Diagnostic value of H3F3A mutations in giant cell tumour of bone compared to osteoclast-rich mimics

Driver mutations in the two histone 3.3 (H3.3) genes, H3F3A and H3F3B, were recently identified by whole genome sequencing in 95% of chondroblastoma (CB) and by targeted gene sequencing in 92% of giant cell tumour of bone (GCT). Given the high prevalence of these driver mutations, it may be possible to utilise these alterations as diagnostic adjuncts in clinical practice. Here, we explored the spectrum of H3.3 mutations in a wide range and large number of bone tumours (n 5 412) to determine if these alterations could be used to distinguish GCT from other osteoclast-rich tumours such as aneurysmal bone cyst, nonossifying fibroma, giant cell granuloma, and osteoclast-rich malignant bone tumours and others. In addition, we explored the driver landscape of GCT through whole genome, exome and targeted sequencing (14 gene panel). We found that H3.3 mutations, namely mutations of glycine 34 in H3F3A, occur in 96% of GCT. We did not find additional driver mutations in GCT, including mutations in IDH1, IDH2, USP6, TP53. The genomes of GCT exhibited few somatic mutations, akin to the picture seen in CB. Overall our observations suggest that the presence of H3F3A p.Gly34 mutations does not entirely exclude malignancy in osteoclast-rich tumours. However, H3F3A p.Gly34 mutations appear to be an almost essential feature of GCT that will aid pathological evaluation of bone tumours, especially when confronted with small needle core biopsies. In the absence of H3F3A p.Gly34 mutations, a diagnosis of GCT should be made with caution.

Distinct H3F3A and H3F3B driver mutations define chondroblastoma and giant cell tumor of bone

It is recognized that some mutated cancer genes contribute to the development of many cancer types, whereas others are cancer type specific. For genes that are mutated in multiple cancer classes, mutations are usually similar in the different affected cancer types. Here, however, we report exquisite tumor type specificity for different histone H3.3 driver alterations. In 73 of 77 cases of chondroblastoma (95%), we found p.Lys36Met alterations predominantly encoded in H3F3B, which is one of two genes for histone H3.3. In contrast, in 92% (49/53) of giant cell tumors of bone, we found histone H3.3 alterations exclusively in H3F3A, leading to p.Gly34Trp or, in one case, p.Gly34Leu alterations. The mutations were restricted to the stromal cell population and were not detected in osteoclasts or their precursors. In the context of previously reported H3F3A mutations encoding p.Lys27Met and p.Gly34Arg or p.Gly34Val alterations in childhood brain tumors, a remarkable picture of tumor type specificity for histone H3.3 driver alterations emerges, indicating that histone H3.3 residues, mutations and genes have distinct functions.

Ortografia e desenvolvimento da escrita

Dissertação apresentada para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Desenvolvimento e Perturbações da Linguagem na Criança, área de especialização em Educação e Ensino da Língua

Directed integration of new insulated lentiviral vectors to heterochromatin towards safer gene transfer to stem cells

The need for better gene transfer systems towards improved risk=benefit balance for patients remains a major challenge in the clinical translation of gene therapy (GT). We have investigated the improvement of integrating vectors safety in combining (i) new short synthetic genetic insulator elements (GIE) and (ii) directing genetic integration to heterochromatin. We have designed SIN-insulated retrovectors with two candidate GIEs and could identify a specific combination of insulator 2 repeats which translates into best functional activity, high titers and boundary effect in both gammaretro (p20) and lentivectors (DCaro4) (see Duros et al, abstract ibid). Since GIEs are believed to shield the transgenic cassette from inhibitory effects and silencing, DCaro4 has been further tested with chimeric HIV-1 derived integrases which comprise C-ter chromodomains targeting heterochromatin through either histone H3 (ML6chimera) or methylatedCpGislands (ML10). With DCaro4 only and both chimeras, a homogeneous expression is evidenced in over 20% of the cells which is sustained over time. With control lentivectors, less than 2% of cells express GFP as compared to background using a control double-mutant in both catalytic and ledgf binding-sites; in addition, a two-times increase of expression can be induced with histone deacetylase inhibitors. Our approach could significantly reduce integration into open chromatin sensitive sites in stem cells at the time of transduction, a feature which might significantly decrease subsequent genotoxicity, according to X-SCIDs patients data.Work performed with the support of EC-DG research within the FP6-Network of Excellence, CLINIGENE: LSHB-CT-2006-018933

