Biophysical models of larval dispersal in the Benguela Current ecosystem

We synthesise and update results from the suite of biophysical, larval-dispersal models developed in the Benguela Current ecosystem. Biophysical models of larval dispersal use outputs of physical hydrodynamic models as inputs to individual-based models in which biological processes acting during the larval life are included. In the Benguela, such models were first applied to simulate the dispersal of anchovy Engraulis encrasicolus and sardine Sardinops sagax ichthyoplankton, and more recently of the early life stages of chokka-squid Loligo reynaudii and Cape hakes Merluccius spp. We identify how the models have helped advance understanding of key processes for these species. We then discuss which aspects of the early life of marine species in the Benguela Current ecosystem are still not well understood and could benefit from new modelling studies.

Novel tools for conservation genomics: comparing two high-throughput approaches for SNP discovery in the transcriptome of the European hake

The growing accessibility to genomic resources using next-generation sequencing (NGS) technologies has revolutionized the application of molecular genetic tools to ecology and evolutionary studies in non-model organisms. Here we present the case study of the European hake (Merluccius merluccius), one of the most important demersal resources of European fisheries. Two sequencing platforms, the Roche 454 FLX (454) and the Illumina Genome Analyzer (GAII), were used for Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) discovery in the hake muscle transcriptome. De novo transcriptome assembly into unique contigs, annotation, and in silico SNP detection were carried out in parallel for 454 and GAII sequence data. High-throughput genotyping using the Illumina GoldenGate assay was performed for validating 1,536 putative SNPs. Validation results were analysed to compare the performances of 454 and GAII methods and to evaluate the role of several variables (e.g. sequencing depth, intron-exon structure, sequence quality and annotation). Despite well-known differences in sequence length and throughput, the two approaches showed similar assay conversion rates (approximately 43%) and percentages of polymorphic loci (67.5% and 63.3% for GAII and 454, respectively). Both NGS platforms therefore demonstrated to be suitable for large scale identification of SNPs in transcribed regions of non-model species, although the lack of a reference genome profoundly affects the genotyping success rate. The overall efficiency, however, can be improved using strict quality and filtering criteria for SNP selection (sequence quality, intron-exon structure, target region score).

Quantificação das capturas acessórias e rejeições de arrasto de crustáceos na costa do Algarve

Dissertação mest., Biologia Marinha, Universidade do Algarve, 2009

Aspectos biológicos - pesqueros de los recursos pelágicos. Crucero de evaluación de recursos pelágicos 9502-04 BIC SNP-1 (13 febrero - 05 abril, 1995)

Describe los niveles de abundancia , distribución, concentración y características biológicas de las poblaciones de la anchoveta y sardina a principios de 1995, así como conocer las características del ambiente y su influencia sobre el reclutamiento. La información proviene de las capturas y muestreos biológicos de 129 lances de comprobación ejecutados durante el crucero. La composición por especies estuvo conformada principalmente por anchoveta (Engraulis ringens), sardina (Sardinops sagax sagax), jurel (Trachurus picturatus murphyi) y caballa (Scomber japonicus peruanus). Otras especies fueron el bagre con faja (Galeichthys peruvianus), falso volador (Prionotus stephanophrys), múnida (Pleuroncodes monodon), etc.

Comportamiento alimentario de los principales recursos pelágicos peruanos en verano y comienzos de otoño 1997

Se han analizado 626 contenidos estomacales de "anchoveta peruana" Engraulis ringes, 251 de "caballa" Scomber japonicus peruanus y 206 de "jurel" Trachurus picturatus murphyi, colectados entre lo 5°12 ' a 18°17 'S durante el verano de 1997. El alimento de la anchoveta estuvo compuesto por diatomeas, silicoflagelados, dinoflagelados, tintínidos, copépodos, entre los más importantes. La caballa y el jurel se alimentaron de crustáceos planctónicos destacando los eufáusidos; en la caballa, además e presentaron peces de las familias Engraulidae y Myctophidae. Usando el software MAXIMS se ha calculado la ración diaria de alimentación de la anchoveta en 0,4391 g.dia-1. Respecto a la caballa y al jurel se vienen realizando las primeras observaciones con este software, habiéndose determinado las raciones en 6,4452 g.dia-1 y 2,9129 g.dia-1, respectivamente. La similaridad alimentaria entre los mismos fue calculada utilizando el Índice de JACCARD que permitió observar diferencias sólo en la utilización del ítem anchoveta siendo la caballa la única que la consumió. En líneas generales la composición alimentaria observada corresponde a patrones e años normales.

