Systems biology of the human MHC class I immunopeptidome

Le système de différenciation entre le « soi » et le « non-soi » des vertébrés permet la détection et le rejet de pathogènes et de cellules allogéniques. Il requiert la surveillance de petits peptides présentés à la surface cellulaire par les molécules du complexe majeur d’histocompatibilité de classe I (CMH I). Les molécules du CMH I sont des hétérodimères composés par une chaîne lourde encodée par des gènes du CMH et une chaîne légère encodée par le gène β2-microglobuline. L’ensemble des peptides est appelé l’immunopeptidome du CMH I. Nous avons utilisé des approches en biologie de systèmes pour définir la composition et l’origine cellulaire de l’immunopeptidome du CMH I présenté par des cellules B lymphoblastoïdes dérivés de deux pairs de fratries avec un CMH I identique. Nous avons découvert que l’immunopeptidome du CMH I est spécifique à l’individu et au type cellulaire, qu’il dérive préférentiellement de transcrits abondants, est enrichi en transcrits possédant d’éléments de reconnaissance par les petits ARNs, mais qu’il ne montre aucun biais ni vers les régions génétiques invariables ni vers les régions polymorphiques. Nous avons également développé une nouvelle méthode qui combine la spectrométrie de masse, le séquençage de nouvelle génération et la bioinformatique pour l’identification à grand échelle de peptides du CMH I, dont ceux résultants de polymorphismes nucléotidiques simples non-synonymes (PNS-ns), appelés antigènes mineurs d’histocompatibilité (AMHs), qui sont les cibles de réponses allo-immunitaires. La comparaison de l’origine génomique de l’immunopeptidome de soeurs avec un CMH I identique a révélé que 0,5% des PNS-ns étaient représentés dans l’immunopeptidome et que 0,3% des peptides du CMH I seraient immunogéniques envers une des deux soeurs. En résumé, nous avons découvert des nouveaux facteurs qui modèlent l’immunopeptidome du CMH I et nous présentons une nouvelle stratégie pour l’indentification de ces peptides, laquelle pourrait accélérer énormément le développement d’immunothérapies ciblant les AMHs.

Six Degrees: The New Science of Networks (Collective Dynamics Group ISERP -- Columbia University) Course Syllabus

Six Degrees: The New Science of Networks (Sociology, W3233, Spring 2006) Original URL: http://cdg.columbia.edu/cdg/courses/spring06/sixDegrees/syllabus.jsp

Can children with autism spectrum disorders be helped to acquire a theory of mind?. '¿Se puede ayudar a los niños con trastornos del espectro autista a adquirir una teoría de la mente?'.

Resumen en español

The nature and science of energy.

Con un enfoque según el plan de estudios de ciencias, describe los diferentes tipos de energía , algunas propiedades y algunas de las diferentes formas que puede adoptar animando a los jóvenes a observar, investigar e interpretar el mundo natural en toda su complejidad.

Physical geology : the science of Earth.

Es una herramienta de aprendizaje para entender los fundamentos científicos de la geología, así como las consecuencias de las acciones humanas sobre nuestro planeta. Ofrece a los estudiantes un marco para aprender y pensar de forma crítica y ayudarles a tomar decisiones sobre cuestiones tan importantes como: el calentamiento global, la superpoblación, el problema del agua dulce y otros.

Practical intelligence : the art and science of common sense.

El autor se basa en las inteligencias múltiples para explicar cómo la inteligencia práctica es una habilidad clave de la vida y ofrece una estructura conceptual para definir y describir el sentido común. Expone cómo las personas con inteligencia práctica pueden emplear los conocimientos lingüísticos para adoptar hábitos de lenguaje semánticamente buenos, tomar decisiones mejores, pensar en términos de opciones y posibilidades, aceptar la ambigüedad y la complejidad, articular problemas con claridad y trabajar a través de soluciones. Muestra que las habilidades de inteligencia práctica se pueden mejorar con la educación y el entrenamiento adecuado y desafía a todos para mejorar sus destrezas y ayudar a otros a desarrollar sus propias capacidades de inteligencia práctica.

Theory of mind and language comprehension in schizophrenia

Resumen tomado de la publicación

Estimation of electronic coupling in π -stacked donor-bridge-acceptor systems: correction of the two-state model

Comparison of donor-acceptor electronic couplings calculated within two-state and three-state models suggests that the two-state treatment can provide unreliable estimates of Vda because of neglecting the multistate effects. We show that in most cases accurate values of the electronic coupling in a π stack, where donor and acceptor are separated by a bridging unit, can be obtained as Ṽ da = (E2 - E1) μ12 Rda + (2 E3 - E1 - E2) 2 μ13 μ23 Rda2, where E1, E2, and E3 are adiabatic energies of the ground, charge-transfer, and bridge states, respectively, μij is the transition dipole moments between the states i and j, and Rda is the distance between the planes of donor and acceptor. In this expression based on the generalized Mulliken-Hush approach, the first term corresponds to the coupling derived within a two-state model, whereas the second term is the superexchange correction accounting for the bridge effect. The formula is extended to bridges consisting of several subunits. The influence of the donor-acceptor energy mismatch on the excess charge distribution, adiabatic dipole and transition moments, and electronic couplings is examined. A diagnostic is developed to determine whether the two-state approach can be applied. Based on numerical results, we showed that the superexchange correction considerably improves estimates of the donor-acceptor coupling derived within a two-state approach. In most cases when the two-state scheme fails, the formula gives reliable results which are in good agreement (within 5%) with the data of the three-state generalized Mulliken-Hush model

The relationship of language development to theory of mind understanding in young deaf children

This paper studies cognitive development in young deaf children, specifically Theory of Mind development and its link to language abilities.

Research on theory of mind in deaf education

Prior research has shown that theory of mind (ToM) development is delayed in children who are deaf and hard of hearing. Although research has demonstrated a delay in ToM development in children who are deaf and hard of hearing there are not many suggestions for how ToM is or should be addressed in deaf education. The current research addressed this issue by compiling an extensive literature review and sending 113 surveys’ to OPTION schools for the deaf around the country.