Utilisation et valeur de la représentation devant public en danse au troisième cycle du primaire

En 2001, dans la foulée de la réforme scolaire, une deuxième génération de programmes d’études en danse a été implantée (Gouvernement du Québec, 2001, 2003, 2007). Alors que la représentation devant public est prescrite dans les programmes d’études pour le secondaire (Gouvernement du Québec, 2003, 2007), elle est quasi-absente du programme d’études pour le primaire (Gouvernement du Québec, 2001). De plus, il y a peu de recherches empiriques sur l’enseignement de la danse à l’école québécoise et aucune sur l’utilisation de la représentation devant public dans ce contexte. Or, les enseignants sont nombreux à y avoir recours de façon intuitive pour favoriser les apprentissages chez les élèves. C’est pourquoi, à la lumière de repères théoriques issus de modèles de la transposition didactique, du processus de création, des systèmes de pertinence et de la construction identitaire des enseignants de la danse en milieu scolaire, nous avons cherché à comprendre comment la représentation devant public est utilisée, en danse, au troisième cycle du primaire, à l’école québécoise. Pour ce faire, nous avons eu recours à l’observation, à la captation audio et aux entretiens pour collecter des données auprès de deux enseignantes en danse et de cinquante-quatre élèves du troisième cycle du primaire, pendant le processus de création de danses menant à la présentation devant un public. Nous avons ainsi pu dégager treize thèmes représentatifs de l’expérience vécue par ces enseignantes et ces élèves, ainsi qu’une ébauche de modèle du processus de préparation d’une représentation devant public en milieu scolaire.

An Approach Towards The Development Of An Efficient Symmetric Key Encryption Scheme

n the recent years protection of information in digital form is becoming more important. Image and video encryption has applications in various fields including Internet communications, multimedia systems, medical imaging, Tele-medicine and military communications. During storage as well as in transmission, the multimedia information is being exposed to unauthorized entities unless otherwise adequate security measures are built around the information system. There are many kinds of security threats during the transmission of vital classified information through insecure communication channels. Various encryption schemes are available today to deal with information security issues. Data encryption is widely used to protect sensitive data against the security threat in the form of “attack on confidentiality”. Secure transmission of information through insecure communication channels also requires encryption at the sending side and decryption at the receiving side. Encryption of large text message and image takes time before they can be transmitted, causing considerable delay in successive transmission of information in real-time. In order to minimize the latency, efficient encryption algorithms are needed. An encryption procedure with adequate security and high throughput is sought in multimedia encryption applications. Traditional symmetric key block ciphers like Data Encryption Standard (DES), Advanced Encryption Standard (AES) and Escrowed Encryption Standard (EES) are not efficient when the data size is large. With the availability of fast computing tools and communication networks at relatively lower costs today, these encryption standards appear to be not as fast as one would like. High throughput encryption and decryption are becoming increasingly important in the area of high-speed networking. Fast encryption algorithms are needed in these days for high-speed secure communication of multimedia data. It has been shown that public key algorithms are not a substitute for symmetric-key algorithms. Public key algorithms are slow, whereas symmetric key algorithms generally run much faster. Also, public key systems are vulnerable to chosen plaintext attack. In this research work, a fast symmetric key encryption scheme, entitled “Matrix Array Symmetric Key (MASK) encryption” based on matrix and array manipulations has been conceived and developed. Fast conversion has been achieved with the use of matrix table look-up substitution, array based transposition and circular shift operations that are performed in the algorithm. MASK encryption is a new concept in symmetric key cryptography. It employs matrix and array manipulation technique using secret information and data values. It is a block cipher operated on plain text message (or image) blocks of 128 bits using a secret key of size 128 bits producing cipher text message (or cipher image) blocks of the same size. This cipher has two advantages over traditional ciphers. First, the encryption and decryption procedures are much simpler, and consequently, much faster. Second, the key avalanche effect produced in the ciphertext output is better than that of AES.