Conformational analysis of antibody binding site using EDMA methods /

Euclidean distance matrix analysis (EDMA) methods are used to distinguish whether or not significant difference exists between conformational samples of antibody complementarity determining region (CDR) loops, isolated LI loop and LI in three-loop assembly (LI, L3 and H3) obtained from Monte Carlo simulation. After the significant difference is detected, the specific inter-Ca distance which contributes to the difference is identified using EDMA.The estimated and improved mean forms of the conformational samples of isolated LI loop and LI loop in three-loop assembly, CDR loops of antibody binding site, are described using EDMA and distance geometry (DGEOM). To the best of our knowledge, it is the first time the EDMA methods are used to analyze conformational samples of molecules obtained from Monte Carlo simulations. Therefore, validations of the EDMA methods using both positive control and negative control tests for the conformational samples of isolated LI loop and LI in three-loop assembly must be done. The EDMA-I bootstrap null hypothesis tests showed false positive results for the comparison of six samples of the isolated LI loop and true positive results for comparison of conformational samples of isolated LI loop and LI in three-loop assembly. The bootstrap confidence interval tests revealed true negative results for comparisons of six samples of the isolated LI loop, and false negative results for the conformational comparisons between isolated LI loop and LI in three-loop assembly. Different conformational sample sizes are further explored by combining the samples of isolated LI loop to increase the sample size, or by clustering the sample using self-organizing map (SOM) to narrow the conformational distribution of the samples being comparedmolecular conformations. However, there is no improvement made for both bootstrap null hypothesis and confidence interval tests. These results show that more work is required before EDMA methods can be used reliably as a method for comparison of samples obtained by Monte Carlo simulations.

A microanalysis of EMG and EEG changes during the sleep onset period (SOP) : a theoretical investigation with practical applications /

The present study has both theoretical and practical aspects. The theoretical intent of the study was to closely examine the relationship between muscle activity (EMG) and EEG state during the process of falling asleep. Sleep stages during sleep onset (SO) have been generally defined with regards to brain wave activity (Recht schaff en & Kales (1968); and more precisely by Hori, Hayashi, & Morikawa (1994)). However, no previous study has attempted to quantify the changes in muscle activity during this same process. The practical aspect of the study examined the reliability ofa commercially developed wrist-worn alerting device (NovAlert™) that utilizes changes in muscle activity/tension in order to alert its user in the event that he/she experiences reduced wakefulness that may result in dangerous consequences. Twelve female participants (aged 18-42) sp-ent three consecutive nights in the sleep lab ("Adaptation", "EMG", and "NOVA" nights). Each night participants were given 5, twenty-minute nap opportunities. On the EMG night, participants were allowed to fall asleep freely. On the NOV A night, participants wore the Nov Alert™ wrist device that administered a Psychomotor Vigilance Test (PVT) when it detected that muscle activity levels had dropped below baseline. Nap sessions were scored using Hori's 9-stage scoring system (Hori et aI, 1994). Power spectral analyses (FFT) were also performed. Effects ofthe PVT administration on EMG and EEG frequencies were also examined. Both chin and wrist EMG activity showed reliable and significant decline during the early stages ofHori staging (stages HO to H3 characterized by decreases in alpha activity). All frequency bands studied went through significant changes as the participants progressed through each ofHori's 9 SO stages. Delta, theta, and sigma activity increased later in the SO continuum while a clear alpha dominance shift was noted as alpha activity shifted from the posterior regions of the brain (during Hori stages HO to H3) to the anterior portions (during Hori stages H7 to H9). Administration of the PVT produced significant increases in EMG activity and was effective in reversing subjective drowsiness experienced during the later stages of sleep onset. Limitations of the alerting effects of the PVTs were evident following 60 to 75 minutes of use in that PVTs delivered afterwards were no longer able to significantly increase EMG levels. The present study provides a clearer picture of the changes in EMG and EEG during the sleep onset period while testing the efficacy of a commercially developed alerting device. EMG decreases were found to begin during Hori stage 0 when EEG was - dominated by alpha wave activity and were maximal as Hori stages 2 to 5 were traversed (coincident with alpha and beta activity). This signifies that EMG decrements and the loss of resting alpha activity are closely related. Since decreased alpha has long been associated with drowsiness and impending sleep, this investigation links drops in muscle tone with sleepiness more directly than in previous investigations. The EMG changes were reliably demonstrated across participants and the NovAlert™ detected the EMG decrements when Hori stage 3 was entered. The alerting vibrations produced by the NovAlert™ occurred early enough in the SO process to be of practical importance as a sleepiness monitoring and alerting device.