Distribución, concentración y biomasa de los principales recursos pelágicos durante el verano de 1996. Crucero BIC SNP-1 9602-04

El Crucero 9602-04 se realizó a bordo del BIC SNP-1, del 07 de febrero al 05 de abril de 1996 comprendiendo toda el área de litoral peruano desde la frontera sur (18°17 'S) hasta la frontera norte (03°36 'S) y hasta las 120 mn, con el propósito de evaluar los recursos pelágicos. Se presentan los estimados de biomasa y distribución de los principales recursos pelágicos: anchoveta (Engraulis ringens), sardina (Sardinops sagax sagax), jurel (Trachurus picturatus murphyi) y caballa (Scomber japonicus peruanus). Los estimados de biomasa fueron los siguientes: anchoveta 6,69 x 106 t (16,17%),sardina 2,41 x 106 t (22,62%), jurel 3,08 x 106 t (31,23%) y caballa 2,91 x 106 t (21,4%)

Aspectos biológico pesqueros de los recursos pelágicos durante el verano 1996

La información presentada proviene de las capturas y muestreos biológicos de 133 lances de comprobación ejecutados durante el crucero BIC SNP-1 9602-04; la composición por especies estuvo conformada principalmente por anchoveta (Engraulis ringens) (35,6%), sardina (Sardinops sagax sagax) (0,5%), jurel (Trachurus picturatus murphyi)(12,3%) y caballa (Scomber japonicus peruanus) (2,0%). Otras especies fueron la múnida (Pleuroncodes monodon) (29,2%), el bagre con faja (Galeichthys peruvianus) (2,5%), falso volador (Prionotus stephanophrys) (2,4%) y algunas especies mesopelágicas como Vinciguerria lucetia, el esperlán plateado (Leuroglosus urotranus) y varias especies de la familia Myctophidae; asimismo se registró captura de eufáusidos (10,7%) y otros.

Relaciones tróficas, espectro alimentario y ración de alimentación de las principales especies pelágicas en el verano 1996

Se analiza la dieta de Engraulis ringens, Sardinops sagax sagax, Trachurus picturatus murphyi, Scomber japonicus peruanus durante el verano de 1996. La ración diaria se determinó mediante el modelo de SAINSBURY (1986), utilizando el Software MAXIMS y el espectro alimentario siguiendo lo descrito por HYSLOP (1980). En la anchoveta y sardina los items presa estuvieron compuestos por copépodos de los géneros Centropages, Oncaea, Eucalanus y el crustáceo planctónico Euphausia mucronata entre los más importantes y por los grupos diatomeas, dinoflagelados y silicoflagelados. La fracción zooplanctónica observada durante la época, ha sido superior a la observada en los estudios de serie de tiempo. En las especies jurel y caballa predominaron los crustáceos planctónicos e incluyeron en su dieta peces de las familias Myctophidae y Sciaenidae. No se observaron anchoveta ni sardina, a pesar que, tradicionalmente, estas especies has sido sus presas favoritas. La ración diaria de anchoveta ha sido determinada en 0,97 g.día-1, sardina 14,52 g.día-1, jurel 37,75 g.día-1 y caballa 49,17 g.día-1.

Comportamiento y eficiencia de la red de arrastre pelágico Engel 988/400 en el estudio de recursos pelágicos. Crucero BIC Humboldt 9803-05 de Tumbes a Tacna

Se presentan los resultados del comportamiento de la red de arrastre pelágico modelo alemán Engel 988/400 utilizada para la evaluación de los recursos pelágicos anchoveta (Engraulis ringens), sardina (Sardinops sagax sagax), jurel (Trachurus picturatus murphyi), caballa (Scomber japonicus peruanus) y samasa (Anchoa nasus) durante el Crucero Hidroacústico 9803-05 a bordo del BIC Humboldt entre Caleta La Cruz, Tumbes y Los Palos, Tacna, del 20 de marzo al 7 de mayo 1998. Se determinó la distancia entre puertas, el área de la boca de la red y el volumen de agua filtrada que tuvo la red en los arrastres efectivos de una milla náutica de distancia durante los 144 lances de comprobación, obteniéndose un buen rendimiento; se capturó un total de 39.912,14 kg, correspondiendo para anchoveta 16.838,15 kg, sardina 6.800,74 kg, jurel 1.384 kg, caballa 1.404,58 kg, samasa 8.071,8 kg y otros recursos hidrobiológicos 5.413,48 kg, con un índice de captura (CPUE) de 788,79 kg/h. Los valores de datos de comportamiento de la red como la abertura horizontal de la boca, abertura vertical, profundidad de la red y distancia entre la relinga inferior al fondo, etc., se obtuvo en forma directa por medio de una net sonda FS 900 SIMRAD, los arrastres tuvieron en promedio una duración de de 20,8 minutos con una velocidad de arrastre promedio de 3 nudos.

