Entropy analysis of DNA code dynamics in human chromosomes

Deoxyribonucleic acid, or DNA, is the most fundamental aspect of life but present day scientific knowledge has merely scratched the surface of the problem posed by its decoding. While experimental methods provide insightful clues, the adoption of analysis tools supported by the formalism of mathematics will lead to a systematic and solid build-up of knowledge. This paper studies human DNA from the perspective of system dynamics. By associating entropy and the Fourier transform, several global properties of the code are revealed. The fractional order characteristics emerge as a natural consequence of the information content. These properties constitute a small piece of scientific knowledge that will support further efforts towards the final aim of establishing a comprehensive theory of the phenomena involved in life.

Shannon, rényie and tsallis entropy analysis of DNA using phase plane

This paper analyzes DNA information using entropy and phase plane concepts. First, the DNA code is converted into a numerical format by means of histograms that capture DNA sequence length ranging from one up to ten bases. This strategy measures dynamical evolutions from 4 up to 410 signal states. The resulting histograms are analyzed using three distinct entropy formulations namely the Shannon, Rényie and Tsallis definitions. Charts of entropy versus sequence length are applied to a set of twenty four species, characterizing 486 chromosomes. The information is synthesized and visualized by adapting phase plane concepts leading to a categorical representation of chromosomes and species.

Ética e responsabilidade social das organizações perante os Técnicos Oficiais de Contas

Mestrado em Contabilidade

Crianças com défices no controlo motor: contributo para a elaboração do core set da Classificação Internacional de Funcionalidade, Incapacidade e Saúde (CIF)

A CIF é um sistema de classificação adotado pela OMS, que serve de referência universal para descrever, avaliar e medir saúde e incapacidade, a nível individual e ao nível da população. Contudo, apesar do interesse internacional gerado em torno da CIF, esta é considerada uma classificação complexa e extensa, fato que despoletou a criação de core sets – listas de itens da CIF especificamente selecionados pela sua relevância na descrição e qualificação de uma determinada condição de saúde – como resposta a esta problemática. Até à data, foram desenvolvidos core sets para várias patologias comuns. Contudo, apesar do controlo motor ser uma área de investigação muito reconhecida nos últimos 20 anos, ainda não possui um core set próprio. Assim, o objetivo deste estudo é contribuir para o desenvolvimento de um core set, com base na CIF-CJ, dirigido para uma descrição abrangente das competências inerentes a crianças, dos 6 aos 18 anos de idade, com défices no controlo motor. Deste modo, recorreu-se a uma revisão da literatura sobre a temática em estudo, de modo a reunir informação para a construção de uma proposta a core set, posteriormente sujeita ao escrutínio de peritos, através do recurso ao método de Delphi. Após várias rondas, foi alcançado um consenso acerca da lista final de códigos CIF que constituem o core set final.

Design and performance of a novel low-density parity-check code for distributed video coding

Low-density parity-check (LDPC) codes are nowadays one of the hottest topics in coding theory, notably due to their advantages in terms of bit error rate performance and low complexity. In order to exploit the potential of the Wyner-Ziv coding paradigm, practical distributed video coding (DVC) schemes should use powerful error correcting codes with near-capacity performance. In this paper, new ways to design LDPC codes for the DVC paradigm are proposed and studied. The new LDPC solutions rely on merging parity-check nodes, which corresponds to reduce the number of rows in the parity-check matrix. This allows to change gracefully the compression ratio of the source (DCT coefficient bitplane) according to the correlation between the original and the side information. The proposed LDPC codes reach a good performance for a wide range of source correlations and achieve a better RD performance when compared to the popular turbo codes.

Acesso a laboratórios remotos via ambientes imersivos acesso remoto a um multímetro

Recentemente, tem-se assistido à utilização de ambientes imersivos 3D em vários domínios tais como: actividades empresariais, educativas, lúdicas, entre outras devido à expansão do Second Life. A finalidade deste conceito é oferecer aos utilizadores um acesso alternativo a valências existentes no mundo real, a partir de um computador ligado à Internet. Uma aplicação prática pode ser a sua utilização em laboratórios remotos, com a finalidade de controlar remotamente instrumentos de medição, a partir de um ambiente imersivo. Para isso, o mesmo deve permitir a construção de um laboratório virtual e respectivos instrumentos, também virtuais. Este tipo de solução é viável, devido a existirem dispositivos com interfaces de acesso remoto, e ambientes 3D desenvolvidos em linguagens de programação que possuem bibliotecas de código para protocolos de redes de computadores. A finalidade deste trabalho é desenvolver uma metodologia de acesso remoto, a instrumentos de medição em laboratórios de electricidade e electrónica, usando ambientes imersivos 3D. Como caso de estudo, o instrumento utilizado é um multímetro, controlado remotamente a partir de uma reprodução num mundo virtual, construído no ambiente 3D Open Wonderland. Nessa reprodução virtual, numa primeira fase, só serão disponibilizadas para medição, um conjunto limitado das variáveis eléctricas passíveis de medir através do multímetro seleccionado.