Elucidation of odour-potent compounds and sensory profiles of Vidal blanc and Riesling icewines from the Niagara Peninsula : effect of harvest date and crop level

I t was hypothesized that the freeze/thaw cycles endured by icewine grapes would change their chemical composition, resulting in unique chemical fingerprint and sensory properties, and would be affected by harvest date (HD) and crop level (CL). The objectives were: 1) to identify odour-active compounds using gas chromatographic and sensory analysis; 2) to determine the effect of CL and HD on these compounds; 3) to determine the icewine sensory profiles; 4) to correlate analytical and sensory results for an overall icewine profile. CharmAnalysis™ determined the Top 15 odour-potent compounds in Vidal and Riesling icewine and table wines; 24 and 23 compounds, respectively. The majority of the compounds had the highest concentrations in the icewines compared to table wines. These compounds were used as the foundation for assessing differences in icewine chemical profiles from different HD and CL. Vidal and Riesling icewine were made from grapes picked at different HD; HI : 19 December; H2: 29 December; H3: 18 January; H4: 11 February (Vidal only). HI wines differed from H3 and H4 wines in both Vidal and Riesling for aroma compounds and sensory profiles. - Three·CL [control (fully cropped), cluster thin at fruit set to one basal cluster/shoot (TFS), and cluster thin at veraison to one basal cluster/shoot (TV)] were evaluated for Riesling and Vidal cultivars over two seasons. Vidal icewines had the highest concentration of aroma compounds in the control and TV icewines in 2003 and in TFS icewines in 2004. In Riesling, most aroma compounds had the highest concentration in the TV icewines and the lowest concentration in the TFS wine for both years. The thinned treatments were associated with almost all of the sensory attributes in both cultivars, both years. HD and CL affected the chemical variables, aroma compounds and sensory properties of Vidal and Riesling icewines and freeze/thaw events changed their sensory profile. The most odour-potent compounds were p-damascenone, cis-rose oxide, 1- octen-3-ol, 4-vinylguaiacol, ethyl octanoate, and ethyl hexanoate. The role of Pdamascenone as a marker compound for icewine requires further investigation. This research provides a strong foundation for the understanding the odour-active volatiles and sensory profiles important to icewine.

The Effect of Public Spending on Consumption: Reconciling Theory and Evidence

Recent empirical evidence from vector autoregressions (VARs) suggests that public spending shocks increase (crowd in) private consumption. Standard general equilibrium models predict the opposite. We show that a standard real business cycle (RBC) model in which public spending is chosen optimally can rationalize the crowding-in effect documented in the VAR literature. When such a model is used as a data-generating process, a VAR estimated using the artificial data yields a positive consumption response to an increase in public spending, consistent with the empirical findings. This result holds regardless of whether private and public purchases are complements or substitutes.

