Uma proposta de desenvolvimento de laboratório remoto de automação e acionamento de máquinas elétricas para uso didático, utilizando software open source

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

REDATAM informa, diciembre 2001

Incluye Bibliografía

REDATAM informa, diciembre 2004

Incluye Bibliografía

REDATAM informa, diciembre 2005

Incluye Bibliografía

Método da árvore temporal modificada aplicado à análise de impactos ambientais: um estudo de caso

Pós-graduação em Geociências e Meio Ambiente - IGCE

Desenvolvimento de um aplicativo para processamento de imagens obtidas por fotografias aéreas

Pós-graduação em Agronomia (Energia na Agricultura) - FCA

Desenvolvimento de um aplicativo para processamento de imagens obtidas por fotografias aéreas

Pós-graduação em Agronomia (Energia na Agricultura) - FCA

SIS: a program to generate draft genome sequence scaffolds for prokaryotes

Background: Decreasing costs of DNA sequencing have made prokaryotic draft genome sequences increasingly common. A contig scaffold is an ordering of contigs in the correct orientation. A scaffold can help genome comparisons and guide gap closure efforts. One popular technique for obtaining contig scaffolds is to map contigs onto a reference genome. However, rearrangements that may exist between the query and reference genomes may result in incorrect scaffolds, if these rearrangements are not taken into account. Large-scale inversions are common rearrangement events in prokaryotic genomes. Even in draft genomes it is possible to detect the presence of inversions given sufficient sequencing coverage and a sufficiently close reference genome. Results: We present a linear-time algorithm that can generate a set of contig scaffolds for a draft genome sequence represented in contigs given a reference genome. The algorithm is aimed at prokaryotic genomes and relies on the presence of matching sequence patterns between the query and reference genomes that can be interpreted as the result of large-scale inversions; we call these patterns inversion signatures. Our algorithm is capable of correctly generating a scaffold if at least one member of every inversion signature pair is present in contigs and no inversion signatures have been overwritten in evolution. The algorithm is also capable of generating scaffolds in the presence of any kind of inversion, even though in this general case there is no guarantee that all scaffolds in the scaffold set will be correct. We compare the performance of SIS, the program that implements the algorithm, to seven other scaffold-generating programs. The results of our tests show that SIS has overall better performance. Conclusions: SIS is a new easy-to-use tool to generate contig scaffolds, available both as stand-alone and as a web server. The good performance of SIS in our tests adds evidence that large-scale inversions are widespread in prokaryotic genomes.

A clustering method for robust and reliable large scale functional and structural protein sequence annotation

Bioinformatics, in the last few decades, has played a fundamental role to give sense to the huge amount of data produced. Obtained the complete sequence of a genome, the major problem of knowing as much as possible of its coding regions, is crucial. Protein sequence annotation is challenging and, due to the size of the problem, only computational approaches can provide a feasible solution. As it has been recently pointed out by the Critical Assessment of Function Annotations (CAFA), most accurate methods are those based on the transfer-by-homology approach and the most incisive contribution is given by cross-genome comparisons. In the present thesis it is described a non-hierarchical sequence clustering method for protein automatic large-scale annotation, called “The Bologna Annotation Resource Plus” (BAR+). The method is based on an all-against-all alignment of more than 13 millions protein sequences characterized by a very stringent metric. BAR+ can safely transfer functional features (Gene Ontology and Pfam terms) inside clusters by means of a statistical validation, even in the case of multi-domain proteins. Within BAR+ clusters it is also possible to transfer the three dimensional structure (when a template is available). This is possible by the way of cluster-specific HMM profiles that can be used to calculate reliable template-to-target alignments even in the case of distantly related proteins (sequence identity < 30%). Other BAR+ based applications have been developed during my doctorate including the prediction of Magnesium binding sites in human proteins, the ABC transporters superfamily classification and the functional prediction (GO terms) of the CAFA targets. Remarkably, in the CAFA assessment, BAR+ placed among the ten most accurate methods. At present, as a web server for the functional and structural protein sequence annotation, BAR+ is freely available at http://bar.biocomp.unibo.it/bar2.0.

Piattaforme di supporto per applicazioni mobili iOS in servizi e-Commerce basati su PrestaShop

Questa tesi è strutturata in due parti per un totale di quattro capitoli. La prima parte, formata dai primi due, analizza il sistema operativo iOS e il linguaggio di programmazione Objective-C. La seconda parte, formata dai restanti, è incentrata sullo sviluppo di un framework per iOS che permetta ad un'app di interagire con la piattaforma di commercio elettronico Prestashop. In particolare, verranno studiate l’architettura del framework ed i suoi elementi, ed infine analizzate le sue performance a tempo di esecuzione.