Clustering an interval data set : are the main partitions similar to a priori partition?

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Code offloading on real-time multimedia systems: a framework for handling code mobility and code offloading in a QoS aware environment

Actualmente, os smartphones e outros dispositivos móveis têm vindo a ser dotados com cada vez maior poder computacional, sendo capazes de executar um vasto conjunto de aplicações desde simples programas de para tirar notas até sofisticados programas de navegação. Porém, mesmo com a evolução do seu hardware, os actuais dispositivos móveis ainda não possuem as mesmas capacidades que os computadores de mesa ou portáteis. Uma possível solução para este problema é distribuir a aplicação, executando partes dela no dispositivo local e o resto em outros dispositivos ligados à rede. Adicionalmente, alguns tipos de aplicações como aplicações multimédia, jogos electrónicos ou aplicações de ambiente imersivos possuem requisitos em termos de Qualidade de Serviço, particularmente de tempo real. Ao longo desta tese é proposto um sistema de execução de código remota para sistemas distribuídos com restrições de tempo-real. A arquitectura proposta adapta-se a sistemas que necessitem de executar periodicamente e em paralelo mesmo conjunto de funções com garantias de tempo real, mesmo desconhecendo os tempos de execução das referidas funções. A plataforma proposta foi desenvolvida para sistemas móveis capazes de executar o Sistema Operativo Android.

Modelling and aerodynamic simulation of a vehicle and failure analysis of a laminated front fender

Master Thesis in Mechanical Engineering field of Maintenance and Production

Dominant set approach to ECG biometrics

Electrocardiographic (ECG) signals are emerging as a recent trend in the field of biometrics. In this paper, we propose a novel ECG biometric system that combines clustering and classification methodologies. Our approach is based on dominant-set clustering, and provides a framework for outlier removal and template selection. It enhances the typical workflows, by making them better suited to new ECG acquisition paradigms that use fingers or hand palms, which lead to signals with lower signal to noise ratio, and more prone to noise artifacts. Preliminary results show the potential of the approach, helping to further validate the highly usable setups and ECG signals as a complementary biometric modality.

Automatic synthesis of VHDL Hardware Components from IOPT Petri Net models

Conferência: 39th Annual Conference of the IEEE Industrial-Electronics-Society (IECON), Vienna, Austria, Nov 10-14, 2013

Internet based VRS Code Positioning

Absolute positioning – the real time satellite based positioning technique that relies solely on global navigation satellite systems – lacks accuracy for several real time application domains. To provide increased positioning quality, ground or satellite based augmentation systems can be devised, depending on the extent of the area to cover. The underlying technique – multiple reference station differential positioning – can, in the case of ground systems, be further enhanced through the implementation of the virtual reference station concept. Our approach is a ground based system made of a small-sized network of three stations where the concept of virtual reference station was implemented. The stations provide code pseudorange corrections, which are combined using a measurement domain approach inversely proportional to the distance from source station to rover. All data links are established trough the Internet.

Shannon information and power law analysis of the chromosome code

This paper studies the information content of the chromosomes of twenty-three species. Several statistics considering different number of bases for alphabet character encoding are derived. Based on the resulting histograms, word delimiters and character relative frequencies are identified. The knowledge of this data allows moving along each chromosome while evaluating the flow of characters and words. The resulting flux of information is captured by means of Shannon entropy. The results are explored in the perspective of power law relationships allowing a quantitative evaluation of the DNA of the species.

Shannon entropy analysis of the genome code

This paper studies the chromosome information of twenty five species, namely, mammals, fishes, birds, insects, nematodes, fungus, and one plant. A quantifying scheme inspired in the state space representation of dynamical systems is formulated. Based on this algorithm, the information of each chromosome is converted into a bidimensional distribution. The plots are then analyzed and characterized by means of Shannon entropy. The large volume of information is integrated by averaging the lengths and entropy quantities of each species. The results can be easily visualized revealing quantitative global genomic information.