La délocalisation et son impact sur les employés transférés: une étude de cas dans le secteur des services

Les transformations économiques visant la création d’un marché mondial unique, le progrès technologique et la disponibilité d’une main-d’œuvre qualifiée dans les pays à bas salaire amènent les dirigeants des entreprises à réexaminer l’organisation et la localisation de leurs capacités productives de façon à en accroître la flexibilité qui est, selon plusieurs, seule garante de la pérennité de l’organisation (Atkinson, 1987; Patry, 1994; Purcell et Purcell, 1998; Kennedy 2002; Kallaberg, Reynolds, Marsden, 2003; Berger, 2006). Une stratégie déployée par les entreprises pour parvenir à cette fin est la délocalisation (Kennedy, 2002; Amiti et Wei, 2004; Barthélemy, 2004; Trudeau et Martin, 2006; Olsen, 2006). La technologie, l’ouverture des marchés et l’accès à des bassins nouveaux de main-d’œuvre qualifiée rendent possible une fragmentation de la chaîne de production bien plus grande qu’auparavant, et chaque maillon de cette chaîne fait l’objet d’un choix de localisation optimale (Hertveldt et al., 2005). Dans ces conditions, toutes les activités qui ne requièrent aucune interaction complexe ou physique entre collègues ou entre un employé et un client, sont sujettes à être transférées chez un sous-traitant, ici ou à l’étranger (Farrell, 2005). La plupart des recherches traitant de l’impartition et des délocalisations se concentrent essentiellement sur les motivations patronales d’y recourir (Lauzon-Duguay, 2005) ou encore sur les cas de réussites ou d’échecs des entreprises ayant implanté une stratégie de cette nature (Logan, Faught et Ganster, 2004). Toutefois, les impacts sur les employés de telles pratiques ont rarement été considérés systématiquement dans les recherches (Benson, 1998; Kessler, Coyle-Shapiro et Purcell, 1999; Logan et al., 2004). Les aspects humains doivent pourtant être considérés sérieusement, car ils sont à même d’être une cause d’échec ou de réussite de ces processus. La gestion des facteurs humains entourant le processus de délocalisation semble jouer un rôle dans l’impact de l’impartition sur les employés. Ainsi, selon Kessler et al. (1999), la façon dont les employés perçoivent la délocalisation serait influencée par trois facteurs : la manière dont ils étaient gérés par leur ancien employeur (context), ce que leur offre leur nouvel employeur (pull factor) et la façon dont ils sont traités suite au transfert (landing). La recherche vise à comprendre l’impact de la délocalisation d’activités d’une entreprise sur les employés ayant été transférés au fournisseur. De façon plus précise, nous souhaitons comprendre les effets que peut entraîner la délocalisation d’une entreprise « source » (celle qui cède les activités et les employés) à une entreprise « destination » (celle qui reprend les activités cédées et la main-d’œuvre) sur les employés transférés lors de ce processus au niveau de leur qualité de vie au travail et de leurs conditions de travail. Plusieurs questions se posent. Qu’est-ce qu’un transfert réussi du point de vue des employés? Les conditions de travail ou la qualité de vie au travail sont-elles affectées? À quel point les aspects humains influencent-t-ils les effets de la délocalisation sur les employés? Comment gérer un tel transfert de façon optimale du point de vue du nouvel employeur? Le modèle d’analyse est composé de quatre variables. La première variable dépendante (VD1) de notre modèle correspond à la qualité de vie au travail des employés transférés. La seconde variable dépendante (VD2) correspond aux conditions de travail des employés transférés. La troisième variable, la variable indépendante (VI) renvoie à la délocalisation d’activités qui comporte deux dimensions soit (1) la décision de délocalisation et (2) le processus d’implantation. La quatrième variable, la variable modératrice (VM) est les aspects humains qui sont examinés selon trois dimensions soit (1) le contexte dans l’entreprise « source » (Context), (2) l’attrait du nouvel employeur (pull factor) et (3) la réalité chez le nouvel employeur (landing). Trois hypothèses de recherche découlent de notre modèle d’analyse. Les deux premières sont à l’effet que la délocalisation entraîne une détérioration de la qualité de vie au travail (H1) et des conditions de travail (H2). La troisième hypothèse énonce que les aspects humains ont un effet modérateur sur l’impact de la délocalisation sur les employés transférés (H3). La recherche consiste en une étude de cas auprès d’une institution financière (entreprise « source ») qui a délocalisé ses activités technologiques à une firme experte en technologies de l’information (entreprise « destination »). Onze entrevues semi-dirigées ont été réalisées avec des acteurs-clés (employés transférés et gestionnaires des deux entreprises). Les résultats de la recherche indiquent que la délocalisation a de façon générale un impact négatif sur les employés transférés. Par contre, cette affirmation n’est pas généralisable à tous les indicateurs étudiés de la qualité de vie au travail et des conditions de travail. Les résultats mettent en évidence des conséquences négatives en ce qui a trait à la motivation intrinsèque au travail, à l’engagement organisationnel ainsi qu’à la satisfaction en lien avec l’aspect relationnel du travail. La délocalisation a également entraîné une détérioration des conditions de travail des employés transférés soit au niveau de la sécurité d’emploi, du contenu et de l’évaluation des tâches, de la santé et sécurité au travail et de la durée du travail. Mais, d’après les propos des personnes interviewées, les conséquences les plus importantes sont sans aucun doute au niveau du salaire et des avantages sociaux. Les conséquences de la délocalisation s’avèrent par contre positives lorsqu’il est question de l’accomplissement professionnel et de la satisfaction de l’aspect technique du travail. Au niveau de la confiance interpersonnelle au travail, l’organisation du travail, la formation professionnelle ainsi que les conditions physiques de l’emploi, les effets ne semblent pas significatifs d’après les propos recueillis lors des entrevues. Enfin, les résultats mettent en évidence l’effet modérateur significatif des aspects humains sur les conséquences de la délocalisation pour les employés transférés. L’entreprise « source » a tenté d’amoindrir l’impact de la délocalisation, mais ce ne fut pas suffisant. Comme les employés étaient fortement attachés à l’entreprise « source » et qu’ils ne désiraient pas la quitter pour une entreprise avec une culture d’entreprise différente qui leur paraissait peu attrayante, ces dimensions des aspects humains ont en fait contribué à amplifier les impacts négatifs de la délocalisation, particulièrement sur la qualité de vie au travail des employés transférés. Mots clés : (1) délocalisation, (2) impartition, (3) transfert d’employés, (4) qualité de vie au travail, (5) conditions de travail, (6) technologies de l’information, (7) entreprise, (8) gestion des ressources humaines.