Distribución de los recursos pesqueros de mayor abundancia a fines del invierno 1998. Crucero BIC Humboldt y BIC Jose Olaya Balandra 9808-09 de Paita a Tacna

Describe la distribución de abundancia de diversos recursos pelágicos y demersales: anchoveta (Engraulis ringens), sardina (Sardinops sagax), jurel (Trachurus picturatus murphyi), caballa (Scomber japonicus peruanus), samasa (Anchoa nasus), Vinciguerria lucetia, falso volador (Prionotus stephanophrys), bagre (Galeichthys peruvianus), pez cinta (Trichiurus lepturus) y múnida (Pleuroncodes monodon). Como plataformas de muestreo en el Cr. 9808-09, se utilizaron: para la zona Paita al Callao: el BIC Humboldt y la lancha IMARPE IV; y para la zona Los Palos (Tacna) al Callao, el BIC José Olaya Balandra y la lancha IMARPE V. Para la distribución de abundancia se utilizaron las ecosondas científicas SIMRAD EK 500 con frecuencias de 38 y 120 kHz de ambos buques, en un rango de detección de 3,5 a 400 m de profundidad, distribuidos en nueve capas de integración. Para el muestreo acústico se utilizó una grilla sistemática paralela con una separación de 12 mn entre cada transecto; se realizaron en total 352 laces de pesca. Las áreas de distribución de cada recurso se determinaron mediante un programa de software de interpolación de datos.

Determinación de las áreas de pesca para la captura comercial de recursos pelágicos

Los peces pelágicos constituyen los recursos explotados de mayor importancia comercial como la anchoveta (Engraulis rinqens J.), sardina (Sardinoos sagax sagax), Jurel (trachurus murphyi), caballa (Scomber japonicus peruanus). la abundancia de dichos recursos ha acrecentado de tal forma que actualmente la explotación de los mismos afronta !imitaciones de carácter tecnológico y administrativo, incluyendo deficiencias en el equipo de detección hidroacústica, pesca, transporte, comercialización, la acción no coordinada de la flota v la falta de información regular sobre localización y concentración de zonas de pesca. La presencia de estos recursos ofrecen sin lugar a dudas la posibilidad concreta de beneficio nacional, y la respuesta a grandes problemas socio-económicos, como son la alimentación popular y la captación de divisas vía exportación para el desarrollo del país.

Anàlisi dels descartaments efectuats per la flota d'arrossegament en el Golf de Lleó

La pesca d'arrossegament practicada al mar Mediterrani incideix sobre un rang batimètric molt ampli i afecta a nombrosos tipus de fons que presenten comunitats molt diversificades, on les espècies de peixos, crustacis, cefalòpodes, altres mol·luscs, equinoderms i d'altres macroorganismes epibentònics interaccionen entre si. D'aquí la importància de caracteritzar amb una aproximació multiespecífica els fons explotats, com la que aquí hem dut a terme, prenent en consideració no tan sols les espècies d'interès comercial sinó totes les espècies que conformen la comunitat. Els objectius concrets d'aquesta tesi estan centrats en l'estudi qualitatiu i quantitatiu dels descartaments produïts per la pesca d'arrossegament que efectua la flota espanyola en la zona del Golf de Lleó, i en aspectes relacionats a millorar la selectivitat de les xarxes emprades canviant el disseny de la malla tradicional per malla quadrada. El mostreig s'ha dut a terme a bord d'una embarcació d'arrossegament comercial, amb una freqüència setmanal, dins el període comprès entre març del 1998 i març del 2000. En total s'han analitzat 68 pesques. Totes les mostres estudiades provenen del primer vol del dia i s'han capturat a fondàries entre 50 i 500 metres. De tot el volum capturat durant l'estudi s'han identificat un total de 307 espècies pertanyent a diversos grups taxonòmics. El grup taxonòmic majoritari és el dels peixos amb 133 espècies, seguit dels crustacis, els cefalòpodes, els equinoderms i finalment el grup d'altres invertebrats. L'espècie més capturada en nombre a la pesquera del Golf de Lleó ha estat la cervellina (Leptometra phalangium) i les més capturades en biomassa han estat la sardina (Sardina pilchardus) i el lluç mediterrani (Merluccius merluccius smiridus). Pel total de la captura la fracció descartada en nombre d'individus representa el 71% mentre que la biomassa descartada és de l'ordre del 36%. La causa més important en quant a quantitat de rebuig produït és la que respon al compliment de la normativa vigent, ja sigui per les talles mínimes legals o per les captures acompanyants permeses. Els majors descartaments estacionals en termes d'abundància es donen a la primavera i l'estiu, coincidint amb l'època de reclutament de la majoria de les espècies explotades. En canvi, els descartaments estacionals en termes de biomassa són excepcionalment elevats a l'estiu i estan provocats per la captura massiva de sardina (S. pilchardus) durant aquesta època de l'any. El rebuig expressat tant en nombre com en pes disminueix en funció de l'estrat de fondària, essent la quantitat descartada major en l'estrat A (50-200 m) i menor en l'estrat C (>400 m). S'ha comprovat que el disseny de malla quadrada aplicat al cóp de les xarxes d'arrossegament fa augmentar dràsticament, tant en nombre com en pes, el percentatge d'individus escapats, disminuint a la vegada la quantitat de descartament. També s'aconsegueix un augment de la mida de primera captura (L50) de totes les espècies excepte en la bruixa de quatre taques (Lepidorhombus boscii). A més es redueix l'impacte de la pesca sobre els estocs d'individus juvenils, sobretot d'espècies que presenten una secció de cos rodona com el lluç mediterrani (M. merluccius smiridus) i el verat (Scomber scombrus), disminuint així la sobrepesca de creixement i de reclutament al mateix temps que s'assegura i es millora la venda d'exemplars de mida legal.