Untersuchungen zur Verbreitung von Klasse II-Transposons wie Tn21, Tn501 und Tn3 in terrestrischen Habitaten

Mobile genetische Elementen wie Transposons wurden in unbelasteten Böden nachgewiesen. Hierzu wurden unterschiedliche Ansätze gewählt: Verschiedene, unbelastete Böden wurden mittels PCR auf das Vorhandensein von Markergenen, in diesem Fall Transposasen vom Typ Tn3, Tn21 und Tn501, hin untersucht. Hierzu wurde ein System entwickelt, welches es ermöglichte die Gesamt-DNA aus verschiedensten Böden mit einem System einfach und reproduzierbar zu extrahieren und anschließend mittels PCR zu untersuchen. Die mittlere Nachweisgrenze dieses Systems lag bei 9 x 10 *3 Templates / g Boden. Ein paralleler Ansatz erfolgte, indem aus den gleichen, unbelasteten Böden Bakterien mittels Selektivmedien isoliert wurden. Diese Isolate wurden anschließend auf genetische Marker hin untersucht. Transposons, bzw. Transposasen konnten in den unbelasteten Böden in weitaus geringerer Zahl als aus belasteten Böden bekannt nachgewiesen werden. Jedoch verhielten sich die unterschiedlichen Elemente in der Verteilung wie aus belasteten Böden bekannt. Am häufigsten wurde Tn21 dann Tn501 nachgewiesen. Tn3, nach dem auch gescreent wurde, konnte nicht nachgewiesen werden. Anschließend wurden diese Böden mittels Bodensäulen unter Laborbedingungen auf die Übertragung von potentiell transponierbaren Elementen aus der autochthonen Flora hin untersucht. Mittels dieses Experimentes konnte kein transponierbares Element nachgewiesen werden. Weiterhin wurden vorhandene Boden-Bakterienkollektive auf das Vorhandensein von Transposons mittels Gensondentechnik und PCR auf Transposasen hin gescreent. Auch hier konnten wiederum Signale zu Tn21, Tn501 und in diesem Falle auch Tn3 erhalten werden. Einige dieser Isolate wurden mittels Southern-Blot und Sequenzierung näher charakterisiert. Bei den Sequenzvergleichen einer so erhaltenen 2257 bp langen Sequenz wurde diese als Transposase der Tn21-Familie mit großer Homologie zur Transposase von Tn5060 bestimmt.

Molekularbiologische Charakterisierung der Argonauten Proteine AgnA und AgnB innerhalb der RNA vermittelten Genregulation in D. discoideum