Analytical strategies for the comprehensive profiling of histone post translational modifications by mass spectrometry and implications for functional analyses

Le long bio-polymère d'ADN est condensé à l’intérieur du noyau des cellules eukaryotes à l'aide de petites protéines appelées histones. En plus de leurs fonctions condensatrices,ces histones sont également la cible de nombreuses modifications post-traductionnelles(MPT), particulièrement au niveau de leur section N-terminale. Ces modifications réversibles font partie d’un code d’histones épi-génétique transmissible qui orchestre et module dynamiquement certains événements impliquant la chromatine, tels l’activation et la désactivation de gènes ainsi que la duplication et la réparation d’ADN. Ces modifications sont impliquées subséquemment dans la signalisation et la progression de cancers, tels que la leucémie. En conséquence, l'élucidation des modifications d’histones est importante pour comprendre leurs fonctions biologiques. Une méthodologie analytique a été mise au point en laboratoire pour isoler, détecter, et quantifier les MPT d’histones en utilisant une approche rapide à deux volets à l’aide d’outils bioinformatiques spécialisés. La méthodologie développée en laboratoire a été validée en utilisant des histones de souche sauvage ainsi que deux types d’histones mutants déficients en enzymes acétyltransferase. Des trois sources d’histones utilisées, la seule MPT qui a démontré un changement significatif est l’acétylation de l’histone H3 à lysine 56 (H3K56ac). L’expression et la stoechiométrie de cette MPT, issue de cellules de souche sauvage et de cellules mutantes, ont été déterminées avec précision et comparées. Les fonctions de balayage polyvalentes d'un instrument à trappe ionique quadrupôle linéaire hybride ont été utilisées pour améliorer la détection de protéines intactes. Le mode de balayage « enhanced multiply charged » (EMC) a été modifié pour contenir et détecter les ions de protéines intactes situées dans la trappe ionique linéaire. Ce mode de balayage nommé « targeted EMC » (tEMC) a permis de quadrupler le niveau de sensibilité (signal/interférence), et quintupler la résolution du mode de balayage conventionnel. De plus, la capacité de séparation des charges du tEMC a réduit de façon significative les effets de « space charge » dans la trappe ionique linéaire. La résolution supérieure du mode tEMC a permis de différencier plusieurs isoformes modifiées, particulièrement pour l’histone H3. L’analyse des peptides d’histones trypsiques à l’aide du mode de balayage « MRM » a permis le séquençage et la quantification de MPT avec un haut degré de précision. La seule MPT qui était sous-exprimée entre l’histone de souche sauvage et le mutant DOT1L fut la méthylation de l’histone H3 lysine 79(H3K79me1). Les effets de deux inhibiteurs d’enzymes HDAC (HDACi) sur l’expression de MPT d’histone ont été évalués en utilisant la méthodologie analytique mentionnée. Les histones extraites de cellules normales et cancéreuses ont été exposées à du Vorinostat(SAHA) ou du Entinostat (MS-275) pour une période de 24 à 72 heures. Deux histones furent principalement affectées, soit H3 et H4. Étonnamment, les mêmes effets n'ont pas été détectés lorsque les cellules normales ont été traitées avec le HDACi pour une période de 48 à 72 heures. Une méthode absolue de quantification avec une courbe d’étalonnage a été développée pour le peptide H3K56ac. Contrairement à certaines publications, nos résultats démontrent que cette MPT est présente dans les cellules mammifères avec une stoechiométrie très basse (< 0,1%) et n'est pas surexprimée de façon significative après le traitement au HDACi.