Feeding habits of the atlantic spotted dolphin, Stenella frontalis, in southeastern Brazil

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Systematics and phylogeny of the Neotropical Pachymenes de Saussure and Santamenes Giordani Soika (Hymenoptera, Vespidae, Eumeninae)

The genera Pachymenes de Saussure and Santamenes Giordani Soika arerevised and the phylogenetic relationships among their species, based on external mor-phology and male genitalia, are presented. The cladistics analysis, using 22 terminalspecies (19 ingroup and 3 outgroup species) and 44 characters, produced a single clado-gram under implied weighting. Both genera were recovered as paraphyletic, althoughttwo major clades were formed and were well supported by the re-sampling analysis.We propose the synonymy of Pachymenes with Santamenes, and the description of twonew species: P. saussurei Grandinete n.sp. and P. riograndensis Grandinete n.sp..Newcombinations are: Pachymenes novarae (de Saussure) n.comb., P. olympicus (Zavattari)n.comb., P. peregrinus (Zavattari) n.comb. and P. santanna (de Saussure) revised combi-nation. We state the synonymy of P. obscurus orellanoides under P. obscurus consuetus,reviewing the status of the latter and raising P. consuetus to species level. Pachymenesorellanae vardyi is synonymized under P. orellanae; P. ghilianii olivaceus, P. ghilianiiavissimus and P. peruanus are proposed as synonyms of P. ghilianii; P. picturatusobscuratus is synonymized under P. laeviventris; P. picturatus nigromaculatus andP. picturatus var . intermedia are synonymized under P. picturatus and P. a t ra var . ornatis-sima get its lectotype designated and proposed as synonym of P. ater.

The trophic role of the squid Loligo plei as a keystone species in the South Brazil Bight ecosystem

The issue of whether loliginid squid can influence the average structure of marine ecosystems in a keystone role, i.e. a strong effect with relatively low biomass, has not yet been examined. Here, the diet of Loligo plei in inner shelf waters of the South Brazil Bight was examined, as a first step, based on the stomach contents of 2200 squid hand-jigged in shallow water (, 30 m) and taken as bycatch of shrimp trawlers in deeper water (30-100 m). Diet varied by size, season, and fishing zone. Stomachs were not empty in similar to 12%, with more empty during winter. The range of mantle lengths of squid caught by jigging (101-356 mm) appeared to differ from the squid trawled (30-236 mm), and the diet also differed. Food categories recorded in deeper water did not include amphipods or polychaetes, but in both fishing areas, fish were the most common prey. The fish prey identified included Trachurus lathami, small pelagic species, trichiurids, and Merluccius hubbsi. Demersal species, such as Ctenosciaena gracilicirrhus, and flatfish were also present. An ecosystem network model is updated through which a mixed-trophic impact matrix and ""keystoneness"" indicators were calculated. Loligo plei represents an important link between pelagic and demersal energy pathways, with high indices of keystoneness.