Argonauten Proteine übernehmen vielfältige Funktionen in RNA vermittelten Signalwegen zur Genregulation und sind in eukaryotischen Organismen hoch konserviert. Obwohl das Repertoire an kleinen regulatorischen RNAs in D. discoideum schon früh untersucht wurde und dabei sowohl siRNAs als auch miRNAs identifiziert werden konnten, war die Funktion der fünf kodierten Argonauten Proteine zu Beginn meiner Arbeit noch völlig unbekannt. Im Fokus meiner Untersuchung standen die zwei Homologe AgnA und AgnB. Die molekularbiologische Charakterisierung von AgnA hat gezeigt, dass das Protein eine essentielle Funktion bei der posttranskriptionellen Regulation des Retrotransposons DIRS-1 hat. AgnA wird für die Generierung von über 90 % der DIRS-1 siRNAs benötigt, wobei unklar ist, ob die Slicer-Aktivität des Proteins relevant ist oder ob AgnA andere Proteine zur Generierung der kleinen RNAs rekrutiert. Mit Hilfe der Deep Sequencing Analyse kleiner RNAs im AgnA KO konnte die Abreicherung der DIRS-1 siRNAs bestätigt werden. Die Anreicherung von DIRS-1 sense und antisense Transkripten weist deutlich auf eine Deregulation des Retrotransposons bei Abwesenheit von AgnA hin. Der Verlust der AgnA abhängigen Regulationsebene ist nicht nur auf RNA- sondern auch auf DNA-Ebene nachweisbar, da im AgnA Knockout einzelsträngige extrachromosomale DIRS-1 Intermediate nachweisbar sind. Die Analyse dieser Strukturen mit Hilfe von Rasterkraftmikroskopie zeigt, dass die extrachromosomale DNA mit Proteinen assoziiert ist. Das Erscheinungsbild legt die Vermutung nahe, dass es sich um Virus ähnliche Partikel handeln könnte. Die Transposition der DIRS-1 Elemente konnte nicht nachgewiesen werden. Sie schlägt vermutlich fehl, da der zur Integration notwendige DNA-Doppelstrang nicht gebildet wird. Auch wenn der genaue Mechanismus der AgnA abhängigen DIRS-1 Regulation nicht vollständig aufgeklärt werden konnte, weisen die Ergebnisse darauf hin, dass AgnA nicht nur an der Biogenese der kleinen DIRS-1 siRNAs beteiligt ist, sondern auch weiter downstream, vermutlich innerhalb von Effektorkomplexen, als Regulator aktiv ist. AgnB ist nicht an der negativen Regulation des DIRS-1 Retrotransposons beteiligt. Im Gegenteil haben Experimente gezeigt, dass das Protein die Transkription des Elementes und die Bildung von DNA-Intermediaten eher positiv beeinflusst. Im Fall des Retrotransposons Skipper ist unklar, ob die wenigen siRNAs, die identifiziert worden sind, tatsächlich für die Regulation dieses Elementes genutzt werden. Der Knockout von AgnA hat eine Anreicherung der Skipper siRNAs zur Folge, wobei diese sehr variabel ist. Es konnten Skipper Transkripte nachgewiesen werden (Hinas et al., 2007), die wahrscheinlich die Vorläufermoleküle der siRNAs darstellen. Die Menge dieser Transkripte unterscheidet sich allerdings im Wildtyp und den untersuchten Knockout-Stämmen nicht. Bei der Untersuchung der miRNAs zeigte sich eine signifikante Anreicherung dieser regulatorischen RNAs im AgnA Knockout. Die Akkumulation kann durch die Expression von rekombinantem AgnA wieder auf Wildtyp Niveau gebracht werden. Die genaue Funktion von AgnA im miRNA Signalweg konnte aber nicht näher spezifiziert werden. Im Fall der beiden miRNAs konnte im Rahmen dieser Arbeit nachgewiesen werden, dass sie keine 2‘-O Methylierung besitzen und fast ausschließlich im Cytoplasma der Zelle vorliegen. Letzteres weist darauf hin, dass die untersuchten miRNAs ihre Zielgene vermutlich posttranskriptionell regulieren. Die Akkumulation von miRNAs im AgnA KO konnte ebenfalls durch Deep Sequencing Analysen verifiziert werden. Weiterhin wurden tRNA Fragmente gefunden, die im AgnA KO wesentlich stärker vertreten sind. Northern Blot Analysen haben gezeigt, dass ein zusätzliches Fragment der tRNA Asp akkumuliert, wenn AgnA nicht exprimiert wird. Möglicherweise ist AgnA am Umsatz der tRNA beteiligt. Die biologische Funktion der tRNA Fragmente in D. discoideum ist jedoch bisher ungeklärt. Bei der Suche nach putativen Interaktionspartnern konnte im Fall von AgnA das Protein DDB_G0268914 mittels Massenspektrometrie als putativer Interaktionspartner identifiziert werden. Dieses Protein zeigt Homologien zu MOV10 aus H. sapiens, das ebenfalls mit Argonauten Proteinen interagiert (Hock et al., 2007) und die Replikation von Retroviren unterdrückt (Burdick et al., 2010). Die Interaktion zwischen AgnA und dem MOV10 Homolog konnte bisher nicht mit anderen Ansätzen bestätigt werden. Darüber hinaus bleibt zu klären, ob der putative Interaktionsparter ebenfalls an der Regulation des Retrotransposons DIRS-1 beteiligt ist.

Factores de riesgo para mortalidad y bajo gasto cardiaco en el posoperatorio de Switch arterial en pacientes con transposición de grandes arterias

El Switch arterial se ha convertido en la primera opción quirúrgica en pacientes con Transposición de grandes arterias (DTGA). El objetivo de este estudio es presentar la experiencia de la Fundación Cardioinfantil desde el año 2003 hasta julio del 2011, y determinar los factores de riesgo asociados a bajo gasto y mortalidad. Materiales y métodos: Estudio de caso - cohorte. Se revisaron las historias clínicas de los pacientes para obtener la información de las variables. El análisis se realizó mediante métodos estándar para variables continuas y variables categóricas. Los casos y sus controles se compararon y solo las variables con valores de p < 0.05 se analizaron como factores de riesgo. Resultados: 58 pacientes operados. Mediana de edad 12 días (RIQ 7 - 34), El 70.7% (41/58) de los pacientes fueron hombres. La DTGA con septum integro fue la anomalía más frecuente 53,5% (31/58). La mortalidad fue 15,2% (9/58) y la frecuencia de bajo gasto fue 55,2% (32/58). Entre el grupo de controles y casos no hubo diferencias estadísticamente significativas entre las variables preoperatorias y la presencia de bajo gasto y muerte, excepto el tiempo prolongado de circulación extracorpórea que fue factor de riesgo independiente para mortalidad OR 1.1 IC 95% (1 – 1,2) p de 0.002, y para bajo gasto cardiaco el score de vasoactivos-inotrópicos elevado OR 1.2 IC 95% (1.1 – 1,4) p de 0.001. Conclusiones: La frecuencia de las características de los pacientes operados en nuestra población es similar a lo reportado en la literatura mundial, sin embargo los factores de riesgo para mortalidad y bajo gasto no tuvieron el mismo impacto en nuestra población excepto por el tiempo de circulación extracorpórea y el uso de inotrópicos.