Implication de DC-SIGN et DC-SIGNR dans la transmission mère-enfant du VIH-1

La transmission mère-enfant du VIH-1 (TME) représente le principal mode d’infection chez l’enfant et se produit durant la grossesse (in utero, IU), l’accouchement (intrapartum, IP) ou l’allaitement (postpartum, PP). Les mécanismes qui sous-tendent le passage du VIH-1 à travers le placenta et les muqueuses intestinales du nouveau-né sont encore très peu décrits. « Dendritic cell-specific ICAM-grabbing non-integrin » (DC-SIGN) et son homologue DC-SIGN « related » (DC-SIGNR) sont des récepteurs d’antigènes exprimés au niveau du placenta et capables de capter et de transmettre le VIH-1 aux cellules adjacentes. Ils pourraient donc participer au passage trans placentaire du VIH-1 et le polymorphisme génétique affectant l’expression ou modifiant l’interaction avec le virus aurait une influence sur la TME du VIH-1. Afin d’explorer cette hypothèse, nous avons procédé à une analyse exhaustive du polymorphisme de DC-SIGN et DC-SIGNR dans la population du Zimbabwe. Par la suite, nous avons déterminé l’association entre le polymorphisme de DC-SIGN et DC-SIGNR et la TME du VIH-1 dans une cohorte d’enfants nés de mères VIH-positives à Harare, au Zimbabwe. Enfin, nous avons défini l’impact fonctionnel des mutations associées. Les enfants homozygotes pour les haplotypes H1 et H3 dans le gène de DC-SIGNR sont 4 à 6 fois plus à risque de contracter le VIH-1 par voie IU et IP. H1 et H3 contiennent la mutation du promoteur p-198A et la mutation de l’intron 2, int2-180A, et des études fonctionnelles nous ont permis de démontrer que p-198A diminue l’activité transcriptionnelle du promoteur de DC-SIGNR et l’expression des transcrits d’ARNm dans le placenta, alors que int2-180A modifie le répertoire d’isoformes de DC-SIGNR vers une proportion diminuée d’isoformes membranaires. Les enfants porteurs des haplotypes H4 et H6 de DC-SIGN sont 2 à 6 fois plus à risque de contracter le VIH-1 par voie IU. Ces haplotypes contiennent deux mutations du promoteur (p-336T/C et p-201C/A) et quatre mutations codant pour un changement d’acide aminé dans l’exon 4 (R198Q, E214D, R221Q ou L242V) associées à un risque augmenté de transmission IU, IP et PP du VIH-1. Des études fonctionnelles ont démontré que les mutations du promoteur diminuent l’expression de DC-SIGN dans les macrophages placentaires. Toutefois, l’exposition IU au VIH-1 module le niveau d’expression de DC-SIGN, résultant en des niveaux d’expression similaires entre les macrophages des porteurs des allèles sauvages et mutés. Les mutations de l’exon 4 augmentent l’affinité de DC-SIGN pour le VIH-1 et sa capacité à capturer et à transmettre le virus aux lymphocytes T, favorisant possiblement la dissémination du VIH-1 à travers le placenta. L’association entre les mutations de DC-SIGN et la transmission IP et PP du VIH-1 suggèrent qu’il aurait aussi un rôle à jouer dans les muqueuses intestinales de l’enfant. Notre étude démontre pour la première fois l’implication de DC-SIGN et DC-SIGNR dans la TME du VIH-1. L’augmentation des capacités de capture et de transmission de DC-SIGN résulte en une susceptibilité accrue de l’enfant à l’infection au VIH-1 et concorde avec un rôle dans la dissémination transplacentaire. Toutefois, la diminution préférentielle des transcrits membranaires de DC-SIGNR au placenta augmente la TME du VIH-1 et laisse croire à son implication via un autre mécanisme. Ces mécanismes pourraient aussi s’appliquer à d’autres pathogènes reconnus par DC-SIGN et DC-SIGNR et transmis de la mère à l’enfant.