Un'infrastruttura distribuita per l'acquisizione e la visualizzazione interattiva dei dati dell'LHC

Questo progetto di tesi è lo sviluppo di un sistema distribuito di acquisizione e visualizzazione interattiva di dati. Tale sistema è utilizzato al CERN (Organizzazione Europea per la Ricerca Nucleare) al fine di raccogliere i dati relativi al funzionamento dell'LHC (Large Hadron Collider, infrastruttura ove avvengono la maggior parte degli esperimenti condotti al CERN) e renderli disponibili al pubblico in tempo reale tramite una dashboard web user-friendly. L'infrastruttura sviluppata è basata su di un prototipo progettato ed implementato al CERN nel 2013. Questo prototipo è nato perché, dato che negli ultimi anni il CERN è diventato sempre più popolare presso il grande pubblico, si è sentita la necessità di rendere disponibili in tempo reale, ad un numero sempre maggiore di utenti esterni allo staff tecnico-scientifico, i dati relativi agli esperimenti effettuati e all'andamento dell'LHC. Le problematiche da affrontare per realizzare ciò riguardano sia i produttori dei dati, ovvero i dispositivi dell'LHC, sia i consumatori degli stessi, ovvero i client che vogliono accedere ai dati. Da un lato, i dispositivi di cui vogliamo esporre i dati sono sistemi critici che non devono essere sovraccaricati di richieste, che risiedono in una rete protetta ad accesso limitato ed utilizzano protocolli di comunicazione e formati dati eterogenei. Dall'altro lato, è necessario che l'accesso ai dati da parte degli utenti possa avvenire tramite un'interfaccia web (o dashboard web) ricca, interattiva, ma contemporaneamente semplice e leggera, fruibile anche da dispositivi mobili. Il sistema da noi sviluppato apporta miglioramenti significativi rispetto alle soluzioni precedentemente proposte per affrontare i problemi suddetti. In particolare presenta un'interfaccia utente costituita da diversi widget configurabili, riuitilizzabili che permettono di esportare i dati sia presentati graficamente sia in formato "machine readable". Un'alta novità introdotta è l'architettura dell'infrastruttura da noi sviluppata. Essa, dato che è basata su Hazelcast, è un'infrastruttura distribuita modulare e scalabile orizzontalmente. È infatti possibile inserire o rimuovere agenti per interfacciarsi con i dispositivi dell'LHC e web server per interfacciarsi con gli utenti in modo del tutto trasparente al sistema. Oltre a queste nuove funzionalità e possbilità, il nostro sistema, come si può leggere nella trattazione, fornisce molteplici spunti per interessanti sviluppi futuri.

Playing with the Real World

In this paper we provide a framework that enables the rapid development of applications using non-standard input devices. Flash is chosen as programming language since it can be used for quickly assembling applications. We overcome the difficulties of Flash to access external devices by introducing a very generic concept: The state information generated by input devices is transferred to a PC where a program collects them, interprets them and makes them available on a web server. Application developers can now integrate a Flash component that accesses the data stored in XML format and directly use it in their application.

Virtual Learning Environments In Faculties Of Education In Spain: Changes On Student Attitude

This paper presents some results of a R+D project entitled “e-Learning system for Practical Training of University students in Education Faculties (ForELearn)”, developed in Spain by the Universidad de Granada and the Universidad Politécnica de Madrid and funded by the Spanish Ministry of Education. In a first phase, through the use of AulaWeb Learning Management System, a set of adaptations and improvements of this software application have been done for the design and development of an experimental course of Practicum supervision. Next, the implementation of this course by means of a group of face to face and online seminars provides experimental data for the analysis and discussion about the point of view of users (preservice teachers) that have tracked their practice supervision with AulaWeb.

Los determinantes del desarrollo local. Un estudio de caso en Chiapas,México

Aunque existe consenso a nivel conceptual sobre la importancia del desarrollo local y sus elementos clave, como la potenciación de las capacidades locales y la participación; no lo hay respecto a cómo llevarlo a la práctica. Una de las propuestas más recientes es el desarrollo local en red, el cual fomenta la colaboración de las dependencias gubernamentales con los actores del territorio; su validez depende de identificar los factores determinantes para lograr el desarrollo local e incorporar las lecciones surgidas de las experiencias de sus aplicaciones. En el presente artículo se tuvo como objetivo identificar los factores determinantes para el desarrollo local en red, para lo cual se analizó un estudio de caso de desarrollo local en los Altos de Chiapas, donde se utilizaron como ejes de análisis los especificados por la iniciativa Europea LEADER. Los resultados muestran que los factores de éxito más importantes en el caso estudiado, son la creación de un grupo de acción local y la descentralización financiera, ya que ambos determinaron el alcance de otros factores secundarios. El eje enfoque integral y multisectorial de las acciones de desarrollo es una de las áreas de oportunidad más interesantes en el caso estudiado.