Educació ambiental: un enfocament metodològic en formació inicial del professorat d'Educació Primària

Aquesta tesi se situa en una perspectiva de l'Educació Ambiental adreçada a la Sostenibilitat i com a nucli catalitzador d'una Educació per al Canvi. Amb la investigació que es presenta es pretén, a més, contribuir a reduir el buit existent entre el marc teòric de l'Educació Ambiental i la seva transposició didàctica en la formació inicial del professorat, i al mateix temps poder fer aportacions significatives en el camp dels enfocaments pedagògics i estratègies metodològiques d'aquest àmbit de l'educació. En primer lloc, es presenta una anàlisi del marc teòric que ha informat el desenvolupament de l'Educació Ambiental, la seva reorientació i reconceptualització en la dècada dels anys noranta, i s'exposen el debat i les tendències actuals. A continuació es presenta l'anàlisi del nivell d'incorporació de l'Educació Ambiental, així com dels factors que en limiten o dificulten una plena integració, tant a nivell de l'etapa d'educació primària, com en la formació inicial del professorat. Es porta també a terme una revisió i una anàlisi exhaustiva de l'estat actual de la investigació en Educació Ambiental, a nivell nacional i internacional, i a partir d'ella es revela el dèficit que existeix, particularment, en la investigació educativa en Educació Ambiental en la formació inicial del professorat, i sobretot en el camp dels enfocaments pedagògics i estratègies metodològiques. El propòsit concret de la investigació se centra en: (i) analitzar l'impacte d'un enfocament metodològic (metodologia triaxial) aplicat en un curs d'Educació Ambiental en formació inicial del professorat; (ii) explorar el procés de formació en Educació Ambiental des del propi pensament dels estudiants. Aquest propòsit general ha portat la definició dels objectius d'investigació següents: (a) dissenyar i aplicar un enfocament metodològic triaxial en la formació en Educació Ambiental del professorat; (b) dissenyar i aplicar els instruments que promouen el procés de reflexió, individual i col·lectiu, en els estudiants; (c) explorar el procés de formació en Educació Ambiental des del pensament dels estudiants i a través dels instruments utilitzats per a la reflexió; (d) valorar la metodologia triaxial en la formació en Educació Ambiental de futurs i futures mestres d'Educació Primària. Cal destacar que la metodologia triaxial elaborada i aplicada es basa en la integració de tres eixos processals: procés d'investigació, procés de reflexió i procés de treball cooperatiu, i és consistent amb el model teòric que s'exposa i es defensa en la investigació (el capítol 5 tracta, concretament, del disseny, estructuració i desenvolupament del curs fonamentat en aquesta metodologia) La investigació se situa en el paradigma interpretatiu d'investigació educativa i en una metodologia d'anàlisi qualitativa. La mostra l'ha constituïda un grup classe, 42 estudiants, del 3r curs dels estudis de Magisteri, curs 1998/99, de la Universitat de Girona. Els instruments d'anàlisi han estat els instruments de reflexió, individual i col·lectiva, utilitzats en el curs. Destaquem l'ús d'un diari de grup, especialment dissenyat i estructurat per a promoure la reflexió col·lectiva, com l'aportació més rellevant en relació als instruments per a la reflexió. El diari de grup ha estat l'instrument vertebrador de la metodologia d'anàlisi qualitativa, i, tal com s'ha aplicat en aquesta investigació, s'ha validat com a un instrument nuclear i eficaç per a la reflexió de grup, i per explorar i analitzar el procés de formació en Educació Ambiental i de la formació professional general del grup d'estudiants. La resta d'instruments han estat, bàsicament, qüestionaris individuals, en diferents moments del curs; els documents produïts pels estudiants (propostes didàctiques en Educació Ambiental) i la memòria de la investigadora. La triangulació s'ha realitzat a través de tots els instruments. En la investigació es presenta, de manera detallada, com s'ha dut a terme el procés d'anàlisi de cadascun dels instruments i els resultats extrets. L'anàlisi dels resultats ha permès dibuixar l'evolució del pensament dels estudiants al llarg del curs i realitzar una anàlisi holística i multidimensional del seu procés de formació en Educació Ambiental. S'ha produït un canvi substancial en relació a la comprensió i assumpció dels components de l'Educació Ambiental: rellevància, holisme, educació crítica, educació en valors, capacitat de responsabilitat, d'acció i d'atendre diferents punts de vista i perspectives. Al llarg del curs i del procés hi ha una clara potenciació de qualitats dinàmiques. Al mateix temps, l'anàlisi revela la interdependència real i efectiva dels tres processos que configuren la metodologia triaxial i la seva clara influència en la formació en Educació Ambiental del grup d'estudiants i en la construcció dels seus models didàctics. En la investigació es conclou, entre altres aspectes, que l'enfocament metodològic, basat en un procés triaxial, aplicat en la formació inicial del grup de futurs i futures mestres, ha resultat de gran eficàcia i rellevància en la seva formació en Educació Ambiental i, també, en la seva formació com a professionals investigadors, crítico- reflexius, amb capacitat d'innovació i amb un grau més alt d' "empowerment". Cal dir que la metodologia triaxial es revela amb altes possibilitats de transferència i adaptabilitat a altres estudis. La transferibilitat d'aquesta metodologia serà objecte de seguiment investigatiu amb el propòsit de trobar les orientacions pedagògiques més adequades a cada àmbit i situació, ja que pot oferir aportacions valuoses en el camp de l'Ambientalització Curricular dels estudis universitaris.