Identification de facteurs nucléaires modifiant l'activité des cellules souches hématopoïétiques

Les cellules souches hématopoïétiques (CSH) sont rares, mais indispensables pour soutenir la production des cellules matures du sang, un tissu en constant renouvellement. Deux caractéristiques principales les définissent; la propriété d’auto-renouvellement (AR), ou la capacité de préserver leur identité cellulaire suivant une division, et la multipotence, ce potentiel de différentiation leur permettant de générer toutes les lignée hématopoïétiques. De par leurs attributs, les CSH sont utilisée en thérapie cellulaire dans le domaine de la transplantation. Une organisation tissulaire hiérarchique est aussi préservée dans la leucémie, ou cancer du sang, une masse tumorale hétérogène devant être maintenue par une fraction de cellules au potentiel prolifératif illimité, les cellules souches leucémiques (CSL). Les travaux présentés dans ce manuscrit visent à explorer les bases moléculaires de l’AR, encore mal définies. Certains membres de la famille des facteurs de transcription à homéodomaine HOX sont impliqués dans la régulation de l’hématopoïèse normale, et leur dérégulation peut contribuer à la transformation leucémique. En particulier, la surexpression du gène Hoxb4 dans les CSH influence leur destin cellulaire, favorisant des divisions d’auto-renouvellement et leur expansion en culture et in vivo. En général, les CSH s’épuisent rapidement lorsque maintenue hors de leur niche ex vivo. Différents facteurs interagissent avec les HOX et modulent leur liaison à l’ADN, dont la famille des protéines TALE (Three Amino acid Loop Extension), comme MEIS1 et PBX1. En utilisant une stratégie de surexpression combinée de Hoxb4 et d’un anti-sens de Pbx1 dans les CSH, générant ainsi des cellules Hoxb4hiPbx1lo, il est possible de majorer encore d’avantage leur potentiel d’AR et leur expansion in vitro. Les CSH Hoxb4hiPbx1lo demeurent fonctionnellement intactes malgré une modulation extrême de leur destin cellulaire en culture. Les niveaux d’expressions de facteurs nucléaires, seules ou en combinaison, peuvent donc s’avérer des déterminants majeurs du destin des CSH. Afin d’identifier d’autres facteurs nucléaires potentiellement impliqués dans le processus d’AR des CSH, une stratégie permettant d’évaluer simultanément plusieurs gènes candidats a été élaborée. Les progrès réalisés en termes de purification des CSH et de leur culture en micro-puits ont facilité la mise au point d’un crible en RNAi (interférence de l’ARN), mesurant l’impact fonctionnel d’une diminution des niveaux de transcrits d’un gène cible sur l’activité des CSH. Les candidats sélectionnés pour cette étude font partie du grand groupe des modificateurs de la chromatine, plus précisément la famille des histones déméthylases (HDM) contenant un domaine catalytique Jumonji. Ce choix repose sur la fonction régulatrice de plusieurs membres de complexes méthyl-transférases sur l’AR des CSH, dont l’histone méthyl-transférases MLL (Mixed Lineage Leukemia). Cette stratégie a aussi été utilisée dans le laboratoire pour étudier le rôle de facteurs d’asymétrie sur le destin des CSH, en collaboration. Ces études ont permis d’identifier à la fois des régulateurs positifs et négatifs de l’activité des CSH. Entre autre, une diminution de l’expression du gène codant pour JARID1B, une HDM de la lysine 4 de l’histone H3 (H3K4), augmente l’activité des CSH et s’accompagne d’une activation des gènes Hox. En conclusion, divers déterminants nucléaires, dont les facteurs de transcription et les modificateurs de la chromatine peuvent influencer le destin des CSH. Les mécanismes sous-jacents et l’identification d’autres modulateurs de l’AR demeurent des voies à explorer, pouvant contribuer éventuellement aux stratégies d’expansion des CSH ex vivo, et l’identification de cibles thérapeutiques contre les CSL. Mots-clés : cellules souches hématopoïétiques, Hoxb4, Pbx1, auto-renouvellement, histone déméthylases, RNAi

