A complete molecular biology assay for hepatitis C virus detection, quantification and genotyping

Introduction Molecular biology procedures to detect, genotype and quantify hepatitis C virus (HCV) RNA in clinical samples have been extensively described. Routine commercial methods for each specific purpose (detection, quantification and genotyping) are also available, all of which are typically based on polymerase chain reaction (PCR) targeting the HCV 5′ untranslated region (5′UTR). This study was performed to develop and validate a complete serial laboratory assay that combines real-time nested reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) and restriction fragment length polymorphism (RFLP) techniques for the complete molecular analysis of HCV (detection, genotyping and viral load) in clinical samples. Methods Published HCV sequences were compared to select specific primers, probe and restriction enzyme sites. An original real-time nested RT-PCR-RFLP assay was then developed and validated to detect, genotype and quantify HCV in plasma samples. Results The real-time nested RT-PCR data were linear and reproducible for HCV analysis in clinical samples. High correlations (> 0.97) were observed between samples with different viral loads and the corresponding read cycle (Ct - Cycle threshold), and this part of the assay had a wide dynamic range of analysis. Additionally, HCV genotypes 1, 2 and 3 were successfully distinguished using the RFLP method. Conclusions A complete serial molecular assay was developed and validated for HCV detection, quantification and genotyping.

A public transport bus assignment problem: parallel metaheuristics assessment

Combinatorial Optimization Problems occur in a wide variety of contexts and generally are NP-hard problems. At a corporate level solving this problems is of great importance since they contribute to the optimization of operational costs. In this thesis we propose to solve the Public Transport Bus Assignment problem considering an heterogeneous fleet and line exchanges, a variant of the Multi-Depot Vehicle Scheduling Problem in which additional constraints are enforced to model a real life scenario. The number of constraints involved and the large number of variables makes impracticable solving to optimality using complete search techniques. Therefore, we explore metaheuristics, that sacrifice optimality to produce solutions in feasible time. More concretely, we focus on the development of algorithms based on a sophisticated metaheuristic, Ant-Colony Optimization (ACO), which is based on a stochastic learning mechanism. For complex problems with a considerable number of constraints, sophisticated metaheuristics may fail to produce quality solutions in a reasonable amount of time. Thus, we developed parallel shared-memory (SM) synchronous ACO algorithms, however, synchronism originates the straggler problem. Therefore, we proposed three SM asynchronous algorithms that break the original algorithm semantics and differ on the degree of concurrency allowed while manipulating the learned information. Our results show that our sequential ACO algorithms produced better solutions than a Restarts metaheuristic, the ACO algorithms were able to learn and better solutions were achieved by increasing the amount of cooperation (number of search agents). Regarding parallel algorithms, our asynchronous ACO algorithms outperformed synchronous ones in terms of speedup and solution quality, achieving speedups of 17.6x. The cooperation scheme imposed by asynchronism also achieved a better learning rate than the original one.

Estudo de implementação da NP EN ISO 22000:2005 na Cooperativa de Olivicultores de Fátima, C. R.L.

O conceito de “Segurança Alimentar” faz sentido no momento em que o ser humano tem consciência de que o que ingere deve ser inócuo para a sua saúde e bem-estar. Para dar resposta a esta preocupação global, a indústria alimentar teve necessidade de adotar diretrizes orientadoras para a produção de alimentos seguros. Em consequência disso, surgiram as normas para os Sistemas de Gestão da Segurança Alimentar (SGSA) e a sua implementação é hoje em dia um elemento fundamental para a competitividade da empresa e dos produtos que comercializa. O trabalho desenvolvido na presente dissertação visa o estudo da implementação de um Sistema de Gestão da Segurança Alimentar com base no referencial de certificação NP EN ISO 22000:2005, na Cooperativa de Olivicultores de Fátima C. R. L.. A implementação de um sistema de gestão e a sua posterior certificação, é uma mais-valia para uma empresa. Ao obter a certificação, obtêm-se reconhecimento e satisfação dos clientes e outras partes interessadas, melhoria da imagem e prestigio, acesso a novos mercados, redução de custos de funcionamento através da melhoria do desempenho operacional e uma nova cultura com a sensibilização e motivação dos colaboradores, orientada para a melhoria continua e para a satisfação dos clientes e outras partes interessadas. Tendo por base os Códigos de Boas-práticas e HACCP existentes, fez-se a revisão e atualização de todo o sistema. Reapreciou-se o processo de fabrico e reavaliaram-se os pontos críticos. Reviram-se os Programas Pré-requisitos e melhorou-se o sistema HACCP. Os SGSA têm uma elevada relevância nas organizações associadas ao sector alimentar também nas indústrias produtoras de azeite, uma vez que estas devem implementar metodologias capazes de assegurar que os perigos para a saúde dos consumidores são eliminados ou reduzidos a níveis aceitáveis. Os principais perigos na indústria do azeite numa fase inicial são a presença de microrganismos patogénicos e parasitas da azeitona (Ex.: Bactrocera oleae) que se podem desenvolver devido ao excessivo tempo de espera até à operação ou por temperaturas inadequadas, podendo este perigo ser resolvido através do controlo na receção, de fornecedores, e do tempo de operação; boas práticas de fabrico e formação do pessoal. A presença de folhas, terra, pedras e metais diversos é outro dos perigos mais frequentes que são contornados através do controlo na receção; inspeção visual; avaliação dos fornecedores, limpeza e lavagem das azeitonas. Ao longo da produção e embalamento os principais perigos são os resíduos de produtos de higienização, incorporação de partículas estranhas ou restos de sujidade e a contaminação química por resíduos de massas e óleos de lubrificação, perigos estes que são colmatados através de boas práticas de fabrico; plano de higiene e de manutenção dos equipamentos e do uso de lubrificantes homologados para a indústria alimentar.

Desenvolvimento de ferramenta vocacionada para o dimensionamento de estruturas metálicas de acordo com a NP EN 1993-1-1

Trabalho desenvolvido em parceria com a empresa Casais.

Desenvolvimento de ferramenta vocacionada para o dimensionamento de estruturas metálicas de acordo com a NP EN 1993-1-1

Dissertação de mestrado integrado em Engenharia Civil

Heart transplant in a patient with complete absence of the pericardium

We report the case of a heart transplant in which the recipient patient had a total congenital absence of the pericardium. Associated with this, we found a major disproportion between the size of the recipient's mediastinal cavity and the size of the donor's heart. To prevent twisting of the great arteries, we placed the graft on the left diaphragm muscle and beneath the left lung, which resulted in an uneventful early and late postoperative course.

Requisitos de gestão e técnicos no Laboratório de Análises das Águas do Porto à luz da norma NP EN ISO-IEC 17025

Dissertação de mestrado em Técnicas de Caracterização e Análise Química

L'Illustration horticole : journal spécial des serres et des jardins, ou choix raisonné des plantes les plus intérressantes sous le rapport ornemental, comprenant leur histoire complete, leur description comparée, leur figure et leur culture /

v.1 (1854)

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v.2 (1855)

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v.3 (1856)

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v.4 (1857)

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v.5 (1858)

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v.6 (1859)

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v.7 (1860)

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v.8 (1861)