Urbanismo ambiental y evaluación estratégica

La tesis doctoral "Urbanismo Ambiental y Evaluación Estratégica" investiga y propone un renovado papel del urbanismo y muy especialmente de la ordenación del territorio como instrumentos no tan sólo de valor para la protección del medio ambiente sino también para la consecución de las políticas hacia un desarrollo sostenible. Con tal fín se reflexiona y potencia la visión/función del suelo como recurso ambiental, también en su función urbanística, y de su mano las consecuencias e interacciones que tal conceptuación puede tener en la Comunidad Europea desde su competencia compartida con los Estados Miembros en materia de medio ambiente, concretamente en su capacidad para incidir, mediante técnicas normativas y no normativas en el urbanismo y la ordenación del territorio en cuanto instrumentos de regulación y ordenación del recurso ambiental suelo. En esta nueva andadura del urbanismo ambientalizado o, si se prefiere, en la carrera hacia el desarrollo urbanístico sostenible, la técnica de evaluación ambiental estratégica de determinados planes y programas se revela como fundamental, especialmente si se consigue que su transposición a los ordenamientos internos de los Estados Miembros se lleve a cabo con pleno respeto a las notas insosyalables defendidas en la tesis de técnica preventiva y no reparativa, dinámica, con capacidad de incidencia en la elección misma del modelo de plan y con miras finalistas a la sostenibilidad. Con ella podrá generalizarse el urbanismo ambiental y acelerarse el proceso de revisión que tienen pendiente las materias de urbanismo y ordenación del territorio desde la nueva concepción del suelo como recurso ambiental y mediante la recepción e integración de los principios ambientalistas.

The evolution of mobile DNAs: when will transposons create phylogenies that look as if there is a master gene?

Some families of mammalian interspersed repetitive DNA, such as the Alu SINE sequence, appear to have evolved by the serial replacement of one active sequence with another, consistent with there being a single source of transposition: the "master gene." Alternative models, in which multiple source sequences are simultaneously active, have been called "transposon models." Transposon models differ in the proportion of elements that are active and in whether inactivation occurs at the moment of transposition or later. Here we examine the predictions of various types of transposon model regarding the patterns of sequence variation expected at an equilibrium between transposition, inactivation, and deletion. Under the master gene model, all bifurcations in the true tree of elements occur in a single lineage. We show that this property will also hold approximately for transposon models in which most elements are inactive and where at least some of the inactivation events occur after transposition. Such tree shapes are therefore not conclusive evidence for a single source of transposition.