Investigation of the structure and dynamics of the centromeric epigenetic mark

Le centromère est le site chromosomal où le kinetochore se forme, afin d’assurer une ségrégation fidèles des chromosomes et ainsi maintenir la ploïdie appropriée lors de la mitose. L’identité du centromere est héritée par un mécanisme épigénétique impliquant une variante de l’histone H3 nommée centromere protein-A (CENP-A), qui remplace l’histone H3 au niveau de la chromatine du centromère. Des erreurs de propagation de la chromatine du centromère peuvent mener à des problèmes de ségrégation des chromosomes, pouvant entraîner l’aneuploïdie, un phénomène fréquemment observé dans le cancer. De plus, une expression non-régulée de CENP-A a aussi été rapportée dans différentes tumeurs humaines. Ainsi, plusieurs études ont cherchées à élucider la structure et le rôle de la chromatine contenant CENP-A dans des cellules en prolifération. Toutefois, la nature moléculaire de CENP-A en tant que marqueur épigénétique ainsi que ces dynamiques à l'extérieur du cycle cellulaire demeurent des sujets débat. Dans cette thèse, une nouvelle méthode de comptage de molécules uniques à l'aide de la microscopie à réflexion totale interne de la fluorescence (TIRF) sera décrite, puis exploitée afin d'élucider la composition moléculaire des nucléosomes contenant CENP-A, extraits de cellules en prolifération. Nous démontrons que les nucléosomes contenant CENP-A marquent les centromères humains de façon épigénétique à travers le cycle cellulaire. De plus, nos données démontrent que la forme prénucléosomale de CENP-A, en association avec la protéine chaperon HJURP existe sous forme de monomère et de dimère, ce qui reflète une étape intermédiaire de l'assemblage de nucléosomes contenant CENP-A. Ensuite, des analyses quantitatives de centromères lors de différenciation myogénique, et dans différents tissus adultes révèlent des changements globaux qui maintiennent la marque épigénétique dans une forme inactive suite à la différentiation terminale. Ces changements incluent une réduction du nombre de points focaux de CENP-A, un réarrangement des points dans le noyau, ainsi qu'une réduction importante de la quantité de CENP-A. De plus, nous démontrons que lorsqu'une dédifférenciation cellulaire est induite puis le cycle cellulaire ré-entamé, le phénotype "différencié" décrit ci-haut est récupéré, et les centromères reprennent leur phénotype "prolifératif". En somme, cet oeuvre décrit la composition structurale sous-jacente à l'identité épigénétique des centromères de cellules humaines lors du cycle cellulaire, et met en lumière le rôle de CENP-A à l'extérieur du cycle cellulaire.