1985 e 2011), Guaratiba apresentou predomínio de déficit hídrico, com tendência de amenização ao final do período. Períodos de maior disponibilidade de água no sistema coincidiram com marcação de novas parcelas, bem como com picos de recrutamento e elevadas taxas de crescimento das coortes. Assim, foi possível observar que o desenvolvimento das coortes esteve relacionado às condições de disponibilidade de espaço e luz, além de responderem aos processos meteorológicos, relacionados à disponibilidade de água na região.