The impact of genome defense on mobile elements in Microbotryum

Repeat induced point mutation (RIP), a mechanism causing hypermutation of repetitive DNA sequences in fungi, has been described as a ‘genome defense’ which functions to inactivate mobile elements and inhibit their deleterious effects on genome stability. Here we address the interactions between RIP and transposable elements in the Microbotryum violaceum species complex. Ten strains of M. violaceum, most of which belong to different species of the fungus, were all found to contain intragenomic populations of copia-like retrotransposons. Intragenomic DNA sequence variation among the copia-like elements was analyzed for evidence of RIP. Among species with RIP, there was no significant correlation between the frequency of RIP-induced mutations and inferred transposition rate based on diversity. Two strains of M. violaceum, from two different plant species but belonging to the same fungal lineage, contained copia-like elements with very low diversity, as would result from a high transposition rate, and these were also unique in showing no evidence of the hypermutation patterns indicative of the RIP genome defense. In this species, evidence of RIP was also absent from a Class II helitron-like transposable element. However, unexpectedly the absolute repetitive element load was lower than in other strains.

Miniature transposable sequences are frequently mobilized in the bacterial plant pathogen Pseudomonas syringae pv. phaseolicola

Mobile genetic elements are widespread in Pseudomonas syringae, and often associate with virulence genes. Genome reannotation of the model bean pathogen P. syringae pv. phaseolicola 1448A identified seventeen types of insertion sequences and two miniature inverted-repeat transposable elements (MITEs) with a biased distribution, representing 2.8% of the chromosome, 25.8% of the 132-kb virulence plasmid and 2.7% of the 52-kb plasmid. Employing an entrapment vector containing sacB, we estimated that transposition frequency oscillated between 2.661025 and 1.161026, depending on the clone, although it was stable for each clone after consecutive transfers in culture media. Transposition frequency was similar for bacteria grown in rich or minimal media, and from cells recovered from compatible and incompatible plant hosts, indicating that growth conditions do not influence transposition in strain 1448A. Most of the entrapped insertions contained a full-length IS801 element, with the remaining insertions corresponding to sequences smaller than any transposable element identified in strain 1448A, and collectively identified as miniature sequences. From these, fragments of 229, 360 and 679-nt of the right end of IS801 ended in a consensus tetranucleotide and likely resulted from one-ended transposition of IS801. An average 0.7% of the insertions analyzed consisted of IS801 carrying a fragment of variable size from gene PSPPH_0008/PSPPH_0017, showing that IS801 can mobilize DNA in vivo. Retrospective analysis of complete plasmids and genomes of P. syringae suggests, however, that most fragments of IS801 are likely the result of reorganizations rather than one-ended transpositions, and that this element might preferentially contribute to genome flexibility by generating homologous regions of recombination. A further miniature sequence previously found to affect host range specificity and virulence, designated MITEPsy1 (100-nt), represented an average 2.4% of the total number of insertions entrapped in sacB, demonstrating for the first time the mobilization of a MITE in bacteria.

Haptic interfaces: the live and the recorded body in Beckett's Eh Joe on stage and screen

Beckett’s sparse and minimalist pieces have continuously addressed the nature and characteristics of the media for which they were written. What does it mean when a work written specifically for television is transposed to the stage, as film director Atom Egoyan did in his 2006 version of Beckett’s Eh Joe? This article will focus on the implications of such a transposition and discuss how Egoyan’s version reveals the haptic interface present in the original piece, between body and technology, between the flesh and “spirit made light” of the electronic broadcast.

The Tnt1 family member Retrosol copy number and structure disclose retrotransposon diversification in different Solanum species

Eukaryotic genome expansion/retraction caused by LTR-retrotransposon activity is dependent on the expression of full length copies to trigger efficient transposition and recombination-driven events. The Tnt1 family of retrotransposons has served as a model to evaluate the diversity among closely related elements within Solanaceae species and found that members of the family vary mainly in their U3 region of the long terminal repeats (LTRs). Recovery of a full length genomic copy of Retrosol was performed through a PCR-based approach from wild potato, Solanum oplocense. Further characterization focusing on both LTR sequences of the amplified copy allowed estimating an approximate insertion time at 2 million years ago thus supporting the occurrence of transposition cycles after genus divergence. Copy number of Tnt1-like elements in Solanum species were determined through genomic quantitative PCR whereby results sustain that Retrosol in Solanum species is a low copy number retrotransposon (1-4 copies) while Retrolyc1 has an intermediate copy number (38 copies) in S. peruvianum. Comparative analysis of retrotransposon content revealed no correlation between genome size or ploidy level and Retrosol copy number. The tetraploid cultivated potato with a cellular genome size of 1,715 Mbp harbours similar copy number per monoploid genome than other diploid Solanum species (613-884 Mbp). Conversely, S. peruvianum genome (1,125 Mbp) has a higher copy number. These results point towards a lineage specific dynamic flux regarding the history of amplification/activity of Tnt1-like elements in the genome of Solanum species.

A light and scanning electron microscopy study of bone healing following inferior alveolar nerve lateralization: An experimental study in rabbits

Purpose: The purpose of this study was to evaluate the bone healing kinetics around commercially pure titanium implants following inferior alveolar nerve (IAN) lateralization in a rabbit model. Materials and Methods: Inferior alveolar nerve lateralization was performed in 16 adult female rabbits (Oryctolagus cuniculus). During the nerve lateralization procedure, 1 implant was placed through the mandibular canal, and the IAN was replaced in direct contact with the implant. During the 8-week healing period, various bone labels were administered for fluorescent microscopy analysis. The animals were euthanized by anesthesia overdose, and the mandibular blocks were exposed by sharp dissection. Nondecalcified samples were prepared for optical light and scanning electron microscopy (SEM) evaluation. Results: SEM evaluation showed bone modeling/remodeling between the IAN and implant surface. Fluorochrome area fraction labeling at different times during the healing period showed that bone apposition mainly occurred during the first 2 weeks after implantation. Conclusions: The results obtained showed that bone healing/deposition occurred between the alveolar nerves in contact with a commercially pure titanium implant. No interaction between the nerve and the implant was detected after the 8-week healing period. Appositional bone healing occurred around the nerve bundle structure, restoring the mandibular canal integrity and morphology.

Entanglement degree measure and a criterion for sudden death as a phase transition in bipartite systems

We propose a method to compute the entanglement degree E of bipartite systems having dimension 2 x 2 and demonstrate that the partial transposition of density matrix, the Peres criterion, arise as a consequence Of Our method. Differently from other existing measures of entanglement, the one presented here makes possible the derivation of a criterion to verify if an arbitrary bipartite entanglement will suffers sudden death (SD) based only on the initial-state parameters. Our method also makes possible to characterize the SD as a dynamical quantum phase transition, with order parameter epsilon. having a universal critical exponent -1/2. (C) 2009 Elsevier Inc. All rights reserved.

A Broad-spectrum mer Operon in a Multi-drug Resistant Strain of the Fish Pathogen, Aeromonas salmonicida.

Aeromonas salmonicida AS03, a potential fish pathogen, was isolated from Atlantic salmon, Salmo salar, in 2003. This strain was found to be resistant to ≥1000 mM HgCl2 and ≥32 mM phenylmercuric acetate as well as multiple antimicrobials. Mercury (Hg) and antibiotic resistance genes are often located on the same mobile genetic elements, so the genetic determinants of both resistances and the possibility of horizontal gene transfer were examined. Specific PCR primers were used to amplify and sequence distinctive regions of the mer operon. A. salmonicida AS03 was found to have a pDU1358-like broad-spectrum mer operon, containing merB as well as merA, merD, merP, merR and merT, most similar to Klebsiella pneumonaie plasmid pRMH760. To our knowledge, the mer operon has never before been documented in Aeromonas spp. PCR and gene sequencing were used to identify class 1 integron associated antibiotic resistance determinants and the Tet A tetracycline resistance gene. The transposase and resolvase genes of Tn1696 were identified through PCR and sequencing with Tn21 specific PCR primers. We provide phenotypic and genotypic evidence that the mer operon, the aforementioned antibiotic resistances, and the Tn1696 transposition module are located on a single plasmid or conjugative transposon that can be transferred to E. coli DH5α through conjugation in the presence of low level Hg and absence of any antibiotic selective pressure. Additionally, the presence of low-level Hg or chloramphenicol in the mating media was found to stimulate conjugation, significantly increasing the transfer frequency of conjugation above the transfer frequency measured with mating media lacking both antibiotics and Hg. This research demonstrates that mercury indirectly selects for the dissemination of the antibiotic resistance genes of A. salmonicida AS03.